서면-2019-법령해석법인-1566 (2019.12.27)

1. 질의내용

 ○ 내국법인이 공동사업의 형태로 신약을 개발함에 있어 연구개발단계에서 지출한 연구개발비가 「조세특례제한법 시행령」 [별표6] 제1호 연구개발란 가목의 자체연구개발 비용에 해당하는지 여부

2. 사실관계

○A법인은 바이어시밀러 사업 분야에서 축적한 바이오의약품 연구개발 역량을 바탕으로

 -2017년 7월에 미국법인인 B법인과 췌장염 치료 신약 개발부터 상업화에 이르는 전 과정에서 협력 및 책임을 규정하는 쟁점계약을 체결하였음

○쟁점계약상 수행되는 신약 개발단계는 임상시험승인신청과 임상시험 및 공정개발 단계로 구성되어 있으며

 -임상연구개발활동 수행 시 최종 의사결정 권한은 A법인에 있고 A법인의 전적인 책임하에 임상개발 및 임상운영 디자인 개발이 이루어짐

○A법인은 임상을 수행함에 있어 전문 임상실험연구기관, 임상시험자 및 스텝 훈련, 예산개발비용 관리 등 임상연구개발활동 全단계에 대한 전적인 책임을 A법인이 부담하며

 -임상진행 과정에서 부작용 등의 문제가 발생하는 경우 관계기관 안정성 모니터링 리포트 제출 및 관련 대응과 임상시험 도중 임상자에게 발생한 문제에 대하여 A법인이 법적인 책임을 부담함

○쟁점계약상 수행되는 바이오신약 상업화단계는 신약판매허가신청과 상업화 생산 및 판매 단계로 구성되는바

 -신약판매허가신청 및 판매 업무는 B법인이 독점적 권리와 의무를 보유하고 있어 자기의 명의로 허가신청을 진행하되,

 -시판허가 신청을 위한 자료 준비 등 시판허가 신청을 위한 실질적 업무는 임상3상 물질을 제조하고 당해 제조공정을 개발하는 A법인이 수행함

○쟁점계약상 A법인에 발생하는 수익을 단계별로 구분하면 다음과 같음

○A법인과 B법인은 각자 창출한 지적재산권에 대하여 각자 독점적 소유권을 보유하나, 공동으로 창출한 지적재산권은 양사가 공동 소유 및 각자 행사 가능하며

 - A법인은 B법인으로부터 Milestone fee를 지급받은 후에 임상결과물 일체를 B법인에게 이전해야 하는바

 -이 경우에도 A법인이 제조공정 등에서 창출한 지적재산권은 A법인에 귀속되며(B법인에 이전되지 않음)

 -B법인은 A법인의 동의 없이 해당 임상결과물 일체를 쟁점계약 이외 다른 신약개발에 임의적으로 활용할 수 없음

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】

①내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

 1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

 ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

  1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

  2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

  1. 일반적인 관리 및 지원활동

  2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

  3. 반복적인 정보수집 활동

  4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동

  5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무

  6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동

  7. 위탁받아 수행하는 연구활동

○ 조세특례제한법 시행령 [별표6]

○ 조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

 1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력·원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력·원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

 3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

내국법인이 외국법인과 공동사업의 형태로 신약을 개발함에 있어 연구개발활동에 대한 대가를 외국법인으로부터 일부는 지출한 연구개발비에 근거하여 지급받고 나머지는 성공보수 및 일정기간 로열티 형태로 지급받는 경우, 해당 내국법인이 연구개발에 따른 책임과 위험을 부담하며, 연구개발에 따른 성과물을 소유하고 연구개발활동을 주도적으로 수행함에 따라 지출한 연구 및 인력개발비는 「조세특례제한법 시행령」【별표 6】제1호 연구개발란 가목의 자체연구개발 비용에 해당하는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 공동사업자간 계약체결 내용 및 연구개발활동 수행현황 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항입