조심 2016서3817 (2019.04.15)

OOO장이 2016.7.7. 및 2016.8.10. 청구법인에게 한 부가가치세 2011년 제1기분 OOO원의 각 부과처분은 1. 청구법인이 2012.10.1. OOO에게 양도한 OOO사업에 관한 영업권의 시가를 「법인세법 시행령」제89조 제2항 제2호의 규정에 의한 평가액으로 하고, OOO 주식회사와의 1차 선박계약 축소에 따른 위약금 OOO원을 손금산입하며, 관련 증빙불비가산세를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1982.1.28.부터 OOO에서 해상운송사업과 선박대여 및 용선사업, 유류판매업, 창고보관업, 선박매매업 등을 영위하는 법인으로, 처분청은 OOO장(이하 “조사청”이라 한다)이 2016.2.25.부터 2016.7.15.까지 법인제세 통합 세무조사를 실시하고 통보한 과세자료에 따라 아래와 같이 과세처분을 하였다. (1) 청구법인이 OOO사업부 분사 목적으로 2012.8.21. OOO에 OOO% 자회사인 OOO(OOO 이하 “OOO 본점”이라 한다)를, 2012.9.17. 청구법인의 사업장과 동일한 장소에 OOO OOO(이하 “OOO OOO지점”이라 하고, OOO 본점과 합하여 “OOO”라 한다)를 각 설립한 후, 2012.10.1. OOO사업에 관한 영업권(이하 “쟁점영업권”이라 한다)을 OOO의 감정가액인 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 하고, 관련 거래를 “쟁점ⓛ거래”라 한다)에 OOO에게 양도한 것으로 하여 법인세를 신고한데 대하여, 처분청은 OOO의 실질적 관리장소가 국내에 있다고 보아 쟁점ⓛ거래를 내국법인과의 거래로 판단하고, 세무조사 과정에서 OOO에 소급감정을 의뢰하여 회신받은 감정가액인 OOO원을 쟁점영업권의 시가로 보고, 부당행위계산 부인하여 쟁점금액과의 차액인 OOO원을 청구법인의 소득금액 계산상 익금산입하였다. (2) 청구법인은 쟁점ⓛ거래에 대하여는 외국법인인 OOO에게 재화를 수출한 것으로 보아 영세율을 적용하였고, 2012.10.1. OOO에 재고자산(국내외 정유사로부터 구매한 판매용 벙커유 재고)을 OOO원에 양도하면서 국내 정유사로부터의 구매한 가액 OOO원(이하 “쟁점재고자산”이라 하고, 관련 거래를 “쟁점②거래”라 한다)에 대하여는 이미 국내 정유사에 의해 적법하게 수출되었거나 국내에 반입되지 아니한 외국물품의 거래로서 영세율을 적용하여 부가가치세 과세표준을 신고하면서 관련 세금계산서를 발급하지 아니한데 대하여, 처분청은 청구법인과 OOO와의 거래가 내국법인과의 거래로서 국내거래에 해당한다고 보아 부가가치세 일반세율을 적용하여 부가가치세 과세표준(쟁점ⓛ거래 OOO원, 쟁점②거래 OOO원)을 경정하고, 청구법인이 세금계산서를 발급하지 않은 것에 대하여 세금계산서 미발급 가산세(공급가액의 OOO)를 부과하였다. (3) 청구법인은 OOO사업과 관련하여 2011년 제1기부터 2012년 제2기 쟁점영업권 양도 이전까지 국내 정유사로부터 구매하여 국내 수산업체의 원양어선에 공급한 선박연료유 가액 OOO원(이하 “쟁점유류”라 하고, 관련 거래를 “쟁점③거래”라 한다)에 대하여 영세율을 적용하여 부가가치세 과세표준을 신고하면서 관련 세금계산서를 발급하지 아니한데 대하여, 처분청은 쟁점유류의 공급은 외국항행선박에 공급하는 재화로서 영세율 적용대상이나, 공급받는 자가 내국법인으로 세금계산서 발급대상으로 보아 세금계산서 미발급 가산세를 부과하였다. (4) 청구법인은 2008.5.26. 및 2008.6.30. OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)와 선박을 OOO비율로 공동으로 소유 및 운영하기로 하는 내용의 선박건조 및 운영계약(이하 “합작계약”이라 한다)을 체결하는 동시에 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)와 선박 OOO의 건조계약(이하 “1차 선박계약”이라 한다)을 체결하고, 2008.6.3. 및 2008.7.8. OOO에게 1차 선박계약의 계약금으로 OOO을 지급하였으며, OOO으로부터 계약금의 OOO를 수령하였다. 그 후 청구법인은 2008년 세계 금융위기에 따른 해운경기의 악화로 1차 선박계약을 그대로 이행하기 어려워짐에 따라 OOO과 그 해결방안에 대하여 지속적인 협상을 하였고, 2011.7.22. OOO을 배제한 채 OOO과 선박 OOO의 건조계약(이하 “2차 선박계약”) 및 합의서(Swap Agreement)를 체결하여 1차 선박계약을 취소하고 기지급된 1차 선박계약의 1차 선가는 2차 선박계약의 선가로 대체되도록 하였다. 청구법인은 2011.9.5. OOO과 선박 OOO의 건조계약(이하 “3차 선박계약”)을 체결함과 동시에 OOO 및 OOO과 합의서, OOO 체결하여 ⓛ OOO과의 합작계약 및 OOO과의 1차 선박계약을 해지하고, 2011.7.22. 체결된 2차 선박계약 및 합의서(Swap Agreement)를 무효화하며, ② OOO이 1차 선박계약의 해지에 따른 위약금 OOO(약 OOO원, 이하 “쟁점위약금”이라 한다)을 부담하고, ③ OOO이 기지급한 1차 선박계약의 1차 선가 중 OOO는 OOO에 위약금으로 귀속되고, 나머지 OOO는 OOO이 발주하는 다른 선박의 선가로 전용되며, ④ 청구법인이 기지급한 1차 선박계약의 1차 선가는 3차 선박계약의 선가로 대체되도록 하였다. 청구법인은 3차 선박계약에 따라 지급한 선가OOO를 선박의 취득원가로 계상하였고, 쟁점위약금은 1차 선박계약의 해지에 따라 OOO에 부담하여야 하는 것인데 OOO이 실제로 이를 부담하였다 하여 2011사업연도의 익금과 손금으로 보아 상계처리하면서, 용역을 공급받는 경우에 해당되지 아니하는 것으로 보아 OOO으로부터 세금계산서를 수취하지 아니하였다. 처분청은 2011.7.22. 청구법인과 OOO이 2차 선박계약을 통하여 신규 선박의 건조비용(취득원가)을 1척당 OOO로 합의하였다가, 2011.9.5. 쟁점위약금을 차감한 1척당 OOO을 지급하였다 하여 쟁점위약금을 선박의 취득원가인 선가할인 보조금으로 보아 OOO원을 손금불산입하여 법인세를 경정하고, OOO으로부터 용역을 공급받았음에도 세금계산서를 수취하지 아니하였다 하여 증빙불비가산세를 부과하였다. (5) 청구법인은 OOO에 소재하는 OOO 자회사인 OOO(이하 “OOO”이라 한다)를 용선 및 대선주체로 하는 장기용선계약과 장기대선계약을 추진할 계획이었으나, 실무협상을 담당하였던 대리인인 OOO(이하 “쟁점대리인”이라 한다)은 2007년경 청구법인을 용선주체로 2011년경부터 외국선사로부터 OOO사이즈 선박 2척(이하 “쟁점선박”이라 한다)을 각각 10년, 12년 용선하는 계약(이하 “쟁점용선계약”이라 한다)을 체결하였고, 청구법인은 2007년경 OOO을 대선주체로 하여 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에 쟁점용선계약에 따라 용선한 선박들을 10년간 대선하는 계약(이하 “쟁점대선계약”이라 한다)을 체결한 후, 쟁점용선계약에 따라 용선한 선박들을 인도받기 직전인 2011년경 쟁점용선계약의 용선주체가 OOO이 아닌 청구법인임을 인지하였으나, 쟁점용선계약의 용선주체를 OOO으로 변경하려는 청구법인의 제안을 외국선사가 거부하였고, 이러한 상황에서 OOO의 회생절차가 개시되어 쟁점대선계약을 정상적으로 이행하지 못하게 됨에 따라 쟁점용선계약에 따라 용선한 선박들을 해운시장에 시장 대선료로 대선하였으며, 해운경기의 악화에 따른 시장 대선료의 급락으로 2011사업연도부터 2015사업연도까지 쟁점용선계약에 따른 용선료(1일당 OOO)와 시장 대선료(1일당 OOO)의 차액인 OOO원의 손실(이하 “쟁점손실”이라 한다)이 발생하였다. 처분청은 OOO이 부담하여야 할 쟁점손실을 청구법인이 대신 부담한 것으로 보고, 업무무관비용으로 보아 손금불산입하여 법인세를 경정하였다. 나. 처분청은 2016.7.7. 및 2016.8.10. 청구법인에게 부가가치세 2011년 제1기분 OOO원을 각 경정.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.9.29. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점영업권의 양도는 거래당사자 일방이 외국법인인 국제거래에 해당하여 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 없고, 설사 적용되더라도 쟁점금액은 시가에 해당하므로 이 건 법인세 및 부가가치세 부과처분은 취소하여야 한다. (가) 쟁점영업권의 양도거래는 조세회피목적이 없고 가장행위에 해당한다고 볼 사정도 없어 실질과세원칙을 적용할 이유가 없으며, 계약의 내용 및 실질을 고려하더라도 쟁점영업권의 양수인은 OOO 본점임이 명확하다. 또한, OOO는 조세회피 목적이 아닌 사업상 목적을 위하여 OOO에 적법하게 설립된 인적·물적 설비를 가진 법인으로 조세회피의 결과도 발생하지 않아 실질적 관리장소의 개념을 적용하여 내국법인으로 볼 수 없으므로 OOO와의 거래는 국제거래에 해당한다. (나) 청구법인의 쟁점영업권 양도가액은 시가에 해당한다. 1) 청구법인은 경영상의 목적에서 OOO의 분사 및 그에 따른 여러 전략 Option 중 하나로 OOO의 지분을 양도한 것이며, 누적된 세무상 이월결손금OOO으로 인하여 쟁점영업권의 감정가액을 세법상 시가보다 현저하게 낮은 가액으로 조정할 유인도 없었다. 2) 처분청은 OOO 실행에 따른 Issues 검토(투자기획팀, 2013.4.30.)에서 OOO 지분을 2∼3년 후 매각하는 OOO을 선택하였다고 주장하나, 동 검토에서 예상 세무조사 시기(2015년)를 지난 향후 2∼3년 후(동 검토시점을 기준으로 2015∼2016년) OOO 지분양도가 타당한 것으로 판단하였음에도 실제 OOO 지분양도는 동 검토시점에서 1년밖에 경과하지 않았고, 세무조사 전인 2014년에 이루어졌다는 점을 고려할 때, 처분청이 주장하는 장기적 조세회피계획(쟁점영업권의 저가평가, 세무조사 이후로 매각시기 조정, 제3자에게 지분의 고가매각 등)은 허구임이 명백하며, 검찰도 처분청의 주장을 배척하였다. 청구법인이 쟁점영업권의 양도가액을 추정하기 위하여 자체적으로 산정한「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 의한 쟁점영업권의 평가액은 최대치가 약 OOO이었으므로 외부 감정평가기관에 의한 감정가액도 그 보다 낮을 것으로 예상한 것이며, 굳이 조세포탈을 위하여 감정평가법인에 감정을 의뢰할 이유가 없었으나, 청구법인이 쟁점영업권의 양도가액을 상증법상 보충적 평가방법으로 산정하는 경우에는 자기자본 산정방법과 관련하여 불필요한 논란이 발생할 수도 있으므로「법인세법」상 시가로 인정되는 감정평가법인의 감정가액을 사용할 수밖에 없었고, 그 당시 외부 감정평가기관의 평가방법을 특정하지도 않았다. 3) 처분청은 청구법인이 2012.7.31. OOO으로부터 쟁점영업권의 적정가치가 약 OOO이라는 회신을 받았음에도 불구하고 당초 계획대로 세법상 시가보다 낮은 가액의 감정평가 결과를 얻기 위해 재차 OOO의 감정을 받아 시가OOO보다 저가로 축소신고한 것으로 파악하였다. 그런데, 처분청이 주장하는 사실관계와는 다르게 청구법인은 OOO에 쟁점영업권에 대한 감정평가를 OOO 보다 먼저 의뢰하였고, 그 평가결과도 먼저 제공받았다는 점이 명백히 입증되며, OOO의 감정평가와 OOO의 평가는 평가목적, 평가대상, 기준시점 등이 전혀 다른 별개의 평가이고, 특히 OOO은 임의로 작성된 자료를 기초로 하여 실제보다 높게 평가할 수밖에 없었는바, OOO의 평가액은 쟁점영업권의 시가가 될 수 없다. 청구법인은 OOO에게 2012.6.27. 쟁점영업권의 평가에 필요한 최초 자료를 제공한 후, 2012.7.12. 1차 평가결과를, 2012.8.1.경 최종 평가결과를 각 제공받은 반면, OOO에게 2012.7.9. 지분가치 평가에 필요한 최초 자료를 제공한 후, 2012.7.20. 대안별 예비적 평가결과를, 2012.8.1.경 최종 평가보고서를 각 제공받았다. OOO의 감정평가 대상물은 쟁점영업권의 양도시점(2012.9.30.)을 기준으로 한 쟁점영업권의 가치인데 반해 OOO의 평가는 청구법인의 내부의사결정을 목적으로 OOO 지분의 예상가치를 산정한 것으로, 평가기준일도 OOO가 쟁점영업권을 양수한 이후인 2013.1.1. 및 2015.1.1.이다. 따라서, OOO의 평가결과는 OOO의 감정가액과 비교될 수 없다. 더구나, OOO은 OOO과는 다르게「법인세법」상 시가 감정기관도 아니다. 청구법인은 OOO에 추정재무제표(이하 “쟁점ⓛ추정재무제표”라 한다)를 제공한 이후 OOO에게 동일한 추정재무제표를 제공하였고, 이에 더하여 OOO에게 OOO된 자료(이하 “쟁점②추정재무제표”라 한다)도 제공하였다. 쟁점ⓛ추정재무제표는 청구법인이 2012년초 경영상 목적에서 자체적으로 수립한 전산프로그램인 OOO상 예산자료와 동일하나, OOO에만 제공된 쟁점②추정재무제표에는 상당한 선투자가 필요할 뿐만 아니라 실현가능성도 높지 않아 당초 OOO사업부의 예산 수립시에는 고려되지 않은 항목들이 포함되어 있다. 그러나 쟁점영업권의 정당한 대가는 OOO 분사 이전에 구축한 OOO사업부의 초과수익력을 기초로 하여야 하는데, OOO은 OOO가 분사된 이후 자체적인 사업개발 및 확대를 통하여 스스로 창출할 초과수익력의 가치까지 반영된 OOO된 쟁점②추정재무제표를 기초로 함에 따라 OOO보다 높게 평가하게 된 것이다. 4) 청구법인은 쟁점영업권의 양도가액을 확정하기 위하여 법인세법령에 따라 감정평가법인에 감정평가를 의뢰하였고, OOO은 객관적인 자료를 기초로 독자적으로 감정가액을 산정하였으며, 동 감정가액은 상증법상 보충적 평가가액의 범위 내에 있어 객관적 교환가치도 반영하고 있으므로 시가로 인정되어야 한다. 그리고 청구법인과 OOO은 감정평가 과정에서 목표금액을 설정하거나 쟁점영업권의 감정가액을 낮추기 위하여 할인율 등을 인위적으로 조작.수정한 사실이 없으며, 검찰도 청구법인이 OOO에 실제보다 낮은 매출액 예상치 등을 제공하고 목표금액을 제시하는 등의 인위적인 조작을 하였다는 조사청의 주장을 배척하였다. 한편, OOO이 쟁점영업권을 양도시점 기준으로 상증법상 보충적 평가방법으로 평가한 결과, 쟁점영업권의 가치는 OOO사업부의 자기자본 확인 여부 및 자기자본 산정방법에 따라 최대 약 OOO원으로 평가되었는바, OOO의 감정가액은 위 보충적 평가가액과 큰 차이가 없다. 5) OOO은 조사청의 요청에 따라 청구법인이 과거 OOO에 제공한 쟁점②추정재무제표를 기초로 그 합리성에 대한 독자적인 검토 없이 감정가액을 소급하여 산정하였으므로, 이를 기준으로 쟁점영업권의 저가양도 여부를 판단할 수 없다. 조세심판원도 처분청이 OOO에 소급감정을 의뢰하여 받은 감정가액을 시가로 주장한 사안에서 소급감정은「법인세법」등 관련 법령을 무시하고, 관련 법령에 따라 법인세를 신고한 납세자에게 불안정한 상태를 초래한다는 이유로 소급감정을 통한 과세처분을 부당하다고 판단하였다(국심 2002전690, 2002.8.8.). OOO은 ‘이 감정평가서는 의뢰인의 요청에 따라 감정평가조건을 붙여 감정평가한 것으로서 의뢰인의 요청이 없었을 경우와 감정평가액이 다를 수 있음’을 밝히고 있는바, 이러한 조건부 감정평가액은 시가 이외의 가치로 결정되는 것이므로(「감정평가에 관한 규칙」제5조 제2항) 세법상 시가로 인정될 될 수 없다. 나아가, OOO은 실지조사도 없이 분석적 검토만을 수행하는 것을 조건으로 하였다고 하므로 이러한 감정평가는 통상의 감정평가로 보기 어렵다. 6) 2014년 6월경 OOO 지분의 양도거래는 투자자에게 OOO의 투자수익을 완전히 보장(청구법인 보유 OOO 잔여 지분 OOO를 투자자에게 신탁 또는 담보로 제공하면서 동반매각청구권 부여 및 투자자가 동반매각청구권을 실행할 경우 OOO투자수익을 우선 분배받을 권리 보장)하는 다수의 기업이 자금을 조달하기 위하여 사용하는 차입거래의 일종으로 일반적이고 정상적인 지분거래에 해당하지 않는다. 가사 위 지분의 양도가액이 일반적인 주식의 시가에 해당한다고 하더라도 쟁점영업권의 양도시점으로부터 20개월이 경과하여 그 당시 OOO 지분의 시가로 보기 어렵다는 점, 동 양도가액과 관련하여 별도의 객관적인 평가자료도 존재하지 않는 점, 영업권의 가치는 영업가치만을 의미하는데 반해 비상장주식의 가치는 영업가치 이외에 상장 예정 프리미엄, 유동성 프리미엄, 경영권 프리미엄 등 여러 요소가 영향을 미칠 수 있다는 점을 고려할 때, 이를 기준으로 쟁점영업권 양도시점의 시가를 산정하는 것은 타당성이 없다. 7) 검찰은 청구법인이 OOO에 먼저 감정평가를 의뢰하는 등 기초적인 사실관계가 조사청의 고발내용과 상이함에 따라 조사청의 여러 주장 중 OOO의 감정결과만을 증거로 인정하면서도 그 정확성은 담보하기 어렵다고 판단하여 쟁점영업권의 저가양도에 대하여 2017.6.30. 불기소 결정을 하였다. 이와 같은 검찰의 불기소 결정은 ‘청구법인이 OOO에 실제보다 낮은 매출액 예상치 등을 제공하고 목표금액을 제시하는 등의 인위적인 조작을 하였고, 조세회피 의도를 가지고 쟁점영업권과 관련된 일련의 거래를 기획·실행하였다’는 처분청의 과세근거를 배척한 것이다. 그렇다면, 청구법인의 쟁점영업권 관련 행위에 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’가 존재하지 않는 것이 확정된 것으로 보아야 하는바, 이로서 처분청의 쟁점영업권 관련 과세근거는 모두 상실되었다. 또한, 획일적으로 검찰이 불기소 결정을 하였다고 하여 과세처분이 부당한 것이 된다고 볼 수는 없다고 하더라도, 처분청은 그에 맞는 합리적인 과세근거를 추가로 제시할 필요가 있으나 검찰조사에서 제기된 주장 이외에 합리적인 증거 제시는 없는 것으로 보인다. (2) 쟁점영업권 및 쟁점재고자산의 양도는 계약명의 및 계약의 실질을 고려할 때, 양수인이 OOO 본점으로, 각각 내국물품의 외국으로의 반출 및 외국물품의 거래로서 재화의 수출 등에 해당하므로 영세율(기타)이 적용되어야 하고 세금계산서 발급의무도 없다. (가) 쟁점영업권의 양도와 관련하여 공급받는 자는 계약명의 및 계약의 실질을 고려할 때, OOO 본점이며, 내국물품의 외국으로의 반출로서 재화의 수출에 해당하므로 부가가치세 영세율이 적용되며 세금계산서 발급의무도 면제되어야 한다. 1) 실질과세의 원칙을 적용하려면 명의와 실질의 괴리가 조세회피목적에서 비롯된 경우이어야 하며(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결), 납세자가 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 선택한 법률관계는 그것이 과중한 세금의 부담을 회피하기 위한 행위라고 하더라도 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 유효하다(대법원 2015.1.29. 선고 2012두28636 판결 등). 청구법인은 쟁점영업권의 양도에 있어 조세회피목적이 없었고, 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정도 없으며, 계약명의 및 계약의 실질을 고려할 때도 OOO 본점이 ⓛ 계약명의자로서 법률상 소유권의 취득자에 해당하고, ② 거래대금도 직접 지급하였으므로 공급받는 자로 보아야 하며, ③ OOO를 OOO에 설립한 목적을 고려할 때도 쟁점영업권은 OOO 본점으로 양도되었다고 보는 것이 거래당사자들의 의사에 부합하고, ④ 경제적 이해관계를 고려할 때도 합리적이다. 2)「부가가치세법」은 재화 또는 용역의 공급을 과세대상으로 하므로 거래당사자의 소재지가 아닌 공급장소를 기준으로 과세권의 유무를 결정하여야 하고, 대법원도 과세관청이 OOO 법인의 실질적 관리장소가 국내에 있다는 이유로 내국법인이 제공한 용역의 제공장소를 국내로 보아 부가가치세를 부과한 사안에서 국외에서 제공하는 용역은 그 용역을 공급받는 상대방이 내국법인인지 아니면 외국법인인지, 혹은 외국법인의 국내사업장이 존재하는지를 가리지 않는다고 판시하였다(대법원 2016.1.14. 선고 2014두8766 판결). 이에「법인세법」상 실질적 관리장소나 국내 사업장과「부가가치세법」상 공급자 또는 공급받는 자(사업장)는 별개의 개념이므로 「법인세법」상 OOO의 실질적 관리장소나 국내사업장이 국내에 있다고 보더라도「부가가치세법」상 쟁점영업권의 공급받는 자가 국내사업장으로 인정되거나 그 공급장소가 국내로 인정될 수는 없다. 3) 기획재정부와 국세청은 유권해석을 통하여 일관되게 “사업자가 외국법인에게 고객관계(고객과의 계약관계를 포함한 고객과 관련된 모든 권한ㆍ권리와 이익, 고객명세, 가격명세 및 계약관련 정보 등)를 양도하고 대가를 받는 경우, 사업자가 외국법인에게 양도하는 고객관계를 영업권으로 보는 경우에는 재화의 공급에 해당되며, 「부가가치세법」제11조 제1항 수출하는 재화에 해당되므로 영세율을 적용하는 것”이라는 입장을 표명하였다(재부가-278, 2010.4.23., 부가-1006, 2011.8.30. 외 다수). (나) 쟁점재고자산은 청구법인의 외국항행선박에 적재되어 있는 외국물품이고, 이를 국내에 수입하지 않고 외국사업자인 OOO(OOO 본점)에 인도하고 그 대금은 국내에서 영수한 거래이므로 외국인도 수출로서 재화의 수출에 해당하여 부가가치세 영세율이 적용되어야 하며, 세금계산서 발급의무도 면제되어야 한다. 1) 쟁점재고자산의 양도에 있어서도 조세회피목적이 없었고, 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정도 없었으며, 계약명의 및 계약의 실질을 고려할 때, OOO 본점을 공급받는 자로 보아야 하고, OOO OOO이 쟁점재고자산을 점유한 사실도 없어 점유권 또한 이전받았다고 보아야 한다. 2) 「관세법」은 외국무역선을 무역을 위하여 우리나라와 외국 간을 운항하는 선박으로 정의하고 있으며, 특별히 세관장으로부터 허가를 받은 경우를 제외하고는 외국무역선이나 외국 무역기에는 내국물품을 적재할 수 없고, 내항선이나 내항기에는 외국물품을 적재할 수 없다고 규정하고 있다. 쟁점재고자산은 양도 당시 청구법인의 외국항행선박에 적재되어 있던 벙커류 재고물량으로 청구법인의 외국항행선박은 외국무역선에 해당하며, 외국무역선에는 내국물품을 적재할 수 없으므로 쟁점재고자산은 모두 외국물품에 해당한다. 그리고 국내 정유사들이 수출신고를 하였는지 여부를 청구법인이 확인할 수는 없으며, 쟁점재고자산이 외국물품인 이상 청구법인은 국내 정유사들이 청구법인의 외국항행선박에 쟁점재고자산을 공급할 때, 이미 수출신고가 이루어졌다고 볼 수밖에 없었다. (3) 쟁점유류의 공급은 청구법인의 외국항행선박이 국외의 해상에서 국내 수산업체의 원양어선에 접선하여 공급하는 거래로서 이미 수출신고가 수리된 외국물품을 국외의 해상에서 거래하는 국외거래이므로 부가가치세 과세대상에 해당되지 않아 세금계산서 발급의무가 없다. (가) 쟁점유류의 공급은 청구법인의 외국항행선박이 국외의 해상에서 국내 수산업체의 원양어선에 접선하고, 원양어선에 오일 호수를 연결시킨 후 연료유를 공급하는 거래로서 재화의 공급장소는 접선 당시의 국외의 해상이었다. 그리고 청구법인의 외국항행선박에 적재된 쟁점유류는 외국물품에 해당하며, 쟁점유류가 외국물품인 이상 그 이전 단계인 국내 정유사에서 청구법인의 외국항행선박에 쟁점유류를 공급하는 단계에서 수출신고가 수리된 물품으로 보아야 하며, 국내 정유사들이 수출신고를 하였는지 여부를 청구법인이 입증할 수는 없다. (나) 쟁점유류의 공급과 유사한 사례에 대한 과세처리 등은 다음과 같다. 1) 쟁점유류의 공급과 유사한 사례에 대한 처분청의 권고 OOO장은 2011년 12월경 청구법인이 유류를 공급한 국내 수산업체인 OOO에 대한 세무조사 과정에서 OOO이 청구법인으로부터 공급받는 거래는「법인세법」상 계산서 발급대상으로 판단하고 관련 조사내용을 청구법인의 납세지관할세무서인 OOO에 통보하였고, OOO의 담당자는 2012년경 위 OOO장의 조사내용에 따라 청구법인이 「법인세법」제76조 제9항 제4호의 가산세(계산서 미발급 가산세, 공급가액의 OOO)를 자진해서 납부해 줄 것을 권고하였다. 2) 이에 청구법인은 2013년 1월경 과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서를 제출하면서「법인세법」상 계산서 미발급 가산세를 납부하였다. 3) 청구법인이 OOO에 공급한 유류에는 국내 정유사인 OOO로부터 국내에서 구입한 유류가 포함되어 있었으므로 이 사건과 동일한 사실관계를 포함하고 있으며, 따라서 OOO가 2012년경 OOO과의 거래에 대하여「법인세법」상 계산서 미발급가산세를 자진 수정신고하여 납부할 것을 권고하고 그에 따른 수정신고 및 납부를 수리한 것은 OOO 또한 이 사건 공급이「부가가치세법」상 세금계산서 발급대상이 아니라는 견해를 표명한 것이므로, 종전 세무지도와 달리 처분청이 세금계산서 발급대상이라고 입장을 변경하여 가산세를 부과하는 것은 위법하다. (4) 쟁점위약금은 청구법인의 귀책사유로 OOO과의 1차 선박계약이 해지됨에 따라 청구법인이 OOO에 부담한 위약금이며, 이는 각종 합의서의 내용으로 볼 때 계약당사자들의 의사에도 합치되므로 선박의 취득원가로 볼 수 없어 이 건 부과처분은 취소되어야 한다. (가) 각종 합의서의 내용 및 주요 조건 등으로 볼 때, 1차 선박계약은 해지되었다고 보는 것이 계약당사자들의 의사에도 합치된다. 검찰도 당사자들인 청구법인, OOO, OOO이 선택한 법률관계에 따라 위약금으로 봄이 상당하다고 판단하여 쟁점위약금과 관련된 법인세 포탈에 대해서 불기소 결정을 하였다. 청구법인은 1차 선박계약과 관련하여 대상 선박의 건조 및 대선을 OOO과 협의하여 결정·수행하여야 하고, OOO은 시장가격으로 대상선박을 매각할 것을 요청할 수도 있으므로 청구법인이 단독으로 결정하고 OOO은 의견을 제공하는 역할로 제한하여 볼 수 없다. OOO은 합작계약에 따라 1차 선박계약을 체결함에 있어 입회인(WITNESS)으로 서명하였고, 1차 선박계약의 해지와 관련하여 청구법인 및 OOO과 OOO를 체결하는 등 1차 선박계약의 체결부터 해지까지 지속적으로 관여하였다. 즉, 청구법인은 OOO과의 선행합의 없이는 1차 선박계약과 관련하여 OOO과 어떠한 합의도 할 수 없었으므로 OOO은 합작계약에 따라 1차 선박계약의 실질적인 계약당사자에 해당한다. 2008년 세계 금융위기에 따른 해운경기의 악화 속에 OOO은 유동성 위기에 직면하게 되었고, 이를 해결하고자 위약금의 부담을 감수하더라도 청구법인과의 합작계약을 해지하려고 하였으며, 청구법인 역시 실적 부진 및 자금조달의 어려움을 겪고 있어 OOO이 합작계약을 해지하는 경우에는 단독으로 OOO과의 1차 선박계약을 이행할 수 없는 상황이었다. 이에 청구법인은 1차 선박계약상 매수인의 의무불이행(ARTICLE XI: BUYER’S DEFAULT) 조항에 따라 자신의 귀책을 인정하고 지연이자 상당액을 포함한 OOO이 입은 손실에 대하여 쟁점위약금을 부담하기로 하였고, 이는 OOO의 귀책에 따른 합작계약의 해지로 인한 것이므로 합작계약 제16조 제4항에 따라 그 귀책 당사자인 OOO이 청구법인의 손실인 쟁점위약금 전액을 부담하게 되었다. 청구법인은 이를 보다 명확하게 하기 위하여 OOO과 3차 선박계약을 체결함과 동시에 OOO 및 OOO과 각종 합의서를 체결하여, ⓛ OOO과의 합작계약 및 OOO과의 1차 선박계약을 해지하고, ② 1차 선박계약의 해지에 따른 쟁점위약금은 그 귀책 당사자인 청구법인이 부담하고, 합작계약의 해지에 따른 위약금은 그 귀책 당사자인 OOO이 부담하기로 하며, ③ 이러한 위약금의 지급방법으로 실제 대금 지급[(합작계약) OOO ⇒ 청구법인, (1차 선박계약) 청구법인 ⇒ OOO] 없이 청구법인이 1차 선박계약에 따라 OOO에 기지급한 선가 중 계약 해지의 원천적 귀책 당사자인 OOO이 합작계약에 따라 부담한 부분에서 쟁점위약금을 차감할 것을 합의하였다. (나) 3차 선박계약은 계약당사자 및 대상선박의 척수, 선가 등 핵심적인 계약내용이 상이한 1차 선박계약의 변경계약이 될 수 없고, OOO의 수정세금계산서 발급, 원가 대체 등도 변경계약의 근거가 될 수 없으므로 1차 선박계약이 해지되지 않고 단순 변경되었다고 볼 수 없다. 3차 선박계약이 체결되면서 OOO을 압박하기 위하여 형식적으로 체결되었고, 이행되지 않은 2차 선박계약은 소급적으로 효력이 상실되었으므로 1차 선박계약과 3차 선박계약을 비교하여야 하며, 검찰도 2차 선박계약을 진행 중인 계약으로 3차 선박계약에 의해 최종 확정되었다고 보았다. 1차 선박계약과 3차 선박계약은 그 계약당사자, 대상선박의 척수, 선가, 주요 사양, 인도시기 등에 현격한 차이가 있으므로 대상 선박의 선종이 같다는 이유만으로 3차 선박계약을 1차 선박계약의 변경이라고 볼 수 없다. 설사 변경계약이더라도 OOO의 입장에서는 계약 변경으로 인하여 대상선박의 척수 및 선가의 감소, 납기의 지연 등으로 손해가 발생하였으므로 청구법인이 1차 선박계약상 매수인의 의무불이행 조항에 따라 쟁점위약금을 지급하는 것은 불가피하였다. OOO의 수정세금계산서 발급은 기획재정부 유권해석(부가가치세과-173, 2016.3.18.)과 국세청 과세전적부심 결정(적부 2015-148, 2016.4.21.)에서 그 적법성이 인정되었고, 그 발급사유는 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우이다. 그리고 OOO이 1차 선박계약의 원가를 3차 선박계약의 원가로 대체하였더라도, ⓛ OOO은 청구법인이 1차 선박계약의 2차 선가 납입을 지연함에 따라 건조작업을 제대로 수행할 수 없어 설계, 엔진제작, 외주비 등의 계약금만을 지급한 상태였고, 대체한 원가도 약 OOO원에 지나지 않으며, ② 3차 선박계약 및 각종 합의서에서도 OOO이 1차 선박계약에 따라 지급받은 1차 선가를 3차 선박계약의 선가에 대체되도록 하였으므로 원가의 대체 또한 당연하다. 따라서 수정세금계산 발급 및 원가 대체를 근거로 1차 선박계약이 해지되지 않았다고 볼 수는 없다. (다) 나아가 청구법인이 3차 선박계약에 따라 실제 지급한 선가OOO는 2011.5.2.경 OOO과의 잠정합의에 따른 선가OOO와 동일하므로, 3차 선박계약을 체결함에 있어 선가는 쟁점위약금과 관계없이 정해졌고 쟁점위약금 금액만큼 2차 선박계약상의 선가를 인하했다고 볼 수 없다. 청구법인은 2011.5.2.경 잠정합의를 기초로 3차 선박계약을 체결한 것이므로 3차 선박계약의 선가와 2차 선박계약의 선가는 직접적인 관계가 없으며, OOO를 감안하면 2차 선박계약의 선가OOO는 3차 선박계약의 선가OOO에 쟁점위약금을 가산한 것OOO보다 크므로 2차 선박계약에서 선가를 합의했다가 3차 선박계약에서 선가를 쟁점위약금만큼 인하하였다고 볼 수 없다. 그리고 검찰도 2011.5.2.경 잠정합의가 청구법인의 주장에 부합한다고 판단하였다. 또한 쟁점위약금은 OOO이 선박건조를 위해 기주문한 재료비와 장비의 계약해지에 따른 비용 및 그 외의 손실금액 약 OOO와 2차 선가의 지급 지연에 따른 이자 약 OOO의 합계로 구성되었으므로 2차 선박계약의 선가와 3차 선박계약의 선가(Reserve Fund를 고려하지 않을 경우)의 차이가 쟁점위약금 금액과 일치하는 것은 우연적인 것에 불과하다. (라) 청구법인은 조세포탈을 위하여 3차 선박계약 및 각종 합의서를 사후적으로 작성하거나 이중계약을 작성하지 않았으며, 3차 선박계약을 위하여 쟁점위약금의 지급이 불가피하지도 않았다. 청구법인 및 OOO 그리고 OOO은 2011.9.5.자 3차 선박계약 및 각종 합의서를 당초 2011.9.26. 체결하였는데, OOO은 2011.9.26.자 환율OOO이 적용되는 경우 청구법인이 3차 선박계약의 체결에 대해서 중요한 자산의 양수도로 보아 이사회 결의 및 공시(주요사항 보고서 제출)를 하게 될 것을 우려하여 3차 선박계약의 계약일자를 변경할 것을 요구하였다. 이는 청구법인 외의 다른 선박계약의 발주자들이 청구법인과의 1차 선박계약의 해지 및 3차 선박계약의 체결 사실을 알게 될 경우 이를 근거로 자신들이 OOO과 체결한 기존 선박계약들에 대해서도 해지 등을 요구하게 될 것을 우려한 때문인바, 이러한 계약일자의 변경이 조세회피목적으로 이루어졌다고 볼 수는 없다. 1차 선박계약과 3차 선박계약은 계약당사자, 대상선박의 척수 및 선가 등이 상이한 별개의 계약으로 쟁점위약금의 지급은 1차 선박계약의 해지에 따라 발생한 계약상 책임이며, 3차 선박계약의 체결과는 무관한 것이다. 따라서 3차 선박계약의 이행을 위하여 쟁점위약금의 지급이 불가피하였다고 볼 수 없으므로 쟁점위약금을 3차 선박계약에 따른 선박의 취득원가로 볼 수 없다. (마) 청구법인은 누적된 세무상 이월결손금으로 조세포탈을 위하여 쟁점위약금을 위약금으로 가장할 이유가 없었고, OOO 또한 쟁점위약금을 선가가 아닌 위약금으로 처리함으로써 부가가치세 공급가액은 감소시킬 수 있었으나 오히려 법인세 과세소득의 증가로 인한 조세의 부담만 더 커지게 되므로 쟁점위약금을 위약금으로 가장할 이유가 전혀 없었다. 그리고 OOO도 쟁점위약금을 제외한 선가 지급액OOO을 청구법인을 통하여 OOO으로부터 반환받았어야 하므로 이를 다른 선박의 선가로 전용하였다고 하여 편의를 누렸다고 할 수는 없다. 또한, 쟁점위약금의 지급방식과 관련하여 채권.채무의 상계방식은 상관행상 통상적인 결제방식으로 전혀 이상할 것이 없으며, 이러한 쟁점위약금의 지급방식에 대하여 각종 합의서에도 명시하였다. 청구법인은 초대형 원유운반선(VLCC)의 선가가 지속적으로 하락하는 상황에서 굳이 1차 선박계약을 유지할 경제적 이유가 없었으므로 1차 선박계약을 해지하고 3차 선박계약을 체결함으로써 선가를 1척당 OOO나 낮출 수 있었다. 그리고 OOO이 쟁점위약금을 선가로 받게 된다면 향후 선박건조라는 반대급부를 이행하지 못할 경우 다시 청구법인에게 이를 반환하여야 하므로 위약금이라는 확정적 수익을 포기하는 문제가 있고, 1차 선박계약에 비하여 현저히 낮은 선가로 3차 선박계약을 체결하면서 어떠한 배상도 받지 않는다는 것 또한 상식에 반한다. (바) 쟁점위약금은 선박의 취득원가가 아닌 위약금으로 청구법인이 OOO으로부터 용역을 공급받았다고 볼 수 없으므로 OOO으로부터 관련 세금계산서를 수취하지 않더라도 증빙불비 가산세를 적용할 수 없다. (5) 쟁점용선계약은 적법한 대리인을 통하여 체결되었고, 청구법인이 추인하였으므로 그 효력은 당연히 청구법인에 귀속되어야 하고, 이러한 용선계약의 이행 과정에서 발생한 쟁점손실은 사업관련성과 통상성, 그리고 수익관련성 등「법인세법」상 손금 요건이 인정된다. (가) 쟁점용선계약은 적법하게 대리권을 수여받은 쟁점대리인을 통하여 쟁점대리인의 권한 내에서 청구법인을 위하여 체결되었고, 청구법인이 쟁점용선계약의 용선주체 및 그 세부내용에 대하여 추인까지 하였으므로, 쟁점용선계약의 효력은 당연히 청구법인에 귀속되어야 한다. 쟁점대리인은 쟁점용선계약이 체결된 2007년경을 전후하여 청구법인의 해외 OOO라는 직함으로 활동하였으며, 청구법인과 OOO을 대리하여 각종 계약을 체결할 수 있는 적법한 대리인이었으므로 쟁점대리인에 대한 청구법인의 묵시적인 수권행위가 있었다고 보아야 한다. 쟁점대리인은 쟁점용선계약과 관련하여 외국선사와의 실무협상을 진행하는 과정에서 계약당사자가 청구법인이라는 점을 명확히 표시하였고, 이에 따라 실제로 청구법인을 용선주체로 하는 쟁점용선계약의 계약서 초안을 작성하여 청구법인에 송부하였으므로 쟁점대리인의 권한 내에서 청구법인을 위하여 체결한 쟁점용선계약의 효력은 당연히 청구법인에 귀속되어야 한다. 쟁점대리인은 협상 및 계약체결 과정에서 쟁점용선계약의 계약서 초안 및 체결본을 청구법인에 송부하고 청구법인의 내부품의를 득하는 등 쟁점용선계약과 관련하여 청구법인의 인식 및 추인이 있었다고 보아야 하며, 적어도 2011년경 쟁점용선계약의 용선주체를 OOO으로 변경하려는 청구법인의 제안이 거부되었던 시점부터는 청구법인이 명시적인 추인을 하였다고 보아야 하므로 쟁점용선계약의 효력은 당연히 청구법인에 귀속되어야 한다. (나) 쟁점손실은「법인세법」상의 손금 요건인 사업관련성 및 수익관련성이 인정되고, 쟁점용선계약 체결 이후 OOO의 회생절차개시 및 시장대선료의 급락 등 쟁점용선계약 체결 당시 예상치 못했던 전체 해운시장의 악화에 따라 발생한 손실로서 쟁점용선계약의 용선주체가 OOO이 아닌 청구법인이기 때문에 발생한 것은 아니므로 통상성 등 손금 요건을 충족한다. 청구법인은 경쟁력 있는 장기 지배선대 확보로 안정적인 성장기반을 구축하기 위하여 장기용선계약인 쟁점용선계약을 계획한 것으로, 쟁점용선계약의 용선료는 과거 10년 시장용선료 대비 OOO 수준으로 과거 10년 시장용선료의 OOO를 유지하는 경우에는 향후 10년간 약 OOO, 과거 10년 시장용선료의 OOO를 유지하는 경우에는 향후 10년간 약 OOO의 이익을 올릴 것으로 예상되었다. 즉, 쟁점용선계약 체결 당시에는 쟁점용선계약 자체만으로도 이익이 예상되었다. 쟁점손실은 청구법인이 쟁점용선계약을 통하여 외국선사로부터 선박들을 용선하고 이에 따라 용선한 선박들을 해운시장에서 시장대선료로 대선하는 과정에서 발생하였으므로 사업관련성은 인정되고, 비록 당초 계획하였던 수익에는 미치지 아니하지만 수익관련성도 부인될 수 없다. 또한 쟁점손실은 쟁점용선계약 체결 이후 쟁점대선계약의 용선주체인 OOO의 회생절차개시 및 시장대선료의 급락 등 계약 체결 당시 예상치 못했던 전체 해운시장의 악화에 따라 발생한 것으로 청구법인과 같은 해운업, 선박의 대여 및 용선 사업을 영위하는 다른 법인들(OOO 등)도 2008년 세계 금융위기 이후 해운시장의 악화로 대규모의 손실을 기록하였다. 나. 처분청 의견 (1) OOO 본점은 국내에 실질적 관리장소 또는 적어도 고정사업장을 두고 있는바, 이 사건 양도계약은 국제거래로 볼 수 없어「법인세법」상 부당행위계산부인 규정의 적용대상이고, 쟁점영업권의 양도가액은 그 평가금액을 인위적으로 수정하는 등 적정 교환가치를 반영한 것으로 볼 수 없으므로 시가로 볼 수 없는바, OOO의 감정가액을 시가로 보아「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용한 이 건 부과처분은 적법하다. (가) OOO는 국내에 실질적 관리장소 또는 적어도 고정사업장을 두고 있는바, 쟁점ⓛ거래는 국제거래로 볼 수 없다. 1) OOO는 OOO에서 ① 이사회 등의 회의를 통상 개최하고, ② 최고경영자 및 다른 중요 임원들 또한 국내에 거주하면서 통상 업무를 수행함으로써, ③ 고위 관리자의 일상적 관리가 모두 국내에서 수행되었으며, ④ 사업 전반에 관한 회계서류도 일상적으로 기록·보관하였는바, 국내에 실질적 관리장소를 두고 있다. 2) 청구법인은 스스로 OOO OOO을 OOO법인의 국내 고정사업장으로 보아 매 사업연도마다 국내에 관련 법인세를 신고·납부하였다. 3) 영업권 양도계약의 당사자는 OOO OOO이다. 영업권이란 그 기업의 사업상 가치로 인하여 동종의 사업을 영위하는 다른 기업이 올리는 수익보다 큰 수익을 올릴 수 있는 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치를 의미하는 것인바, ① OOO사업에 관한 인적자원, 기존 거래관계 및 일체의 영업상의 비결 등의 사업상 가치를 이용하여 선박유를 판매하고 수익을 올리는 것은 OOO OOO인 점, ② 이와 달리 OOO 법인은 단순 구매대행 활동만 수행할 뿐만 아니라 이러한 영업권을 사용·소비할 인적 조직과 물적 시설 자체가 갖춰져 있지 않은 점, ③ 투자, 기획, 회계 및 재무에 관한 사항을 결정하는 이사회가 국내 지점에서 개최되고 있는 점 등을 종합할 때, 청구법인과 OOO OOO이 이 건 양도계약의 실질적인 당사자라고 할 것이다. (나) 쟁점금액은 쟁점영업권의 적정 교환가치를 반영한 것으로 볼 수 없다. 1) 청구법인은 조세회피를 목적으로 OOO의 분사 및 쟁점영업권의 양도 그리고 OOO 지분의 양도 등을 순차적으로 계획함으로써 조세를 포탈하였다. 청구법인은 2010년 2월경 대규모 선박투자를 위하여 2010년부터 2012년까지 총 OOO 규모의 투자재원이 필요할 것으로 예상되자 청구법인의 OOO 사업부를 분리.양도할 자회사를 설립한 다음, 그 자회사에 영업권 등을 양도하고, 최종적으로 자회사의 지분 일부를 매각하여 그 자금을 조달하는 내용의 OOO사업부 분사계획을 실행하기로 결정하였다. 동 분사계획은 당초 “OOO”라는 이름으로 검토되었는데, 2010년 2월 분석 당시에도 이미 OOO사업부의 가치는 OOO로 평가되었고, 이러한 자체 평가금액은 이후 외부 감정평가기관인 OOO의 쟁점영업권 평가가액인 OOO원과도 유사하다. 청구법인은 2011년 11월경 위 분사계획과 관련한 세무문제 검토를 법무법인에 의뢰하였는데, 동 검토기관은 쟁점영업권의 양도가 국내거래로 판단되어「법인세법」상 부당행위계산부인 규정에 따른 과세가 이루어질 수 있다고 회신하였다. 즉, 청구법인은 쟁점영업권이 실제 양도되기 이전부터 당해 거래가 국내거래로 간주되어 부당행위계산부인 규정에 따른 과세가 이루어 질 수 있다는 사실을 분명히 인지하고 이에 대한 조세를 회피하기 위하여 장기적인 조세회피 계획을 세워 이를 실행한 것이다. 이와 관련하여 청구법인은 누적된 세무상 이월결손금으로 인하여 쟁점영업권의 양도가액을 세법상 시가보다 낮은 가액으로 조정할 유인이 없다고 주장하나, 청구법인은 쟁점영업권의 양도가액을 인위적으로 낮춤으로써 응당 공제되어야 할 결손금을 최소화할 수 있는 것인바, 결손금이 존재한다는 사실만으로 곧바로 조세회피목적이 없다고 볼 수는 없다. 이후 청구법인은 OOO에 OOO 자회사인 OOO를 설립하고, 당초 계획대로 OOO에게 OOO 사업에 관한 영업권을 양도하기 위하여 감정평가를 진행하였다. 그런데 청구법인의 회계팀은 영업권 평가 과정에서 영업권 가액을 인위적으로 조정하여 순차 양도하는 방법으로 세금을 포탈할 목적으로 OOO 사업부의 영업권 평가금액을 세법상 시가보다 현저하게 낮은 가액으로 평가하여 양도하기로 예정하였으며, 이를 다시 제3자에게 당초 양도가액보다 높은 가액으로 양도하기로 결정하였다. 이에 대하여 청구법인은 OOO 분사과정에서 자체적으로 상증법상 보충적 평가방법에 따라 쟁점영업권의 양도가액을 추정한 바가 있는데, 위 문구의 진정한 의미는 평가가액을 사전에 정해 놓았다는 의미의 예정이 아니라 쟁점영업권의 실제 양도가액이 위와 같은 자체 평가가액의 상한보다는 낮게 평가될 것임을 예상한 것에 불과하다고 주장한다. 그러나 이러한 청구법인의 주장은 위 내부보고 시점과 실제 외부평가기관의 영업권 평가시점에 비추어 보면, 그 자체로 모순이다. 즉, 청구법인의 회계팀이 위와 같은 보고를 한 것은 2012.4.24.이고, OOO이 청구법인으로부터 쟁점영업권 평가에 필요한 자료를 최초로 받은 것은 2012.6.27.인바, 어떻게 자신이 자료를 제공하기도 전에 감정평가법인의 감정결과가 자체 평가가액보다 낮게 평가될 것임을 예상할 수 있었는지 의문이다. 더욱이 외부 감정평가기관은 청구법인이 자체 평가시 적용한 상증법상 보충적 평가방법이 아니라 현금흐름할인법(DCF : Discounted Cash Flow)을 적용하였는바, 어떻게 외부 평가기관의 평가가액이 나오기도 전에 그 금액이 상증법상 보충적 평가금액의 상한보다 낮게 평가될 수 있다고 예상할 수 있었는지 이해하기 어렵다. 한편, 청구법인은 OOO의 설립 및 쟁점영업권의 양도가 완료되자 당초 계획대로 자금을 조달하기 위해 OOO 지분의 매각을 검토하였는데 그 과정에서 스스로 OOO 전체 기업가치를 OOO원으로 본다면 영업권 가치는 OOO원이라고 산정하였다. 청구법인은 이러한 평가 결과를 바탕으로 국세청의 세무조사 시기를 2015년으로 예상한 다음, (1) 설립 후 2∼3년이 경과한 시점에 매각하는 경우에는 주식매각 이익에 대하여 과세가능성이 높고(Scenario 1), ② 충분한 시간이 경과되지 않은 시점에서의 매각은 영업권 저가양도에 대한 과세 가능성이 높으며(Scenario 2-1), ③ 최악의 경우 영업권 저가양도 및 주식처분 이익에 대한 과세도 가능성도 있다고 분석하였다. 이후 청구법인은 실제 계획대로 쟁점영업권 가액이 인위적으로 조작된 사실을 과세관청이 파악할 수 없도록 하기 위하여 지분 양도시기를 늦추어 OOO 지분을 2∼3년 후 매각하는 OOO를 선택하여 주식을 양도하였다. 이렇듯 청구법인은 조세를 포탈할 목적으로 ① 쟁점영업권을 외부감정기관에 의뢰하여 세법상 시가보다 낮은 금액으로 결정하여 양도하고, 이를 제3자에게 당초 양도한 가액보다 높은 가격으로 매각하고자 사전에 계획한 다음, ② OOO 본점을 OOO로 정하고, ③ OOO에 제시한 자료보다 낮은 가액으로 OOO사업부의 추정 매출액 및 영업이익률 자료를 제시하였으며, ④ 영업권을 현금흐름할인법으로 평가하면서 감정평가법인 직원과 평가금액을 인위적으로 조작하고, ⑤ 영업권 저가양도에 대한 과세관청의 추적을 곤란하게 하기 위하여 OOO 발행주식의 양도시기를 지연하여 2014년 6월경 매각하는 등 2010년 2월경부터 장기간에 걸쳐 재무본부 및 전략기획본부 등이 역할을 분담하여 조직적이고 치밀한 방식으로 이를 실행하여 이와 관련된 법인세 및 부가가치세를 탈루하였는바, 조세회피 의도 및 조세포탈 사실이 인정된다. 2) 청구법인은 인위적으로 수정된 평가 기초자료를 제공하였다. 청구법인은 2012.7.31. OOO으로부터 쟁점영업권의 가치가 OOO에 이른다는 회신을 받자 당초 계획대로 세법상 시가보다 낮은 가액의 감정평가 결과를 얻기 위하여 2012년 8월경 다시 OOO에게 쟁점영업권의 평가를 재의뢰하였는데 이 과정에서 청구법인은 당초 OOO에게 제공된 수치보다 매출액, 영업이익 및 현금흐름의 모든 항목에서 아무런 이유 없이 낮게 수정된 쟁점ⓛ추정재무제표를 제공하였다. 이와 관련하여 청구법인은 OOO에게 제공한 쟁점②추정재무제표는 당초 예산 수립시에는 고려하지 않았던 OOO사업부의 사업개발 및 확대를 가정하여 매출액 및 영업이익을 증대시킨 것이라고 주장하나, 청구법인이 DCF법과 같은 수익가치 평가방법을 사용하여 쟁점영업권을 평가한 이상 OOO사업부의 향후 수익창출 능력은 당연히 고려되어야 하는 것이다. 즉, 수익가치 평가방법은 기업의 현재 재무 상황 보다는 기업이 보유한 유무형의 자산을 가지고 향후에 얼마만큼의 수익 또는 현금흐름을 실현시킬 수 있는가라는 관점에서 미래의 수익창출능력을 기업가치로 평가하는 방법인바, 청구법인이 OOO에게 제공한 추정재무제표가 “OOO”된 것이 아니라 OOO에게 제공한 추정재무제표가 오히려 “OOO”되었다고 봄이 타당하다. 또한 청구법인은 OOO가 분사 이후 자체적인 사업개발 및 확대를 통하여 스스로 창출한 초과수익력의 가치까지 반영되어서는 안된다고 주장하나, 위에서 본 바와 같이 미래의 수익창출 능력을 기업가치로 평가하는 수익가치 평가방법에 반할 뿐만 아니라 영업권의 초과이익 개념 즉, 동일 또는 유사한 산업에 있어서 장래 기대되는 이익이 정상이익을 초과하는 이익으로 보는 것과도 부합하지 않는다. 3) 청구법인은 감정기관과 공모하여 처음부터 영업권 평가 목표금액을 임의로 설정하였다. OOO의 1차 예상 감정가액이 OOO원으로 산출되자, 청구법인과 OOO은 임의로 목표금액을 OOO원으로 정하였으며, 이를 확인 내지 강요하기 위하여 청구법인은 OOO에게 스스로 평가한 “사측예측(FCFF)” 금액을 제공하였다. 이에 대하여 청구법인은 다른 일자의 이메일 자료에는 목표금액이 기재되어 있지 않았다고 주장하나, 청구법인은 정작 처분청이 문제삼는 2012.7.16.자 메일에 첨부된 엑셀파일상 목표금액이 기재된 경위와 그 의미에 대하여는 어떠한 설명도 하지 못하고 있다. 만약, 목표금액이 청구법인이 의도적으로 예정한 평가금액을 의미하는 것이 아니라면 당해 금액이 의미하는 바가 무엇인지, 그리고 이러한 OOO원은 어떠한 경위 및 평가방법을 통해 산정된 것인지 밝히면 그만일 것이다. 4) 청구법인은 영업권 평가 과정에서 평가금액을 인위적으로 수정하였다. 청구법인과 OOO 간의 이메일 내용을 보면, 목표금액 OOO원에 맞추기 위하여 합리적 이유 없이 할인율, 판매관리비 또는 예상 매출이익 등을 계속적으로 수정하는 방법 등을 통하여 평가금액을 인위적으로 조작·수정한 점이 나타난다. 이를 통해 청구법인과 OOO은 최종 영업권 평가금액을 목표금액에 근접한 약 OOO원으로 최종 확정하였는바, 최초 OOO의 평가기준일(2013.1.1.)과 OOO의 평가기준일(2012.9.30.)이 불과 3개월밖에 차이가 나지 않음에도 불구하고, 그 가치평가 결과에는 현저한 차이OOO가 발생하게 되었다. 이와 관련하여 청구법인은 검찰도 청구법인이 인위적인 조작을 하였다는 조사청의 주장을 배척하였다고 주장하나, 쟁점영업권의 저가양도에 관한 법인세 포탈에 대해 불기소 처분된 것은 공소사실에 대한 엄격한 증명을 요하는 형사소송의 일반원칙이 적용된 결과일 뿐이지 검찰의 불기소 결정서에 청구법인이 주장하는 위 내용은 전혀 찾아 볼 수 없다. 5) 쟁점금액은 쟁점영업권 양도 후 순차로 이루어진 OOO 지분 양도시 영업권 가액과 현저한 차이가 있다. 청구법인은 쟁점영업권 양도일(2012.10.1.)로부터 약 2년 뒤인 2014.6.10. OOO 유한회사에게 OOO 지분 OOO를 OOO에 양도하였는바, 이러한 높은 지분 매각가격에 비추어 보아도 쟁점영업권의 가치는 그 양도일을 기준으로 할 때 적어도 OOO의 평가액을 넉넉히 초과할 것으로 예상할 수 있다. 실제로 청구법인은 OOO 지분 양도를 검토하는 과정에서 OOO 전체 기업가치를 OOO원으로 본다면 영업권가치는 OOO원으로 산정 된다고 내부적으로 검토한 바 있다. 6) 이 사건 부과처분은「법인세법」에 따른 감정가액에 근거한 것으로서 적법하다. 가) 청구법인은 OOO사업부 영업권 매각과 관련한 검찰의 불기소 결정(그 중에서도 특히 OOO의 감정가격 외에는 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다고 한 부분)을 근거로 이 사건 부과처분이 위법하다고 주장하나, 검찰의 불기소결정은 수사기관이 당해 수사를 종결하는 처분에 불과할 뿐 최종적인 사법적 판단에 해당하지 않으므로 이 건 부과처분의 적법성과는 직접 관련이 없다. 특히, 검찰은 쟁점영업권 양도와 관련하여 그 불기소이유를 기재하면서, OOO의 감정결과를 근거로 과세관청이 청구법인에 2012년도 법인세를 부과하는 것은 별론이라고 하여, 당해 불기소 결정이 과세권의 존부와는 무관함을 명시하였는바, 과세요건 충족시 법인세 부과처분은 얼마든지 가능하다. 나) 또한 청구법인은 OOO 감정가액이 실제보다 미래를 밝게 전망한 쟁점②추정재무제표에 기초한 것으로서, 부과처분의 근거가 될 수 없다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 DCF법과 같은 수익가치 평가방법을 사용하여 쟁점영업권을 평가하는 이상, OOO사업부의 향후 수익창출 능력은 당연히 고려되어야 하는 것이므로 OOO에 제공된 추정재무제표는 이를 반영한 지극히 정상적인 재무제표라 할 것이다. 다) 실제로 청구법인은 2014.6.10. OOO 유한회사에게 OOO 지분 OOO를 OOO에 양도하였는바, 청구법인의 자체 내부검토에 의하면 이 중 약 OOO 정도인 OOO이 영업권 가액에 해당하므로, 쟁점영업권의 진정한 객관적 교환가치를 반영하는 것은 OOO 평가액이 아니라 OOO의 감정가액이라 할 것이다. 이에 대하여 청구법인은 2014년 6월 지분 양도거래가 양수인에게 상장을 조건으로 일정이익을 보장하므로 사실상 차입거래에 해당한다고 주장하나, 계약서 명칭 자체가 주식양수도계약일 뿐만 아니라, 그 내용을 보더라도 매수인은 대상주식을 거래종결시 매도인으로부터 매수하여야 하고, 매도인은 이를 아무런 담보권 등이 없는 상태로 매수인에게 매도하여야 한다고 규정하고 있어 차입거래로 보기 어렵다. 또한, 2017.12.31.까지 OOO의 발행주식이 상장되도록 규정하고 있으나, OOO는 2017년 말까지 상장된 바 없고, 그럼에도 청구법인은 양수인에게 보장된 이익을 지급하지도 않았다. 라) 한편, 청구법인은 OOO 감정가액은 소급감정으로서 위법하다고 주장하나, 대법원은 소급감정가액이라 하더라도 당시의 시가를 적정하게 반영하고 있으면 이를 시가로 인정하고 있으며(대법원 2001.8.21. 선고 2000두5098 판결), 조세심판원 또한 합동회의 의결을 거쳐 시가가 불분명한 경우 공신력 있는 감정기관의 감정가액을 시가로 볼 수 있고, 이 경우 소급감정한 가액이라 하여도 달라지지 아니한다고 결정한 바 있다(국심 93부1731, 1993.12.30.). 그런데 본건에서 처분청은 청구법인의 직원이 보관하고 있던 회계자료를 그대로 OOO에 제출한 것일 뿐만 아니라, 위와 같이 그 감정가액 또한 2010년 2월 청구법인의 자체 평가금액 및 2014년 6월 지분양도시 영업권 가액OOO과 유사한 합리적 가액이다. (2) 쟁점영업권 및 쟁점재고자산을 실제로 공급받는 거래행위를 한 자는「법인세법」및「부가가치세법」상 모두 OOO OOO인바, 이 사건 양도계약은 모두 국내거래에 해당하므로 이 건 부과처분은 적법하다. (가) 쟁점영업권의 양도계약에서 실제로 재화를 공급받는 거래행위를 한 자는 OOO OOO이며, 따라서 쟁점영업권이 외국으로 수출되었다고 볼 수 없다. 대법원은「부가가치세법」상 재화의 공급을 받는 자란 당해 재화에 관한 명목상 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라, 실제로 재화를 공급받는 거래행위를 한 자로 보아야 한다고 판시하였다(대법원 2003.1.10. 선고 2002도4520 판결). 쟁점영업권의 양도계약에서 실제로 재화의 공급을 받는 거래행위를 한 자는 OOO OOO이다. 즉, 쟁점영업권 양도계약의 주체는 OOO OOO인바, 그렇다면「부가가치세법」상 영업권을 공급받는 거래행위를 한 자 또한 동일하므로 쟁점영업권이 외국으로 반출되었다고 볼 여지가 없다. 특히, ① OOO 본점 설립 후에도 OOO사업 인력은 단지 형식상 소속만 바뀐 채 그대로 국내 사업장에서 근무하였고, ② OOO 본점에게는 쟁점영업권을 사용·소비할 권한 및 조직 자체가 없으며, ③ 실제로 영업권 즉 초과수익력이라는 무형의 재산적 가치를 이용하여 수익을 올린 사업장은 OOO OOO인바, 쟁점영업권이 외국으로 반출되었다고 보기는 어렵다. 한편, 쟁점재고자산의 양도계약은 쟁점영업권 양도계약과 동일한 기회에 동일한 당사자에 의하여 이루어진 것인바, 쟁점재고자산에 관하여도 쟁점영업권과 달리 볼 여지가 없다. (나) 쟁점재고자산은 수출신고가 수리된 적이 없어 외국물품으로 볼 수 없으므로 쟁점재고자산 양도계약을 외국인도수출로 볼 여지가 없다. 쟁점재고자산에 관하여 수출대금은 국내에서 영수하지만 국내에서 통관되지 아니한 물품을 외국에서 외국으로 인도한 사실(「부가가치세법」집행기준 11-24-1)이 입증되면, 영세율 적용대상으로 볼 수 있다. 그러나 쟁점재고자산은 모두 내국법인인 청구법인이 국내 정유사로부터 구매하여 역시 청구법인 소유의 선박에 적재한 채로 OOO에게 양도한 것인바, 외국인도수출 즉, 수출물품이 외국에서 외국으로 인도된 것으로 볼 여지가 없다. 이에 대하여 청구법인은 쟁점재고자산은 청구법인의 외국항행선박에 적재 중이던 외국물품으로서, 국내에 수입되지 않고 곧바로 외국사업자인 OOO 본점에게 인도되었으므로 외국인도수출에 해당한다고 주장하나, 본건에서 국내 정유사들은 내국법인인 청구법인에게 쟁점재고자산을 공급하였을 뿐, 쟁점재고자산에 관하여 수출신고를 한 사실이 없고 당연히 수출신고가 수리된 사실도 없다. (3) 쟁점유류의 공급거래는 외국항행선박에 공급하는 재화에 해당하여 영세율이 적용되며, 이때 공급받는 자가 내국법인인 국내 수산사이므로 당연히 영세율 세금계산서 발급대상에 해당한다. (가) 쟁점유류의 공급거래는 국내거래에 해당한다. 청구법인은 쟁점유류는 그 거래 당시 이미 국내 정유사에 의하여 수출신고가 수리된 외국물품이었다고 주장하나, 구체적인 수출신고필증은 현재까지 제출된 바 없다. 이에 대하여 청구법인은 쟁점유류의 수출신고가 수리되었다고 주장하며 수출신고필증을 제출하였으나, 이는 2015.10.8. OOO가 외국법인인 OOO OOO법인OOO에게 수출한 거래에 관한 것일 뿐이다. 이는 이 사건 공급거래 즉, ⓛ 2011년 제2기 내지 2012년 제2기 과세기간 동안, ② 국내 수산사에 대하여 쟁점유류를 공급한 거래와는 시기 및 거래 주체 면에서 아무런 관련이 없다. 이 건에서 국내 정유사는 구매확인서에 의하여 영세율을 적용받은 것으로 확인되는바, 구매확인서에 의하여 공급하는 재화는 본질적으로 국내거래이므로(대법원 2011.5.26. 선고 2011두2774 판결), 이 건 공급거래 당시 쟁점유류의 수출신고가 이미 수리되어 외국물품에 해당한다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다. (나) 쟁점유류의 공급거래는 외국항행선박 등에 공급하는 재화로서 영세율이 적용되며, 이 때 공급받는 자가 내국법인이면 당연히 영세율 세금계산서 발급대상에 해당한다. 쟁점유류를 공급받은 국내 수산사의 선박은 외국항행사업자가 운행하는 선박 또는 원양어선에 해당하며, 청구법인은 이러한 외국항행선박 등에 실제로 쟁점유류를 공급하였는바, 「부가가치세법 시행령」 제26조 제1항 제3호의 외국항행선박 등에 공급하는 재화에 해당하여 영세율이 적용된다. 나아가 「부가가치세법 시행령」제57조 제1항 제4호는 외국항행선박 등에 공급하는 재화의 경우, 공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 외국법인인 경우 등에 한하여 세금계산서 발급의무를 면제하고 있는바, 국내 수산사에 대한 이 건 공급거래의 경우 면제대상에 해당하지 않는다. 청구법인은 영세율이 적용되는 위 외국항행선박 등에 공급하는 재화에 관한 규정은, 오직 원양어선이 국내항구에 정박한 상태에서 공급받는 유류에 대해서만 적용되는 것으로 한정 해석하여야 한다고 주장한다. 그러나 조세법률의 해석은 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것인바(대법원 2007.10.26. 선고 2007두9884 판결 등), 위 시행령 문언 어디에도 당해 선박이 국내항구에 정박한 상태일 것을 요하고 있지 않다. 따라서, 외국항행선박 등이 국내 항구에 정박한 상태일 경우에 한하여 영세율이 적용된다고 볼 수 없다. (다) 청구법인의 주장하는 유사사례는 이 사건과 사실관계를 달리한다. 청구법인은 처분청이 과거 유사사례(청구법인이 OOO에게 선박연료유를 공급한 사안)에서, 당해 거래를「부가가치세법」상 세금계산서 발급대상이 아니라「법인세법」상 계산서 발급대상으로 판단한 적이 있다고 주장한다. 그러나 청구법인이 주장하는 유사사례는 이 사건 공급거래와 달리 청구법인이 국외에서 구매한 선박연료유를 국내 수산사인 OOO의 원양어선에 공급한 것으로서, 그 재화의 공급이 개시되는 장소가 국외인 사안이다. 이는 국내 선박연료유 매입분에 한정된 이 건 공급거래와는 그 사실관계를 달리하므로 과세당국이 과거 이 건 공급거래와 유사한 거래를 부가가치세 비과세 대상으로 보았다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다. (4) 1차 선박계약은 대외적으로 청구법인의 명의로만 진행되었고, 청구법인의 귀책사유가 없었으며, 당사자들의 합의에 의하여 변경되었을 뿐이므로 청구법인이 OOO에게 지급할 위약금은 없고, 조세포탈을 위하여 이중계약서 및 각종 합의서를 사후적으로 작성하여 2차 선박계약의 선가 일부를 위약금 명목으로 지급하였으므로 쟁점위약금은 선박의 취득원가로 보아야 한다. (가) 귀책사유로 해지된 것은 OOO과 청구법인 사이의 합작계약이지 청구법인과 OOO 사이의 선박건조계약이 아니다. 1) OOO이 자신의 사정에 의해 합작계약의 해지를 요청함에 따라 OOO이 청구법인에게 위약금 지급의무를 부담한다는 점에 대하여는 청구법인과 처분청 모두 다툼이 없다. 따라서, 청구법인은 OOO으로부터 이러한 합작계약 해지에 따른 위약금을 지급받아 장부에 잡이익으로 계상하여야 함에도 불구하고 그 회계처리를 고의로 누락하였다. 나아가 청구법인은 애당초 OOO에게 지급할 1차 선박계약 해지에 따른 위약금이 없음에도 불구하고, 이러한 위약금이 존재함을 전제로 OOO으로 하여금 청구법인을 대신하여 OOO에게 이를 대납하도록 하였으며, 이러한 위약금으로의 가장을 통해 선박취득가액을 낮추어 결과적으로 법인세 부담을 감소시켰다. 2) 이 건 2차 및 3차 선박계약의 내용은 이 사건에서 문제되는 부분 즉 선가를 할인하고 할인부분을 OOO의 위약금으로 보전하는 내용을 제외하고는 동일하다. 3) 거래 상대방인 OOO의 수정세금계산서 발급형태, 계약 형식, 원가 대체 모습 등에 비추어 보더라도 1차 선박계약은 해지된 것이 아니라 그 계약 내용만이 일부 변경 또는 보충된 것에 불과하다. 4) 청구법인은 2011.7.22.자 2차 선박계약OOO 체결 이후, 다시 2011.9.5.자 3차 선박계약OOO을 체결하였으나, 차액인 OOO 만큼을 위약금OOO으로 대신 지급받아 사실상 청구법인이 선박의 취득대가로 부담하는 금액 크기에는 전혀 변동이 없다. 결국 2011.9.5.자 3차 선박계약 및 같은 날 이루어진 일련의 합의 내용은 오직 세금문제 등을 회피하기 위한 형식적인 이중계약에 불과하다. (나) 쟁점금액은 선박의 취득과 관련된 비용으로서 선박 취득가액에 해당하는바, 이를 위약금으로 볼 수는 없다. 1) 청구법인은 쟁점금액은 1차 선박계약이 청구법인의 귀책사유로 해지됨에 따라 청구법인이 OOO에게 지급하여야 할 위약금을 합작계약 해지에 따라 청구법인에게 위약금 지급의무를 부담하는 OOO이 대신 지급한 것이라고 주장한다. 그러나, ① 1차 선박계약은 해지된 것이 아니라, 선박가액 및 선박척수 등의 계약의 내용이 변경 또는 보충된 것에 불과하며, 나아가 ② 청구법인의 주장에 따르더라도 1차 선박계약은 3자 간의 합의에 따라 무효로 한 것인바, 계약 문언과 같이 매수인의 귀책으로 계약이 해지된 것이 아니므로 애당초 청구법인이 OOO에 대하여 위약금 지급 의무가 없다. 2) 한편, 청구법인은 2차 선박계약을 잠정 선박건조계약(2011.7.22.)이라고 지칭하면서, 당해 2차 선박계약은 소급적으로 그 효력이 상실되었으므로 3차 선박계약의 문언에 따라 쟁점금액을 위약금으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나, 2차 선박계약의 계약서 표제에는 1차, 3차 선박계약과 마찬가지로 “OOO”라고 기재되어 있을 뿐이고, 청구법인의 주장과 달리, 잠정 선박건조계약 이라는 표현은 어디에도 찾아볼 수 없으며, 당해 2차 계약은 청구법인 주장에 따르더라도 3차 선박계약 체결 전까지 청구법인과 OOO 사이에 유효한 계약이므로 그 문언에 따라 쟁점금액을 선박 취득가액으로 보아야 한다. 3) 청구법인은 검찰의 불기소 결정서 등을 근거로 청구법인과 OOO 등이 선택한 법률관계에 따라 쟁점위약금의 형식을 그대로 인정하여야 한다고 주장한다. 그러나, 조세법에서 실질과세의 원칙은 조세회피행위를 규제하여 과세의 형평을 실현하는 것을 목적으로 하는 점, 그리고 본건에서 쟁점위약금을 그 실질에 따라 선박대금으로 해석한다고 하더라도 과세소득계산을 위한 범위 내에서 사법상 법률행위의 내용과 달리 조세법적 인식을 할 뿐이고 당사자들이 선택한 사법상 법률행위의 효과 그 자체를 부인하거나 새로운 법률행위를 창설하는 것은 아닌 점 등에 비추어 보면, 거래의 내용이나 그에 따른 소득의 귀속이 실질적인 면에서 동일하다면 납세의무의 부담 여부도 납세자가 임의로 선택한 그 형식이나 외관과 별개로 동일하게 해석함이 과세 형평에도 부합한다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결). 4) 결국, 쟁점위약금은 거래의 형식 또는 외관만 위약금의 형식을 취하였을 뿐이고 그 실질은 선박 취득가액 또는 재화·용역의 공급에 대한 대가에 해당한다. 판례 또한 “계약전력 초과사용량에 대하여 위약금을 받도록 규정하여 그 명목상으로 위 위약금은 전기공급에 대한 대가가 아니라 계약위반에 대한 손해배상금의 형태를 띄고 있으나, ① 초과 위약금은 개정전 약관에서 추가요금으로 규정되어 있던 것을 그 명칭만 변경한 것에 불과한 점, ⑤ 계약전력을 초과하여 사용함으로써 전기공급설비에 손상을 가한 고객에 대하여는 별도의 손해배상청구가 가능한 것으로 보이는 점 등을 종합적으로 살펴보면, 개정 약관 제44조 제2항 본문에 의하여 계약전력 초과사용량에 대하여 부과하는 초과 위약금은 그 명칭에 불구하고, 실질은 원고의 전기공급과 대가관계에 있는 금원으로 봄이 타당하다.”고 판시한 바 있다(대법원 2008.7.24. 선고 2008두6929 판결). (다) 가사 쟁점 금액을 위약금으로 본다 하더라도 당해 비용이 선박 취득가액에 포함되어야 함에는 변함이 없다. 대법원은 “양도인이 주택조합과 사이에 체결한 매매계약을 이행하기 위하여 그러한 위약금 지급이 불가피하였었다면, 그러한 비용은 「소득세법 시행령」제94조 제1항 소정의 취득가액에 포함되는 비용으로 보아야 한다.”고 판시한바 있다(대법원 1996.11.8. 선고 95누1651 판결). 그런데 본건에서 선박계약의 이행을 위해서는 쟁점위약금 상당액의 지급이 불가피하였는바, 가사 위 금액을 위약금으로 본다 하더라도 이는 선박의 취득가액에 포함된다고 할 것이다. 이에 대하여 청구법인은 최초 1차 선박계약과 3차 선박계약은 계약당사자, 대상선박의 척수 및 선가 등이 상이한 별개의 계약으로서 최초 1차 선박계약의 해지에 대한 위약금의 지급과 3차 선박계약의 체결 및 이행은 무관하므로 3차 선박계약의 이행을 위하여 쟁점위약금의 지급이 불가피한 것으로 볼 수 없다고 주장한다. 그러나, 3차 선박계약은 2차 선박계약에 따른 세금 문제를 회피하기 위하여 형식적으로 체결된 것에 불과할 뿐만 아니라, 그 내용을 보더라도 1차 선박계약을 변경 또는 보충한 것에 불과할 뿐이므로 1차 선박계약과 별개의 계약으로 볼 수 없다. 가사 이를 형식적으로 별개의 것으로 본다 하더라도 청구법인은 OOO 등과 사이에 “위약금 지급을 조건으로” 비로소 1, 2차 선박계약 등을 변경하고 3차 선박계약을 체결할 수 있었는바, 쟁점위약금의 지급이 3차 선박계약과 무관하다는 청구법인의 주장은 납득하기 어렵다. 무엇보다 만약 청구법인이 OOO에게 쟁점위약금을 지급하는데 합의하지 않았다면, 과연 OOO이 국제금융 위기 하에서 단순히 1차 선박계약과 형식상 별개라는 이유만으로 3차 선박계약에 따라 선박을 건조하여 인도하였을 것인지 생각해 본다면, 쟁점위약금의 지급이 3차 선박계약과 무관하다는 청구법인의 주장이 그저 형식 논리에 불과함을 쉽게 추측할 수 있다. (5) 쟁점용선계약에 따른 손실은 사업주체인 OOO이 부담했어야 할 것으로 청구법인은 이를 보전 받기 위한 아무런 법적조치도 취하지 않았는바, 쟁점손실은 업무무관 비용에 해당한다. (가) 사법상 쟁점용선계약의 효력이 청구법인에게 귀속되는지 여부는 세법상 쟁점손실이 원고의 손금이 되는지 여부와는 논리적으로 무관하다. 사법상 적법하더라도 그것이 세법상 떠안아준 남의 손실에 해당한다면 어차피 이는 업무와 관련 없는 비용으로 청구법인의 손실이 될 수 없다. 사법상 이 사건 용선계약의 효력이 청구법인에게 귀속되는지 여부는 세법상 쟁점손실이 원고의 손금이 되는지 여부와는 논리적으로 무관하다. 다만, ① 쟁점대리인은 2006.11.17.부터 2008.5.18.까지 OOO의 이사로 재직한 자로서, OOO의 계약을 체결할 권한이 있는 대리인일 뿐, 청구법인과는 아무런 관련이 없다. ② 청구법인도 스스로 인정하는 바와 같이, 쟁점용선계약 체결 과정에서 쟁점대리인은 청구법인을 용선주체로 하는 쟁점용선계약의 초안을 청구법인에게 송부하였으나, 청구법인은 용선주체가 청구법인인 것을 제대로 인지하지 못한 채 이를 그대로 승인하여 쟁점용선계약이 체결되었다. (나) 청구법인의 주장에 따르더라도 손실의 원인이 된 쟁점용선계약은 당초부터 OOO의 사업에 해당한다. 쟁점용선계약은 ① 먼저 OOO이 2007.6.18 OOO과 체결한 쟁점대선계약과 관련하여, ② 쟁점선박의 확보를 위해 OOO에 필요했던 계약으로서, 실질적인 의사결정이 계약의 주체인 OOO에서 이루어진 것이며, 청구법인의 업무와는 직접 관련이 없는 계약이다. 즉, OOO이 대선차익(대선료-용선료)을 노리고 체결한 계약으로 당초부터 청구법인의 사업과는 관계가 없는 OOO의 계약인 것이다. 실제로 쟁점용선계약 당시 청구법인의 내부품의서에 따르면, “OOO이 쟁점선박을 용선하였고, OOO이 동 선박을 OOO에 장기 대선한다”는 내용이 기안되어 있었다. 연혁적으로도 청구법인은 이미 1997년부터 OOO으로 하여금 쟁점선박과 같은 케이프(Cape) 사이즈 선박을 운영하도록 하였으며, 케이프선박 영업조직 또한 OOO으로 완전히 이전하였는바, 청구법인 내에서는 이러한 대형 선박을 관리할 만한 별도의 인적·물적 시설도 존재하지 않았다. 한편, 반대 측면에서 청구법인에게 같은 손실을 입힌 OOO과의 대선계약 역시 청구법인의 사업과는 전혀 무관하며, 오로지 쟁점용선계약을 이행하기 위하여 불가피하게 체결한 것에 불과하다. 즉, 당시 대선료 시가 정도를 OOO에서 보전하도록 하는 경제적 내용의 계약일 뿐인 것이다. (다) 쟁점손실은 사법상으로도 OOO에 대하여 청구하였어야 하는 손해로서, 이를 시도조차 하지 아니하고 그대로 전액 청구법인의 손금(세금)으로 처리하는 것은 위법·부당하다. 청구법인의 주장과 같이 사실관계를 그대로 인정한다 할지라도 이는 청구법인의 OOO에 대한 손해배상채권으로 전화되어 청구법인의 자산으로 붙들려 있어야 하지, 이를 시도조차 하지 아니하고 손실보전을 받겠다는 것은 세법 법리는 물론 사리에도 부합하지 않는다. 즉, 청구법인의 주장에 따르더라도 쟁점손실 및 그 이상에 해당하는 금액이 OOO에 대한 손해배상채권으로 인식되어야 하고, 그 채권이 대손요건에 해당하는 경우에만 손금으로 인정될 수 있는 것이다. 만약, 청구법인의 주장과 같이 쟁점손실이 청구법인의 업무와 관련이 있다면, 청구법인으로서는 응당 그 손실을 보전받기 위하여 OOO 등을 상대로 손해배상 등을 구하였어야 할 것이나, 청구법인은 쟁점용선계약으로 인하여 외국선사에게 당시 시장가격 보다 비싼 용선료OOO를 대신하여 지속적으로 부담하였을 뿐이다. 더욱이, 청구법인은 OOO이 OOO에 대한 손해배상금 OOO를 회생채권액으로 인정받아 잡이익으로 계상하였음에도 불구하고, 아무런 법적 조치를 취하지 않았다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ⓛ 쟁점영업권을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인하여 법인세를 과세한 처분의 당부 ② 쟁점영업권 및 쟁점재고자산의 양도가 부가가치세 과세 및 세금계산서 발급대상인지 여부 ③ 쟁점유류의 공급이 세금계산서 발급대상인지 여부 ④ 쟁점위약금이 선박의 취득원가에 해당하는지 여부 ⑤ 쟁점손실이 업무무관비용에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 이 건 과세관련 자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. 1) OOO사업부 분사계획 및 해외 자회사(국내사업장) 설립 가) 청구법인은 2010년 2월경 대규모 선박투자를 위하여 2010년부터 2012년까지 총 OOO 규모의 투자재원이 필요할 것으로 예상되자 ⓛ 청구법인의 OOO사업부를 분리 양도할 자회사를 설립한 다음, ② 그 자회사에 영업권 등을 양도하고, ③ 최종적으로 그 자회사의 지분 일부를 매각하여 그 자금을 조달하는 내용의 OOO사업부 분사계획을 실행하였다. 나) 이에 따라 청구법인은 2012.8.15. OOO에 OOO 자회사인 OOO 본점을 설립하고, 2012.9.17. 청구법인의 사업장과 동일한 장소인 OOO을 사업장으로 하는 OOO OOO을 설치하였다. 다) 청구법인은 OOO 본점이 설립되었음에도 불구하고, 아래 ＜표1＞, ＜표2＞와 같이 OOO에서 30명 가량의 임직원들이 분사하기 전과 마찬가지로 동일하게 근무하였으며, OOO 현지법에 따라 이사회 이사로 등재한 주재원 이외에 실질적인 권한을 갖는 이사들은 모두 국내에서 거주하였고, 이에 따라 이사회 역시 국내에서 개최되는 등 중요한 사항에 관한 의사결정 및 관리업무를 모두 국내에서 수행하였으며, 회계장부는 OOO 본점과 지점 발생분에 대해서 각 보관하고 있으나 내부 전산망을 통해 본점과 지점 모두에서 회계장부 접근이 가능한 것으로 나타나며, OOO 본점의 유보소득 내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표1＞ OOO 업무분장 ＜표2＞ OOO 연도별 인원현황 ＜표3＞ OOO 본점의 유보소득 내역 2) 쟁점영업권의 평가 및 저가 양도 가) 청구법인의 내부메일(2012.7.16. OOO 회계팀장과 OOO OOO) 등에 의하면, 청구법인과 OOO은 "목표금액"이라는 명목 하에 쟁점영업권의 평가금액을 OOO원으로 정해 놓고, OOO에게 제공된 수치보다 낮은 가액으로 수정된 "추정 매출액 및 영업이익률" 자료를 사용하거나, 할인율, 판매관리비 또는 예상 매출이익을 임의적으로 낮추는 방법 등을 통하여 평가금액을 인위적으로 수정한 것으로 나타난다. 나) 이러한 방법을 통해 청구법인과 OOO은 쟁점영업권의 평가금액을 목표금액에 근접한 약 OOO원으로 확정하였으며, 동 가격에 따라 청구법인은 2012.10.1. OOO에 쟁점영업권을 양도하는 내용의 계약을 체결하였다. 다) 한편 조사청은 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 OOO에 쟁점영업권의 소급감정을 별도로 의뢰한바, 2016.5.25. OOO으로부터 쟁점영업권의 가치가 적어도 약 OOO원에 이른다는 회신을 받았다. ＜표4＞ 쟁점영업권 평가내역 라) 청구법인의 내부자료인「B＆T P/P 실행에 따른 Issues 검토(2013.4.30.)」에 의하면, 청구법인은 OOO의 설립 및 쟁점영업권 양도거래가 완료되자, 당초 계획대로 자금을 조달하기 위해 OOO 지분의 매각을 검토하였는데, 그 과정에서 OOO 전체 기업가치를 OOO원으로 본다면 쟁점영업권의 가치를 약 OOO원으로 산정하였고, 이러한 평가결과를 바탕으로 국세청의 세무조사 시기를 2015년으로 예상한 다음, (1) 설립 후 2∼3년이 경과한 시점에 매각하는 경우에는 주식매각이익에 대하여 과세가능성이 높고OOO, ② 충분한 시간이 경과되지 않은 2013.4.30. 시점에서의 매각은 영업권 저가양도에 대한 과세가능성이 높으며OOO, ③ 최악의 경우 영업권 저가양도 및 주식처분이익에 대한 과세 가능성OOO이 있다고 분석한 것으로 나타난다. 3) 청구법인의 OOO 지분 매각 「OOO를 활용한 자구책 검토(2013.8.13.)」등에 의하면, 청구법인은 OOO사업의 양도가 마무리되자, 당초 계획대로 OOO 지분 매각을 통한 현금확보 방안을 구상한바, ① OOO 발행주식을 양도하는 방안, ② 유상감자를 통한 OOO 투자금 회수 방안 등을 검토하였는데, ②안을 선택할 경우 당초 영업권이 과소평가되었다는 사실이 발각될 것을 우려하여 ①안에 따라 2014.6.10. OOO 유한회사에게 OOO 지분 OOO를 OOO에 양도한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 아래와 같은 이유로 쟁점영업권에 대한 이 건 과세처분이 부당하다고 주장한다. 1) 청구법인은 OOO의 평가결과는 아래 ＜표5＞와 같이 쟁점영업권의 가치와 직접적인 관계가 없고, 그 평가목적, 평가대상물 등이 상이한 것으로 주장하며, OOO 및 OOO의 영업권 평가보고서를 제출하였다. ＜표5＞ OOO과 OOO의 평가결과 비교 ＜표6＞ OOO과 OOO의 평가기준율 비교 2) 청구법인은 OOO에 제공한 쟁점ⓛ추정재무제표는 매년 전사 차원에서 경영상 목적으로 수립한 사업계획 중 2012년 OOO사업부의 예산자료(Click Sea)를 기초로 작성된 것이나, 조사청이 세무조사 과정에서 OOO에 제공한 쟁점②추정재무제표는 2012년 OOO에게 제공되었던 것과 동일한 것으로 전사 차원의 사업계획과 무관하게 전략재무팀이 향후 OOO사업부의 사업개발 및 확대를 임의로 가정하여 매출액 및 영업이익을 증대시킨 OOO 추정재무제표라고 주장하며, 쟁점ⓛ.②추정재무제표, 추정 판매물량, 감정평가서 등을 제출하였다. 가) OOO 및 OOO에 각 제공된 쟁점ⓛ.②추정재무제표는 아래 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ 감정평가기관에 제공된 추정재무제표 나) 청구법인은 OOO사업부의 사업계획 수립시 판매물량을 2012년 OOO, 2013년 이후 매년 OOO내외 성장으로 추정하였는데, 현재까지 OOO를 넘는 실적은 2013년 단 1회에 지나지 않았고, 이후에는 판매물량이 연간 OOO에도 미치지 못하였으며, 판매물량이 증가하는 경우 가격경쟁으로 인하여 매출총이익이 감소함에도 쟁점②추정재무제표 작성 당시 판매물량을 평균 OOO 이상 추정하면서도 2013년 이후 매출이익률 또한 OOO를 초과하는 수준으로 임의로 추정한 것으로 주장한다. ＜표8＞ 추정 판매물량 및 판매실적 ＜표9＞ 판매물량 대비 매출이익률 비교 다) OOO의 감정평가서(2016.5.31.)상 평가개요에 의하면, “본 평가는 평가목적상 실제 설립회사의 관계자의 인터뷰, 질문 등의 절차를 거치지 않고, 의뢰인이 제시한 자료의 향후 운영계획 및 주요 재무자료에 대한 분석적 검토만을 실시하여 평가할 것을 조건으로 하였으며, 향후 영업환경을 포함한 제반 가정의 변동에 따라 추정 결과가 달라질 수 있다”고 기재되어 있다. 라) 청구법인이 2017년 3월 OOO에 평가 의뢰한 결과, 쟁점영업권의 상증법상 보충적 평가가액(평가기준일 : 2012.9.30.)은 아래 ＜표10＞과 같다. ＜표10＞ 쟁점영업권의 보충적 평가가액 (다) 조사청은 청구법인을 2012년 법인세 포탈 등을 사유로 고발하였고, 쟁점영업권의 양도가액에 대한 OOO의 불기소 결정서(2017.6.30.) 주요내용은 다음과 같다. 1) 청구법인이 쟁점영업권의 매각과 관련하여 누락한 익금이 OOO이라고 하기 위해서는 위 영업권의 실제 가치가 OOO이라는 사실이 명확히 입증이 되어야 한다. 2) 이와 관련하여 유일한 증거는 조사청이 제출한 OOO의 감정결과 뿐인데, OOO이 채택한 현금흐름할인법은 미래의 현금흐름과 할인율에 대한 가정에 근거하여 그 가치를 평가하는 것으로서 미래의 현금흐름과 할인율에 대해서는 그 누구도 정확히 예측하는 것이 불가능하고 그 계산 인자에 조그마한 변경을 가하더라도 평가금액이 급격히 달라지는 문제가 있으므로 그 정확성을 담보하기 어렵다. 3) 따라서, OOO의 감정결과를 근거로 과세관청이 청구법인에 2012년도 법인세를 부과하는 것은 별론으로 하더라도, 형사사건에 있어서는 위 OOO 감정결과만으로 피의사실이 명확히 입증되었다고 보기에는 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. (라) OOO의 실질적 관리장소가 국내에 있어 쟁점ⓛ거래가 국내거래에 해당하는지 살펴보면, 내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 ‘실질적 관리장소’란 법인의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소를 뜻하고, 이러한 법인의 실질적 관리장소가 어디인지는 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록ㆍ보관되는 장소 등의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하는바(대법원 2016.1.14. 선고 2014두8896 판결), OOO의 중요한 관리 및 상업적 의사결정이 이루어지는 이사회는 OOO본점이 아닌 OOO에서 개최된 점, OOO의 대표이사 및 임원 대부분은 국내에 상근하면서 업무를 수행한 점, OOO 본점에는 과장·차장급의 구매팀장이 주재하면서 관리하였을 뿐, 본부장급 이상 임원은 모두 OOO에서 상근하면서 재무·선박운항·마케팅·기획·인사업무 등 법인의 주요업무의 일상적 관리를 수행한 것으로 보이는 점, OOO의 회계장부는 본점과 OOO 발생분에 대해서 각각 보관하고 있으나 내부 전산망을 통해 본점과 지점 모두에서 회계장부에 접근 가능하므로 OOO의 경우 회계장부 보관장소는 실질적 관리장소 판단의 중요한 요소라고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, OOO의 실질적 관리장소는 국내에 소재하는 것으로 보이고, 따라서 국내 세법의 적용을 받는 내국법인에 해당한다고 할 것이다. (마) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여, 처분청에서 청구법인이 쟁점영업권을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인하여 법인세를 부과한 처분이 타당한지에 대하여 살펴본다. 1) 「법인세법」제52조 와 같은 법 시행령 제89조 제2항에서 말하는 자산의 시가라 함은 통상의 거래에 의하여 정상적으로 형성되는 자산의 가액을 의미하는 것이라고 해석되므로 저가양도인지 여부는 정상적인 거래가액을 기준하여 결정할 것이고, 다만 그 거래가액을 알 수 없는 경우에만「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액으로 하고, 다음으로 상증법 제38조 내지 제39조의3 및 같은 법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 기준으로 삼아야 할 것이다(대법원 1988.2.9. 선고 87누671 판결, 같은 뜻임). 2) 감정평가법인의 감정가액을 시가로 볼 수 있기 위해서는 그 감정이 적정하게 이루어져 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다는 점이 인정되어야 하고, 감정평가법인의 감정가액이 적정한 교환가치를 반영한 것으로 인정되지 않는 경우에는 이를 시가로 볼 수 없는 바(대법원 2003.5.30. 선고 2001두6029 판결), 청구법인은 쟁점ⓛ추정재무제표에 근거한 OOO의 감정가액이 쟁점영업권의 시가에 해당한다고 주장하나, 청구법인의 내부메일(2012.7.16. OOO 회계팀장과 OOO OOO) 등에 의하면, 청구법인은 OOO의 1차 예상 감정가액이 OOO원으로 산출되자, 임의로 목표금액을 OOO원으로 확정한 후, OOO에게 스스로 평가한 “사측예측(FCFF)” 금액을 제공한바, 동 목표금액에 맞추기 위하여 합리적 이유 없이 할인율, 판매관리비 또는 예상 매출이익 등을 계속적으로 수정하는 방법 등을 통하여 평가금액을 인위적으로 수정한 한 것으로 나타나는 점, 이를 통해 청구법인과 OOO은 최종 영업권 평가금액을 목표금액에 근접한 약 OOO원으로 확정한 점 등에 비추어 보면, 청구법인과 OOO은 감정평가 과정에서 목표금액의 설정 및 평가금액을 임의 수정한 것으로 보이므로 OOO의 감정가액을 객관적이고 합리적인 감정가액으로 보기 어려운 것으로 판단된다. 3) 한편, OOO의 감정가액은 쟁점영업권의 양도일로부터 3년 7개월이 경과한뒤 조사청이 소급감정을 의뢰하여 감정한 가액으로서, 그 가액을 시가로 볼 경우에는 자산을 시가로 평가하고 시가를 산정하기 어려울 때에는 보충적인 평가방법을 적용하도록 한 관련 법령을 무시하고 소급감정으로 모든 자산을 평가할 우려가 있고, 보충적 평가방법으로 자산을 평가하여 신고ㆍ납부한 자와의 불공평을 초래하며, 관련 법령에 따라 법인세를 신고한 납세자가 최종 법인세 과세가액을 예측할 수 없어 법적으로 불안정한 상태를 초래할 수 있는 점(조심 2013전2788, 2013.11.29. 같은 뜻임), 청구법인은 OOO이 2013～2016사업연도 중 OOO유의 추정 판매물량이 실적에 비하여 과도하게 계상되어 있는 쟁점②추정재무제표를 기초로 하여 쟁점영업권을 감정평가한 것으로 주장하고 있는 점, OOO의 감정평가는 평가목적상 설립회사의 관계자 인터뷰, 질문 등의 절차를 거치지 않았고, 조사청이 제시한 자료의 향후 운영계획 및 주요 재무자료에 대한 분석적 검토만을 실시하여 평가한 조건부 평가인 점, 검찰도 OOO이 채택한 현금흐름할인법은 정확히 예측하는 것이 불가능하고, 그 추정요소의 변동가능성을 고려할 때 그 정확성을 담보하기 어렵다고 본 점, OOO 지분의 양도거래(2014.6.10.)는 쟁점영업권의 양도일(2012.10.1.)로부터 1년 8개월이 경과된 시점에서의 거래로 OOO 분사 이후의 경영상태, 주위환경의 변화 등 가격변동의 사정이 반영된 거래로 보이므로 쟁점영업권의 시가산정시 고려하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 보면, OOO의 감정가액은 그 가액이 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다거나 적정한 교환가치를 반영한 것으로 보기 어려운 것으로 판단된다. 4) 그러하다면, 이 건의 경우 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 존재하지 아니하여 시가가 불분명한 경우에 해당하고, 또한 OOO, OOO 등 감정평가법인이 감정한 가액도 시가로 볼 수 없으므로 「법인세법 시행령」제89조 제2항의 규정에 따라 상증법상 보충적 평가방법에 따라 평가한 가액을 쟁점영업권의 시가로 보아 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(국심 2002전690, 2002.8.8. 같은 뜻임). (2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 조사청의 쟁점영업권 및 쟁점재고자산의 양도에 대한 조사내용은 다음과 같다. 1) 청구법인은 ① 2012.10.1. OOO에 OOO사업에 관한 쟁점영업권을 쟁점금액에 양도하는 내용의 영업권 양도계약을 체결하면서 같은 날 ② OOO에 청구법인이 보유하던 판매용 선박연료유(벙커유) 재고를 OOO원에 양도하는 내용의 재고자산 판매계약을 체결하였는바, 위 벙커유 재고는 청구법인이 국내 및 국외 정유사로부터 구매하여 청구법인의 선박에 선적된 것으로서, 그 물량 및 단가는 양도시점인 2012.9.30. 현재 청구법인의 장부에 기재된 것이 적용되었는데, 총 OOO원 상당의 재고 중 국외 정유사 구매분은 약 OOO원, 국내 정유사 구매분은 약 OOO원(쟁점재고자산)이다. 2) 쟁점영업권과 쟁점재고자산은 같은 날 청구법인으로부터 OOO에게 양도되었고, 특히 쟁점재고자산은 청구법인이 국내 정유사로부터 구매한 뒤 그대로 청구법인의 선박에 선적한 것으로, 국내 정유사가 직접 수출신고 등을 한 증빙은 확인되지 아니한다. ＜표11＞ 청구법인과 OOO간 양수도 대상 물건 내역 (나) 청구법인은 쟁점영업권 및 쟁점재고자산의 양도는 계약상 양수인 즉, 공급받는 자는 계약명의 및 계약의 실질을 고려할 때 OOO 본점으로 보아야 하며, 각 ‘내국물품의 외국으로의 반출 및 외국인도수출로서 수출하는 재화’에 해당하므로 부가가치세 영세율이 적용되어야 하고, 세금계산서 발급의무도 면제되어야 한다고 주장한다. (다) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 양수인이 OOO의 OOO 본점으로, 쟁점영업권 및 쟁점재고자산의 양도는 재화의 수출 등에 해당하므로 영세율(기타)이 적용되어야 하고, 세금계산서 발급의무도 없다고 주장하나, 쟁점영업권의 양수인은 OOO OOO으로 보는 것이 타당한 점, 쟁점재고자산은 청구법인이 국내 정유사로부터 구매한 뒤 그대로 청구법인의 선박에 선적한 것으로, 국내 정유사가 직접 수출신고 등을 한 증빙이 확인되지 아니하는 점, 부가가치세 과세권이 미치는 거래인지 여부를 구별하는 기준은 거래가 OOO의 주권이 미치는 범위, 즉 국내에서 이루어졌는지 여부로 결정하여야 하고, 이는 곧 재화의 공급장소가 국내인지 여부의 문제이며, 재화의 공급장소란 재화의 이동이 시작되는 장소를 의미하므로 결국 부가가치세 납세의무가 미치는 국내거래와 그렇지 않은 국외거래의 구별은 재화의 이동이 시작되는 장소가 국내 또는 국외인지를 기준으로 할 것이라는 점에 비추어 보면, 쟁점재고자산의 이동이 시작되는 공급장소가 국내항(국내정유사의 저유소)이며, 쟁점영업권의 양도와 관련하여 양수인을 OOO OOO으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점영업권 및 쟁점재고자산의 양도를 국내거래로 보아 부가가치세 및 세금계산서 미발급 가산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (3) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 조사청의 쟁점유류 공급관련 조사내용 등은 다음과 같다. 1) 청구법인은 OOO 급유 즉, 해상에서 조업 중인 국내외 수산사에게 선박연료유를 공급하는 거래와 관련하여 스스로 영세율을 적용하여 부가가치세 과세표준을 신고하였으나, 공급받는 자가 국내업체인지 외국업체인지 불문하고 모두 세금계산서 발급 면제 대상으로 보아 영세율 세금계산서를 발급하지 아니하였다. 2) 청구법인의 양상급유(ocean bunkering) 매출거래의 영세율 기타매출 적정여부 조사 결과, 2011.2기∼2012.2기 과세기간에 국내에서 선박연료유를 구매하여 원양해상에서 조업 중인 국내 수산사의 어선에 공급한 거래 OOO원은 영세율적용 대상( 「부가가치세법」제24조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제33조 제2항 제5호)이고, 공급받는 자가 국내 사업장이 있는 경우에는 영세율이 적용되는 세금계산서 발급의무가 있으므로 국내에서 매입하여 국내수산사의 원양어선에 공급한 거래는 영세율 세금계산서 발급대상이다. 3) 2015.10.8.자 수출신고필증을 보면, 제조자 및 수출화주가 OOO이며, 구매자는 OOO로 기재되어 있고, 국내 정유사들은 쟁점유류를 청구법인에게 공급하는 단계에서 구매확인서에 의하여 부가가치세 영세율 적용을 받았으며, 쟁점유류가 수출신고가 수리된 외국물품에 해당하는지 여부에 대한 입증책임은 청구법인에게 있으나, 청구법인은 쟁점유류의 해당 건별로 구체적인 수출신고필증을 제출하지 못하고 있다. 4) 청구법인이 국내 수산사와 거래에 대한 세금계산서 발행여부에 대해 법무법인(2011.11.16. OOO 법률사무소)에 질의하여 회신받은 내용에 의하면, 국내에서 매입하여 국내 수산사의 원양어선에 공급하는 경우에는 영세율 세금계산서 발급대상이라고 기재되어 있다. (나) 청구법인은 쟁점유류가 이미 국내 정유사에 의하여 수출신고가 수리된 외국물품으로서, 그 공급이 국외에서 이루어졌는바, 부가가치세 비과세 거래인 국외거래에 해당하므로 세금계산서 발급의무가 없고, 처분청이 제시한 「부가가치세법 시행령」제26조 제1항 제3호의 외국항행선박에 공급하는 재화에 관한 규정은 오직 원양어선이 국내 항구에 정박한 상태에서 공급받는 유류에 대해서만 적용되는 것으로 한정하여 해석해야 하는바, 해상에서 공급된 쟁점유류에 대해서는 위 규정이 적용될 수 없다고 주장한다. (다) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점유류의 공급은 이미 수출신고가 수리된 외국물품을 국외의 해상에서 거래하는 국외거래이므로, 부가가치세 과세대상에 해당되지 않아 세금계산서 발급의무가 없다고 주장하나, 쟁점유류가 수출신고가 수리된 외국물품에 해당하는지 여부에 대한 입증책임은 청구법인에게 있으나, 청구법인은 쟁점유류의 해당 건별로 구체적인 수출신고필증을 제출하지 못하고 있는 점, 청구법인은 국내수산사와 사전에 체결된 계약에 따라 정해진 가격에 원양어선에 선박유 및 선용품을 공급하였으므로 재화가 이동을 시작하는 장소는 청구법인의 선박이 출발하는 국내항으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 보면, 처분청이 쟁점유류의 공급을 영세율 적용대상으로 보아 세금계산서 미발급 가산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (4) 쟁점④에 대하여 본다. (가) 조사청의 쟁점위약금에 대한 조사내용은 다음과 같다. 1) 청구법인은 2008.5.26. OOO과 함께 합작(지분율 OOO)을 조건으로 선박 건조 및 운영에 관한 합작계약을 체결하는 동시에 OOO과 초대형 원유운반선OOO 4척을 1척당 OOO에 건조하는 1차 선박계약을 체결하였는바, 청구법인은 2008.6.3., 2008.7.8. OOO에게 1차 선박계약의 계약금으로 OOO를 지급하였고, 그 후 청구법인은 OOO으로부터 당해 계약금의 OOO%인 약 OOO를 수령하였다. 2) 합작계약의 해지 및 1차 선박계약의 변경내역은 다음과 같다. 가) 2009년경 세계금융위기로 인하여 해운업이 불황기에 접어들게 되자 청구법인은 OOO 및 OOO과 협상을 통하여, 1차 선박계약의 선박 발주가액 및 선박 발주 척수 등을 인하하기 위하여 노력하였고, 이러한 과정에서 1차 선박계약의 수급인 지위에 있는 OOO은 청구법인에게 1차 선박계약의 대안으로 두가지 안을 제시하였는데, 제1안은 청구법인과 OOO이 이 사건 합작계약을 유지하는 것을 전제로, 선박 척수를 기존 4척에서 3척으로, 1척당 선가를 기존 OOO로 각 인하하는 방안이었으며, 제2안은 청구법인의 단독 계약을 전제로 선박 척수를 기존 4척에서 3척으로 줄이고, 1척당 선가를 기존 OOO로 인하하되 그 차액인 OOO는 청구법인이 별도로 부담하는 것인바, 청구법인은 제1안을 수용하였고, 2011.7.22. OOO과 기존 1차 선박계약을 변경하는 2차 선박계약을 체결한후, 이를 OOO에 통지하였다. 나) 그런데 2차 선박계약 체결 후 OOO은 자금부족 등을 이유로 계약의 이행을 거절하였을 뿐만 아니라 합작계약의 해지를 요청하였고, 그 결과 ⓛ 청구법인과 OOO의 합작계약을 해지하되, ② OOO으로 하여금 청구법인에게 지급하게 되어 있는 쟁점위약금을 OOO에게 지급하게 한 후, ③ 청구법인이 OOO에게 지급할 선박대금을 위 위약금 금액만큼 인하하기로 합의하였다. 다) 이러한 합의내용을 반영하여 청구법인은 2011.9.5. OOO과 선박 3척을 1척당 선가 OOO에 건조하는 내용의 3차 선박계약을 체결하고, 선박 1척당 OOO를 선박의 취득원가로 계상한바, 결국 청구법인의 입장에서는 선박대금이 인하된 만큼 위약금을 지급하는 결과가 되어, 실질적으로 청구법인이 부담하는 선박대금의 크기에는 아무런 차이가 없었으나, 이러한 합의를 통해 ① 청구법인은 위약금 금액 및 선박 취득가액을 감소시켜 법인세 부담을 줄일 수 있었고, ② OOO은 당해 위약금 금액만큼의 부가가치세 공급가액을 감소시켰으며, ③ OOO의 입장에서는 기 지급한 선박대금을 다른 선박대금에 전용하는 편의를 누린 것이다. 3) 청구법인과 OOO, OOO은 위와 같은 합의내용이 추후 세무조사 등에서 드러날 것에 대비하여 쟁점위약금을 위약금으로 보다 명확히 가장하기 위하여 사후적으로 합의서를 작성하였는바, 청구법인은 2011.9.5. OOO과 ⓛ 합작계약 및 1차 선박계약을 모두 해지하기로 하고, ② OOO이 1차 선박계약의 해지에 따른 위약금 OOO를 부담하며, ③ OOO은 1차 선박계약을 위하여 지급한 OOO가 OOO에 위약금으로 귀속됨에 동의하는 합의서를 체결하였고, 청구법인은 2011.9.5. OOO과 2차 선박계약 및 OOO가 처음부터 무효라는 것을 확인하는 합의서를 체결하였으며, 이에 따라 청구법인은 같은 날 OOO과 청구법인분 납입 선수금 OOO는 선수금으로 대체하기로 합의하고, OOO분 납입 선수금 OOO는 위약금으로 갈음하며, 나머지 OOO는 청구법인에게 반환하고 청구법인은 이를 다시 OOO에 반환한다는 내용의 OOO를 체결하는 동시에, OOO 및 OOO과 3자간 합의서인 OOO도 체결하여 OOO분 납입 선수금 중 위약금에 충당하고 남은 나머지 OOO는 OOO이 독자적으로 OOO에 발주한 다른 선박의 선수금으로 전용되도록 합의하였다. 4) 청구법인은 ① OOO으로부터 합작계약 해지에 따른 위약금 OOO를 받을 권리가 있음에도 불구하고, 이를 잡이익으로 계상하지 않았고, 동시에 ② OOO에게 사실상 선박 취득가액으로 지급한 OOO에 대해서도 회계처리를 하지 않고 상계처리하였으며, 한편, OOO은 쟁점위약금 OOO를 잡손실로 처리하였고, OOO은 OOO으로부터 대신 지급받은 쟁점위약금 OOO를 잡이익으로 처리하여, 서로 세금계산서를 발급하지 아니하였고 그에 상당하는 부가가치세도 신고하지 아니하였다. (나) 청구법인 주장 및 제시 증빙자료는 다음과 같다. 1) 1차 선박계약의 주요내용은 아래 ＜표12＞와 같고, 청구법인은 1차 선가[1척당 OOO, OOO분 : OOO)]을 OOO에 지급하였으나, 2차 선가부터는 지급하지 아니하였고, 1차 선박계약의 매수인의 의무불이행 조항은 매수인이 계약에 따른 선가를 지급하지 못하는 경우 OOO의 지연이자를 부담하고, 매수인의 귀책사유로 계약이 취소되는 경우에는 매도인은 매수인이 기지급한 선가를 손실 및 손해에 충당할 권리를 갖도록 규정하였다. 청구법인은 OOO이 합작계약에 따라 1차 선박계약을 체결함에 있어 입회인OOO으로 서명하였고, 이를 해지함에 있어 청구법인, OOO과 OOO를 체결하는 등 1차 선박계약의 체결부터 해지까지 관여하였으며, OOO은 2차 선박계약에 대해서 OOO이 동의하지 않자 협상을 계속하여 최종적으로 OOO의 동의를 얻어 3차 선박계약 및 각종 합의서를 체결하였다. ＜표12＞ 1차 선박계약 주요내용 2) 2011.5.2. OOO은 1차 선박계약의 대상선박 4척 중 ⓛ 2척(OOO분)의 계약을 취소하되, 기 입금액 중 OOO는 위약금으로 몰취하고, 나머지 OOO는 OOO이 발주하여 건조 중인 다른 선박의 선가로 전용하며, ② 잔여 2척(청구법인분)의 계약은 취소 후 신규 선박 3척OOO을 대체하는 청구법인의 2011.4.26.자 제안을 수용하였으나, OOO이 이에 동의하지 아니하여 청구법인은 OOO을 배제한 채 2011.7.22. OOO과 아래 ＜표13＞과 같은 2차 선박계약을 체결하였고, 청구법인과 OOO은 2011.7.22. 2차 선박계약과 동시에 합의서OOO도 체결하였는바, ⓛ 1차 선박계약을 해지하고 2차 선박계약을 체결하며, ② 1차 선박계약에 따라 청구법인이 OOO에 지급한 1차 선가는 2차 선박계약의 1차 선가로 대체되는 것으로 합의하였다. ＜표13＞ 2차 선박계약 주요내용 3) 3차 선박계약의 주요내용은 아래 ＜표14＞와 같고, 청구법인과 OOO 간의 합의서에서는 ⓛ OOO은 합작계약이 조기에 해지된 책임을 인정하고, ② 1차 선박계약이 해지됨에 따라 청구법인이 OOO에 지급해야 할 해지 위약금 OOO는 OOO이 부담하기로 하며, ③ 이러한 OOO의 위약금 부담의무는 청구법인이 OOO에 지급할 OOO에서 공제하는 방식으로 이행하기로 하고, ④ OOO은 총 4척의 1차 선박계약을 위하여 출자한 OOO가 아무런 조건 없이 OOO에 위약금으로 귀속됨에 동의하며, 이에 대하여 향후 이의를 제기하지 않기로 명시한 것으로 나타난다. 청구법인과 OOO 간의 OOO에서는 동 약정 실행 이전에 체결된 다른 약정서들은 소급적으로 효력이 없음을 명시하였고, 청구법인과 OOO 간의 Agreement에서는 ⓛ OOO이 OOO의 손실에 대하여 위약금(Cancellation Charge)을 부담하는 조건으로 합작계약을 해지하기를 원함을 명시하고, ② 2011.7.22. 2차 선박계약 및 합의서OOO의 효력을 소급적으로 무효화하는 것을 명시한 것으로 나타난다. 청구법인, OOO, OOO 간에 작성된 OOO는 청구법인이 1차 선박계약의 해지에 따라 OOO으로 반환받아야 할 선가OOO는 3차 선박계약의 1차 선가로 대체되며, OOO이 OOO으로부터 반환받아야 할 선가OOO는 OOO과 OOO 간의 다른 선박계약의 선가로만 대체되어야 하고, OOO은 청구법인의 OOO에 대한 위약금 배상의무의 이행을 위해 쟁점위약금OOO을 자신이 OOO으로부터 반환받아야 할 선가에서 공제될 것을 인정하고, 이러한 공제에 따라 청구법인은 1차 선박건조계약의 해지에 따른 위약금을 지급하고, OOO은 청구법인과의 합작계약의 해지에 따른 위약금을 부담한 것으로 본다고 명시하였다. ＜표14＞ 3차 선박계약 주요내용 4) 청구법인은 2008년 세계 금융위기 이후 OOO의 선가가 급락한 것으로 주장하며 선가 동향OOO을 제출하였다. ＜표15＞ 2008년∼2011년 월별 OOO의 선가 동향 (다) 조사청은 청구법인이 OOO, OOO과 3자간 합의서 등을 작출하여 2011.9.26.자 위약금 약정이 포함된 계약이 마치 유효한 것처럼 가장하는 등 사기 기타 부정한 행위를 통해 선박가액에 해당하는 쟁점위약금을 과세표준에서 누락함으로써 법인세 포탈한 것으로 보아 고발한데 대하여, 2017.6.30. OOO은 당사자들인 청구법인, OOO, OOO이 선택한 법률관계에 따라 위약금으로 보아 불기소 결정을 하였다. (라) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점위약금을 선박의 취득원가로 보아야 한다는 의견이나, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며, 위와 같은 법률관계의 형성이 탈세를 위한 것이거나 그 밖에 위법 부당한 목적을 위한 것이 아닌 이상 당사자들이 선택한 법률관계를 무시하고 이와 다른 법률관계로 의제하는 것은 옳다고 할 수 없는바(대법원 1992.12.8. 선고 92누1155 판결, 같은 뜻임), 청구법인의 사정으로 인하여 1차 선박계약에서 약정한 선박 건조척수와 1척당 건조가액 등 해당 계약의 본질적 부분이 축소(일부 파기)된 것으로 나타나고 있어 특별한 사정이 없는 한 OOO은 1차 선박계약의 일방 당사자인 청구법인에게 축소된 부분에 상응하는 계약위반 책임을 요구할 수 있는 정당한 사유가 있어 보이고, 이러한 상황에서 청구법인, OOO 및 OOO의 3자간 합의를 통하여 청구법인이 OOO으로부터 합작계약 파기에 따른 위약금 명목으로 지급받기로 한 쟁점위약금을 다시 OOO에게 1차 선박계약의 축소에 따른 위약금으로 지급하기로 합의한 것으로 보이는 점, 청구법인과 OOO은 장기간의 이행기간과 거액의 자금이 소요되는 선박건조계약의 이행과정에서 선박 건조척수 및 지급가액 등 계약의 본질적 부분이 아닌 세부적인 약정사항에 대하여 계약당사자간 협의를 통하여 조정.변경하는 과정에서 법률관계를 명확하게 하기 위하여 합의서를 작성한 것으로 보이는 점, 2008년 하반기 금융위기 이후 선박시세로 볼 때, 청구법인이 제시한 선박 건조가액OOO이 불합리한 것으로 보이지 않는 점(조심 2016부4365, 2018.9.5.) 등에 비추어 보면, 쟁점위약금은 선박의 취득원가가 아닌 부가가치세가 과세되지 아니하는 위약금으로 보이므로 처분청이 쟁점위약금을 선박의 취득원가로 보아 법인세를 과세하고 세금계산서를 수취하지 않은 것에 대해서 증빙불비가산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (5) 쟁점⑤에 대하여 본다. (가) 조사청의 쟁점손실에 대한 조사내용은 다음과 같다. 1) OOO은 2007.6.18., 2007.6.25. OOO에게 쟁점선박(8만톤급 이상의 벌크선)을 10년간 대선OOO하는 쟁점대선계약을 체결하고, 직접 외국선사OOO와 쟁점용선계약을 추진하였는데, 쟁점대리인의 부주의로 말미암아 실제 계약은 OOO이 아니라 청구법인의 명의로 체결되었다. 2) 청구법인은 2011.11.16. 쟁점선박이 인도되는 시점에서야 비로소 쟁점용선계약의 주체가 OOO이 아닌 청구법인임을 알게 되었고, 외국선사에게 당해 계약상 용선주체를 OOO으로 변경하는 것을 제안하였으나, 외국선사는 OOO의 재무상태 등을 이유로 이를 거부하였으며, 청구법인은 더 이상의 추가적인 조치를 취하지 아니하였고, 나아가 청구법인은 현재까지 쟁점용선계약의 무효나 취소 등을 구하는 법적 조치 등을 취한 사실이 없으며, OOO이나 위법한 대리행위를 자행한 쟁점대리인 등을 상대로 손해배상 등을 청구한 사실이 없다. 3) OOO은 2011.1.25. OOO이 회생절차개시를 신청한데 대하여 2011.2.15. 회생절차개시 결정을 하였고, OOO은 2011.10.14. 회생계획안 인가결정을 받아 쟁점대선계약을 정상적으로 이행할 수 없게 된바, 청구법인은 2012.1.11. OOO을 대신하여 OOO에게 쟁점선박을 시장대선료로 대선하게 되었으나, 당시 해운경기의 악화에 따른 시장 대선료의 급락으로 아래 ＜표16＞과 같이 약 OOO원(쟁점손실)의 영업손실이 발생하였다. 즉, 당초 OOO이 OOO에 용선하여OOO로 대선함으로써 1일당 OOO씩 이익을 보게 되어 있었던 계약이 쟁점대리인의 무권대리 행위로 인하여 청구법인이 용선계약의 당사자가 되어 버린 이후 OOO의 쟁점대선계약 이행불능으로 인하여 사후에 OOO에게로 대선하여 당시 시가 상당액OOO를 제외한 나머지 용선료 지급 손실OOO이 모두 청구법인에게 귀속되게 되었다. ＜표16＞ 쟁점용선계약으로 인한 쟁점손실 내역 (나) 청구법인은 쟁점대리인은 2006.11.17. OOO의 이사로 임명되었고, 쟁점용선계약과 관련하여 OOO이 주체가 되어 Cape 선박을 장기 용선하는 것으로 내부 보고하였으나, 위 공문에는 쟁점대리인이 작성한 쟁점용선계약의 주요 계약조건이 첨부되어 있었는데, 용선주체가 청구법인으로 기재된바, 쟁점용선계약이 적법하게 대리권을 수여받은 쟁점대리인을 통하여 쟁점대리인의 권한 내에서 청구법인을 위하여 체결되었고, 청구법인이 쟁점용선계약의 용선주체 및 그 세부내용에 대하여 추인하였으므로 쟁점용선계약의 효력은 당연히 청구법인에 귀속되어야 한다고 주장한다. (다) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 쟁점손실의 원인이 된 쟁점용선계약은 OOO의 대리인이 임의로 청구법인의 명의를 사용하여 체결한 것이더라도 당초부터 청구법인이 아닌 OOO의 사업에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점용선계약으로 인하여 발생한 쟁점손실을 보전받기 위하여 OOO 등을 상대로 손해배상 등을 청구하였어야 하나 이를 시도조차 하지 않은 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 쟁점손실은 OOO에서 부담하여야 할 손실을 청구법인이 대신 부담한 것이므로 처분청이 업무무관비용으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2항 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

관련 법령 등 ＜쟁점①＞ (1) 국제조세조정에 관한 법률(2013.1.1. 법률 제11606호로 개정되기 전의 것) 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “국제거래”란 거래 당사자의 어느 한 쪽이나 양쪽이 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장은 제외한다)인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매ㆍ임대차, 용역의 제공, 금전의 대출ㆍ차용, 그 밖에 거래자의 손익(損益) 및 자산과 관련된 모든 거래를 말한다. 10. “정상가격”이란 거주자, 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말한다. 제3조[다른 법률과의 관계] ② 국제거래에 대해서는 「소득세법」 제41조 와 「법인세법」제52조 를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다. (2) 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24365호로 개정되기 이전의 것, 이하 동일) 제3조의2[부당행위계산 부인의 적용 범위] 법 제3조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 자산의 증여 등”이란 다음 각 호의 경우를 말한다. 1. 자산을 무상(無償)으로 이전(현저히 저렴한 대가를 받고 이전하는 경우는 제외한다)하거나 채무를 면제하는 경우 2. 수익이 없는 자산을 매입하였거나 현물출자를 받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 3. 출연금을 대신 부담한 경우 4. 그 밖의 자본거래로서 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 또는 같은 항 제8호의 2에 해당하는 경우 (3) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것) 제1조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “내국법인”(內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다. 제52조[부당행위계산의 부인] ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (4) 법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 이전의 것) 제89조[시가의 범위 등] ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의 2ㆍ제39조의 3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다. (5) 법인세법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제409호로 개정된 것) 제41조[독립된 사업부문 및 포괄승계의 판단기준 등] ⑤ 영 제82조의 2 제4항 제3호를 적용할 때 분할하는 사업부문과 존속하는 사업부문이 공동으로 사용하는 자산ㆍ부채의 경우에는 각 사업부문별 사용비율 (사용비율이 분명하지 아니한 경우에는 각 사업부문에만 속하는 자산ㆍ부채의 가액과 사용비율로 안분한 공동사용 자산ㆍ부채의 가액을 더한 총액의 비율을 말한다) 로 안분하여 총자산가액 및 총부채가액을 계산한다.이 경우 하나의 분할신설법인등이 여러 사업부문을 승계하였을 때에는 분할신설법인등이 승계한 모든 사업부문의 자산ㆍ부채 가액을 더하여 계산한다. 제77조[합병법인 및 분할신설법인등의 구분경리] ① 법 제113조 제3항에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 그 밖의 사업을 구분경리함에 있어서 자산ㆍ부채 및 손익의 구분계산은 다음 각 호에 따른다. 1. 고정자산과 부채는 용도에 따라 각 사업별로 구분하되, 용도가 분명하지 아니한 차입금은 총수입금액에서 각 사업의 당해 사업연도의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분계산 2. 현금ㆍ예금 등 당좌자산 및 투자자산은 자금의 원천에 따라 각 사업별로 구분하되, 그 구분이 분명하지 아니한 경우에는 총수입금액에서 각 사업의 당해 사업연도의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분계산 3. 제1호 및 제2호외의 자산 및 잉여금 등은 용도ㆍ발생원천 또는 기업회계기준에 따라 계산 (6) 상속세 및 증여세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25195호로 개정되기 전의 것) 제59조[무체재산권의 평가] ② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 아니하되, 당해 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 당해 가액을 영업권의 평가액으로 한다. [최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 당해 연수로 한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액 － (평가기준일 현재의 자기자본×1년만기 정기예금이자율을 감안하여 기획재정부령이 정하는 율)] ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제56조 제1항의 규정을 준용하여 평가한다. 이 경우 동조 제1항 중 “1주당 순손익액 및 1주당 추정이익”은 “순손익액”으로 본다. ⑦ 제2항의 규정에 의하여 영업권을 평가함에 있어서 제시한 증빙에 의하여 자기자본을 확인할 수 없는 경우에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액 중 많은 금액으로 한다. 1. 사업소득금액 ÷ 「소득세법 시행령」 제165조 제10항 제1호에서 규정하는 자기자본이익률 2. 수입금액 ÷ 「소득세법 시행령」 제165조 제10항 제2호에서 규정하는 자기자본회전율 (7) 상속세 및 증여세법 시행규칙(2008.4.30. 기획재정부령 제20호로 개정된 것) 제19조[무체재산권등의 평가] ① 영 제59조 제2항 산식에서 “기획재정부령이 정하는 율”이라 함은 100분의 10을 말한다. (8) 부가가치세법(2013.1.1. 법률 제11608호 개정되기 전의 것) 제13조[과세표준] ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우: 자기가 공급한 재화의 시가 (9) 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제50조[시가의 기준] ① 법 제13조 제1항 각 호에 규정하는 시가는 다음 각 호에 정하는 가격으로 한다. 1. 사업자가 그와 특수관계에 있는 자 외의 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격 2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 그와 특수관계에 있는 자 외의 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다) 3. 제1호 및 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「소득세법 시행령」 제98조 제3항 및 제4항 또는 「법인세법 시행령」제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격 (10) 감정평가에 관한 규칙(2016.8.31. 국토교통부령 제356호로 개정된 것) 제6조[현황기준 원칙] ② 감정평가업자는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기준시점의 가치형성요인 등을 실제와 다르게 가정하거나 특수한 경우로 한정하는 조건(이하 "감정평가조건"이라 한다)을 붙여 감정평가할 수 있다. 1. 법령에 다른 규정이 있는 경우 2. 의뢰인이 요청하는 경우 3. 감정평가의 목적이나 대상물건의 특성에 비추어 사회통념상 필요하다고 인정되는 경우 제8조[감정평가의 절차] 감정평가업자는 다음 각 호의 순서에 따라 감정평가를 하여야 한다. 다만, 합리적이고 능률적인 감정평가를 위하여 필요할 때에는 순서를 조정할 수 있다. 1. 기본적 사항의 확정 2. 처리계획 수립 3. 대상물건 확인 4. 자료수집 및 정리 5. 자료검토 및 가치형성요인의 분석 6. 감정평가방법의 선정 및 적용 7. 감정평가액의 결정 및 표시 제10조[대상물건의 확인] ① 감정평가업자가 감정평가를 할 때에는 실지조사를 하여 대상물건을 확인하여야 한다. ＜쟁점②＞ (1) 부가가치세법(2013.1.1. 법률 제11608호 개정되기 전의 것) 제6조[재화의 공급] ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제10조[거래 장소] ① 재화가 공급되는 장소는 다음 각 호에 해당하는 곳으로 한다. 1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화의 이동이 시작되는 장소 2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 공급되는 시기에 재화가 있는 장소 ② 용역이 공급되는 장소는 다음 각 호에 해당하는 곳으로 한다. 1. 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 장소 2. 국내외에 걸쳐 용역이 제공되는 국제운송의 경우 사업자가 비거주자(非居住者) 또는 외국법인인 경우에는 여객이 탑승하거나 화물이 적재(積載)되는 장소 ③ 제1항과 제2항에 따른 공급 장소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제11조[영세율 적용] ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영(零)의 세율을 적용한다. 1. 수출하는 재화 2. 국외에서 제공하는 용역 3. 선박 또는 항공기의 외국항행 용역 4. 제1호부터 제3호까지의 재화 또는 용역 외에 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제16조[세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호 3. 공급가액과 부가가치세액 4. 작성 연월일 5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 ⑥ 세금계산서를 발급하기 어렵거나 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항 및 제2항을 적용하지 아니할 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제24조[수출의 범위] ① 법 제11조 제1항 제1호에 따른 수출은 다음 각 호의 것으로 한다. 1. 내국물품(우리나라 선박에 의하여 채포된 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것 2. 국내의 사업장에서 계약과 대가수령 등 거래가 이루어지는 것으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 가. 중계무역 방식의 수출(수출할 것을 목적으로 물품등을 수입하여 「관세법」 제154조 에 따른 보세구역 및 같은 법 제156조에 따라 보세구역 외 장치의 허가를 받은 장소 또는 「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 자유무역지역 외의 국내에 반입하지 아니하는 방식의 수출을 말한다) 나. 위탁판매수출(물품등을 무환으로 수출하여 해당 물품이 판매된 범위에서 대금을 결제하는 계약에 의한 수출을 말한다) 다. 외국인도수출(수출대금은 국내에서 영수하지만 국내에서 통관되지 아니한 수출물품등을 외국으로 인도하거나 제공하는 수출을 말한다) 라. 위탁가공무역 방식의 수출[가공임을 지급하는 조건으로 외국에서 가공(제조, 조립, 재성, 개조를 포함한다. 이하 같다)할 원료의 전부 또는 일부를 거래 상대방에게 수출하거나 외국에서 조달하여 이를 가공한 후 가공물품등을 외국으로 인도하는 방식의 수출을 말하며, 사업자가 원자재를 국외의 수탁가공 사업자에게 대가 없이 반출하여 가공한 재화를 국내로 반입하지 아니하고 다른 사업자에게 양도하는 경우로서 양수한 사업자가 해당 재화를 다목의 방식으로 수출하는 경우를 포함한다] 제57조[세금계산서 발급의무의 면제 등] ① 법 제16조 제6항에서 "세금계산서를 발급하기 어렵거나 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호에 따른 재화 또는 용역을 공급하는 경우를 말한다. 3. 법 제11조 제1항 제1호(제24조 제2항 제1호에 따른 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화와 같은 항 제2호 및 제2호의2에 따른 한국국제협력단과 한국국제보건의료재단에 공급하는 재화를 제외한다)·제2호 및 제3호(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우와 제25조 제1항에 따른 외국항행용역으로서 항공기의 외국항행용역 및 「항공법」에 의한 상업서류송달용역에 한한다)에 규정하는 재화 또는 용역 (3) 관세법(2013.1.1. 법률 제11602호로 개정되기 전의 것) 제2조[정의] 4. “외국물품”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 물품을 말한다. 가. 외국으로부터 우리나라에 도착한 물품[외국의 선박 등이 공해(公海, 외국의 영해가 아닌 경제수역을 포함한다. 이하 같다)에서 채집하거나 포획한 수산물 등을 포함한다]으로서 제241조 제1항에 따른 수입의 신고(이하 “수입신고”라 한다)가 수리(受理)되기 전의 것 나. 제241조 제1항에 따른 수출의 신고(이하 “수출신고”라 한다)가 수리된 물품 6. “외국무역선”이란 무역을 위하여 우리나라와 외국 간을 운항하는 선박을 말한다. 제140조[물품의 하역] ④ 외국무역선이나 외국무역기에는 내국물품을 적재할 수 없으며, 내항선이나 내항기에는 외국물품을 적재할 수 없다. 다만, 세관장의 허가를 받았을 때에는 그러하지 아니하다. 제276조[허위신고죄 등] ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 1천만원 이하의 벌금에 처한다. 다만, 과실로 제2호부터 제4호까지의 규정에 해당하게 된 경우에는 200만원 이하의 벌금에 처한다. 3. 제135조제1항(제277조제3항제4호에 해당하는 자는 제외한다), 제136조제1항, 제137조의2제1항 각 호 외의 부분 후단(제277조제3항제4호에 해당하는 자는 제외한다), 제140조제1항·제2항·제4항, 제141조제1호·제3호, 제142조제1항, 제144조, 제150조, 제151조 또는 제213조 제2항을 위반한 자 ＜쟁점③＞ (1) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제26조[그 밖의 외화획득 재화 및 용역 등의 범위] ① 법 제11조 제1항 제4호에 규정하는 외화를 획득하는 재화 또는 용역은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 3. 외국을 항행하는 선박 및 항공기 또는 원양어선에 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 사업자가 법 제16조에 따라 부가가치세를 별도로 적은 세금계산서를 발급한 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 법인세법(2013.1.1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것) 제76조[가산세] ⑨ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1(제4호의 경우에는 100분의 2를 말한다)에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하되, 「부가가치세법」 제22조 제2항부터 제5항까지의 규정에 따라 가산세가 부과되는 부분은 제외한다. 4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 가. 재화 또는 용역을 공급한 자가 제121조 제1항 또는 제2항에 따른 계산서등(이하 이 호에서 “계산서 등”이라 한다)을 발급하지 아니한 경우 나. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 계산서등을 발급한 경우 다. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 계산서등을 발급받은 경우 라. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 법인이 아닌 법인의 명의로 계산서등을 발급한 경우 마. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 계산서등을 발급받은 경우 ＜쟁점④＞ (1) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것) 제41조[자산의 취득가액] ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액 제76조[가산세] ⑤ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 같은 항 단서를 적용받는 경우를 제외하고는 그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다. (2) 부가가치세법 시행령(2012.2.12. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것) 제59조[수정세금계산서 발급사유 및 발급절차] ① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다. 3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 : 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다. ＜쟁점⑤＞ (1) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것) 제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다. ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (2) 민법(1958.2.22. 법률 제471호로 제정된 것) 제114조[대리행위의 효력] ① 대리인이 그 권한내에서 본인을 위한 것임을 표시한 의사표시는 직접 본인에게 대하여 효력이 생긴다. ②전항의 규정은 대리인에게 대한 제삼자의 의사표시에 준용한다. 제130조[무권대리] 대리권 없는 자가 타인의 대리인으로 한 계약은 본인이 이를 추인하지 아니하면 본인에 대하여 효력이 없다.