조심 2020인8528 (2024.01.11)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010.1.1. 환경오염방지·환경개선·자원순환촉진 및 기후변화대응을 위한 온실가스 관련사업 등을 효율적으로 추진하기 위하여「한국환경공단법」에 따라 설립된 특수비영리법인(환경부 산하 구 OOO과 구 OOO가 통합되어 설립)으로서,

농경지 등에 방치된 폐비닐을 무상으로 수거한 후 지역별 사업소에서 선별하여 즉시 판매가 가능한 폐비닐은 가공 없이 직접 판매하고, 그 외의 폐비닐은 재활용처리시설에서 가공·처리하여 생산·판매하는 등의 사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 영위함에 있어, 쟁점사업을「법인세법」상 수익사업이 아닌 것으로 보아 쟁점사업에서 발생하는 수입과 비용을 각 사업연도 법인세 과세표준에 산입하지 않는 한편, 매년 정부로부터 ‘수입예산에서 지출예산을 차감한 수지차액(부족액)’을 보전 받고 있는데, 정부로부터 교부받은 출연금을 비용 지출 및 사업용 자산 취득에 사용한 후, 수익사업과 비수익사업에 배분하여 수익사업 해당분을 각 사업연도 법인세 과세표준에 포함하여 신고하였다.

나. 처분청은 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)의 청구법인의 전신인 OOO에 대한 2011.3.19.∼2011.4.29.(2004∼2009사업연도) 기간 동안의 세무조사(이하 “1차 세무조사”라 한다) 결과 및 청구법인에 대한 2014.12.4.∼2015.2.26.(2010∼2012사업연도) 기간 동안의 세무조사(이하 “2차 세무조사”라 한다) 결과에 따라 법인세를 경정·고지하였는데, 주요 조사내용은 다음과 같다.

(1) 1차 세무조사 결과, 청구법인이 정부 및 지방자치단체로부터 지급받은 업무대행사업비에서 발생한 이자소득(이하 “쟁점이자소득”이라 한다)의 실질적인 귀속자는 청구법인이 아닌 정부나 지방자치단체이므로 청구법인이 업무대행사업비와 관련하여 인식한 이자소득(익금) 및 이자소득에 대한 원천징수세액(기납부세액), 원천징수 후 남은 이자소득잔액을 반환(손금)한 것을 부인하였다.

(2) 또한 1차 세무조사에서 청구법인이 정부로부터 수령한 정부출연금을 지출 대상 사업들의 예상수입과 예상지출 차이액의 비율로 수익 및 비수익사업에 배분(이하 “예산상 수지차 배분방식”이라 한다)하였으나, 2차 세무조사 결과, 예산상 수지차 배분방식이 실제 수지차를 반영하지 못하므로 개별사업의 지출예산코드(명칭이 ‘정부출연금 종합’ 등)에 계상되어있는 금원을 실제로 사용한 정부출연금으로 보아 정부출연금을 배분(이하 “지출예산코드 배분방식”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 2019.3.29., 2020.3.31. 처분청에 업무대행사업비에 대한 2심 행정소송이 승소된 내용[업무대행사업비를 예치하여 발생한 이자소득(익금), 원천징수 이자소득세(기납부세액), 원천징수 후 남은 이자소득 잔액 반환(손금)을 포함]을 반영하고, 정부출연금을 결산시점에서 확인된 개별 수익·비수익사업의 실제 수지차액을 기준으로 배분(이하 “결산상 수지차액 배분방식”이라 한다)하며, 2013년 개정된

「법인세법 시행령」제2조

에 따라 적자가 발생하여 비수익사업으로 분류하였던 쟁점사업을 수익사업으로 변경하여 2013사업연도 법인세 OOO원(2022.11.28. 경정한 OOO원 제외)과 2014사업연도 법인세 OOO원(2022.11.28. 경정한 OOO원 제외)을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 2019.12.3., 2020.9.23. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.21. 이의신청(2013사업연도)을 거쳐 2020.9.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

【쟁점①】쟁점사업의 수익사업 해당여부

(1)「법인세법」상 수익사업이 수익이 발생하는 사업에서 수입이 발생하는 사업으로 개정되었다.

(가) 구

「법인세법」제3조

제3항은 “비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”)에서 생기는 소득으로 한다”라고 규정하면서, 제1호에서 “제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것”을 열거하고 있다.

또한 “대통령령으로 정하는 것”과 관련하여 구

「법인세법 시행령」제2조

제1항에서 ‘통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다’고 규정하였다.

(나) 그러나 2013.2.15. 대통령령 제24357호 개정에 따라「법인세법 시행령」은 제2조 제1항 본문을 ‘

「법인세법」제3조

제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다’고 개정하면서, 비영리내국법인의 수익사업 판단기준을 ‘수익’이 아닌 ‘수입’의 발생 여부로 변경하였다.

상기 개정과 관련하여 기획재정부는 ‘비영리법인의 ‘수익사업’을 ‘이익(profit)’이 발생하는 사업으로 오인하는 경우가 있어 이를 명확화 하기 위함’이라고 개정취지를 밝히고 있다.

(2) 쟁점사업은 ‘한국표준산업분류에 의한 사업 중 수입이 발생하는 사업’으로서「법인세법」상 수익사업에 해당한다.

(가) 쟁점사업의 경우 한국표준산업분류 상 폐기물처리업(매립, 소각, 중화, 파쇄, 고형화 등 여러 가지 수단에 의하여 유해성 또는 무해성 폐기물을 처리하는 산업활동)에 해당하는바, 수익사업의 요건 중 ‘한국표준산업분류에 의한 사업’ 요건을 충족하고 있다.

(나) 쟁점사업은 폐비닐을 수거하여 가공한 후 판매를 통하여 수입이 발생하는 사업에 해당하나, 청구법인은 구「법인세법 시행령」규정상 ‘수익이 발생하는 것’의 요건에 대하여 이익이 발생하는 것으로 이해하여 보수적으로 수익사업에서 제외하여 신고하였다.

(다)

「법인세법 시행령」제2조

제1항의 개정은 쟁점사업과 같이 ① 한국표준산업분류에 의한 사업에 해당하고, ② 수입이 발생하는 사업임에도 불구하고 이익이 발생하지 아니하는 이유로 수익사업으로 보지 아니한 경우를 수익사업에 보는 것으로 명확하게 하기 위한 개정으로 이해된다. 따라서「법인세법」상 수익사업의 요건을 충족하고 있는 쟁점사업의 수입과 비용은 청구법인의 법인세 과세표준에 산입되어야 한다.

【쟁점②】정부대행사업 이자수익의 고유목적사업준비금 설정가능 여부

(1) 쟁점이자소득의 실질적 귀속자는 청구법인이다.

(가) 청구법인은 정부업무대행사업을 수행하는 과정에서 ① 국가로부터 선지급받은 사업비를 청구법인 명의의 계좌에 예치하고, ② 사업수행과정에서 고유의 예산편성기준에 따라 해당 사업비를 청구법인의 책임하에 사용하며, ③ 사업종료 후 집행잔액이 있으면 발생이자와 함께 국가에 반환하는바, 정부업무대행사업비는 청구법인에 귀속되며 그 처분권한 및 책임 또한 청구법인에 있다.

(나) 쟁점이자소득의 귀속자가 누구인지에 대하여 대법원(대법원 2022.3.17. 선고 2017두69908 판결, 서울고등법원 2017.9.21. 선고 2017누40565 판결, 인천지방법원 2017.2.17. 선고 2013구합11318 판결, 같은 뜻임, 이하 “쟁점판결”이라 한다)에서 아래 ＜표1＞과 같은 사항을 들어 쟁점이자소득의 귀속자는 국가가 아닌 청구법인으로 보아야 한다고 판시하였다.

＜표1＞ 법원 판결 내용 중 일부

(다) 처분청은 쟁점판결에 따라 쟁점이자소득이 청구법인에게 귀속된 것으로 보아 청구법인의 소득금액 계산 시 쟁점이자소득을 청구법인의 익금에 산입하고, 반환한 금액을 손금에 산입하며, 쟁점이자소득에 대한 기납부세액은 납부세액에서 차감하여 환급(2013년도 이후 분에 대하여 직권환급 처리함)하였다.

(2) 청구법인에게 귀속되는 쟁점이자소득은「법인세법」상 고유목적사업준비금 한도계산 시 이자소득에 포함되어야 한다.

(가) 구

「법인세법」제29조

제1항에서는 ‘비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다고 규정하면서, 제1호에

「소득세법」제16조

제1항 각호에 이자소득의 금액과 제4호에 그 밖의 수익사업에서 생긴 소득의 50%를 곱하여 산출한 금액으로 열거하고 있다.

즉 고유목적사업준비금 한도규정에 의하면 비영리법인의 각 사업연도소득에 포함된 이자소득의 100%와 그 밖의 소득의 50% 등을 합한 금액의 범위에서 고유목적사업준비금으로 손금산입 할 수 있는 것이다.

여기서 이자소득이란

「소득세법」제16조

제1항 각 호에 따른 이자소득으로 비영업대금의 이익은 제외하도록 규정하고 있고,

「소득세법」제16조

제1항 제3호에서는 국내에서 받는 예금(적금·부금·예탁금 및 우편대체를 포함)의 이자가 열거되어 있다.

(나) 쟁점이자소득은 청구법인 명의의 계좌에서 발생하는 예금 등의 이자에 해당하고, 청구법인의 각 사업연도소득금액에 포함되어 있는바, 상기 규정에 따라 고유목적사업준비금 한도산정 시 100%로 고려되어야 하고, 문언상 이자소득이 아닌 것으로 볼 만한 사유를 찾을 수 없다.

또한 위탁사업비가 아닌 운영자금에서 발생한 이자소득은 이자소득으로 보아 100%를 적용함에도 위탁사업비에서 발생한 쟁점이자소득은 이자소득이 아닌 것으로 보는 것은 쟁점이자소득 역시 운영자금에서 발생한 이자소득과 동일한 청구법인 소유의 예금이자로 본 대법원 판결에 반하는 처분이다.

(3) 처분청은 청구법인의 본 건 사업비구조와 고유목적사업준비금 설정대상소득을 잘못 이해하고 있다.

(가) 쟁점이자소득은 아래 ＜표2＞의 협약서 내용과 같이 청구법인이 국가 등으로부터 받은 사업비수령액이다.

＜표2＞ 협약서 내용 일부

따라서 청구법인의 쟁점사업은 아래 ＜표3＞과 같이 “위탁수수료+사업비+이자소득(이자소득은 사업비로 보도록 약정)”을 지방자치단체로부터 받아서 사업비로 지출(사업비잔액 반환)하고 남은 위탁수수료가 결국 청구법인의 수익사업소득이 된다.

＜표3＞ 청구법인의 사업비 지출 구조 등

※ 사업비 예치이자는 사업비에 편입되어 사용되므로, 동 금원의 사용처가 위탁수수료, 사업비사용액, 반환액 중 하나로 특정되지 아니함

(나) 비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입과 관련된 과세체계는 아래 ＜표4＞와 같이 3가지 단계로 요약된다.

＜표4＞ 고유목적사업준비금의 손금산입과 관련된 과세체계

즉 쟁점사업과 관련한 익금과 손금을 차감한 후인 각 사업연도 소득금액을 기준으로 고유목적사업준비금을 설정하는 것인바, 이자소득을 직접 반환하여서 사업비로 사용될 수 없는 것이니 고유목적사업에 지출할 수 없는 소득에 해당한다는 주장은 사업비지출액을 이미 손금산입한 후의 금액에 대하여 설정하는 상기 체계에 대한 이해가 부족한 주장이다.

(4) 처분청이 제시한 고유목적사업에 지출할 수 없는 경우에는 고유목적사업준비금으로 설정할 수 없다는 판례(서울행정법원 2020.5.8. 선고 2019구합2152 판결, 대구고등법원 2019.4.12. 선고 2018누4657 판결)는 본 사건과 상이한 판례이다.

(가) 처분청 제시한 판례(서울행정법원 2020.5.8. 선고 2019구합2152 판결)에서 법원은 부동산처분금은 수익용 기본재산의 대체취득 용도로만 사용되어야 하고, 다른 용도에 사용하는 것은 교육부장관의 허가조건에 위반되는 것으로 허가자체가 취소될 수 있으며, 부동산 양도차익이 실제로 수익사업이 아닌 다른 용도(목적사업)로 사용하였음이 확인되지 않는다는 이유로 부동산 양도차익은 장차 고유목적사업에 지출될 가능성이 없는 금원으로 보았다.

1) 청구법인의 경우에는 이자소득을 사업비의 일부로 집행한 후 당해 사업에서 발생한 소득금액을 기준으로 고유목적사업준비금을 설정하고 동 금액을 고유목적사업에 사용되는 것이므로 대상자체가 상이하다. 또한 이렇게 당해 사업에서 발생한 소득금액(사업비 집행후의 소득금액)을 기준으로 설정한 고유목적사업준비금은 당연히 고유목적사업에 지출될 수 있는 것이다.

2) 청구법인은 이자소득 등을 사업비 등으로 집행한 후 소득금액에 대하여 고유목적사업준비금을 설정한 후 이를 고유목적사업에 지출하고 있고, 이는 고유목적사업준비금의 추가 손금액을 상회하는 금액이 이미 고유목적사업에 사용되고 있는 점으로 확인할 수 있다.

(나) 처분청이 제시한 판례(대구고등법원 2019.4.12. 선고 2018누4657 판결)는 융자사업에서 얻은 이자소득 등을 이 사건 기금에 편입시킨 후 융자사업(= 수익사업)을 수행하였다고 인정되는 사건으로, 자금의 성격을 법령과 정관이 정한 이 사건 기금으로 확정한 것이므로 융자사업과 같은 이 사건 기금의 용도에 한하여 지출하여야 하는 것이다.

이에 반해 청구법인의 경우에는 이자소득을 사업비의 일부로 집행한 후 당해 사업에서 발생한 소득금액을 기준으로 고유목적사업준비금을 설정하고, 동 금액을 고유목적사업에 사용되는 것인바, 이렇게 당해 사업에서 발생한 소득금액(사업비 집행후의 각 사업연도 소득금액은 위탁수수료임)을 기준으로 설정한 고유목적사업준비금은 당연히 고유목적사업에 지출될 수 있는 것이다.

(5) 처분청이 제시한 판례(대법원 2020.5.28. 선고 2018두32330 판결) 역시 본 사건과 상이하다.

(가) 해당 판례의 경우 공제회의 회원부담금에 대한 부가금이 수익사업 손금에 해당하는지 혹은 고유목적사업에 해당하는지 여부에 대한 쟁점이었던 건으로, 공제회는 이 사건에서 고유목적사업준비금 손금산입도 인정받으면서 수익사업 손금도 인정해 달라고 청구한 것이 아니라, 부가금 지급은 수익사업이므로 수익사업의 손금으로만 인정해 달라고 청구한 것이고, 고유목적사업준비금의 손금산입은 하지 않겠다는 취지의 경정청구 사건인바, 처분청은 이 사건의 쟁점을 잘못 이해하고 있다.

만약 해당 판례에서 직접 대응되는 손금으로 인정받았다고 하더라도 고유목적사업준비금의 한도계산 산정식인 “이자소득 및 배당소득×100% + 기타수익사업소득금액×50%”중 기타수익사업소득금액에 직접비용으로 손금산입된 부분이 차감되므로 동일한 금액이 중복으로 고유목적사업준비금으로 손금산입되지 아니하는바, 수익사업에 손금산입하면서 고유목적사업준비금을 설정해 달라는 내용으로 동 판례를 인용하는 것은 동 판례에 대해 처분청이 잘못 이해한 것이다.

(나) 고유목적사업준비금의 손금산입 한도규정을 적용함에 있어 이자소득은 100% 고유목적사업준비금 설정대상이면서, 이와 관련한 비용은 기타수입사업(50% 설정대상)의 비용으로 계상한 후 다시 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 것은 현행 한도규정상 당연한 것이다. 이러한 기술적인 산정방식으로 인하여 증가된 고유목적사업준비금 손금산입액을 동일한 금원이 이중으로 사용되었다고 할 수 없다.

청구법인은 이자소득 등을 사업비등으로 집행한 후 소득금액에 대하여 고유목적사업준비금을 설정한 후 이를 고유목적사업에 지출하고 있고, 본 사건으로 인한 고유목적사업준비금의 추가 손금액을 상회하는 금액이 이미 고유목적사업에 사용되고 있다.

(6) 청구법인의 경우 신고조정방법으로 손금산입 경정이 가능하다.

(가) 다수의 심판결정례에서 고유목적사업준비금을 신고조정으로 손금산입 시 이익처분 하도록 한 규정의 취지는 손금에 산입한 준비금 상당액이 추후 익금에 산입될 때까지 배당 등을 통하여 사외로 유출되는 것을 방지하고자 하는데 있으므로, 해당 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 배당 등을 통하여 사외로 유출될 여지가 없는 경우에는 경정청구를 통해 손금산입이 가능하다고 결정하고 있다(조심 2014서864, 2014.6.23., 조심 2013서1049, 2014.3.13. 등).

(나) 청구법인 역시 해당 사업연도 동안 처분가능이익이 존재하지 아니한바, 조세심판원의 결정에 따라 당초 신고와 무관하게 고유목적사업준비금의 한도증가분에 대해 신고조정방법으로 손금산입 할 수 있다.

【쟁점③】정부출연금의 수익·비수익사업 배분방식

(1) 정부출연금을 실제 수지차기준 배분방식으로 안분하여야 한다.

(가) 처분청은 정부출연금 수령 목적 및 성격을 전혀 고려하지 아니한 채 단순관리목적의 회계코드만을 근거로 과세하고 있으나, 해당 코드는 청구법인이 정부출연금 예산보고·관리를 위해 사용하는 것일 뿐 실제 정부출연금의 사용내역(현금흐름)과는 무관하다.

(나) 정부출연금은 손실이 발생되는 사업을 원활하게 수행하기 위해 국가로부터 받는 금액이므로 손실이 발생되고 있는 사업에 사용되는 것이 당연하고, 청구법인이 처리한 바와 같이 실제 수입에서 실제 비용을 차감하여 산정된 수지차가 음(-)인 사업 합계에서 그 사업의 비율에 따라 출연금을 배분하는 것이 실제 사용액에 부합하는 것이다.

나. 처분청 의견

【쟁점①】쟁점사업의 수익사업 해당여부

(1) 쟁점사업의 사업행태, 매출이익률 등을 미루어 볼 때 쟁점사업이 법인세가 과세되는 수익사업에 해당한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

(가)

「법인세법」제4조

제3항에서 비영리법인은 각 호의 사업 또는 수입에서 생기는 소득, 관련 각 사업연도의 소득에 대해 법인세가 과세되는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조에서 구체적인 항목을 열거하고 있는데, 이에 따라 비영리법인은 법인세법상 과세대상으로 열거된 소득에 한해 법인세 과세표준에 산입할 수 있다.

(나) 한편 판례에서는 ‘수익을 목적으로 사업이 영위된 것’인지에 관한 구체적인 판단요소로 (1)비영리법인의 해당 사업이 주무부서의 관리감독을 받고 있는지 여부, (2)비영리법인의 해당 사업에서 발생하는 수익이 관련 법령에서 정하는 절차를 거쳐 결정되는지 여부, (3)그 수익이 실비정산 방식으로 운영되는지 여부 등을 제시하고 있다(대법원 1996.6.14. 선고 95누14435 판결).

(다) 구「법인세법」(1998.12.28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제1조 제1항은 법인세의 납세의무자에 관하여 규정하면서, 그 단서에서 비영리법인은 그 법인의 정관 또는 목적사업에 불구하고 같은 항 각 호 소정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대해서만 납부할 의무가 있다고 규정하고 있으므로 비영리법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나, 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 할 것이다(대법원 2005.9.9. 선고 2003두1245 판결 참조).

(라) 최근 판례에서도 비영리법인이 영위하는 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이여야 할 것을 제시하고 있다(서울행정법원 2017.10.13. 선고 2017구합55763 판결 참조).

(마) 한편 2013.2.15.

「법인세법 시행령」제2조

의 개정으로 수익사업의 범위가 기존 “수익이 발생하는 것”에서 “수입이 발생하는 것으로 변경되었는데, 이에 대한 기획재정부의 2013년 개정세법 해설 상에는 비영리법인의 ‘수익 사업’을 ‘이익(Profit)’이 발생하는 사업으로 오인하는 경우가 있어 “수익”을 “수입”으로 변경하여 수익사업의 정의를 명확하게 하였고, 2013.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 그 적용 범위를 명시하고 있다.

(바) 즉 기획재정부 개정세법 해설에 수익사업의 정의를 명확한 한 것이라고 기술하고 있는바, 해당 개정세법의 취지가 수익사업의 수익성을 아예 부정한 것으로 보기는 어렵다(수익사업의 정의를 변경한 것으로 볼 수 없다).

(사) 또한 판례에서도「법인세법」에 수익사업으로 열거되어 있다 하더라도 사업 자체의 수익성이 있어야 수익사업으로 볼 수 있다고 견지하고 있는바, 단순히「법인세법 시행령」의 용어 개정에 따라 ‘수입’이 발생했다고 해서 즉시 수익사업으로 보기에는 무리가 있다.

(아) 쟁점사업의 내용은 다음과 같다.

1) 청구법인은 농경지 등에 방치된 폐비닐을 무상수거하거나 보상금을 지급한 후 일부 폐비닐은 가공과정 없이 상품으로 판매하고, 그 외 폐비닐은 중간가공시설 혹은 폐비닐 처리공장으로 보내어 재활용 후 판매하고 있다.

2) 청구법인의 2016사업연도 기준 쟁점사업의 매출액은 OOO원이고, 관련 총원가(매출원가+판관비+인건비)는 OOO원으로 매출이익률이 △257.5%인 반면, 쟁점사업을 제외한 수익사업의 평균 매출이익률은 3.2%로 일반 수익사업 대비 현저한 차이가 있는데, 쟁점사업은「폐기물관리법」14조(생활폐기물의 처리 등)와

「한국환경공단법」제17조

(사업) 등에 열거되어 있어 수익사업이 아닌 청구법인의 고유목적사업으로 보인다.

3) 또한 환경보전을 위해 사용가치가 크지 않은 폐비닐에 대해 보상금을 지급하면서 수거하고 있는 등의 사업 행태를 미루어 볼 때 쟁점사업에서 발생하는 수입은 고유목적사업수행 중 실비변상을 위한 수입으로 보이고, 청구법인의 쟁점사업은 수익성을 목적으로 운영되는 사업이라고 보기 어렵다.

【쟁점②】정부대행사업 이자수익의 고유목적사업준비금 설정가능 여부

(1) 고유목적사업준비금의 지출요건은 다음과 같다.

(가) 구

「법인세법」제29조

제1항에서는 ‘비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우, 다음의 각 소득금액(고유목적사업준비금 설정대상 소득)을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다’고 규정하고 있다.

(나) 즉 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금산입하기 위해서는 ① 고유목적사업에 지출하기 위해 ② 고유목적사업준비금을 손금 계상하여야 함을「법인세법」에서 요건으로 정의하고 있다.

(다) 또한, 고유목적사업준비금을 설정하기 위해서는 고유목적사업에 지출하여야 한다는 고유목적사업준비금의 지출 요건을 언급한 판례(서울고등법원 2020.12.17. 선고 2020누42349 판결 참조)도 있는 등 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 설정하기 위해서는 해당 소득금액은 고유목적사업에 지출되었거나 지출될 예정이어야 한다.

(2) 정부 등에 반환 조건이 있는 쟁점이자소득은 고유목적사업에 지출될 수 없다.

(가) 청구법인과 정부 등의 위탁계약에 의하면, 정부 및 지방자치단체로부터 대행사업비를 선지급받아 사업 이후 정산을 함에 있어 “잔여자금은 국고에 반납하여야 하며, 수령한 자금의 예치에 따라 발생한 수입이자는 국가 등에 반납하여야 한다”고 대행역무사업계약서 등에 명확히 명시되어 있다.

(나) 청구법인의 대행역무사업계약에 따라 위탁사업비에서 발생한 쟁점이자소득은 금융기관이 원천징수하여 세후이자를 청구법인에게 지급되고 청구공단은 다시 국가 등에 세후이자를 반납하게 된다.

(다) 쟁점이자소득은 아래 ＜표5＞와 같이 대행역무사업계약에 따라 사업이 완료된 후 국가 등에 반환되므로 청구법인의 고유목적사업에 지출할 수 없고, 법원의 판결(대법원 2022.3.17. 선고 2017두69908 판결)에 따라 쟁점이자소득을 청구법인의 귀속이라고 보더라도 청구법인이 고유목적사업에 지출 가능한 금원은 쟁점이자소득에서는 발생하지 않는다.

＜표5＞ 위탁사업비에서 발생한 쟁점이자소득의 실물흐름도

(라) 청구법인의 주장대로 고유목적사업에 지출할 수 없는 쟁점이자소득에 대해 단순히 쟁점이자소득의 귀속 주체라는 이유만으로 이자소득의 실질을 전혀 고려하지 않고 고유목적사업준비금을 설정하여 달라는 청구법인의 주장은 고유목적사업준비금의 취지를 고려하지 않은 주장이다.

(마) 오히려 청구법인의 주장을 인정하여 쟁점이자소득에 대해 고유목적사업준비금을 100% 설정하게 될 경우, 세후이자 반납액에 대해서는 손금이 계상됨과 동시에 예치이자 전액에 대해서는 또 다시 고유목적사업준비금으로써 손금이 계상되므로 이중으로 손금이 계상되는 불합리한 결과가 발생하게 된다.

(바) 청구법인의 주장과 같이 비영리내국법인의 수익사업 소득에 대한 실질을 고려하지 않고 고유목적사업준비금을 설정한다면 비영리내국법인의 수익사업 소득 과세체계 및 고유목적사업준비금 제도 취지가 유명무실화되는 결과만 발생할 뿐이다.

【쟁점③】정부출연금의 수익·비수익사업 배분방식

(1) 정부출연금을 지출예산코드 배분방식으로 안분하여야 한다.

(가) 청구법인은 정부에 정부출연금에 관한 예산을 요청할 때 인건비, 경상비 및 사업비 등 3개의 항목으로 구분하는데, 사업비의 경우 세부사업별로 수입·지출예산을 구분하나, 나머지 인건비 및 경상비의 경우 세부사업별 구분 없이 하나의 항목으로 예산 요청을 하고 있다. 그럼에도 청구법인은 정부출연금을 수익·비수익사업의 각 사업별로 교부받아 실제로 사용한 내역을 사업용계좌 등의 근거로 관리·기록하지 아니하여 회계상 또는 납세신고 상 정부출연금과 관련한 수익과 비용의 발생원천을 분류할 수 없었다.

(나) 정부출연금 수령액이 확정된 후에는 사업별 자산취득분 예산과 비용지출예산으로 편성하며 지출예산의 전용은 원칙적으로 금지되므로 실제 현금흐름을 추적할 수 없다 하더라도 해당 정부출연금은 지출예산코드대로 해당 사업에 사용된 것으로 봄이 타당하다. 이에 청구법인은 매년 교부받은 정부출연금 중 자산취득분 출연금에 대하여는 지출예산코드 상 사업구분에 따라 회계처리 및 세무신고를 하고 있다.

(다) 따라서 청구법인의 지출예산코드를 통해 정부출연금의 사용처를 알 수 있고, 이에 따라 비용처리도 하고 있기 때문에 그에 대응되는 수익도 같은 기준으로 배분하여 인식하는 것이 수익·비용대응의 원칙에도 부합하며 합리적이라 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점사업을 수익사업으로 보아 해당 수입과 비용을 청구법인의 법인세 과세표준에 산입할 수 있는지 여부

② 쟁점이자소득을 청구법인의 고유목적사업준비금으로 설정할 수 있는지 여부

③ 정부출연금은 예산상 수지차보전을 위해 지원받은 금액이므로 결산상 개별사업의 수지차액을 기준으로 사용된 것으로 보아 동 수지차액을 기준으로 수익·비수익사업을 안분함이 타당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법(2013.1.1. 법률 제11607호로 개정된 것)

제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2.

「소득세법」제16조

제1항에 따른 이자소득

제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다.

제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

1.

「소득세법」제16조

제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2) 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 것)

제16조(이자소득) ① 이자소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 국내에서 받는 예금(적금·부금·예탁금 및 우편대체를 포함한다. 이하 같다)의 이자

(3) 법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것)

제2조(수익사업의 범위) ①「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. (단서 및 각호 생략)

(4) 법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된 것)

제2조(수익사업의 범위) ①「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수입이 발생하는 것을 말한다. (단서 및 각호 생략)

제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(5) 법인세법 시행규칙

제76조(비영리법인의 구분경리) ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. (단서 생략)

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

(6) 한국환경공단법

제1조(목적) 이 법은 한국환경공단을 설립하여 환경오염방지·환경개선·자원순환촉진 및 기후위기대응을 위한 온실가스 감축사업 등 탄소중립 사회로의 이행을 효과적으로 추진함으로써 환경친화적 국가발전에 이바지함을 목적으로 한다.

제4조(정관) ① 공단의 정관에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.

1. 목적

② 공단이 정관을 변경하려면 환경부장관의 인가를 받아야 한다.

제17조(사업) ① 공단은 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 환경오염방지·환경개선 및 자원순환(

「자원순환기본법」제2조

제1호에 따른 자원순환을 말한다. 이하 같다) 촉진을 통한 자원생산성 향상 등을 위한 정책의 연구, 개발 및 지원

2. 재활용 가능자원 관련 물류시설, 폐기물에너지화시설, 폐기물재활용단지 및 연구시설 등 환경복합시설의 설치·운영

5. 폐기물의 발생 억제, 부산물·폐기물의 순환이용(재사용·재생이용·재활용 등을 말한다), 폐기물의 친환경적 처리를 위한 사업

11. 재활용산업의 육성지원, 재활용제품의 수요촉진, 제품의 자원순환성 평가 및 개발사업의 자원순환성 고려의 지원 등 자원순환 촉진을 위한 사업

제23조(자금의 조달 등) ① 공단의 운영과 사업에 필요한 자금은 다음 각 호의 방법으로 조달한다.

1. 정부 또는 정부 외의 자의 출연(出捐) 또는 보조

2. 제17조에 따른 사업으로 생긴 수익금

3. 제26조에 따른 차입금

4. 제27조에 따른 채권의 발행으로 조성되는 자금

5. 자산 운용 수익금

6. 그 밖의 수입금

② 제1항 제1호에 따른 정부의 출연금 지급과 관리 및 사용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(7) 한국환경공단법 시행령

제7조(출연금의 지급) ① 법 제23조 제1항에 따라 정부 또는 지방자치단체가 공단에 출연금을 지급하려는 경우에는 환경부장관 또는 지방자치단체의 장이 이를 예산에 계상(計上)하여 지급하여야 한다.

② 환경부장관 또는 지방자치단체의 장은 제1항에 따른 출연금예산이 확정되었을 때에는 이를 공단에 통지하여야 한다.

③ 공단은 출연금을 받으려면 지급신청서에 분기별 사업계획서 및 분기별 예산집행계획서를 첨부하여 환경부장관 또는 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다.

④ 환경부장관 또는 지방자치단체의 장은 제3항에 따른 지급신청서를 받으면 제출된 분기별 사업계획 및 예산집행계획의 타당성을 검토한 후 타당하다고 인정되면 그 계획에 따라 출연금을 지급하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 사건과 관련한 기본적인 사실관계는 다음과 같다.

(가) 쟁점판결과 관련한 내역은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 쟁점판결과 관련한 내역

(나) 처분청은 쟁점판결에 따라 2022.11.28. 정부위탁사업비에서 발생한 쟁점이자소득을 청구법인의 익금에 산입하고, 정부 등에 반환되는 세후이자 반납금액을 손금에 산입하며, 쟁점이자소득에 대한 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하여 아래 ＜표7＞과 같이 법인세 OOO원을 환급(고유목적사업준비금은 별도로 경정하지 않음)하였다.

＜표7＞ 처분청의 직권경정 내역

(단위 : 억원)

(2) 쟁점①과 관련한 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 쟁점사업 등과 관련하여 아래 ＜표8＞과 같이 정부로부터 정부출연금을 수령하여 기관운영비, 자산취득비 등에 사용하고 있다.

＜표8＞ 2010∼2012사업연도 정부출연금 수령 및 사용내역

(단위 : 백만원)

(나) 쟁점사업과 관련한 2013사업연도 수입·지출액과 2013∼2016사업연도의 손익은 아래 ＜표9＞·＜표10＞과 같고, 청구법인은 쟁점사업과 관련하여 매년 수입보다 지출이 많아 결손금액이 발생하고 있는 것으로 나타난다.

＜표9＞ 쟁점사업 관련 2013사업연도 수입·지출액

(단위 : 백만원)

＜표10＞ 쟁점사업 관련 2013∼2016사업연도의 손익

(단위 : 억원)

(다) 청구법인의 홈페이지에 게시되어 있는 쟁점사업의 소개내용과 흐름도는 아래 ＜표11＞·＜표12＞와 같다.

＜표11＞ 쟁점사업의 소개 내용

＜표12＞ 쟁점사업의 흐름도

(라)

「법인세법」제3조

및 같은 법 시행령 제2조와 관련하여 기획재정부의 ‘2012년 간추린 개정세법’ 내용은 아래 ＜표13＞과 같다.

＜표13＞ 기획재정부의 ‘2017년 간추린 개정세법’ 중 관련부분

(3) 쟁점②과 관련한 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인과 환경부가 체결한 OOO생태하천 복원사업 위수탁협약서의 내용 일부는 아래 ＜표14＞와 같다.

＜표14＞ 계약서 내용 일부

(나) 청구법인과 환경부가 체결한 OOO폐수종말처리장 고도처리시설 설치사업 위수탁 협약서의 내용 일부는 아래 ＜표15＞와 같다.

＜표15＞ 계약서 내용 일부

(다) 청구법인과 환경부가 체결한 OOO설치사업 위수탁협약서의 내용 일부는 아래 ＜표16＞과 같다.

＜표16＞ 계약서 내용 일부

(라) 청구법인과 환경부가 체결한 굴뚝원격감시체계 운영관리 대행역무사업 계약서의 내용 일부는 아래 ＜표17＞과 같다.

＜표17＞ 계약서 내용 일부

(4) 쟁점③과 관련한 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 유독물안전진단 등의 사업을 환경부로부터 위탁받아 지방자치단체 및 민간업체 등에 용역을 제공하는 정부위탁사업을 수행하면서 자체 수입(수수료 등)만으로는 손실이 발생하므로

「국가재정법」제12조

에 따라 정부출연금을 교부받아 위탁사업비, 기관 운영비 및 위탁사업용 자산취득비로 사용하고 있다.

(나) 청구법인은 매년 다음 해 지출예산 총액과 수입예산 총액을 산정하여 그 부족액을 정부의 예산에 반영해 줄 것을 요청하고 있으며, 위 예산을 요청함에 있어 사업비, 인건비, 경상비 등 3개의 항목으로 구분하고, 사업비는 세부사업별 수입·지출예산에 따른 수지차를 구분하여 청구하나, 인건비와 경상비는 세부사업별로 구분하지 아니하고 각각 인건비지출예산 또는 경상비지출예산이라는 하나의 항목에 전년도 예산액 대비 증액분을 반영하여 청구하고 있다.

(다) 청구법인은 정부출연금 수령액이 확정된 후에는 이를 자산취득분 예산과 비용지출분 예산으로 배분하여 지출예산에 편성하고 있고, 예산신청과 지출예산 편성시 정부출연금에 대해 ‘정부출연금 총합’의 관리코드(‘3101’ 또는 ‘3501’), 각 사업별 관리코드 및 세부지출항목의 관리코드(‘211’ 인건비 등)를 부여하고 있다.

(라) 청구법인은 분기별로 정부출연금을 교부받고 있으며, 이를 그 밖의 수입금액 등과 함께 공통계좌에 넣은 다음, 정부출연사업의 인건비, 경상비, 사업비로 지출하고 있고, 해당 비용 지출시 작성한 전표는 위 지출예산코드와 연결되어 있다.

(마) 청구법인은 자산취득분 출연금의 경우는 각 지출예산코드상 사업코드에 따라 수익·비수익사업의 각 사업별로 취득자산에 계상하는 형식으로 회계처리를 하고 법인세 납세신고를 하였고, 비용보전분 출연금의 경우는 수익인식에 있어서는 결산상 수지차액 배분방식으로 수익사업에 배분한 금액을 수익사업에 귀속된 수익으로 익금산입하면서도, 비용인식에 있어서는 지출예산코드에 따라 지출된 것으로 보아 그 중 수익사업에 귀속된 비용을 손금에 산입하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사업이 한국표준산업분류에 의한 사업 중 수입이 발생하는 사업으로서「법인세법」상 수익사업에 해당한다고 주장하나,

「법인세법」제3조

제3항은 비영리내국법인이 영위하는 사업의 경우에도 그 목적성에 따라 수익사업으로 해석할 수 있다는 규정으로, 실질적으로 해당 사업이 수익사업의 요건을 갖추려면 이익의 분배 여부, 수익목적의 사업인지 여부, 수익성을 갖고 있는지 여부 등에 따라 판단하여야 할 것인바, 청구법인은「한국환경공단법」에 따라 환경오염방지·환경개선·자원순환촉진 등 탄소중립 사회로의 이행을 효과적으로 추진하기 위하여 비영리법인으로 설립된 점, 쟁점사업은

「한국환경공단법」제17조

제1항에 열거된 고유목적사업으로 보이고, 같은 법 제4조에 따라 청구법인이 정관을 변경하려고 하여도 환경부장관의 인가를 받아야 하는 등 청구법인이 쟁점사업과 관련한 수입과 정부출연금 등은 목적사업에 사용하는 것이 강제된 것으로 보이는 점, 쟁점사업은 매년 적자가 발생하고 있고, 이를 정부출연금으로 충당하고 있는 것으로 보아 청구법인이 쟁점사업에서 독자적으로 이익 창출이 가능하다거나 쟁점사업의 목적이 수익창출에 있는 것으로 보기 어려우며, 단순히 수입금액이 발생한다는 사실만으로는 쟁점사업을 수익사업으로 보기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점사업을 비수익사업으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점이자소득은 고유목적사업준비금 한도계산 시 이자소득에 포함되어야 한다고 주장하나,

「법인세법」제29조

제1항에서 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정 한도액의 범위 안에서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 같은 조 제4항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하도록 규정하고 있는바, 이는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것인 점, 쟁점이자소득은 청구법인의 일반적인 운영자금에서 발생하는 이자소득과는 달리 청구법인과 환경부가 체결한 대행역무사업계약에 따라 정부 등에 반납하거나 지방자치단체와 체결한 위수탁계약에 따라 지방자치단체가 부담한 사업비의 일부로 보아야 하므로 쟁점이자소득을 청구법인의 고유목적사업에 지출할 수 없어 보이는 점, 고유목적사업준비금의 한도액을 재계산한다 하더라도 이 건 심리일 현재 경정청구와 관련한 사업연도로부터 5년이 경과하여 쟁점이자소득이 고유목적사업 등에 지출되었는지에 대한 확인이 필요할 것으로 보이나 이에 대한 증빙제출이 없는 점, 쟁점이자소득이

「법인세법」제29조

제1항 제1호의 이자소득에 해당한다고 하여 장차 고유목적사업에 지출하기 위한 목적이 아님에도 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입의 대상이 된다면 고유목적사업준비금의 취지에 반하게 되는 점, 처분청이 쟁점판결에 따라 이미 쟁점이자소득의 반환금액에 대해 손금으로 산입하여 청구법인의 과세소득에서 제외한 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 정부출연금이 사업구분 없이 법인의 전체 수지차 보전을 위해 받은 지원금이므로 손실이 발생한 사업에 사용된 것으로 보아 각 사업의 수지차의 비율에 따라 출연금을 수익·비수익 사업에 배분하는 것이 타당하다고 주장하나,

「법인세법」제113조

제1항 및 같은 법 시행규칙 제76조 제6항에 의하면 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하는 것이고, 수익사업과 비수익사업을 겸영하는 비영리법인의 경우 익금과 손금은 원칙적으로 위와 같은 구분경리를 통해 그 실지귀속에 따라 계산하여야 할 것인바, 청구법인은 정부출연금 수령액이 확정된 후에는 이를 각 사업별 자산취득분 예산과 비용지출분 예산으로 배분하여 지출예산에 편성하고 있고, 예산편성시 정부출연금에 대하여는 ‘정부출연금 총합’의 관리코드(‘3101’ 또는 ‘3501’), 지출대상 사업의 사업코드 및 세부지출항목의 코드(‘211’ 인건비 등)를 부여하고 있는 점, 청구법인은 예산집행시 작성된 각 지출전표상 지출예산코드대로 자산취득분 지출과 비용분 지출이 이루어진 것으로 회계처리 및 납세신고를 하였고, 청구법인이 정부출연금을 지출예산편성 내용 및 전표 기재 내용과 달리 배분하여 사용하였다는 청구주장을 뒷받침할 증빙은 제출하지 못하고 있으므로 청구법인이 정부출연금 지출 관련 회계처리 내용대로 정부출연금을 지급받아 사용한 것으로 보아 그 중 수익사업분을 익금에 산입함이 합리적인 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.