조심 2019구1434 (2020.10.20)

OOO세무서장이 2019.4.26. 청구법인에게 한 2010～2012사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2009년에 주식회사 OOO로부터 OOO 합성천연가스(SNG) 플랜트 건설공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 수주하여 2018년까지 시공하였으며, 2009∼2015사업연도 법인세 신고시

「법인세법 시행규칙」제34조

에 의한 작업진행률(=해당 사업연도까지 발생한 총공사누적액/총공사예정비)을 기준으로 하여 계산한 공사수익(=계약금액×작업진행률-직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액)과 비용을 해당 사업연도의 익금과 손금에 각 산입하였다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.2.6.～2018.7.29. 기간 동안 청구법인에 대하여 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 신고한 사업연도별 쟁점공사 수익과 관련하여 2010∼2014사업연도 작업진행률 산정시 적용한 총공사예정비를 부인하고 작업진행률을 재계산하여 공사수익(익금)을 재산정하여 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2018.12.4. 청구법인에게 법인세 2015사업연도분 OOO을 각 경정.고지(이하 “쟁점경정처분”이라 한다)하였다.

다. 한편, 청구법인은 위 조사청의 조사결과 쟁점공사의 2010∼2015사업연도 작업진행률이 다시 산정되어 쟁점공사로 인한 2010∼2015사업연도 익금(공사수익)에 변동이 발생하였음에도 처분청이 2013∼2015사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하였을 뿐 그 이전인 2010∼2012사업연도 법인세 과세표준 및 세액은 부과제척기간 도과를 이유로 경정하지 아니하였다고 주장하면서, 2019.2.21. 2010∼2012사업연도 법인세 합계OOO)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 분식회계로 인한 과세표준 및 세액의 산정기초에 후발적인 변동이 발생하여 (후발적)경정청구 대상이 아니라는 취지로 2019.4.26. 이를 거부(이하 “쟁점경정청구 거부처분”이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.28.(쟁점경정처분), 2019.5.10.(쟁점경정청구 거부처분) 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

[쟁점①에 대하여]

(1) 공사예정원가의 산출 방식

(가) 작업진행률의 산정 기준이 되는 총공사예정비의 개념

장기간에 걸쳐 수행되는 건설 공사의 수익은 작업진행률에 따라 인식되어야 하고, 작업진행률은 해당 건설공사에서 발생할 것으로 예상되는 전체 비용 즉, 총공사예정비 중에서 이미 지출된 공사비용이 차지하는 비율로 계산을 한다. 여기서 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도 말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가(공사예정원가)를 말하며, 건설회사에서는 실무상 ‘실행예산’으로 부르고 있다.

(나) 공사예정원가의 산출 가능 시점

공사예정원가를 추정하기 위해서는 모든 중요한 원가 구성요소들의 수량과 가격을 파악해야 한다. 공사설계는 개념설계 및 공정설계, 기본설계, 상세설계 순으로 진행되는데, 쟁점공사를 예로 들면, (i) 개념설계 및 공정설계 단계에서는 OOO에서 합성천연가스를 어떤 과정으로 생산할지가 정해지고, (ii) 기본설계 단계에서는 위와 같은 과정으로 합성천연가스를 생산하기 위해서는 어떤 설비가 필요한지 대강의 내용이 정해지며, (iii) 해당 설비를 얼마만큼 어떤 공급처에서 어떤 사양으로 조달하여 어떤 방법으로 시공할 것인지까지 구체적으로 정해지는 시점은 상세설계 단계이다.

따라서 공사예정원가의 정확한 추정은 상세설계 이후에나 가능하고, 개략적으로라도 공사예정원가를 추정하기 위해서는 적어도 기본설계는 나와 있어야 한다. 통상적인 공사현장에서는 상세설계를 바탕으로 실행예산(공사예정원가)을 편성하고 있다.

(다) 공사 도중 설계 변경이 이루어지는 경우

건설회사의 원가관리 회계실무상 공사진행과정에서 설계변경 사유가 발생할 경우 그 원인이 시공사에게 있다면, 설계변경으로 인하여 증액될 것으로 예상되는 원가는 설계변경의 필요성을 인식하는 시점에 바로 공사예정원가에 추가한다. 반면 발주처의 요구에 따른 공급범위 확대 등 그 원인이 발주처에게 있다면, 설계변경으로 인하여 증액될 것으로 예상되는 원가는 발주처와 계약 변경을 할 때 비로소 공사예정원가에 추가한다.

(2) 이 건 2010∼2013년 공사예정원가의 경우

(가) 쟁점공사의 2010∼2013년 공사예정원가는 쟁점공사의 매출이익률이 통상적인 공사 매출이익률인 3∼5%라는 전제에서 계약금액 OOO을 계상하였다. 청구법인이 이렇게 공사예정원가를 추정할 수밖에 없었던 이유는 청구법인이 시공해야 할 목적물의 구체적인 내용이 확정되지 않은 상태에서 임시로OOO억원에 계약부터 체결하고 설계 및 공사를 진행한 후 정확한 계약금액은 추후 증액 확정하기로 하였는데, 청구법인과 OOO 간의 협상 지연으로 2013년이 지날 때까지 계약금액이 확정되지 않았기 때문이다.

(나) 2010년에는 기본설계조차 완성되지 않았기 때문에 그 시점에는 통상적인 방식으로 공사예정원가 산출이 불가능하였다. 2011년에 기본설계가 완성되어 그 무렵부터는 개략적으로나마 공사예정원가의 추정이 가능하게 되었으나, 이는 정확한 원가추정이 될 수 없을 뿐만 아니라 계약금액이 확정되지 않은 상태에서는 위 금액을 기업회계기준상 공사예정원가로 볼 수도 없었다.

(다) 기업회계기준상 공사예정원가는 계약과 관련한 원가를 의미하는데, 계약금액이 확정되지 않은 이상 설령 목적물의 기본설계가 완성되었다고 하더라도 청구법인은 이대로 목적물을 시공할 법적 의무가 없어 이와 관련한 원가를 계약과 관련한 원가로 볼 수는 없을 뿐만 아니라(즉, 종국적으로 계약금액이 확정되지 않는 극단적인 경우를 가정하여 본다면 청구법인이 공사를 중도 타절하더라도 원칙적으로 발주처에 대하여 그에 따른 책임을 부담하지 않음), 이러한 원가를 청구법인의 수익에 대응하는 원가로 볼 수도 없어 기업회계기준의 대원칙인 비용수익 대응원칙에도 부합하지 않는다.

(라) 만약 이를 기업회계기준상 공사예정원가로 인식한다면, 계약금액이 확정되기 전 8,700억원을 계약금액으로 임시 책정한 공사기간 전반부에는 시공할 법적 의무도 없는 비용을 공사원가로 회계처리하여 대규모의 손실을 인식하고, 이후 계약금액을 증액 확정한 후반부에는 대규모의 수익을 인식하는 것으로 회계처리할 수밖에 없는데, 이러한 결과는 건설회사의 통상적인 회계처리의 범주를 크게 벗어나는 것으로 오히려 청구법인의 회계상 손익을 왜곡하는 결과를 가져올 위험도 있었다.

(마) 이러한 이유로 청구법인으로서는 쟁점공사에서 통상적인 매출이익률인 3∼5% 정도의 매출이익을 올린다는 전제 하에 공사예정원가를 계약금액에서 역산하여 산출한 것이고, 이는 그 당시 주어진 상황에서 합리적인 방법을 찾기 위하여 최선의 노력을 다한 결과로 볼 수 있다.

(3) 이 건 2014년의 공사예정원가의 경우

(가) 2014년에는 쟁점공사 계약금액을 OOO원으로 증액 확정하는 변경합의가 이루어졌고, 그에 따라 2014년의 공사예정원가는 2013년 예정원가에 이러한 증액분의 해당 원가를 반영하여 OOO을 계상하였다.

(나) 발주처의 요구에 따른 공급범위 확대 등 그 원인이 발주처에 있다면, 설계변경으로 인하여 증액될 것으로 예상되는 원가는 발주처와 계약 변경을 할 때 비로소 공사예정원가에 추가하게 된다. 이 건에서 쟁점공사 계약금액의 증액 확정은 이미 최초 계약체결 당시부터 이미 예정되어 있었을 뿐만 아니라, 변경되는 계약금액이 대폭 증액된 주된 원인도 설계 과정에서 발주처의 요구사항을 반영함에 따라 공급 설비의 수량이 대폭 늘어난 데 있다. 그렇다면 쟁점공사 계약금액의 증액 확정을 위한 변경합의 역시 발주처의 요구에 따른 설계변경에 준하여 볼 수 있으므로, 위와 같이 변경 합의시점에 증액분의 해당 원가를 반영하는 방식으로 2014년 공사예정원가를 산출한 것은 건설회사의 통상적인 원가 회계 실무에도 부합한다.

[쟁점②에 대하여]

(1) 관련 법리

(가) 조세심판원은

「국세기본법」제45조의2

제2항 제4호에서 “결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때”에는 후발적 사유에 의한 경정청구를 할 수 있다고 규정하고 있는바, 이는 당초 납세자가 적법하게 신고는 하였으나 그 귀속시기 등을 잘못 판단하여 처분청이 법원의 판결 등에 기인하여 올바른 귀속시기에 대하여 결정 또는 경정한 경우, 납세자는 당초 잘못 신고한 귀속시기에 대하여 경정청구를 할 수 있다는 의미(국심 2006서4013, 2008.1.30.)임을 일관되게 확인하고 있다. (나) 즉, (i) 처분청의 경정결정으로 광고비 등의 귀속연도가 2007사업연도에서 2006사업연도로 변경된 경우(조심 2013전4443, 2008.1.30.), (ii) 청구법인이 2011사업연도에 일시에 손금으로 산입한 금액에 대하여 처분청은 귀속시기의 오류를 사유로 손금불산입(유보)하여 경정결정을 한 경우(조심 2015서0784, 2015.5.21.), (iii) 처분청과 청구법인 간 특정 외국법인으로부터 수령한 배당금의 귀속시기 차이에 대하여 다툼이 있어 처분청이 해당 배당금액이 부인하고 경정결정이 이루어진 경우(조심 2014중5685, 2015.12.22.) 등이다. (다) 이와 같이 조세심판원에서

「국세기본법」제45조의2

제2항 제4호 소정의 후발적 경정청구사유를 심판청구 사례에서 일관되게 적용해 온 것은,

「국세기본법」제45조의2

제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지가 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리 구제를 확대하려는 데 있기 때문이다(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 등 다수).

(2) 청구법인은 쟁점공사로 인하여 2015사업연도까지 인식해야 하는 수익을 모두 인식하였으나, 처분청은 청구법인이 2010∼2014사업연도에 귀속시킨 수익 일부의 귀속연도를 2015사업연도로 변경하여 이 건 경정처분을 하였다.

(가) 쟁점공사로 인하여 청구법인이 당해 사업연도까지 인식해야 하는 수익의 총액은 ‘당해 사업연도 쟁점공사의 계약금액 × 당해 사업연도까지의 작업진행률’이다. 2015년말 기준 쟁점공사의 작업진행률이 98.37%임은 청구법인이나 처분청과 다툼이 없으므로, 쟁점공사로 인하여 2015사업연도까지 인식해야 하는 수익의 합계는 1,148,497,401,717원(=2015년 계약금액 1,167,491,372,540원 × 2015년 말 기준 작업진행률 98.37%)이고, 청구법인은 2015사업연도까지 위 수익을 모두 인식하였다.

(나) 다만, 조사청은 2010∼2014년 쟁점공사의 작업진행률을 청구법인의 신고내역보다 낮게 산정한 결과, 쟁점공사로 인하여 2015사업연도까지 인식한 수익(1,148,497,401,717원) 중 청구법인이 2010∼2014사업연도에 귀속시켜 신고한 수익의 일부는 2015사업연도에 귀속되어야 하는 수익이라고 보았고, 해당 수익의 귀속연도를 2015사업연도로 변경하여 2015사업연도 과세표준 및 세액을 경정하는 쟁점경정처분을 하였던 것이다.

(다) 따라서 쟁점경정청구 거부처분은 심판결정례에서

「국세기본법」제45조의2

제2항 제4호의 후발적 경정청구를 할 수 있기 위하여 제시한 요건 즉, ‘납세자가 신고는 하였으나 그 귀속시기를 잘못 판단하여 처분청이 올바른 귀속시기에 대하여 경정한 경우’에 해당한다.

(3) 쟁점경정처분이 쟁점공사에 관하여 청구법인이 2010∼2012사업연도에 귀속시켜 신고했던 수익 중 일부의 귀속연도를 2015사업연도로 변경한 것인 이상, 해당 수익을 2010∼2012사업연도에 귀속시켰던 청구법인의 종전 신고내역은 세법에 의하여 신고해야 할 장기도급공사로 인한 수익을 초과하여 신고한 경우에 해당한다. 그렇다면 이는

「국세기본법」제45조의2

제2항 제4호 소정의 “결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때”에 해당한다고 볼 수 있으므로, 처분청의 쟁점경정청구 거부처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

[쟁점①에 대하여]

(1) 도급계약을 체결할 당시부터 2013년까지 계약금액을 산정하는데 필요한 합리적인 원가 추정이 어려웠다는 청구주장과 관련하여

(가) 실행예산(총공사예정비)은 당초 계약금액이나 변경계약금액의 확정 유무와 관계없이 공사용역 목적물인 쟁점공사에 필요한 직.간접 원가를 합리적으로 추정하여 산정하는 것으로, 변경 계약금액이 정해지지 않아 총공사예정비(실행예산)을 산정할 수 없다는 주장은 사실과 다르다.

(나) 청구법인은 발주처가 지정한 OOO의 타당성 조사서를 참고하여 2009년 7월 1차 견적금액을OOO의 2차 제안서를 최종적으로 제출하였으나, 모회사인 ㈜OOO가 자사의 이사회가 승인한 OOO인 점을 들어 2009.10.30. 도급계약금액을OOO원으로 제한하자, 당시 해당 사업부는 합리적으로 추정한 실행원가가 OOO억원으로 임의편성하여 도급받은 쟁점공사 계약이 저가수주라는 사실을 은폐하였던 것이다.

(2) 실행예산이 편성되기 전까지는 잠정적으로 적정 매출이익에 해당하는 3～5%의 범위에서 수익을 인식하여 법인세를 신고.납부할 수 있도록 총공사예정비를 정하였다는 청구주장과 관련하여,

(가) 우선, 총공사예정비는 공사용역 목적물의 완성과 인도를 위해 필요한 직.간접비를 합리적으로 추정하여 산정하는 것이고, 추정한 직.간접비 중 기말에 실제 투입된 금액을 반영하여 공사진행율을 계산하고 그에 따라 해당 기간의 공사수익을 인식하는 것이며, 확정된 도급금액이 총공사예정비 보다 큰 경우 공사이익이 실현되고 적은 경우에는 공사손실로 인식하면 될 뿐 도급금액의 과다.과소 여부는 총공사예정비의 산정에 영향을 미치지 아니한다.

(나) 청구법인은 매 기말 총공사예정비(실행원가)를 합리적으로 추정할 수 있었음에도 해당 부서에서 쟁점공사를 저가 수주하였다는 사실을 숨기기 위해 임의로 매출이익 3～5%로 역산한 총공사예정비를 산정하였다(2010∼2013년의 경우). 또한, 청구법인의 해당 부서에서는 공사손실이 예상될 경우 외주업체에 추가 공사를 발주하기 어렵다는 청구법인의 내부통제를 벗어나고자 원활한 외주계약 진행을 위해 공사원가를 조정(임의 차감)하는 방법으로 총공사예정비를 왜곡 관리하였다(2014년의 경우).

(다) 위와 같은 청구법인의 변칙적인 실행원가(총공사예정비) 관리행태가 잘못되었다는 점은 총공사예정비를 임의로 산정하여 손익을 왜곡한 것을 지적한 2013년 청구법인 정도경영실 감사결과 자료에서 여실히 확인되었다. 또한, 이러한 손익왜곡행위는 내부감사 지적 후에도 시정되지 않았고, 2015년 청구법인 정도경영실 감사결과 자료에서는 임의 원가항목(△원가산입)을 이용하여 총공사예정비를 왜곡한 사실이 재차 확인되었다.

(3) 적자수주에 따른 공사손실을 은폐하기 위한 자료파기 정황

청구법인의 쟁점공사 담당 PM(project manager)인 OOO가 2015.9.5. OOO경영실에 제출한 확인서를 보면 “당 사업부는 2011년 9월 기본설계 완료 후 원가산정 회의를 통하여OOO 실행금액을 산정한 바 있습니다.”고 기술하였으며, “세무조사시 이러한 사실이 지적될 것을 우려하여 적자수주 사실이 드러날 수 있는 모든 자료에 대한 삭제 및 파기 지시”가 있었던 정황까지 확인된다. 결과적으로 청구법인은 저가수주 사실을 숨기기 위해 조직적이며 고의적으로 총공사예정비를 조작하여 분식회계를 한 사실이 확인되었다.

(4) 공사계약금액의 증액 확정 이후 변경합의에 따른 원가를 추가 반영하여 총공사예정원가를 산정하는 것이 통상적인 회계처리라는 청구주장에 대하여

(가) 설계변경에 따른 변경 계약금액은 일종의 보상금으로 건설회계의 일반원칙에 따라 확정시점에 수익으로 인식하는 것이며, 변경계약이 예상된다고 하여 대응 공사원가를 인식하지 않고 유보하거나 별도 구분하거나 보상금 확정시점에 비용으로 인식하는 것이 아니다. ‘공사수익’ 중 보상금에 대하여는 ‘일반기업회계기준’ 16.30에서 기술하고 있는바, 청구법인의 증액변경계약의 사유가 설계변경에 따른 것임을 볼 때 변경 계약금액은 일종의 보상금으로 볼 수도 있다. 보상금은 ‘발주자가 지급 요청을 수락하였거나 수락할 가능성이 매우 높고, 그 금액을 신뢰성 있게 측정할 수 있는 경우에 한하여’ 공사수익으로 인식하여야 한다.

(나) 한편, 설계변경 보상금은 발주처 귀책으로 추가 투입된 원가를 기준으로 산정하게 되므로 보상금에 대응하는 공사원가는 이미 기존 확정계약에 대응하여 비용처리된 것이며, 보상금을 예측하여 기 발생한 공사원가를 비용처리하지 않고 구분하여 유보하거나 재고자산 계상 후 보상금 확정시점에 별도로 대응원가를 계상하는 것은 기업회계기준에 정한 바 없는 자의적인 해석일 뿐이다.

(다) 계약으로 확정된 수익에 대응하여 발생한 당해연도의 공사원가를 비용으로 인식하는 것이 회계원칙이므로 청구주장처럼 보상금의 수령 여부와 금액이 결정되지 않았으므로 발생한 비용을 유보하거나 총공사예정비를 구분하여 산정하여야 한다는 청구주장은 회계원칙을 잘못 이해한 것이다.

(라) 보상금과 관련된 처분청과 청구법인의 입장은 다음과 같다. 즉, 청구법인은 ＜조사청 예시＞의 2년차 도급계약 증가분 100억원에 대하여 대응하는 총공사예정비와 비용을 기존 계약분과 별개로 인식하여야 한다고 주장하나, 본 청구서상에 그 금액을 어떻게 산정하여야 하는지에 대하여는 논거가 부족하며, 하나의 공사용역에 대한 대응원가를 임의적으로 구분하는 것은 자의적인 회계처리일 뿐이다.

(5) 조사청의 총공사예정원가 산정방법

(가) 청구법인은 2011.7월부터 2011.10.4.까지 쟁점공사에 대한 공사원가를 정확히 재산정하기 위해 청구법인측 10명, 발주처인 ㈜OOO 측 3명이 참여하여 예산회의를 공동으로 개최한 사실이 있다. 이때 양측은 1차적으로 실행예산을 OOO원으로 산정하였고, 추가적으로 세부사양을 변경하여 원가OOO억원 규모를 절감하는 방안을 통해 최종 실행예산을 OOO원으로 산정하였다.

1) 예산 공동회의 결과 실행예산 관련 자료는 각 항목에 대한 요약자료만 58쪽에 이르는 방대한 양으로 구성되어 있다. 즉, 항목별 설비예산, 설비의 국산.외산별 가격차이, 설비 하도급처별 가격비교, 노무비 및 간접비, 일반 자재비 및 납품처별 가격비교, 출장비 등 세부항목에 대하여 세밀히 검토하여 실행예산을 아주 구체적으로 산출하였으며, 이에 더하여 총 51개 항목의 예산절감 방안을 검토하는 등 공동실행예산 결과는 공사전반의 원가를 반영하여 합리적으로 도출된 총공사예정비이다.

2) 특히, 청구법인 정도경영실과 재무관리실에서도 사후 감사시 공동예산회의에 따른 실행예산을 정상적인 실행예산으로 보아 해당 사업부에서 분식 처리한 실행예산과 비교한 사실이 있다. 또한, 청구법인은 공동예산회의 결과를 발주처에 공식적으로 제시한 사실도 있으므로 대내외적으로 합리성과 정확성이 확보된 자료에 해당하고, 이는 기업회계기준이 요구하는 중요 원가구성 요소가 합리적으로 반영된 총공사예정비라고 볼 수 있다.

3) 또한, 청구법인은 2013.4.30. 발주처 ㈜OOO에 설계변경에 따른 계약 증액 요청을 하였고, 당시 첨부된 설계변경내역 자료에서도OOO원은 합의된 원가금액으로 기재되어 있어 대외적으로도 합리적으로 산정된 총공사예정비임을 알 수 있다.

4) 다시 말하면, 2013.2.26. 청구법인 OOO경영실 감사에서 해당 사업부서인 에너지사업본부가 원가절감OOO억원을 통해 본 실행예산OOO원으로 사업을 수행하기로 합의한 내용 및 청구법인의 재무관리실에서 본 실행전망을OOO원으로 판단하고 있었던 점으로 볼 때, 청구법인은 모회사인 ㈜OOO와OOO원을 기 합의된 총공사예정비로 판단하고 있었음이 명백하다.

(나) 2011년 총공사예정비에 합산하는 방식으로 2012.2013년 각 총공사예정비를 산정

1) 2012.2013사업연도의 총공사예정비를 OOO)으로 본 것은 ‘추정의 변경’(일반기업회계기준 16.57)에 따라 합리적으로 산정한 것이다.

2)

「법인세법 시행규칙」제34조

제2항에서 ‘총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약당시에 추정한 공사원가에서 해당 사업연도말까지의 변동사항을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다’고 되어 있듯이 총공사예정비는 ‘추정의 변경’에 따라 합리적으로 재추정하는 것으로 계속 검토.협의하는 것은 당연한 절차이며, 그 결과에 따라 재 추정하는 것이 기업회계기준과 세법규정에 부합하는 것이다.

3) 발주처와 예산 공동회의로 2011년에OOO원의 총공사예정비를 산정하였다면, 이후 사업연도말 마다 변동사항을 반영하여 추가 공사원가를 재추정하는 것이다. 예를 들어 2012년에 추가 설비에 따른 원가가OOO원이 발생하였다면 2011년말 총공사예정비에 OOO억원을 추가하는 방법으로 2012년의 총공예정비를 재추정하여 OOO원으로 수정하는 것이 맞다.

4) 한편 청구법인 내부감사시에도 동일한 방법으로 2012년에 발생한 추가원가를 반영하여 총공사예정비를 산정한 사실이 있다.

(다) 조사청이 결정한 총공사예정비는 청구법인의 내부감사에서도 인정된 합리적인 금액이다.

1) 2013.2월 청구법인 OOO경영실은 내부감사(OOO 점검 결과)에서 ‘사업부서는 계약시점부터 적자가 예상되었음에도 최근 3년간(’10～’12년) 완료예정원가를 임의로 조정하여 매출이익율을 3～5%로 왜곡’한 사실을 확인하였다. 청구법인의 회계처리를 관리하고 최종 수행하는 재무관리실에서 도출한 각 사업연도별 정당 실행예산(총공사예정비)은 다음과 같다.

2) 청구법인 OOO은 2012년의 정상 총공사예정비를 OOO원으로 보았고, 처분청은 동 금액을 경정 기준을 삼았으며, 2013사업연도의 경우에는 총공사예정비 추정 변경사유가 확인되지 않아 2013사업연도 총공사예정비와 동일하게OOO원으로 산정하였다.

3) 2015년 10월에 있었던 청구법인의 내부감사(OOO점검결과)에서 임의 원가항목(하자처리 등)을 생성하는 방법으로 총공사예정비를 왜곡한 것을 지적한 사실이 있는데, 처분청은 이를 반영하여 2014사업연도 총공사예정비를 OOO억원으로 산정하였다.

[쟁점②에 대하여]

(1) 청구법인은 특정 사업연도에 고의로 수익을 과다계상 하였다가, 분식결산의 효과를 상쇄시키기 위해 그 차기 사업연도에 수익을 과소 계상한 것이므로 후발적 사유로 인한 경정청구를 할 수 없다(대법원 2013. 7.11. 선고 2011두16971 판결 등 참조).

청구법인은 조사청의 경정처분이 청구법인의 2010～2012사업연도에 신고했던 수익 중 일부를 2015사업연도로 변경한 것이므로,

「국세기본법」제45조의2

제2항 제4호에 해당되어 후발적 사유로 인한 경정청구가 가능하다고 주장하나, 조사청의 조사내용에 따르면 청구법인이 손익 조정을 위해 고의적으로 총공사예정비를 왜곡 산정한 것으로 판단하고 있는바, 고의로 수익을 과다계상한 경우에는 후발적 사유로 인한 경정청구 대상에 해당되지 않는다.

(2) 청구법인은 총공사예정비를 재산정하여 경정한 조사청의 처분에 불복하여 심판청구(조심 2019구1434, 2019.2.28.)를 제기하였고, 현재 심판청구가 진행중에 있는바, 동 사건은 선행 사건의 결과에 따라 결정되어야 한다. 선행사건이 인용될 경우 조사청의 경정처분이 취소되어야 하므로 후발적 사유로 인한 경정청구 대상 사업연도가 없어지게 되며, 기각될 경우 고의적인 분식결산 여부가 후발적 사유로 인한 경정청구 대상여부 판단에 중대한 영향을 끼치게 되므로 선행사건의 결과에 따라 결정되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 2010∼2014년 계상한 공사예정원가를 부인하고 작업진행률을 재계산하여 과세한 처분의 당부

② 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13550호로 개정된 것)

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제58조의3(사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제) ① 내국법인이 제66조 제2항 제4호에 따른 경정(更正)을 받은 경우에는 그 경정일이 속하는 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도의 법인세액에서 과다 납부한 세액을 차례로 공제한다.

② 제1항을 적용할 때 내국법인이 해당 사실과 다른 회계처리와 관련하여 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도에

「국세기본법」제45조

에 따른 수정신고를 하여 납부할 세액이 있는 경우에는 그 납부할 세액에서 제1항에 따른 과다 납부한 세액을 먼저 공제하여야 한다.

③ 제1항과 제2항에 따른 세액공제와 관련한 구체적인 방법 및 절차는 대통령령으로 정한다.

제66조(결정 및 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

4. 내국법인이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제159조에 따른 사업보고서 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제8조에 따른 감사보고서를 제출할 때 수익 또는 자산을 과다 계상하거나 손비 또는 부채를 과소 계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 그 내국법인, 그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령으로 정하는 경고·주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여

「국세기본법」제45조의2

에 따라 경정을 청구한 경우

(2) 법인세법 시행령

제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. (단서 생략)

(3) 법인세법 시행규칙

제34조(작업진행률의 계산등) ① 영 제69조 제1항 본문에서 "건설등을 완료한 정도"란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 "작업시간등"이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.

2. 제1호 외의 경우 : 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조 제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. 익금

2. 손금　당해사업연도에 발생된 총비용

(4) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인이 2010∼2017사업연도 법인세 신고시 반영한 쟁점공사와 관련한 공사수익 및 공사원가내역은 아래 ＜표＞와 같다.

(나) 조사청이 2018.2.6.～2018.7.29. 기간 동안 청구법인에 대하여 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 신고한 사업연도별 쟁점공사 수익과 관련하여 2010∼2014사업연도 작업진행률 산정시 적용한 총공사예정비를 부인하고 작업진행률을 재계산하여 공사수익(익금산입)을 산정한 내역은 아래 ＜표＞와 같다.

(다) 조사청은 청구법인이 모회사인 발주처의 요구에 따라 발주처 예산에 맞추어 도급계약을 체결함에 따라 공사 초기부터 손실이 발생하는 것에 부담을 갖고 총공사예정비를 임의로 축소하여 손실이 예상되는 쟁점공사를 흑자인 것처럼 조작하였다는 의견으로 그 근거로 청구법인 내부감사자료 등을 제출한 반면, 청구법인은 실행예산이 편성되기 전까지는 잠정적으로 적정 매출이익에 해당하는 3～5% 범위 내에서 공사수익을 인식하여 법인세를 신고.납부할 수 있도록 총공사예정비를 산정하였고, 2010∼2014년 계상한 공사예정원가는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도 말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 원가에 해당한다고 주장하고 있다.

(라) 조사청의 과세사실판단자문신청에 대하여 국세청이 회신한 내용은 다음과 같다.

(마) 한편 청구법인이 2019.2.21. 제출한 법인세 2010사업연도분 OOO의 환급을 구하는 (후발적)경정청구에 대하여, 처분청은 2019.4.26. “조사청에서 분식회계로 판단한 것으로 경정청구 대상이 아님”을 이유로 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대,

「법인세법 시행규칙」제34조

제2항에서 작업진행률 산정시 적용되는 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 하도록 규정하고 있는바,

청구법인은 외부기관의 타당성조사를 근거로 산출하거나 발주처와의 예산회의를 통하여 산출한 합리적인 실행예산(총공사예정비)이 있음에도, 청구법인이 임의로 매출이익률 3～5%로 역산한 금액으로 추정공사예정원가를 적용한 것은 그 합리성이나 객관성이 부족해 보이는 점, 특히 2013년 2월 청구법인 내부감사에서 ‘사업부서는 계약시점부터 적자가 예상되었음에도 최근 3년간(2010～2012년) 완료예정원가(총공사예정비)를 임의로 조정하여 매출이익율을 3～5%로 왜곡’한 사실과 2015년 10월 청구법인 내부감사에서 ‘에너지사업본부는 2019.10.30. 쟁점공사 도급계약 체결 후 도급금액 미확정 및 적자 편성 등의 사유로 2015년 9월까지 본 실행예산을 편성하지 않았으며 완료예정원가(총공사예정비)에 임의항목을 생성하여 매월 예정원가를 왜곡’한 사실을 확인한 점, 조사결과 조사청은 청구법인이 저가수주 및 공사손익 왜곡을 위해 임의 편성한 총공사예정비를 부인하고 청구법인 내부감사자료 등에서 확인한 정당 실행예산을 ‘합리적으로 추정한 공사원가’로 판단한 점 등에 비추어 처분청이 2010～2014년에 계상한 청구법인의 공사예정원가를 부인하고 작업진행률을 재계산하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대,

「국세기본법」제45조의2

제2항 제4호에서 “결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때”에는 후발적 사유에 의한 경정청구를 할 수 있도록 규정하고 있고, 후발적 경정청구 제도는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 그 취지가 있는바(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 등 다수, 같은 뜻임),

청구법인의 2010～2014년 매출액 과다계상은 회계추정의 오류에 기인한 것으로 이를 조직적인 회계분식행위로 보기 어려운 점, 국세청 과세사실판단자문위원회에서도 청구법인과 특수관계인인 발주처 간의 쟁점공사 저가수주에 관하여 부당행위계산부인 규정을 적용하기 어려운 것으로 판단하였을 뿐만 아니라, 조사청도 청구법인의 공사매출 과다 또는 과소신고를 적극적인 부정행위로 보지 아니한 점(일반과소신고가산세 적용),

조사청이 추정공사원가를 재계산함으로써 연도별 공사손익을 다시 인식하게 되었고 그에 따라 2015～2016사업연도 법인세를 추징하고 2013～2014사업연도 법인세는 감액경정 하면서도, 감액경정사유가 발생한 2010～2012사업연도 법인세에 대하여는 부과제척기간 경과를 이유로 감액경정 하지 아니한 점,

「법인세법」제58조의3

규정을 이 건에 그대로 적용할 수는 없으나, 동 규정은 대외적으로 분식회계로 인해 제재조치를 받은 경우에도 납세자의 감액경정청구를 허용하면서 감액경정금액의 즉시 환급 대신 향후 과다납부세액으로 공제하도록 하고 있는바, 이 건 공사수익 과다.과소계상 행위는 위 규정에서 정한 분식회계 행위보다 가벼운 사안(청구법인의 자체 감사에 의해 지적된 사항인 반면, 외부감독기관의 지적이나 제재조치는 없었음)임에도 납세자의 사후 구제장치인 후발적 경정청구의 대상이 되지 못한다면 과세형평상 불합리한 점,

또한 이 건은 결국 공사손익의 귀속시기 문제로서, 후행 증액경정처분이 선행 과세연도의 손익과 직접 관련되어 당해 법인세 과세표준이나 세액에 영향을 주는 경우에 해당하는바, ‘분식회계로 외부기관의 감사 및 제재조치가 통보되었고 과세관청의 증액경정처분이 선행 과세연도의 익금과 직접 관련이 없어 그 과세표준이나 세액에 영향을 주지 않은 사안’에 관한 기존 대법원 판례(2013.7.11. 선고 2011두16971 판결)와도 배치된다고 볼 수 없으므로 이를 이 건에 그대로 원용하기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 2010～2012사업연도 법인세 환급을 구하는 청구법인의 후발적 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.