조심 2023구3514 (2024.02.27)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 기술(이하 “OOO 기술”이라 한다)을 바탕으로 OOO 장비의 개발 및 판매를 목적으로 2003년 12월경 설립되었다.

나. 청구법인의 개발부서는 2006.10.26. 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소로 최초 인증을 받았으며, 인증 이후 개발부서 연구전담요원의 인건비에 대해서만

「조세특례제한법」제10조

의 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받아 왔으나, 2022.3.31. 처분청에 2016사업연도에 진행한 14개의 OOO 제조설비(이하 “쟁점설비”라 한다) 개발 프로젝트(이하 “쟁점프로젝트”라 한다)에서 발생한 비용 중, 초도 시제품 제작비용 OOO원 및 시제품 개선비용 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)에 대하여 연구.인력개발비 세액공제를 추가로 적용하여 2016~2020사업연도 법인세를 환급하여야 한다는 내용으로 경정청구를 하였고, 처분청은 2022.11.9. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.1.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점비용의 구체적 내역은 아래 ＜표2＞와 같은바, 처분청은 청구법인의 경정청구 거부 당시 쟁점프로젝트와 관련하여 출원하고자 한 특허가 있었는지 여부에 따라 각각 다른 이유로 연구.인력개발비 세액공제를 부인하였다.

(가) 처분청은 청구법인의 프로젝트 과정에서 출원하고자 한 특허가 있는 경우(위의 ＜표2＞ 과제①·②·④·⑤·⑥·⑨·⑩·⑫·⑬·⑭, 이하 “프로젝트①”이라 한다)에는 연구개발활동에 부합하는 과학적.기술적 진전이 존재한다는 사실을 인정하면서도 최종 개발품이 고객사에게 판매되었다는 이유로 관련 연구개발비 OOO원(이하 “쟁점비용①”이라 한다)에 대한 연구.인력개발비 세액공제를 부인하였으나, 이는 다음의 이유로 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당된다.

1)

「조세특례제한법」제10조

제1항 및 같은 법 시행령 제8조 제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제는 같은 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 같은 법 시행령 [별표6]의 비용에 대하여 적용되는바, [별표6] 제1호 가목 2)에서 ‘전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)’를 열거하고 있다.

과세관청의 유권해석에 따르면, 연구개발과정에서 부수적으로 시제품이 발생하여, 당해 시제품을 폐기하거나 사용 또는 판매하는 경우에도 당해 연구에 투입된 연구.인력개발비는 연구.인력개발을 위한 비용에 해당되고(서면인터넷방문상담2팀-1426, 2005.9.6.), 납품업체가 자체 연구개발에 따른 특허권 등을 소유ㆍ사용하면서 납품 조건을 충족시키는 개발품(시제품)만을 공급하고 받은 대가도 연구ㆍ인력개발비에 해당된다(재조특-177, 2017.2.9.).

이처럼 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 연구개발비용에는 연구개발을 위한 견본품, 시제품, 개발품 등의 제작비용이 포함되고, 제작이 완료된 견본품, 시제품, 개발품의 폐기, 사용, 판매 여부는 연구.인력개발비 세액공제의 적용 여부에 영향을 미치지 않는다.

2) 청구법인이 고객사가 요구하는 사양의 OOO 제조설비를 개발하기 위해서는 필수적으로 제품화 테스트를 수행해야 하고, 이를 위해서는 반드시 초도 시제품을 제작해야 하며, 해당 초도 시제품은 제품화 테스트 단계에서 지속적으로 개선.개량되고, 궁극적으로 고객사의 제조공정에 유기적으로 결합하여 고객사가 목표한 OOO의 생산이 가능할 때 최종 개발품이 되며, 이를 고객사에 인도함으로써 설비의 개발 과정이 완료된다.

3) 일반적으로 OOO 제조공정에 사용되는 소재, 부품, 장비는 고가이므로 OOO 제조공정의 개발에는 대규모의 투자가 필요한바, 청구법인이 지출한 쟁점비용도 OOO 제조설비의 개발 과정에 필수적으로 지출되는 비용이고, OOO 제조공정의 특성상 개발품을 고객사에 판매할 수밖에 없다.

따라서, 개발품을 고객사에게 판매한다는 이유로 쟁점비용이 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당되지 않는다고 본 처분청의 이 건 처분은 부당하다.

(나) 처분청은 청구법인의 프로젝트 과정에서 출원하고자 한 특허가 없는 경우(위의 ＜표2＞ 과제③·⑦·⑧·⑪, 이하 “프로젝트②”라 한다)에는 과학적.기술적 진전이 확인되지 않는다는 이유로 관련 연구개발비 OOO원(이하 “쟁점비용②”라 한다)에 대한 연구.인력개발비 세액공제를 부인하였으나, 이는 다음의 이유로 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당된다.

1) 과거 국세청은 자체기술개발과 관계없이 거래처의 납품 의뢰에 따라 의뢰받은 개발은 연구개발활동으로 인정하지 않았으나(서면2팀-523, 2004.3.22.), 이후 기획재정부의 유권해석에 따라 납품업체가 자기책임과 비용으로 납품 조건을 충족하기 위해 선행개발된 기술을 바탕으로 자체 기술에 의한 상품화 개발 및 Application 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련 비용은 「조세특례제한법 시행령」[별표6] 제1호 가목의 자체기술개발비용에 해당하는 것으로 유권해석을 변경하였다(재조예-641, 2006.9.20. 및 재조특-990, 2011.10.28.).

이는 내국법인의 기술개발을 촉진하여 산업의 경쟁력을 제고시키고 나아가 국가경제의 활성화를 유도하려는 연구.인력개발비 세액공제의 입법 취지를 고려하여 연구개발활동의 범위를 ‘상품화 개발’까지 확대한 것이다.

2) 또한, 과세관청은 특허의 출원.등록 여부에 관계없이 「조세특례제한법 시행령」[별표6]의 연구.인력개발활동을 위한 비용에 해당하는 경우에는 동 규정의 세액공제를 적용받을 수 있도록 하였다(법인세과-202, 2010.3.8.).

즉, 과학적 또는 기술적 진전을 위하여 지속적으로 연구개발활동을 수행하고 있다면 각각의 연구개발활동의 과학적 또는 기술적 진전 존재 유무와는 무관하게 연구개발활동의 과정에서 지출된 비용은 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 할 것이다.

3) 청구법인은 청구법인의 책임과 비용으로 원천기술인 OOO 기술에 선행개발된 다양한 코팅기법(특허권) 등을 적용하여 고객사별로 요구사양이 상이한 다양한 설비를 개발하였다. 이러한 설비 개발은 청구법인이 빠르게 발전하고 OOO 제조공정에 적합한 신규 설비를 개발할 수 있는 Know-how가 되고 있으며, 이러한 Know-how를 지속적으로 축적하고 있기에 청구법인은 OOO 산업에서 과거부터 현재까지 국내 최고의 OOO 설비 제작 업체의 지위를 유지하고 있는 것이다.

4) 처분청은 쟁점프로젝트의 특허권 존재 유무를 기준으로 프로젝트② 관련 비용을 연구.인력개발비 세액공제 대상으로 보지 않았으나, 프로젝트① 및 프로젝트②는 모두 청구법인의 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 연구개발활동에 해당하므로 쟁점비용②에 대해서도 연구.인력개발비 세액공제가 적용되는 것이 타당하다.

(2) 쟁점설비는 시제품에 해당하고, 쟁점비용은 시제품 제작비용으로서 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용에 해당한다.

(가) 연구.인력개발비 세액공제 대상 시제품은 개발단계에서 제작한 모든 Proto 및 Pilot 제품을 포함하므로 쟁점설비는 시제품에 해당한다.

과세관청은 최종 시제품 승인 후 최종 시제품과 동일한 양산품을 모두 고객사에게 납품하고 대가를 수령하는 경우에도 해당 최종 시제품 제작비용은 연구.인력개발비 세액공제 대상이라는 점을 명확히 하였다(서면2팀-1426, 2005.9.6., 사전법령법인-352, 2021.4.26.). 즉, 개발완료 시점의 최종 시제품이 양산품과 동일하더라도 개발완료 시점의 최종 시제품 제작비용은 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당된다.

(나) 쟁점프로젝트의 목표는 “쟁점설비가 고객사의 OOO 제조공정과 유기적으로 결합되어 고객사가 목적으로 하는 OOO의 생산이 지속가능하게 하는 것”이므로 청구법인의 쟁점프로젝트에 있어서 시제품 제작은 필수적이다.

특히, 쟁점프로젝트 진행 단계 중 시운전단계의 초도 시제품은 초도 설계를 바탕으로 제품화 테스트가 가능한 수준의 구동만이 이루어지는 상태이며, 이후 초도 시제품으로 고객사 SITE의 제조공정 개발과정 하에서 제품화 테스트를 진행하고 제품화 테스트 종료시점의 시제품을 평가하여 비로소 고객사에 인도될지 여부가 결정된다.

다만, 청구법인은 기존의 유권해석(서면2팀-1426, 2005.9.6., 사전법령법인-352, 2021.4.26.)과 달리 시제품의 개발 완료 후 복제(양산)품의 재제작 없이 개발 완료 시점의 최종 시제품만을 납품하는바, 이에 대해 다시 과세관청에 질의하여 복제(양산)품의 재제작과 무관하게 시제품 제작비용은 연구.인력개발비 세액공제 대상임을 확인받았다(사전-2021-법령해석법인-1658, 2021.11.23.).

따라서, 개발단계 종료 이후에 최종 시제품과 동일한 복제(양산)품의 재제작.대량생산 여부는 시제품 제작비용의 연구.인력개발비 세액공제 적용 여부에 어떠한 영향도 미치지 않는다.

조세심판원은 반도체 제품의 개발과정에서 개발에 성공한 시제품을 자산화하여 양산품 생산에 사용하여도 반도체 개발과정에서 시제품 제작 등의 비용이 필수적으로 소요되며, 개발에 실패한 시제품 개발비용과 개발에 성공한 시제품 개발비용은 모두 연구개발 단계에 있어 동일한 위험을 안고 투자된 것이므로, 개발에 성공하여 양산에 사용하는 시제품일지라도 해당 시제품 제작비용은 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당된다고 판단하였다(조심 2021서5419, 2022.8.23.).

(다) 쟁점비용에는 시제품 제작에 투입된 재료비, 외주노무비, 외주가공비 등 직접비용만이 포함되어 있고, 공통비용은 포함하고 있지 않으므로, 쟁점비용이 쟁점설비 제작비용 전체를 뜻한다는 처분청의 의견은 부당하다.

회계상 총제조원가는 모든 제품(설비)을 제작하는 과정에서 발생한 총 비용이고, 이중 제품별 제조원가[설비(별) 제작비용]는 총제조원가에서 제품(설비)별 직접원가와 공통원가 배분액을 합산하여 산정한다. 이때 총제조원가 중 제품(설비)별로 직접 대응이 가능한 비용은 직접원가이며, 직접원가 이외의 총제조원가는 제품(설비)별 공통원가로 구분하고 공통원가는 원가별 합리적인 배부기준에 따라 제품(설비)별로 배분하여 산정한다.

쟁점비용은 해당 프로젝트별로 발생한 초도 시제품 제작비용과 제품화 테스트 과정 중 발생한 시제품 개선비용으로, 모두 해당 프로젝트의 설비 제작에 직접 대응하는 비용(재료비, 외주가공비, 외주노무비 등)이며 이외의 공통비용[전력비, (내부)인건비, 소모품비 등]은 배제되어 있다.

(라) 「조세특례제한법」상 연구개발활동에는 선행개발된 기술을 바탕으로 자체 기술에 의한 상품화 개발 및 Application 개발, 사업화 전까지의 모든 과정이 포함된다.

연구개발에 관한 정의규정이 신설되기 이전부터 지금까지 기획재정부는 유권해석(재조예-641, 2006.9.20., 재조특-990, 2011.10.28., 재조특-177, 2017.2.9.)을 통해 납품업체가 자기책임과 비용으로 납품 조건을 충족하기 위해 선행개발된 기술을 바탕으로 자체 기술에 의한 상품화 개발 및 Application 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 관련 비용은 자체기술개발비용에 해당한다고 일관되게 회신하고 있다.

조세심판원 또한 연구개발활동은 신제품 개발을 위한 시제품의 설계ㆍ제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정을 포함하며 그 개발과정에는 고객사에 납품할 시제품의 설계ㆍ제작도 포함된다고 판단하고 있다(조심 2021인5767, 2022.12.6., 조심 2021전4645, 2022.2.8., 조심 2019중3785, 2021.2.1. 등).

(마) 2022.2.15. 개정된 「조세특례제한법 시행령」[별표7의2]는 국가전략기술의 범위를 규정하면서, OOO 분야의 제조기술의 개발부터 소재, 부품, 설비의 개발까지 관련된 모든 분야를 폭넓게 포함하고 있는바, OOO 분야는 제조기술의 개발부터 이에 대한 제조공정 및 관련 소재, 부품, 설비의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정이 연구개발활동에 포함된다고 보아야 한다.

(바) 쟁점프로젝트는 위탁연구개발활동이 아닌 자체연구개발활동에 해당한다.

내국법인이 계약서 형식과 무관하게 연구개발에 따른 책임과 위험을 부담하고, 연구개발에 따른 성과물을 소유하는 경우는 자체연구개발에 해당하는 것인바(서면-2019-법령해석법인-1566, 2019.12.27., 조심 2010구1325, 2010.9.13.), 청구법인과 고객사 간에 체결한 계약서의 명칭이 일반구매계약이기는 하지만, 청구법인이 계약상 의무(설비의 사양 등)를 이행하지 못하는 경우 청구법인이 모든 책임을 부담하도록 되어 있고, 개발과정에서 발생하는 특허권 등은 청구법인에서 출원 및 등록하고 있다.

청구법인이 제출한 프로젝트 중 OOO은 최종적으로 개발이 실패함에 따라 청구법인이 지출한 개발비용은 청구법인의 매몰비용이 되었을 뿐만 아니라 설비 개발 실패로 인해 고객사가 입은 손해를 청구법인이 고객사에 배상하였다.

이처럼 청구법인은 쟁점프로젝트의 책임과 비용을 전적으로 부담하고, 개발과정에서 파생되는 특허권 및 know-how 등도 청구법인이 소유하므로 쟁점프로젝트는 자체연구개발활동에 해당한다.

(3) 청구법인은 경정청구 과정에서 성실하게 자료를 제출하였고, 그 결과 프로젝트①에 대해서 연구개발활동의 존재가 인정되었다.

(가) 처분청은 청구법인이 경정청구 과정에서 성실하게 자료를 제출하지 않았다는 의견이나, 연구개발보고서 등의 작성의무를 규정한

「조세특례제한법 시행령」제9조

제13항은 2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되면서 신설된 조문으로 해당 규정은 부칙 제3조에서 “2020.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용”하도록 하고 있으므로, 2020.1.1. 이전에는 연구개발보고서 등을 작성 및 보관하여야 하는 의무 자체가 존재하지 않았다.

쟁점프로젝트는 2015~2018년 사이에 진행되어, 쟁점프로젝트에 대한 연구개발보고서 등의 작성 및 보관 의무가 존재하지 않았음에도, 청구법인은 처분청의 요청에 따라 현존하는 자료를 바탕으로 성실하게 연구개발보고서 등 관련 자료를 작성하여 제출하였고, 처분청은 청구법인이 제출한 자료를 바탕으로 10개의 프로젝트의 과정에서는 연구.개발활동의 존재를 인정하였다.

(4) 쟁점비용의 규모는 OOO 설비 개발의 특성으로 인한 것이고, 매출액 대비 연구개발비 비율은 「조세특례제한법」상 연구개발활동의 판단 시 어떠한 영향도 미칠 수 없다.

(가) OOO의 성능향상(OOO)을 위해 OOO의 핵심 소재, 부품 등이 계속 개발되고 있는데, 새롭게 개발되는 OOO 설비가 새로운 소재 등을 제조공정에 적합한 성질 및 형태, 품질로 지속적으로 가공이 될 수 있는 안정적인 상태에 도달하기 위해서는 상당한 기간 동안 제품화 테스트를 진행해야 하며, 이는 고객사의 제조공정 하에서 OOO Pilot을 생산하는 것이므로 초도 시제품 제작 시에는 개발 설비의 핵심 코어 부품들이 대다수 포함되어 제작된다. 따라서 초도 시제품 제작비용 등인 쟁점비용이 납품가의 50% 정도를 차지하는 것을 과다하다고 보는 것은 부당하다.

(나) 또한, 매출액 대비 연구개발비 비율은 법인의 업종 특성, 규모, 제품의 특성, 시장환경, 신사업 투자 등에 의해 달라질 것이므로 청구법인의 특정사업연도 매출액 대비 연구개발비용의 비율이 높다는 이유로 연구개발활동을 부인하는 것은 부당하다.

(5) (예비적 청구) 쟁점비용 중 최소한 초도 시제품 제작비용 OOO원에 대해서는 연구.인력개발비 세액공제를 인정해야 한다.

쟁점비용은 초도 설계로 인한 초도 시제품 제작비용과 이후 제품화 테스트 단계에서 발생한 직접비용으로 구성되어 있으며, 처분청은 쟁점프로젝트의 시운전 단계까지는 「조세특례제한법」상 연구개발활동으로 인정하고 있다.

따라서 쟁점비용 중 초도 시제품 제작비용은 처분청이 인정한 연구개발활동인 시운전 단계에서 필수적으로 소요되는 비용이므로, 연구.인력개발비 세액공제를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만이 연구.인력개발비 세액공제의 대상이고, 공제요건에 대한 입증책임은 청구법인에게 있다.

(가) 대법원 2014.3.13. 선고 2013두22147 판결에 따르면, 「조세특례제한법」상 연구.인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로, 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것인데, 퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없으므로, 퇴직급여충당금이나 이를 재원으로 하여 지급되는 중간정산퇴직금은 연구.인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당하지 않는다고 판단하였다.

따라서 쟁점비용이 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당하기 위해서는 쟁점비용이 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용에 해당하여야 할 것이다.

(나) 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있으므로(대법원 2009.7.9. 선고 2007두4049 판결), 쟁점비용이 연구.인력개발비 세액공제 요건을 충족하였는지에 대하여 청구법인이 입증하여야 한다.

(2) 연구.인력개발비 세액공제 대상이 되는 것은 ‘전담부서등이 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류 구입비’일 뿐이고, 거래처에 공급할 목적으로 제작한 ‘설비 제작비용 전체’가 세액공제의 대상이 되는 것이 아니다.

(가) 조세심판원은 甲법인이 거래상대방과 구매계약을 체결하고 함정을 건조.납품하였는데, 위 함정들의 건조비용이 연구.인력개발비 세액공제 대상인지가 문제된 사안에서, 쟁점함정들이 견본품에 해당하므로 쟁점건조비용 전액을 연구개발비로 보아 세액공제를 하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단하였다(조심 2018부4066, 2021.6.21.).

(나) 「조세특례제한법」은 2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되면서 제9조 제5항에서 연구개발에 관한 정의 규정을 처음으로 마련하였는데, 이러한 개정은 연구.인력개발비 세액공제 적용대상의 범위를 국제적 기준에 맞게 정비하기 위한 취지에서 OECD가 정의하는 R＆D 개념을 도입한 것이었다.

한편, OECD는 프라스카티 매뉴얼이라는 표준지침을 통하여 R＆D 개념을 구체화하고 있는바, 프라스카티 매뉴얼은 전세계 각국의 연구개발통계 조사의 표준지침서로 널리 활용되고 있으며, 연구개발의 개념과 정의, 연구개발 및 관련 지출.인력.지원 등에 관한 상세한 판단기준을 마련하고 있다.

프라스카티 매뉴얼 2015에서 연구개발활동으로 정의되기 위해서는 해당 활동이 ① 새롭고, ② 창의적이고, ③ 불확실하고, ④ 체계적이고, ⑤ 이전 가능하거나 재현 가능해야 한다고 정의하고 있다.

(다) 청구법인은 고객사와 일반적인 구매 계약을 체결하였는데, 그 계약 내용에는 납품설비 사양, 배송, 설치 일정, 품질보증 등에 관한 내용이 존재한다.

고객사는 청구법인이 이미 어느 정도의 설비 제작에 필요한 기술들을 보유하고 있는 점을 고려하여, 청구법인과 설비 공급에 관한 계약을 체결하였을 것이고, 청구법인의 쟁점설비 제작과정 중에는 어려움이 없이 기존의 기술로도 가능한 부분이 반드시 포함될 수밖에 없으며, 쟁점비용 중에는 과학적 또는 기술적 진전과 관련이 없는 비용이 혼재되어 있을 수밖에 없다.

쟁점비용 중에는 쟁점설비를 제작하는데 소요되는 원자재 비용뿐만 아니라, 조립.해체 인건비, 운송비 등이 포함되어 있는데, 위 비용들은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 필요한 비용이라고 보기 어렵다. 또한, 각 물품의 발주번호별 구매요청자가 확인되지 않아 전담부서의 연구용으로 사용하기 위하여 구입한 비용인지도 확인되지 않는다.

(라) 쟁점비용(OOO원)은 청구법인 매출액(OOO원)의 30.5%에 해당하여서 제조업 평균 연구비 4.49%와 크게 차이가 나고, 납품가 총액(OOO원)은 매출액의 64%이며, 납품가 대비 쟁점비용의 비중은 아래 ＜표4＞와 같이 평균 48%에 이른다.

(마) 더구나 프로젝트②는 특허 출원과도 관련이 없고, 청구법인은 과제별 보고서 1매를 제출한 것 이외에는 전반적인 연구활동을 증빙할 수 있는 자료를 제출하지 않고 있어서, 쟁점비용② 중 일부라도 과학적.기술적 진전과 관련이 있는지를 전혀 확인할 수 없다.

(3) 청구법인이 제작한 쟁점설비는 전담부서 등에서 연구용으로 사용하기 위한 것이 아니라 고객사에게 공급하기 위한 것이고, 고객사에서도 생산설비로 사용될 것인바, 쟁점설비를 ‘전담부서등에서 연구용으로 사용하는 견본품’으로 볼 수 없다.

(가) 조심 2018부4066, 2021.6.21. 결정은 “[별표6]의 문리해석상 연구개발비 세액공제가 적용되는 견본품에 해당하기 위해서는 적어도 연구개발과정에서 부수적으로 만들어진 시제품이어야 하고 쟁점함정들과 같이 납품을 목적으로 건조된 경우에는 이를 견본품으로 단정하기 어려워 보인다.”고 판단하였다.

(나)

「조세특례제한법 시행령」제8조

제2항 제7호는 ‘위탁받아 수행하는 연구활동’을 연구개발에서 제외하고 있는데, 청구법인은 고객사의 의뢰에 따라 쟁점설비를 제작하게 된 것인바, 이러한 설비 자체를 견본품으로 보아 그 전체에 대하여 연구.인력개발비 세액공제를 인정하는 것은 부당하다.

(4) 청구법인은 처분청이 프로젝트①과 관련하여 연구개발활동이 존재하였음을 인정하였다고 주장하나, 처분청의 의견은 쟁점설비 중 프로젝트① 관련 설비의 제작과정 중 일부에서 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이 이루어졌을 수도 있다는 것이고, 프로젝트① 관련 설비의 제작.공급 과정 전체가 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동임을 인정한 것이 결코 아니다.

프로젝트① 관련 설비의 제작과정 중 종전 설비와 유사한 부분의 설계, 단순 조립, 운반, 설치, 시운전 등의 과정은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이라고 볼 수 없고, 쟁점비용① 중 실험 등과 관계없는 단순 원자재비(부품비), 가공비, 도장비, 조립 인건비, 운송비, 지게차 대여료 등은 과학적 또는 기술적 진전을 위한 활동에 필요한 비용이 아니다.

게다가 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당하기 위해서는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 필요한 비용에 해당하여야 할 뿐만 아니라, ‘대통령령에서 정하는 비용(전담부서등에서 연구용으로 사용하는 견본품.부품.원재료와 시약류 구입비)’에도 해당하여야 한다.

(5) 청구법인은 국세청이 청구법인의 질의에 대하여 ‘사전-2021-법령해석법인-1658(2021.11.23.)’을 통하여, 양산품의 재제작이 없는 경우에도 시제품 제작비용이 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당함을 확인해 주었다고 주장하나, 국세청은 ‘시제품 제작과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련 비용이 세액공제 대상이 될 수 있다’는 일반론을 밝힌 것에 불과하고, 이러한 일반론에 따르더라도 쟁점설비는 시제품이 아니고, 쟁점비용은 연구개발 전담부서에 한하여 발생한 비용이 아니므로, 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다.

게다가 청구법인은 위 질의 당시, “개발이 완료된 후에는 시제품을 거래처에 납품하여 납품조건 충족 여부에 대한 검사를 받은 후 납품승인을 받는 경우 정식으로 제품을 납품함”이라고 사실관계를 기재하여, 마치 시제품과 별도로 정식 제품의 납품이 있는 것처럼 사실과 다른 설명을 하였고, 시제품 제작비용에 어떠한 비용들이 포함되는지 등을 구체적으로 밝히지 않았다.

(6) (예비적 청구에 대한 의견) 청구법인은 쟁점비용 중 초도 시제품 제작비용만큼은 연구.인력개발비 세액공제 대상으로 인정되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 제시하는 초도 시제품 제작비용이란 특별한 것이 아니고, 쟁점비용 중 고객사로 출고하기 전까지 쟁점설비를 제작하는 데에 드는 비용을 의미하며, 위 비용 중에도 실험 등과 관계없는 단순 원자재비(부품비), 가공비, 도장비, 조립 인건비 등이 포함되어 있다.

앞서 살펴본 것처럼, 이러한 비용들은 고객사가 주문한 설비를 제작.공급하는데 드는 비용의 일부로서 과학적 또는 기술적 진전을 위한 활동에 필요한 비용이 아니고, ‘전담부서등이 연구용으로 사용하는 견본품.부품.원재료와 시약류 구입비’에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 쟁점비용이 연구.인력개발비 세액공제 적용대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

② (예비적 청구) 쟁점비용 중, 초도 시제품 제작비용에 대해서는 연구.인력개발비 세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것)

제9조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구ㆍ인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(

「법인세법」 제43조

의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금이 있는 내국인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 연구ㆍ인력개발준비금 전액을 익금에 산입한다.

1. 해당 사업을 폐업하였을 때

2. 법인이 해산하였을 때. 다만, 합병 또는 분할(분할합병을 포함한다)로 인하여 해산하는 경우로서 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 해당 연구ㆍ인력개발준비금을 승계한 때에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항 제2호 또는 제3항에 따라 연구ㆍ인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우 해당 준비금 중 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니한 금액에 상당하는 준비금에 대해서는 해당 과세연도 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은

「소득세법」제76조

또는

「법인세법」제64조

에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

⑥ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연구ㆍ인력개발준비금 명세서를 제출하여야 한다.

제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율

가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15

나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 10

3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우 : 100분의 8

4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다)

100분의 2 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정된 것)

제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동

5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

[별표6] 연구.인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 자료에 따르면, 청구법인의 연구개발 활동 개요는 다음과 같다.

(가) OOO 제조공정은 아래 ＜표5＞와 같이 OOO으로 구성되는바, 청구법인은 OOO 중 OOO 제조에 필요한 장비를 개발하고 있다. OOO의 구체적 내용은 아래 ＜표6＞과 같다.

(나) OOO 산업은 빠른 속도로 발전하고 있어서, 최종 생산되는 OOO의 스펙에 따라 소재 및 제조공법이 새로이 개발되어야 하고, 제조공정에 설치되는 설비도 새로운 소재 및 제조공법에 적합하게 개발되어야 하며, 기존의 OOO 제조공정에 사용된 설비를 활용하여 새로운 스펙의 OOO를 생산할 수는 없다.

또한, OOO 제조업체마다 보유하고 있는 기술수준, 제조공법 등이 상이하여 동일한 사양의 OOO일지라도 제조업체별로 제조공정에 상당한 차이가 있는바, 이러한 OOO 산업의 특성상 모든 OOO 제조업체가 사용할 수 있는 표준화된 소재 및 설비는 존재하지 않는다.

(다) 청구법인의 주 고객사는 OOO, OOO, OOO 등과 같은 국내 대기업과 해외 OOO 제조사이다.

청구법인은 고객사로부터 고객사가 새로이 사용하는 소재 및 제조공법에 적합한 사양(SPEC)의 설비를 주문받아 청구법인의 책임과 비용 아래에 청구법인이 보유하고 있는 OOO 기술 및 특허권 등 선행 개발된 설비 제작 기술을 Application하여 고객사가 요구하는 사양의 Customizing 장비를 개발하여 고객사에 인도하고 있다.

이처럼 청구법인은 고객사의 주문에 따라 비정형 장비를 개발하므로, 청구법인에는 기 개발된 장비를 대량 양산하는 별도의 생산부서가 존재하지 않으며, 청구법인의 장비 개발은 개발부서에서만 수행하고 있다. 개발부서의 구성 및 업무 내역은 아래의 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 청구법인 개발부서의 팀별 업무 내역

(라) 청구법인의 OOO 제조설비 개발과정은 아래 ＜표8＞과 같다. 청구법인이 OOO 제조설비를 개발하기 위해서는 오랜 기간 동안 대규모의 개발비용이 소요되고, 고객사가 목적으로 하는 OOO를 생산하기 위해서는 해당 설비가 고객사의 OOO 제조공장의 Infra 및 전체 제조공정과 유기적으로 결합되어 고객사가 요구하는 사양이 유지되어야 하므로, 청구법인이 제작한 시제품의 제품화 단계가 완료되어야만 이를 고객사에 인도하고 개발과정이 종료된다.

청구법인이 개발한 설비를 재제작하지 않는 것은 재제작이라 하더라도 장시간이 소요되는 제품화 단계를 다시 수행해야 하기 때문이다.

(2) 처분청이 제출한 경정청구 검토서의 주요내용은 다음과 같다.

(3) 처분청은 청구법인의 2016사업연도 사업보고서상 연구개발비용이 약 OOO원으로 기재되어 있는바, 쟁점비용은 회계상 연구개발비용과 차이가 크다는 의견이다.

ㅇㅇㅇ

(4) 청구법인이 고객사와 체결하는 OOO 제조설비 공급계약서 샘플은 다음과 같다.

(5) 청구법인이 청구주장을 입증하기 위하여 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 OOO 기술을 바탕으로 다양한 소재를 여러 방식 및 형태로 OOO할 수 있는 설비를 개발하였는바, 청구법인이 개발한 주요설비는 다음과 같다. 또한, 청구법인이 2020년말까지 등록한 특허권은 총 OOO에 이른다.

ㅇㅇㅇ

(나) 청구법인은 쟁점프로젝트별 개발내용을 정리한 자료를 제출하였는바, 해당 자료에는 고객사의 요구사양, 특허권 출원 및 기 보유 특허기술이 적용된 내역, 주요개발내용 등이 기재되어 있다.

ㅇㅇㅇ

(다) 청구법인은 경정청구 당시 처분청에 제출한 경정청구서 및 첨부자료를 제출하였는바, 첨부자료는 ① 기업부설연구소 등록현황 및 인정서, ② 설비 국산화 사례, ③ 지적재산권 현황, ④ 사업내용, ⑤ 조직도, ⑥ 쟁점프로젝트별 연구개발보고서와 관련 별첨자료들(사양서, 일정표, 회의록, 참여인원자료, 계약서), ⑦ 세법해석 사전답변 신청에 대한 회신, ⑧ 쟁점비용의 상세내역 등으로 확인된다.

1) 연구개발보고서의 일부는 다음과 같고, 프로젝트별로 별첨자료가 첨부되어 있다.

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2) 청구법인은 2021.11.10. ‘거래처의 납품의뢰에 따라 제작한 시제품 제작비용이 연구.인력개발비 세액공제의 대상에 해당하는지 여부’에 대하여 국세청에 세법해석 사전답변 신청을 하였는바, 신청 및 답변 내용은 다음과 같다.

3) 청구법인은 쟁점비용 전체를 항목별로 정리한 엑셀파일을 제출하였는바, 해당 자료에는 프로젝트별 재료비, 가공비, 인건비 등이 일자, 거래처, 품목코드, 품목명, 규격, 수량, 원화금액 등으로 구분되어 있다. 해당 자료의 일부는 다음과 같다.

한편, 처분청은 쟁점비용 중 실험 등과 관계없는 단순 원자재비(부품비), 가공비, 도장비, 조립 인건비, 운송비 등은 연구.인력개발비 세액공제 대상에 포함되지 않는다는 의견이다.

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(라) 청구법인의 설비개발 현장사진은 다음과 같다.

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(마) 청구법인은 청구법인의 기술력 등을 다루고 있는 신문기사 자료 7건을 제출하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

1) 청구법인은 OOO 제조설비의 개발과 관련하여 발생된 쟁점비용이 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당한다고 주장한다.

2)

「조세특례제한법」제9조

및 제10조에 따르면, 연구.인력개발비에 대한 세액공제의 적용대상이 되는 연구개발은 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제8조 및 [별표6]에 따르면, 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)를 세액공제 대상 비용으로 정하고 있으며, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결, 같은 뜻임).

3) 이 건의 경우, 청구법인은 고객사로부터 고객사가 새로이 사용하는 소재 및 제조공법에 적합한 사양의 설비를 주문받아 청구법인의 책임과 비용으로 OOO 기술 및 특허권 등 선행 개발된 설비 제작 기술을 적용하여 초도 시제품을 개발하고, 해당 초도 시제품이 고객사의 OOO 제조공정과 유기적으로 결합되어 작동하는지를 테스트한 후 고객사가 요구하는 조건을 충족하였을 경우 이를 인도하면서 개발을 종료하게 되며, OOO 산업의 특성에 따라 이처럼 개발된 설비와 동일한 사양의 설비가 양산되지는 않고 있는바, 청구법인은 고객사와 물품공급계약을 체결하고, 고객사에게 납품할 목적으로 쟁점설비를 개발한 점, 제품의 제작 후 용도에 따라 해당 제품의 견본품 해당 여부가 달라지는 것은 아니라 하더라도 「조세특례제한법 시행령」[별표6]의 문리해석상 연구.인력개발비 세액공제가 적용되는 견본품에 해당하기 위해서는 연구개발과정에서 부수적으로 만들어진 시제품이어야 할 것인데, 쟁점설비는 납품을 목적으로 개발되었을 뿐 아니라 이와 동일한 사양의 설비가 양산되지 않아 이를 시제품으로 단정하기 어려워 보이는 점, 「조세특례제한법」상 연구.인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 법인세 등에서 공제하도록 하는 데 취지가 있음(대법원 2014.3.13. 선고 2013두22147 판결, 같은 뜻임)을 고려하면 고객사가 제시하는 납품조건에 맞추어 제작된 쟁점설비의 제조원가 전부를 납부할 법인세에서 공제하는 것이 위와 같은 취지에 부합한다고 보이지 않는 점(조심 2018부4066, 2021.6.21., 같은 뜻임) 등에 비추어 쟁점비용을 연구.인력개발비로 보아 세액공제를 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점비용 중 초도 시제품 제작비용인 OOO원에 대해서는 연구.인력개발비 세액공제를 적용하여야 한다고 주장하나,

청구법인이 주장하는 초도 시제품 제작비용 OOO원은 위의 ＜표8＞에 따른 OOO 제조설비 개발과정 중 1~3 단계에서 발생된 비용, 즉 청구법인이 개발한 시제품이 고객사의 OOO 제조공정과 유기적으로 결합되어 작동하는지를 테스트하기 전 단계까지 발생된 비용을 뜻하는바, 해당 비용 역시 고객사에게 납품할 목적으로 쟁점설비를 제작하기 위해 소요된 제조원가에 해당된다는 점에서 위의 (가)에서 검토한 바와 같이 연구.인력개발비 세액공제의 대상이 되는 비용으로 볼 수 없다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.