서울행정법원-2019-구합-2152 (2020.05.08)

사 건

2019구합2152 법인세경정거부처분취소

원고

학교법인 AAAA

피고

BBB세무서장

변 론 종 결

2020. 03. 20.

판 결 선 고

2020. 05. 08.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2018. 10. 2. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 법인세에 관한 경정거부처분을

취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 AA대학교를 중심으로 AA사이버대학교·AA고등학교·AA여자고등학교 등의 학교를 운영하는 학교법인이다.

나. 원고는 아래 [표1] 기재와 같이 교육부장관으로부터 원고가 당초 수익사업에제공하던 부동산들(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 대하여 처분금 용도를 ‘수익용 기본재산의 대체취득’으로 처분허가를 받은 다음, 이를 원고의 2018 사업연도(2017. 3. 1.부터 2018. 2.28.까지)에 모두 매도하였고, 그 결과 처분이익이 000원 발생하였다(= 이 사건 부동산 양도금액 원 - 이 사건 부동산 장부금액 원, 이하 ‘이 사건 부동산 양도차익’이라 한다). 이 사건 부동산에 대한 처분허가의 조건은 아래 [표2] 기재와 같다.

다. 원고는 2018 사업연도 법인세를 신고하면서, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항에 따라 000원(이하 ‘이 사건 준비금 설정금액’이라 한다)4)을 고유목적사업준비금으로 설정한 뒤, 원고의 위 사업연도 전체 수익사업 소득금액 중 같은 항 각호에 따른 고유목적사업준비금 한도액(이하 ‘이 사건 준비금한도액’이라 한다)을 아래 [표] 기재와 같이 계산하여 합계 000원이 된다는 전제에서, 이를 초과하는 000원을 손금불산입하는 방식으로 피고에게 법인세를 신고·납부하였다[기타수익사업소득의 한도율은 본래 50%이나(구 법인세법 제29조 제1항 제4호), 학교법인의 경우 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제74조 제1항에 따라 100%가 적용된다. 그 결과 학교법인의 경우 고유목적사업준비금 한도액은 한도율 제한이 없게 되어 기본적으로 해당 사업연도 전체 수익사업 소득금액5) 중 구 법인세법 제29조 제1항 각호에 따른 금액에 해당하면 전부 고유목적사업준비금 한도액이 되는 구조이다].

라. 이후 원고는 2018. 9. 3. ‘2018 사업연도 전체 수익사업 소득금액 합계액이 000원(이 사건 부동산 양도차익 포함)임에도 당초 원고가 기타수익사업소득 부분에서 이 사건 부동산 양도차익만큼을 줄여 이 사건 준비금 한도액을 계산하였고, 그 결과 한도액을 정확히 계산하면 결국 원고가 2018 사업연도 법인세 중 000원을 초과 납부한 것이 된다’는 이유로, 2018 사업연도 법인세에 대하여 일부 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였다. 구체적인 원고의 이 사건 준비금한도액 변경 내역은 아래 [표]와 같다.

마. 그러자 피고는 2018. 10. 2. ‘이 사건 부동산의 처분금 용도가 “수익용 기본재산의 대체취득”으로 제한된 상태여서 결국 이 사건 부동산 양도차익은 구 법인세법 제29조제1항 제4호에서 규정하는 기타수익사업소득에 해당할 수 없어 이 사건 준비금 한도액에서 제외되어야 한다’는 이유로, 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10, 14 내지 20호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

구 법인세법 제29조 제1항에 따르면, 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정 한도액 범위 안에서 이를 손금에 산입할 수 있는데, 원고와 같은 학교법인은 구 조세특례제한법 제74조 제1항에 따라 구 법인세법 제29조 제1항 제4호에 따른 한도율 제한을 받지 않게 되어 결국 수익사업에서 발생한 소득금액 전액이 고유목적사업준비금 법정 한도액으로 인정받게 된다. 그런데 이 사건 부동산의 양도에 따른 처분금의 용도가 ‘수익용 기본재산의 대체 취득’으로 제한되어 있다고 하더라도, 기본적으로 이 사건 부동산 양도차익은 구 법인세법 제3조에 따른 수익사업에서 발생한 소득에 해당하므로, 이를 이 사건 준비금 한도액에서 제외할 법적인 근거가 전혀 없다.

그럼에도 불구하고 피고는 아무런 법적 근거도 없이 이 사건 준비금 한도액에서 이 사건 부동산 양도차익은 제외되어야 한다는 잘못된 전제에서 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 거부처분을 하였다.

따라서 조세법률주의를 위반하여 이루어진 피고의 이 사건 거부처분은 위법하여취소되어야 한다.

나. 판단

1) 관련 규정 및 법리

구 법인세법 제3조 제3항 제5호에 의하면, 비영리내국법인이 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 처분하여 생기는 수입(수익사업)은 법인세 과세대상이다. 그러나 비영리법인이 수익사업을 영위하는 것은 수익사업에서 소득을 얻어 비영리사업에 사용하기 위한 것인데 과세소득에 한하여 비영리사업에 사용될 수 있도록 한다면 교육, 사회복지, 의료 등 각종 고유목적사업을 지원할 책임이 있는 국가가 공익사업에 사용될 재원 중 일부를 법인세 형태로 취하여 오히려 고유목적사업 수행을 방해하는 결과를 초래하게 된다.이러한 상황을 방지하기 위하여 구 법인세법 제29조 제1항은, 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여(이하 편의상 아래에서는 이를 ‘고유목적사업에 지출 요건’이라 표현한다) ① 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 ② 일정 한도액의 범위 안에서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있다. 그리고 같은 조 제4항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하도록 규정하고 있다.

위와 같은 규정들은 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다. 따라서 비영리내국법인이 5년의 유예기간 중에 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 다른 용도에 사용하여 더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러남으로써 앞서 본 바와 같은 과세혜택을 부여할 전제가 상실된 경우라면, 5년의 유예기간에도 불구하고 사용금액 상당을 그 사유가 발생한 사업연도의 익금에 곧바로 산입할 수 있다고 봄이 상당하다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249판결 참조).

그런데 구 법인세법 제29조 제1항 각호에서는 소득의 성격에 따라 고유목적사업 준비금의 손금 산입의 한도를 구분하면서, 제4호에서 ‘기타수익사업소득’의 한도 금액을 ‘제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(일정 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액’이라고 규정하고 있고, 같은 조 제8항에서는 ‘고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’는 규정을 마련하고 있다.

이에 따라 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제56조 제3항은 위 제1항 제4호의 ‘수익사업에서 발생한 소득’이란 ‘해당 사업연도 수익사업에서 발생한 소득금액에서 구 법인세법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액(‘이자소득과 배당소득 등’) 및 구 법인세법 제13조 제1호에따른 결손금과 법정기부금을 뺀 금액을 말한다’고 규정하고 있다. 그리고 같은 조 제5항에서는 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 것과 관련하여 ‘고유목적사업’의 범위를 ‘당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업’이라고 규정하고 있다.

한편, 구 조세특례제한법 제74조 제1항은 고유목적사업준비금의 손금산입특례로서 ‘사립학교법에 따른 학교법인의 경우 구 법인세법 제29조 제1항 제4호에도 불구하고 해당의 수익사업에서 발생한 소득은 전부 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할수 있다’는 규정을 마련하고 있다.

2) 쟁점의 정리

위와 같은 관련 규정 내용 및 법리에 비추어 보면, 원고와 같은 학교법인의 경우 스스로가 장차 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 설정한 경우해당 설정액 범위 내에서 구 법인세법 제29조 제1항 각호 금액에 해당하는 학교법인의해당 사업연도 전체 수익사업 소득금액 전액은 손금으로 인정될 수 있다고 보인다(만일 설정액이 위 수익사업 소득금액보다 적다면 설정액만큼 손금으로 인정된다).

따라서 원고가 주장하는 이 사건 부동산 양도차익이 구 법인세법 제29조 제1항 제4호에서 규정하는 ‘기타수익사업소득’에 해당한다면, 당초 이 사건 준비금 한도액 계산이 잘못된 경우에 해당한다. 결국 이 사건 거부처분의 위법 여부는 이 사건 부동산 양도차익이 구 법인세법 제29조 제1항 제4호에서 규정하는 ‘기타수익사업소득’에 해당할 수 있는지 여부에 있다.

3) 구체적인 판단

가) 이 사건 부동산 양도차익이 장차 원고의 고유목적사업에 지출될 가능성이있는지 여부

먼저 이 사건 부동산 양도차익은 원고의 수익사업에서 발생한 소득, 즉 고정자산을 처분하여 생긴 수입에는 해당한다. 그러나 앞서 처분의 경위에서 살펴본 바와 같이 이 사건 부동산의 처분금은 장차 원고의 고유목적사업이 아닌 ‘수익용 기본재산의 대체취득’ 용도로만 사용되어야 하기에 결국 이 사건 부동산의 양도금액에서 장부금액을 제외한 이 사건 부동산 양도차익은 원고의 고유목적사업 용도로 애초에 지출될 수 있는 성질의 금원이 아니다. 이와 관련하여 원고는, 이 사건 부동산의 처분금을 수익용 기본재산의 대체취득 이외의 목적으로 사용하는 것이 가능하다고 주장한다. 그러나 이는 앞서 본 바와 같은 교육부장관의 허가조건에 위반되는 것으로, 이를 목적 외로 사용할 경우 허가 자체가 취소될 수 있을 뿐만 아니라, 이 사건 거부처분 당시까지 이 사건 부동산 양도차익을 원고가 다른 용도로 사용할 수 있게 되었다는 등의 사정은 전혀 확인되지 않는다.

즉, 이 사건 부동산 양도차익은 원고의 수익사업에서 발생한 소득에 해당하기는 하나, 장차 원고의 고유목적사업에 지출될 가능성은 전혀 없는 금원임이 분명하다.

나) 이 사건 부동산 양도차익이 구 법인세법 제29조 제1항 제4호에서 규정하는 ‘기타수익사업소득’에 해당하는지 여부

(1) 먼저 앞서 살펴본 고유목적사업준비금 관련 규정 내용 및 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 준비금 한도액에 포함될 수 있는 구 법인세법 제29조 제1항 제4호에 규정된 ‘기타수익사업소득’에 해당하기 위해서는 ① 해당 법인의 수익사업에서 발생한 소득에 해당할 뿐만 아니라, ② 해당 소득이 구 법인세법 제29조 제1항에서 규정하는 것처럼 해당 법인의 고유목적사업에 장차 지출하기로 예정된 금원에 해당하여야 한다고 봄이 타당하다.

(2) 이와 관련하여 원고는, 다소 그 취지가 모호한 측면이 있으나, 구 법인세법 제29조 제1항에서 규정하는 ‘고유목적사업에 지출 요건’은 단지 원고가 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 충족될 필요가 있는 요건에 해당할 뿐, 이 사건준비금 한도액을 정하는 단계에서 계산되는 ‘기타수익사업소득’은 해당 법인의 수익사업에서 발생한 소득에 해당하기만 하면 되고, 반드시 해당 소득이 장차 고유목적사업에 지출될 필요는 없다는 취지로도 주장한다.

그러나 앞서 살펴본 관련 규정들의 내용 및 체계 등에 비추어 보더라도, 원고의 주장처럼 ‘고유목적사업에 지출 요건’을 이 사건 준비금 한도액을 정하는 단계에서는 검토될 필요가 없는 요건에 해당한다고 볼 수는 없다. 오히려 구 법인세법 제29조 제1항의 문언 해석상 장차 고유목적사업에 지출하기 위한 목적이 아닌 금원은 애초에 고유목적사업준비금이 될 수 없을 뿐이다.

더욱이 이와 달리 본다면, 원칙적으로 구 법인세법 제3조 제3항에 따라 비영리내국법인의 수익사업 소득은 기본적으로 법인세 과세대상에 해당하여야 하는데, 해당 법인이 고유목적사업준비금을 설정하기만 하면, 위와 같은 과세대상 소득이 별다른 이유 없이 이 사건 준비금 한도액에 포함되게 되어 전부 손금 산입의 대상이 되는 문제가 발생하게 된다. 즉 ‘고유목적사업에 지출 요건’은 고유목적사업준비금과 관련하여 손금 산입 여부를 판단하는 가장 중요한 판단기준에 해당한다.

물론 원고와 같은 비영리법인은 장차 고유목적사업에 지출하기 위한 목적이라고 주장하면서 해당 사업연도 이익잉여금 중 일부를 고유목적사업준비금으로 설정 할 수는 있다. 그러나 이 경우 과세관청이 이 사건 준비금 한도액을 계산하는 과정에서 해당 금원이 장차 고유목적사업에 지출하기 위한 목적이 아니라면 이를 한도액에서 배제하여 결국 해당 부분을 손금불산입으로 처리하는 것이 일반적인 고유목적사업 준비금 손금 산입 여부를 판단하는 방식이라고 보인다. 즉, 이와 같은 측면에서 당초원고는 2018 사업연도 법인세 신고·납부 과정에서 이 사건 준비금 한도액을 정확하게계산한 것이다.

(3) 따라서 이와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 부동산 양도차익은 장차 원고의 고유목적사업에 지출될 가능성이 없는 금원이므로, 이 사건 준비금 한도액에 포함되는 ‘기타수익사업소득’으로 인정될 수는 없다.

4) 소결론

피고의 이 사건 거부처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.