국심 2003구3402 (2004.03.23)

OOO세무서장이 2003. 9. 17 청구법인에게 한 2002. 1. 1.～2002. 12. 31 사업연도 법인세 200,947,440원의 부과처분은 소득금액을 계산함에 있어 중소기업투자준비금 530,466,026원과 연구 및 인력개발준비금 200,000,000원을 손금산입하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

1. 처분개요 처분청은 청구법인에 대한 법인세 서면분석결과 청구법인이 2002.1.1～2002.12.31사업연도 법인세 신고시 법원의 법정관리 인가결정으로 확정된 보증채무에 대한 비용(보증채무 이행손실) 1,972,576,056원을 이중으로 계상하였다 하여 2003.8.14 청구법인에게 법인세 수정신고를 안내한 바, 청구법인은 동 이중계상 금액을 비용에서 제외하는 것으로 2003.9.5 법인세를 수정신고를 하면서 중소기업투자준비금 530,466,026원과 연구및인력개발준비금 200,000,000원(최저한세 규정에 의한 감면배제액을 차감한 순 설정.적립액으로서 이하 “쟁점준비금 ”이라 한다)을 추가로 설정.적립하여 손금에 산입하였으나, 처분청은 당초 신고조정에 의하여 손금에 산입하지 않은 중소기업투자준비금 및 연구 및 인력개발준비금은 경정청구 등에 의하여 추가로 손금에 산입할 수 없다 하여 이를 부인하고 2003.9.17 청구법인에게 2002.1.1～2002.12.31사업연도 법인세 200,947,440원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.11.1 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 2002.1.1～2002.12.31사업연도 법인세 신고에 대한 오류가 있음을 알게되어 이에 대한 수정신고시 청구법인이 설정할 수 있는 범위내의 쟁점준비금을 추가로 설정하여 신고하였으며, 준비금은 신고조정사항으로서 법이 인정하는 범위내에서 경정청구나 수정신고시 이를 추가로 손금에 산입할 수 있음에도 처분청이 쟁점준비금을 손금부인하고 과세한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 청구법인은 보증채무 이행손실을 이중으로 계상하여 법인세를 과소신고한 사실이 처분청의 서면분석에 의하여 확인되자, 이를 기화로 쟁점준비금을 추가 손금산입한 것이므로 명백한 소득조절 행위에 해당되며, 쟁점준비금중 중소기업투자준비금의 경우 법인세 수정신고시 신고조정에 의하여 준비금을 추가로 손금산입하면서 최저한세를 적용하였으므로, 소득이 증가함에 따라 자연스럽게 당초에는 배제하였던 준비금이 추가로 손금에 산입되었다고 보기 어렵고, 당초신고시 당해 준비금이 적립금으로 적립하지 아니한 경우에는 경정 등의 청구에 의해 준비금을 추가로 손금에 산입할 수 없는 것이 원칙일 뿐 아니라, 청구법인과 같이 소득을 탈루한 사실이 과세관청에 의해 발견되어 과세소득을 조절하기 위하여 추가로 손금계상하는 경우까지 인정되는 것은 아니므로 쟁점준비금을 손금부인한 당초처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 당초 신고조정에 의하여 손금에 산입하지 않은 중소기업투자준비금과 연구 및 인력개발준비금을 추가로 적립하고 경정청구에 의하여 손금에 산입할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제4조 【중소기업투자준비금의 손금산입】 ① 대통령령이 정하는 중소기업(이하 “중소기업 ”이라 한다)을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 이 조에서 “사업용자산 등 ”이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용자산 등의 가액에 100분의 20을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2000. 12. 29 개정) ② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 투자준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다. 1. 당해 투자준비금을 손금에 산입한 과세연도의 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 당해 사업에 사용되는 사업용자산 등의 개체 또는 신규취득 등 자본적 지출에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. 2. 손금에 산입한 투자준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 투자준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 사업용자산 등의 신규취득 등 자본적 지출에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 도래하기 전에 이를 익금에 산입할 수 있다. 제9조 【연구 및 인력개발준비금의 손금산입】(2000. 12. 29 제목개정) ① 내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 연구 및 인력개발 등에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 연구 및 인력개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도의 수입금액에 다음 각호의 율을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2000. 12. 29 개정) 1. 대통령령이 정하는 부품·소재산업, 자본재산업 및 기술집약적인 산업에 있어서는 100분의 5 (2001. 12. 29 개정) 2. 제1호외의 산업에 있어서는 100분의 3 (1998. 12. 28 개정) ② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 연구 및 인력개발준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다. (2000. 12. 29 개정) 1. 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 연구 및 인력개발비 등 대통령령이 정하는 비용(중소기업이 아닌 자의 경우에는 제10조 제1항의 규정에 의한 세액공제를 적용받은 경우 당해 비용을 제외한다)에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. (2000. 12. 29 개정) 2. 손금에 산입한 준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구 및 인력개발 용도에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 도래하기 전에 이를 익금에 산입할 수 있다. (2000. 12. 29 단서신설) (2) 법인세법 제61조 【준비금의 손금계상 특례】 ① 내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. (2001. 12. 31 개정) ② 제1항의 규정에 의한 준비금의 손금계상 및 그 금액의 처리에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 국세기본법 제45조의 2 【경정등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (2000. 12. 29 개정) 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 다. 사실관계 및 판단 (1) 먼저, 이 건 사실관계를 살펴본다. (가) 청구법인이 쟁점준비금의 적립대상 중소기업에 해당하는 사실과 쟁점준비금이 설정대상사업에 해당되는 준비금인 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 달리 다툼이 없다. (나) 2003.3.31자 청구법인이 2002.1.1～2002.12.31사업연도 법인세 과세표준과 세액의 신고시 손금에 산입한 준비금은 중소기업투자준비금 495,000천원으로서 연구및인력개발준비금은 없었으나, 2003.8.14 처분청이 청구법인의 당초 신고내용중 보증채무 이행손실 1,972,576천원이 이중계상된 사실을 적출하여 수정신고를 안내하자, 2003.9.5 청구법인은 이중계상된 보증채무 이행손실을 손금불산입하여 처분청에 수정신고하면서, 중소기업투자준비금 915,000천원과 연구및인력개발준비금 1,870,000천원을 추가로 신고조정에 의하여 손금에 산입하고, 최저한세 적용에 따라 배제되는 중소기업투자준비금 384,533,974원, 연구및인력개발준비금 1,670,000천원을 손금부인(익금산입)하여, 법인세 274,843,140원을 수정신고 납부한 사실이 이 건 심리자료에 의하여 다음과 같이 확인된다. OOO 주) 투자준비금은 중소기업투자준비금이며 개발준비금은 연구 및 인력개발준비금(개정전의 기술개발준비금)임 (다) 청구법인의 임시주주총회의사록에 의하면, 청구법인은 2003.8.10 오전10시 임시주주총회를 개최하고 2002.1.1～2002.12.31사업연도 이익잉여금 재처분의 건을 의결한 바, 미처분이익잉여금 10억원중 7억원은 중소기업투자준비금으로, 3억원은 연구및인력개발준비금으로 처분의결한 사실이 확인되고, 2003.8.11자 청구법인의 회계전표에 의하면 미처분이익잉여금중 7억원이 중소기업투자준비금으로, 3억원이 연구및인력개발준비금으로 재처분된 사실이 확인된다. (라) 2003.9.17 처분청은 위 추가손금설정된 730,466,026원을 손금부인하고 청구법인에게 2002.1.1～2002.12.31사업연도 법인세 200,947,440원을 결정고지한 사실이 확인된다. (2) 쟁점준비금 상당액을 당초 이익잉여금 처분시 적립하지 아니하고 세무조정에 의하여 손금산입하여 법인세를 신고하였다가 경정청구 기한내에 쟁점준비금 상당액을 적립하여 신고한 경우 쟁점준비금을 손금산입할 수 있는지에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점준비금은 중소기업의 사업용자산의 개체 또는 신규취득 등에 소요되는 자금에 충당(이상 중소기업투자준비금)하거나, 연구 및 인력개발에 소요되는 비용에 충당(이상 연구 및 인력개발준비금)하기 위하여 일정금액을 손금으로 계상하고, 그에 따른 적립금을 적립하였다가 일정기간(3년)이 지난후 3년간에 걸쳐 균등하게 익금에 산입하도록 한 것으로서, 법인세법 제61조 제1항 규정에 의하면, 쟁점준비금 상당액이 이익처분시 적립금으로 적립된 경우에 한하여 손금으로 인정하는 것이나, 위 규정의 취지는 당해 준비금을 손금인정함으로써 이로 인한 당해 준비금 상당액의 법인소득을 사외유출시키지 않고 손실보전에 사용하도록 하기 위한 것인 점을 고려할 때, 과세처분 전까지 당해 준비금 상당액을 현실적으로 사외유출하지 아니하고 이익잉여금으로 사내유보하고 있고, 과세처분전에 스스로 이익잉여금처분을 수정결의하여 손실보전목적의 적립금을 추가계상하였다면 법의 취지 및 입법 목적에 부합되는 것으로 보아야 할 것이다(같은 뜻 : 국심2001중2754 ,2002.3.7). (나) 이 건의 경우, 쟁점준비금 상당액을 사전에 이익처분에 의하여 적립하지는 아니하였다 하더라도 쟁점준비금 상당액 이상의 이익잉여금이 사외유출되거나 타용도로 전환된 사실이 없고, 당초 최저한세의 적용에 따라 감면이 배제될 것으로 예상하여 2002년도 잉여금처분계산서에 쟁점준비금을 반영하지 못하고 신고하였다가, 그 후 과세표준 및 세액의 수정신고 사유가 발생하여 2003. 8. 10 임시주주총회를 개최하여 이익잉여금처분을 결의하고, 쟁점준비금 상당액을 적립하여 이익잉여금을 처분한 후에 경정청구기한내인 2003.9.5 처분청에 신고한 것으로 확인되는 바, 쟁점준비금을 설정하지 아니한 것이 법인의 자금을 외부로 유출시키거나 타용도로 사용하기 위한 고의성이 있다고 보기 어렵고, 쟁점준비금 제도의 취지가 중소기업이나 연구 및 인력개발을 지원하기 위하여 조세를 이연시켜주는 것으로서 조세의 일실우려가 있다고 보기도 어려우므로, 다음연도 이익잉여금처분전에 주주총회를 개최하여 쟁점준비금 상당액을 적립하는 것으로 하여 잉여금을 처분한 후 경정청구기한내에 당초신고내용을 수정하여 신고하였다면 적법하게 준비금을 적립한 것으로 보아 쟁점준비금을 당해연도의 소득금액계산상 손금으로 인정함이 타당한 것으로 판단된다(같은 뜻 : 국심2001중1764 , 2002.1.8 및 국심1999중2063 , 2000.8.12외 다수). 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.