조심 2014서4132 (2018.07.12)

OOO장이 2014.3.25. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2008.11.1. 주식회사 OOO을 흡수합병하여 취득한 OOO원 상당의 영업권 감가상각과 관련한 그 이후 사업연도의 초과납부액을 당초 미달납부한 같은 사업연도 법인세 자진납부액으로 보아 납부불성실가산세를 재계산하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO을 영위하는 비상장법인으로서 2008.11.1. OOO을 영위하는 비상장법인인 주식회사 OOO(이하 “피합병법인”이라 한다)을 흡수합병(합병등기일 : 2008.11.4., 이하 “쟁점합병”이라 한다)하였다.

나. 쟁점합병과 관련하여 청구법인은 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액과 장부가액의 차액 OOO원에 대해 2008사업년도 법인세 신고시 OOO원은 선박·비품·주식 등의 합병평가차익으로 익금산입(기타)한 후, 선박·비품의 평가차익에 해당하는 OOO원을 일시상각충당금으로 손금산입(△유보)하였고, OOO원의 영업권(이하 “쟁점영업권”이라 한다)은 감가상각 대상이 아닌 자산성이 없는 영업권으로 보아 손금산입(△유보) 및 동일한 금액을 손금불산입(기타)으로 세무조정하였으며, 쟁점합병 이후 각 사업년도의 법인세 신고시 쟁점영업권에 대해 회계상 인식한 감가상각비를 세무조정을 통해 손금불산입하였다.

다. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 처분청에 청구법인의 2008사업연도 법인세 신고내역상 쟁점영업권은 「법인세법 시행령」 제24조 제4항에 따른 감가상각 대상인 영업권에 해당하므로 이를 익금산입하도록 통지하자 처분청은 청구법인의 2008사업연도 법인세 신고내역에 대하여 쟁점영업권 가액을 손금불산입하고 쟁점영업권 상각액은 손금산입하여 2014.3.25. 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점영업권 자체를 평가하여 계상한 것이 아니라 합병회계처리에 따라 단순히 차액개념에 의하여 쟁점영업권을 계상한 것으로 청구법인이 회계장부에 계상한 영업권은 자산을 평가하여 승계한 세법상 감가상각대상 영업권이 아니다.

(가) 처분청은 쟁점영업권이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치인 초과수익력에 대한 대가를 지급한 「법인세법 시행령」 제24조 제4항에 따른 영업권으로서 감가상각자산이라고 주장하나, 관련 법령이 예외적인 경우에만 감가상각자산으로 인정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 처분청의 과세처분은 부당하다.

1) 「법인세법 시행령」 제24조 제4항은 예외적으로 ① 영업권을 평가하여 승계하고 ② 사업상 가치가 있어 그에 대한 대가를 지급한 경우에 한하여 감가상각자산으로 인정하는데, 청구법인의 합병계약서에는 영업권에 대한 언급이 없는바, 그에 대한 평가 및 대가에 대한 합의 내용이 없고, 대가를 지급한 사실도 없다.

2) 처분청이 제시한 ‘1998년 개정요강(재정경제부 발간)’ 자료에도 자산성이 없는 단순한 영업권은 상각을 불인정한다고 하고 있어 원칙적으로 감가상각자산으로 인정하지 않으므로, 처분청의 주장대로라면 회계상 영업권은 전부 자산성이 있는 영업권에 해당하게 되어 한정적으로만 영업권을 인정하고 있는 「법인세법 시행령」제24조 제4항 및 재정경제부 발간 개정요강에도 반한다.

(나) 처분청은 대법원도 합병대가에서 순자산공정가액을 차감하여 계상한 영업권을 모두 세법상 자산성 있는 영업권으로 판결하고 있다고 주장하나, 판례와 심판례는 개별자산과 별도로 영업권만의 적절한 평가방법을 거치고 약정이 있는 경우에 제한적으로 감가상각자산으로 인정하고 있어 처분청의 주장은 부당하다.

1) 감가상각자산인 영업권은 예외적으로 인정되므로 양도ㆍ양수하는 다른 자산에 대한 평가와는 ① 별도의 적절한 평가방법(추정손익계산서를 이용한 현금흐름할인법 적용 등) 및 그에 대한 대가 지급이라는 양 당사자의 ② 합의(약정)가 필요하다.

청구법인은 매출 및 주요비용에 대한 추정을 반영한 추정손익계산서(현금흐름)를 작성하지 않았으며, 현금흐름할인법의 중요한 요소인 가중평균할인율(기업 Beta를 구하여 자기자본할인율을 산정 후 부채에 대한 차입이자율과 가중평균함) 또한 산정하지 않아 별도의 적절한 평가방법을 거친 것이 아니다.

유형적 가치가 있는 자산(영업권)을 취득함에 있어 양당사자는 그 목적물을 특정하고 그에 대한 대가(매매대금)지급을 합의(약정)함이 일반적인데 청구법인의 경우 취득하고자 하는 자산(영업권)을 합병계약서에 특정하지도 않았으며 그에 대한 대가지급의 언급도 없어 감가상각자산인 영업권에 해당되지 않는다.

판례 또한 영업권은 양도ㆍ양수하는 다른 자산에 대한 평가와는 별도의 적절한 평가방법에 따른 평가를 거친 후 유상으로 취득한 금액을 의미한다(대법원 2008.11.13. 선고 2006두12722 판결)고 하면서 산정방법에 대한 약정(대법원 2007.10.16. 선고 2007두12316 판결)이 있거나 추정손익계산서(대법원 2012.5.9. 선고 2012두1044 판결) 등을 토대로 주식가치를 산정한 경우 예외적으로 감가상각자산으로 인정하고 있다.

설사 영업권이라는 무형자산이 있었다고 하더라도 공정한 평가가 있었다고 보기 어려운 경우 영업권을 인정하지 않는다(대법원 2008.9.11. 선고 2006두2558 판결).

2) 처분청은 대법원 2007.10.16. 선고 2007두12316 판결이 피합병법인의 순자산가액을 공제한 금액을 모두 영업권으로 보더라도 영업권에 대한 적절한 평가방법이라고 판시하였다고 주장하나, 위 판례는 처분청 주장과 같은 판시를 하지 않았으며 영업권에 대한 대가 지급을 약정하고 그 약정에 의한 방법에 의하여 평가(3개년도 경상이익 합계액과 청산 법인세를 더 지급하기로 하면서 이를 영업권으로 평가하기로 약정)한 경우에 감가상각자산임을 인정한 것으로 영업권에 대한 인식, 약정 및 평가방법에 대한 계약내용이 없는 청구법인과는 사안이 다르다.

3) 영업권이 양수자산과는 별도로 적절한 평가방법에 의하여 평가된 경우에만 영업권으로 인정함이 타당하므로 별도의 적절한 평가(산정방법에 대한 약정, 추정손익계산서 등)가 없었던 청구법인의 영업권은 감가상각자산에 해당되지 않는다.

조세심판원이 영업권을 별도 구분한 평가내역(조심 2010서3155, 2011.6.30.)이 없고 계약서에 영업권에 대한 명시(조심 2013서4389, 2014.7.21.)가 없는 경우 및 근거나 증빙(조심 2005서3477, 2005.12.30.)이 없는 경우에는 감가상각자산으로 보지 않고 있음을 볼 때도 청구법인의 영업권은 감가상각자산이 아니다.

4) 처분청은 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)에 의한 순손익가치 평가는 그 자체로 당해 법인의 초과수익력에 대한 가치를 계산하는 것이며, 청구법인은 피합병법인의 순손익가치를 상증법을 적용하여 평가하였으므로 동 평가금액에 초과수익력에 대한 평가가 포함되어 있다고 봄이 타당하다면서, 상증법 시행령 제54조 제1항에 따라 순손익가치 평가는 {P(현재가치)=F(미래가치)/R(이자율)}로 표현될 수 있으므로 미래에 발생될 현금흐름을 현재가치로 나타내는 것이라고 주장하나,

미래에 발생될 현금흐름의 현재가치는 미래에 발생될 현금흐름(추정매출, 추정 매출원가 및 추정 판매관리비, 자본적 지출액 등)을 추정하여 해당 기업의 가중평균이자율로 할인하여야 함에도 처분청이 주장하는 위 산식은 추정치가 하나도 사용되지 않고 과거 손익을 사용하고 할인율도 법령에서 규정한 것을 사용하고 있어 미래 초과수익력을 현재가치로 나타낸 것으로 볼 수 없어 영업권에 대한 적절한 평가가 아니다.

(다) 처분청은 청구법인의 합병이 상증법 규정에 의해 비상장 주식의 시가를 계산하여 합병비율을 산정하였기 때문에 상증법 규정에 의한 합병에 따른 이익의 증여(상증법 제38조) 및 「법인세법」 규정에 의한 불공정합병으로 인한 이익분여(같은 법 시행령 제88조 제1항 제8호) 등 조세회피에 해당하지 않아, 적법한 평가방법에 따라 평가·거래되어 조세회피 행위가 있다고 볼 수 없으므로 청구법인이 계상한 영업권 가액 모두 감가상각 대상 영업권이라고 주장하나,

1) 처분청 주장대로 쟁점영업권이 감가상각자산에 해당된다면 그 영업권 가액을 포함하여 비상장법인의 순자산가액을 계산하여야 하는데 이 경우 합병비율에 영향을 미치게 되어 다시 영업권 금액이 변동하는 계속적 순환이 발생하게 되는 점에 비추어 볼 때도 청구법인의 영업권은 감가상각자산이 아니다.

2) 청구법인은 순자산가액을 계산함에 있어 쟁점영업권을 포함하지 않았는데 처분청이 청구법인의 상증법 규정에 의한 주식평가가 적정하다고 인정하고 있는 점을 볼 때도 청구법인의 영업권은 감가상각자산인 영업권에 해당되지 않는다.

(2) 쟁점영업권이 감가상각 대상이라고 하여도 과세당국이 이에 반하는 예규를 계속하여 생산하였던 점에 비추어 가산세 감면에 정당한 사유가 인정된다.

(가) 처분청 스스로 쟁점영업권이 합병평가차익이 아니라는 예규가 최소 4건이라고 인정하고 있으며, 2014년 7월(조심 2013서4389, 2014.7.21.)까지만 해도 처분청은 다수 심판례·예규 등에서 쟁점영업권을 감가상각자산에 해당되지 않는다고 하였으면서 이제 와서 4건의 예규만이 그러하다고 주장하고 있어 서로 모순된다.

(나) 판례도 처분청이 지속적으로 유권해석을 통하여 쟁점영업권이 감가상각자산이 아님을 인정하고 있다고 하였고, 처분청도 현재 어느 종류의 예규가 우세한지 혼동하고 있는 것으로 볼 때 설사 쟁점영업권이 감가상각자산에 해당된다고 하더라도 청구법인의 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것이므로 쟁점영업권은 가산세 감면대상이다.

(3) 가산세 감면의 정당한 사유에 해당되지 않는다고 하더라도 납부불성실가산세 계산방법이 부당하다.

(가) 신설된 「국세기본법」제47조의4 제6항은 청구법인이 국가에 대한 국세환급금 채권을 가지고, 국가 또한 청구법인에 대하여 조세채권을 가지는 경우에는 양 채권의 상계가 가능한 점 등에 비추어 납부불성실 가산세 부과는 부당하다는 점을 반영하여 당연한 법리를 조문화한 것으로 창설적 규정이라기 보다는 확인적 규정에 해당하여 부칙에서 규정한 과세기간 이전에도 적용됨이 타당하다.

(나) 판례도 당연한 법리를 조문화한 확인적·선언적 규정에 해당하는 경우 관련 부칙에서 규정하고 있는 거래 이전분에 대하여도 관련 법령의 적용이 가능하다고 하고 있어 청구법인의 경우 쟁점영업권이 감가상각자산이고 가산세 부과의 정당한 사유가 인정되지 않아 가산세 부과대상이라고 가정하더라도 위 부칙은 당연한 법리를 조문화한 선언적 규정에 해당하여 납부불성실 가산세를 재계산함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 향후 성장이 예상되는 해운사업에 신규진출하기 위하여 쟁점합병을 한 것으로, 합병전 피합병법인의 영업이익률은 업계에서도 높은 수준이었고 합병이후 경기침체기(2009∼2013년)에도 OOO원의 영업이익이 누적되어 영업권에 해당하는 초과수익력이 존재하고 있었으며 청구법인도 이를 알고 있었다.

또한, 피합병법인의 초과수익력을 상증법상 순손익가치 평가법으로 평가한 후 합병대가를 지급하였으므로 직접 영업권을 평가하지 않았다고 하여도 초과수익력을 평가한 것이며, 비록 특수관계자 간의 합병이지만 상증법에 따라 주식가치를 평가한 것으로 합병대가를 과다 지급한 것으로 볼 수 없어 쟁점영업권 전부를 대가로 보아도 조세 회피행위라고 볼 수 없으므로 쟁점영업권은 「법인세법 시행령」 제24조 제4항에서 규정한 감가상각 대상자산인 영업권에 해당된다.

(가) 청구법인의 쟁점영업권은 「법인세법 시행령」 제24조 제4항에 해당하는 영업권에 해당하고, 합병평가차익으로서 익금 대상이다.

청구법인의 경우 영업권을 평가하여 승계하면서 영업권 가액을 OOO원으로 계상하고 그 영업권에 대한 피합병법인의 장부가액은 OOO원이므로 합병평가차익은 승계한 가액OOO 중 피합병법인의 장부가액OOO을 초과하는 부분인 OOO원이며, 이는 곧 영업권 가액과 같으므로 합병평가차익은 영업권 가액이 된다.

이러한 해석은 영업권은 합병평가차익이라는 유권해석(서이46012-11717, 2003.9.27. 등 다수)부터 「법인세법 시행령」제24조 제4항의 규정에 해당하는 영업권은 합병평가차익에 해당한다는 기획재정부의 유권해석(재법인-111, 2005.2.4.)이나 심판원의 기존 결정례(조심 2009부2804. 2010.4.19.)와도 같으나, 이러한 해석이 있기 전인 「법인세법 시행령」 제24조 제4항에서 1998년 영업권의 정의가 신설되기 전에는 합병제도가 정착되지 않아 영업권을 합병평가차익으로 과세하지 못하였으므로 영업권을 익금으로 신고하지 않고 감가상각비만 손금으로 계상하는 법인이 대부분이었고, 기업회계기준에 따른 영업권뿐만 아니라 피합병법인의 가치를 과대평가하고 이를 기초로 계산된 합병대가를 지급하여 발생된 영업권을 모두 감가상각 자산으로 하여 조세를 회피하는 사례가 발생하였다.

(나) 「법인세법 시행령」 제24조 제4항의 입법취지는 피합병법인의 가치를 적정하게 평가하고, 장부가액이 아닌 시가로 합병하여 발생한 영업권은 세무상 자산으로 인정한다는 것이므로 쟁점영업권은 그 자체로 사업상 가치가 있는 「법인세법 시행령」 제24조 제4항에 해당하는 것으로 별도로 사업상 가치를 판단·결정할 대상이 아니다.

그 입법취지는 합병차손이 발생하는 경우에 있어서 이월결손금이 있는 피합병법인의 자산·부채를 장부가액으로 승계하여 합병대가를 시가로 주식을 교부할 경우 대차평균의 원리에 따라 단순히 계상되는 영업권을 익금으로 보지 않겠다는 것으로, 장부가액 합병시 피합병법인의 이월결손금이 영업권(자산)으로 승계되어 나중에 감가상각비로 손금처리 되는데 이를 방지하기 위해 시가합병만 인정하겠다는 것이 「법인세법 시행령」 제24조 제4항의 입법취지이다.

(다) 「법인세법 시행령」 제24조 제4항은 피합병법인의 가치를 적정하게 평가하고 피합병법인의 자산을 시가합병으로 승계하여 발생하는 영업권은 세법상 자산성이 있는 영업권으로 보겠다는 조항으로, 자산취득 가액의 일반규정(구「법인세법 시행령」 제72조 제1항 제1호)에 따라 취득시 지급한 합병대가 중 피합병법인의 순자산가액을 초과하는 금액은 쟁점영업권의 취득가액인 합병평가차익에 해당한다고 보아야 한다.

다만, 합병자산은 승계한 가액으로 하되 시가를 초과하는 부분은 제외하는 구「법인세법 시행령」 제72조 제1항 제3호의 규정과 같이 영업권도 시가초과분은 인정될 수 없으므로 피합병법인의 가치를 적정하게 평가하여 지급한 합병대가에 따라 발생한 영업권을 청구법인의 주장처럼 다시 사업상 가치여부를 따져 결정할 것은 아니다.

(라) 1985년부터 현재까지 확인되는 판례를 보더라도 피합병법인에 대한 정당한 대가를 지급하고 계상된 영업권은 사업상 가치가 있다고 보아 모두 영업권으로 인정하였으며, 특히 판례도 청구법인의 과세연도인 2007년 이후에는 시가합병을 한 것으로서 합병대가에서 순자산 공정가액을 차감하여 계상된 영업권을 모두 인정하였다.

1) 영업권을 감가상각 대상자산으로 인식하는 첫째 요건으로 자산을 평가하여 승계한 경우로 규정되어 있는데, 이 규정이 영업권을 별도로 평가한 경우에만 적용된다고 주장하나, 현실적으로 영업권의 별도 평가방법은 확립되어 있지 않을 뿐만 아니라 영업권의 대가는 피합병회사의 허가권이나 영업망, 신용도, 거래관계 등 모든 원인이 전체 자산과 어울려 평가되는 것이므로 별도로 평가하는 것이 아니라 전체 기업가치에서 개별 순자산가액을 차감하여 영업권을 계산하는 것이 합리적이다.

대법원도 자산의 각 항목에 따라 사업성 가치를 평가하여 그 결과를 영업권 가액으로 산정하는 것은 사실상 쉽지 아니할 뿐만 아니라 피합병법인이 가지는 여러 장점들을 전체로서 영업권으로 파악·평가하여도 기업거래 관행이나 회계원칙상 부당한 것으로 보이지 아니하므로 회사합병을 통하여 피합병법인 주주에게 지급한 금액에서 피합병법인의 순자산가액을 공제한 금액을 모두 영업권으로 보더라도 영업권에 대한 적절한 평가방법이라고 판시(대법원 2007.10.16. 선고 2007두12316 판결, 참조)한 점을 감안하면, 피합병법인 주주에게 지급한 금액(합병대가)에서 피합병법인의 순자산가액을 공제한 금액을 영업권 가액으로 평가하는 방법은 적절한 평가방법이다.

2) 영업권을 감가상각 대상 자산으로 인식하는 둘째 요건으로 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것이어야 하는데, 거래상대로부터 매수하는 자산에 대하여 공정가액을 초과한 대가를 지급하는 것은 매수법인의 기술력·거래관계 등 무형의 재산적 가치가 있기 때문이므로 그 초과하여 지급하는 금액은 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등 사업상 가치가 있는 것에 대한 대가이다.

대법원도 기술력, 거래 관계 등을 장차 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 합병대가를 산정하였으므로 합병시 피합병법인 주주들에게 순자산 가액을 초과하여 지급한 합병대가가 있는 경우 이는 영업권의 대가에 해당한다(대법원 2012.5.9. 선고 2012두1044 판결, 참조)고 판시하였으므로 청구법인이 공정가액을 초과하여 지급한 금액은 피합병법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것으로 보아야 할 것이다.

3) 영업권에 대한 별도의 평가가 없어도 순자산가액을 초과하여 지급하는 금액은 감가상각 대상이고, 현재까지 대외적으로 공표된 영업권 관련 해석 23건 중 청구법인이 주장하는 회계상 대차차액 조정과정에서 계상된 영업권은 합병평가차익이 아니라거나 사업상 가치가 있어서 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액이 아니므로 합병평가 차익으로 볼 수 없다는 등 합병평가차익이 아니라는 예규는 4건이며, 그 외의 19건에서는 순자산가액을 초과하여 지급한 대가는 영업권의 대가로서 합병평가차익으로 본다고 해석하고 있다.

또한, 위 판결문을 보면 대법원도 자산의 각 항목에 따라 사업성 가치를 평가하여 그 결과를 영업권 가액으로 산정하는 것은 사실상 쉽지 아니할 뿐만 아니라 피합병법인이 가지는 여러 장점들을 전체로서 영업권으로 파악·평가하여도 기업거래 관행이나 회계원칙상 부당한 것으로 보이지 아니하므로 회사합병을 통하여 피합병법인 주주에게 지급한 금액에서 피합병법인의 순자산가액을 공제한 금액을 모두 영업권으로 보더라도 영업권에 대한 적절한 평가방법이라고 판시하여 사실상 영업권의 평가는 단독으로 평가하는 것이 아니라 피합병법인의 전체 가치에서 순자산가액을 공제한 금액을 영업권으로 평가하는 것을 인정하고 있다.

(마) 쟁점영업권은 합병계약시에 거래당사자 간에 이미 인식한 것으로, 피합병법인의 영업이익률이 동종의 업계의 영업이익률을 상회하여 초과수익력이 존재하고 상증법상 순손익가치로 적정하게 평가하여 유상으로 취득하였으므로, 「법인세법」상 자산성이 인정되는 감가상각 대상 자산인 영업권에 해당한다.

1) 청구법인은 쟁점합병을 통해 경영효율성을 증대하고 청구법인의 석유화학 도소매업과 연계하여 시너지 효과를 창출하여 궁극적으로 청구법인의 기업가치를 제고하겠다고 밝혔는바, 이는 피합병법인으로부터 인수하는 해운물류사업에 청구법인의 경영효율성을 증대시키고 기존 사업과의 시너지 효과를 창출하는 무형의 재산적 가치인 영업권이 존재한다고 인식한 것이다.

쟁점합병과 관련한 청구법인의 이사회회의록 및 합병계약서 제1조 (합병의 목적)에서 본 합병은 경영효율성을 증대하고 시너지 효과를 창출하여 기업가치를 제고하기 위함에 있다고 언급하여 피합병법인으로부터 인수하는 사업에 미래의 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치가 있음을 인지하였던 것이고, 2008사업연도 사업보고서에서도 합병을 통하여 인수한 해운물류사업의 추가로 석유화학 무역의 효율성 강화를 기대하고 있다고 언급하여 쟁점합병으로 인한 초과 수익력인 영업권에 대한 기대감을 언급하고 있다.

2) 실제 청구법인의 감사보고서 상 쟁점합병으로 추가된 물류사업 부문에서 OOO원의 영업이익이 발생(2009∼2013년)하였으며 같은 기간 해당 부문 매출은 OOO하였고, 국제금융위기로 인해 경기가 위축되었던 시기인 2009년에도 물류사업부문에서 OOO원의 이익이 발생한 것은 쟁점영업권의 초과수익력이 평가되어 그 대가가 지급되었음을 증명하는 것이다.

3) 피합병법인의 합병전 5년간 영업이익이 OOO원이어서 동종 타업체의 통상수익보다 높은 수익을 올릴 수 있는 초과수익력을 보유하고 있었으며, 이를 바탕으로 청구법인은 2008년 이후 경제위기로 업계의 다른 업체가 영업손실 상태에 있었음에도 2010년과 2011년을 제외하고는 높은 영업이익률을 달성할 수 있었던 것으로 확인된다.

따라서, 피합병법인의 영업이익률이 동종업계 타법인의 영업이익률과 유사하여 초과수익력이 존재하지 않는다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

4) 청구법인은 쟁점합병으로 승계받은 물류사업에서 OOO원의 결손이 발생(2010∼2012년)하여 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치가 없다고 주장하나, 쟁점합병으로 승계받은 물류사업 부문에서 합병 이후 5년간 OOO원의 영업이익이 발생(2009∼2013년)하였으며, 경제위기에 처해 있었던 2010∼2012년 기간의 영업손실도 OOO원에 불과하여 청구법인의 주장과는 크게 다른 것으로 나타나고, 이는 물류사업부문의 실적이 저조한 3개 사업년도만 발췌한 것임을 물론 영업과 직접 관련이 없는 비경상적으로 발생하는 공통부문의 손실(영업외손실 등)을 물류사업부문에 배분하여 물류사업부문 손실을 과다하게 주장하는 것으로 파악된다.

(바) 청구법인의 2008년 사업보고서에서 2009년 해운물류 수요는 약한 증가세를 기록할 것으로 전망된다고 언급하면서, 해운물류업은 선단확보를 위해 대규모 자본이 선 투자되어야 하는 자본집약적 산업으로 규정하여 청구법인도 쟁점합병이 향후 성장이 예상되는 해운물류업에 신규진출하기 위한 인수합병임을 밝히고 있다.

1) 쟁점영업권은 세법상 순손익가치 평가방법에 의해 평가되었고, 비록 특수관계자 간의 합병으로 고액의 합병대가를 지급하였으나 상증법의 시가에 부합하는 금액으로 거래하여 조세를 회피한 사실도 없으므로, 청구법인이 계상한 영업권은 전액 「법인세법」상 자산성이 인정되는 감가상각 대상자산인 영업권에 해당한다.

2) 상증법(상증법 시행령 제54조 제1항)에 의한 순손익가치 평가는 산식으로 “현재가치 = 미래가치 / 이자율”로 표현될 수 있고, 이는 미래에 발생될 현금흐름을 현재가치로 나타내는 것으로 당해 법인의 초과수익력에 대한 가치를 계산한 것이며, 청구법인은 피합병법인의 순손익가치를 상증법을 적용하여 평가하였으므로 동 평가금액에 초과수익력에 대한 평가가 포함되어 있다고 봄이 타당하다.

따라서, 청구법인이 피합병법인의 상증법에 따라 산출한 쟁점합병가액에서 피합병법인의 장부가액을 초과하는 금액 중 선박·비품·주식 등의 합병평가차익을 뺀 OOO원은 감가상각 대상 자산인 영업권이고, 조세회피 등 불법적 목적이 드러나지 않는 이상 원칙적으로 다르게 해석하여서는 아니되며, 자산적 가치가 있어 적법한 평가방법에 의해 산출된 가격으로 유상 취득한 감가상각 대상 영업권으로 인정되어야 할 것이다(대법원 2007.10.16. 선고 2007두12316 판결 같은 뜻임).

3) 쟁점합병의 합병대가는 상증법 규정에 따라 적법하게 평가되어 순자산가치에 순손익가치를 가중평균하는 방식으로 산정되었으므로, 합병대가에 피합병법인의 초과수익력인 영업권 가액이 포함되어 있는 것이고, 따라서 청구법인이 계상한 영업권 가액 모두를 감가상각 대상 영업권으로 봄이 타당하다.

4) 비록 특수관계 법인 간의 합병이고 인수한 순자산 가액에 비해 영업권 가액이 고액에 해당하나 적법한 평가방법에 따라 평가·거래되어 조세회피 행위가 있다고 볼 수 없으므로, 청구법인이 계상한 영업권 가액 모두를 감가상각 대상 영업권으로 봄이 타당하다.

합병존속법인인 청구법인은 상장법인 OOO㈜의 지배주주이고 OOO개 계열사를 거느린 OOO 지배구조의 정점에 있는 법인이며, 피합병법인의 1인 OOO% 주주(OOO)는 OOO OOO 회장의 장남으로서 쟁점합병을 통해 그룹 지주사인 청구법인의 제2대 주주가 되었다. 쟁점합병이 특수관계 법인 간의 합병에 해당하나, 상증법 규정에 의해 비상장 주식의 시가를 계산하여 합병비율을 산정하였기 때문에 상증법 규정에 의한 합병에 따른 이익의 증여(상증법 제38조) 및 법인세법 규정에 의한 불공정합병으로 인한 이익분여(「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호) 등 조세회피에 해당하지 않으므로, 피합병법인에 지급한 합병대가를 부풀리거나 과다하게 지급하였다고 볼 수 없으며, 따라서 이때 계상한 영업권도 초과수익력을 초과하여 과다하게 계상되었다고 볼 수 없다.

(2) 청구법인의 쟁점영업권에 대한 익금산입 누락 신고건은 관련 법령의 부지 및 착오에 따른 과소신고에 해당하므로, 처분청의 가산세 부과처분은 정당하다.

(가) 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 「국세기본법」제48조 제1항에 의하여 해당 가산세를 부과하지 아니하는 바, 이때의 정당한 사유란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때이고, 대법원은 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다고 일관되게 판시하고 있다.

(나) 대법원 판례를 포함한 공표된 23건의 관련 해석 중 청구법인이 주장하는 “회계상 대차차액 조정과정에서 계상된 영업권은 합병평가 차익이 아니다” 또는 “사업상 가치가 있어서 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액이 아니므로 합병평가 차익으로 볼 수 없다” 등 합병평가차익이 아니라는 예규는 4건이며,

그 외의 19건에서는 순자산가액을 초과하여 지급한 대가는 영업권의 대가로서 합병평가차익으로 본다고 해석하고 있음에도, 예외적으로 합병평가차익으로 보지 않는다는 4건의 예규만을 신뢰하고 적법한 신고납부의무를 이행하지 않았으며

특히, 과세관청의 공식적인 세법해석제도가 있는데도 이를 이용하지 않고 개인적인 입장에서 비공식적으로 세무상 조언을 얻어 납세의무를 이행하지 않았다면 법령의 정확한 해석을 구하기 위한 납세자의 노력도 부족한 것으로 판단되므로 가산세 감면의 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없다.

(3) 2008사업연도에 납부하여야 할 세액을 그 이후 사업연도에 실질적으로 납부한 데 대하여 납부불성실 가산세의 대상세액을 재계산하여 줄 것을 청구한 청구법인 주장은 이유가 없다.

(가) 2011.12.31. 「국세기본법」 제47조의4 제6항을 신설하면서 국세를 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우, 납부불성실 가산세는 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진납부한 것으로 본다고 규정하면서, 관련 부칙 제5조에서 동 개정규정은 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세기간 분부터 적용한다고 명시하고 있다.

(나) 처분청이 납부불성실 가산세를 부과한 사업연도는 2008사업연도 과세기간 분으로서, 동 법률 부칙에서 규정한 2012.1.1. 이후 과세기간 분에 해당하지 않으므로 2008사업연도에 납부하여야 할 세액을 그 이후 사업년도에 실질적으로 납부한 데 대하여 납부불성실 가산세의 대상세액을 재계산하여 줄 것을 청구한 청구법인 주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점영업권이 「법인세법」상 감가상각 대상 자산에 해당하는지 여부

② 청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

③ 쟁점영업권을 익금산입한 사업연도의 미납세액은 그 이후 사업연도에 감가상각과 관련한 환급세액을 당초 미납세액의 자진납부액으로 보아 납부불성실가산세를 재계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)

제17조(자본거래로 인한 수익의 익금불산입) ① 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

1. 주식발행액면초과액. 다만, 채무의 출자전환으로 주식등을 발행하는 경우에는 당해 주식등의 시가를 초과하여 발행된 금액을 제외한다.

1의2. 주식의 포괄적 교환차익

1의3. 주식의 포괄적 이전차익

2. 감자차익

3. 합병차익. 다만, 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 "합병평가 차익"이라 한다)을 제외한다.

제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다.

제44조(합병평가차익상당액의 손금산입) ① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동 합병대가의 총합계액 중 주식등의 가액이 100분의 95이상일 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 합병법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병평가차익에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제45조(합병에 따른 이월결손금의 승계) ① 내국법인이 다른 내국법인을 합병하는 경우 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조 제3항 단서에 해당되어 구분경리하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다)의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 다음 각 호의 요건을 갖춘 합병의 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 결손금으로 보아 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

1. 제44조 제1항 각 호에 해당할 것

2. 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계할 것

3. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것

③ 제2항에 따라 피합병법인의 결손금을 공제한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 공제한 결손금의 전액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산 및 공제받은 결손금의 익금산입 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제80조(합병에 의한 청산소득금액의 계산) ① 내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 "합병에 의한 청산소득" 이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액을 계산함에 있어서 합병법인이 합병등기일전 2년이내에 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함하며, 이하 이 조에서 "포합주식등"이라 한다)이 있는 경우로서 그 포합주식등에 대하여 합병법인의 주식등을 교부하지 아니한 경우 합병대가의 총합계액은 당해 포합주식등의 취득가액을 가산한 금액으로 한다. 이 경우 주식등을 교부한 경우에는 당해 포합주식등의 취득가액에서 교부한 주식등의 가액을 공제한 금액을 가산한 금액으로 한다.

(2) 법인세법 시행령(2010.6.8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것)

제12조(합병평가차익 등의 계산) ① 법 제16조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 합병평가차익 등"이라 함은「상법」제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 "합병차익"이라 한다)에 달할 때까지 다음 각호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호·제3호(법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액(주식회사외의 법인의 경우에는 이를 준용 하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 제1호의 금액으로 한다.

1. 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액(제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액

2. 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액(주식의 경우에는 액면가액에 의하여 평가한 금액으로 한다)이 피합병법인의 자본금에 미달하는 경우 그 미달하는 금액

3. 피합병법인의 자본잉여금중 법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금외의 잉여금부터 순차로 계산한 금액

4. 피합병법인의 이익잉여금에 상당하는 금액

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서는「상법」제459조 제2항의 규정에 의한 준비금의 승계가 있는 경우에도 그 승계가 없는 것으로 보아 이를 계산한다.

제14조(재산가액의 평가 등) ① 법 제16조 제1항 각호의 규정에 의하여 취득한 재산중 금전외의 재산의 가액은 다음 각호에 의한다.

1. 취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 "주식등"이라 한다)인 경우에는 다음 각 목의 금액

가. 법 제16조 제1항 제2호·제3호·제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식 등(동항 제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식등은 각각 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호와 법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우로서 다목의 규정에 의한 주식등의 시가가 액면가액 또는 출자금액보다 큰 경우에 한한다)의 경우에는 액면가액 또는 출자금액(「간접투자자산 운용업법」에 의한 투자회사가 취득하는 주식 등의 경우에는 영으로 한다)

나. 「상법」제462조의2의 규정에 의한 주식배당의 경우에는 발행금액(「간접투자자산운용업법」에 의한 투자회사가 받는 주식배당의 경우에는 영으로 한다)

다. 기타의 경우에는 취득당시 법 제52조의 규정에 의한 시가(이하 "시가"라 한다). 다만, 제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여받은 이익이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 금액으로 한다.

제15조(주식발행액면초과액 등) ① 법 제17조 제1항 각 호의 규정에 의한 수익은 각각「상법」제459조 제1항 제1호·제1호의2·제1호의3·제2호·제3호 및 제3호의2에 해당하는 금액으로 한다.

② 법 제17조 제1항 제3호 단서에서 "대통령령이 정하는 합병평가차익"이라 함은 제12조 제1항 제1호 및 동조 제3항의 규정에 의하여 계산한 금액을 말한다.

제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각 호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 무형고정자산

가. 영업권, 디자인권, 실용신안권, 상표권

④ 제1항 제2호 가목의 영업권 중 합병 또는 분할의 경우 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 계상한 영업권은 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 경우에 한한다)이 피합병법인 또는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다.

(3) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 것)

제47조의4(납부불성실·환급불성실가산세) ⑥ 국세(소득세, 법인세 및 부가가치세만 해당한다)를 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에는 제1항을 적용할 때 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진납부한 것으로 본다. 다만, 해당 국세의 신고가 제47조의2에 따른 신고 중 부정행위로 무신고한 경우 또는 제47조의3에 따른 신고 중 부정행위로 과소신고·초과신고 한 경우에는 그러하지 아니하다.

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

부칙 <제11124호, 2011.12.31.>

제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제84조의2제1항 제1호, 제85조의5 제1항 제3호, 같은 조 제2항 및 제5항의 개정규정은 2012년 7월 1일부터 시행한다.

제5조(무신고가산세 등에 관한 적용례) ① 제47조의2부터 제47조의4까지의 개정규정 중 소득세(종합소득에 대한 소득세만 해당하며, 그 소득세를 본세로 하는 농어촌특별세를 포함한다) 및 법인세(각 사업연도 소득에 대한 법인세 및 토지 등 양도소득에 대한 법인세만 해당하며, 그 법인세를 본세로 하는 농어촌특별세를 포함한다)에 관한 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세기간 분부터 적용한다.

(4) 기업인수 합병 등에 관한 회계처리준칙

9. 영업권

가. 매수원가 중 매수일 현재 피매수회사로부터 취득한 식별가능한 자산, 부채(순자산)의 공정가액에 대한 매수회사의 지분을 초과 하는 부분은 영업권으로 인식한다.

나. 영업권은 그 내용연수에 걸쳐 정액법으로 상각한다.

다. 영업권의 내용연수는 미래에 경제적 효익이 유입될 것으로 기대되는 기간으로 하며 20년을 초과하지 못한다.

17. 지배 종속회사간 합병 : 지배종속회사간 또는 종속회사간 합병은 연결재무제표상 장부가액을 승계하여 처리한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인(합병법인)은 무역, 석유류 도매업을 영위하는 비상장법인으로서, 2008.11.1.을 합병기일(합병등기일 : 2008.11.4.)로 하여 비상장법인인 피합병법인을 흡수합병하였고, 합병비율은 상증세법상 보충적 평가방법으로 평가한 각사의 주식가치를 기준으로 결정하고 합병기일 현재 피합병법인의 주주명부에 기재되어 있는 보통주주에 대하여 청구법인의 보통주식 OOO주를 교부하였다.

(2) 쟁점합병과 관련하여 청구법인은 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액OOO원과 피합병법인의 장부가액 OOO원의 차액 OOO원에 대해, OOO원은 선박·비품·주식 등의 합병평가차익으로 익금산입하였고 OOO원은 기업인수·합병에 관한 회계처리준칙 규정에 따라 쟁점영업권으로 회계처리한 후, 쟁점영업권은 구 「법인세법 시행령」 제24조 제4항에 따른 감가상각자산에 해당하지 아니한 것으로 보아 아래 <표1>과 같이 세무조정하여 법인세를 신고하였다.

<표1> 당초 영업권 세무조정 내용

(3) 쟁점영업권 관련 처분청의 경정·고지 및 청구법인의 경정청구 현황은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점영업권 관련 고지 및 경정청구 현황

(4) 청구법인과 피합병법인 간의 쟁점합병계약서 제1조에 본 합병은 경영효율성을 증대하고 시너지 효과를 창출하여 기업가치를 제고하기 위함에 있다고 되어 있고, 청구법인이 심판관 회의시 제출한 업황개요에 관한 자료를 보면, 청구법인이 OOO(주) 등으로부터 매입한 PE(고체 유화) 등을 피합병법인이 국내외 거래처들에게 운송하는 것으로 나타난다.

(5) 피합병법인의 합병 전 사업실적은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 피합병법인의 합병 전 매출액·영업이익 현황

(6) 처분청이 제출한 합병 전 피합병법인의 영업이익률 및 동종 업체 평균 영업이익률 현황은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 합병 전 피합병법인과 동종 업체 평균의 영업이익률 비교

(7) 청구법인은 2008년 9월에 당시의 상증법 규정에 의해 두 법인의 주식가치를 평가하여 이 평가금액을 근거로 합병비율을 산출하였던바, 상증법 규정에 의한 합병 당사법인의 1주당 가치 평가내역은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 상증법 규정에 의한 합병 당사법인의 1주당 가치 평가내역

(8) 쟁점합병의 당사법인은 「법인세법 시행령」 제87조에서 규정한 특수관계인에 해당하는 법인들이며, 합병 전·후의 주주현황은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 합병 전·후 주주현황

(9) 재정경제부는 종전에 장부가액 합병 또는 시가합병 구분 없이 영업권을 인정하였는데, 1998년 개정시부터는 장부가액 합병을 통한 이월결손금 승계를 방지하기 위하여 시가합병만 인정하겠다고 하여 “피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서”라는 조문을 추가하였던바, 재정경제부 발간 1998년 개정요강은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 1998년 개정요강 : 영업권(합병차손) 규정 보완(「법인세법 시행령」제24조 제4항)

(10) 처분청이 심리자료로 제출한 합병시 계상된 영업권을 세법상 감가상각 대상 자산인 영업권으로 보았는지에 대한 유권해석을 정리한 자료는 아래 <표8>과 같다.

<표8> 영업권 관련 유권해석

(11) 처분청이 부과한 납부불성실가산세 계산방법과 청구법인의 주장한 납부불성실가산세 계산방법을 비교하면 아래 <표9>와 같다.

<표9> 처분청 및 청구주장의 납부불성실가산세 계산방법 비교표

(12) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 합병시 피합병법인으로부터 취득한 영업권만을 별도로 적절하게 평가한 경우에만 영업권을 인정하여야 한다고 주장하나, 개별자산인 영업권(사업시행권, 인허가권 등)과는 달리 합병시 발생하는 영업권은 기업 전체에 내재되어 있는 것으로 이를 개별적으로 식별·측정하는 것은 현실적으로 어려울 뿐 아니라 피합병법인이 가지는 여러 장점들을 전체로서 영업권으로 파악·평가하여도 기업거래 관행이나 회계원칙상 부당한 것으로 보이지 아니하므로 합병을 통하여 피합병법인의 주주에게 지급한 금액에서 피합병법인의 순자산가액을 공제한 금액을 영업권으로 평가한 것에 대해 부적절하다고 보기는 어렵고(대법원 2007.10.16. 선고 2007두12316 판결 및 조심 2013중3715, 2016.9.21. 등 참조), 세법상 영업권으로 인정하기 위해서 반드시 합병대가 산정시 별도의 적극적인 초과수익력 계산 과정이 수반되어야 하는 것은 아닌 점(대법원 2018.5.11. 선고 2017두54791 판결, 같은 뜻임),

청구법인은 쟁점영업권이 「법인세법」상 영업권이 아닌 합병회계 처리로 인한 대차차액에 불과하다고 주장하나, 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호ㆍ거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급하여 「법인세법 시행령」제24조 제4항의 규정에 해당하는 경우에는 이를 감가상각자산으로 보아야 할 것인 점(조심 2014중883, 2017.12.29., 조심 2015서5603, 2016.7.26. 등, 같은 뜻임),

쟁점합병은 상증법상 평가방법에 따라 합병법인과 피합병법인의 1주당 가치를 평가하여 합병비율을 산출하였고, 합병당시 피합병법인의 보통주주에 대하여 합병에 따른 신주 OOO주를 교부하였으며, 쟁점합병의 합병계약서상 본 합병목적이 경영효율성을 증대하고 시너지 효과를 창출하여 기업가치를 제고하기 위한 것이라고 명시되어 있는 점,

합병무렵과 그 전에 피합병법인의 매출액이 지속적으로 증가하는 추세에 있었고, 매년 상당한 영업이익이 발생하였으며, 그 이익률이 동종 업체의 평균 영업이익률을 상회하였던 점, 피합병법인의 거래처(OOO 계열사) 및 그 거래관계 등에 비추어 피합병법인이 가지고 있던 무형의 재산 전체로서 사업상 가치를 인정하여 그에 대한 대가로서 쟁점영업권을 지급한 것으로 봄이 타당하므로 쟁점영업권은 감가상각 대상이 되는 청구법인의 세무상 자산(합병평가차익)으로 봄이 타당하다 할 것인바, 피합병법인의 영업권이 없는 것으로 보아야 한다는 등의 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 가산세의 부과는 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지나 오인 등은 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는 것(대법원 2011.5.13. 선고 2008두12986 판결, 같은 뜻임)인 점,

과세관청은 합병법인이 피합병법인의 순자산가치를 초과하여 지급한 대가가 「법인세법 시행령」제24조 제4항에서 규정한 영업권으로 인정되는 경우에는 이를 포함하여 합병평가차익을 계산하여야 한다는 취지의 예규를 다수 생산하였던 점,

과세관청이 청구법인에게 쟁점영업권의 경우 세무상 감가상각 대상 자산에 해당하지 아니한다는 공적인 견해를 표명한 사실도 없는 점 등에 비추어 청구법인에게 세법상 신고·납부 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아야 한다는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2013전2881, 2015.6.29. 같은 뜻임).

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 「국세기본법」상 납부불성실가산세는 납부하지 아니한 세액 또는 미달하게 납부한 세액에 납부하지 아니한 상태에서 경과된 일수(즉 납부하였어야 할 날의 다음 날부터 자진납부하는 날 또는 자진납부하지 아니하는 경우에는 고지일)를 곱하는 기간계산방식을 채택하고 있어 “자진납부”의 의미를 납부사실 그 자체로 보는 것이 타당한바(조심 2014서336, 2014.7.17., 같은 뜻임),

청구법인이 2008사업연도에 쟁점영업권을 손금산입하고, 그 이후 각 사업연도에 법인세 신고시 쟁점영업권에 대해 회계상 인식한 감가상각비를 손금불산입하여 법인세를 신고한 것으로 나타나는바, 청구법인이 쟁점영업권 감가상각과 관련하여 2008사업연도 이후 사업연도에 초과납부한 법인세를 당초 같은 사업연도에 쟁점영업권을 손금산입하여 미달하게 납부한 세액의 자진납부액으로 보아 납부불성실가산세를 재계산(위 <표9> 참조, 국세환급가산금의 취소는 별론)하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.