조심 2022중6224 (2023.04.03)

OOO서장이 2022.2.10. 및 2022.5.10. 청구법인에게 한 ＜별지＞ 명세의 부가가치세 부과처분은, OOO시장이 기준사용료를 톤당 OOO원(VAT 별도)으로 하여 청구법인에게 지급한 대가가 청구법인이 OOO와 체결한 ‘OOO에코센터 조성사업 민간투자사업(BTO) 실시협약’의 내용에 따라 OOO에코센터 시설 사용대가로 지급된 것인지 아니면 청구법인의 폐기물처리용역 제공(위수탁 포함)과 관련하여 지급된 것인지 여부 등에 대하여 재조사를 실시한 후, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2015.10.30. OOO을 사업장으로 하고, 주업종을 서비스/환경기초시설관리업으로 하여 개업한 법인이다. 나. 청구법인은 OOO 소재에 폐기물처리시설인 OOO에코센터(이하 “쟁점시설”이라 한다)를 건설하여 OOO시에 소유권을 이전하고 관리운영권을 부여받아 2019.12.1.부터 2034.11.30.까지 15년간 쟁점시설을 무상으로 사용·운영하여 투자비를 회수하는 수익형 민간투자사업(Built-Transfer-Operate, 이하 “BTO”라 한다)의 사업시행자로서,「폐기물관리법」에 의한 폐기물처리업 허가를 받지 않은 상태에서 OOO시장과 쟁점시설 운영 등에 관한 협약을 체결하였고, 쟁점시설을 사용하는 주무관청으로부터 그 대가(기준사용료 톤당 OOO원, VAT 별도, 이하 “쟁점대가”라 한다)를 수령하였으며, 쟁점대가 관련 용역을 「부가가치세법 시행령」제35조 제12호의 부가가치세 면제대상으로 보아 계산서를 교부하고 관련 부가가치세 신고를 하였다. 다. OOO청장(이하 “감사청”이라 한다)은 2021.8.23.부터 2021.9.9.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점대가가 부가가치세 과세용역의 공급에 따른 대가라고 판단한 후, 동 감사지적사항을 처분청에 통보하였고, 처분청은 2022.2.10. 및 2022.5.10. 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 부가가치세 2019년 제2기분∼2021년 제2기분 합계 OOO원을 경정·고지하였다. ＜표1＞ 이 건 부가가치세 경정·고지 내역 ㅇㅇㅇ 라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.5.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 민간투자사업 사업시행자의 경우「폐기물관리법」에 따른 인허가(폐기물처리업 승인)를 받은 사업자로 볼 수 있으므로, 청구법인이 제공한 용역은「폐기물관리법」에 따라 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 폐기물처리용역에 해당하여 면세사업에 해당하고, 「사회기반시설에 대한 민간투자법」(이하 “민간투자법”이라 한다)에 의한 사업의 특성 및 면세 규정의 취지를 고려할 때, 폐기물처리업 허가의 의미는 청구법인 명의의 허가를 필요로 한다고 보기 어려우며 허가권자인 지방자치단체로부터 실질적으로 지도·감독을 받는 관계에 있는 용역제공은 면세사업에 해당하는 것으로 보아야 한다. (1) 민간투자사업 사업시행자의 경우 관계법률(「폐기물관리법」)에 따른 인허가(폐기물처리업 승인)를 받은 사업자로 볼 수 있으므로(기획재정부 민간투자정책과-265, 2022.5.3.), 청구법인이 제공한 용역은「폐기물관리법」에 따라 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 폐기물처리용역에 해당하여 면세용역에 해당한다. (가) 「부가가치세법」제26조 제1항 제5호 및 같은 법 시행령 제35조 제12호에서는 「폐기물관리법」제25조 에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 같은 법 제29조에 따라 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역은 면세사업에 해당한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 OOO시가 민간투자법에 따라 승인한 ‘OOO에코센터 조성 민간투자사업(BTO)’ 실시계획의 사업시행자로서 OOO시와 ‘OOO에코센터 조성사업 민간투자사업(BTO) 실시협약’(이하 “실시협약”이라 한다)을 체결하고, 청구법인은 폐기물처리시설 등을 건설 및 기부채납 하여 OOO시로부터 15년간의 시설관리운영권을 부여 받았고, 시설의 준공 이후 현재까지 OOO시에 폐기물처리시설 사용용역을 제공하고 소정의 사용료를 지급받고 있다. (다) 민간투자법 제13조 제4항에서 실시협약에 따라 사업시행자로 지정된 자는 관계법률에 따른 사업시행자로 보도록 하고 있으며, 같은 법 제17조 제1항에서는 주무관청이 실시계획을 고시한 때에는 민간투자사업과 관련된 관계법률에서 정하고 있는 인가·허가 등과 관계법률에 따라 인가·허가 등을 받은 것으로 보는 다른 법률의 인가·허가 등을 받은 것으로 의제하고 있다. (라) 청구법인은 OOO시가 민간투자법에 따라 승인한 ‘OOO에코센터 조성 민간투자사업(BTO)’ 실시계획의 사업시행자이고, 민간투자법 제13조 제4항 및 같은 법 제17조 제1항에 따라 OOO시가 ‘OOO에코센터 조성 민간투자사업(BTO)’ 실시계획을 고시한 때 사업시행자인 청구법인은 민간투자사업과 관련된 관계법률에서 정하고 있는 인허가를 받은 것으로 의제하고 있는바, 청구법인이「폐기물관리법」에 따른 폐기물처리업 허가를 받은 것으로 의제된다고 볼 수 있다. (마) 민간투자법 소관부처인 기획재정부 민간투자정책과(기획재정부 민간투자정책과-265, 2022.5.3.)에서도 민간투자사업의 실시계획을 고시한 때에는 사업시행자가 관계법률인「폐기물관리법」에서 정하고 있는 인허가를 득한 것으로 의제하여야 한다고 해석한 바 있다. (바) 따라서, 민간투자사업 사업시행자인 청구법인은 실시계획을 고시한 때 “관계법률(「폐기물관리법」)”에 따른 인허가(폐기물처리업 승인)를 받은 사업자로 볼 수 있으므로, 청구법인이 제공한 용역은「폐기물관리법」따라 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 용역에 해당하여 면세용역에 해당한다. (2) 민간투자법에 의한 민간투자사업은 대부분 BTO방식으로 이루어지고 있고, 사업시행자가 관련 시설을 건설과 동시에 기부채납하여 사업시행자는 형식적으로「폐기물관리법」에 따른 폐기물처리업 허가를 받을 수 없으므로 민간투자법에 따라 주무관청의 관계법률 인허가를 사업시행자가 인허가 받은 것으로 의제하지 않는다면, 이는 면세의 취지에 부합하지 아니한다. (가) 민간투자법에 의한 민간투자사업은 대부분 BTO방식으로 이루어지고 있고, 사업시행자는 관련 시설을 건설한 후 동시에 주무관청에 기부채납하는 과정을 거치며,「폐기물관리법」에 따른 폐기물처리업 허가를 받기 위해서는 폐기물처리시설을 보유하고 있어야 하는데, BTO방식으로는 사업시행자가 관련 시설을 보유할 수 없어 실무적으로 폐기물처리업 허가를 받을 수가 없는 상황이다. (나) 한편 면세제도의 정책적 의의는 면세사업자의 부가가치세 부담을 경감하게 하기 위한 것이 아니고 그러한 재화나 용역을 사용 또는 소비하게 되는 최종소비자의 부가가치세 부담을 경감하여 주기 위한 조치로써, 면세대상은 주로 일반 국민들의 기초적이면서 필수적인 재화와 용역, 국민복리후생 및 문화용역과 기타의 공익용역 등이 해당되는바, 「부가가치세법 시행령」제35조 제12호에서 면세로 규정한 생활폐기물처리용역은 결국 면세사업자의 부가가치세 부담을 경감하기 위한 것이 아니고, 쟁점용역을 사용하게 되는 최종소비자의 부가가치세 부담을 경감하여 주기 위한 조치인데, BTO사업 특성상 사업시행자가 관련 시설의 보유할 수 없어 실무적으로 형식상 폐기물처리업 허가를 받을 수 없는 상황에 처하게 되며, 사정이 이러함에도 해당 조문을 청구법인 명의로 폐기물처리업 허가를 받아야 하는 것으로 해석하는 것은 면세취지에 부합하지 않는 것으로 보이고, 민간투자법은 이러한 점을 보완하기 위하여 사업시행자에게 관계법률에 따른 인허가의 의제규정을 둔 것으로 이해된다. (3) 조세심판원은 폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물처리용역은 부가가치세가 면제된다고 한 규정에서, “허가”의 의미는 실질적으로 그 지도ㆍ감독을 받는 관계에 있거나 지휘ㆍ감독을 받은 사실이 있는 때에는 허가를 받은 것으로 보면서 면세에 해당한다고 판단하였는바, 이에 따르더라도 청구법인이 제공하는 용역은 면세대상이다. (가) 조세심판결정례(국심 2000전1102, 2000.12.22.)를 보면, 「부가가치세법 시행령」제35조 제12호의 「폐기물관리법」제25조 에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역은 면세사업에 해당한다는 한 규정에서 폐기물처리업 허가의 주체는 폐기물처리 사업자가 아니더라도 가능하다고 판단하였는바, 「부가가치세법 시행령」제35조 제12호의 허가를 해석함에 있어 용어에 의한 형식적 기준이 아니라, 실질적으로 그 지도ㆍ감독을 받는 관계에 있거나 지휘ㆍ감독을 받은 사실이 있는 때에는 허가를 받은 것으로 보아야 한다고 하면서, 용역을 제공하는 법인이 폐기물처리업에 대하여는 허가를 받지 아니하였더라도 지방자치단체장으로부터 위탁받아 지도ㆍ감독을 받아 본 대행업무를 수행한 경우에는 용역 제공법인이 허가를 받아 수행하는 것과 그 실질은 같은 것으로 보아 면세적용이 타당하다고 판단한 것이다. (나) 이 건에 있어 청구법인은 OOO시와 ‘OOO에코센터 조성 민간투자사업(BTO)’ 실시계획을 협약한 후, 주무관청인 OOO시에 폐기물처리시설을 건설하여 기부채납하고, 시설관리운영권을 받아 허가권자인 OOO시로부터 지도ㆍ감독을 받아 폐기물처리업을 수행하는 경우에 해당하여 청구법인이 허가를 받아 수행하는 것과 그 실질이 같으므로, 청구법인이 제공하는 용역도 면세적용이 타당하다고 판단된다. 나. 처분청 의견 생활폐기물처리용역에 대한 부가가치세 면제대상은 「부가가치세법 시행령」제35조 제12호에서 ‘폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 용역’으로 명확히 규정하고 있고, 법원에서도 폐기물처리업 허가를 받지 아니하고 용역을 제공한 것은 부가가치세 면제대상에 해당하지 아니한다고 판시(OOO지방법원 2013.12.5. 선고 2013구합4409 판결 외 다수)하고 있으며,「부가가치세법」상 면세대상용역에 대하여는 법률에 명확히 규정되어 있는데, 청구법인은 「폐기물관리법」제25조 및 같은 법 제29조에 따라 그 설치의 신고를 한 사실은 확인되지 아니하므로 단지 기획재정부의 유권해석만을 들어 청구법인이 제공한 용역이 부가가치세 면제대상에 해당한다는 청구주장은 타당하지 아니하다. (1) 청구법인은 “민간투자사업의 실시계획을 고시한 경우 사업시행자가 관계법률인「폐기물관리법」에서 정하고 있는 폐기물처리시설 설치 승인 등을 받은 것으로 의제하여야 한다고 판단됩니다.”라는 기획재정부 민간투자정책과의 회신(기획재정부-265, 2022.5.3.)사항을 들어 쟁점용역이「폐기물관리법」에 따라 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 폐기물처리용역에 해당하여 면세사업에 해당한다고 주장하고 있으나, 이는 허가 없이 폐기물처리용역을 수행하여도「폐기물관리법」상 제재를 하지 않겠다는 행정해석일 뿐, 청구법인이 제공하는 용역을 면세용역으로 본다는 것은 아니다. (2) OOO지방법원 판결(OOO지방법원 2013.12.5. 선고 2013구합4409 판결)에 따르면 ‘조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008.10.23. 선고 2007두1811 판결 등 참조)고 하면서, 조세법률주의의 원칙상 원고가 폐기물처리업 허가권자인 OOO시장과 사이에 이 사건 협약을 체결하고 OOO시의 지도ㆍ감독을 받아 이 사건 용역을 수행하였다는 사정만으로는 위 규정상의 폐기물 처리업 허가를 받은 것으로 보기 어려운 점, (중략) 이 사건 용역은 구 「부가가치세법」제12조 제1항 제5호, 같은 법 시행령 제29조 제11호에 해당하지 아니하여 부가가치세 면제 대상에 해당하지 아니하므로, 원고의 주장은 이유 없다.’고 판시한 사실이 있고, 또한 대상판결에서 OOO시장이 소급하여 폐기물처리업 허가를 내어 준 것으로 보아 이 건에 있어 청구법인도 폐기물처리업 허가를 받고자 하였으면 OOO시청으로부터 충분히 허가를 받을 수 있었을 것으로 보이므로 청구주장은 이유 없다 할 것이다. (3) 청구법인은 민간투자법에 의한 민간투자사업은 대부분 BTO방식으로 이루어지고 있고, 사업시행자가 관련 시설을 건설과 동시에 기부채납하여 사업시행자는 형식적으로「폐기물관리법」에 따른 폐기물처리업 허가를 받을 수 없다고 주장하고 있으나, 환경부의 폐기물처리시설 설치승인·신고업무 처리지침상 폐기물처리시설 설치승인시 제출서류와 검토요령 등을 살펴보면 청구법인이 쟁점용역과 관련하여 민간투자법에 근거한 BTO방식의 계약을 하였다고 해서 청구법인이 「부가가치세법 시행령」제35조 제12호의 허가 등을 못 받을 이유는 없다고 판단되고, BTO방식의 계약으로 인해 「폐기물관리법」제25조 및 제29조의 허가 등을 못 받는 상황이더라도 그것은 계약당사자 간의 부가가치세 부담과 관련한 계약상의 문제이며,「부가가치세법」에는 면세관련 규정이 명확히 규정되어 있는데, 면세적용은 특혜규정으로 엄격하게 해석하는 것이 조세법률주의나 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이므로, 이 건과 같이 BTO방식의 계약을 체결한 경우에 면세적용을 하여야 한다는 예외적 규정이 존재하지 않는 상황에서 청구법인이 제공한 용역을 면세대상으로 보는 것은 타당하지 아니하다. (4) 「부가가치세법 시행령」제35조 제12호에서는 「폐기물관리법」제25조 에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집·운반 및 처리용역과 같은 법 제29조에 따라 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역으로 면세요건을 명확히 명시하고 있는데, OOO시가 폐기물처리업 허가 및 폐기물설치시설의 승인 등을 받았다고 하여, 폐기물처리업 허가 및 폐기물처리시설의 설치승인, 신고를 하지 않은 청구법인이 OOO시로부터 위탁받아 제공하는 용역이 면세라는 청구주장은「부가가치세법」에서 규정하는 면세요건을 자의적으로 확대해석 하는 것으로 타당하지 아니하다. (5)「폐기물관리법」의 기본취지는 폐기물처리업을 영위하는 사업자에게 폐기물 관리를 통한 환경보호의 책임을 다하게 하는 것인바, 이를 위해 「폐기물관리법 시행규칙」제28조 (폐기물처리업의 허가)에서는 ‘폐기물 중간재활용업, 폐기물 최종재활용업 및 폐기물 종합재활용업’ 허가를 받기 위해 재활용대상 폐기물의 재활용계획서, 배출시설의 설치허가 신청 서류, 환경부장관이 정하여 고시하는 사항을 포함하는 환경성 조사서를 제출해야 한다고 되어 있고, 「폐기물관리법」제25조 의 ‘환경부령으로 정하는 중요사항’으로 폐기물 재활용 시설의 설치 예정지, 폐기물 재활용 시설의 수, 폐기물 재활용 시설의 구조 및 규모, 폐기물 재활용 시설의 재활용 용량 등을 시행규칙에 명시함으로써 폐기물 처리, 재활용업을 영위하는 사업자에 대한 허가 및 승인 등의 과정을 통해 환경보호 및 폐기물관리를 위한 위와 같은 책무를 부여한다 할 수 있으며, 「부가가치세법 시행령」제35조 제12호의 폐기물처리업 승인 및 허가를 받은 사업자에게 적용 가능한 부가가치세 면제의 혜택도 이러한 책무를 다하는 사업자에게 주어지는 것으로, 청구법인처럼 이러한 과정의 허가나 승인 등이 없이 OOO시로부터 위탁받아 용역을 제공하였다고 하여 이를 면세대상으로 보기는 어렵다. (6) 청구법인은 2019년 제2기~2021년 제1기 부가가치세 과세기간 중 제공한 폐기물처리시설 관련 용역에 대하여 면세분으로 부가가치세 신고를 하였으나, 감사청의 처분청에 대한 감사 이후 도래한 2021년 제2기 부가가치세 예정신고분에 대하여는 종전에 면세분 매출로 인식하였던 OOO시청과 OOO시청에 대한 매출액 OOO원(공급대가)에 대하여 과세매출로 수정신고를 하였고, 2021년 제2기 부가가치세 확정신고시에는 OOO시와 OOO시의 매출액 OOO원(공급가액)에 대하여 세금계산서를 발행하고 정상적으로 부가가치세 과세매출로 인식하여 부가가치세 신고를 하였으며, 또한 청구법인은 쟁점대가 관련 용역이 부가가치세 과세용역임을 확인하고 인지하였기에 과거에 제공한 용역을 면세용역으로 잘못 신고함으로 공제받지 못했던 2016년 제2기분∼2018년 제2기분 매입세액에 대하여 환급을 요청하는 경정청구를 2022.1.25. 제기하여 2022.3.28.에 환급가산금 포함하여 OOO원의 부가가치세를 환급받았는바, 이는 청구법인이 제공하는 용역이 부가가치세 과세용역임을 확실하게 인식하고 있다는 방증이며 지금에 와서 폐기물처리시설 사용 관련 용역의 부가가치세 면세를 주장하며 심판청구를 한 것을 납득하기 어렵다. (7) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구법인의 주업태·주업종은 일반폐기물처리용역을 제공하는 사업자들의 주업태·주업종인 폐기물처리·지정외 폐기물처리업(유기성폐기물)이 아니라 서비스·환경기초시설관리업으로 되어 있고, 또한 청구법인과 OOO시장 간에 체결한 실시협약 제48조 제1항 및 제2항의 내용은 아래 ＜표2＞와 같은바, 청구법인이 OOO시에 제공하는 용역이 폐기물 처리용역이 아닌 폐기물처리시설 사용료라고 명시되어 있으며, 청구법인이 신고한 원천징수이행상황신고 내역이 전혀 없고, 대표이사로 재직한 AAA, BBB, CCC 3인은 청구법인으로부터 받은 근로소득이 전무하며, OOO에 소재하는 AAA 주식회사(OOO, 이하 “AAA”라 함)의 임직원임이 확인된다. 또한 청구법인의 부가가치세 경정청구 업무 등을 담당한 직원이 과세관청에 소개한 명함을 보면 위 대표이사들과 동일한 AAA의 자금팀 과장이라는 것이 확인되고, 청구법인의 매입세금계산서 내역을 보면 2020년∼2021년 중 AAA에 OOO사업소 운영비, 사용료 명목으로 OOO원(공급가액)을 지급하였으며, 인터넷에서 AAA OOO사업소를 검색하면 OOO에코센터의 실제 운영자는 AAA로 확인되는바, 상기 내용을 종합하면, 청구법인은 명목상의 법인으로 OOO시청, OOO시청으로부터 시설물 사용료를 징수받고, 폐기물처리용역은 폐기물처리시설 운영능력을 보유한 AAA가 제공하는 것으로 판단되고, 청구법인이 OOO시청 및 OOO시청에게 제공한 용역은 폐기물처리용역이 아닌 시설물 사용료로 판단되므로 이를 「부가가치세법 시행령」제35조 (면세하는 의료보건 용역의 범위)의 면세용역이라고 보기는 어렵다. ＜표2＞ 실시협약 제48조 제1항 및 제2항의 내용 ㅇㅇㅇ (8) 설령, 청구법인이 공급하는 용역을 폐기물처리용역이라고 보더라도 「폐기물관리법」제25조 및 같은 법 제29조에 따라 폐기물처리업 허가 및 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 그 설치의 신고를 한 사실은 확인되지 않으므로 과세용역에 해당하고, 실제 청구법인이 공급하는 용역은 폐기물처리용역이 아닌 폐기물처리 시설물의 대여 용역이므로 과세대상임은 분명하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 쟁점대가가 부가가치세 면세용역의 제공과 관련된 것이라는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 부가가치세법 제26조 (재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액 (2) 부가가치세법 시행령 제35조 (면세하는 의료보건용역의 범위) 법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」또는「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다. 12. 「폐기물관리법」제25조 에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집·운반 및 처리용역과 같은 법 제29조에 따라 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역 (3) 폐기물관리법 제25조 (폐기물처리업) ① 폐기물의 수집·운반, 재활용 또는 처분을 업(이하 "폐기물처리업"이라 한다)으로 하려는 자(음식물류 폐기물을 제외한 생활폐기물을 재활용하려는 자와 폐기물처리 신고자는 제외한다)는 환경부령으로 정하는 바에 따라 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 폐기물 처리 사업계획서를 환경부장관에게 제출하고, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시·도지사에게 제출하여야 한다. 환경부령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 때에도 또한 같다. 제29조(폐기물처리시설의 설치) ① 폐기물처리시설은 환경부령으로 정하는 기준에 맞게 설치하되, 환경부령 으로 정하는 규모 미만의 폐기물 소각 시설을 설치·운영하여서는 아니 된다. ② 제25조 제3항에 따른 폐기물처리업의 허가를 받았거나 받으려는 자 외의 자가 폐기물처리시설을 설치하려면 환경부장관의 승인을 받아야 한다. 다만, 제1호의 폐기물처리시설을 설치하는 경우는 제외하며, 제2호의 폐기물처리시설을 설치하려면 환경부장관에게 신고하여야 한다. 1. 학교·연구기관 등 환경부령으로 정하는 자가 환경부령으로 정하는 바에 따라 시험·연구목적으로 설치· 운영하는 폐기물처리시설 2. 환경부령으로 정하는 규모의 폐기물처리시설 ③ 제2항의 경우에 승인을 받았거나 신고한 사항 중 환경부령으로 정하는 중요사항을 변경하려면 각각 변경승인을 받거나 변경신고를 하여야 한다. ④ 폐기물처리시설을 설치하는 자는 그 설치공사를 끝낸 후 그 시설의 사용을 시작하려면 다음 각 호의 구분에 따라 해당 행정기관의 장에게 신고하여야 한다. 1. 폐기물처리업자가 설치한 폐기물처리시설의 경우 : 제25조 제3항에 따른 허가관청 2. 제1호 외의 폐기물처리시설의 경우 : 제29조 제2항에 따른 승인관청 또는 신고관청 (4) 폐기물관리법 시행규칙 제28조 (폐기물처리업의 허가) ① 법 제25조 제1항에 따라 폐기물처리업을 하려는 자는 별지 제17호 서식의 폐기물처리 사업계획서에 다음 각 호의 구분에 따른 서류를 첨부하여 폐기물 중간처분시설 및 최종처분시설(이하 "폐기물 처분시설"이라 한다) 또는 재활용시설 설치예정지(지정폐기물 수집ㆍ운반업의 경우에는 주차장 소재지, 지정폐기물 외 폐기물 수집ㆍ운반업의 경우에는 연락장소 또는 사무실 소재지)를 관할하는 시ㆍ도지사 또는 지방환경관서의 장에게 제출하여야 한다. 1. 폐기물 수집ㆍ운반업: 수집ㆍ운반대상 폐기물의 수집ㆍ운반계획서(시설 설치, 장비 및 기술능력의 확보계획을 포함한다) 2. 폐기물 중간처분업, 폐기물 최종처분업 및 폐기물 종합처분업 가. 처분대상 폐기물의 처분계획서(시설 설치, 장비 및 기술능력의 확보계획을 포함한다) 나. 배출시설의 설치허가 신청 또는 신고 시의 첨부서류(배출시설에 해당하는 폐기물 처분시설을 설치하는 경우만 제출하며, 가목의 서류와 중복되면 그에 해당하는 서류는 제출하지 아니할 수 있다) 다. 환경부장관이 정하여 고시하는 사항을 포함하는 환경성조사서 (소각시설과 매립시설로 한정하되,「환경영향평가법」에 따른 전략환경영향평가 대상사업, 환경영향평가 대상사업 또는 소규모 환경영향평가 대상사업인 경우에는 전략환경영향평가서, 환경영향평가서나 소규모 환경영향평가서로 대체할 수 있다) 3. 폐기물 중간재활용업, 폐기물 최종재활용업 및 폐기물 종합재활용업 가. 재활용대상 폐기물의 재활용계획서(시설 설치, 장비 및 기술능력의 확보계획을 포함한다) 나. 배출시설의 설치허가 신청 또는 신고 시의 첨부서류(배출시설에 해당하는 폐기물 재활용시설을 설치하는 경우만 제출하며, 가목의 서류와 중복되면 그에 해당하는 서류는 제출하지 아니할 수 있다) 다. 환경부장관이 정하여 고시하는 사항을 포함하는 환경성조사서(폐기물을 연료로 사용하는 시멘트 소성로와 소각열회수시설로 한정하되,「환경영향평가법」에 따른 전략환경영향평가 대상사업, 환경영향평가 대상사업 또는 소규모 환경영향평가 대상사업인 경우에는 전략환경영향평가서, 환경영향평가서나 소규모 환경영향평가서로 대체할 수 있다) ② 1개의 폐기물 처분시설 또는 재활용시설에 대하여 2개 이상의 사업자로 나누어 법 제25조에 따른 폐기물처리업허가를 신청하거나, 법 제29조에 따른 폐기물 처분시설 또는 재활용시설 설치 승인 또는 신고를 하여서는 아니 된다. ③ 법 제25조제1항 후단에서 "환경부령으로 정하는 중요 사항"이란 다음 각 호의 구분에 따른 사항을 말한다. 1. 폐기물 수집ㆍ운반업 가. 대표자 또는 상호 나. 연락장소 또는 사무실 소재지(지정폐기물 수집ㆍ운반업의 경우에는 주차장 소재지를 포함한다) 다. 영업구역(생활폐기물의 수집ㆍ운반업만 해당한다) 라. 수집ㆍ운반 폐기물의 종류 마. 운반차량의 수 또는 종류 2. 폐기물 중간처분업, 폐기물 최종처분업 및 폐기물 종합처분업 가. 대표자 또는 상호 나. 폐기물 처분시설 설치 예정지 다. 폐기물 처분시설의 수(증가하는 경우에만 해당한다) 라. 폐기물 처분시설의 구조 및 규모[별표9 제1호 나목 2) 가) (1)ㆍ(2), 나) (1)ㆍ(2), 다) (2)ㆍ(3), 라) (1)ㆍ(2)에 따른 기준을 변경하는 경우, 차수시설ㆍ침출수처리시설을 변경하는 경우 및「대기환경보전법」또는「물환경보전법」에 따른 배출시설의 변경허가 또는 변경신고 사유에 해당하는 경우로 한정한다] 마. 폐기물 처분시설의 처분용량(처분용량의 변경으로 다른 법령에 따른 인ㆍ허가를 받아야 하는 경우와 처분용량이 100분의 30 이상 증감하는 경우만 해당한다) 바. 폐기물처리업자의 허가받은 보관용량(이하 "허용보관량"이라 한다) 사. 매립시설의 제방의 규모(증가하는 경우에만 해당한다) 3. 폐기물 중간재활용업, 폐기물 최종재활용업 및 폐기물 종합재활용업 가. 대표자 또는 상호 나. 폐기물 재활용시설의 설치 예정지 다. 폐기물 재활용시설의 수(증가하는 경우만 해당한다) 라. 폐기물 재활용시설의 구조 및 규모[별표 9 제3호 마목 13)ㆍ14) 또는 사목 11)ㆍ12)에 따른 기준을 변경하는 경우,「대기환경보전법」또는「물환경보전법」에 따른 배출시설의 변경허가 또는 변경신고 사유에 해당하는 경우로 한정한다] 마. 폐기물 재활용시설의 재활용용량(재활용용량의 변경으로 다른 법령에 따른 인ㆍ허가를 받아야 하는 경우와 재활용용량이 100분의 30이상 증감하는 경우로 한정한다) 바. 허용보관량 ④ 법 제25조 제3항에 따라 허가를 받고자 하는 자는 별지 제18호 서식의 허가신청서에 다음 각 호의 구분에 따른 서류를 첨부하여 시ㆍ도지사나 지방환경관서의 장에게 제출하여야 한다. 1. 폐기물 수집ㆍ운반업 가. 시설 및 장비명세서 나. 수집ㆍ운반 대상 폐기물의 수집ㆍ운반계획서 다. 기술능력의 보유 현황 및 그 자격을 증명하는 서류 2. 폐기물 중간처분업, 폐기물 최종처분업 및 폐기물 종합처분업 가. 시설 및 장비명세서 나. 처분시설 설치명세서 및 그 도면과 처분공정도 다. 처분대상 폐기물의 처분공정도 라. 기술능력의 보유 현황 및 그 자격을 증명하는 서류 마. 보관시설의 용량 및 그 산출근거를 확인할 수 있는 서류 바. 폐기물매립시설 사후관리계획서 사. 배출시설의 설치허가 신청 또는 신고 시의 첨부서류(법 제25조 제1항 및 제2항에 따른 절차를 거치지 아니한 자로서 배출시설에 해당하는 폐기물 처분시설을 설치하는 경우만 제출하며, 나목의 서류와 중복되면 그에 해당하는 서류는 제출하지 아니할 수 있다) 아. 환경부장관이 정하여 고시하는 사항을 포함하는 환경성조사서(법 제25조 제1항 및 제2항에 따른 절차를 거치지 아니한 자의 소각시설과 매립시설로 한정하되,「환경영향평가법」에 따른 전략환경영향평가 대상사업, 환경영향평가 대상사업 또는 소규모 환경영향평가 대상사업인 경우에는 전략환경영향평가서, 환경영향평가서나 소규모 환경영향평가서로 대체할 수 있다) 3. 폐기물 중간재활용업, 폐기물 최종재활용업 및 폐기물 종합재활용업 가. 시설 및 장비명세서 나. 재활용시설 설치명세서 및 그 도면과 재활용공정도 다. 재활용대상 폐기물의 재활용공정도(음식물류 폐기물을 재활용하는 경우에는 물질수지도를 포함하며, 별표4의2 제4호에 따른 재활용 유형 또는 재활용환경성평가를 통한 매체접촉형 재활용의 방법으로 재활용을 하려는 경우에는 성토재ㆍ보조기층재 등으로 직접 이용하는 공사의 발주자 또는 토지소유자 등 해당 토지의 권리자의 동의서를 포함한다) 라. 기술능력의 보유 현황 및 그 자격을 증명하는 서류 마. 보관시설의 용량 및 그 산출근거를 확인할 수 있는 서류 바. 배출시설의 설치허가 신청 또는 신고 시의 첨부서류(법 제25조 제1항 및 제2항에 따른 절차를 거치지 아니한 자로서 배출시설에 해당하는 폐기물 재활용시설을 설치하는 경우만 제출하며, 나목의 서류와 중복되면 그에 해당하는 서류는 제출하지 아니할 수 있다) 사. 환경부장관이 정하여 고시하는 사항을 포함하는 환경성조사서(법 제25조 제1항 및 제2항에 따른 절차를 거치지 아니한 자의 폐기물을 연료로 사용하는 시멘트 소성로나 소각열회수시설로 한정하되,「환경영향평가법」에 따른 전략환경영향평가 대상사업, 환경영향평가 대상사업 또는 소규모 환경영향평가 대상사업인 경우에는 전략환경영향평가서, 환경영향평가서나 소규모 환경영향평가서로 대체할 수 있다) (5) 사회기반시설에 대한 민간투자법 제13조 (사업시행자의 지정) ① 민간투자사업을 시행하려는 자는 제10조 제3항에 따라 고시된 시설사업기본계획에 따라 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업계획을 작성하여 주무관청에 제출하여야 한다. ② 주무관청은 제1항에 따라 제출된 사업계획을 대통령령으로 정하는 바에 따라 검토ㆍ평가한 후 사업계획을 제출한 자 중 협상대상자를 지정하여야 한다. 이 경우 공익성이 높은 장기투자자금의 제공 등 주무관청의 원활한 사업시행에 부합하는 사업계획을 제출한 자에 대하여는 사업계획을 평가할 때 우대할 수 있다. ③ 주무관청은 제2항에 따라 지정된 협상대상자와 총사업비 및 사용기간 등 사업시행의 조건 등이 포함된 실시협약을 체결함으로써 사업시행자를 지정한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 일정요건에 해당하는 사업시행자 지정에 관한 사항은 사전에 심의위원회의 심의를 거쳐야 한다. ④ 제3항에 따라 사업시행자로 지정된 자는 관계법률에 따른 사업시행자로 본다. ⑤ 사업시행자로 지정받은 자는 지정받은 날부터 대통령령으로 정하는 기간에 제15조제1항에 따른 실시계획의 승인을 신청하여야 하며, 이 기간에 실시계획의 승인을 신청하지 아니하였을 때에는 사업시행자 지정의 효력을 상실한다. 다만, 주무관청은 불가피하다고 인정하는 경우에는 1년의 범위에서 한 번만 그 기간을 연장할 수 있다. 제17조(다른 법률에 따른 인가ㆍ허가 등의 의제) ① 주무관청이 제15조 제2항에 따라 실시계획을 고시한 때에는 해당 민간투자사업과 관련된 관계법률에서 정하고 있는 인가ㆍ허가 등과 관계법률에 따라 인가ㆍ허가 등을 받은 것으로 보는 다른 법률의 인가ㆍ허가 등을 받은 것으로 보며, 관계법률 및 다른 법률에 따른 고시 또는 공고가 있는 것으로 본다. ② 주무관청이 제15조제1항에 따라 실시계획을 승인 또는 변경승인하려는 경우에는 제1항에 따른 다른 법률에 적합한지를 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다. ③ 제2항에 따라 협의요청을 받은 관계 행정기관의 장은 그 협의요청을 받은 날부터 20일 이내에 구체적인 이유와 근거를 명시하여 서면으로 의견을 제시하여야 하며, 그 기간에 의견이 제시되지 아니하면 협의가 이루어진 것으로 본다. ④ 주무관청은 제2항에 따라 관계 행정기관의 장과 협의하기 위하여 일괄협의회를 개최할 수 있다. ⑤ 제4항에 따른 일괄협의회의 구체적인 구성 및 운영, 그 밖의 세부사항은 대통령령으로 정한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 이 사건 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 감사청이 처분청에 통보한 감사시정사항에 의하면, 청구법인은 OOO시와 민간투자사업(BTO)계약을 체결하고 폐기물처리용역을 제공하는 사업을 영위하기 위하여 OOO시가 OOO로부터 받은 폐기물처리시설 설치승인을 근거로 폐기물처리시설을 설치한 후 폐기물처리용역을 제공하고 동 용역제공에 대하여 「부가가치세법」제26조 를 준용하여 면세대상으로 부가가치세를 신고하였으나, 청구법인이 자기의 명의로「폐기물처리법」에 근거한 폐기물처리업 허가를 얻거나 폐기물처리시설의 설치승인을 득하지 아니하였으므로 회사가 제공하는 폐기물처리용역은「부가가치세법」상 면세하는 의료보건용역에 해당하지 아니하고 과세용역에 해당하므로 청구법인이 제공한 용역에 대하여 부가가치세를 추징하여야 한다고 기술되어 있다. (나) 청구법인의 부가가치세 경정청구 업무 등을 담당한 직원이 처분청에 제출한 명함을 보면 이 건 실시계획상 OOO에코센터 조성 민간투자사업(BTO)의 출자자이자 OOO에 소재하는 AAA의의 자금팀 과장 DDD인 것으로 나타나고, 청구법인의 매입세금계산서 내역을 보면 2020년∼2021년 중 AAA OOO사업소의 운영비, 사용료, 폐합성수지 처리비 명목으로 OOO원(공급가액)을 지급[매입세금계산서 상으로는 실시협약 내용(제48조상 주무관청이 사용주체임)과 달리 쟁점시설 사용 및 폐기물처리 주체가 AAA로 되어 있음]한 것으로 나타나며, 청구법인의 2019~2021년 귀속 근로소득지급명세서 조회자료에는 지급명세서 제출인원과 총지급액이 “OOO”인 것으로 나타나고, 청구법인의 대표이사로 재직한 AAA, BBB, CCC 3인은 청구법인으로부터 받은 근로소득이 없고, 청구법인 재직기간 동안 AAA의 임원으로서 OOO원 안팎의 급여를 수령한 것으로 나타난다. (다) 처분청은 인터넷 포털사이트에서 AAA OOO사업소를 검색하면 OOO에코센터의 실제 운영자는 AAA로 확인되는 점 등을 들어 청구법인은 명목상의 법인으로 OOO시청, OOO시청으로부터 시설물 사용료를 징수받고, 폐기물처리용역은 폐기물처리시설 운영능력을 보유한 AAA가 제공하는 것으로 판단하였다. (라) 청구법인의 등기사항전부증명서상 사업목적은 쟁점시설의 건설, 관리 및 운영, 이에 따라 정부 또는 지방자치단체로부터 부여되는 쟁점시설 부속시설의 건설, 관리 및 운영 또는 동 부속시설 및 운영권의 임대 등으로 기재되어 있고, 폐기물처리업이나 재활용용역공급업 등은 기재되어 있지 아니하며, 법인사업자 기본사항조회서에도 주업종이 서비스/환경기초시설관리업이고, 부업종 기재사항은 나타나지 아니한다. (마) 청구법인이 2020.6.19. OOO시장과 체결한 ‘OOO에코센터 조성사업 민간투자사업(BTO) 실시협약’(변경)의 전문내용을 보면, OOO시장과 사업시행자인 청구법인은 민간투자사업을 통하여 창의적이고 효율적인 OOO에코센터 시설의 건설·운영을 도모함으로써 OOO시 환경보전에 기여하고자 한다고 하고 있고, 주무관청은 이러한 취지하에서 사회기반시설에 대한 민간투자법, 같은 법 시행령 및 민간투자사업기본계획에 근거하여 민간부문이 OOO시 폐기물 전처리 및 자원화시설(가연성폐기물 연료화시설), 재활용선별시설(생활자원회수센터), SRF 열병합시설, 바이오가스 연료와시설(유기성폐자원 바이오가스화시설), 슬러지 처리시설(하수찌꺼기 처리시설) 등의 설계·건설·유지관리 및 운영과 사업시행을 위한 재원조달을 수행하도록 하는 것을 내용으로 하는 “OOO에코센터 조성사업 민간투자사업 제3자 제안공고”(제3자 제안공고)를 2014.12.24. 수립·고시하였으며, 이를 근거로 주무관청은 2015.1.23. 청구법인을 사업시행자로서 본 사업의 우선협상대상자로 선정하고 협상을 진행하여 본 실시협약의 체결에 이르렀다고 기술하고 있다(2015년 10월 최초 실시계획 승인). 또한, 실시협약 별첨1의 본 사업의 범위에는 쟁점시설(자원화시설, 관리동 및 주민편익시설)의 설계·시공과 운영 등으로 기재되어 있고, 별첨9의 출자자 구성 및 지분율표에는 처분청이 쟁점시설의 실제 운영관리권자라고 언급한 AAA가 10.8%의 지분을, 주식회사 BBB이 60%의 지분을, 나머지는 CCC(주) 등 건설회사가 2∼6%의 지분율을 보유하고 있는 것으로 나타난다. (바) 환경부의 폐기물처리시설 설치승인·신고업무 처리지침상 폐기물처리시설 설치승인 시 제출서류와 검토요령 등의 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 폐기물처리시설 설치승인 시 제출서류 등 ㅇㅇㅇ (사) OOO시장이 2022.4.21. 기획재정부장관에게 질의한 민간투자사업 업무처리 관련 공문에 대한 기획재정부장관의 회신내역(민간투자정책과-265, 2022.5.3.)은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 기획재정부 민간투자정책과 회신내역 ㅇㅇㅇ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 「부가가치세법 시행령」제35조 제12호에서는 법 제26조 제1항 제5호에 따른 면세하는 의료보건 용역으로 「폐기물관리법」제25조 에 따라 생활폐기물 또는 의료폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 의료폐기물의 수집·운반 및 처리용역과 같은 법 제29조에 따라 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역을 정하고 있고, 「폐기물관리법」제25조 제1항에서는 폐기물의 수집·운반, 재활용 또는 처분을 업(폐기물처리업)으로 하려는 자(음식물류 폐기물을 제외한 생활폐기물을 재활용하려는 자와 폐기물처리 신고자는 제외한다)는 환경부령으로 정하는 바에 따라 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 폐기물 처리 사업계획서를 환경부장관에게 제출하고, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시·도지사에게 제출하여야 한다고 하고 있으며, 같은 법 제29조 제2항에서는 제25조 제3항에 따른 폐기물처리업의 허가를 받았거나 받으려는 자 외의 자가 폐기물처리시설을 설치하려면 환경부장관의 승인을 받아야 한다고 하고 있고,같은 법 시행규칙 제28조 제1항에서는 법 제25조 제1항에 따라 폐기물처리업을 하려는 자는 별지 제17호 서식의 폐기물처리 사업계획서에 호별 구분에 따른 서류를 첨부하여 폐기물 중간처분시설 및 최종처분시설(폐기물 처분시설) 또는 재활용시설 설치예정지(지정폐기물 수집ㆍ운반업의 경우에는 주차장 소재지, 지정폐기물 외 폐기물 수집ㆍ운반업의 경우에는 연락장소 또는 사무실 소재지)를 관할하는 시ㆍ도지사 또는 지방환경관서의 장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 민간투자사업 사업시행자의 경우「폐기물관리법」에 따른 인허가(폐기물처리업 승인)를 받은 사업자로 볼 수 있으므로, 청구법인이 제공한 쟁점대가 관련 용역은「폐기물관리법」에 따라 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 폐기물처리용역에 해당하여 면세대상에 해당한다고 주장하고 있고, 처분청은 청구법인이 실제로 공급하는 용역은 폐기물처리용역이 아닌 폐기물처리 시설물의 대여용역이므로 과세대상이고, 설령 쟁점대가 관련 용역을 폐기물처리용역이라고 보더라도 청구법인이 「폐기물관리법」제25조 및 같은 법 제29조에 따라 폐기물처리업 허가 및 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 그 설치의 신고를 한 사실이 없으므로 과세용역에 해당한다는 의견이다. (다) 이 건과 같이 BTO방식으로 추진되는 민간투자시설의 경우 해당 사회기반시설의 준공과 동시에 해당시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되어( 민간투자법 제4조 제1항) 해당 지방자치단체가 이미 관련 승인을 받거나 신고를 한 경우에는 청구법인이 쟁점시설에 대해 폐기물처리업 허가를 받거나 폐기물처리시설 설치 신고를 하는 것은 사실상 어렵고, 현실적으로 폐기물처리시설의 설치.운영과정에서 나타날 수 있는 다양한 계약형태를 모두 고려하여 세법에 반영하는 것은 입법기술상 한계가 있는 측면도 있으므로, 쟁점대가 관련 용역이 실제로 청구법인이 OOO시에 제공한 폐기물처리용역에 해당한다면 청구법인이 「폐기물관리법」제25조 및 같은 법 제29조에 따라 폐기물처리업 허가 및 폐기물처리시설의 설치승인을 받거나 그 설치의 신고를 한 사실이 없다 하더라도 폐기물처리업의 허가 또는 설치승인을 받은 사업자로 의제될 수 있으므로(조심 2021중3518, 2022.8.30. 결정 참조), 쟁점대가는 면세용역의 제공과 관련된 것으로 봄이 합리적이라 할 것이다. 다만, 실시협약 제48조 제1항 및 제2항에서 사업시행자인 청구법인이 본 협약에 따라 관리운영권기간(15년) 동안 쟁점시설을 사용하는 주무관청(OOO시청)으로부터 사용료를 청구할 배타적 권리를 갖는다고 하면서 관리운영권설정기간 동안 쟁점시설에서 처리되는 생활폐기물량 및 유기성폐기물량을 계량하여 산정된 사용료를 주무관청(OOO시청)에 청구하는 것으로 되어 있어 청구주장과 같이 쟁점대가 관련 용역이 폐기물처리용역이라고 단정하기는 어려운 점, 설령 쟁점대가 관련 용역을 폐기물처리용역으로 본다 하더라도 청구법인이 수수한 매입세금계산서 내역을 보면 2020년∼2021년 중 쟁점시설이 소재한 AAA OOO사업소의 운영비, 사용료, 폐합성수지 처리비 명목으로 OOO원(공급가액)을 지급한 것으로 나타나고, 청구법인의 주업종이 폐기물처리·지정외폐기물처리업(유기성폐기물)이 아니라 서비스·환경기초시설관리업이며, 폐기물처리업과 관련된 인적·물적시설의 존재 여부가 불명확한 것으로 조사된 사실에서 해당 용역의 실제 공급자가 청구법인인지 아니면 AAA인지 여부가 불분명해 보이는 점 등을 종합하면, OOO시장이 기준사용료를 톤당 OOO원(VAT 별도)으로 하여 청구법인에게 지급한 쟁점대가가 청구법인이 OOO시와 체결한 실시협약의 내용에 따라 OOO에코센터 시설 사용대가로 지급된 것인지 아니면 청구법인이 제공(위수탁 포함)한 폐기물처리용역과 관련하여 지급된 것인지 여부 등에 대하여 처분청이 재조사를 실시한 후, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.