조심 2019서3480 (2021.03.18)

OOO세무서장이 2019.8.6. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 청구법인이 2013.3.1. 물적분할로 취득한 OOO 및 OOO 상표권의 취득가액(시가)을

「법인세법 시행령」제89조

제2항 제2호에 의하여 준용되는

「상속세 및 증여세법」제64조

등에 따라 평가한 가액으로 하여 그 결과에 따라 2014사업연도 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO제약 주식회사(분할 후 OOO홀딩스 주식회사로 상호변경, 이하 분할 이전의 법인을 “분할전법인”이라 하고, 분할 후 존속법인을 “분할존속법인”이라 한다)에서 2013.3.1. 물적분할(이하 “쟁점분할”이라 한다)되어 설립되었고, 쟁점분할로 승계받은 자산의 분할전법인의 장부가액과 쟁점분할 당시 시가 산정내역은 아래 ＜표1＞과 같은바, OOO 및 OOO 상표권(이하 “쟁점상표권”이라 한다) 취득가액을 분할전법인의 장부가액으로 계상하였으며, 분할존속법인은 쟁점분할이

「법인세법」제47조

제1항 등에 따른 물적분할 과세특례(적격분할) 적용대상에 해당된다 하여 분할양도차익 OOO원(=OOO원-OOO원)을 아래 ＜표2＞와 같이 세무조정하여 2013사업연도 법인세를 신고하였다.

OOO

나. 이후 청구법인은 분할전법인의 장부가액에 따라 계산된 감가상각비를 손금으로 계상하여 법인세를 신고해 오다가「법인세법 시행령」(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정된 것) 제72조 제2항 제3호 나목에서 적격물적분할로 분할신설법인이 취득하는 자산의 취득가액은 시가로 계상하도록 규정하고 있다는 이유로 2019.1.9. 아래 ＜표3＞과 같이 2개 감정평가법인에 의뢰하여 쟁점분할 시점으로 쟁점상표권을 감정평가(위 2개 감정평가법인의 감정평가액의 평균액을 “쟁점상표권 소급감정가액”이라 한다) 하였고, 2019.3.28. 아래 ＜표4＞와 같이 쟁점상표권 소급감정가액을 취득가액으로 하여 재계산된 감가상각비와 당초 계상한 감가상각비의 차액을 신고조정방법으로 손금에 계상하여 2013.2014사업연도 법인세 합계 OOO원(2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분 OOO원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.8.6. 이를 거부하였다.

OOO

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)

「법인세법 시행령」제72조

제2항 제3호 나목은 물적분할(적격 포함)로 분할신설법인이 취득하는 자산의 취득가액은 시가로 계상하도록 규정하고 있는바, 사후감정을 통해 평가된 가액인 쟁점상표권 소급감정가액은 다음과 같은 사유로「법인세법」상 시가에 해당됨에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(가) 적격물적분할로 취득한 자산인 쟁점상표권의 시가 산정은 감정평가를 통해 산정하는 것이 유일한 수단이었다.

1) 청구법인은 분할전법인에서 물적분할되어 설립된 법인으로서 쟁점상표권의 취득가액을

「법인세법 시행령」제72조

제2항 제3호 나목 규정에 따라 쟁점분할 당시 시가로 계상하여야 한다는 점에 대해서는 처분청도 이견이 없다.

2)「법인세법」상 자산의 시가는 같은 법 제52조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제2항에 의하면 ① 특수관계 없는 제3자 간의 거래가격을 의미하나, 그것이 불분명한 경우에는 ② 감정가액, ③「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)상 보충적 평가액의 순서로 적용하도록 되어 있다.

3) 쟁점상표권은 제3자 사이에서 거래된 적이 없어 ① 특수관계 없는 제3자 거래가격은 존재하지 않고, 결국 그 시가 산정을 위해서는 ② 감정가액 내지 ③ 상증법상 보충적 평가방법을 적용한 평가액 순서로 적용하여야 할 것인데,

상증법상 상표권의 보충적 평가방법에 대해 같은 법 시행령 제59조 제5항 및 같은 법 시행규칙 제19조 제4항에서 권리에 대한 장래의 수입금액 또는 과거의 수입금액을 기준으로 계산한 가액으로 하되, 그러한 수입금액이 없는 경우에는 세무서장 등이 2인 이상의 감정평가법인에 의뢰하여 평가한 금액으로 하도록 규정하고 있는바, 쟁점상표권의 경우 장래의 수입금액을 산정할 수 없어 결국 감정을 통하여 평가될 수밖에 없었다.

4) 이에 청구법인은 위와 같이 관련 법령을 감안하여 공신력 있는 2개 감정평가법인의 평가를 거쳐 쟁점분할 당시 쟁점상표권의 시가를 산정하였으므로 쟁점상표권 소급감정가액은 적법한 시가에 해당된다.

(나) 관련 법령, 법원 판례 및 조세심판원 선결정례, 과세관청에서도 소급감정가액을 일관되게「법인세법」상 시가로 인정하고 있다.

1) 처분청은 쟁점상표권 소급감정가액을 시가로 볼 수 없다는 사유로 사후적인 감정가액이라는 점을 들고 있으나,

「법인세법 시행령」제89조

제2항에 사후적인 감정가액을 시가에서 배제한다는 취지의 명시적 규정이 없다.

2) 법원 판례, 조세심판원 선결정례에서도 사후적인 감정가액을 시가로 인정한 다수의 사례가 있다.

과세관청 스스로 소급감정가액을 시가로 보아 과세한 사례들에 있어 법원OOO 및 조세심판원 등OOO은 소급감정가액을 시가로 인정하였고, 납세자가 세무조사 직후 감정평가를 수행한 결과를 토대로 불복을 제기한 경우에 있어서도 조세심판원은 그 소급감정액을 시가로 인정하여 과세처분을 취소한 사례OOO도 있다. 따라서 세무조사와 무관하게 청구법인 스스로 쟁점분할 당시의 쟁점상표권에 대한 시가 평가 누락 사실을 발견하여 자발적으로 감정평가를 통해 제시한 쟁점상표권 소급감정가액은 시가에 해당된다 할 것이다.

3) 국세청에서는 소송 중 필요한 경우 사후적인 감정을 통해 시가를 산정하도록 하는 내부규정(‘소송사무처리규정’ 제29조 제1항 제2호)을 두고 있고, 시가 산정을 위해 소급감정을 위한 예산을 편성하여 집행하고 있으면서도 쟁점상표권 소급감정가액이 사후적으로 평가되었다는 사유만으로 시가로 부인하는 것은 타당하지 않다.

(라) 처분청 의견대로 사후적인 감정이라는 이유만으로 쟁점상표권 소급감정가액을 시가로 인정할 수 없다면, 적격물적분할로 취득한 자산의 취득가액은

「법인세법 시행령」제72조

제2항 제3호에서 시가로 계상하도록 규정하고 있음에도 자산의 취득시점에 감정평가를 하지 못한 모든 경우에 취득가액을 시가로 계상할 수 없는 극히 부당한 결론에 이르게 된다.

(마) 처분청이 별도의 감정평가 등으로 쟁점상표권의 시가를 제시하지 않은 채 청구법인이 제시한 쟁점상표권 소급감정가액을 시가로 부인하여 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

1) 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사·확인할 의무가 있고OOO, 그에 따라 실제로 경정거부처분 관련 소송사건에서 시가의 입증책임이 과세관청에 있다고 보아, 과세관청이 제시한 금액을 시가로 볼 수 없다는 이유로 경정거부처분을 취소한 다수 판례OOO가 있다.

2) 납세의무자인 원고가 당초 신고한 과세표준 및 세액에 오류가 있다는 사정을 일응 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 밝힌 경우에는 과세관청인 피고가 해당 사유가 경정청구 사유가 되지 못한다는 사정을 입증하지 않는 한 그 감액청구사유가 존재한다고 봄이 상당하다할 것OOO이다.

3) 그러나 이 건에서 처분청은 청구법인이 제시한 쟁점상표권 소급감정가액을 시가로 부인하면서도 사후적인 감정을 통한 시가산정을 위해 별도의 예산까지 확보하고 있으면서도 스스로 쟁점상표권의 시가를 제시하지 않은 것은 그 자체로 위법하다.

(바) 쟁점상표권 브랜드 파워 등에 비추어 보면 쟁점상표권 소급감정가액이 시가로 더욱 타당하다는 점이 확인된다.

1) 쟁점상표권 소급감정가액을 산정한 2곳의 감정평가법인OOO은 모두 국토해양부장관이 공인한 13개 대형 감정평가법인에 속하고, 2곳의 감정가액이 유사한 수준인 이상 오류가 있을 가능성은 낮으며, OOO의 경우 2013년 당시 브랜드 가치 기준 39위로 유수한 다른 브랜드[OOO(68위), OOO(66위), OOO(44위), OOO(47위), OOO(50위)]보다 훨씬 높은 수준으로 평가(2013년 대한민국 100대 브랜드)되었다.

2) 또한 2013년 1분기 기준 OOO와 OOO은 각각 일반의약품 판매순위 1위 및 5위에 이르기도 하였는 등 쟁점상표권 소급감정가액OOO을 신뢰할 수 없다는 별다른 사정이 존재하지 않고, 동 평가액을 과도한 수준으로 볼 수도 없다.

(2)-① 쟁점상표권 소급감정가액이「법인세법」상 시가에 해당된다 하더라도 2014.2.21. 대통령령 제25194호로 개정된

「법인세법 시행령」제29조의2

제2항(이하 “쟁점개정규정”이라 한다)의 시행일 이전에 이루어진 쟁점분할로 청구법인이 취득한 쟁점상표권의 감가상각비는 분할전법인의 장부가액을 적용하여 계산하여야 한다는 취지의 처분청 예비적 처분사유는 다음과 같은 사유로 타당하지 않다.

(가) 처분청 의견대로라면 쟁점상표권의 취득가액은 시가를 적용하면서 2014.2.21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의

「법인세법 시행령」제29조의2

제2항(이하 “쟁점종전규정”이라 한다)에 따라 분할전법인의 장부가액을 기준으로 감가상각하여야 한다는 것으로 이는 취득원가를 내용연수 동안 감가상각을 통해 손금에 계상하는 세법의 대원칙에 반한다.

(나) 쟁점개정규정은 2012년 분할신설법인이 물적분할에 따른 자산의 취득가액을 기존 분할전법인의 장부가액에서 분할 당시 시가를 적용하는 것으로 개정될 당시 입법누락 사항을 시정한 개정사항으로서 확인적 규정에 불과하다.

1)

「법인세법 시행령」제29조의2

제2항은 2010.12.30. 신설 당시 적격물적분할로 취득한 자산은 분할전법인의 장부가액을 기준으로 감가상각을 하도록 규정하였고, 2014.2.21. 개정시 적격물적분할을 동 규정 적용대상에서 삭제함으로써 결과적으로 시가를 기준으로 감가상각을 하도록 개정되었으며, 2019.2.13. 개정시 적격물적분할을 동 규정 적용대상에 포함하여 분할전법인의 장부가액을 기준으로 감가상각하도록 개정되었다.

2) 적격물적분할로 취득한 자산의 취득가액은 2012.2.2. 대통령령 제23589호로

「법인세법 시행령」제72조

제2항 제3호 개정시 기존 장부가액에서 시가로 계상하는 것으로 변경되었으므로, 적격물적분할로 취득한 자산의 감가상각 관련 규정인 쟁점종전규정도 같은 취지대로 개정되었어야 하나, 입법실수로 개정되지 못하다가 2014.2.21. 대통령령 제25194호로 개정되었는데, 이는 기획재정부에서 발간한 ‘2014년 개정세법 해설’에서 동 규정 개정의 입법취지를 조문정비로 기재하고 있는 사실로도 확인된다.

(2)-② 설령 처분청 의견대로 쟁점분할에 따라 청구법인이 취득한 쟁점상표권의 감가상각에 대해 쟁점개정규정을 적용한다 하더라도 부칙에 명문상 물적분할 시기에 따른 경과조치나 적용례를 구체적으로 규정하고 있지 않으므로, 쟁점개정규정 시행 이전에 쟁점분할이 이루어졌다 하더라도 쟁점개정규정에 따라 2014사업연도부터는 시가를 기준으로 감가상각하는 것으로 해석하여야 한다.

1) 조세법령이 개정되면서 그 부칙에서 개정조문과 관련하여 별도의 경과규정을 두지 아니한 경우에는 납세의무가 성립한 당시에 시행되던 법령을 적용하여야 하는 것OOO인바, 쟁점개정규정의 경우 그 부칙에서 별도의 경과조치를 두지 않았고, 쟁점개정규정에 관하여 적용되는 유일한 부칙은 “2014.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다”는 일반적 적용례(부칙 제2조)이므로 쟁점분할이 쟁점개정규정 시행 이전에 이루어졌다 하더라도 쟁점상표권의 감가상각은 2014사업연도부터는 시가를 기준으로 감가상각하는 것으로 해석되어야 한다.

2) 법제처 법령입안.심사기준에 의하면 법령의 개정에도 불구하고 구법이 적용되어야 하는 사안이 있다면, 반드시 구법에 의하도록 하는 명문의 경과조치 또는 적용례를 두어야 한다는 점을 수차례 강조하면서 법령의 개정에도 불구하고 구법이 적용되는 경우에 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 …한 것은 …의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”라는 경과조치를 두거나 “…이후 …하는 것부터 적용한다”는 적용례를 반드시 두어야 한다고 명시하고 있다. 그러나 쟁점개정규정의 경우 부칙에서 경과조치 또는 개별적 적용례를 규정하지 않았다.

3) 쟁점개정규정 시행일 이전에 이루어진 적격물적분할에 대해서도 쟁점개정규정이 적용되어야 한다는 점은 2019.2.12. 대통령령 제29529호로 동 규정 개정 당시의 부칙 규정과 비교해 보면 더욱 명확하다.

가) 2019.2.12. 대통령령 제29529호로

「법인세법 시행령」제29조의2

제2항 개정시 부칙 제8조 제1항은 개별적 적용례로서 “제29조의2의 개정규정은 이 영 시행 이후 물적분할 또는 현물출자하는 분부터 적용한다”라고 하여 신법은 2019년 개정 이후 이루어진 적격물적분할로 취득한 자산에 대해서만 적용된다고 명확히 규정하고 있다.

나) 또한 경과조치로서 부칙 제8조 제2항은 “이 영 시행 전에 물적분할 또는 현물출자하여 이 영 시행 당시 종전의 제24조부터 제26조까지, 제26조의2, 제26조의3 및 제27조부터 제29조까지의 규정에 따라 감가상각하는 분에 대해서는 제29조의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”라고 하며, 2019년 개정 이전에 이루어진 적격물적분할로 취득한 자산에 대해서는 종전규정이 적용된다는 점을 명확히 하고 있다.

다) 위와 달리 쟁점개정규정 부칙에서는 적격물적분할 감가상각 규정에 관하여 어떠한 개별적 적용례나 경과조치를 두지 않았으므로 쟁점개정규정 이전에 이루어진 적격물적분할로 취득한 자산에 대해서도 2014.1.1.부터는 쟁점개정규정이 적용된다고 해석해야 마땅하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점상표권 소급감정가액은「법인세법」상 시가로 볼 수 없다.

(가)

「법인세법 시행령」제89조

제1항 및 제2항은 시가란 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 하며, 시가가 불분명한 경우에는 ① 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 감정가액(감정한 가액이 2이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액), ② 상증법상 보충적 평가액을 순차적으로 적용하도록 규정하고 있는 바,

분할전법인과 청구법인은 쟁점분할 당시 쟁점상표권에 대해 감정평가를 실시하지 아니하였고, 이외에 시가로 볼 만한 가액이 존재하지 않으므로 시가가 불분명한 경우에 해당되어 쟁점분할 당시 쟁점상표권의 시가는 상증법상 보충적 평가액으로 산정하여야 할 것이다.

(나) 대법원 판례OOO에 의하면 소급감정가액이라 하더라도 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다는 점이 인정될 경우에는 시가로서 인정할 수 있다는 입장이나, 조세심판원 다수 선결정례OOO에 의하면 소급감정가액은 시가로 인정할 수 없다는 것이 일관된 입장이다.

(다) 또한「법인세법」상 거래당시 매매사례가액 내지 감정평가액 등이 존재하지 아니하여 시가가 불분명한 경우에는 상증법상 보충적 평가방법을 적용하도록 규정하고 있는데도, 소급감정가액을 시가로 인정하게 되면 상증법상 보충적 평가방법은 사실상 적용될 여지가 없게 되어 관련 규정이 형해화 될 우려가 있고, 당초 감정가액이 없어 상증법상 평가방법을 적용하여 자산을 평가한 자와의 불공평을 초래하게 된다.

(라) 만약, 납세자가 매매사례가액이 없어 상증법상 평가방법으로 신고한 경우에도 과세관청이 사후에 소급감정가액을 시가로 산정하여 과세하게 되는 경우 납세자는 부과제척기간 도과시까지 항상 불안정한 상태에 놓이게 되어 법적 안정성을 심히 저해할 우려가 있다.

(마) 또한, 소급감정가액을 시가로 인정하게 되면 납세자 또는 과세관청은 시가를 파악하기 위해서 개별적으로 소급감정의 방법에 의존할 수밖에 없어 감정수수료가 소요되는 감정평가를 위해 불필요한 예산과 납세협력비용이 발생할 수 있다.

(바) 법적 안정성을 높이고 조세 집행상의 혼란을 방지하기 위하여「법인세법」상 시가 산정시 납세자에 의한 소급감정가액 뿐만 아니라 과세당국에 의한 소급감정가액도 시가로 인정하지 않음이 타당한바,

국세청은 대법원 판례 이후에도 일관되게 소급감정가액을 시가로 인정하지 않고 있고OOO,「법인세법」상 쟁점상표권에 대하여 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 존재하지 않아 시가가 불분명한 경우에는 감정평가액과 상증법상 보충적 평가방법을 순차적으로 적용하여야 하며 법적 안정성을 높이고 조세 집행상의 혼란을 방지하기 위해서는 소급감정가액은 시가로 인정할 수 없는바, 이 건의 경우 쟁점분할 당시 쟁점상표권의 시가가 불분명한 경우로서 감정가액이 존재하지 않으므로 상증법상 보충적 평가방법을 시가로 적용하여야 할 것이다.

(2) 설령, 쟁점상표권 소급감정가액이「법인세법」상 시가에 해당되는 것으로 본다 하더라도 다음과 같은 사유로 2013.2014사업연도 쟁점상표권의 감가상각비는 분할전법인의 장부가액을 기준으로 계산하여야 한다.

(가) 쟁점종전규정은 적격물적분할에 의하여 취득한 자산의 상각범위액을 정할 때 취득가액은 자산을 양도한 법인(“양도법인”)의 취득가액으로 하고, 미상각잔액은 양도법인의 양도 당시의 장부가액에서 자산을 양수한 법인(“양수법인”)이 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한 잔액으로 하며, 상각범위액은 양도법인의 상각범위액을 승계하는 방법과 양수법인의 상각범위액을 적용하는 방법 중 선택하도록 하고 규정하고 있다.

따라서 청구법인이 2013.3.1. 쟁점분할로 취득한 쟁점상표권의 감가상각비 범위액은 쟁점종전규정에 따라 분할전법인의 장부가액을 기준으로 계산하여야 하고, 분할 당시 시가를 기준으로 계산하는 것으로 개정된 쟁점개정규정은 부칙 일반적 적용례에 따라 2014.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 적격물적분할하는 분부터 적용하여야 할 것이다.

(나) 참고로, 구조조정을 세절감 수단으로 활용하는 것을 방지하기 위하여 2019.2.12.

「법인세법 시행령」 제29조의2

제2항(중고자산 등의 상각범위액)을 개정하여 적격물적분할로 취득한 자산의 감가상각범위액 계산시 감가상각기준을 기존 시가에서 분할전법인의 장부가액을 적용하는 쟁점종전규정 내용으로 개정한 바도 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점상표권 소급감정가액을「법인세법」상 시가로 인정할 수 있는지 여부

② (예비적 처분사유) 쟁점개정규정 시행일 이전에 쟁점분할로 청구법인이 취득한 쟁점상표권의 2013.2014사업연도 감가상각범위액은 쟁점분할 당시 시가를 기준으로 산정할 것인지, 아니면 분할전법인의 장부가액을 기준으로 산정할 것인지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제23조【감가상각비의 손금불산입】① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제ㆍ감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입.제작.교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조.생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

제47조【물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례】① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조 제2항 각 호의 요건(같은 항 제2호의 경우 전액이 주식등이어야 한다)을 갖춘 경우 그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제46조 제2항 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다.

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된 것)

제24조【감가상각자산의 범위】① 법 제23조 제3항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 고정자산을 말한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산

가. 영업권(합병 또는 분할로 인하여 합병법인등이 계상한 영업권은 제외한다), 디자인권, 실용신안권, 상표권

제26조【상각범위액의 계산】① 제23조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 말한다.

1. 건축물과 무형고정자산(제3호 및 제6호 내지 제8호의 자산을 제외한다) : 정액법

② 제1항 각 호의 규정에 의한 상각방법은 다음과 같다.

1. 정액법：당해 감가상각자산의 취득가액(제72조의 규정에 의한 취득가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 균등하게 되는 상각방법

제29조의2【중고자산 등의 상각범위액】② 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 자산의 포괄적 양도(이하 이 조에서 "적격합병등"이라 한다)에 의하여 취득한 자산의 상각범위액을 정할 때 제26조 제2항 각 호 및 같은 조 제6항에 따른 취득가액은 적격합병등에 의하여 자산을 양도한 법인(이하 이 조에서 "양도법인"이라 한다)의 취득가액으로 하고, 미상각잔액은 양도법인의 양도 당시의 장부가액(양도 당시의 시가에서 제80조의4 제1항, 제82조의4 제1항, 제84조 제4항 또는

「조세특례제한법 시행령」제35조

제10항에 따른 자산조정계정을 뺀 금액을 말한다)에서 적격합병 등에 의하여 자산을 양수한 법인(이하 이 조에서 "양수법인"이라 한다)이 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한 잔액으로 하며, 해당 자산의 상각범위액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 정할 수 있다. 이 경우 선택한 방법은 그 후 사업연도에도 계속 적용한다.

1. 양도법인의 상각범위액을 승계하는 방법. 이 경우 상각범위액은 법 및 이 영에 따라 양도법인이 적용하던 상각방법 및 내용연수에 의하여 계산한 금액으로 한다.

2. 양수법인의 상각범위액을 적용하는 방법. 이 경우 상각범위액은 법 및 이 영에 따라 양수법인이 적용하던 상각방법 및 내용연수에 의하여 계산한 금액으로 한다.

제72조【자산의 취득가액 등】② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병.분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액

나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가

3의2. 물적분할에 따라 분할법인이 취득하는 주식 등의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 적격물적분할의 경우 : 물적분할한 순자산의 장부가액

나. 가목 외의 물적분할의 경우 : 물적분할한 순자산의 시가

제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2.

「상속세 및 증여세법」 제38조

ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및

「조세특례제한법」 제101조

를 준용하여 평가한 가액.

(3) 법인세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25194호로 개정된 것)

제29조의2【중고자산 등의 상각범위액】② 적격합병, 적격분할 또는 자산의 포괄적 양도(이하 이 조에서 "적격합병 등"이라 한다)에 의하여 취득한 자산의 상각범위액을 정할 때 제26조 제2항 각 호 및 같은 조 제6항에 따른 취득가액은 적격합병 등에 의하여 자산을 양도한 법인(이하 이 조에서 "양도법인"이라 한다)의 취득가액으로 하고, 미상각잔액은 양도법인의 양도 당시의 장부가액(양도 당시의 시가에서 제80조의4 제1항, 제82조의4 제1항, 제84조 제4항 또는

「조세특례제한법 시행령」제35조

제10항에 따른 자산조정계정을 뺀 금액을 말한다)에서 적격합병 등에 의하여 자산을 양수한 법인(이하 이 조에서 "양수법인"이라 한다)이 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한 잔액으로 하며, 해당 자산의 상각범위액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 정할 수 있다. 이 경우 선택한 방법은 그 후 사업연도에도 계속 적용한다.

1. 양도법인의 상각범위액을 승계하는 방법. 이 경우 상각범위액은 법 및 이 영에 따라 양도법인이 적용하던 상각방법 및 내용연수에 의하여 계산한 금액으로 한다.

2. 양수법인의 상각범위액을 적용하는 방법. 이 경우 상각범위액은 법 및 이 영에 따라 양수법인이 적용하던 상각방법 및 내용연수에 의하여 계산한 금액으로 한다.

부칙 ＜제25194호, 2014.2.21.＞

제2조【일반적 적용례】이 영은 2014년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

(4) 법인세법 시행령(2019.2.13. 대통령령 제25529호로 개정된 것)

제29조의2【중고자산 등의 상각범위액】② 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자(법 제47조의2 제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 양도차익에 해당하는 금액을 손금에 산입하는 현물출자를 말한다. 이하 같다)(이하 이 조에서 "적격합병등"이라 한다)에 의하여 취득한 자산의 상각범위액을 정할 때 제26조 제2항 각 호 및 같은 조 제6항에 따른 취득가액은 적격합병등에 의하여 자산을 양도한 법인(이하 이 조에서 "양도법인"이라 한다)의 취득가액으로 하고, 미상각잔액은 양도법인의 양도 당시의 장부가액에서 적격합병등에 의하여 자산을 양수한 법인(이하 이 조에서 "양수법인"이라 한다)이 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한 잔액으로 하며, 해당 자산의 상각범위액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 정할 수 있다. 이 경우 선택한 방법은 그 후 사업연도에도 계속 적용한다.

1. 양도법인의 상각범위액을 승계하는 방법. 이 경우 상각범위액은 법 및 이 영에 따라 양도법인이 적용하던 상각방법 및 내용연수에 의하여 계산한 금액으로 한다.

2. 양수법인의 상각범위액을 적용하는 방법. 이 경우 상각범위액은 법 및 이 영에 따라 양수법인이 적용하던 상각방법 및 내용연수에 의하여 계산한 금액으로 한다.

부칙 ＜제29529호, 2019.2.12.＞

제2조【일반적 적용례】이 영은 2019년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

제8조【중고자산 등의 상각범위액에 관한 적용례 등】① 제29조의2의 개정규정은 이 영 시행 이후 물적분할 또는 현물출자하는 분부터 적용한다.

(5) 상속세 및 증여세법(2014.1.1. 법률 제12168호로 개정되기 전의 것)

제64조【무체재산권 등의 평가】① 매입한 무체재산권(無體財産權)의 가액은 매입가액에서 매입한 날부터 평가기준일까지의 「법인세법」상의 감가상각비를 뺀 금액으로 평가한다.

② 제1항 외에 공업소유권 등 그 밖의 무체재산권의 평가는 해당 재산의 취득을 위하여 든 가액 또는 장래의 경제적 이익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(6) 상속세 및 증여세법 시행령(2014.2.21.대통령령 제25195호로 개정되기 전의 것)

제59조【무체재산권 등의 평가】① 매입한 무체재산권의 가액은 매입가액에서 매입한 날부터 평가기준일까지의 감가상각비상당액을 차감한 가액에 의한다.

② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 아니하되, 당해 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 당해 가액을 영업권의 평가액으로 한다.

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제56조 제1항의 규정을 준용하여 평가한다. 이 경우 동조 제1항중 "1주당 순손익액 및 1주당 추정이익"은 "순손익액"으로 본다.

⑤ 특허권ㆍ실용신안권ㆍ상표권ㆍ디자인권 및 저작권 등은 그 권리에 의하여 장래에 받을 각 연도의 수입금액을 기준으로 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액의 합계액에 의한다. 이 경우 각연도의 수입금액이 확정되지 아니한 것은 평가기준일전 3년간의 각 연도 수입금액의 합계액을 기획재정부령이 정하는 바에 따라 평균한 금액을 각 연도의 수입금액으로 할 수 있다.

(7) 상속세 및 증여세법 시행규칙 (2015.3.13. 기획재정부령 제481호로 개정되기 전의 것)

제19조【무체재산권등의 평가】② 영 제59조 제5항 전단에 따른 특허권ㆍ실용신안권ㆍ상표권ㆍ디자인권 및 저작권 등의 가액은 다음의 산식에 의하여 환산한 금액의 합계액으로 한다.

③ 제2항의 산식을 적용함에 있어서 평가기준일부터의 최종 경과연수는 당해 권리의 존속기간에서 평가기준일 전일까지 경과된 연수를 차감하여 계산한다. 이 경우 평가기준일부터의 최종 경과연수가 20년을 초과하는 때에는 20년으로 한다.

④ 영 제59조 제5항 후단에 따라 특허권ㆍ실용신안권ㆍ상표권ㆍ디자인권 및 저작권 등의 권리에 의한 각 연도의 수입금액이 확정되지 아니한 경우에는 평가기준일전 최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 그 미달하는 연수로 한다. 이하 이 항에서 같다)의 각 연도의 수입금액의 합계액을 평균한 금액을 각 연도의 수입금액으로 하되, 최근 3년간 수입금액이 없거나 저작권(저작인접권을 포함한다)으로서 평가기준일 현재 장래에 받을 각 연도의 수입금액이 하락할 것이 명백한 경우에는 법 제6조 제1항 본문에 따른 세무서장등이 2이상의 공신력있는 감정기관(「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인을 말한다) 또는 전문가의 감정가액 및 해당 권리의 성질 기타 제반사정을 감안하여 적정한 가액으로 평가할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 분할전법인은 2013.3.1. 분할존속법인 OOO㈜, 청구법인(물적분할신설법인), OOO㈜(인적분할신설법인)로 각각 분리되었다.

OOO

(2) 청구법인이 2014.3.31. 2013사업연도 법인세 신고시 첨부한 ‘물적분할과세특례 신청서’ 및 ‘자산의 양도차익에 관한 명세서’의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(3) 분할존속법인은

「법인세법」제47조

제1항 등에 따라 물적분할 과세특례를 적용하여 쟁점분할에 따른 분할양도차익 OOO원을 익금산입(투자주식)하는 한편, 같은 금액을 손금산입(압축기장충당금)하여 2013사업연도 법인세 신고를 하였다.

(4) 이후 청구법인은 2019.1.9. ＜표2＞와 같이 2개 감정평가법인에 쟁점상표권을 2013.3.1. 시점으로 소급감정을 의뢰하여 평가하였고, 분할존속법인은 쟁점상표권 소급감정가액과 당초 신고한 분할양도차익과의 차액을 익금산입(유보)하는 한편, 같은 금액을 손금산입(△유보)하여 2019.2.26. 수정신고를 하였다(양편 조정으로 추가 납부세액 없음)

OOO

(5) 청구법인은 2019.3.28. 쟁점상표권 소급감정가액을 취득가액으로 하여 감가상각비를 재계산하고, 신고조정 방법으로 당초 신고한 감가상각비와의 차액을 추가로 손금에 산입하여 2013.2014 사업연도 법인세 경정청구를 하였다.

OOO

(6) 쟁점개정규정 등

「법인세법 시행령」제29조의2

제2항 개정 관련 기획재정부의 ‘간추린 개정세법’ 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 적격물적분할로 분할신설법인이 취득하는 자산의 취득가액은 2012.2.2. 대통령령 제23589호로「법인세법 시행령」개정시 제72조 제2항 제3호 나목에서 시가로 계상하도록 규정하였고, 적격물적분할로 분할신설법인이 취득하는 중고자산의 감가상각범위액은 쟁점개정규정 개정 이전에는 양도법인의 취득가액을 기준으로 산정하도록 규정하였다가 쟁점개정규정 적용대상에서 적격물적분할을 제외함에 따라 적격물적분할 당시 시가를 기준으로 산정하는 것으로 개정되었다.

(나) 한편,「법인세법」상 “시가”는 같은 법 제52조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제2항에서 특수관계 없는 제3자 간에 거래가격으로 정의하면서 해당 거래와 유사한 상황에서 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우 그 가격으로 보되, 시가가 불분명한 경우 감정가액, 상증법상 보충적 평가방법에 따른 평가액을 차례로 적용하도록 규정하고 있다.

(다) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대 쟁점분할로 설립된 청구법인이 취득한 쟁점상표권을 시가로 계상하여야 한다는 점에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없으나, 청구법인은 쟁점분할 당시 쟁점상표권의 시가로 쟁점상표권 소급감정가액을 적용하여야 한다고 주장하는바,

쟁점상표권 소급감정가액은 쟁점분할일로부터 5년 10개월이 경과한 시점의 소급감정으로 평가된 가액인데, 통상 소급감정은 “평가기준일이 동일하다면 평가시점이 달라진다고 하여 평가가액이 차이가 날 이유가 없다”는 전제에서 인정되는 것인데, 부동산과 달리 쟁점상표권의 시가평가는 시장가치, 수익가치, 상대가치 등 다양한 예측치가 종합적으로 고려되어 결정되므로, 이미 발생한 사실관계를 기초로 과거의 상표권의 가치를 소급감정하는 것은 원칙적으로 허용될 수 없다고 봄이 상당하다 할 것인 점, 쟁점상표권의 감정평가는 미래 현금흐름에 대한 추정을 통해 평가되어야 할 것이나, 소급감정은 이미 ‘확정’된 전제사실을 기초로 하는 것이므로, 현금흐름할인법에 의한 상표권의 소급감정은 성질상 허용될 수 없는 것으로 보아야 할 것인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

다만, 청구법인은 쟁점분할로 취득한 쟁점상표권을 분할전법인의 장부가액으로 계상하였으나, 쟁점상표권의 시장지배력 등을 감안할 때 이를「법인세법」상 시가로 보기는 어려운 점, 쟁점분할 당시 쟁점상표권의 시가로 볼 만한 가액이 존재하지 않고, 감정평가액도 없으므로 쟁점분할 당시 쟁점상표권을

「법인세법 시행령」제89조

제2항 제2호에 의하여 준용되는

상증법 제64조

, 같은 법 시행령 제59조 제5항 및 같은 법 시행규칙 제19조 등의 규정에 따라 평가하는 것이 타당하다고 판단된다.

(라) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대 처분청은 쟁점개정규정 시행일 이전 쟁점분할로 청구법인이 취득한 중고자산의 감가상각범위액은 쟁점개정규정이 개정되기 전에 적용되었던 분할전법인의 장부가액을 기준으로 산정하여야 한다는 의견이나, 쟁점개정규정 당시 부칙 (제25194호, 2014.2.21.)에서 쟁점개정규정 관련 개별적용례를 규정하고 있지 않으므로 처분청 의견을 받아들이기 어려운 점, 쟁점개정규정의 시행시기는 부칙(제25194호, 2014.2.21.) 제2조에서 2014.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용하도록 규정하고 있으므로 청구법인이 쟁점상표권 감가상각범위액을 산정함에 있어 쟁점분할 당시 위 (다)와 같이 쟁점상표권의 시가로 재산정된 가액을 기준으로 한 감가상각범위액은 2014사업연도분부터 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.