조심 2019중3785 (2021.02.01)

OOO세무서장이 2019.7.19. 청구법인에게 한 2015∼2017사업연도 법인세 합계 OOO원(2015사업연도분 OOO원, 2016 사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원)의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2001.2.22. 설립되어 반도체 등 집적회로 검사장비 (테스트소켓) 등의 제조업을 영위하고 있고, 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 2015～2017사업연도에 지출한 부설연구소 소속 임직원의 인건비 합계 OOO원(연구팀분 OOO원 및 설계팀분 OOO원으로 이하 후자를 “쟁점인건비”라 한다) 중 일부 (연구팀분 OOO원)에 대해서만 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 (이하 “연구ㆍ인력개발비 세액공제”라 한다)를 적용하여 각 사업연도의 법인세 신고를 하였다가, 2018.12.13. 그 나머지에 대해서도 동일한 세액공제를 적용하여 2015～2017사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.7.19. 이 중 연구팀의 인건비분에 대해서만 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 적용 및 같은 금액 상당의 법인세를 환급하고 설계팀의 쟁점인건비분인 합계 OOO원(2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원)에 대해서는 그 적용ㆍ환급을 배제하였다(이 건 경정청구 중 일부 거부). 나. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.26. 심판청구를 제기하였다. OOO 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점인건비는 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상인 ‘연구개발 활동’과 관련하여 지출된 것이다. 조특법 제10조 제1항 제3호 나목에서 같은 법 시행령 ‘별표 6에 따른 연구개발을 위한 비용’에 대하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용하도록 규정하고 있고, 별표 6에서 기업부설연구소 근무직원으로서 연구개발과제를 직접 또는 보조하는 근무자의 인건비를 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상인 ‘연구개발을 위한 비용’으로 규정하고 있으며, 기업부설연구소의 근무직원이라 하더라도 조특법 시행령 제8조 제2항 각 호에 따른 행정사무 등처럼 명백하게 연구개발활동을 하지 않는 근무자의 인건비만을 그 대상 비용에서 제외하는 것이고, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제2조 제5호에서 ‘과학기술 분야 등의 지식 축적 또는 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 축적된 지식의 활용 등 체계적ㆍ창조적인 활동’을 연구개발활동으로 규정하고 있으며, 연구개발의 목적인 ‘창의적ㆍ획기적인 차별성 있는 기술ㆍ제품의 개발’은 존재하지 않던 이론ㆍ기술이 연구개발을 통하여 갑자기 만들어지는 것이 아니라 기존 이론ㆍ기술의 연구ㆍ검토하는 과정에서 도출되는 것이고, 이러한 연구개발활동은 시제품의 설계, 제작, 시험 등 신제품의 사업화가 되기까지의 전과정을 의미하며 시제품의 설계ㆍ제작은 연구개발에서 필수라 할 것이다. ① 청구법인은 2015년 이후 91건의 특허를 등록하였는데 이 중 27건이 설계팀이 낸 것(설계에 필요한 구조기술과 관련된 것)인데 이는 설계팀의 업무가 단순한 기존기술의 변형ㆍ적용이 아니라 연구개발활동(창의적ㆍ기술적 진전을 이루기 위한 체계적ㆍ창의적인 활동)의 결과임을 뒷받침하는 점, ② 청구법인은 설계업무와 관련하여 다른 업체와 경쟁을 하면서 설계기술에 관한 특허분쟁이 발생하기도 하는데 이는 설계 업무가 연구개발활동임을 뒷받침하는 점, ③ 청구법인이 신기술인증(NET)을 받은 제조기술에는 설계기술 (니켈ㆍ카본합금과 구리로 만든 다층구조의 회로집적기술)도 포함하는 점, ④ 청구법인의 설계팀은 고객의 발주에 선제적으로 대응하기 위해 그 발주가 없더라도 연구활동을 지속하고 있고 이를 통해 고객이 최소한의 조건(예컨대 특정 센서의 위치ㆍ규격만을 제시하고 메모리칩셋이 작동되어야 한다는 것)으로 발주하더라도 선행연구의 결과를 적용하여 그 조건에 맞는 설계를 하는 점(설계팀이 연구팀보다 더 많은 프로젝트를 하는 이유는 이러한 선행연구를 하기 때문이고 고객은 청구법인의 설계실패를 우려하여 다른 경쟁사에도 같은 설계를 발주함), ⑤ 청구법인의 주요 사업인 반도체 등 검사장비의 연구ㆍ설계는 적용대상 제품의 출시주기가 매우 짧아서 연구팀 뿐만 아니라 설계팀에서도 지속적인 연구개발활동이 필요한 점 등을 감안할 때, 쟁점인건비는 연구개발활동과 관련된 것으로 보아야 함에도 이를 행정사무 등에 지출된 것으로 보아 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 아니라는 이유로 이 건 경정청구의 일부를 거부한 처분은 위법ㆍ부당하다. 나. 처분청 의견 쟁점인건비는 ‘연구개발활동’과 무관하게 지출되었다. 조특법에 따른 연구개발은 과학적ㆍ기술적인 진전을 이루기 위한 체계적ㆍ창의적인 활동, 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 활동 및 체계적이고 창의적인 활동을 핵심으로 하되, 이미 사용화ㆍ사업화된 기술과 동일성이 인정되는 범위 내에서 이를 다소 보완ㆍ변형하여 약간의 효율성ㆍ편리함을 더하거나 특정 소비자의 기호에 맞추어 그 만족도를 높이는 정도로는 부족하며, 기존 제품ㆍ기술과 획기적인 차별성이 인정되는 신제품ㆍ기술의 개발을 목적으로 하는 활동이어야 할 것OOO이다. ① 청구법인의 설계팀은 연구팀의 연구결과를 기초로 하여 고객의 요구사항(조건)을 충족시키기 위해 시제품 제작을 위한 ‘설계’를 하고 있고 이는 설령 단순ㆍ반복적인 활동에 해당되는 것으로 볼 수는 없다 하더라도 이미 사업화된 기술을 기반으로 특정 고객의 만족도를 높이는 정도에 불과할 뿐, 기존 제품ㆍ기술과 획기적인 차별성이 인정되는 신제품ㆍ기술의 개발을 목적으로 하는 활동으로 보기는 어려운 점, ② 설계팀은 연구팀보다 인원이 적은데도(2015년～2017년 기간 중 설계팀과 연구팀을 합한 인원의 39%～46% 상당) 해당 기간 동안 연구팀이 한 것(53개)에 비하여 현격히 많은 대량(9,543개)의 프로젝트를 수행한 반면에 청구법인이 받은 특허의 대부분이 연구팀의 것이고 이는 설계팀이 새로운 검사기술의 창출 등의 연구활동이 아니라 고객이 원하는 조건(형체ㆍ구조, 온도ㆍ 사용압력, 수명 등 물리적ㆍ화학적 특성 등)을 갖추기 위한 기존 기술을 적용하는 활동을 한 것임을 뒷받침하는 점, ③ 청구법인이 연구부문과 설계부문을 구분하여 직원을 모집한 점 등을 감안할 때, 쟁점인건비는 연구개발활동과 무관한 것으로 보아야 하므로 이를 행정사무 등에 지출된 것으로 보아 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 아니라는 이유로 이 건 경정청구의 일부를 거부한 처분은 적법ㆍ정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인 부설연구소의 설계팀 소속 임직원의 쟁점인건비가 조특법 제10조 에 따른 연구·인력개발비 세액공제의 대상인 '연구개발활동'과 관련하여 지출된 것인지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가) 청구법인은 반도체 등에 사용되는 집적회로칩 검사장비 제조업을 영위하고 있고 수출 비중(70%)이 내수공급보다 많다. (나) 청구법인의 부설연구서는 연구팀과 설계팀으로 구분되어 있고 청구법인이 2016.10.21. 언론사에 게재한 모집공고에 의하면 청구법인은 연구분야(제품 개발, 수명개선, 특허관리) 및 설계분야(실장설계, 소켓설계, PCB 설계 등) 등 5개 분야의 신입직원을 모집하였다. (다) 처분청은 청구법인 부설연구소의 연구팀이 검사장비의 소재 관련 선행기술을 연구하는 곳으로 제품기술 및 재료기술을 개발하는 분야로 구분되고 최근 3년(2015년～2017년) 동안 53개의 프로젝트를 진행하면서 다수의 특허[최근 5년(2013년～2017년) 동안 100개 상당]를 등록하였으며, 설계팀이 연구팀의 선행기술을 기초로 고객의 수주 조건(형체ㆍ 구조, 온도ㆍ사용압력, 수명 등 물리적ㆍ화학적 특성 등)에 부합하는 검사장비를 설계하는데, 수주 조건이 기존 규격에 부합하면 그대로 양산하고 그렇지 아니한 경우에는 그 조건에 부합할 때까지 시제품을 설계하며, 최근 3년(2015년～2017년) 동안 9,543개의 프로젝트를 진행(ERP설계 6,413개, PCB설계 814개, 내부테스트설계 2,316개)한 것으로 보았다. (라) 2015년～2017년 기간 중 청구법인 부설연구소의 조직 현황은 다음과 같다. - 다 음 - 2015년에는 ‘종합기술연구원’이라는 명칭으로 원장(대표이사 겸직) 아래에 연구소장(1명), 기술연구팀(14명), 소재연구팀(4명), 선행연구팀(7명), 개발설계팀(9명) PIN연구팀(1명), 신규사업팀 (1명), 제품기술팀(2명) 및 설계팀(29명) 등의 부서가 있고, 2016년에는 ‘종합기술원’이라는 명칭으로 원장(상무 1명) 아래에 연구소장(1명), 신규제품파트(3명), 제품개선파트(4명), 응용제품 파트(4명), 재료기술팀(6명), TTS팀(4명), 기술개발담당(1명), SPC 연구담당(1명), 제품기술팀(1명), 설계팀(22명) 등의 부서가 있었으며, 2017년에는 ‘ISC연구소’라는 명칭으로 연구소장(1명), 설계파트 (30명), BI파트(2명), 신규개발파트(10명), 제품기술파트(16명), 재료기술 파트(8명), Pogo연구소(4명), SPC기술파트(6명) 등의 부서가 있었다. (2) 청구법인이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다. (가) 청구법인은 「산업기술혁신촉진법」에 따른 신기술인증을 받은 제조기술 중 설계기술이 포함되어 있다고 주장하면서 1건의 사례를 제출하였다. (나) 청구법인은 선행기술을 연구하는 연구원들의 연구활동을 연구노트[프로젝트 매니지먼트(PM) 시트]를 통해 관리하는데 이들의 활동은 오랜 동안 다양한 변수를 연구하는 것으로 그 결과가 산출되면 연구원이 개발완료보고서 및 양산이관의뢰서를 작성하고 제품의 양산 여부를 결정한다고 주장하면서 설계팀 업무 절차 및 소속 연구원 프로젝트 관리시트 및 보고서의 각 예시를 제출하였다. (다) 청구법인은 고객의 발주를 받고 같은 규격의 기존 설계가 있으면 그대로 양산하고 그렇지 않으면 ‘시제품 의뢰(Qual)’를 하며, 설계담당자가 발주조건에 따라 설계를 하면 그 도면을 ERP에 등록하여 고객으로 하여금 확정하도록 하고, 고객이 이를 확정하면 설계도면이 영업부서로 이관되어 양산이 개시된다고 주장하면서 설계팀의 업무절차도를 제출하였다. (라) 청구법인은 고객이 도면 등 구체적인 설명을 부기하지 아니하고 간단한 조건만을 기재한 문서로 발주하더라도 설계팀이 많은 프로젝트를 통한 선행연구로 축적한 기술로 그 조건에 부합한 설계를 한다고 주장하면서 2017년 월별 설계의뢰 건수 현황 및 발주서를 제출하였고, 이를 보면 청구법인은 같은 연도 중 1,110건의 설계 수주를 한 것으로 나타나며, 이를 근거로 청구법인은 3년(2015년 ～2017년) 동안 3,000건 정도의 수주를 받는다고 주장한다. (마) 청구법인은 고객의 발주 조건을 충족하기 위하여 다양한 시제품을 설계하고 있다고 주장하면서 제작된 시제품의 예시 및 주요 설계 사항을 제시하였다. (바) 청구법인은 지속적인 연구개발을 통해 2013년부터 2018년 8월까지의 기간 동안 103개의 특허를 등록하였다고 주장하면서 해당 목록을 제출하였고, 2015년 이후 낸 전체 91건의 특허 중 27건 (29.7% 상당)이 설계팀이 등록한 것(설계에 필요한 구조기술에 관련된 것)으로 그 일부가 제조기술에 적용되었으며 그 일부에 대하여 경쟁사와의 특허분쟁이 발생하였다고 주장하면서 특허심판원 결정문의 주요 내용을 제시하였다. (3) 청구법인과 처분청은 2020.11.24. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 당초 청구이유 및 이에 대한 의견과 같은 취지의 진술을 하였고, 청구법인은 추가로 고객사가 청구법인과 경쟁업체에게 구체적인 설계기술에 대한 고려 없이 구조ㆍ외형에 대한 조건만을 제시하면서 발주하는데 설계업체가 그 조건에 부합하는 선행기술을 보유하지 못한다면 설계에 실패하여 완제품의 수주를 하지 못한다고 주장하면서 그 사례로 연구팀(소재팀)과 설계팀 소속의 각 연구원이 공동으로 수행한 프로젝트에 관한 연구노트(프로젝트 매니지먼트 시트) 및 개발완료보고서를 제출하였고, 전자에는 연구팀과 설계팀이 고객으로부터 수주한 프로젝트를 공동으로 수행한 것으로, 후자에는 설계팀이 2차례의 실패를 거쳐 설계를 완성한 것으로 각각 나타난다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인 부설연구소에 연구팀(소재팀 등)과 구별된 설계팀이 있고 해당 설계팀이 단지 사업화된 기술을 이용하여 고객의 만족도를 높이는 활동을 할 뿐이지 그 기술과 획기적인 차별성이 인정되는 신기술의 개발을 목적으로 하는 연구개발활동을 하는 것으로 볼 수 없으며 이는 설계팀이 하는 프로젝트의 수가 연구팀의 경우보다 훨씬 많다는 사실로 뒷받침된다는 의견이나, 조특법 제10조 및 같은 법 시행령 별표 6에서 기업부설연구소 근무직원으로서 연구개발과제를 직접 또는 보조하는 근무자의 인건비를 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상인 ‘연구개발을 위한 비용’으로 규정하고 있고, 연구개발활동이란 신제품 개발을 위한 시제품의 설계.제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말하는 것으로 그 개발과정에는 고객사에 납품할 시제품의 설계ㆍ 제작도 포함된다 할 것인바, 청구법인이 제출한 연구노트 및 개발완료보고서에 의하면 청구법인 부설연구소의 연구개발활동 중에는 고객사로부터 소재의 개발 등 연구팀의 소관인 것과 더불어 그 개발된 소재의 부품이 적용된 구조의 설계 등 설계팀의 소관인 수주를 받아 이를 연구팀과 설계팀이 공동으로 수행한 것이 포함된 것으로 보임을 감안하면 연구팀만이 연구개발활동을 한 것으로 단정하기 어려운 점, 청구법인이 구조 등 설계기술과 관련한 특허 및 신기술인증을 받은 것에 대해서는 처분청의 이견이 없어 보이는 반면에 해당 특허 등이 연구개발활동과 무관하다는 반증이 제시되지 아니한 점, 청구법인의 설계팀(2015년～2017년 기간 중 9,543개)이 연구팀 (같은 기간 동안 53개)에 비하여 현저히 많은 프로젝트를 수행한 것은 고객사가 청구법인과 더불어 경쟁업체에게도 구체적인 설계기술에 대한 고려 없이 구조에 대한 조건(예컨대 센서의 위치ㆍ규격만 제시하면서 메모리칩셋이 작동되어야 한다는 것)만을 제시하면서 설계에 관한 발주를 하는데 청구법인이 그 조건에 부합하는 선행기술을 보유하지 못한다면 시제품의 설계에 실패하여 완제품의 수주를 하지 못하므로 연구팀이 하는 소재 등의 개발 건수보다 많은 설계상의 시행착오를 반복하는 것에 기인하고 설계에 관한 수주건수(같은 기간 동안 3,000건 상당)를 감안하면 설계팀이 한 위 프로젝트의 수가 많은 것이 아니라는 청구주장이 설득력 있으며 이는 청구법인이 제시한 개발완료보고서(2차례 실패를 거쳐 설계를 완성한 것으로 기재되어 있다)를 통해 뒷받침되는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인 부설연구소의 설계팀이 고객사가 제시한 조건에 부합한 시제품의 설계를 위하여 연구팀의 보유한 것과 구별되는 구조 등 설계기술에 관한 연구개발활동을 한 것으로 보이고 그렇다면 그 소속 임직원에게 지출한 쟁점인건비는 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상에 해당한다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점인건비를 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 아닌 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 조특법(2017.12.19. 법률 제15227호로 일부개정되기 전의 것) 제9조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. ②제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. 1.해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ①내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 1.연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력·원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력·원천기술연구개발비에 다음 각 목의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액(각목 생략) 3.제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. (단서 생략) 가.해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 30[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50]에 상당하는 금액 나.해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액 1) 중소기업인 경우: 100분의 25 (2)조특법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 일부개정되기 전의 것) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ①법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. 1.법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 2.국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 ② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다. 1. 일반적인 관리 및 지원활동 2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험 3. 반복적인 정보수집 활동 4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동 5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무 6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동 7. 위탁받아 수행하는 연구활동 별표6 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

(3)기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(2020.3.3. 대통령령 제30497호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 5."연구개발활동"이란 과학기술 분야 또는 별표 1의 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.