조심 2015중1347 (2015.07.02)

OOO세무서장이 2015.1.2. 청구법인에게 한 부가가치세 합계 OOO의 경정청구 거부처분 및 OOO세무서장이 2014.11.17. 청구법인에게 한 부가가치세 합계 OOO의 경정청구 거분처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1964.10.10.부터 제출.제강.압연.주조업을 영위하면서 해당 부가가치세를 신고하였다.

나. OOO국세청장은 2014년 청구법인에 대한 일반통합조사에서 청구법인이 OOO의 인허가 조건을 이행하기 위하여 시행한 공사OOO용역을 무상공급으로 보고, 관련 매입세액을 불공제한 것에 대해 이를 무상공급이 아닌 교환거래로 보아 관련 매출을 부가가치세 과세대상으로 보고 관련 매입세액을 공제한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2014.7.22. 청구법인에게 2009년 제1기 부가가치세 OOO, 2014.9.1. 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO을 각 경정.고지하였다(쟁점공사와 관련된 2009년 제1기～2013년 제2기 과세기간의 매입세액은 공제처리되었다).

다. 청구법인은 위 처분이 2006년 제1기～2008년 제2기 부가가치세 과세기간 중의 쟁점공사에 대한 매입세액으로 공제되지 아니한 부가가치세에 대한 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 보아 2014.9.19. 부가가치세 합계 OOO의 환급을 요구하는 경정청구를 OOO세무서장 및 OOO세무서장에게 각 제기하였다.

라. OOO세무서장과 OOO세무서장은 2014.11.17. 및 2015.1.2. 경정청구를 각 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2015.2.13. 및 2015.2.23. 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 사실관계

(가) 청구법인은 2006년부터 현재까지 「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 “산업입지법”이라 한다)에 따라 OOO 일대에 OOO 개발사업을 시행하고 있다.

(나) 산업입지법상 승인권자인 충청남도는 산업단지 지정지역 내에 설치되어 있던 국토교통부 소유 OOO을 산업단지 외 지역으로 신설.연장할 것과 산업단지 내 공원.녹지.배수로 등 공공시설을 조성할 것을 조건으로 2006.10.26. OOO에 대한 실시계획을 승인하였고, 청구법인은 이에 따라 OOO을 산업단지 외 지역으로 신설.연장하는 공사(쟁점공사)를 2006년 12월에 착공하여 2013.9.6. 준공한 바 있다.

(다) 쟁점공사의 근거법률인 산업입지법은 청구법인과 같은 민간사업시행자가 새로이 설치한 공공시설은 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다고 규정하여 공공시설의 설치가 대가관계가 아닌 사업자에게 부여된 일방적인 의무의 이행임을 명시하고 있는바OOO, 청구법인은 이에 따라 본 공사를 부가가치세 과세대상이 아닌 거래로 보고 쟁점공사와 관련된 매입세액 전액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 산업단지의 조성과 관련된 매입세액 즉, 토지 관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하여 해당 부가가치세를 신고하였다.

(라) 그런데, 2014년 청구법인에 대한 일반통합조사에서 OOO국세청장은 쟁점공사가 용역의 무상공급이 아닌 교환거래이므로 부가가치세 과세대상으로 판단하였고, 처분청은 이에 따라 관련 부가가치세를 경정.고지하였다.

(2) 청구주장

(가)「국세기본법」제45조의2 제1항은 일반적인 경정청구에 관하여 규정하면서 법정신고기한 경과 후 3년 이라는 제한을 두고 있고, 같은 조 제2항은 이러한 경정청구기간에 대한 특례로서 일정한 사유가 있는 경우 사유가 발생한 것을 안 날로부터 2개월 이내에 후발적 경정청구를 할 수 있다고 규정하고 있으므로, 청구법인은 후발적 경정청구 사유가 발생하였음을 처음 안 날인 2014.7.22.로부터 2개월 이내인 2014.9.19.에 경정청구를 하여 이에 대한 청구기간을 준수하였는바, 이 건 경정청구를「국세기본법」제45조의2 제1항에 규정된 경정청구기간을 적용하여 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

(나)「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호는 후발적 경정청구의 사유 중 하나로 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때를 열거하고 있는바, 이러한 후발적 경정청구 사유는 주로 과세물건의 귀속시기를 변동하는 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 해당 과세기간의 과세표준 및 세액을 감액할 필요가 생긴 경우를 규율하기 위한 것으로 이해되고 있다. 쟁점공사를 인허가 조건을 이행하기 위한 용역의 무상공급으로 보는 경우「부가가치세법」제12조 제2항에 따라 과세대상이 아니거나 같은 법 제26조 제1항 제20호에 따라 면세되므로 쟁점공사에 관한 매입세액은 과세사업에 관한 매입세액이 아니거나 토지 관련 매입세액에 해당하므로 공제대상이 아니다. 그러나 쟁점공사를 과세대상으로 보는 경우에는 쟁점공사에 관한 매입세액은 과세사업에 관한 매입세액이므로 공제되는 매입세액에 해당하고, 준공시점이 속하는 과세기간에 대한 증액경정인 본 건 과세로 인하여 공사기간에 속하는 과세기간에 대해서는 감액경정사유가 발생한 것이므로 이는「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에서 명시적으로 규정한 후발적 경정청구 사유에 해당한다.

(다) 결정 또는 경정을 직접 원인으로 하여 다른 과세기간의 과세표준 및 세액이 후발적으로 과다하게 된 경우 후발적 경정청구가 인정되는 것인데, 이 건 과세는 결정 또는 경정에 해당하고 이 건 과세가 직접 원인이 되어 공사기간에 세법에 따라 신고.납부하여야 할 세액을 초과하였으므로 이는 후발적 경정청구 사유에 해당한다.

(라) 이 건 과세와 같이 부가가치세 매출세액을 부과하면서 그에 상응하는 정당한 매입세액의 공제를 부인하는 것은 전단계세액공제제도의 취지를 부인한 것이고, 부가가치세를 거래단계별로 징수하는 다단계소비세가 아닌 최종소비자에게만 징수하는 최종소비세로 변질시키기는 것으로 현행 부가가치세 체계상 허용될 수 없으며, 관련 매출세액을 부과하면서 그에 상응하는 정당한 매입세액의 공제를 부인하는 것은 법적 근거 없이 세법에서 규정한 세액을 초과한 세액을 납세자에게 부담시키는 것으로 과세 형평상 불합리하다.

(마) 대법원은 후발적 사유에 의한 경정청구는 국세부과제척기간이 경과된 후에도 가능하다는 입장을 지속적으로 유지하고 있고OOO, 후발적 경정청구시에 제척기간 경과 후 처분청이 경정할 수 있는 경정청구의 경우 제척기간 경과 후 처분청이 경정할 수 있는 근거규정이 없어 납세자에게 불리한 사례가 발생한다는 점을 감안하여 국세부과제척기간이 경과한 후에도 후발적 사유에 의한 경정청구시에는 과세관청의 경정이 가능하도록 납세권익을 제고하기 위함이라고 밝힌바(2007년 간추린 개정세법), 국세부과제척기간을 근거로 감액경정을 제한하는 것은「국세기본법」상 국세부과제척기간에 관한 규정을 오인한 것이다.

(바) 후발적 경정청구는 납세자의 권리보호 및 조세정의 실현을 위하여 법률에 규정되었으므로 이를 법적 근거없이 제한하거나 축소해석하는 것은 조세법률주의 위반에 해당한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 후발적 경정청구 사유 중 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호의 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”를 언급하며 세무조사시 과세처분을 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 주장하나, 관련 법령은 통상 당초 납세자가 적법하게 신고하였으나 그 귀속시기 등을 잘못 판단하여 처분청이 법원의 판결 등에 기인하여 올바른 귀속시기에 대하여 결정 또는 경정한 경우, 납세자는 당초 잘못 신고한 귀속시기에 대하여 경정청구를 할 수 있다는 의미로 해석OOO되는바, 청구법인이 주장하는 세무조사시 과세처분이 당해 법령에서 언급하는 후발적 경정청구 사유에 직접적으로 해당하지 않는 것으로 보이므로 경정청구 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건이 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법률

국세기본법

제26조의2[국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

가. 「소득세법」 제81조 제3항 제4호

나. 「법인세법」 제76조 제9항 제4호

다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호ㆍ제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세ㆍ증여세는 제1호, 제1호의2, 제2호 및 제3호에도 불구하고 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

가. 납세자가 부정행위로 상속세ㆍ증여세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우

나. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따른 신고서를 제출하지 아니한 경우

다. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따라 신고서를 제출한 자가 대통령령으로 정하는 거짓 신고 또는 누락신고를 한 경우(그 거짓신고 또는 누락신고를 한 부분만 해당한다)

4의2. 부담부증여에 따라 증여세와 함께 「소득세법」 제88조 제1항 후단에 따른 소득세가 과세되는 경우 그 소득세는 제4호에 따라 증여세에 대하여 정한 기간

5. 제2호와 제3호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 「소득세법」 제45조 제3항, 「법인세법」 제13조 제1호, 제76조의13 제1항 제1호 또는 제91조 제1항 제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우에는 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세는 제2호와 제3호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년간

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 따른 상호합의가 신청된 것으로서 그에 대하여 상호합의가 이루어진 경우

3. 제45조의2 제2항 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제10조의2 제1항 및 제19조 제4항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제10조의3 제1항에 따른 조정권고가 있는 경우

제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점공사와 관련한 매입세액 내역은 아래 ＜표＞와 같다.

OOO

(2) 쟁점공사에 대한 처분청의 조사복명서 내용에는 쟁점공사와 관련한 기부채납의 경우 OOO이 확인한 총사업비 OOO에서 쟁점공사 관련한 부가가치세액 OOO을 제외한 OOO을 매출 과세표준으로 산정하고, 청구법인이 면세와 관련한 매입으로 신고한 매입세액 불공제액을 공제하여 과세하는 것으로 나타난다.

(3) 처분청의 경정청구 검토내용은 청구법인이 후발적 경정청구 사유 중 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호의 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”를 언급하며 세무조사시 과세처분을 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 주장하나, 관련 법령은 통상 당초 납세자가 적법하게 신고하였으나 그 귀속시기 등을 잘못 판단하여 처분청이 법원의 판결 등에 기인하여 올바른 귀속시기에 대하여 결정 또는 경정한 경우, 납세자는 당초 잘못 신고한 귀속시기에 대하여 경정청구를 할 수 있다는 의미로 해석OOO되어 청구법인이 주장하는 세무조사시 과세처분이 당해 법령에서 언급하는 후발적 경정청구 사유에 직접적으로 해당하지 않는 것으로 보이는바, 이 건 경정청구는 경정청구 기한이 만료(법정신고기한이 지난 후 3년 이내)되었다는 내용이다.

(4) 청구법인이 제시한 증빙은 다음과 같다.

(가) OOO가 2006.10.26. OOO에게 통보한 OOO지정변경 및 실시계획승인 통보공문OOO에는 OOO 일원에 청구법인이 신청한 OOO지정변경 및 실시계획 승인신청과 관련하여 2006.10.25.자로 산업입지법 제7조의 규정에 따라 지정변경 및 같은 법 제18조의 규정에 따라 실시계획을 승인한 내용이 나타난다.

(나) OOO이 2013.9.6. 청구법인에게 보낸 OOO공사 준공확인알림 공문OOO에는 OOO 일원에 OOO 조성에 따른 OOO 대체노선 개설공사를 위한 비관리청공사 시행허가OOO와 관련하여 제출하신 준공검사 신청에 대하여 다음과 같이 준공하였음을 알리는 내용이 나타난다.

OOO

(다) 쟁점공사비 내역서에는 토목공사(토공.배수공.포장공.교통안전시설공 등), 전기공사, 기계공사, 건축공사, 조경공사, 폐기물처리비, 간접노무비, 산업안전보건관리, 연금보험료 등이 포함된 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구법인이 주장하는 세무조사로 인한 과세처분이 당해 법령에서 언급하는 후발적 경정청구사유에 직접적으로 해당하지 않는다는 의견이다.

(나)「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에서 “결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때"에는 후발적 사유에 의한 경정청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다.

또한,「국세기본법」제26조의2 제2항 제3호는 제1항에서 규정하는 부과제척기간에도 불구하고 같은 법 제45조의2 제2항에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 경정청구에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있고, 국세부과제척기간이 경과한 경우에도 후발적 사유에 의한 경정청구시 과세관청의 경정이 가능하도록 함으로써 납세권익을 제고하는 것임을 감안할 때 국세부과제척기간이 경과하였다 하더라도 후발적 사유에 의한 경정청구는 가능하다고 봄이 타당하다 할 것이다.

(다) 이 건의 경우 청구법인이 쟁점공사에 대해 매출은 무상공급으로 보고 매입세액은 토지 관련 매입세액으로 불공제한 것에 대해 처분청이 쟁점공사에 대해 매출은 부가가치세 과세대상인 교환거래로 보아 2013년 제2기 부가가치세를 경정.고지하면서 쟁점공사와 관련한 매입세액을 매출세액에서 공제하였지만 청구법인의 경정청구한 부가가치세 과세기간에 대해서는 국세부과제척기간 경과로 인해 쟁점공사 관련 매입세액을 공제하지 아니한 것으로 나타나는 점, 쟁점공사의 매출을 과세표준으로 하여 부가가치세는 과세하면서 과거에 불공제한 매입세액 중 국세부과제척기간이 도과된 과세기간의 매입세액을 환급하지 아니하는 것은 불합리하다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 쟁점공사와 관련한 매입세액에 대한 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.