조심2012서5313 (2014.05.21)

OOO세무서장이 2012.5.22. 청구법인에게 한 법인세 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원의 환급 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 경찰공무원의 생활안정과 복리증진 등을 위해 「경찰공제회법」에 따라 1921.6.15. 설립된 비영리내국법인으로서, 2008사업연도～2010사업연도 법인세 과세표준신고시 공제기금조성을 위한 수익사업을 영위하면서 지급받은 소득 중 프로젝트 OOO(Project

Financing) 투자로 발생한 이자소득금액 OOO원

(2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원, 2010사업연도 OOO원, 이하 “쟁점PF이자소득”이라 한다)이

「법인세법」제29조

제1항 제4호에서 규정한 “그 밖의 수익사업에서 발생한 소득”에 해당하는 것으로 보아 쟁점OOO이자소득의 50% 상당액만을 세무상 고유목적사업준비금 한도로 계상하고, 손금에 산입하여 신고하였다.

나. 청구법인은 2012.3.27. 당초 신고한 쟁점PF이자소득은

「법인세법」 제29조

제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제56조 제2항 제2호 에 따른 고유목적사업준비금 100% 손금산입대상임에도 50%만을 손금산입함으로써, 2008사업연도～2010사업연도 법인세 신고시 고유목적사업준비금 한도를 과소계상하여 각 사업연도 법인세를 과다하게 납부하였는바, 고유목적사업준비금 한도증가로 인한 추가 손금산입(2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원)에 따른 법인세 OOO원(2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

다. 이에 대하여 처분청은 2012.5.22. 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 손금으로 계상하지 아니하였거나, 과소계상한 경우에는 그 이후 경정 등의 청구에 의해 손금에 산입할 수 없다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

라.

청구법인은 이에 불복하여 2012.7.16. 이의신청을 거쳐 2012.11.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

과세관청에서도

「법인세법 시행령」제2조

제1항 제5호 나목에 따른 사업을 영위하는 자가 프로젝트 OOO에 투자하여 발생한 이자소득의 금액의 경우에는

「법인세법」제29조

제1항 제1호의 금액에 해당하는 것으로 해석(기획재정부 재법인-853, 2012.8.29. 국세청 법인세과-558, 2012.9.14.)하고 있는바, 청구법인은 법인세 과세표준신고시 고유목적사업준비금 100% 설정대상 소득금액인 쟁점PF이자소득을 50% 설정대상으로 잘못 인식하여, 고유목적사업준비금을 세법에서 정한 한도액보다 과소 계상함으로써 세액의 과다신고·납부가 이루어진 경우에 해당하므로, 청구법인이 경정청구 기한 내에 고유목적사업준비금을 추가 손금산입하여 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 함은 정당하다.

나. 처분청 의견

쟁점PF이자소득이

「법인세법」제29조

제1항 제1호의 고유목적사업준비금 100% 설정 대상인지에 대하여는 별론으로 하더라도, 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이

「법인세법」제61조

에 따라 같은 법 제29조의 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액 상당액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 보는 것이나, 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 손금으로 계상하지 아니하였거나 과소 계상한 경우에는 그 이후 경정 등의 청구에 의해 손금에 산입할 수 없는 것이므로(국세청 법인-494, 2009.4.24.), 청구법인의 법인세 환급 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

ⓛ 청구법인의 프로젝트파이낸싱(PF) 이자소득이

「법인세법」제29조

제1항 제1호에 의한 금

액으로, 전액을 고유목적사업준비금 한도로 하여 손금에 산입할 수 있는지 여부

② 청구법인이 당초 결산상 비용으로 계상하였던 금액을 결산조정한 것으로 보아 고유목적사업준비금 한도액을 시부인할 수 있는지 여부(2008·2010사업연도)

③ 외부감사를 받는 비영리내국법인이 한도액에 미달한 금액을 신고조정으로 손금산입하였다가, 추후 고유목적사업준비금 설정율의 차이로 한도액이 증가함에 따라 당초 과소 계상한 고유목적사업준비금을 경정청구를 통하여 손금산입할 수 있는지 여부(2009사업연도)

나. 관련법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 아래 <표1>과 같이 2008사업연도부터 2010사업연도까지 쟁점PF이자소득을 기타사업 소득금액으로 구분하여 소득금액의 50%까지만 고유목적사업준비금 한도를 설정하고, 손금산입하여 당초 법인세 과세표준 신고를 하였다.

<표1>

(단위: 원)

(주1) 쟁점PF이자소득을 기타소득금액으로 구분하여 소득금액의 50%까지만 고유목적사업준비금한도를 설정하였음

(2) 청구법인은 이 건 경정청구시 아래 <표2>와 같이 쟁점PF이자소득을 이자소득금액으로 구분하여 소득금액 전액에 대하여 고유목적사업준비금 한도를 설정하고, 추가 손금산입하여 경정청구를 하였다.

<표2>

(단위: 원)

(주1) 수입이자, 회원대여금이자, 쟁점PF이자의 합계액에서 미수수익 및 선수수익 관련 세무조정을 수행한 후의 소득금액

(주2) 집합투자기구로부터의 이익을 계산할 때에는 집합투자기구가 직접 취득한 증권시장 (KOSPI 또는 KOSDAQ)에 상장된 증권의 거래나 평가로 발생한 손익은 포함하지 아니하므로 해당 거래·평가손익을 제외한 후의 소득금액

(주3)

기타 소득금액에서 세무조정을 수행한 후 손금산입된 법정·특례기부금을 제외한 소득금액

(주4) 고유목적사업준비금 한도 = (이자소득 + 배당소득) + (기타소득)*50%

(3) 청구법인은 아래 <표3>과 같이 결산서상 지급준비금전입액(이하 “쟁점전입액”이라 한다)을 목적사업부문의 영업외비용으로 반영하고 있음에도 불구하고, 당초 법인세신고시 쟁점전입액 중 고유목적준비금한도액만큼만 신고조정으로 손금산입하였다.

<표3>

(단위: 원)

(4) 청구법인의 감사보고서의 이익잉여금처분계산서상 처분 후 기말 이익잉여금(결손금) 잔액은 아래 <표4>와 같이 나타난다.

<표4>

(단위: 원)

(5) 먼저 쟁점ⓛ에 대하여 살펴보면,

「법인세법」제29조

제1항에서 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 제1호부터 제4호까지의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다고 하면서, 제1호부터 제3호까지의 금액은 전액을, 제4호의 금액은 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액을 한도로 설정하고 있고, 제1호는

「소득세법」 제16조

제1항 제1호부터 제10호까지의 이자소득금액으로, 제4호는 그 외 수익사업에서 발생한 소득으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제56조 제2항 제2호에서 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)을 영위하면서 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액은 같은 법 제29조 제1항 제1호의 금액으로 본다고 규정하고 있는바, 청구법인은 「경찰공제회법」에 따라 설립되었고, 기금조성 및 급여사업을 영위하면서 자금을 프로젝트 파이낸싱에 투자하여 쟁점PF이자소득이 발생하였으므로, 쟁점PF이자소득은

「법인세법」제29조

제1항 제1호의 금액에 해당하여 전액을 고유목적사업준비금 한도로 하여 손금에 산입할 수 있는 것으로 판단된다.

(6) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 이상의 내용을 중심으로 요약하면 아래 <표5>와 같다.

<표5>

(단위: 억원)

OOO

(7) 살피건대, 청구법인의 고유목적사업준비금 원시장부 및 감사보고서 등에 따르면, 청구법인은 쟁점전입액을 지급준비금전입액(2008년 OOO원, 2010년 OOO원)으로 계상하였음에도 불구하고 준비금 한도 시부인 대상으로 구분하지 아니한 것은 법인세 신고 및 세무조정과정에서 발생한 단순한 오류로 보이므로, 올바른 세무조정이었다면 쟁점전입액이 세법상 고유목적사업준비금 한도액(2008년 OOO원)이 손금불산입되었을 것인바, 청구법인이 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받고, 2008사업연도 및 2010사업연도에 처분후 기말잉여금이 없는 상태(2008년 △OOO원, 2010년 △OOO원)에서 당초 고유목적사업준비금 설정률을 과소 계상하였다가 설정률 변경에 따라 한도액이 증가하는 경우 이는 청구법인이 신고조정을 통해 추가적으로 고유목적사업준비금을 설정하려는 것이 아니라, 청구법인이 이미 결산조정으로 반영한 사항을 한도초과액이 달라짐에 따라 이를

경정청구를 통하여 추가적으로 손금으로 인정받을 수 있다고 봄이 타당하다

할 것이어서, 처분청이 경정청구시 고유목적준비금한도 증가액(2008년 OOO원, 2010년 OOO원)을 고유목적사업준비금 한도초과액의 감소로 인정하지 아니하고 2008사업연도 및 2010사업연도 법인세에 대한 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못인 것으로 판단된다(조심 2013서1049, 2014.3.13., 같은 뜻임).

(8) 쟁점③에 대하여 살펴보면, 이상의 내용을 중심으로 요약하면 아래 <표6>과 같다.

<표6>

(단위: 억원)

OOO

(9) 살피건대,

「법인세법」 제61조

제1항이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하는 방법으로 손금에 산입하는 것을 허용한 취지가 이와 같은 준비금은 실제로 발생한 비용이 아니어서 기업회계상 이를 법인의 장부에 비용으로 계상할 수 없다는 점을 고려하여 특별히 신고조정의 방법에 의하여 그 준비금의 설정에 따른 손금산입이 허용되도록 하고 있고, 또한 같은 항에서 고유목적사업준비금의 손금산입요건으로 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금 상당액을 적립금으로 적립할 것을 요구하고 있는 취지가 손금에 산입한 준비금 상당액이 추후 익금에 산입될 때까지 배당 등을 통하여 사외로 유출되는 것을 방지하고자 하는 데에 있다 할 것이므로, 비록

「법인세법」 제61조

제1항이 손금으로 계상한 준비금 상당액을 ‘당해’ 사업연도의 이익처분에 있어서 적립금으로 적립하도록 규정하고 있더라도, 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 적립하여야 할 금액에 미달하게 적립한 때에는 그 미달액 상당액이 배당 등을 통하여 사외로 유출될 여지가 없다 할 것이므로, 어느 법인이 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 손금으로 계상한 준비금 상당액 전액을 적립금으로 적립할 수 없는 때에는 당해 사업연도의 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 이 경우 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가로 적립할 것을 조건으로 손금산입을 허용하되, 만일 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하였음에도 이를 적립하지 않는 때에는 그 한도 내에서 손금산입을 부인하는 것으로 해석함이 상당하다고 할 것(대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결, 같은 뜻임)이다.

이 건의 경우 청구법인의 2009사업연도 고유목적사업준비금 한도액이 4억원 증가하였고, 처분가능이익이 없어 이익처분에 의하여 OOO원에 상당하는 금액을 적립할 수 없는 상태이므로, 고유목적사업준비금을 경정청구를 통하여 신고조정의 방법에 따라 OOO원을 손금에 산입할 수 있다고 보는 것이 합리적이라고 할 것이어서, 청구법인이 2009사업연도의 소득금액 계산에 있어서 OOO원을 세무조정계산서에 손금으로 계상하지 아니하였거나 과소 계상한 경우 그 이후에는 경정청구에 의해 추가 손금산입이 어렵다는 이유로, 처분청이 청구법인의 2009사업연도에 대한 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2013서1049, 2014.3.13., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련법령

(1)

법인세법 제29조

【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1.

「소득세법」 제16조

제1항 제1호부터 제10호까지의 이자소득의 금액

2.

「소득세법」 제17조

제1항 제1호ㆍ제2호ㆍ제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. (단서 생략)

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

제61조【준비금의 손금계상 특례】① 내국법인이「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.

제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2)

법인세법 시행령 제2조

【수익사업의 범위】① 「법인세법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

5. 연금 및 공제업 중 다음 각목의 사업

가. 「국민연금법」에 의한 국민연금사업

나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)

제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조 제1항 제1호의 금액으로 본다.

1. 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득금액

2. 제2조 제1항 제5호 나목에 따른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

③ 법 제29조 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 및

「조세특례제한법」제73조

제1항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항 및

「조세특례제한법」제73조

제1항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다.

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다.

⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금중

「국세기본법」 제13조

의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제98조【준비금 등에 대한 손금계상의 특례】① 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금은 당해 준비금을 익금에 산입할 때 그 적립금을 처분하여야 한다. 이 경우 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에는 동항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 것으로 보지 아니한다.

(3)

소득세법 제16조

【이자소득】① 이자소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 국가나 지방자치단체가 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액

2. 내국법인이 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액

3. 국내에서 받는 예금(적금·부금·예탁금 및 우편대체를 포함한다. 이하 같다)의 이자

4. 「상호저축은행법」에 따른 신용계(信用契) 또는 신용부금으로 인한 이익

5. 외국법인의 국내지점 또는 국내영업소에서 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액

6. 외국법인이 발행한 채권 또는 증권의 이자와 할인액

7. 국외에서 받는 예금의 이자

8. 대통령령으로 정하는 채권 또는 증권의 환매조건부 매매차익

9. 대통령령으로 정하는 저축성보험의 보험차익

10. 대통령령으로 정하는 직장공제회 초과반환금

11. 비영업대금(非營業貸金)의 이익

12. 제1호부터 제11호까지의 소득과 유사한 소득으로서 금전 사용에 따른 대가로서의 성격이 있는 것

(4)

국세기본법 제18조

【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(5) 경찰공제회법

제1조【목적】이 법은 경찰공제회를 설립하여 경찰공무원에 대한 효율적인 공제제도를 확립·운영함으로써 이들의 생활안정과 복지 증진에 이바지함을 목적으로 한다.

제16조【사업】① 공제회는 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 회원에 대한 급여의 지급

2. 회원을 위한 복지후생시설의 설치·운영

3. 기금 조성을 위한 사업

4. 그 밖에 회원을 위한 복지·후생사업

② 공제회는 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 범위에서 수익사업을 할 수 있다.

제18조【예산 및 결산】① 공제회의 회계연도는 1월 1일부터 12월 31일까지로 한다.

② 공제회는 다음 회계연도의 총수입과 총지출을 예산으로 편성하여 다음 회계연도가 시작되기 1개월 전에 대의원회의 의결을 거쳐 경찰청장의 승인을 받아야 한다.

③ 공제회는 매 회계연도가 지난 후 3개월 이내에 결산보고서, 재산목록, 대차대조표 및 손익계산서를 작성하여 대의원회의 승인을 거쳐 경찰청장에게 보고하여야 한다

제19조【준비금의 적립】공제회는 정관으로 정하는 바에 따라 결산기마다 공제사업의 종류별로 장래에 지급할 급여에 충당하기 위하여 준비금을 계상(計上)하고, 이를 따로 적립하여 회계처리하여야 한다.

제20조【이익금의 처리】① 공제회는 회계연도 마다 결산상 순이익금이 있을 때에는 이를 적립하여야 한다.

② 제1항에 따른 적립금은 손실금을 보전(補塡)하는 경우와 제16조제1항의 사업을 시행하는 경우를 제외하고는 사용하지 못한다.