조심 2022중7287 (2024.06.27)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 하수 및 폐수처리업을 영위하는 사업자로서 폐기물 종합처리시설(OOO) 가운데 생활폐기물 처리용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 면세사업으로 보아 매출세액에서 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청이 2022.2.10. 쟁점용역이 과세사업에 해당하는 것으로 보아 2019년 제2기부터 2021년 제1기까지의 부가가치세를 경정.고지하자 청구법인은 2022.4.28. 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에 따라 2015년 제2기부터 2016년 제1기까지의 과세기간(이하 “이 건 과세기간”이라 한다)의 부가가치세 매입세액 불공제분(OOO원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)의 환급을 구하는 후발적 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.6.22. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.8.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건은 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에 따라 후발적 경정청구 대상에 해당한다. 조세법규는 문언에 따라 엄격하게 해석하여야 하는 바, 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에 따르면, 후발적 경정청구 대상으로 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”를 규정하고 있다.

처분청은 청구법인의 2019년 제2기부터 2021년 제1기까지의 과세기간에 대하여 생활폐기물 처리용역을 면세사업이 아닌 과세사업으로 경정하여 청구법인의 이 건 과세기간에 신고한 부가가치세액이 세법에 따라 신고하여야 할 세액을 초과하는바, 「국세기본법」 제45조의 2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 대상에 해당한다.

후발적 경정청구는 처분청의 경정을 직접 원인으로 하여 다른 과세기간의 과세표준 및 세액이 후발적으로 과다하게 된 경우 인정되는 것이므로, 이 건의 경우 처분청의 경정이 직접적인 원인이 되어 이 건 과세기간에 세법에 따라 신고ㆍ납부하여야 할 세액을 초과하였으므로 이는 후발적 경정청구 사유에 해당한다.

(2) 청구법인이 제공하는 생활폐기물처리사업이 처분청의 경정결정에 따라 과세사업에 해당하는 경우에는 생활폐기물처리사업 관련 매입세액은 면세사업 관련 매입세액에 해당하지 않으므로 용역을 공급받은 이 건 과세기간의 매출세액에서 공제되어야 한다.

다만, 청구법인은 이 건 과세기간(2015년 제2기부터 2016년 제1기까지)에 면세사업과 관련 매입세액으로 보아 불공제한 매입세액(쟁점매입세액)은 법정신고기한으로부터 5년을 경과하여 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 경정청구가 불가능하고, 같은 법 제45조의2 제2항 제4호 후발적 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 내에 경정청구를 할 수 있다.

통상적인 경정청구 이외에 후발적 경정청구제도를 따로 두고 있는 이유는 통상적 경정청구 기간이 도과한 후에 당초 납세자가 신고 당시에 예측할 수 없었던 사정이 후발적으로 발생함에 따라 권리구제의 필요성이 인정되는 경우 다시 말해, 당초 신고의 세액을 그대로 유지하는 것이 불합리한 경우 납세자를 구제하기 위함이다.

청구법인은 처분청이 부가가치세 매출세액을 부과하면서 그에 상응하는 정당한 매입세액의 공제를 인정하지 않는 것은 전단계세액공제제도의 취지를 부인한 것이고, 부가가치세를 거래단계별로 징수하는 다단계소비세가 아닌 최종소비자에게만 징수하는 최종소비세로 변질시키는 것으로 현행 부가가치세 체계상 허용될 수 없으며, 관련 매출세액을 부과하면서 그에 상응하는 정당한 매입세액의 공제를 부인하는 것은 법적 근거 없이 세법에서 규정한 세액을 초과한 세액을 납세자에게 부담시키는 것으로 과세 형평상 불합리한 행위이다.

(3) 이 건은 아래 ＜표＞와 같이 조세심판원 선결정례의 사실관계와 다르지 않으므로 후발적 경정청구 대상에 해당한다.

＜표＞ 조세심판원 선결정 및 청구법인 사례 비교표

위 조세심판원 선결정례를 살펴보면, 납세의무자는 해당 거래를 과세대상 거래가 아닌 것으로 보아 매출세액을 미신고하고 매입세액을 불공제하였으나, 처분청이 이를 과세대상 거래로 보아 매출세액을 추징한 경우 불공제한 관련 매입세액(부과제척기간 경과분)은 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유로 판단하여 매입세액 공제를 적용함에 따른 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 인용하였다.

앞서 살펴본 바와 같이 후발적 경정청구제도의 취지와 심판례에 따라 청구법인이 당초에 면세대상으로 보아 매출세액에서 불공제한 매입세액은 후발적 경정청구 사유에 해당하고, 후발적 경정청구제도가 납세자의 권리보호 및 조세정의의 실현을 위하여 법률에 규정되었으므로 이를 법적인 근거 없이 제한하거나 축소하여 해석하는 것은 조세법률주의 위반에 해당하는 것으로 판단된다.

(4) 처분청은 이 건 경정결정이 과세기간 사이의 이중과세된 것이므로 이는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않아, 이 건 과세기간은 부과제척기간이 만료된 것으로 보아야 한다는 의견이다.

(가) 청구법인의 용역 공급을 과세사업으로 보아 매출세액을 경정하고 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하는 것은 이중과세 효과가 있으므로 이는 후발적 경정청구 사유에 해당한다.

「부가가치세법」상 사업자가 자기의 과세사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세 매입세액을 공제하도록 하고 있는바, 모든 사업자에게 동일하게 적용되어야 과세의 형평성과 법적 안정성을 확보할 수 있다. 즉, 면세공급을 전제로 하여 매출세액에서 매입세액을 불공제하였는바, 과세대상 공급거래로 경정되는 경우에는 관련 매입세액이 공제되어야 과세형평에 부합한다.

처분청은 청구법인이 영위하는 생활폐기물처리사업이 과세사업에 해당한다고 보아 관련 부가가치세 매출세액을 과세한 후, 관련 사업에서 발생한 매입세액을 부과제척기간 내의 매입세액 공제는 인정하면서, 부과제척기간을 경과한 매입세액을 불공제하는 것은 과세형평에 부합하지 않는다.

후발적 경정청구의 입법취지가 후발적 사유의 발생으로 인하여 부과제척기간이 경과한 과세기간의 세액의 변동이 생긴 경우 납세자가 그 사실을 입증하여 감액을 청구할 수 있도록 하여 납세자의 권리구제를 확대하고자 함이므로, 청구법인의 부과제척기간을 경과한 매입세액도 후발적 사유에 의한 경정청구로 공제되어야 한다.

(나) 처분청이 제시한 판례는 청구법인의 후발적 경정청구 사유 및 사실관계와 상이하여 원용할 수 없고, 청구법인의 후발적 경정청구는 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호 문언 및 입법취지에 따라 후발적 경정청구 대상에 해당한다.

처분청이 제시한 판례(서울행정법원 2017.10.20. 선고 2016구합75449 판결)와 선결정례(조심 2015서2364, 2016.6.29.)의 사실관계를 살펴보면, 원고는 법원판결에 의한 확정으로 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제1호를 사유로 하여 후발적 경정청구를 신청하였으나, 확정판결의 소송당사자가 아니므로 판결의 효력을 받는 자에 해당하지 않아 이는 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 볼 수 없어 청구주장을 기각한 것이므로 사실관계가 달라 이 건에는 적용하기 어렵다.

또한, 처분청이 제시한 선결정례(조심 2019서3809, 2020.4.6.)는 처분청이 경정하여 과세한 사실이 없어 경정의 영향을 받지 아니하는 과세기간에 대한 후발적 경정청구는 부적법한 청구로 판단하여 각하결정한 사례이다. 이와는 달리 조세심판원은 처분청이 귀속시기를 달리하여 다른 과세기간의 과세소득으로 경정하여 과세한 사실관계에서는 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구의 사유로 보아 인용결정하였다(조심 2019서2414, 2021.2.17.).

즉, 조세심판원은 이 건 사실관계와 같이 처분청의 경정으로 인하여 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 세법에 따라 신고하여야 할 세액을 초과하는 경우에는 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 판단하였다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청의 경정결정을 직접적인 원인으로 하여 당초 과세표준 및 세액이 후발적으로 과다하게 된 경우에 해당한다는 주장에 대하여 살펴본다.

처분청의 이 건 경정결정은 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다. 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무가 성립된 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 인해 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결).

즉, 법정신고기한이 지난 후 5년이 경과하였거나 당초 법정 신고의무를 이행하지 않은 납세자는 신고.결정 또는 경정에 따른 과세표준 등과 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 등에 차이가 발생하더라도 경정을 청구할 수 없는 것이 원칙이나, 납세의무 성립 당시 당사자가 예측할 수 없는 후발적인 사유로 인해 당사자의 귀책사유 없이 거래의 실질이 달라져 조세부담이 달라지는 경우까지 경정청구를 제한하는 것은 가혹하므로 이러한 경우의 권리구제를 위해 예외적으로 마련된 규정이다(춘천지방법원 2014.12.5. 선고 2014구합425 판결).

이러한 세법 해석의 기준을 적용함에 있어 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다.

특히, 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결).

청구법인이 후발적 사유의 근거규정으로 제시한 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에서 과세관청의 결정이나 경정을 후발적 사유로 열거하고 있는바, 서울행정법원은 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에서 ‘결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’에 후발적 경정청구를 인정하는 것은 과세관청이 전과 다른 과세기간에 소득이나 그 밖의 과세물건을 귀속시킴으로써 발생하는 이중과세를 방지하기 위한 것이라 판단하였다(서울행정법원 2017.10.20. 선고 2016구합75449 판결).

국세청에서도 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정되게 하는 것과 무관한 판결 및 과세기간 사이의 이중과세를 유발하지 않는 과세관청의 결정ㆍ경정은 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 해석하고 있다(법령해석과-3256, 2021.9.17.).

최근 조세심판원에서는 처분청의 1차 경정청구에 따른 경정의 영향을 받지 않는 2차 경정청구는 후발적 경정청구의 요건을 충족하지 못한다고 결정(조심 2019서3809, 2020.4.6.)하면서 과세관청의 결정이나 경정에 따른 후발적 경정청구의 취지는 세금의 이중 부과로 인한 납세자의 권리구제라 하였다.

청구법인은 과세관청의 경정이 이 건 과세기간의 매입세액 공제에 영향을 주어 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액에 미치지 못한 것이라 주장한다.

그러나, 후발적 경정과 관련한 경정의 단위는 세법상 과세단위와 밀접한 관련이 있는 것으로 과세단위는 납세자의 신고나 과세관청의 결정?경정의 기본적인 단위가 되는바, 기간과세의 세목인 부가가치세는 ‘과세기간’에 따라 과세단위가 구분되는 대표적인 세목으로서 과세기간이 각각의 과세단위에 해당하는 것이므로 면세 매출을 부가가치세 과세대상으로 경정한 2019년 제2기부터 2021년 제1기까지의 과세기간과 당초 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제한 이 건 과세기간은 독립된 회계처리에 따른 별개의 과세기간으로 판단하여야 한다.

따라서, 과세관청의 경정으로 당초 불공제한 매입세액을 각 과세기간별 사업과 관련된 매입세액으로 공제하는 통상적 경정청구를 구할 수는 있으나, 이중과세된 것이라 할 수 없는 경우에 해당한다면 국세의 부과제척기간이 이미 경과한 과세기간에 대해 경정청구할 수 있는 후발적 사유라는 청구주장은 타당하지 않다.

이 건 과세기간은 부과제척기간이 만료된 것으로 보아야 함에도 청구법인은 선결정(조심 2015중1347, 2015.7.2.)을 근거로 매출부가가치세는 과세하면서 과거에 불공제한 매입세액 가운데 제척기간이 도과한 매입세액을 환급하지 아니한 것은 불합리하고, 과세관청이 경정한 과세기간(2019년 제2기～2021년 제1기)의 파급효과는 기 신고한 모든 과세기간(2015년 제2기～2021년 제1기)에 적용되어 통상적인 경정청구는 물론 후발적 경정청구도 할 수 있다고 주장한다.

이 경우 법률관계를 조속히 안정시키기 위해 부과제척기간을 두고 그에 대한 예외로 후발적 경정청구를 두고 있는 취지가 몰각될 우려가 있고, 경정과 연동되지 않은 모든 과세기간에 대한 경정청구가 가능한 것으로 해석되는 경우 하나의 경정이 있음으로 인해 그 밖의 모든 과세기간에 대하여 특례 부과제척기간으로서 과세처분을 할 수 있다는 결과가 되어 오히려 납세자의 법적 안정성이 침해될 것이므로 이 건 과세기간의 부과제척기간은 만료된 것으로 보아야 한다.

(2) 청구법인이 신고 당시 예측할 수 없었던 사정이 후발적으로 발생한 경우에 해당한다는 주장에 대하여 후발적 경정청구를 인정하는 「국세기본법」 및 같은 법 시행령 규정을 살펴보면 후발적 경정청구 제도의 취지를 근본적으로 이해할 수 있다.

후발적 사유를 규정하고 있는 「국세기본법」 제45조의2 및 같은 법 시행령 제25조의2를 살펴볼 때 공통적으로 전제하고 있는 것은 최초 신고ㆍ결정 또는 경정 시 납세자가 예측할 수 없었던 사정인 것이고, 이는 판례(서울행정법원 2017.10.20. 선고 2016구합75449 판결)를 통해서도 확인할 수 있다.

국세청은 구 「부가가치세법」 제12조 제1항 제5호, 같은 법 시행령 제29조 제11호에서 ‘「폐기물관리법」 제25조의 규정에 의하여 폐기물 처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물의 수집.운반 및 처리용역’의 공급에 대하여 부가가치세를 면제하고, 사업자가 폐기물 처리업 허가를 받지 아니한 이상, 허가권자인 지방자치단체와 계약체결하고 그 지휘.감독하에 폐기물 및 음식물처리용역을 공급하였더라도 이를 면세대상으로 볼 수 없다는 일관된 입장을 유권해석 등을 통하여 표명하였다(부가가치세과-162, 2017.1.31. 외 다수).

따라서, 이 건 경정청구는 기간과세인 부가가치세 부과와 관련하여 과세관청의 경정으로 이 건 과세기간에 이중과세의 효과가 있지 않고 과세관청의 경정으로 그 사실관계가 후발적으로 변경된 것이라 보기도 어려우므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 적법하다.

청구법인은 쟁점용역이 과세대상임이 명백함에도 충분한 주의를 기울이지 않고 부가가치세 면제대상으로 판단하여 본인의 책임하에 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 신고하였다가 추후 공제가능 매입세액이라는 것을 인지한 것이므로 과세관청의 경정으로 인하여 그러한 사실관계가 후발적으로 변경된 것이라 보기는 어렵다.

(3) 청구법인은 서울행정법원 판례(서울행정법원 2017.10.20. 선고 2016구합75449 판결)의 경우 원고가 확정판결의 소송당사자가 아니므로 판결의 효력을 받는 자에 해당하지 않는다고 주장한다. 그러나, 위 판결을 보면 해당 사건은 4개의 법조항에 대한 적법 여부에 대한 판단한 것으로서 소송의 당사자 여부는 그 첫 번째 사유에 대한 판단이고, 세 번째 판결의 요지를 보면 “「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호는 과세관청이 전과 다른 과세기간에 소득이나 그 밖의 과세물건을 귀속시킴으로써 발생하는 이중과세를 방지하기 위한 것”으로 명시되어 있는바, 처분청은 청구법인의 후발적 경정청구 사유에 대한 기존 법원의 입장을 원용한 것이다.

(4) 처분청은 조세심판원 선결정(조심 2019서3809, 2020.4.6.)도 처분청이 경정결정을 통해 과세한 바 없으므로 경정의 영향을 받지 아니한 과세기간에 대한 후발적 경정청구는 부적법한 것으로서 각하결정된 사례이므로 이 건과 사실관계가 다르다고 주장한다.

그러나, 이는 청구법인의 자의적 해석(판단)이고, “「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호에서 과세관청의 결정이나 경정을 후발적 사유로 열거하고 있는바, 그 취지는 경정청구 기간이 경과한 과세기간에 이미 익금산입되었던 특정한 금액을 과세관청이 그 귀속시기를 달리하여 다른 과세기간의 과세소득으로 경정하여 과세함으로써 결과적으로 이중으로 세금이 부과되는 납세의무자가 본래 익금산입한 과세기간의 경정을 구할 수 있게 한 것이다. 이처럼 과세관청이 납세의무자 제기한 일반적 경정청구를 받아들인 경우까지 위 규정의 적용대상이라고 보기 어려운 점”으로 명시한바, 위 판결의 내용을 보면 “처분청이 경정하여 과세한 사실이 없어”가 의미하는 것은 통상의 경정청구를 인용한 것이 과세관청의 경정으로 볼 수 없다는 것이다.

또한, “경정의 영향을 받지 아니하는 과세기간”에 대해서도 “설령 1차 경정청구에 따른 처분청의 2013사업연도 법인세에 대한 경정이 후발적 사유에 해당한다고 하더라도 2013사업연도의 기초 재고자산 가액에 대한 경정으로 이중과세되는 과세소득은 2012사업연도의 기말 재고자산에 대한 익금산입액에 불과(2012사업연도의 기초 재고자산 등은 2013사업연도에 경정된 과세소득과 동일한 것이 아니다)하여 청구법인이 제기한 2차 경정청구의 대상이 된 과세기간(2013～2016사업연도 및 2009.2010사업연도)의 법인세는 처분청의 1차 경정청구에 따른 경정의 영향을 받지 아니한다”고 명확하게 해석하고 있으므로 경정으로 인한 이중과세의 영향을 받는 과세기간에 대한 후발적 경정청구가 가능하다는 의미이다.

현행법상 과세기간 사이의 이중과세를 유발하지 않는 과세관청의 결정.경정은 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는 것(기준-2021-법령해석기본-168, 2021.9.17.)인바, 청구법인이 제시한 선결정례(조심 2015전1925, 2015.7.2.)는 “재화 또는 용역의 공급에 대하여 매출 부가가치세는 부과하면서 과거에 불공제한 매입세액 중 국세 부과제척기간이 도과한 과세기간의 매입세액을 환급하지 아니하는 것은 불합리하다.”고 결정한 것이므로 이는 객관적인 법령의 해석과 상충된다.

또 다른 조세심판원의 선결정례(조심 2015전4825, 2016.4.27.)의 경우 당초 환급받은 세액을 면세사업 관련 매입세액으로 매출세액에서 불공제하여 수정신고하였다가 다시 심판청구의 결과 안분계산하여 환급받았다고 할지라도 환급받은 과세기간(2011년 제2기부터 2013년 제1기까지)과 별개의 과세기간(2009년 제1기부터 2009년 제2기까지)에 대해 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는 것으로 결정하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 경정청구 사유가 「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점용역을 부가가치세 과세사업으로 보아 2019년 제2기부터 2021년 제1기까지의 과세기간에 쟁점용역 관련 매출세액을 산정하여 2022.2.10. 청구법인에게 관련 부가가치세를 경정.고지하였다.

(2) 청구법인이 제출한 증빙 및 처분청의 심리자료는 아래와 같다.

(가) 청구법인은 과세사업(슬러지처리사업)과 면세사업(생활폐기물처리사업)을 겸영하므로 OOO의 매입세액을 공통매입세액으로 보아 공통매입세액 안분기준에 따라 생활폐기물시설 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하였다.

(나) 처분청은 청구법인이 「폐기물관리법」 제25조에 따른 폐기물처리업 허가를 받은 사업자에 해당하지 아니하므로 청구법인이 영위하는 생활폐기물처리사업을 과세사업으로 보아 2022.1.4. 2019년 제2기부터 2021년 제1기까지의 과세기간에 대한 부가가치세(OOO원)을 과세예고통지하였다.

(다) 경정청구 거부통지 내역에 따르면, 처분청은 이 건 과세기간 에 면세대상으로 보아 불공제한 매입세액과 관련한 후발적 경정청구에 대하여 2022.6.22. 이를 거부하였다.

(라) 처분청이 제출한 세액결의서를 보면, 처분청은 「폐기물관리법」 제25조의 규정에 의하여 폐기물처리업을 허가받은 자가 공급하는 생활폐기물의 수집.운반 및 처리용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하는 것인바, 청구법인은 폐기물처리업 허가를 받지 않았으므로 청구법인의 폐기물 처리용역을 「부가가치세법」상 과세용역으로 보아 부가가치세를 경정(매입세액 공제액은 변동 없음)한 것으로 나타난다.

(마) 청구법인이 제공하는 생활폐기물 처리용역이 부가가치세 과세사업인지 여부에 대한 심판청구와 관련한 우리 원의 결정(조심 2022중6224, 2023.4.3.)의 주요 내용은 아래와 같다.

ㅇㅇㅇ

(바) 처분청의 재조사 결과 통지(2023.6.1.)에 따르면 처분청은 위에서 언급한 우리 원의 재조사 결정(조심 2022중6224, 2023.4.3.)과 관련하여 청구법인이 평택시장에게 청구하여 수령한 금액은 ‘OOO 시설사용대가’인 것으로 보아 당초 처분은 정당한 것으로 판단하여 부가가치세 과세 처분을 유지한 것으로 되어 있다.

(사) 청구법인이 제출한 법원 접수증 등에 따르면, 청구법인은 2023.8.30. 수원지방법원에 이 건 폐기물 처리용역이 부가가치세 과세대상인지 면세대상인지 여부와 관련하여 소송(사건번호 : OOO 부가가치세경정처분 취소)을 제기하였고, 해당 소송은 현재 4차 변론기일(2024.7.17.)이 예정되어 있는 등 계속 진행 중인 것으로 나타난다.

(3) 처분청 심리자료 등에 따르면, 청구법인은 이 건 과세기간(2015년 제2기～2016년 제1기)에 대해서는 생활폐기물 처리용역이 발생하지 않아 그 매출세액을 OOO원으로 신고한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호는 “결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”라고 규정하고 있는바, 청구법인은 이 건 과세기간(2015년 제2기 ∼ 2016년 제1기)에 매출세액에서 매입세액을 불공제하였으나, 처분청이 이후에 쟁점용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 2019년 제2기부터 2021년 제1기까지의 부가가치세를 경정함에 따라 이 건 과세기간의 과세표준 및 세액이 과다하게 된 경우로 이는 「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 주장하나, 후발적 경정청구 사유를 규정한「국세기본법」제45조의2 제2항 제4호는 납세자가 적법하게 신고하였으나 그 귀속시기 등을 잘못 판단한 경우 처분청이 법원의 판결 등에 기인하여 올바른 귀속시기를 결정 또는 경정하는 것을 뜻하고 이 건의 경우는 매입세액이 과세사업에 관련한 것인지 여부가 문제될 뿐이므로 그 귀속시기의 오류가 있었다고 보기 어렵다 할 것(조심 2015전4825, 2016.4.27., 조세심판관합동회의, 같은 뜻임)이고, 청구법인이 영위하는 생활폐기물 처리용역의 부가가치세 과.면세 여부는 양측 간의 다툼으로 현재 1심 법원에서 심리가 진행 중인 사안(OOO 부가가치세경정처분 취소)이므로 청구법인의 납세의무와 관련된 법률행위 및 납세자의 세액을 확정하는 신고행위가 있었으나 그 이후에 처분청이 그 거래에 대한 청구법인의 인식과 다른 내용을 기반으로 하여 새로운 부과처분을 한 것에 대하여 청구법인이 이러한 부과처분의 내용을 그대로 받아들였다고 보기 어려우며, 쟁점용역이 부가가치세 과세사업으로 확정될 경우 이 건은 단지 청구법인이 당초 이 건 과세기간에 부가가치세 매입세액을 잘못 신고(면세사업으로 보아 매입세액 불공제)하였고, 처분청은 그 이후 쟁점용역에 대해 부가가치세 과세대상으로 보아 경정하면서 이 건 과세기간에 대해서는 이미 부과제척기간이 경과하였다는 사유로 관련 매입세액을 경정하지 못한 것이 되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2【국세부과의 제척기간】 ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목이나 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우 : 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

1의3. 「형사소송법」에 따른 소송에 대한 판결이 확정되어 「소득세법」 제21조 제1항 제23호 또는 제24호의 소득이 발생한 것으로 확인된 경우 : 판결이 확정된 날부터 1년

(중략)

3. 제45조의2 제1항 및 제2항 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제19조 제1항 및 제33조 제2항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제20조 제2항에 따른 조정권고가 있는 경우 : 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월

4. 제3호에 따른 경정청구 또는 조정권고가 있는 경우 그 경정청구 또는 조정권고의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우 : 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월

5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우 : 판결이 확정된 날부터 1년

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 국세기본법 시행령

제25조의2【후발적 사유】법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

(3) 부가가치세법

제9조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

(4) 부가가치세법 시행령

제35조【면세하는 의료보건 용역의 범위】법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」 또는 「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

12. 「폐기물관리법」 제25조에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집·운반 및 처리용역과 같은 법 제29조에 따라 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역