조심 2014중5685 (2015.12.22)

OOO장이 2014.6.18. 청구법인에게 한 2006～2009사업연도 법인세 합계 OOO의 각 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 보유중인 전국의 고속도로 휴게소를 운용하기 위해 운용/시공사(이하 “운영사”라 한다)를 모집하여 고속도로 휴게소 건물, 구축물 설립(이하 “쟁점부동산”이라 한다)과 관련한 공사비 총액을 운영사에서 부담하게 하고, 공사가 완료되어 사용이 개시되는 시점에 운영사에게 부동산에 대한 무상운영권을 제공하는 대가로 공사가 완료된 쟁점부동산을 취득하는 교환거래를 수행하였으며, 교환시 취득하는 쟁점부동산 가액(자산)은 운영사의 공사투입비 전액을 계상하고, 제공하는 무상 운영권의 감정평가가액을 선수임대료(부채)로 계상하며 공사투입비와 선수임대료의 차액은 자산수증이익으로 계상하였다.

나. 청구법인은 1998년 감사원 감사에서 교환취득 회계처리와 관련하여 자산 및 이익을 과대하게 계상하였음을 지적 받아, 1998년 기말 결산분개로 1994～1997사업연도에 계상하였던 자산수증이익을 전기오류수정손실(특별손실)로 일시에 반영하고 자산을 제거하는 회계처리를 수행하였으며, 이는 세무상 자산의 임의평가손실에 해당되어 전기오류수정손실 OOO원을 손금불산입 유보(이하 “쟁점유보사항”이라 한다)로 계상하였고, 이후 쟁점유보사항에 대해 자산별 감가상각내용연수에 따른 신고조정 손금산입을 수행하지 않았으며 2011년 일시적으로 전기오류수정손실 OOO원을 손금산입(이하 ‘쟁점손금’이라 한다)하였다.

다. OOO장(이하 “조사청”이라 한다) 2013년 세무조사 시 2011년 일시 손금산입 항목을 손익귀속시기 차이 등을 사유로 손금불산입하였으며 별도로 손익귀속사업연도 지정 없이 2013.9.26. 세무조사결과를 통지하였으며 청구법인은 2013.10.11. 납세고지서를 수령하였다.

라. 청구법인은 세무조사 시 쟁점손금산입 부인 등 결정에 의해 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간(2011년 이외 과세기간)의 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우(

「국세기본법」제45조의2

제2항 제4호)에 해당하므로,

「국세기본법」제45조의2

제2항에 의거 그 사유가 발생한 것을 안 날(납세고지서 수령일인 2013.10.11.)로부터 2개월 이내인 2013.12.4. 2006～2012사업연도에 대하여 부대사업자산의 내용연수에 따른 각 연도별 감가상각비 유보추인금액을 산정하여 후발적 사유에 의한 경정청구를 하였으며,

처분청은 쟁점경정청구 중 2010～2012 사업연도분은 환급결정하였으나, 쟁점경정청구 중 2006～2009사업연도분에 대해서는 쟁점경정청구일인 2013.12.4. 현재 경정청구기간(3년)이 도과하였으며, 쟁점경정청구는

「국세기본법」제45조의2

제2항에 따른 후발적 경정청구에 해당되지 않는다고 보아 2014.6.18. 각하처분하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2014.5.7. 이의신청을 거쳐 2014.8.21. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

「국세기본법」제45조의2

제2항 제4호상 후발적사유에 의한 경정청구는 처분청의 경정 등으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 감액경정을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 그 취지가 있는 것으로서 그 적용범위를 함부로 제한할 것이 아니다(대법원 2011. 7. 28. 선고, 2009두22379., 조심2015서784, 2015.5.21., 조심 2015중1347, 2015.7.2.).

처분청은 청구법인이 2011사업연도 감가상각자산과 관련된 유보금액을 일시 손금산입한 쟁점손금에 대해 이는 일시적인 손금산입 항목이 아닌 자산별 내용연수에 따라 감가상각으로 손금추인되어야 한다고 판단하였으나, 별도로 귀속연도별 손금을 인정하지 않은 채 2011년 사업연도에 대해서만 쟁점손금을 부인하고, 이에 대한 법인세 증액경정을 한바, 쟁점손금의 귀속시기에 대한 처분청의 증액경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간(2006～2012사업연도)에 대하여 최초에 신고한 청구법인의 법인세 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하므로, 증액 경정된 2011사업연도 이외 사업연도(2006～2012년)에 대한 청구법인의 경정청구는

「국세기본법」제45조의2

제2항 제4호에 의한 적법한 후발적 경정청구에 해당한다.

또한, 청구법인은 납세고지일(2013.10.11.)부터 2개월 이내인 2013.12.4.에 쟁점경정청구를 접수하였으며 이는

「국세기본법」제45조의2

제2항 후발적 경정청구의 요건 상 ‘사유가 발생한 것을 안 날’로부터 2개월 이내에 제기된 적법한 경정청구이며 ‘사유가 발생한 것을 안 날’은 납세고지일에 해당하고(조심 2013전4443, 2014.01.23.),「국세기본법 집행기준」81의 15-0-1상 세무조사 결과에 대한 서면통지는 별도로 과세전적부심사 대상인 과세예고통지로 명시한 점, 과세예고통지는 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명에 해당되지 않는 점(조심 2011서1755, 2011.9.15. 등) 등을 고려할 때, ‘사유가 발생한 것을 안 날’을 과세예고통지인 세무조사결과통지일(2013.9.26.)이라 하여 쟁점경정청구가 과세예고통지일부터 2개월이 지난 2013.12.4.에 접수된 것을 근거로 이 건 경정청구에 대하여 각하처분을 한 것은 부당하다.

나.처분청 의견

청구법인의 2006∼2010사업연도 법인세 경정청구는 과세표준의 신고 또는 과세표준 및 세액의 결정이 있은 후 청구법인 자신의 임의적 의사와는 관계없이 과세표준 및 세액의 기초가 된 사실 등의 중대한 변경 사유가 발생한 경우가 아닌, 청구법인 스스로 1999사업연도 이후부터 감가상각 시.부인을 통해 손금으로 산입하였어야 하는 단순한 사항인 점,

「국세기본법」 제45조의2

제2항 제4호에 의한 후발적 경정청구 사유에 해당하기 위해서는 ‘경정 등으로 인한 것’이어야 하는데 청구법인의 경우 ‘경정으로 인한 것’에 해당하지 아니하는 것으로 보여지는 점, 과세표준 및 세액의 기초가 된 거래 또는 행위의 효력이 최초의 신고.결정 또는 경정 후에 새로이 발생하였다고도 볼 수 없는 점 등으로 보건대, 청구법인의 경우 후발적인 경정청구 사유에 해당하지 아니하는 것으로 봄이 타당하다.

따라서, 이 건은

「국세기본법」 제45조의2

제1항에서 규정하고 있는 일반적인 경정청구 사유에 해당하는데, 경정청구 기간(법정신고기한 경과 후 3년)이 경과되었으므로 경정청구 대상에 해당하지 않는다.

설령, 청구법인의 경정청구가

「국세기본법」제45조의2

제2항에서 규정하는 후발적 경정청구 사유에 해당한다 하더라도 청구법인의 경우 사실상 세무조사 결과 통지 이전에 법인세가 경정될 것임을 알았다고 보이는바, 청구법인이 세무조사 결과통지를 수령한 날을

「국세기본법」 제45조의2

제2항에서 규정하는 후발적 사유가 발생한 것을 안 날로 봄이 타당하므로, 동 경정청구는 청구기간이 경과되어 경정청구 대상에 해당하지 않는다.

3.심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 쟁점경정청구 사유가

「국세기본법」제45조의2

제2항에따른 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

나.관련 법령

(1) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 국세기본법 시행령

제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

(3) 법인세법 시행령

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

6. 그 밖의 방법으로 취득한 자산 : 취득당시의 시가

제109조(과세표준과 세액의 통지) ① 납세지 관할세무서장이 법 제70조의 규정에 의하여 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지하여야 하며, 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지하여야 한다. 이 경우 제103조 제1항 단서의 규정에 의하여 과세표준이 결정된 것은 납세지 관할지방국세청장이 조사ㆍ결정하였다는 뜻을 부기하여야 한다.

다.사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에는 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 교환으로 취득하는 쟁점부동산 가액(자산)은 운영사의 공사투입비 전액으로, 제공하는 무상 운영권의 감정평가가액을 선수임대료(부채)로, 공사투입비와 선수임대료의 차액을 자산수증이익으로 계상하였다.

(나) 청구법인은 감사원의 1998년도 지적사항(자산 및 이익의 과대계상)에 따라, 1994～1997사업연도 기간동안 계상하였던 자산수증이익을 전기오류수정손실(특별손실)로 일시에 반영하고 자산을 제거하는 회계처리를 수행하였으나, 이는 세무상 자산의 임의평가손실에 해당된다고 보아 전기오류수정손실 OOO원을 손금불산입 유보로 계상한 내역이 1999사업연도 세무조정계산서에 나타난다.

(다) 청구법인은 2011사업연도 법인세 세무조정시 부대사업자산 손금불산입 유보금액 OOO원을 일시에 손금산입하였다.

(라) 조사청은 청구법인이 2011사업연도에 일시에 손금으로 산입한 쟁점금액은 귀속시기의 오류를 사유로 손금불산입(유보)하고 청구법인에게 2013.9.24. 세무조사 결과통지를 송달하였고, 처분청은 2013.10.11. 청구법인에게 납세고지서를 송달한 것으로 나타난다.

(마) 청구법인은 처분청으로부터 납세고지서를 수령한 후 2013.12.4. 2006～2012사업연도에 대하여 부대사업자산의 내용연수에 따른 각 연도별 감가상각비 유보추인금액을 산정하여 이 건 경정청구를 하였다.

(바) 처분청은 쟁점경정청구 중 2010～2012 사업연도분에 대하여 청구법인이 관리하고 있는 쟁점유보사항의 자산별리스트, 내용연수 및 연도별 감가상각추인금액을 인정하여 환급결정하였으나, 쟁점경정청구 중 2006～2009사업연도분에 대해서는 청구법인이 세무조사결과통지서를 수령한 날(2013.9.26.)을 후발적 사유가 발생한 것을 안 날로 보아, 후발적 사유가 발생한 것을 안 날로부터 2개월이 경과된 이후 경정청구(2013.12.4.)하여 경정청구기간이 도과하였다고 보아 2014.2.5. 이 건 경정청구에 대하여 각하처분 하였다.

(2)

「국세기본법」제45조의2

제2항 제4호에서 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때, 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 2개월 이내에 경정청구를 할 수 있음을 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

「국세기본법」제45조의2

제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말마암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다고 할 것인바, 청구법인이 2011사업연도에 일시에 손금으로 산입한 쟁점금액에 대하여 처분청은 귀속시기의 오류를 사유로 손금불산입(유보)한 이 건의 경우 같은 법 제45조의2 제2항 제4호에서 규정하는 경정으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에 해당하므로 후발적 경정청구를 할 수 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.

또한, 처분청은 과세예고통지인 세무조사결과통지일이 후발적 사유가 발생한 것을 안 날이라고 보았으나, 과세예고통지는 일반적으로 적용될 수 있는 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명이라고 보기 어렵고 납세고지서를 수령한 날을 후발적 사유가 발생한 것을 안 날로 보아야 할 것인바, 청구법인의 경우 납세고지일(2013.10.11.)부터 2개월 이내인 2013.12.4.에 이 건 경정청구를 접수하였으므로 적법한 경정청구에 해당한다 할 것이다.

따라서, 이 건 경정청구 중 2006～2009사업연도분에 대하여 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.