조심 2021전2633 (2021.11.29)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은

「법인세법」제2조

제2호에 따른 비영리내국법인이자 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사인의 회계감사를 받는 법인으로서 2001.1.1. OOO에서 OOO(이하 “쟁점본점병원”이라 한다)을 개원한 후 2015.3.3. OOO에서 OOO[

「조세특례제한법」제74조

제4항, 같은 법 시행령 제70조 제5항 및 같은 법 시행규칙 별표 8의6에 따른 비영리내국법인의 고유목적사업준비금 손금산입특례대상지역(이하 “특례대상지역”이라 한다)인 OOO에 소재하고 있고, 이하 “쟁점지점병원”이라 한다]을 개원하였다.

나. 청구법인은 2014∼2018사업연도 법인세 신고 시 쟁점본점병원과 쟁점지점병원의 고유목적사업준비금 합계액을 아래 ＜표1＞과 같이 설정하여 신고한 후 특례대상지역인 OOO에 쟁점지점병원을 개원함으로써 청구법인이 고유목적사업준비금 100% 설정대상에 해당하게 되었음에도 이를 과소설정하였다는 사유로 쟁점본점병원과 쟁점지점병원의 수익사업소득 합계액의 100%를 손금산입하고, 청구법인이 영업외 수익으로 계상한 아래 ＜표2＞의 운영지원비 및 시설투자지원비 성격의 정부보조금(이하 “쟁점정부보조금”이라 한다)은 법인세 과세대상이 아니라는 사유로 청구법인의 각 사업연도 소득금액에서 차감하여 2020.1.31. 처분청에 2014∼2018사업연도 법인세(농어촌특별세 포함) 합계 OOO원(2014사업연도 0원, 2015사업연도 OOO원, 2016사업연도 OOO원, 2017사업연도 OOO원, 2018사업연도 OOO원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

＜표1＞ 청구법인의 법인세 신고 시 고유목적사업준비금 설정액 및 경정청구 시 설정액

(단위 : 백만원)

OOO

＜표2＞ 청구법인의 쟁점정부보조금 수취내역

(단위 : 원)

OOO

다. 이에 대해 OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 ① 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」에 따라 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인은고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고, 그 금액 상당액이 해당 사업연도의 이익처분에 의해 고유목적사업준비금으로 적립되어 있는 경우를 제외하고는 경정청구 등에 의하여 추가로 손금산입할 수 없으며, ②

「조세특례제한법」제74조

제4항에 따라 해당 법인의 수익사업에서 발생한 소득의 100%를 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있는 대상은 특례대상지역에 소재한 법인의 수익사업에서 발생한 소득인바, 특례대상지역인 OOO에 소재한 쟁점지점병원에서 발생한 의료업 수익사업소득에 한해 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있고, ③ 쟁점정부보조금은

「법인세법」제113조

제1항, 같은 법 시행령 제156조 제1항, 같은 법 시행규칙 제76조에 따라 같은 법 시행령 제56조 제10항, 같은 법 시행규칙 제29조의2 제4항에 따른 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 하나, 이를 구분경리하지 아니하고 영업외 수익 및 지출로 기계상하였으므로 법인세 과세대상수익에서 제외할 수 없는 것으로 보아 2020.7.14. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.10.16. 이의신청을 거쳐 2021.3.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 과소설정한 고유목적사업준비금은 신고조정의 방법으로 경정청구를 통하여 손금산입할 수 있다.

(가)

「국세기본법」제45조의2

제1항은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

이와 관련하여 대법원은 “

「법인세법」제61조

제1항(이하 “특례규정”이라 한다)이 자사주처분손실준비금을 비롯한「조세특례제한법」상 준비금을 세무조정계산서에 계상하는 방법으로 손금에 산입하는 것을 허용한 취지는 준비금은 실제로 발생한 비용이 아니어서 기업회계 상 이를 법인의 장부에 비용으로 계상할 수 없다는 점을 고려하여 특별히 신고조정의 방법으로 그 준비금 설정에 따른 손금산입이 허용되는 것임을 밝힌 데에 있으므로 내국법인이 당초「조세특례제한법」상 준비금을 손금으로 계상하지 아니한 채 과세표준을 계산하여 그 과세표준신고서를 제출하였다고 하더라도

「국세기본법」제45조의2

제1항 소정의 경정청구기간 내에는 경정청구를 통하여 신고조정의 방법에 따라 당해 준비금을 손금에 산입할 수 있다.”라고 판시(대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결)하였다.

조세심판원 또한 대법원 판례를 인용하면서 “경정청구제도는 조세법률관계의 조기안정을 통한 원활한 조세행정의 수행이라는 공익과 ‘정당한 또는 진실한’ 세액의 결정 또는 경정을 구할 기회를 납세자에게 부여하고자 한 것인바, 당초 한도액을 잘못하여 과소하게 산정하여 세무조정계산서 상 손금산입액을 과소계상한 것으로 보이므로 당초 과소 계상한 고유목적사업준비금 한도액과 세무조정계산서 상 손금산입액을 정당한 금액으로 바로잡을 기회를 납세자에게 부여하는 것이 경정청구제도의 취지에 부합하고, 배당 등을 통하여 사외로 유출될 여지가 없어 당초 2009사업연도 법인세 신고 시 쟁점금액을 고유목적사업준비금 100% 설정대상으로 분류하여 한도액을 산정하였을 경우 쟁점금액 전액에 대해 세무조정계산서 상 손금산입이 가능하였던 점에 비추어 볼 때 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다.”라고 결정(조심 2014서864, 2014.6.23.)하였다.

「국세기본법」이 경정청구제도를 둔 이유는 과세표준과 세액의 확정을 위한 과세관청의 부과처분이나 납세의무자의 신고가 언제나 정확하다고만은 볼 수 없으므로 이를 시정하기 위한 제도적 장치의 필요성 때문으로서 과세관청은 납세자의 신고나 과세관청의 당초 부과처분에 오류·탈루가 있는 경우 부과제척기간이 도과하기 전까지 언제든지 자유롭게 횟수에 제한을 받지 아니하고 과세처분과 세액의 증액 및 감액 경정처분을 할 수 있는바, 이와 같은 과세관청의 경정권한에 대응하여 납세의무자가 스스로 자신이 한 신고행위의 잘못을 수정할 수 있는 제도가 경정청구인 것이다.

(나) 세법상 준비금이란 장래 특정손실이나 지출이 발생할 가능성이 있는 경우 그 지출이나 손실의 보전에 충당할 목적으로 당기에 실제 확정된 손금이 없음에도 불구하고 우선 손금으로 용인하기 위한 것으로서 납세자에게 세제상의 혜택을 부여한 것이다.

그 중 고유목적사업준비금을 손금산입하는 취지에 대하여 살펴보면, 비영리법인은 수익사업에서 발생한 소득을 원천으로 공익사업에 사용하고 있는데, 국가가 비영리법인의 수익사업에 대하여 과세하게 되면 교육, 사회복지, 의료 등 각종 고유목적사업을 지원할 책임이 있는 국가가 공익사업에 사용될 재원 중 일부를 법인세 형태로 취하여 오히려 국가가 고유목적사업 수행을 방해하는 결과를 초래하게 되므로 이러한 상황을 방지하기 위하여「법인세법」은 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 그 한도액 범위 내에서 손금을 용인하고 있는 것이다.

또한「법인세법」은 원칙상 준비금을 결산조정사항으로 규정하고 있는바, 결산조정이란 세법이 정한 한도액 이내에서 납세자가 결산상 비용으로 회계처리하는 경우 그 결산상 계상액을 손금으로 인정하는 것으로서 납세자에게 손금산입에 대한 선택권을 부여한 것인바, 이 또한 납세자에게 세제상의 혜택을 부여하려는 목적이다.

즉 세법상 준비금의 개념과 그 취지,「법인세법」이 준비금을 결산조정사항으로 규정한 이유는 납세자에게 손금계상의 선택권을 부여함으로써「법인세법」적용에 있어 유리한 선택을 할 자기결정권을 갖게 한 것이다.

그런데 납세자가 준비금 설정액을 계산하는 과정에서 실수하여 과소계상한 것까지 납세자가 스스로 유리하게 선택한 것이라 단정하여 이후 경정청구 대상이 될 수 없다고 한다면 결국 처분청은 납세자의 실수를 용인하지 않겠다는 것이고, 이는 처분청 스스로가 경정청구제도를 부인하는 것인바, 이는 곧 위법한 처분에 해당한다.

(다) 당초 청구법인은 세무조정계산서 상 고유목적사업준비금의 설정한도액을 실수로 과소하게 산정하였던바, 당초 과소계상한 고유목적사업준비금 한도액을 정당한 금액으로 바로잡을 기회를 납세자에게 부여하는 것이 경정청구제도의 취지에도 부합하는 것이다.

(2) 청구법인은 고유목적사업준비금 적립금 상당액을 사외에 유출하지 아니하고, 계속 사내에 유보하고 있었으며, 주주총회를 거쳐 별도 적립요건을 충족함으로써 형식적 요건까지 갖추었으나, 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 이익처분에 따른 준비금을 적립하지 아니하였다는 사유로 거부하였다.

(가)

「법인세법」제29조

제1항은 “비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항을 적용할 때「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.”라고 규정하고 있으며, 특례규정은 “내국법인이「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 그 준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 보아 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있다.

(나) 준비금의 적립취지와 관련하여 대법원은 “특례규정이「조세특례제한법」상 준비금의 손금산입요건으로 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금 상당액을 적립금으로 적립할 것을 요구하고 있는 취지는 손금에 산입한 준비금 상당액이 추후 익금에 산입될 때까지 배당 등을 통하여 사외로 유출되는 것을 방지하고자 하는 데에 있다.”라고 판시(대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결)하였고, 조세심판원 또한 동일 사안인 투자손실준비금과 관련하여 “특례규정에 따라 투자손실준비금을 준비금으로 설정하고 준비금 상당액을 이익처분 시 적립금으로 적립된 경우에 이를 손금으로 인정하는 것으로 규정한 취지는 법인의 소득을 사외유출하지 않고 손실보전에 사용하도록 하기 위한 것인 점을 고려할 때 준비금 상당액을 차후 사외유출하지 아니하고, 이익잉여금으로 사내유보하며, 주주총회에서 이익잉여금처분을 수정결의하여 손실보전목적의 적립금을 추가계상하였다면 투자손실준비금을 적립한 것으로 보아 손금산입하는 것이 법의 취지 및 입법목적에 부합되는 것으로 보아야 할 것이다.”라고 결정(국심 2004서3394, 2005.3.15., 국심 2003구3402, 2004.3.23. 외 다수)한바 있다.

(다) 청구법인은「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따라 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인으로서 신고조정에 의하여 세무조정계산서에 고유목적사업준비금을 손금계상하여 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 청구법인이 신고조정하면서 이익처분에 의한 준비금을 적립하지 아니하였다는 사유로 경정청구를 거부하였다.

하지만 앞서 살펴본 바와 같이 준비금의 손금산입요건으로 그 상당액을 적립금으로 적립할 것을 요구하고 있는 취지는 손금에 산입한 준비금 상당액이 추후 익금에 산입될 때까지 배당 등을 통하여 사외로 유출되는 것을 방지하려는 데에 목적이 있는 것이다.

청구법인은「민법」상 재단법인이고,「법인세법」상 비영리내국법인이며,「상속세 및 증여세법」상 공익법인의 성격인바,「민법」상 재단법인은 일정한 목적에 바쳐진 재산을 구성요소로 설립되어 그 본질상 이익배분이 불가능하고,「법인세법」상 비영리내국법인 또한 구성원에게 이익을 배당할 수 없으며,「상속세 및 증여세법」상 공익법인이 해산하는 경우 그 잔여재산은 국가·지방자치단체 또는 다른 공익법인에 귀속되게 된다.

청구법인은 그 본질상 관련 법령에 의하여 잉여금을 배당 등으로 사외유출할 수 없는 법인으로서 설립 후 잉여금 전액은 현재에도 미처분이익잉여금으로 사내에 유보되어 있다.

즉 형식상의 분류인 미처분이익잉여금으로 존재하느냐 아니면 임의적립금으로 존재하냐의 차이일 뿐, 그 실질은 사외에 유출되지 아니하고 사내에 유보되어 있다는 것이다.

그런데 처분청은 사내유보되어 있다는 실질을 고려하지 아니하고, 미처분이익잉여금에서 임의적립금으로 계정을 대체하지 아니하였다는 형식적 요건의 미비를 사유로 청구법인의 경정청구를 거부한 것이다.

이에 청구법인은 2021년 3월에 이사회 결의를 통하여 미처분이익잉여금 중 경정청구 금액에 상당하는 금액을 임의적립금인 고유목적사업준비금으로 추가적립하였다.

(라) 청구법인이 고유목적사업준비금을 적립하지 아니하였다는 처분청의 의견에 따라 청구법인은 주주총회를 통하여 고유목적사업준비금의 추가적립을 완료하였고, 적립 전에도 적립금 상당액이 미처분이익잉여금으로 계속 사내유보되어 있어 사외유출된 사실이 없었던바, 처분청이 적립요건 미비로 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.

(3) 처분청은 특례대상지역인 OOO에 소재한 쟁점지점병원의 경우에는 소득의 100%를 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있으나, 특례대상지역이 아닌 OOO에 소재한 쟁점본점병원은 소득의 50%만을 손금산입할 수 있다는 의견이나, 쟁점지점병원의 소득을 포함한 청구법인의 소득 전체가 고유목적사업준비금 100% 설정대상이다.

(가)

「조세특례제한법」제74조

제4항은 “수도권 과밀억제권역 및 광역시를 제외하고 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역에

「의료법」제3조

제2항 제1호 또는 제3호의 의료기관을 ‘개설하여’ 의료업을 영위하는 ‘비영리내국법인’에 대하여는 2019년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지

「법인세법」제29조

를 적용하는 경우 그 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제70조 제5항은 “법 제74조 제4항에서 대통령령으로 정하는 지역이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.”라고 규정하면서 제1호에서 인구수가 30만명 이하인 시·군 지역을, 제2호에서「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 또는「사립학교법」에 따른 사립학교가 운영하는 병원이 소재하고 있지 아니한 지역을 규정하고 있으며, 해당 지역의 범위를 위임받은 같은 법 시행규칙 제29조의3 별표 8의6은 특례대상지역으로 쟁점지점병원이 소재한 OOO를 규정하고 있다.

(나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결).

특례조항인

「조세특례제한법」제74조

제4항을 법문대로 해석하면, 대통령령으로 정하는 지역에

「의료법」제3조

제2항 제1호 또는 제3호의 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 “비영리내국법인”에게 특례를 적용한다는 것이다.

즉 “특례대상지역에 의료기관을 개설한 비영리내국법인”이라고 규정하고 있을 뿐, “특례대상지역에 소재한 의료기관”이라고 한정하고 있지 아니하다.

개설의 사전적 의미는 “설비나 제도 따위를 새로 마련하고 그에 관한 일을 시작하는 것”이고, 법문에서 “개설하여”라고 규정한 것은 개설의 주체, 즉 “개설한 자”에게 특례를 적용하겠다는 의미인바, 특례대상지역에 의료기관을 개설한 자는 비영리내국법인인 청구법인이라 할 것이다.

만약 처분청의 의견과 같이「조세특례제한법」이 특례대상지역에 소재한 의료기관에 한정하여 특례를 적용하고자 했다면,

「조세특례제한법」제74조

제4항에서 “비영리내국법인 중 특례대상지역에 소재하는 의료기관”에 한하여 적용한다는 한정규정을 두거나, 조문에서 비영리내국법인이라는 문구가 삭제되고 그 대신 “특례대상지역에 개설되어 의료업을 영위하는 의료기관”이라고 규정하여야 할 것이다.

그런데 입법자가 “개설한 비영리내국법인”이라고 규정한 것은 “특례대상지역에 의료기관을 개설한 비영리내국법인의 소득”에 대하여 특례를 적용하고자 하는 입법취지임이 분명하다.

「조세특례제한법」제74조

제4항에 특례를 규정한 입법자의 입법취지는 지방도시는 인구수 부족으로 의료사업에서 수익성을 기대할 수 없는 지역으로서 누구나 투자를 꺼리는 지역인바, 그럼에도 지역 간 균형발전 및 지방도시의 의료서비스를 개선할 필요성이 있고, 이에 지방도시에 의료기관 개설을 유인할 목적으로 지방도시에 의료기관을 개설하는 비영리내국법인에게 특례를 적용하고자 한 것이다.

(다) 한편 비영리내국법인의 범위와 관련하여

「법인세법」제2조

제1호에서 ‘내국법인’이란 본점, 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인을 말하고, 제2호에서 ‘비영리내국법인’이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다고 규정하고 있는바, 영리내국법인에 본점과 그 지점 모두가 포함되는 것과 마찬가지로「법인세법」에서 비영리내국법인이라 함은 주사무소와 분사무소 모두를 이르는 것이다.

쟁점본점병원(청구법인)은 OOO 법인으로 설립(이전에는 개인사업자)되었고, 쟁점지점병원은 OOO 쟁점본점병원의 분사무소로 개설되어 쟁점본점병원과 쟁점지점병원은 주사무소와 분사무소의 관계로서 별도법인이 아닌 하나의 법인이다(법인등록번호도 동일).

따라서

「조세특례제한법」제74조

제4항을 법문대로 해석하면, 특례대상지역에 의료기관을 개설한 쟁점본점병원(청구법인)의 소득 모두가 고유목적사업준비금 100% 설정대상임이 명확하다.

(4) 쟁점정부보조금은 비수익사업에 해당하여「법인세법」상 과세대상 소득이 아니다.

(가) 청구법인은 국가로부터 대가관계 없이 쟁점정부보조금을 수령하였고, 이를 영업외 수익으로 계상하여 법인세를 신고·납부하였으며, 경정청구를 통하여 쟁점정부보조금은 비수익사업에 해당하므로 법인세 과세대상이 아니라 주장하였으나, 처분청은 청구법인이 쟁점정부보조금을 의료발전회계로 구분경리하지 아니하였다는 사유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

(나) 우선 쟁점정부보조금이 과세대상인 수익사업에 해당하는지에 대하여 살펴보면,

「법인세법」제3조

제1항은 “법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.”라고 규정하면서 제1호에서 각 사업연도의 소득을, 제3호에서 토지 등 양도소득을 각각 규정하고 있다.

또한 같은 조 제3항은 “비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 수익사업에서 생기는 소득으로 한다.”라고 규정하면서 제1호에서 “제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것”을, 제2호부터 제7호까지에서 “이자, 배당 등”을 각각 열거하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제1항은 “대통령령으로 정하는 것이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.”라고 규정하고 있는바, 청구법인은 한국표준산업분류 상 보건업에 해당하는 의료사업을 영위하고 있다.

(다) 법령을 종합하면,「법인세법」은 비영리내국법인의 과세소득으로 법 제3조 제3항 제1호에서 경상적으로 발생하는 사업에서 발생하는 소득을 과세대상으로 하고 있고, 비경상적이고 우연적인 소득이라도 제2호부터 제7호까지에 열거된 수입에서 발생하는 소득을 과세대상으로 하고 있다.

즉 경상적으로 발생하는 사업에서 발생하는 소득을 원칙적인 과세대상으로 하고, 비경상적인 소득은 과세대상에 해당하지 아니하나 비경상적 소득이라도 제2호부터 제7호까지 열거한 수입에서 발생하는 소득에 대하여는 별도로 과세대상으로 삼고 있는 것이다.

(라) 쟁점정부보조금의 경우로 돌아와 살펴보면, 쟁점정부보조금이 과세대상에 해당하려면

「법인세법」제3조

제3항 제1호의 사업에서 발생하는 소득에 해당하거나, 제2호부터 제7호에서 열거하고 있는 수입에서 발생하는 소득에 해당하여야 한다.

쟁점정부보조금은 이자·배당소득 등 제2호부터 제7호에서 열거하고 있는 수입에서 발생하는 소득에 해당하지 아니하는바, 쟁점정부보조금이 제1호에 따른 사업에서 발생하는 소득에 해당하지 아니한다면 법인세 과세대상이 될 수 없는 것이다.

청구법인이 영위하는 의료사업은 한국표준산업분류 상 보건업에 해당하고, 보건업이란 “인간의 건강유지를 위한 각종 질환의 예방과 치료를 위한 보건서비스를 제공하는 병원, 의원 및 기타 의료기관과 의료관련 서비스를 제공하는 기관을 포함하는 것”으로 정의되고 있다.

즉 보건업이란 의료서비스가 필요한 환자를 상대로 의료용역을 제공하고 용역을 제공받은 환자로부터 그 대가를 수취하는 사업인바, 청구법인이 환자들에게 의료용역을 제공하고 그 대가로 수취한 것은 경상적인 사업으로서「법인세법」상 수익사업에 해당한다.

그러나 청구법인은 국가에 의료용역을 제공하고 쟁점정부보조금을 수취한 것이 아니고, 국가에 의료용역을 제공할 수도 없는바, 쟁점정부보조금은 국가가 의료용역의 제공 등의 대가관계 없이 비경상적이고 우연히 일부 의료기관에 무상지급한 것인데, 이것을 ‘경상적인 사업’에서 발생한 소득이라 할 수 없다.

즉 쟁점정부보조금의 성격은

「법인세법」제3조

제3항 제2호부터 제7호까지에서 규정하고 있는 수입에서 발생한 소득과 비경상적이라는 동일성은 있으나, 제2호부터 제7호까지에서 열거되지 아니한 소득이므로 법인세 과세대상에 해당하지 아니한다.

(마)「법인세법」기본통칙 제4-3···3은 “비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당 사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다.”라고 규정하면서 제2호 아목에서 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액을 비수익사업으로 예시하고 있다.

또한 예규를 통해서도 “의료법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 병원건물 또는 의료기기 등을 취득할 목적으로 수령한 국고보조금은

「법인세법」제3조

제3항 제1호에서 규정하는 수익사업에서 발생하는 소득에 해당하지 아니한다(서면-2018-법인-1781, 2018.9.13., 서면-2016-법령해석법인-6066, 2017.10.19., 사전-2014-법령해석법인-21703, 2015.2.27.).”라고 일관되게 해석하여 의료법인이 정부로부터 대가관계 없이 무상으로 지급받은 보조금을 비수익사업으로 보고 있는바, 쟁점정부보조금은 비수익사업에서 발생하는 소득으로서 법인세 과세대상이 아니다.

(바) 한편 처분청은 청구법인이

「법인세법」제113조

및 같은 법 시행규칙 제76조에 따라 청구법인이 수익사업과 비수익사업을 구분기장하지 아니하였다는 사유로 청구법인의 경정청구를 거부하였는데,

「법인세법」제113조

제1항은 “비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제156조 제1항은 “법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제76조는 구분경리하는 방법에 관하여 규정하고 있는바, 처분청이 경정청구 거부처분의 근거로 제시한

「법인세법」제113조

는 “구분하여 기록하여야 한다.”라고만 규정하고 있을 뿐이고, 경정청구를 규정하고 있는「국세기본법」등 관련 법률 어디에도 “구분기장하지 아니한 경우에 경정청구를 제한한다.”라는 내용을 별도로 규정하고 있지 아니하다.

예를 들면,「법인세법」에서 구분기장하지 아니한 경우 비수익사업에 속하는 것을 수익사업에 속하는 것으로 본다거나, 비영리법인을 비영리법인으로 보지 아니한다거나, 가산세를 부과한다는 등 아무런 불이익한 제한규정을 두고 있지 아니하고, 특히 경정청구를 규정하고 있는「국세기본법」에서 구분기장 여부에 따라 경정청구를 제한한다는 규정을 두고 있지 아니함에도 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

앞서 살펴본 바와 같이 경정청구제도는 과세관청의 경정권한에 대응하여 납세의무자가 스스로 자신이 한 신고행위의 잘못을 수정할 수 있는 사전권리구제방법 중 하나이고, 납세의무자의 권리로서 청구법인은 당초 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하여「국세기본법」에 따라 경정청구를 하였으나, 처분청은 달리 경정청구를 제한하는 규정이 없음에도 이를 거부하였다.

「법인세법」제113조

가 비영리법인의 구분기장의무를 규정한 이유는 납세자 스스로 과세대상인 수익사업과 그 외 사업을 구분·관리함으로써 법인세 신고와 추후 과세관청이 경정 등을 하는 경우 과세대상의 구분을 용이하게 하기 위한 편의상의 목적일 뿐인데, 이를 근거로 경정청구를 거부하는 것은 처분청의 자의적 처분으로서 위법·부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 당초 신고 시 고유목적사업준비금 한도액 대비 과소적립한 금액을 신고조정의 방법으로 손금산입하여 경정청구가 가능한지 여부에 대하여 살펴보면,

(가) 청구법인은「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따라 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인으로서

「법인세법」제29조

제2항에 따라 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고, 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에 그 금액을 손금으로 계상한 것으로 보는 것이며,고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액에 대하여 익금산입하여야 하는 것이다.

따라서 이익처분에 의한 준비금적립을 하지 아니하고, 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 손금으로 계상하지 아니하였거나 과소계상한 경우에는 경정청구 등에 의하여 손금에 산입할 수 없는 것이다.

(나) 청구법인은 이익처분에 의한 고유목적사업준비금을 적립하지 못한 절차상 하자를 이유로 경정청구를 거분한 처분은 부당하다고 주장하나,

「법인세법」제29조

제2항은 “회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.”라고 규정하고 있고, 법인세법 집행기준 61-98-1(준비금의 손금계상)은 준비금의 손금산입방법의 특례사항으로 이익처분에 의한 신고조정을 허용하면서 그 요건으로 “손금산입한 준비금 상당액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 해당 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우”를 명시하고 있으며, 법인세법 집행기준 61-98-2(적립금의 과소적립 및 과다처분 시 처리)는 “준비금을 손금산입한 사업연도의 이익처분에 있어 해당 준비금에 상당하는 적립금을 적립하지 않거나 일부만을 적립하는 경우에는 미달하게 적립한 적립금에 상당하는 준비금을 손금불산입한다. 다만, 해당 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족한 경우에는 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가 적립하여야 한다.”라고 규정하고 있다.

또한 대법원은 “어느 법인이 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 손금으로 계상한 준비금 상당액 전액을 적립금으로 적립할 수 없는 때에는 당해 사업연도의 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 이 경우 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가로 적립할 것을 조건으로 손금산입을 허용하되, 만일 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하였음에도 이를 적립하지 않는 때에는 그 한도 내에서 손금산입을 부인하는 것으로 해석함이 상당하다.”고 판시(대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결)하였다.

「법인세법」, 법인세법 집행기준 및 대법원 판례에서 일관되게 확인되는 바와 같이 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 신고조정에 의해 손금으로 인정받기 위해서는 해당 준비금 상당액을 이익처분에 의해 적립하여야 하는데, 청구법인은 이익처분에 의한 준비금 적립을 하지 아니하였는바, 손금으로 인정할 수 없다.

한편 청구법인이 제시한 대법원 판례(대법원 2009.7.9. 2007두1781 판결), 조세심판원 결정례(조심 2014서864, 2014.6.23., 조심 2013서1049, 2014.3.13., 국심 2004서3394, 2005.3.15. 및 국심 2003구3402, 2004.3.23.) 역시 “이익처분에 의한 적립을 전제”로 한 사례들일 뿐만 아니라, 해당 사례들은 영리법인에 대한「조세특례제한법」상 준비금에 관한 내용으로서 당해 연도의 처분가능이익이 없어 불가능한 상황, 사외미유출을 전제로 이익잉여금 처분 전에 적립하고, 경정청구 또는 유권해석의 변경 등 부득이한 경우에 대해 제한적으로 인정한 사례들로서 이 사건과 부합하지 아니하는바, 비영리법인의 경우에는 고유목적사업준비금을 설정하여 손금계상을 인정하는 동시에 고유목적사업에의 사용을 더욱 엄격히 강제하고자 한 취지로서「조세특례제한법」이 아닌「법인세법」에서 해당 사항을 규정하고 있다.

(2) 비영리법인의 전체 수익사업소득에 대하여 특례대상지역 고유목적사업준비금 100% 설정이 가능한지 여부에 대하여 살펴보면,

(가) 청구법인은「조세특례제한법」상 주사무소와 분사무소 수익사업 모두에 특례규정을 적용해야 한다고 주장하나,서면-2017-법인-2097, 2019.8.1. 회신내용에 의하면, 비영리내국법인이 특례대상지역과 그 외 지역에 각각 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 경우에는 특례대상지역에 소재한 의료기관에서 발생하는 의료업 수익사업소득에 한해 전액 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는 것인바, 청구법인의 주사무소인 쟁점본점병원과 쟁점지점병원 이외의 다른 분사무소(OOO)는 특례대상지역이 아닌 OOO에 소재하고 있으므로 특례대상지역인 OOO에 소재한 쟁점지점병원의 수익사업소득에 대해서만 고유목적사업준비금 100% 설정이 가능하고, 청구주장은 법령을 확대해석한 것에 불과하다.

(나) 특례규정의 취지가 지방비영리의료법인에 대한 지원확대에 있고, 특례대상지역 기준이 수도권 과밀억제권역 및 광역시 제외, 인구 30만명 이하 시·군 및 대학병원 부재 등으로 구체적으로 규정되어 있는 이상 특례대상지역에서 발생한 수익사업소득에 한해 특례규정을 적용하여야 한다.

(다) 조세법률주의에 따라 과·면세요건 등을 정함에 있어서는 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 한다. 조세법률의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며(대법원 2004.5.27. 선고 2002두6781 판결 등), 특히 특례규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평 원칙에도 부합한다(대법원 2011.1.27. 선고 2010도1191 판결 등).

이와 같이 특례규정에 대한 법문언의 해석과 적용은 그 문언의 객관적인 의미에 따라 엄격하게 이루어져야 하는 것이고, 예외적으로 문언 상 의미가 불분명하거나 애매할 경우에 입법목적과 기타 제반사정을 고려한 보충적 해석과 합목적적 해석을 도모할 수 있는 것이다. 그러나 그러한 경우에도 그 해석의 근거는 사실에 바탕을 둔 객관적인 사정들을 기초로 이루어져야 할 것이고, 문언 상 달리 해석될 여지가 없이 그 의미가 일의적이며 명백한 경우에까지 합목적적 해석을 도구로 삼아 그 의미를 왜곡하거나 문언의 해석가능한 범위를 넘어 자의적으로 해석할 수 없음은 당연하다.

(3) 쟁점정부보조금을 수익사업과 비수익사업으로 구분경리하지 아니한 경우 법인세 과세대상에서 제외할 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면,

(가) 청구법인은 쟁점정부보조금이 과세대상 수익사업소득에 해당하지 아니므로 과세대상에서 제외하여야 한다고 주장하고 있다.

청구법인은「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사인에게 회계감사를 받는 법인으로서 2014∼2018사업연도에 감사인의 회계감사를 받았고, 해당 감사보고서 상 쟁점정부보조금에 대하여 청구법인의 건물신축과 의료기기 등 구입에 해당하는 금액은 기타자본금으로, 운영비 목적으로 사용된 금액은 의료 외 수익으로 처리하였으며, 쟁점정부보조금 수익을 지출하여 이미 손금으로 계상하였고, 의료기기 등을 취득하기 위하여 지출한 금액에 고유목적사업준비금을 사용하였는바, 의료발전준비금의 적립을 통하여 의료발전회계로 구분경리하고 있고, 의료기기 등의 감가상각비 상당액을 의료발전준비금으로 환입처리하여 이익잉여금에 계상하였다고 주장하나, 청구법인은 위 금액을 제외한 쟁점정부보조금을 일반운영비로 모두 지출하고 손금으로 계상하였으며, 이를 별도로 구분경리하지 아니하여 해당 고유목적사업준비금 지출내역을 확인할 수 없다.

청구법인은

「법인세법」제113조

제1항, 같은 법 시행령 제156조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제76조에 따라 수익사업과 수익사업이 아닌 기타사업의 손익을 구분경리하여야 함에도 쟁점정부보조금을 의료발전회계에 따라 구분경리하지 아니하고, 영업외 수익으로 계상·지출하여 이미 손금으로 계상하였는바, 쟁점정부보조금 수익만을 법인세 과세대상에서 제외하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(나)

「법인세법」제113조

가 “구분기장하지 아니한 경우 경정청구를 제한한다.”라고 규정하고 있지 아니하다는 청구주장에 대하여 살펴보면,

「법인세법」제113조

제1항은 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 강제규정으로 명시하고 있고, 같은 법 시행령 제56조 제10항은 의료법인은 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고 있는 만큼 구분경리는 법적 의무사항이고, 대법원도 구분경리하지 아니하였다면 경정청구 대상이 아니라고 판시(대법원 2018.11.8. 선고 2018두51409 판결)한바 있다.

따라서 청구법인이 쟁점정부보조금을 법인세법령에 따라 구분경리하지 아니하였으므로 쟁점정부보조금을 법인세 과세대상에서 제외하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

(4) 이와 같이 ①「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」에 따라 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하지 아니하였거나 이익처분에 의한 준비금을 적립하지 아니하고, 단순히 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 과소계상한 경우에는 경정청구 등에 의하여 손금산입할 수 없는 것이고, ② 특례대상지역에 소재한 쟁점지점병원의 수익사업소득에 한하여 고유목적사업준비금 100% 설정이 적용되는 것이며, ③ 청구법인은 쟁점정부보조금을「법인세법」113조에 따라 비수익사업회계와 구분경리해야 함에도 의료발전회계로 구분경리하지 아니하고 수익사업의 영업외 수익으로 계상한 후 일반비용으로 지출하였는바, 쟁점정부보조금만 과세제외하여 경정할 수 없는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 비영리내국법인인 청구법인의 고유목적사업준비금 과소계상액에 대한 경정청구(손금산입) 가능 여부

② 경정청구가 가능하다면 특례지역 이외 지역에 소재한 본점과 특례지역 내에 소재한 지점의 수익사업소득 합계액에 대하여 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있는지 여부

③ 수익사업과 비수익사업으로 구분경리하지 아니한 쟁점정부보조금이 과세대상 소득이 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 청구법인의 본·지점 현황은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 청구법인의 본·지점 현황

OOO

(2) 청구법인의 경정청구내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 청구법인의 경정청구내역

(단위 : 백만원)

OOO

(3) 처분청이 제출한 2014∼2018사업연도 청구법인의 고유목적사업준비금 명세서(갑)에 의하면, 청구법인은 위 ＜표1＞의 신고내역과 같이 고유목적사업준비금을 설정하고, 해당 고유목적사업준비금을 다음 사업연도의 손금으로 산입한 것으로 나타난다.

(4) 법인세법령에 따른 준비금의 손금산입방법은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 법인세법령 상 준비금의 손금산입방법

OOO

이와 관련한 법인세법 집행기준 61-98-2는 다음과 같다.

OOO

(5) 청구법인은 이 건 심판청구이유서에서 “고유목적사업준비금 상당액의 적립에 관한 실질은 적립금 상당액이 사외유출되지 않고, 계속 사내유보되어 있었으며, 주주총회를 거쳐 별도 적립요건을 충족하여 형식적 요건까지 완료하였다.”라고 기재하였으나, 우리 원의 조사과정에서 “청구법인은 비영리내국법인으로서 주주총회 또는 사원총회가 없고, 이사회 결의를 통하여 주요 의사결정을 하고 있는바, ‘이익잉여금처분 수정결의’는 이사회 결의 대상도 아니어서 신고조정만으로 고유목적사업준비금을 추가적립하였다.”라고 진술하였다.

한편 청구법인이 고유목적사업준비금 상당액을 사외유출하지 아니하고 미처분이익잉여금으로 사내유보하고 있었던 점에 대하여 청구법인과 처분청 간 이견은 없다.

(6) 국세청의 2011년 개정세법해설에 따른

「조세특례제한법」제74조

제4항 및 같은 법 시행령 제70조 제5항의 개정취지 및 개정내용은 다음과 같다.

OOO

(7) 청구법인이 쟁점정부보조금을 의료법인회계로 구분경리하지 아니하고, 수익사업의 영업외 수익으로 계상한 후 일반비용으로 지출하여 손금으로 계상한 점에 대하여 청구법인과 처분청 간 이견은 없다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 과소설정한 고유목적사업준비금을 신고조정의 방법으로 경정청구를 통하여 손금산입할 수 있다고 주장하나,

「법인세법」제29조

제1항은 “비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항을 적용할 때「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.”라고 규정하고 있으며, 특례규정은 “내국법인이「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 그 준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 보아 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있는바,「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따라 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 특례규정에 따라

「법인세법」제29조

의 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액 상당액이 해당 사업연도의 이익처분에 의해 고유목적사업준비금으로 적립되어 있는 경우에는 그 금액을 손금으로 계상한 것으로 보는 것이나, 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 손금으로 계상하지 아니하였거나 과소계상한 경우에는 그 이후 경정 등의 청구에 의하여 손금에 산입할 수 없는 것으로 보이는 점, 청구법인은 2014∼2018사업연도 법인세 신고 시 고유목적사업준비금 명세서(갑)에 고유목적사업준비금을 과소계상하여 처분청에 신고한 것으로 나타나는 점, 특례규정의 취지는 법인의 소득을 사외유출시키지 아니하고 고유목적사업에 사용하도록 하기 위한 것임을 고려할 때 준비금 상당액을 차후 사외유출하지 아니하고 이익잉여금으로 사내유보하고 있고, 주주총회에서 이익잉여금처분을 수정결의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 적립금을 추가 계상하였다면 고유목적사업준비금을 적립한 것으로 보아 손금산입하는 것이 입법취지에 부합하는 것이나, 청구법인은 처분청의 경정청구 거부처분 이후에 청구법인의 주주총회를 대신하는 이사회의 결의 없이 신고조정만으로 고유목적사업준비금을 추가로 적립하였는바, 청구법인의 경우는 특례규정의 입법취지에 부합하지 아니하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

쟁점①에서 청구주장을 받아들일 수 없는 이상 쟁점② 역시 마찬가지로 청구주장을 받아들일 수 없다.

다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점정부보조금이 비수익사업에 해당하여「법인세법」상 과세대상 소득이 아니라고 주장하나,

「법인세법」제113조

제1항은“비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제156조 제1항은 “법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제76조는 그 구분경리하는 방법에 대하여 규정하고 있다.

또한

「법인세법 시행령」제56조

제6항은 “법 제29조 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.”라고 규정하면서 제3호 가목에서 “의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액”을 규정하고 있고, 같은 조 제10항은 “제6항 제3호를 적용받으려는 의료법인은 손비로 계상한 고유목적사업준비금 상당액을 기획재정부령으로 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제29조의2 제4항은 “영 제56조 제10항에서 기획재정부령으로 정하는 의료발전회계란 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다.”라고 규정하고 있는바, 청구법인이 쟁점정부보조금을 의료발전회계로 구분경리하지 아니하고 영업외 수익으로 계상·지출하여 이미 손금으로 계상한 이상 이를 경정청구를 통하여 법인세 과세대상에서 제외할 수 없는 것으로 보인다.

따라서 처분청이 쟁점정부보조금을 법인세 과세대상수익에서 제외할 수 없는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 법인세법

제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “내국법인”이란 본점, 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인을 말한다.

2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

가.

「민법」제32조

에 따라 설립된 법인

제4조[과세소득의 범위] ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등

「통계법」제22조

에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

제29조[비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입] ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액

가.

「소득세법」제16조

제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

나.

「소득세법」제17조

제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만,

「상속세 및 증여세법」제16조

또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

제60조[과세표준 등의 신고] ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다)

제61조[준비금의 손금산입 특례] ① 내국법인이「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 그 준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 보아 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

② 제1항에 따른 준비금의 손금산입 및 그 금액의 처리에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제113조[구분경리] ①비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제56조[고유목적사업준비금의 손금산입] ⑥ 법 제29조 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 “의료법인”이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액

가. 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

나.「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액

다. 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액

⑩ 제6항 제3호를 적용받으려는 의료법인은 손비로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령으로 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다.

제156조[구분경리] ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제29조의2[의료기기 등의 범위] ④ 영 제56조 제10항에서 “기획재정부령으로 정하는 의료발전회계”란 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다.

제76조[비영리법인의 구분경리] ①비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

(4) 조세특례제한법

제74조[고유목적사업준비금의 손금산입특례] ④ 수도권 과밀억제권역 및 광역시를 제외하고 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역에

「의료법」제3조

제2항 제1호 또는 제3호의 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 비영리내국법인(제1항이 적용되는 비영리내국법인은 제외한다)에 대하여는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지

「법인세법」제29조

를 적용하는 경우 그 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

(5) 조세특례제한법 시행령

제70조[고유목적사업준비금의 손금산입] ⑤ 법 제74조 제4항에서 “대통령령으로 정하는 지역”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.

1. 인구수가 30만명 이하인 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한

특별법」제10조

제2항에 따라 제주특별자치도에 두는 행정시를 포함한다)·군 지역

2.「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 또는「사립학교법」에 따른 사립학교가 운영하는 병원이 소재하고 있지 아니한 지역

(6) 조세특례제한법 시행규칙

제29조의3[고유목적사업준비금의 손금산입 특례를 적용받는 비영리의료법인의 소재 지역의 범위] 영 제70조 제5항 각 호 외의 부분에서 “기획재정부령으로 정하는 지역”이란 별표 8의6에 따른 지역을 말한다.

※ 조세특례제한법 시행규칙 [별표 8의6]

(7) 민법

제32조[비영리법인의 설립과 허가] 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

(8) 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률

제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “감사인”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

가.

「공인회계사법」제23조

에 따른 회계법인(이하 “회계법인”이라 한다)

나.

「공인회계사법」제41조

에 따라 설립된 한국공인회계사회(이하 “한국공인회계사회”라 한다)에 총리령으로 정하는 바에 따라 등록을 한 감사반(이하 “감사반”이라 한다)

제4조[외부감사의 대상] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사는 재무제표를 작성하여 회사로부터 독립된 외부의 감사인(재무제표 및 연결재무제표의 감사인은 동일하여야 한다. 이하 같다)에 의한 회계감사를 받아야 한다.

1. 주권상장법인

2. 해당 사업연도 또는 다음 사업연도 중에 주권상장법인이 되려는 회사

3. 그 밖에 직전 사업연도 말의 자산, 부채, 종업원수 또는 매출액 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 회사. 다만, 해당 회사가 유한회사인 경우에는 본문의 요건 외에 사원 수, 유한회사로 조직변경 후 기간 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 유한회사에 한정한다.

(9) 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 시행령

제5조[외부감사의 대상] ① 법 제4조 제1항 제3호 본문에서 “직전 사업연도 말의 자산, 부채, 종업원 수 또는 매출액 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 회사”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사를 말한다.

1. 직전 사업연도 말의 자산총액이 500억원 이상인 회사

2. 직전 사업연도의 매출액(직전 사업연도가 12개월 미만인 경우에는 12개월로 환산하며, 1개월 미만은 1개월로 본다. 이하 같다)이 500억원 이상인 회사

3. 다음 각 목의 사항 중 2개 이상에 해당하는 회사

가. 직전 사업연도 말의 자산총액이 120억원 이상

나. 직전 사업연도 말의 부채총액이 70억원 이상

다. 직전 사업연도의 매출액이 100억원 이상

라. 직전 사업연도 말의 종업원(

「근로기준법」제2조

제1항 제1호에 따른 근로자를 말하며, 다음의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다. 이하 같다)이 100명 이상

1)

「소득세법 시행령」제20조

제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람

2)「파견근로자보호 등에 관한 법률」제2조 제5호에 따른 파견근로자