조심 2013서1049 (2014.03.13)

OOO세무서장이 2012.6.29. 청구법인에게 한 2008∼2010사업연도 법인세 합계 OOO원(2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원)의 경정청구 거부처분은 청구법인이 2008∼2010사업연도에 OOO원(2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원)의 고유목적사업준비금 한도액이 증가한 것으로 하여 그에 상당하는 금액을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO의 생활안정과 복지증진 등을 위해 OOO에 의해 1984.2.1. 설립된 비영리법인으로, 2008～2010사업연도 법인세 신고시 공제기금조성을 위한 수익사업을 영위하면서 지급받은 소득 중 프로젝트 파이낸싱(Project Financing, 이하 “PF”라 한다) 투자로 발생한 이익 OOO원(2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원, 2010사업연도 OOO원, 이하 “당초 신고한 PF금액”이라 한다)이 「법인세법」 제29조 제1항 제4호에서 규정한 “그 밖의 수익사업에서 발생한 소득”에 해당하는 것으로 보아 당초 신고한 PF금액의 50% 상당액을 고유목적사업준비금 한도액 설정대상으로 하고,

고유목적사업준비금 세무조정시, 2008사업연도의 경우 손익계산서상 전입액 OOO원(이하 “쟁점과소전입액”이라 하고, 감사보고서 및 결산서상 반영액은 OOO원으로 이하 “쟁점전입액”이라 한다)이 고유목적사업준비금 한도액 OOO원에 미달한 OOO원을 신고조정으로 손금산입 하였으며, 2009사업연도의 경우 손익계산서상 전입액 OOO원이 고유목적사업준비금 한도액 OOO원에 미달한 OOO원을 신고조정으로 손금산입 하였고, 2010사업연도의 경우 손익계산서상 전입액 OOO원이 고유목적사업준비금 한도액 OOO원을 초과한 OOO원을 손금불산입하였다.

나. 청구법인은 2012.3.30. 당초 신고한 PF금액 중 일부금액이 「법인세법」 제29조 제1항 제1호와 같은 법 시행령 제56조 제2항 제2호 소정의 고유목적준비금으로 100% 손금산입대상인 이자소득금액에 해당하므로 2008∼2010사업연도 법인세 신고시 고유목적사업준비금 한도를 과소계상함에 따라 각 사업연도 법인세를 과다하게 납부하였다는 사유로 고유목적사업준비금 한도증가로 인한 추가 손금산입(2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원)에 따른 법인세 OOO원(2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

다. 이에 대하여 처분청은 2012.6.29. 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 손금으로 계상하지 아니하였거나, 과소계상한 경우에는 그 이후 경정 등의 청구에 의해 손금에 산입할 수 없으므로 경정청구대상이 아닐 뿐 아니라, PF자금의 이자성격은 「법인세법」 제29조 제1항 제1호 규정에 의한 이자소득에 해당한다고 볼 수 없다는 사유 등으로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

라. 한편, 기획재정부장관은 2012.8.29. 생산한 예규(법인세제과-853, 이하 “쟁점예규”라 한다)를 통해 “「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제5호 나목에 따른 사업을 영위하는 자가 프로젝트 파이낸싱에 투자하여 발생한 이자소득금액의 경우에는「법인세법」제29조 제1항 제1호의 금액에 해당하는 것이다”라고 회신하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.25. 이의신청을 거쳐 2013.2.5.심판청구를 제기하였다.

바. 이 건 심판청구 제기 후, 청구법인은 2013.11.13. 청구취지 변경신청서를 제출하였는 바, 경정청구 대상 PF금액을 당초 청구한 PF금액인 OOO원에서 OOO원을 감액한 OOO원(이하 “쟁점PF금액”이라 한다)으로, 심판청구세액을 당초 경정청구 세액인 OOO원에서 OOO원을 감액한 OOO원으로 변경하였다. 위 쟁점PF금액을 기준으로 고유목적사업준비금 한도증가액을 계산하면, 2008사업연도분은 OOO원, 2009사업연도분은 OOO원, 2010사업연도분은 OOO원으로 나타난다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 세법 관련 유권해석은 법령이나 법규의 효력을 갖지는 아니하지만, 세법의 해석과 집행에 있어서 기준을 제시하여 불공평을 방지하고 실무상 혼란을 제거하여 세무행정의 효율을 제고시키기 위한 것으로서 과세관청을 기속하게 되며, 새로운 유권해석이 종전에 유지되던 유권해석과 상이하여 상호 충돌이 발생하여 그러한 충돌을 방지하거나 다른 특별한 이유가 있어 적용시기를 명시적으로 정하고 있다면 몰라도 그러하지 아니하다면 그 법령의 최초 시행시기까지 소급적용하는 것이 원칙이다. 특히, 유권해석을 소급적용함에 따라 충돌이 생기거나, 기존 유권해석을 변경하는 경우에는 반드시 ‘생산일이 속하는 사업연도분부터 적용’한다는 등의 방법으로 적용시기에 제한을 둠으로써 충돌을 방지하는 것이 일반적인바(서면인터넷방문상담2팀-1497, 2005.9.20. 참고), 쟁점예규는 조문의 내용을 문리해석하여 명확히 한 것으로서 기존 유권해석을 변경하였다거나 기존 유권해석과 충돌이 생기는 경우에 해당하지 아니하므로 해당 법령의 최초 시행시까지 소급적용함이 타당하다.

(2) 청구법인과 같이 공제업을 영위하는 법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보는 것으로(「법인세법 시행령」제56조 제6항), 청구법인의 경우는 회원들이 납입한 부담금의 장래 반환과 부담금 원금에 부가하여 추가로 지급해야 할 금액 및 가산금 명목으로 손익계산서에 전입하여 지급준비금(퇴직급여부가금, 회원수탁부가금, 특별가산금)을 매년 적립하고 있는바, 청구법인의 당기 손익계산서상 지급준비금전입액이 고유목적사업준비금 한도액을 초과하는 경우에는 고유목적사업준비금 한도 전액을 당기에 계상하고 지출한 것으로 볼 수 있고(결산조정), 지급준비금전입액이 고유목적사업준비금 한도액에 미달하는 경우에는 한도까지는 고유목적사업준비금 당기 계상 및 지급으로 볼 수 있으며(결산조정), 미달액 만큼은 세무조정으로 손금산입해 주고 있고(신고조정), 대법원 판례(2009.7.9. 선고 2007두1781 판결), 심판례(국심 2000서2107, 2001.2.26., 국심 2003구3402, 2004.3.23.) 및 심사례(법인98-383., 1999.2.5.)에서도 고유목적사업준비금 한도증가시 신고조정에 따른 경정청구도 정당한 것으로 인정하였으므로 쟁점PF금액이 고유목적사업준비금 설정대상 50%에서 100%로 확대되면, 고유목적사업준비금 한도액이 증가하게 되고, 이 경우 당초 법인세 신고시 발생된 고유목적사업준비금 한도초과액은 증가된 한도 범위 내에서 손금산입되어야 하고 고유목적사업준비금 한도미달액은 처분할 잉여금이 없으므로 신고조정으로 손금산입이 되어야 한다.

특히, 2008사업연도 세무처리와 관련하여 2008년 법인세 신고시 수익사업 손익계산서를 작성할 때, 합산손익계산서상 쟁점전입액을 수익사업 손익계산서상 고유목적사업준비금 전입액으로 그대로 표시하지 않고, 그 중 일부인 쟁점과소전입액만을 수익사업 손익계산서에 고유목적사업준비금 전입액으로 기재하는 오류를 범하였고, 만약 쟁점전입액을 수익사업 손익계산서 작성시 올바르게 기재하였다면, 당시 고유목적사업준비금 한도 OOO원을 초과하는 OOO원이 한도초과액으로 손금불산입 되었을 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 PF자금 이자성격에 관한 판례의 입장을 살펴보면,‘청구법인이 영위할 수 있는 수익사업 및 기금조성 목적사업의 범위, 사업약정 및 업무약정의 체결 경위 및 내용 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 이 사건 사업에 관여하는 행위는, OOO 제14조 제2항에서 정한 수익사업 중 OOO 정관 제26조 제1항, 제4항 제19호의 금융업무에 해당한다고 봄이 상당’(서울행정법원 2009.9.17. 선고 2008구합48121 판결, 서울고등법원 2010.7.8. 선고 2009누32033 판결)하다고 판시하고 있으며, 국세청 예규[법규소득2009-20(2009.2.11.), 법규소득2010-342(2010.12.30.)]도 PF투자활동에 참여하여 자금대여를 하고 얻은 이익은 금융업의 사업수입금액에 해당한다고 보고 있어 쟁점PF금액은 「법인세법」 제29조 제1항 제4호에 해당한다. 따라서, 청구법인은 국세청의 기존 예규(법규소득 2009-20, 2009.2.11.)에 따라 PF투자로 인한 수익은 금융업의 사업소득으로 「법인세법」 제29조 제1항 제4호 규정에 의한 기타 수익사업에서 발생한 소득으로 보아 고유목적사업준비금 50%를 설정하여 왔고, 이는 새로운 세법해석 이전에 일반적으로 과세관청은 물론 납세자에게 이의없이 계속적 ·반복적으로 적용되어 관행으로 정립된 것이어서 새로운 세법의 해석(쟁점예규)은 새로운 해석이 있는 날 이후의 납세의무가 성립하는 분부터 적용하는 것이 상당하다.

(2) 청구법인은 쟁점PF금액이 고유목적사업준비금 50% 설정대상에서 100% 설정대상이 되면 고유목적사업준비금 한도액이 증가하게 되고, 이 경우 당초 법인세 신고시 발생된 고유목적사업준비금 한도초과액은 감소하게 되므로 마땅히 손금불산입한 한도초과액을 감액하는 경정이 이루어져야 한다고 주장하나, 「법인세법」 제3조 제3항에서 각 사업연도의 소득은 수익사업에 한정하고 있고, 같은 법 제29조 제1항은 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 한도범위 내에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다고 규정하고 있다.

청구법인이 제출한 법인세 신고서를 보면, 2008사업연도의 경우 한도초과로 인한 손금부인액이 발생하지 않아 청구법인의 주장처럼 손금불산입한 한도초과액을 감액하는 경정이 불가능하며, 「법인세법 시행령」 제56조 제9항에 의하면, 「법인세법」 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금 조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출한 경우에 한하여 인정하도록 하고 있으며, 2009사업연도의 경우 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 손금으로 계상하지 아니하였거나 과소 계상한 경우에는 그 이후 경정 등의 청구에 의해 손금에 산입할 수 없는 것(법인-494, 2009.4.24.)으로 경정청구 대상이 아니어서 당초 경정청구 거부처분은 정당하며, 2010사업연도의 경우도 청구법인은 당초 신고시 결산조정 준비금전입액이 OOO억원으로 준비금한도를 초과한 OOO억원은 한도를 재계산후 손금에 반영(결산조정)하고, 추가적으로 OOO억원은 추가신고조정을 통하여 경정청구 하였으나, 추가 신고조정 OOO억원은 2009사업연도의 경우와 같이 경정청구 대상이 아니며, 당초 결산조정한 한도초과분 OOO억원의 경우는 청구법인이 제출한 명세와 일부계약서만으로는 정확한 환급세액의 산출근거를 확인할 수 없으므로 경정청구를 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 기획재정부장관이 2012.8.29. 생산한 예규(법인세제과-853)의 적용시기를 해석이 있는 날 이후 납세의무 성립분부터 적용하여 경정청구를 거부한 처분의 당부

② 쟁점과소전입액이 오류금액에 해당하므로 청구법인이 2008사업연도 법인세 결산시 반영한 쟁점전입액을 결산조정한 것으로 보아 고유목적사업준비금 한도액을 시부인하여야 한다는 청구주장의 당부(2008사업연도)

③ 외부감사를 받은 비영리내국법인이 당초 법인세 신고시 고유목적사업준비금을 결산조정으로 반영하고, 한도액에 미달한 금액을 신고조정으로 손금산입하였다가, 추후 고유목적사업준비금 설정율의 차이로 한도액이 증가함에 따라 당초 과소계상한 고유목적사업준비금을 경정청구를 통하여 손금산입할 수 있는지 여부(2009사업연도)

④ 외부감사를 받은 비영리내국법인이 당초 법인세 신고시 고유목적사업준비금 한도초과액이 발생하여 이를 손금불산입으로 세무조정하였다가, 추후 고유목적사업준비금 설정율의 차이로 한도액이 증가하여 당초 손금불산입한 고유목적사업준비금을 초과한 경우 한도초과 감소액을 손금산입하고 그 나머지 금액에 대하여는 신고조정을 통해 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부(2010사업연도)

나. 관련법령 : 별지 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 우선 쟁점PF금액에 대한 고유목적사업준비금 추가 설정금액의 정합성에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 당초 의견서에서 청구법인이 PF자금 대출이자라고 주장하는 금액들이 실질적인 PF자금인지에 대하여 이를 확인할 약정서(계약서), 장부, 금융거래내역 등 관련서류를 제출하지 않고 있으며, 일부 제출한 계약서 등으로는 세액의 적정여부를 확인할 수 없고, 국세청 전산(TIS)상 청구법인이 주장하는 이자소득금액에 대한 지급명세서가 확인되지 아니하며, 2008사업연도 신고시 수익사업 재무제표를 별도로 작성하여 세무조정계산서를 제출하였으나, 2009사업연도와 2010사업연도는 합산재무제표를 기준으로 세무조정계산서가 작성되어 전기와 당기의 비교가 곤란하다는 의견을 제시하였다.

(나) 청구법인은 당초 심판청구서에서 청구법인의 세무조정계산서상 제10호 서식(갑, 원천납부세액명세서)으로 확인[2010사업연도의 경우 사업자등록 기재 오류(사업자등록번호 중 가운데 숫자 기재오류, OOO를 OOO로 표기하여 8자를 누락하고, 뒤 숫자를 중복기재함)되므로 당초 신고한 PF금액에 대한 고유목적사업준비금 한도 확대(50%→100%), 손금불산입한 한도초과액 OOO억원(2008사업연도 OOO억원, 2009사업연도 OOO억원, 2010사업연도 OOO억원)의 감소, 한도미달액 OOO억원(2009사업연도 OOO억원, 2010사업연도 OOO억원) 추가 발생되므로 OOO억원(2008사업연도 OOO억원, 2009사업연도 OOO억원, 2010사업연도 OOO억원)을 환급함이 정당하다고 주장하였다.

(다) 처분청 조사공무원이 조세심판관회의가 개최되기 전에 당초 신고한 PF금액의 적정성 여부에 대하여 검토한 결과, 쟁점PF금액과 그 세액이 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같음을 확인하였고, 처분청 조사공무원과 청구법인의 심판대리인이 조세심판관회의(2013.10.24.)에 출석하여 올바른 경정청구 대상 PF금액이 쟁점PF금액임에 별다른 이견이 없다고 진술하였으며, 이에 따라 청구법인은 2013.11.13. 청구취지 변경신청서를 우리 원에 제출하였다.

OOO

(2) 청구법인의 자금운용은 자체 재무기획규정 및 매년 수립되는 자산운용계획에 따라 보유자산을 금융과 건설분야의 다양한 투자대상에 분산하여 투자하고 있고, 이 중 건설투자는 사업개발과 주택사업 등으로 이루어지고 있는 바, 사업개발은 부동산 개발 투자, M＆A관련 재무투자, 기타 특정사업 투자에 자금을 대여하고 이자를 수취하는 방식으로 이루어지고 있고, 쟁점PF금액의 세부내역은 아래 ＜표3＞～＜표5＞와 같다.

OOO

(3) 쟁점PF금액을 기준으로 연도별 고유목적사업준비금 한도증가액과 경정청구대상세액을 계산하면 아래 ＜표6＞과 같고, 쟁점PF금액의 고유목적사업준비금 설정률 증가로 인한 청구법인의 고유목적사업준비금 한도증가액은 아래 ＜표7＞～＜표9＞와 같다.

OOO

(4) 쟁점전입액, 2009～2010사업연도 고유목적사업준비금전입액의 상세내역은 아래 ＜표10＞～＜표12＞와 같고, 퇴직급여부가금전입액은 회원부담금OOO 납부기간에 따라 회원의 퇴직시 부담금 원금에 부가하여 추가로 지급하여야 할 이자상당액 전입액을 말하고, 회원수탁부가금전입액은 회원들이 납입한 회원수탁금OOO을 장래에 반환할 때 수탁금 원금에 부가하여 추가로 지급하여야 할 이자상당액 전입액을 말하며, 특별가산금전입액은 청구법인의 기금운영 실적에 따라 회원에게 추가로 지급하여야 할 가산금 전입액을 말한다.

OOO

(5) 위에서 살펴본 내용을 중심으로 사업연도별 쟁점을 요약하면 아래 ＜표13＞과 같다.

OOO

(6) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「국세기본법」 제18조 제1항, 같은 법 시행령 제10조 제1항 및 제5항에서 기획재정부장관 및 국세청장은 세법의 해석과 관련된 질의에 대하여 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 해석하여 회신하여야 하고, 기획재정부장관에게 제출된 세법 해석과 관련된 질의는 국세청장에게 이송하고 그 사실을 민원인에게 통지하도록 규정하고 있다.

한편, 「법인세법」제29조 제1항에서 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 제1호부터 제4호까지의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다고 하면서, 제1호부터 제3호까지의 금액은 전액을, 제4호의 금액은 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액을 한도로 설정하고 있고, 제1호는 「소득세법」 제16조 제1항 제1호부터 제10호까지의 이자소득금액으로, 제4호는 그 외 수익사업에서 발생한 소득으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제56조 제2항 제2호에서 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)을 영위하면서 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액은 같은 법 제29조 제1항 제1호의 금액으로 본다고 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 원칙적으로 세법해석에 관한 유권해석은 1차적으로 국세청장이 행하고, 그 해석 등에 수긍하지 못하는 경우 국세청장의 해석을 첨부하여 기획재정부장관에게 유권해석을 의뢰하여 기획재정부장관이 답변하고 있어 기획재정부장관의 질의회신 답변은 과세당국의 최종적인 유권해석 성격을 갖는다고 볼 수 있고, 쟁점예규는 기획재정부장관이 종전의 입장을 변경한 것이 아니라 최초로 생산한 예규로 「법인세법」 제29조 제1항 제1호에 대하여 명확히 해석한 것이라고 할 것이어서, 쟁점PF금액이 같은 제1호의 금액에 해당한다고 본다는 것이므로, 처분청이 쟁점예규의 적용시기를 새로운 해석이 있는 날 이후의 납세의무가 성립하는 분부터 적용하여 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(7) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 제시한 2008사업연도 고유목적사업준비금 관련 원시장부, 감사보고서상 손익계산서 및 법인세 신고서 첨부된 손익계산서에 의하면, 고유목적사업준비금전입액을 OOO원(쟁점전입액)으로 계상한 것으로 나타나고, 쟁점과소전입액은 2008년 기말 지급준비금 잔액 OOO원에서 2007년 기말 지급준비금 잔액 OOO원과 2007년 이익잉여금처분계산서 특별가산금전입액 OOO원을 각각 차감하여 산출한 것으로 나타난다.

(나) 살피건대, 청구법인의 고유목적사업준비금 원시장부 및 감사보고서 결산서상 쟁점전입액을 계상한 사실이 확인되고 있고, 쟁점과소전입액의 성격이 법인세 신고 및 세무조정과정에서 발생한 단순한 오류로 보여지므로, 올바른 세무조정이었다면 쟁점전입액이 세법상 고유목적사업준비금 한도액 OOO원을 초과하여 그 초과액 OOO원이 손금불산입 되었을 것인바, 청구법인이 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인(OOO회계법인)의 회계감사를 받고, 2008사업연도 처분후 기말잉여금이 없는 상태에서 당초 고유목적사업준비금 설정율을 과소 계상하였다가 설정율 변경에 따라 한도액이 증가하는 경우 이는 청구법인이 신고조정을 통해 추가적으로 고유목적사업준비금을 설정하려는 것이 아니라, 청구법인이 이미 결산조정으로 반영한 사항을 한도초과액이 달라짐에 따라 이를 경정청구를 통하여 추가적으로 손금으로 인정받을 수 있다고 봄이 합리적이라고 할 것이어서, 처분청이 청구법인이 주장하는 OOO원을 고유목적사업준비금 한도초과액의 감소로 인정하지 아니하고 2008사업연도에 대한 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(국심 2000서2107, 2001.2.26. 같은 뜻임).

(8) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2008～2010사업연도의 재무제표에 대해 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인(OOO회계법인)의 회계감사를 받는 것으로 나타나고, 청구법인의 재무제표 등에 의하면, 처분후 기말잉여금이 2008년 OOO억원, 2009년 OOO억원, 2010년 OOO억원으로 나타난다.

(나) 「법인세법」 제61조 제1항에서 내국법인이「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다고 규정하고 있다.

(다) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」 제61조 제1항이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하는 방법으로 손금에 산입하는 것을 허용한 취지가 이와 같은 준비금은 실제로 발생한 비용이 아니어서 기업회계상 이를 법인의 장부에 비용으로 계상할 수 없다는 점을 고려하여 특별히 신고조정의 방법에 의하여 그 준비금의 설정에 따른 손금산입이 허용되는 것임을 밝힌 데에 있고, 또한 「법인세법」 제61조 제1항이 고유목적사업준비금의 손금산입요건으로 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금 상당액을 적립금으로 적립할 것을 요구하고 있는 취지가 손금에 산입한 준비금 상당액이 추후 익금에 산입될 때까지 배당 등을 통하여 사외로 유출되는 것을 방지하고자 하는 데에 있으므로, 비록 「법인세법」 제61조 제1항이 손금으로 계상한 준비금 상당액을 ‘당해’ 사업연도의 이익처분에 있어서 적립금으로 적립하도록 규정하고 있더라도, 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 적립하여야 할 금액에 미달하게 적립한 때에는 그 미달액 상당액이 배당 등을 통하여 사외로 유출될 여지가 없는 점 등에 비추어 보면, 어느 법인이 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 손금으로 계상한 준비금 상당액 전액을 적립금으로 적립할 수 없는 때에는 당해 사업연도의 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 이 경우 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가로 적립할 것을 조건으로 손금산입을 허용하되, 만일 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하였음에도 이를 적립하지 않는 때에는 그 한도 내에서 손금산입을 부인하는 것으로 해석함이 상당하다고 할 것이다(대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결, 같은 뜻임).

이 건의 경우 청구법인의 2009사업연도 고유목적사업준비금 한도액이 OOO원으로 증가하였고, 처분가능이익이 없어 이익처분에 의하여 OOO원에 상당하는 금액을 적립할 수 없는 상태이므로, 고유목적사업준비금을 경정청구를 통하여 신고조정의 방법에 따라 OOO원을 손금에 산입할 수 있다고 보는 것이 합리적이라고 할 것이어서, 청구법인이 2009사업연도의 소득금액 계산에 있어서 OOO원을 세무조정계산서에 손금으로 계상하지 아니하였거나 과소 계상한 경우 그 이후에는 경정청구에 의해 추가 손금산입이 어렵다는 이유로, 처분청이 청구법인의 2009사업연도에 대한 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2009부3431, 2011.11.21. 같은 뜻임).

(9) 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 2010사업연도 법인세 신고시 손익계산서상 지급준비금 전입액OOO이 세법상 고유목적사업준비금 한도액OOO을 초과하여, 그 초과액 OOO원을 손금불산입하는 것으로 신고하였다가, 청구법인이 주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인(OOO회계법인)의 회계감사를 받고, 2010사업연도 처분후 기말잉여금이 없는 상태에서 당초 고유목적사업준비금 설정율을 과소 계상하였다가 설정율 변경에 따라 한도액이 OOO원으로 증가한 경우, 당초 계상한 고유목적사업준비금 한도초과액 OOO원에 대해서는 청구법인이 이미 결산조정으로 반영한 사항을 한도초과액이 달라짐에 따라 이를 경정청구를 통하여 추가적으로 손금으로 인정받을 수 있다고 봄이 합리적이라고 할 것이고, 그 나머지 OOO원의 경우 위 쟁점③에서 살펴본 것처럼 청구법인의 2010사업연도에 고유목적사업준비금 한도액이 증가하였고, 2010사업연도에 처분가능이익이 없어 이익처분에 의하여 이 건 고유목적사업준비금에 상당하는 금액을 적립하지 못했다는 전제에서 고유목적사업준비금을 신고조정의 방법으로 손금에 산입하겠다는 것인바, 이로 인해 청구법인의 고유목적사업준비금 한도액이 OOO원으로 증가하여 기존의 한도초과로 손금불산입한 OOO원이 감소하고, OOO원이 추가로 손금산입 되는 효과가 있다고 할 것이다.

따라서 처분청이 OOO원을 고유목적사업준비금 한도초과액의 감소로 인정하지 아니하고, OOO원에 대해 고유목적사업준비금을 신고조정의 방법으로 손금에 산입하겠다는 청구법인의 2010사업연도에 대한 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련법령

(1) 법인세법

제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호부터 제10호까지의 이자소득의 금액

2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호ㆍ제2호ㆍ제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. (단서 생략)

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

제61조【준비금의 손금계상 특례】① 내국법인이「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.

제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제2조【수익사업의 범위】① 「법인세법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

5. 연금 및 공제업 중 다음 각목의 사업

가. 「국민연금법」에 의한 국민연금사업

나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)

제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조 제1항 제1호의 금액으로 본다.

1. 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득금액

2. 제2조 제1항 제5호 나목에 따른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

③ 법 제29조 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 및「조세특례제한법」제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다.

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다.

⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금중 「국세기본법」 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제98조【준비금 등에 대한 손금계상의 특례】① 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금은 당해 준비금을 익금에 산입할 때 그 적립금을 처분하여야 한다. 이 경우 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에는 동항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 것으로 보지 아니한다.

* 법인세법 기본통칙 61-98…1 【준비금등의 손금계상특례규정적용】법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금이 다음 각호에 해당하는 경우에는 적립하여야 할 금액에 미달하게 적립한 적립금 또는 처분하여야 할 금액을 초과하여 처분한 적립금에 상당하는 준비금을 당해 준비금을 손금 계상한 사업연도에 손금불산입한다. 이 경우 적립금에는 기업회계기준에 따라 당해사업연도에 세무조정계산서에 손금으로 산입한 준비금 및 특별감가상각충당금으로 인한 법인세 효과를 고정부채인 이연법인세대로 계상한 금액을 포함한다.

1. 당해 준비금을 손금산입한 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금에 상당하는 적립금을 적립하지 아니하거나 일부만을 적립하는 경우. 다만 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에는 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가 적립하여야 한다.

2. 당해 준비금을 익금에 산입하는 사업연도의 이익처분에 있어서 익금산입에 상당하는 적립금을 초과하여 처분하는 경우

(3) 소득세법

제16조【이자소득】① 이자소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 국가나 지방자치단체가 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액

2. 내국법인이 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액

3. 국내에서 받는 예금(적금·부금·예탁금 및 우편대체를 포함한다. 이하 같다)의 이자

4. 「상호저축은행법」에 따른 신용계(信用契) 또는 신용부금으로 인한 이익

5. 외국법인의 국내지점 또는 국내영업소에서 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액

6. 외국법인이 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액

7. 국외에서 받는 예금의 이자

8. 대통령령으로 정하는 채권 또는 증권의 환매조건부 매매차익

9. 대통령령으로 정하는 저축성보험의 보험차익

10. 대통령령으로 정하는 직장공제회 초과반환금

11. 비영업대금(非營業貸金)의 이익

12. 제1호부터 제11호까지의 소득과 유사한 소득으로서 금전 사용에 따른 대가로서의 성격이 있는 것

(4) 국세기본법

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(5) 국세기본법 시행령

제10조【세법 해석에 관한 질의회신의 절차와 방법】① 기획재정부장관 및 국세청장은 세법의 해석과 관련된 질의에 대하여 법 제18조에 따른 세법해석의 기준에 따라 해석하여 회신하여야 한다.

② 국세청장은 제1항에 따라 회신한 문서의 사본을 해당 문서의 시행일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 기획재정부장관에게 송부하여야 한다. 다만, 사실판단과 관련된 회신이거나 기존의 해석에 따라 회신한 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 국세청장은 제1항의 질의가 제9조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당한다고 인정하는 경우에는 기획재정부장관에게 의견을 첨부하여 해석을 요청하여야 한다.

④ 국세청장은 제3항에 따른 기획재정부장관의 해석에 이견이 있는 경우에는 그 이유를 붙여 재해석을 요청할 수 있다.

⑤ 기획재정부장관에게 제출된 세법 해석과 관련된 질의는 국세청장에게 이송하고 그 사실을 민원인에게 통지하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기획재정부장관이 직접 회신할 수 있으며, 이 경우 회신한 문서의 사본을 국세청장에게 송부하여야 한다.

1. 제9조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하여 국세예규심사위원회의 심의를 거쳐야 하는 질의

2. 국세청장의 세법 해석에 대하여 다시 질의한 사항으로서 국세청장의 회신문이 첨부된 경우의 질의(사실판단과 관련된 사항은 제외한다)

3. 세법이 새로 제정되거나 개정되어 이에 대한 기획재정부장관의 해석이 필요한 경우

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 세법 해석에 관한 질의회신 등에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(6) 군인공제회법

제14조 (사업) ① 공제회는 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 회원에 대한 급여의 지급

2. 회원을 위한 복지·후생시설의 운영

3. 기타 회원을 위한 복지·후생사업

② 공제회는 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 범위안에서 수익사업을 할 수 있다.