서울행정법원-2016-구합-75449 (2017.10.20)

사 건

2016구합75449 부가가치세경정거부처분취소

원 고

김○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2017. 9. 15.

판 결 선 고

2017. 10. 20.

주 문

1. 피고가 2015. 3. 23. 원고에 대하여 한 2006년 제1기분 부가가치세 AA원(가산세 포함)에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

별지 기재와 같은 부가가치세(가산세 포함)의 납세의무자는 BB상가개발조합이고 원고에게는 연대납세의무가 없는 것으로 경정하여 달라고 한 원고의 경정청구를 피고가 2015. 3. 23. 거부한 처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 서울 ○○구 ○○동 000-0 외 00필지 0,000㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 소유자들이었던 원고 등 23명(이후 17명으로 감소하였다. 이하 통칭하여 ‘조합원들’이라 한다)은 이 사건 토지 위에 상가를 신축하여 분양 및 임대사업을 영위하기 위한 목적으로 1996. 9. 20. BB상가개발조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)을 공동으로 설립하였다.

나. 이 사건 조합은 2000. 12. 30. 이 사건 토지 위에 1,878개 점포로 구성된 BB빌딩(이하 ‘이 사건 상가’라 한다)을 신축한 후 2001. 1. 11. 이 사건 조합 명의의 소유권보존등기를 마치고 1,600여개의 점포를 일반분양하면서, 수분양자들과 사이에 분양받은 점포의 대지권에 해당하는 부분을 30년간 사용할 수 있는 권리를 부여하고 그 대가로 수분양자들로부터 토지사용료 0,000억 원을 선납받는 내용의 토지사용계약(이하 ’이 사건 토지사용계약‘이라 한다)을 추가로 체결한 다음, 이 사건 토지사용계약에 따라 수분양자들로부터 토지사용료 0,000억 원을 선납받아 이를 선수임대료로 처리하여 2001년 제1기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세를 신고․납부하였다.

다. 그런데 이 사건 상가 분양 이후 이 사건 토지 중 상당수 조합원들 소유 토지의 소유권이 임의경매 등의 원인으로 제3자(이하 ‘비조합원들’이라 한다)에게 이전되었고 이후 비조합원들 중 일부가 이 사건 조합 또는 수분양자들을 상대로 부당이득금의 반환을 청구하는 소를 제기하였는데, 그 소송에서 ‘이 사건 조합 및 수분양자들은 이 사건 토지의 일부를 취득한 비조합원들에게 점포 부속 토지의 점유․사용으로 인한 임료 상당의 부당이득금을 반환할 의무가 있다’는 취지의 판결이 선고되어 확정되었다.

라. 이 사건 조합은 위 판결을 근거로 이 사건 토지에 대한 임대권한이 이 사건 조합에게 없었던 이상 이 사건 토지 사용에 따른 부가가치세를 납부할 의무도 없다고 판단하고, 2009년 제1기, 제2기 및 2010년 제1기의 부가가치세 신고 시 선수임대료를 매출액에서 제외하였다.

마. 피고는 원고 등 조합원들이 이 사건 조합의 조합원으로서 공동사업자인 연대납세의무자에 해당한다고 보아 이 사건 조합이 선수임대료 00억 0,000만 원을 신고누락하였다는 이유로 2011. 1. 31. 2009년 제1기 부가가치세 CC원, 2009년 제2기 부가가치세 DD원, 2010년 제1기 부가가치세 EE원을 경정·고지하고, 이 사건 조합이 2006년 제1기 과세기간 중 주식회사 BB패션몰로부터 교부받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하여 2012. 3. 9. 2006년 제1기 부가가치세 FF원을 각 경정·고지하였다.

바. 이에 불복하여 원고가 2012. 3. 9.자 2006년 제1기 부가가치세 FF원 경정·고지에 대하여 취소를 구하는 소를 제기하였는데 법원은 이 사건 조합이 법인격 없는 사단으로서 부가가치세법 제2조 제2항에 따라 독립한 납세의무자에 해당하므로, 원고 등 조합원들에게 이 사건 조합에 대하여 부과된 부가가치세를 연대하여 납부할 의무가 있다고 볼 수 없다는 이유로 위 부가가치세 경정·고지를 취소하는 판결을 선고하여 2014. 7. 24. 확정되었다(서울행정법원 2013구합0000 판결, 서울고등법원 2013누00000 판결, 대법원 2014두0000 판결, 이하 ‘이 사건 1 확정판결’이라 한다). 또한 조○○ 외 조합원 4명이 2011. 1. 31.자 2009년 제1기 부가가치세 CC원, 2009년 제2기 부가가치세 DD원, 2010년 제1기 부가가치세 EE원의 각 경정·고지에 대하여 취소를 구하는 소를 제기하였는데, 이 사건 1 확정판결과 동일한 이유로 위 각 부가가치세 경정·고지를 취소하는 판결이 선고되어 2014. 10. 15. 확정되었다(서울행정법원 2012구합0000 판결, 서울고등법원 2012누00000 판결, 대법원 2014두0000 판결, 이하 ‘이 사건 2 확정판결’이라 한다).

사. 피고는 이 사건 1 확정판결 이후 원고에 대한 2012. 3. 9.자 2006년 제1기 부가가치세 FF원 연대납세의무 지정에 따른 납세고지분을 직권취소하였고, 이 사건 2 확정판결 이후 2011. 1. 31.자 2009년 제1기 부가가치세 CC원, 2009년 제2기 부가가치세 DD원, 2010년 제1기 부가가치세 EE원 경정·고지에 대하여 조○○ 외 조합원 4인에 대한 연대납세의무자 지정을 취소하였다.

아. 원고는 2014. 9. 19. 피고에 대하여 별지 기재 부가가치세(가산세 포함)에 대하여 국세기본법 제45조의2 제2항 제1, 2, 4, 5호에 해당하는 후발적 경정청구 사유가 있다는 이유로 경정청구를 하였으나, 피고는 2016. 3. 25. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

자. 이에 불복하여 원고는 2015. 5. 12. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016. 6. 29. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부 판단

가. 원고 주장의 요지

이 사건 1, 2, 확정판결은 원고 등 조합원들이 공동사업체에게 귀속되는 거래로 신고납부한 부가가치세 과세물건의 귀속을 법인격 없는 사단인 이 사건 조합에 귀속되는 것으로 인정하였고, 피고는 이 사건 1 확정판결에 따라서 2012. 3. 9.자 2006년 제1기 부가가치세 FF원 경정·고지를 직권취소함으로써 2006년 제1기 과세기간에 대한 과세물건(또는 과세표준)의 귀속을 공동사업체가 아닌 법인격 없는 사단인 이 사건 조합으로 변경시키는 결정(또는 경정)을 하였다. 그리고 위와 같은 결정(또는 경정)으로 인하여 위 과세기간 이후 공동사업체가 신고납부한 과세표준 및 세액이 전체적으로 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액인 0원을 초과하게 되었다. 따라서 청구취지 기재와 같이 원고에게 연대납세의무가 부과된 부가가치세액에 대하여는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1, 2, 4, 5호의 후발적 경정청구 사유가 존재함에도 이를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

■ 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구)

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

■ 국세기본법 시행령

제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

다. 판단

1) 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 사유에 따른 후발적 경정청구에 대하여

가) 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제45조의2 제2항은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.’고 규정하면서, 그 제1호에서 ‘최초의 신고․결정 또는 경정(이하 ’최초의 신고 등‘이라고 한다)에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 규정하고 있다.

이처럼 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다.

또한 위 규정의 문언내용과 그 입법취지 등에 비추어 보면, 최초의 신고 등에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등을 다른 내용의 것으로 확정하는 판결이 있는 경우라면 특별한 사정이 없는 한 법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 경정청구사유에 해당한다고 할 것이고, 납세의무자가 그 판결에서 확정된 내용을 법 제45조의2 제1항 각 호에서 정한 통상의 경정청구사유로 다툴 수 있었다는 사정만으로 납세의무자의 정당한 후발적 경정청구가 배제된다고 할 수 없다(2017. 9. 7. 대법원 2017두41740 판결).

다만, 후발적 경정청구 사유인 판결로 인정받기 위해서는 후발적 경정청구권자가 소송의 당사자 등으로서 판결의 효력을 받는 자에 해당하여야 하고(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두28001 판결 참조), 기간과세인 조세 부과처분에 대한 판결의 경우에는 다툼의 대상이 되지 않은 다른 과세기간에 후발적 경정청구 사유가 될 수 없다고 봄이 타당하다(대법원 2008. 7. 24. 선고 2006두10023 판결 참조).

나) 먼저 2006년 1기분 부가가치세 부분에 대하여 살피건대, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하면 원고가 소송당사자인 이 사건 1 확정판결에서 부가가치세의 납세의무자가 원고 등 조합원들이 아니라 이 사건 조합으로 판단되어 확정된 사실이 인정되는바, 위와 같은 납세의무자의 변경은 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위의 전제가 변경된 것으로서 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 봄이 타당하다.

다) 다음으로 2009년 1기분, 2기분, 2010년 1기분 부가가치세 부분에 대하여 살피건대, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하면 원고는 이 사건 2 확정판결의 소송당사자가 아니므로 위 판결의 효력을 받는 자에 해당하지 않는 사실이 인정되는바, 앞서 본 법리에 비추어 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

라) 끝으로 2006년 2기분, 2007년 1기분, 2기분, 2008년 1기분, 2기분 부가가치세 부분에 대하여 살피건대, 이 부분에 대하여는 납세의무자를 변경하는 확정판결이 없으므로 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

2) 국세기본법 제45조의2 제2항 제2호 사유에 따른 후발적 경정청구에 대하여

국세기본법 제45조의2 제2항 제2호가 ‘소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정’이 있는 경우에 후발적 경정청구를 인정하는 것은 제3자가 새롭게 납세의무를 부담하게 됨으로써 발생하는 이중과세를 방지하기 위한 것이므로 단순히 납세의무자에 대한 기존 처분을 취소하는데 그치는 것이 아니라 제3자에 대한 새로운 처분이 필요한데, 갑 제2호증, 을 2호증의 1, 2, 3의 각 기재만으로는 피고가 원고에 대한 연대납세의무 지정에 따른 납세고지분을 직권취소하거나 조합원들 중 일부를 연대납세의무자에서 지정취소한 사실이 인정될 뿐 이 사건 조합에게 새로운 처분을 하였다고 인정할만한 증거가 없다.

3) 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호 사유에 따른 후발적 경정청구에 대하여

국세기본법 제45조의2 제2항 제4호가 ‘결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’에 후발적 경정청구를 인정하는 것은 과세관청이 전과 다른 과세기간에 소득이나 그 밖의 과세물건을 귀속시킴으로써 발생하는 이중과세를 방지하기 위한 것인데, 피고가 전과 다른 과세기간에 소득이나 그 밖의 과세물건을 귀속시켰다고 인정할만한 증거가 없다.

4) 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호 사유에 따른 후발적 경정청구에 대하여

국세기본법 제45조의2 제2항 제5호와 그 위임에 따른 국세기본법 시행령 제25조의2에 따르면 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분, 계약 및 과세표준 계산자료 등이 사후에 변경된 경우(제1, 2, 3호)나 이에 준하는 사유(제4호)가 있는 경우에 후발적 경정청구를 인정하고 있는데, 제1, 2, 3호에 해당하는 사유가 있다고 인정할만한 증거가 없고, 이 사건 1, 2 확정판결에서 이 사건 조합의 법적성격이 조합이 아니라 법인격 없는 사단이라고 판단한 것과 같이 신고납부나 증액경정 당시부터 존재하는 사실관계에 대한 법적평가를 과세관청과 법원이 달리 판단한 것을 제1, 2, 3호에 준하는 사유라고 인정하기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.