서면-2018-법인-1781 (2018.09.13)

1. 사실관계

○ 질의법인은 백신분야의 기반시설로서 공공지원 기관 역할 수행 및 백신기술개발 등을 지원함으로써 백신사업의 글로벌 진출과 육성에 기여함을 목적으로 산업통상자원부의 출자로 설립되었으며

- 질의법인이 수행하는 '백신글로벌산업화 기반구축사업'은 백신산업의 기술 경쟁력을 확보하기 위한 핵심 연구 인프라인 종합센터를 구축·운영하기 위한 국가연구개발사업으로(산업통상자원부 공고 제2017-47호)

- 주된 내용은 산·학·연이 공동으로 활용할 수 있는 종합연구시설의 구축에 있으며, 전문인력의 양성, 연구성과의 실용화 등 업무도 수행

○ 한편, 질의법인은 2021년까지 기반시설의 구축완료를 목표로 업무수행 중이며

- 정부(산업통상자원부)와 지방자치단체로부터 출연금 및 보조금(미사용 잔액은 반납)을 수령하여 기반시설 구축을 위한 시설비와 운영비로 사용할 예정으로

- 질의법인이 보조금을 수령하여 수행하는 사업이 법인세법상 수익사업에 해당하므로 보조금 또한 법인세법상 수익사업 소득에 해당하는지 여부 및 관련 비용의 손금 여부에 대해 질의함

2. 질의내용

○ 비영리내국법인이 국가 등으로부터 시설투자 목적으로 보조금을 지급받아 당초 지급목적대로 시설 등을 취득하는 경우 해당 보조금 관련 세무처리 방법과

- 취득한 시설의 감가상각비, 인건비 등 관련 비용의 손금산입 가능 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다. <개정 2014.12.23>

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조에 따른 미환류소득

② (생략)

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2.「소득세법」제16조 제1항에 따른 이자소득

3.「소득세법」제17조 제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6.「소득세법」제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】

①「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)·조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업

2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

(이하 생략)

○ 법인세법 제23조【감가상각비의 손금불산입】

① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제ㆍ감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

(이하 생략)

○ 법인세법 제113조【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

②∼⑤ (생략)

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제156조【구분경리】

① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(이하생략)

○ 법인세법 시행규칙 제75조【구분경리의 범위】

①영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

(이하생략)

○ 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

(이하생략)

○ 법인세법 기본통칙 3-2…1【수익사업에서 생긴 소득의 범위】

① 법 제3조제3항의 수익사업에서 생긴 소득이라 함은 해당 사업에서 생긴 주된 수입금액 및 이와 직접 관련하여 생긴 부수수익의 합계액에서 해당 사업수익에 대응하는 손비를 공제한 소득을 말한다.

② 제1항에서 ¨부수수익¨이라 함은 수익사업과 관련하여 부수적으로 발생하는 수익으로서 예시하면 다음과 같다.

1. 부산물, 작업폐물 등의 매출액 및 역무제공에 의한 수입 등과 같이 기업회계관행상 영업수입금액에 포함하는 금액

2. 수익사업과 관련하여 발생하는 채무면제익, 외환차익, 매입할인, 원가차익 및 상각채권추심이익 등

3. 수익사업과 관련하여 지출한 손금 중 환입된 금액

4. 수익사업의 손금에 산입한 제준비금 및 충당금 등의 환입액

5. 수익사업용 자산의 멸실 또는 손괴로 인하여 발생한 보험차익

6. 수익사업에 속하는 수입금액의 회수지연으로 인하여 받은 연체이자 또는 연체료수입(수익사업과 관련된 계약의 위약, 해약으로 받는 위약금과 배상금 등을 포함한다)

○ 법인세법 기본통칙 3-2…3【 수익사업과 비수익사업의 구분 】

비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다.

1. 수익사업에 속하는 것

가.～하. (생략)

2. 비수익사업에 속하는 것

가. 징발보상금

나. 일시적인 저작권의 사용료로 받은 인세수입

다. 회원으로부터 받는 회비 또는 추천수수료(간행물 등의 대가가 포함된 경우에는 그 대가상당액을 제외한다)

라. 외국원조수입 또는 구호기금수입

마. 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액

4. 관련사례

○ 기준-2017-법령해석법인-6066, 2017.10.19.

귀 서면질의의 경우, 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 병원 건물 또는 의료기기 등을 취득할 목적으로 수령한 국고보조금은「법인세법」제3조 제3항 제1호에서 규정하는 “수익사업에서 생기는 소득”에 해당하지 아니하는 것이며,

해당 국고보조금을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우에는「법인세법 시행규칙」제76조 제3항에 따라 자본의 원입으로 처리하고, 해당 자금을 원천으로 하여 취득한 병원 건물 또는 의료기기 등 고정자산에 대한 감가상각비는「법인세법」제23조에 따라 손금에 산입하는 것임

○ 기준-2017-법령해석법인-0063, 2017.5.31.

OOOOOO공사가「무역보험법」제30조에 따른 무역보험기금을 관리하면서 수령한 정부출연금은「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업의 소득에 해당하지 않는 것임

○ 사전-2014-법령해석법인-21703, 2015.2.27.

비영리법인인 사단법인 □□□□협회가“제**회 ○○ △△△△대회”를 개최하면서 동 대회의 성공적인 개최를 위해 국가 등으로부터 용역제공 등에 대한 대가관계 없이 지원받은 국고보조금 및 지원금은「법인세법」제3조 제3항 및 같은 법 시행령 제2조 제1항에 따른 수익사업(이하“수익사업”이라 함)에 해당하지 아니하는 것이며, 행사참가자로부터 받은 학술행사 등록비, 전시부스 임대비・설치비, 광고 및 홍보용역 제공대가로 일반기업으로부터 받은 후원금 및 협찬금은 수익사업에 해당하는 것임

○ 법인세과-3082, 2008.10.24. (⇦법규과-4177, 2008.10.7.)

｢의료법｣ 제48조 규정에 의해 설립된 의료법인이 의료기기 등 ｢법인세법 시행규칙｣ 제29조의2 제1항 규정의 고정자산을 취득하기 위하여 타인으로부터 출연 받은 기부금은 수익사업의 과세소득에 포함되지 아니하는 것임

○ 법인, 법규과-4380, 2008.10.21.

기획재정부 법인세제과-635(2008.10.17)호를 참고하기 바람

◇ 기획재정부 법인세제과-635, 2008.10.17.

한국과학기술원이「과학기술기본법」에 따른 국가연구개발사업인 ‘나노종합센터구축사업’을 위하여 국가와 지방자치단체로부터 받는 출연금은「법인세법」제3조제2항에 따른 수익사업의 소득이 아니며, 정부출연연구기관 및 (주)△△△로부터 받는 출연금은 같은 법 시행령 제2조 제1항 제2호에 따른 수익사업의 소득에 해당함

○ 서면인터넷방문상담2팀-1076, 2004.5.24.

비영리법인이 고유목적사업과 관련하여, 국가 또는 지방자치단체로부터 용역제공 등에 대한 대가 관계없이 지원 받은 보조금의 수익사업 해당 여부에 대하여는 관련 질의회신인 법인46012-2890 (1996.10.18.)호를 참고하시기 바람

◇ 법인46012-2890, 1996.10.18.

기생충질환예방법에 의하여 설립한(사)○○협회가 고유목적사업과 관련하여 국가 및 지방자치단체로부터 무상으로 지원받은 보조금은 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 아니함

○ 법인, 법인46012-2909, 1998.10.8.

정부의 허가에 의해 설립된 비영리법인이 석유제품의 품질관리 등에 필요한 시험장비 등 고정자산을 취득하기 위해 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률의 규정에 의거 정부로부터 지급받는 보조금은「법인세법」제1조 제1항 단서규정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것이며,

이 경우 보조금으로 취득한 고정자산을「법인세법 시행규칙」제1조 제2항의 규정에 따라 수익사업에 전입ㆍ사용하고 그 자산가액을 자본의 원입으로 경리한 경우에는 당해 고정자산에 대하여 같은 법 시행령 제48조 제1항의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입하는 것임

○ 법인46012-2533, 1993.8.25.

【질의】민법 제32조 및 공익법인설립운영에관한법률 제4조에 의거 설립된 재단법인 ○○재단이 ○○연구소 부설 ○○센터로부터 방사성폐기물관련 홍보에 소요되는 사업비를 보조금으로 수령할 때

위 보조금이 가. 수익사업에 해당되는지 여부, 나. 부가가치세 해당여부, 다. 증여에 해당되는지 여부

【회신】1. 민법 제32조와 공익법인설립운영에관한법률 제4조에 의거 설립된 (재)○○재단이 ○○연구소 부설 ○○센터로부터 무상으로 지원받은 보조금은 법인세법 제1조 및 같은 법 시행령 제2조에 게기된 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득이 아니므로 법인세 과세대상에 해당되지 아니하는 것임 (이하 생략)

○법인22601-3845, 1988.12.27. (법인22601-2850, 1986.9.20.과 관련한 재무부 회신결과에 의한 회신)

비영리법인이 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률의 규정에 의한 보조금(국고보조금)을 지급받아 수익사업용 고정자산을 취득하는 경우 동 국고보조금이 비영리 내국법인의 수익사업 또는 수익에서 생긴 소득에 해당하는 경우에는 법인세법 제14조의4 및 동법 시행령 제23조의2의 규정이 적용되는 것임

○ 법인22601-2850, 1986.9.20.

【질의】당공사는 대한광업진흥공단법에 의하여 설립된 법인으로서 조세감면규제법 제8조의 규정에 의한 공공법인임. 당공사가 정부로부터 보조금을 교부받아 고정자산을 취득하였을 경우 동보조금의 과세 여부에 대한 양설과 동보조금으로 취득한 자산의 감가상각비처리에 대해 질의함.

1. 동 국고보조금의 수익사업 해당 여부

2. 동 국고보조금으로 취득한 고정자산에 대한 감가상각비 처리.

만일 동 국고보조금이 비과세소득이라면 수익사업에 사용되는 동자산에 대해「법인세법 시행령」제48조 제1항의 규정에 의해 산정된 감가상각비는 각 사업연도 소득금액 계산상 손금에 산입할 수 있는지 여부

【회신】질의 1의 경우 고정자산 취득을 위한 국고보조금은 비영리 내국법인의 수익사업 또는 수익에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것이며, 질의 2의 경우는 검토 후 회신코자 함

○ 법인1264.21-2046, 1984.6.20.

지방 시·도의료원이 공공진료수가 유지를 위하여 받는 국고보조금은 공공법인의 수익사업 또는 수익에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것임

○ 법인1264.21-976, 1984.3.17.

타인으로부터 증여받은 재산이 수익사업과 관련하여 발생한 경우에는 동 증여의 가액은 수익사업 부분의 과세소득에 포함되는 것이므로 법인세 과세대상에 해당하는 것임

○ 법령해석과-5, 2015.1.6.

「국립대학병원 설치법」에 따라 설립된 국립대학병원이 국가 또는 지방자치단체로부터 병원 건물 또는 의료기기 등을 취득할 목적으로 수령한 국고보조금은「법인세법」제3조 제3항 제1호에서 규정하는 “수익사업에서 생기는 소득”에 해당하지 아니하는 것이며,

해당 국고보조금을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우에는「법인세법 시행규칙」제76조 제3항에 따라 자본의 원입으로 처리하는 것으로, 해당 자금을 원천으로 하여 취득한 병원 건물 또는 의료기기 등 고정자산에 대하여는「법인세법」제23조에 따라 계산한 감가상각비를 손금에 산입하는 것임

○ 법규과-14, 2013.1.9.

의료업을 영위하는 비영리내국법인이「응급의료에 관한 법률」제17조에 따라 ‘응급의료기관 지원비’ 등의 명목으로 국가 등으로부터 지원받는 국고보조금은「법인세법」제3조 제3항 제1호에 따른 수익사업에서 발생된 소득에 해당하지 아니하는 것이며,

해당 국고보조금을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우에는「법인세법 시행규칙」제76조 제3항에 따라 자본의 원입으로 처리하는 것으로, 해당 자금을 원천으로 하여 지출한 인건비 및 취득한 의료기기 등의 고정자산에 대하여「법인세법」제23조에 따라 계상한 감가상각비는 해당 비영리내국법인의 수익사업에 대한 각 사업연도 소득금액을 계산함에 있어서 손금에 산입하는 것임

○ 서면인터넷방문상담2팀-472, 2006.3.7. (⇦법규과-815, 2006.3.3.)

의료업을 영위하는 비영리법인이「응급의료에 관한 법률」제27조의 규정에 의하여 설치된 ‘응급의료정보센터’를 보건복지부로부터 위탁받아 운영하면서 국가 등으로부터 같은 법 제15조의 규정에 따라 ‘정보센터 운영비’로 지급받는 보조금은 정보센터의 고유 업무에 속하는 자금으로서 법인세 과세 대상이 아니므로 당해 비영리법인의 수익 및 비수익사업 회계와는 별도로 구분 경리하여야 하는 것임

다만, 당해 비영리법인이 같은 법 제17조 및 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」의 규정에 의하여 ‘응급의료기관 지원비’ 등의 명목으로 국가 등으로부터 지원받는 국고보조금은 동 비영리법인의 회계에 속하는 자금으로서「법인세법 시행령」제2조의 규정에 의한 수익사업에서 발생된 소득에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 당해 국고보조금을 수익사업 회계로 전출·사용하고 자본의 원입으로 경리한 의료기기 등 고정자산에 대하여는「법인세법 시행령」제26조의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입할 수 있는 것임

○ 법인46012-4167, 1998.12.30.

법인이 “보조금의 예산 및 관리에 관한 법률”의 규정에 해당하지 아니하는 보조금을 다른 법인으로부터 수령하여 사업용고정자산을 취득한 경우 당해 보조금은 수령한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하는 것이고 법인이 수령한 보조금을 기업회계기준(국고보조금 등의 처리)에 의하여 취득자산에서 차감하는 형식으로 장부상 표시하고 당해 자산의 내용연수에 걸쳐 감가상각비와 상계처리한 경우 상계처리한 동 상각비는「법인세법 시행령」제48조(「법인세법」제23조)의 규정에 의하여 손금에 계상한 것으로 보아 같은 령 같은 조의 상각범위액내에서 손금에 산입함

○법인46012-1976, 1998.7.16. (같은 뜻 : 법인46012-2909, 1998.10.8.; 서이46012-10929, 2002.5.1.)

비영리법인이 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」의 규정에 의거 고정자산을 취득하기 위해 정부로부터 지급받는 보조금은「법인세법」 제1조(「법인세법 제3조) 제1항 단서규정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것이며 이 경우 비영리법인이 보조금으로 취득한 고정자산을「법인세법 시행규칙」제1조 제2항(규칙 제75조제3항)의 규정에 따라 수익사업에 전입하고 그 자산가액을 자본의 원입으로 경리한 경우에는 당해 고정자산에 대하여 같은 법 시행령 제48조 제1항(「법인세법 시행령」제26조)의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입함

정부의 허가를 받아 설립된 비영리내국법인이 국가연구개발사업인 백신글로벌 산업화 기반구축사업을 위해 국가 또는 지방자치단체로부터 무상으로 받는 국고보조금은「법인세법」제3조 제3항 제1호에서 규정하는‘수익사업에서 생기는 소득’에 해당하지 아니하는 것이며,
이 경우 국고보조금을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우에는「법인세법 시행규칙」제76조 제3항에 따라 자본의 원입으로 처리하는 것으로 해당 자금을 원천으로 하여 지출한 운영비(인건비 등) 및 취득한 기반시설 등의 고정자산에 대해「법인세법」제23조에 따라 계상한 감가상각비는 손금에 산입하는 것입니다.