조심 2018부4066 (2021.06.21)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO과 OOO 상세설계 및 OOO건조에 관하여, OOO 상세설계 및 OOO건조에 관하여 각각 물품구매계약(이하 “쟁점구매계약”이라 한다)을 체결한 후 OOO(이하 “쟁점호위함”이라 한다) 및 OOO(이하 “쟁점정보함”이라 하고, 쟁점호위함과 쟁점정보함을 합하여 “쟁점함정들”이라 한다)을 건조ㆍ납품하였는데, 이와 관련하여 당초 쟁점함정들의 건조비용에 대한 세액공제 등을 적용하지 않고 법인세를 신고ㆍ납부하였다가 쟁점함정들이 「조세특례제한법 시행령」【별표6】의 견본품에 해당한다고 보아 2009년부터 2012년까지 투입한 쟁점함정들의 건조비용 합계 OOO원(이하 “쟁점건조비용”이라 한다)에 관하여

「조세특례제한법」 제10조

의 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용하여 2018.4.27. 기 납부한 2012사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점구매계약에 따라 쟁점함정들을 단순제조ㆍ납품한 것이므로 쟁점함정들이 「조세특례제한법 시행령」【별표6】의 견본품에 해당하지 않는다는 등의 이유로 2018.6.29. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.9.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점함정들은 「조세특례제한법 시행령」【별표6】이 말하는 견본품, 즉 시제품에 해당하므로 쟁점건조비용 전액에 관하여 연구개발비 세액공제 규정 등을 적용하여야 한다.

(가) OOO년말부터 건조ㆍ배치되었던 OOO 및 OOO 등의 노후화, 대잠ㆍ대공능력 취약성 등에 대한 우려가 일면서 OOO 주관으로 OOO년경 차기호위함 개발사업인 ‘OOO 사업’이 시행됨에 따라 선행연구 및 함정 기본설계 과정을 거쳐 청구법인이 OOO과 쟁점구매계약을 체결하여 OOO에 쟁점호위함을 인도하였고, 쟁점정보함 역시 청구법인이 선도함으로 건조하여 OOO년경에 OOO에 인도한 것인데, OOO의 방위사업 용어사전에 따르면 선도함이란 함형별로 연구개발 절차에 따라 첫 번째 건조되는 함정으로 후속함 양산여부를 결정하기 위한 시험평가의 대상이 되는 함정을 의미하므로 쟁점함정들은 연구용 시제품에 해당한다.

(나) 특히 2016.3.31. 대통령령 제27079호로 개정된

「방위사업법 시행령」제61조

제4항은 선도함이 전력화되는 경우라도 시제품임을 명확하게 규정하고 있고, 「방위사업관리규정」(2008.6.11. 방위사업청훈령 제79호로 개정된 것) 제634조 제1항은 선도함을 ‘시제함’으로 표현하고 하고 제131조 제1항은 함정건조 절차에 관하여 후속함 건조단계(양산단계) 이전에 상세설계 및 선도함 건조단계를 두고 있으며, 이와 관련하여 OOO 역시 함정사업 또한 타 무기체계와 동일하게 시제품이 제작되며 이를 선도함으로 지칭하고 있다고 회신하였다.

(다) 따라서 쟁점함정들은 새롭게 개발한 기술이 실제 전장에서 구현될 수 있는지 여부 등을 시험ㆍ평가하고 후속함의 양산여부를 결정하기 위한 목적에서 건조된 것으로 「조세특례제한법 시행령」【별표6】에서 말하는 시제품(견본품)에 해당하고, 위【별표6】이 시제품(견본품)의 외주가공비 전액을 세액공제 대상이라고 규정하고 있으므로 쟁점건조비용 전액을 연구개발비로 세액공제 하여야 한다.

(2)

「조세특례제한법」제9조

제5항은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 연구개발이라고 하고 있는데, 청구법인의 연구개발전담부서가 대한민국 OOO이 기존에 보유하지 못했던 새로운 함정을 연구개발하는 과정에서 그 결과를 확인하기 위하여 쟁점함정들을 건조한 것이므로 연구개발활동에 해당한다.

(가) 쟁점함정들은 대한민국 OOO의 방위력을 개선하기 위한 목적에서 개발된 것으로 여러 무기체계를 탑재할 함정(플랫폼)의 선형 및 선체에 대한 연구개발활동과 함정에 탑재되는 무기체계간 연동 등을 통하여 함정 전체의 요구성능을 충족시키기 위한 연구개발활동의 결과물인데, 구체적으로 쟁점함정들을 개발하는 과정에서 OOO이 요구하는 무기체계와 장비를 탑재한 상태에서 함정의 성능을 극대화하기 위한 최적선형, 최적엔진조합 등을 연구하는 동시에 스텔스성능을 개발하기 위한 수중방사소음 저감, 레이저반사면적 최소화 방안 등을 연구하며, 적에게 피격시 함정의 통합생존성 향상을 위한 강화격벽에 대한 연구도 하였는바, 이러한 연구개발활동 결과 쟁점함정들에 복합판재 구조 선체 및 선박 강화격벽 등의 특허기술을 적용하였다.

(나) 또한 쟁점함정들의 개발은 여러 업체들이 이미 개발한 단위무기체계를 단순히 탑재하는 것이 아니라 단위무기체계가 쟁점함정들에 탑재되어 제대로 된 성능을 발휘할 수 있도록 청구법인이 총괄ㆍ감독하면서 해당 업체들을 통하여 연구개발을 진행하였고, 청구법인은 이에 따라 개발된 단위무기체계들이 실제로 상호간섭 없이 요구성능을 발휘하도록 하는 기술도 개발(예를 들어 수중음파탐지기의 경우 단순히 수중음파탐지기를 개발하여 함정에 탑재하는 것으로 끝나는 것이 아니라 수중음파탐지기의 중량과 저항을 고려하여 요구속력을 낼 수 있는 최적선형 및 복합추진체계에 대한 연구가 필요하고, 고용량 발전기에 대한 연구 역시 필요하며, 경량화된 함정 플랫폼에 대한 연구 또한 필요하다)하였다.

(다) 기획재정부는 납품업체가 자기의 책임과 비용으로 거래처의 납품의뢰에 따라 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술로 상품화개발(설계 및 시험제작, 기술적인 시험평가 등) 등을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상OOO이라고 하고 있는데, 이 건도 마찬가지로 쟁점건조비용은 청구법인이 자기의 책임과 비용으로 OOO의 납품의뢰에 따라 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술로 상세설계 및 선도함 건조 과정에서 발생한 청구법인 연구개발전담부서의 비용이므로 연구개발비로 보아 세액공제 등을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법 시행령」【별표6】이 말하는 전담부서 등에서 연구용으로 사용하는 견본품에 해당하기 위해서는 전담부서 등이 해당 물품을 사용하여야 하고 연구용으로 사용하기 위하여 제작하여야 하며 이들이 견본품에 해당하여야 하는 것이나, 쟁점함정들은 청구법인이 OOO과의 쟁점구매계약에 따라 OOO이 요구하는 조건에 부합하게 제작하여 납품한 것으로 OOO에 소유권이 귀속되어 OOO이 사용하는 것이지 청구법인 내 전담부서 등이 사용하는 것이 아니고, 쟁점함정들은 청구법인이 쟁점구매계약에 따라 납품해야 할 대상 자체에 해당할 뿐 청구법인의 전담부서 등이 연구용으로 사용하기 위하여 제작한 것이라고 볼 수 없으며, 이들이 견본품에 해당한다고 할 수도 없는데 이에 대한 구체적 이유는 아래와 같다.

(가) 함정사업의 경우 일반무기체계획득사업과 달리 함정소요가 다종 소량이고 조선업체가 생산할 수 있는 척수도 제한되어 있는 관계로 전투기, 전차 등과 같이 표준화된 제품을 대량 생산할 수 있는 체제를 갖출 수 없고 제작 과정도 상당히 장기간에 걸쳐 이루어지며 전문화되고 기술적으로 복잡한 의사결정 단계를 거쳐야 함에 따라 시제품 없이 곧바로 완제품을 만들어 전력화시키는 특성을 가지고 있다.

(나) 쟁점함정들의 제작 목적 및 사용 용도를 보면 완제품을 생산하기 전 단계에서 단순히 연구ㆍ개발에 활용하기 위한 목적으로 제작되는 시제품과는 명백히 구별된다고 할 수 있는데, 구체적으로 쟁점함정들은 청구법인이 쟁점구매계약에 따라 OOO에 납품하기 위하여 제작한 것이지 연구개발에 활용하기 위한 목적으로 제작한 것이 아니므로 청구법인 입장에서는 쟁점함정들 자체가 쟁점구매계약에 따라 제작된 ‘완제품이자 목적물’에 해당하는 것이고, OOO 역시 제작 즉시 실전에 배치하여 사용하기 위한 목적으로 청구법인에게 제작의뢰를 하였던 것이며 실제로 제작 즉시 전력화되어 OOO에서 함정으로 사용하고 있으므로 오로지 연구개발 목적으로 제작하여 연구개발로 이용되고 난 이후 판매되거나 사용되는 경우와는 분명히 차이가 존재하므로 이를 견본품으로 볼 수는 없다.

(다) 결론적으로, 사전적 의미에서 ‘견본품’이란 본 제품의 품질이나 상태를 알리기 위해 본보기로 쓰는 물품 및 상품을 말하는 것인데 쟁점함정들과 같이 시제품 없이 최초로 생산되어 그 자체가 완제품으로 사용되는 물품이 이러한 견본품에 해당한다고 할 수는 없다.

(2)

「조세특례제한법」제9조

제5항은 ‘연구개발’이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이라고 규정하고 있는데, 쟁점함정들의 설계ㆍ건조활동은 쟁점구매계약에 따른 ‘납품’을 목적으로 하는 제작활동으로 주된 목적이 ‘연구’ 또는 ‘과학적ㆍ기술적 진전’에 있지 않고, OOO의 구체적인 요청 및 계약요구사항에 따라 모든 설계 및 건조활동이 진행되므로 창의적인 활동에도 해당하지 않으므로 연구개발활동이라고 볼 수 없다.

(가)

「방위사업법」제18조

제6항 및 같은 법 시행규칙 제10조 제1항에 따르면 무기체계의 연구개발은 탐색개발단계, 체계개발단계, 양산단계에 따라 수행하고 다만 함정 등 무기체계의 특성상 시제품생산 등이 곤란한 경우에는 방위사업관리규정(2008.6.11. 방위사업청훈령 제79호로 개정된 것) 제131조에 따라 소요기획단계, 선행연구단계, 기본설계단계, 상세설계 및 선도함 건조단계, 후속함 건조단계의 절차를 거치도록 하고 있는바, 일반적인 무기체계의 경우 탐색개발단계가 완료된 이후 체계개발단계에 진입하기 직전에 작전운용성능(ROC)이 확정되어 무기체계의 성능, 수준이 구체화되고 무기체계의 제작가능성이 확인되는 반면, 함정의 경우 건조가능성 검토, 개념설계, ROC확정, 기본설계 및 시험평가가 모두 완료되고 연구개발이 상당부분 마쳐진 이후 비로소 상세설계 및 선도함 건조 단계에 진입하게 되므로 상세설계 및 선도함 건조 단계의 경우 연구개발이 이루어지는 단계라기보다는 기본설계단계에서 이루어진 연구개발결과를 구체화시켜 선도함을 제작하는 단계에 해당한다고 볼 수 있다.

(나) 즉, 함정무기체계의 경우 선도함 건조 이전에 별도로 기본설계에 대한 발주가 이루어지고 기본설계 단계에서 연구개발을 통해 예비설계 및 기본설계가 완성되므로 함정의 건조는 기본설계단계에서 이루어진 연구개발을 기초로 기본설계를 구체화시키는 것에 불과하고, 쟁점구매계약을 ‘물품구매계약’이라고 지칭한 것도 이미 선행단계인 기본설계단계에서 연구개발을 통해 완성된 설계도를 기초로 쟁점함정들을 제작하여 납품하는 것을 내용으로 하기 때문이다.

(다) 또한, 청구법인은 쟁점함정들을 OOO경 취역한 OOO과 비교하여 기존에 없던 대잠체계, 스텔스 기술 등을 적용하였다고 주장하나, 쟁점함정들의 건조에 앞서 취역한 OOO에 이미 대잠체계 및 스텔스 기술 등이 적용된 사실로 보아 청구법인이 그동안 다수의 함정들을 건조하는 과정에서 축적해온 설계기술들을 적극 활용하여 쟁점함정들에 적용시키거나 새로운 기술을 일부 추가하여 쟁점함정들을 건조한 것일 뿐, 기존 함정들과 전혀 다른 성격의 획기적인 차별성이 인정되는 새로운 함정을 개발.생산한 것이 아닌 것으로 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점함정들이 「조세특례제한법 시행령」【별표6】상의 견본품에 해당하므로 쟁점건조비용 전액에 관하여 연구개발비 세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지1＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점구매계약서, 쟁점함정들의 건조비용 내역 및 OOO의 회신내용 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인과 OOO은 OOO 쟁점구매계약을 각 체결하였는데, 쟁점호위함 관련 계약서는 그 제목이 ‘물품구매계약서’라고 되어 있고, 그 구체적인 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점구매계약서(쟁점호위함)의 주요내용

OOO

(나) 청구법인은 쟁점호위함의 경우 2009년부터 2013년까지 OOO원에 건조하여 OOO원의 대가를 받고 납품하였고, 쟁점정보함의 경우 2011년부터 2013년까지 OOO원에 건조하여 OOO원에 납품하였는데, 2009년부터 2012년까지 청구법인이 투입한 쟁점건조비용(아래 ＜표3＞ 및 ＜별지2＞ 참조)에는 재료비 뿐만 아니라 복리후생비 등의 일반경비도 포함되어 있다.

＜표3＞ 쟁점호위함 및 쟁점정보함의 건조비용 등

OOO

＜표4＞ 쟁점건조비용의 세부내역

OOO

(다) 처분청은 이 사건 경정청구를 받자 OOO지방국세청장을 통하여 OOO 아래 ＜표5＞와 같은 내용으로 과세기준자문신청을 하였고, OOO 국세청장으로부터 쟁점함정들이 연구개발세액공제 대상인 견본품(시제품)에 해당하지 않는다는 내용의 회신을 받은 후 이를 근거로 이 사건 거부처분을 하였다.

＜표5＞ 국세청장의 회신내용

OOO

(라) 청구법인은 OOO 홈페이지를 통하여 함정 연구개발에서도 시제품이 제작되는지 여부 등에 대하여 질의하였고, OOO은 OOO 함정 또한 시제품이 제작되며 이를 선도함이라고 지칭한다는 취지의 답변(아래 ＜표6＞ 참조)을 하였다.

＜표6＞ 청구법인의 이 건 관련 OOO에 대한 질의 및 답변

OOO

(마) 한편, ‘OOO 사업’에 따라 쟁점호위함이 1번함으로 건조된 이후 쟁점호위함과 동형의 후속함 5척이 건조되었으나, ‘OOO 상세설계 및 함건조 사업’에 따라 쟁점정보함이 1번함으로 건조된 이후 동형의 후속함이 건조되지는 않았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보건대, 청구법인은 쟁점함정들이 「조세특례제한법 시행령」【별표6】의 견본품에 해당하므로 쟁점건조비용 전액을 연구ㆍ인력개발비로 보아 세액공제를 하여야 한다고 주장하는데,

「조세특례제한법」제9조

제5항이 연구개발을 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 【별표6】을 전담부서 등에서 연구용으로 사용하는 견본품 등의 구입비를 세액공제 대상 비용으로 정하고 있는바, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결, 같은 뜻임)는 점에 비추어 볼 때 위 조항의 ‘연구개발’은 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동 등으로 제한되어야 하고, 제품의 일부 개선이나 변용, 제조방법의 단순한 능률화 등의 활동과는 본질적으로 구별되는 연구활동이어야 하므로 다음과 같은 사정들 즉, 쟁점구매계약서상 제목이 ‘물품구매계약’으로 되어 있고 계약의 목적이 쟁점호위함을 상세설계 및 건조하여 OOO에 인도한다고 되어 있는 점, 쟁점함정들의 건조과정에서 일부 연구개발활동이 있었다고 하더라도 건조과정 전부가 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동이라고 보기 어려운 점, 제품의 제작 후 용도에 따라 해당 제품의 견본품 해당 여부가 달라지는 것은 아니라 하더라도 위 【별표6】의 문리해석상 연구개발비 세액공제가 적용되는 견본품에 해당하기 위해서는 적어도 연구개발과정에서 부수적으로 만들어진 시제품이어야 하고 쟁점함정들과 같이 납품을 목적으로 건조된 경우에는 이를 견본품으로 단정하기 어려워 보이는 점, 「조세특례제한법」상 연구·인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 법인세 등에서 공제하도록 하는 데 취지가 있음(대법원 2014.3.13. 선고 2013두22147 판결, 같은 뜻임)을 고려하면 OOO이 제시하는 기술요구조건에 맞추어 일반경비가 포함된 쟁점건조비용 전부를 납부할 법인세에서 차감하는 것이 위와 같은 취지에 부합하다고 보이지 않는 점 등을 종합할 때 쟁점함정들이 견본품에 해당하므로 쟁점건조비용 전액을 연구개발비로 보아 세액공제를 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)

제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(

「법인세법」 제43조

의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구·인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금이 있는 내국인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 연구·인력개발준비금 전액을 익금에 산입한다.

1. 해당 사업을 폐업하였을 때

2. 법인이 해산하였을 때. 다만, 합병 또는 분할(분할합병을 포함한다)로 인하여 해산하는 경우로서 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 해당 연구·인력개발준비금을 승계한 때에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항 제2호 또는 제3항에 따라 연구·인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우 해당 준비금 중 연구·인력개발에 사용하지 아니한 금액에 상당하는 준비금에 대해서는 해당 과세연도 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은

「소득세법」 제76조

또는

「법인세법」 제64조

에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율

가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15

나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 10

3) 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)

100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것)

제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동

5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

③ 법 제9조 제4항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액"이란 제1호의 금액에 제2호의 기간과 제3호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 연구ㆍ인력개발준비금을 손금에 산입한 과세연도에 그 준비금을 손금에 산입하지 아니하고 계산한 소득세액 또는 법인세액에서 그 준비금을 손금에 산입하여 계산한 소득세액 또는 법인세액을 뺀 금액

2. 손금에 산입한 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 익금에 산입한 과세연도의 종료일까지의 기간

3. 1일 1만분의 3

【별표 6】연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용

(4) 방위사업법(2009.4.1. 법률 제9561호로 개정되기 전의 것)

제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "방위력개선사업"이라 함은 군사력을 개선하기 위한 무기체계의 구매 및 신규개발·성능개량 등을 포함한 연구개발과 이에 수반되는 시설의 설치 등을 행하는 사업을 말한다.

2. "군수품"이라 함은 국방부 및 그 직할부대·직할기관과 육·해·공군(이하 "각군"이라 한다)이 사용·관리하기 위하여 획득하는 물품으로서 무기체계 및 비무기체계로 구분한다.

3. "무기체계"라 함은 유도무기·항공기·함정 등 전장(戰場)에서 전투력을 발휘하기 위한 무기와 이를 운영하는데 필요한 장비·부품·시설·소프트웨어 등 제반요소를 통합한 것으로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.

제17조(방위력개선사업의 추진방법 등) ① 방위사업청장은 제15조 제1항의 규정에 의하여 방위력개선사업을 위한 무기체계 등의 소요가 결정된 경우에는 당해 무기체계에 대한 연구개발의 가능성·소요시기 및 소요량, 국방과학기술수준, 방위산업육성효과, 기술적·경제적 타당성, 비용대비 효과 등에 대한 조사·분석을 한 선행연구(先行硏究)를 거친 후 방위력개선사업의 추진방법을 결정하여야 한다. 다만, 전시·사변·해외파병 등 방위력개선사업에 대한 긴급한 무기체계 등의 소요가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정에 의한 선행연구를 함에 있어서 필요한 경우에는 국방과학연구소, 각군 및 관계 부처 등의 의견을 반영하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 의한 방위력개선사업의 추진방법은 연구개발 또는 구매로 구분하여 수행한다.

제18조(연구개발) ① 방위사업청장은 제17조 제3항의 규정에 의한 무기체계의 연구개발에 필요한 핵심기술을 미리 연구개발하여 확보할 수 있도록 하여야 한다.

② 방위사업청장은 연구개발을 수행함에 있어서 효율적인 예산의 집행과 효과적인 군사력의 강화를 위하여 무기체계 중 전략적으로 가치가 있는 무기와 제1항의 규정에 의한 핵심기술을 우선적으로 추진하여야 한다.

③ 방위사업청장은 정부가 무기체계 및 핵심기술의 연구개발에 필요한 비용의 전부 또는 일부를 부담하는 경우에는 연구개발 주관기관을 선정하여 이를 추진할 수 있다.

④ 방위사업청장은 무기체계 및 핵심기술의 연구개발을 수행하는 경우에는 연구 또는 시제품의 항목·방법·규모 그 밖에 필요한 사항을 정하여 방산업체·일반업체·전문연구기관 또는 일반연구기관으로 하여금 연구 또는 시제품생산을 위촉할 수 있다.

⑤ 방위사업청장은 제4항의 규정에 의한 연구 또는 시제품생산을 위촉한 때에는 연구비 또는 시제품생산비를 지급하여야 한다.

⑥ 무기체계 및 핵심기술의 연구개발의 절차 등에 관하여 필요한 사항은 국방부령으로 정한다.

(5) 방위사업법 시행령(2009.1.7. 대통령령 제21255호로 개정되기 전의 것)

제2조 (무기체계의 분류) 「방위사업법」(이하 "법"이라 한다) 제3조제3호의 규정에 의한 무기체계는 다음 각 호와 같다.

1. 통신망 등 지휘통제ㆍ통신 무기체계

2. 레이다 등 감시ㆍ정찰무기체계

3. 전차ㆍ장갑차 등 기동무기체계

4. 전투함 등 함정무기체계

5. 전투기 등 항공무기체계

6. 자주포 등 화력무기체계

7. 대공유도무기 등 방호무기체계

8. 모의분석ㆍ모의훈련 소프트웨어 및 장비 등 그 밖의 무기체계

(6) 방위사업법 시행규칙(2009.1.7. 국방부령 제668호로 개정되기 전의 것)

제10조(연구개발의 절차 등) ① 법 제18조에 따른 무기체계의 연구개발은 다음 각 호의 단계에 따라 수행한다. 다만, 함정 등 무기체계의 특성상 시제품생산 등이 곤란하여 다음 각 호의 단계를 거칠 수가 없는 경우에는 방위사업청장이 정하는 절차에 의한다.

1. 탐색개발단계 : 무기체계의 핵심부분에 대한 기술을 개발(필요한 경우 그 기술을 검증하기 위한 시제품을 제작하는 경우를 포함한다)하고, 기술의 완성도 및 적용가능성을 확인한 후 체계개발단계로 진행할 수 있는지를 판단하는 단계

2. 체계개발단계 : 무기체계를 설계하고 이에 따른 시제품을 생산하여 시험평가를 거쳐 양산에 필요한 국방규격을 완성하는 단계

3. 양산단계 : 체계개발단계를 거쳐 개발된 무기체계를 양산하는 단계

＜별지2＞ 세부계정별 쟁점건조비용

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