서울고등법원-2006-누-8015 (2010.01.14)

주 문

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 원고에 대하여 2002. 3. 25.에 한 1996 사업연도 귀속 법인세 695,643,192원의 부과처분 및 추가납부세액 76,909,608원의 부과처분 중 21,367,222원을 초과하는 부분, 2004. 1. 10.에 한 1998 사업년도 귀속 법인세 704,940,961원의 부과처분의 취소를 구하는 부분에 관한 이 사건 소를 모두 각하 한다.

나. 피고가 원고에 대하여 2004. 5. 1.에 한 1999 사업연도 귀속 법인세 2,875,875,515원의 부과처분 중 142,923,021원을 초과하는 부분, 2002. 3. 25.에 한 2000 사업연도 귀속 법인세 321,444,974원의 부과처분 중 239,869,299원을 초과하는 부분을 취소한다.

다. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 제1, 2심을 통틀어 이를 5분하여 그 2는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 원고에 대하여 2002. 3. 25.에 한 1996 사업 연도 귀속 법인세 695,643,192원 의 부과처분 및 추가납부세액 76,909,608원의 부과처분 중 21,367,222원을 초과하는 부분(당심에서 청구취지 변경), 2004. 1. 10.에 한 1998 사업연도 귀속 법인세 704,940,961원의 부과처분, 2004. 5. 1.에 한 1999 사업연도 귀속 법인세 2,875,875,515원의 부과처분, 2002. 3. 25.에 한 2000 사업연도 귀속 법인세 321,444,974원의 부과처분을 각 취소한다(원고는 당심에서, 피고가 2002. 3. 25.에 원고에 대하여 2000 사업연도 귀속 법인세 337.742.562원을 초과하여 징수 결정한 253.890.994원을 취소한다는 청구를 예비적으로 구하고 있으나, 이는 2002. 3. 25.자 부과처분이 피고의 2001. 8. 1.자 부과처분의 감액처분이라면 피고로서는 위 초과금액을 징수할 근거가 없음에도 이를 징수하여 위법하다는 취지인데, 2002. 3. 25.자 부과처분은 2001. 8. 1.자 부과처분과는 별도의 증액처분이고 또한 이를 전제로 판단을 하므로 이를 따로 판단할 필요가 없다).

2. 항소취지

가. 원고: 제1심 판결을 청구취지와 같이 변경한다.

나. 피고: 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소한다. 위 패소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 1996 내지 1998 사업연도 귀속 법인세 부과처분 취소 청구에 대한 판단

이미 동일한 사건에 관하여 전소가 제기되었다면 설령 그 전소가 소송요건을 흠결하여 부적법하다고 할지라도 후소의 변론종결시까지 취하ㆍ각하 등에 의하여 소송계속 이 소멸되지 아니하는 한 후소는 중복제소금지 원칙에 위배되므로 부적법하다(대법원 1998. 2. 27. 선 고 97다45532 판결 참조).

또한 국세기본법 제22조의2의 시행 이후에도 증액경정처분이 있는 경우, 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 된다고 보아야 하므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액 경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 이는 증액경정시에 당초 결정분과의 차액만을 추가로 고지한 경우에도 동일하다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결, 대법원 1999. 5. 28. 선고 97누16329 판결 등 참조).

그런데 원고는 1996 사업연도 귀속 법인세부과처분의 취소를 구하는 소를 ☆☆지방법원 99구612호로 제기하여, 위 사건은 항소심인 이 법원 2006누6972호를 거쳐 대법원 2007두21877호로 상고되었으며, 1997 및 1998 사업연도 귀속 법인세부과처분의 취소를 구하는 소를 ☆☆지방법원 2000구합700호로 제기하여, 위 사건은 항소심인 이 법원2006누6989호를 거쳐 대법원 2007두20249호로 상고되었다가 2008. 1. 17. 원, 피 고 쌍방의 상고가 기각된 사실 및 위 각 사건과 이 사건의 당사자가 동일한 사실, 위 각 사건에서 최종적으로 변경된 청구취지가 아래와 같은 사실은 이 법원에 현저하다.

○ 이 법원 2006누6972호 사건

주위적으로, 2004. 1. 10.자 1996 사업연도 귀속 법인세 931,992,513원의 부과처분 및 추가납부세액 76,909,608원의 부과처분 중 21,367,222원을 초과하는 부분의 각 취소

예비적으로, 2002. 3. 25.자 1996 사업연도 법인세 905,178,125원의 부과처분 중 695,643,192원 및 추가납부세액 76,909,608원의 부과처분 중 21,367,222원을 초과하는 부분의 각 취소

○ 이 법원 2006누6989호 사건

주위적으로, 2004. 1. 10.자 1997 사업연도 귀속 법인세 721,646,896원 및 1998사업연도 귀속 법인세 704,940,961원의 부과처분 각 취소

제1 예비적으로, 2003. 5. 10.자 1997 사업연도 귀속 법인세 498,131,508원의 부과처분 취소, 2004. 1. 10.자 1997 사업연도 귀속 법인세 223,515,388원의 부과처분 무 효 확인, 2002. 3. 24.자 1998 사업연도 귀속 법인세 425,284,978원의 부과처분 취소 제2 예비적으로, 2002. 3. 25.자 1997 사업연도 귀속 법인세 498,131,508원의 부과처분 무효확인, 2004 l. 10.자 1997 사업연도 귀속 법인세 223,515,388원의 부과처분 무효확인, 2003. 5. 10.자 1997 사업연도 귀속 법인세 7,993,092원의 부과처분 무효 확인

따라서 1996 내지 1998 사업연도 귀속 법인세 부과처분의 취소를 구하는 이 사건 소는 중복제소금지의 원칙에 위배되거나 증액경정처분에 따라 흡수되어 소멸한 당초 처분의 취소를 구하는 것에 불과하여 부적법하므로, 이 점을 다투는 피고의 본안전 항변을 받아들이기로 한다.

2. 1999, 2000 사업연도 귀속 법인세 부과처분 취소 청구에 대한 판단

1. 부과처분의 경위

가. 원고의 지위

원고는 토목ㆍ건축, 부동산 임대업 및 분양업, 주택사업 등을 목적으로 하여 설립된 법인이다.

나. 1999 사업연도 귀속 법인세 부과처분의 경위

○ 원고는 2000. 3. 30. 피고에게 1999 사업연도 귀속 법인세의 과세표준을 392,298,692원(= 결산서상 당기순이익 30,294,106원 + 익금산입 20,459,060,508원 - 손금 산입 20,097,055,922원)으로 신고하고, 같은 달 31.까지 자진예납세액, 원천납부세액을 포함하여 합계 110,983,633원을 납부하였다.

○ 피고는 2002. 3. 25. 학교법인 ll학원(이하 ‘ll학원’이라고 한다)의 학교건물 신축공사 등으로 인하여 발생한 합계 2,678,742,000원의 공사대금채권을 원고의 주주로서 법인세법상 특수관계자인 심aa에 대한 채권으로 보아 위 공사대금채권의 회수 지연에 따른 인정이자 411,092,893원, 같은 심bb에 대한 채권의 회수 지연에 따른 인정이자 9,295,858원, 같은 한국수전 주식회사(이하 ’한국수전’이라고 한다, 이하 회사 상호에서 주식회사는 생략한다)에 대한 공사대금채권 등 합계 1,138,804,797원의 채권의 회수 지연에 따른 인정이자 174,051,847원, 같은 ll유통에 대한 채권의 회수 지연에 따른 인정이자 6,887,766원, 같은 ccc소프트에 대한 채권의 회수지연에 따른 인정이자 4,585,119원을 익금에 산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 과세표준을 1,378,736,130원(= 결산서상 당기순이익 30,294,106원 + 익금산입 4,205,653,545원 - 손금산입 2,857,211,521원)으로 경정하고, 법인세 436,865,505원{= 총 결정세액 534,709,138원(= 산출세 액 374,046,116원 + 가산세 액 160,663,022원) + 감면등추가납부세액 13,140,000원 - 기한내납부세액 110,983,633원}을 추가 고지하는 증액경정처분을 하였다.

○ 피고는 2003. 8. 1. 익금 642,532,500원, 손금 127,320,000원을 추가 산입하는 등 소득금액을 조정함으로써 법인세 235,209,552원{= 총 결정세액 769,918,690원(= 산출세액 518,305,616원 + 가산세액 251,613,074원)+ 감면등추가납부세액 13,140,000원 - 기한내납부세액 110,983,633원-당초 고지세액 436,865,505원}을 추가 고지하는 증액경정 처분을 하였다.

○ 피고는 2003. 9. 18.에 2002. 3. 25.자 경정 당시 특수관계자인 심aa에 대한 채 권으로 보아 인정이자를 익금에 산입했던 위 공사대금채권이 ll학원에 대한 채권으로 보아야 한다는 국세심판원의 결정에 따라 위 채권의 회수 지연에 따른 인정이자 411,092,893원을 익금에서 제외함으로써 법인세 총 결정세액을 561,981,515원(= 산출

세액 403,199,606원+가산세액 158,781,909원)으로 감액하는 감액경정처분을 하였다.

○ 피고는 2004. 1. 10. 국세심판원의 위 결정 취지에 따라 특수관계자인 ll학원에 대한 공사대금채권의 회수 지연에 따른 인정이자 411,092,893원을 익금에 산입하는 등의 소득금액조정을 함으로써 법인세 201,617,360원{= 총 결정세액 763,598,875원(= 산출세액 510,019,911원 + 가산세액 253,578,964원) + 감면등추가납부세액 13,140,000원 - 기한내납부세액 110,983,633원-당초 고지세액 464,137,882원}을 추가 고지하는 증액 경정처분을 하였다.

○ 피고는 2004. 5. 1. 원고가 특수관계자인 ll파이낸스 등에게 원고가 소유한 주식을 시가보다 저가에 양도한 것으로 보고 시가초과액을 부당행위계산부인하여 합계 4,002,018,000원을 익금에 산입하는 소득금액을 조정함으로써 과세표준을 5,866,374,827원으로 경정하고, 법인세 2,112,276,640원{= 총 결정세액 2,875,875,515원 (= 산출세액 1,630,584,951원 + 가산세 액 1,245,290,564원)+ 감면등추가납부세액 13,140,000원 - 기한내납부세액 110,983,633원 - 당초 고지세액 665,755,242원}을 추가 고지하는 증액경정처분을 하였다(이하 2004. 5. 1.자 증액경정처분을 ‘1999년도 부과처분’이라고 한다).

다. 2000 사업연도 귀속 법인세 부과처분의 경위

○ 원고는 2001. 3. 30. 피고에게 2000 사업연도 귀속 법인세의 과세표준을 211,915,705원(= 결산서상 당기순이익 581,335,471원 + 익금산입 840,263,803원 - 손금산입 1,209,683,569원)으로 신고하였고, 2001. 3. 31. 자진예납세액, 원천납부세액을 포함 하여 합계 84,161,997원(산출세액 47,336,397원)을 납부하였다.

○ 피고는 2001. 8. 1. 원고가 위 신고ㆍ납부 당시 손금에 산입했던 투자자산처분손실 754,075,000원과 지분법형가손실 29,503,945원 합계 783,578,945원을 손금불산입하면서 이를 당초의 손금산입액 1,209,683,569원에서 공제하는 대신 익금산입액에 가산 하는 방법으로 소득금액을 조정함으로써 과세표준을 995,494,650원{= 결산서상 당기순손익 581,335,471원 + 익금산입 1,623,842,748원(= 840,263,803원 + 783,578,945원) - 손금 산입 1,209,683,569원}으로 경정하고, 법인세 253,890,994원{= 총 결정세액 301,227,391 원(= 산출세액 266,738,502원+가산세액 34,488,889원)+감면등추가납부세액 36,825,600원 - 기한내납부세액 84,161,997원}을 추가 고지하는 증액경정처분을 하였다.

○ 피고는 2002. 3. 25. 원고의 소득금액을 조정하여 경정처분을 하면서 원고가 당초 신고한 익금산입액 840,263,803원에 특수관계자인 한국수전에 대한 공사대금채권 등 합계 1,138,804,797원의 채권의 회수 지연에 따른 인정이자 216,372,911원, 비업무용 부동산 보유에 따른 차입금 이자 430,956,213원 등 합계 767,759,861원을 추가로 산입하고, 기술개발준비금 33,333,333원을 손금에 추가 산입함으로써 해당 과세표준을 946,342,233원{ = 결산서상 당기순이익 581,335,471원 + 익금산입 1,608,023,664원(= 840,263,803원 +767,759,861원) - 손금산입 1,243,016,902원}으로 경정하고, 법인세 290,406,165원{= 총 결정세액 337,742,562원(= 산출세액 252,975,825원 + 가산세액 84,766,737원)+감면등추가납부세액 36,825,600원-기한내납부세액 84,161,997원}을 추가 고지하는 증액경정처분1)을 하였다.

○ 피고는 2003. 9. 18. 위 2002. 3. 25.자 경정 당시 익금에 산입한 비업무용 부동 산 보유에 따른 차입금 이자 중 ☆☆시 dd동 산 90-8, 90-9, 90-10 토지 중 11,643㎡는 비업무용부동산에서 제외하는 것이 타당하다는 취지의 국세심판원의 결정에 따라 위 토지에 관련된 차입금 이자 41,467,118원을 익금에서 제외함으로써 위 과세표준을 904,875,115원으로 경정하고, 법인세 총 결정세액을 321,444,974원(= 산출세액 241,365,032원 + 가산세액 80,079,942원)으로 감액하는 경정처분을 하였다(이하 2001. 8. 1.자 부과처분과 2002. 3. 25.자 부과처분에서 2003. 9. 18. 감액되고 남은 부분을 합산한 부과처분을 ‘2000년도 부과처분’이라 한다).

[인정근거] 갑 제1호증의 1, 4, 제2호증의 1, 2, 을 제4호증의 1 내지 4, 제5호증의 1 내지 5, 제9호증의 1 내지 14, 제10호증의 1 내지 9, 제17 내지 23호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 인정이자의 익금산입에 관하여(1999년도 및 2000년도 부과처분 관련)

가. 원고의 주장

원고의 한국수전에 대한 합계 1,138,804,797원의 공사대금채권은 1993년에서 1998 년까지 사이에, ll학원에 대한 합계 2,689,742,000원의 공사대금채권은 1997년과 1998년에 소멸시효가 완성되었으므로, 피고가 이마 시효가 완성되어 소멸한 채권에 대 한 인정이자를 익금에 가산하여 1999년도 부과처분 및 2000년도 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

○ 원고는 1987년부터 1992년까지 사이에 법인세법상 특수관계에 있는 한국수전에 ee소수력발전소 공사 등 합계 약 2,136,642,000원 상당의 공사용역을 제공하였으나, 한국수전으로부터 위 공사대금 중 1,138,804,797원을 지급받지 못하였다.

○ 그런데 한국수전에 대한 위 미회수 공사대금 중 179,674,797원 상당은 1992년경 어음으로 받았으나(1992. 12. 31. 기준으로 작성된 결산보고서의 ‘받을 어음’ 항목에 기재되어 있다) 미지급되었고, ee수중보 설치 공사대금 55,000,000원과 ee소수력 컨추럴하우스 공사대금 39,501,929원은 1990년경까지 완공한 것이며, ee소수력발전소 공사대금 중 619,416,071원과 제천빌라 신축공사대금 245,212,000원은 1995년경까지 완공한 것이다.

○ 또한 원고는 1992년부터 1995년까지 사이에 역시 법인세법상 특수관계에 있는 ll학원에게 학교건물 신축공사 등 합계 5,189,742,000원 상당의 공사용역을 제공하였으나, ll학원으로부터 위 공사대금 중 2,689,742,000원을 지급받지 못하였다.

○ 그런데 ll학원에 대한 위 미회수 공사대금 중 1,000,000,000원 상당은 1994년 경 어음으로 받았으나(1994. 12. 31. 기준으로 작성된 결산보고서의 ‘받을 어음’ 항목에 기재되어 있다) 미지급되었고, 나머지 1,689,742,000원은 원고가 1995년경까지 완공한 것이다.

[인정사실] 갑 제2호증의 2, 제10호증의 l 내지 10, 제16, 17호증의 각 1, 2의 각 기 재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 부당행위계산의 부인이라 함은 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제언의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정해진 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로만 의제하는 제도이므로, 부당행위계산으로 부인되더라도 당사자 사이에 있는 법률행위의 효력이 부인되거나, 기존 법률행위의 변경 또는 소멸을 초래하거나 새로운 법률행위가 창설되는 것은 아니다.

따라서 부인의 대상이 되는 행위 및 계산은 사법상으로는 유효한 것이라 할 것이고, 특수관계에 있는 자에 대한 채권의 회수를 지연하는 행위를 부인하고 당해 채권을 회수한 후 특수관계에 있는 자에게 같은 금액 상당을 다시 대여한 것으로 의제함으로 써 위 대여금에 대한 인정이자를 계산하여 손금에 불산입하기 위해서는 적어도 부인의 대상이 되는 채권이 유효하게 존재해야 하고 또한 회수가 가능한 것이어야 한다.

(2) 위 인정사실에 의하면, 적어도 ee수중보 설치공사대금 채권과 ee소수력 컨트롤하우스 공사대금 채권은 1990년 말경, ee소수력발전소 공사대금 채권과 제천빌라 신축공사대금 채권 및 ll학원에 대한 1,689,742,000원의 공사대금 채권은 1995년 말 경에 변제기가 도래해 있었고, 한국수전으로부터 교부받은 어음은 1992년 말경, ll 학원으로부터 교부받은 어음은 1994년 말경에는 만기가 도래하였다고 봄이 상당하다.

따라서 상법 제64조 단서, 민법 제163조 제3호 및 어음법 제77조 제1항 제8호, 제 70조 제1항에 의하여 ee수중보 설치공사대금 채권과 ee소수력 컨트롤하우스 공사 대금 채권은 1993년경, ee소수력발전소 공사대금 채권과 제천빌라 신축공사대금 채권 및 ll학원에 대한 1,689,742,000원의 공사대금 채권은 1998년경, 한국수전에 대한 어음금 채권은 1995년, ll학원에 대한 어음금 채권은 1997년에 각 소멸시효가 완성 되어 모두 소멸하였다고 할 것이므로, 그 소멸한 다음 사업연도부터는 부당행위계산부 인에 의한 인정이자 산입대상이 되는 채권이 될 수 없으므로, 피고가 원고의 1999 사 업연도 귀속 법인세의 소득금액을 조정함에 있어 한국수전에 대한 위 합계 1,138,804,797원의 공사대금채권과 ll학원에 대한 위 합계 2,689,742,000원의 공사대금채권에 대한 인정이자와 2000 사업연도 귀속 법인세의 소득금액을 조정함에 있어서 한국수전에 대한 위 합계 1,138,804,797원의 공사대금채권에 대한 인정이자를 익금에 산입한 피고의 1999년도 및 2000년도 부과처분은 위법하다.

3. 건설자금차입금에 대한 지급이자에 관하여0999년도 및 2000년도 부과처분 관련) 가. 원고의 주장

0) 원고는 대법원으로부터 2001. 10. 30. 국민주택기금에서 대출한 자금이 건설자금으로 사용되었는지 여부가 불분명한 차입금에 해당한다는 판결을 받기 이전에는, 국민 주택기금 차입금이 건설자금에 사용된 것이 분명한 것으로서 그 차입금에 대한 지급이 자(이하 ‘건설자금이자’라 한다)를 손금에 불산입하여야 하는지 여부를 판단하기 어려 워 향후 세무조사과정에서 다툼의 여지를 피하기 위해 건설자금이자를 과다 계상하는 한편 세무조정계산서에서 손금 산입을 하지 아니하기로 결정하고, 1999 사업연도 귀속 법인세의 과세표준을 신고함에 있어 당해 사업연도에 지출한 차입금에 대한 지급이자 중 ☆☆hh아파트 건설관련 국민주택기금 차입금 등의 지출이자 합계 2,770,845,321 원, 2000 사업연도 귀속 법인세의 과세표준을 신고함에 있어 2000년도에 지출한 차입금에 대한 지급이자 중 ffgg아파트 건설관련 국민주택기금 차입금의 등의 지급이 자 합계 546,546,616원을 각 건설자금이자로 계상하여 손금에 산입하지 아니하였다.

(2) 그러나 국민주택기금 차입금은 기금에서 대출한도액을 설정한 후 기성고 등에 따라 수회에 걸쳐 분할ㆍ지급하기 때문에 실제 임대아파트를 건설함에 있어서는 그 소 요 자금은 원고의 운영자금이나 다른 단기차입금 등으로 먼저 충당한 후 국민주택기금 에서 지급하는 차입금으로 다른 차입금의 변제 등에 사용하는 과정 등을 거치게 되어 국민주택 기금 차입금이 임대아파트 건설에 직접 사용되는 것도 아니고, 그 차입금계 좌를 다른 운영자금이나 단기 차입금의 계좌와 별도로 구분해서 관리하지도 아니한 사 정 등에 비추어 볼 때, 국민주택기금 차입금은 원고의 고정자산인 임대아파트 건설에 소요되었는지 여부가 불분명한 차입금에 해당된다.

(3) 따라서 피고는 건설자금지급이자를 당해 사업연도의 손금에 산입하여야 함에도 이를 산입하지 아니하였으므로 1999년도 및 2000년도 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

○ 국민주택기금은 무주택 서민들의 주거안정 등을 위하여 임대주택 등 국민주택의 건설지원 등에 사용되는 기금으로서 그 사용용도가 국민주택의 건설 등으로 엄격히 제 한되어 있고, 그 대출한도는 채무자가 장차 건설할 아파트 단지별 또는 지역별로 세대 당 지원 금액에 건축예정 세대수를 곱하는 방식으로 산정되며, 그 대출금 전액이 일시 에 지급되는 것이 아니라 공사착공 후 일부가 선지급되고, 그 후 기성고에 따라 분할 금이 지급되며, 공사가 완료된 이후에 준공금이 지급되는 형식으로 분할하여 지급된다.

○ 원고는 앞서 본 대로 국민주택기금에서 차입한 자금으로 임대아파트를 건설하여 임대하는 사업을 영위하는 법인으로서, 국민주택기금에서 1993. 9. 24. jjjj아파트 616세대의 건설자금으로 9,960,000,000원(1993. 9. 24.부터 1998. 7. 29.까지 7회에 걸쳐 분할하여 대출 실행), 1995. 4. 21. ☆☆hh아파트 270세대의 건설자금으로 5,920,000,000원(1995. 4. 21.부터 1999. 12. 28.까지 7회에 걸쳐 분할하여 대출 실행), 1995. 7. 31. iiii아파트 1,186세대의 건설자금으로 18,022,000,000원(1995. 7. 31. 부터 2003. 1. 3.까지 11회에 걸쳐 분할하여 대출 실행) 및 1998. 1. 12. ffgg아파트 595세대의 건설자금으로 10,710,000,000원(1998. 1. 12.부터 2001. 112. 8.까지 13회에 걸쳐 분할하여 대출 실행)을 대출받는 등 임대아파트별로 구분하여 건설자금을 대출받았고, 원장에 국민주택기금에서 차입한 자금에 대한 지급이자를 위 각 임대아파트 별로 구분하여 ‘jjjj기금이자’ 등의 형식으로 정리ㆍ기장하였다.

○ 그런데 원고는, 국민주태기금의 위와 같은 분할대출방식으로 인하여, 임대아파트를 건설함에 있어 원고의 운영자금 또는 다른 용도의 차입금을 일단 해당 임대아파트의 건설자금으로 사용한 후 국민주택기금에서 기성고에 따른 대출금을 지급받으면 이를 운영자금으로 사용하거나 다른 용도의 차입금을 변제하기 위하여 사용하였다.

○ 한편, 원고는 피고에게 1999 사업연도 귀속 법인세의 과세표준을 신고함에 있어 1999년도에 지출한 차입금에 대한 지급이자 중 ☆☆hh아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자 191.432.531원 jjjj아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자 797,316,944원, ffgg아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자 622,818,381원, iiii아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자 1,159,277,465원 등 합계 2,770,845,321원을, 2000 사업연도 귀속 법인세의 과세표준을 신고함에 있어 2000년도에 지출한 차입금에 대한 지급이자 중 ffgg아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급 이자 168,111,008원, iiii아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자 378,435,608 원 등 합계 546,546,616원을 각 건설자금이자로 계상하여 손금에 불산입하였다.

○ 그런데 ☆☆hh아파트, ffgg아파트, iiii아파트는 1999년에 건설 중이었고, ffgg아파트와 iiii아파트는 2000년에도 건설 중이었으나, jjjj아파 트는 1998. 7.경 이미 완공되어 사용승인을 받은 상태였다.

[인정사실] 갑 제6 내지 8호증, 제13 내지 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 라.판단

(1) 과세관청이 납세자가 당초 신고한 것과는 달리 차입금의 지급이자가 고정자산의 건설 등에 소요되는 차입금에 대한 지급이자에 해당한다는 이유로 이를 손금에 불산입 하기 위해서는 당해 차입금이 고정자산의 건설에 사용되었음을 주장하는 과세관청이 이를 입증하여야 한다고 할 것이나, 납세의무자가 합리적인 이유가 없음에도 불구하고 손금에 산입될 비용 중 일부를 스스로 손금에 불산입함으로써 과세표준 및 세액을 과 다 신고하였다는 것은 이례적이고, 과세관청으로서도 그 지급이자에 어떠한 자금에 대한 것인지에 관한 자료의 대부분은 납세자가 소지할 것이므로, 이러한 경우에는 납세자가 지출된 지급이자의 차입금이 건설자금과 무관하거나 건설자금으로 사용되었는지 여부 가 분명하지 아니하다는 점을 입증하여야 한다고 봄이 상당하다 할 것이다.

(2) 그러므로 이와 같은 점이 입증되었는지에 관하여 본다.

(가) 먼저 1999 사업연도의 ☆☆hh아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자, ffgg아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자, iiii아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자 및 2000 사업연도의 ffgg아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자, iiii아파트 관련 국민주택기금 차입금 지급이자에 관하여 보건데, 갑 제 6 내지 8호증의 각 1의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, 오히려 위 인정사실에서 알 수 있는 사정 즉,0원고는 사업용 고정자산에 해당하는 임대아파트의 건설 및 임대업을 주된 업무로 하는 점,0국민주택 기금 대출금은 그 용도가 엄격히 제한되어 있을 뿐만 아니라 대출한도의 설정방법, 대 출금의 지급방식 등이 미리 정해져 있는 점,0원고는 향후 건설할 아파트단지별로 구 분하여 국민주택기금에서 대출을 받았고, 실제로 각 임대아파트를 건설한 점 등을 종합하여 보면, 원고가 1999 사업연도 및 2000 사업연도 귀속 각 법인세 과세표준을 신고함에 있어 손금에 불산입한 차입금의 지급이자는 건설자금이자로 봄이 상당하다.

(3) 그러나 법인세법 시행령 제52조 제5항, 제6항의 규정에 의하면, 건설자금 관련 지급이자를 손금에 불산입하는 기간의 종기는 건설이 준공된 날이라고 할 것인데, jjjj아파트는 1999 사업연도 이전에 이마 완공되어 사용승인을 받았으므로 jjjj아파트 관련 국민주택기금 대출이자로 1999 사업연도에 발생하여 지급된 797,316,944원은 원고의 1999년도 소득금액을 계산함에 있어 손금에 산입되어야 할 것임에도 이를 손금에 산입하지 아니한 피고의 1999년도 부과처분은 위법하다.

4. 양도주식 시가초과액 계산부인에 관하여(1999년도 부과처분 관련)

가. 원고의 주장

ll산입, kk개발은 임대건설사업자이자 비상장 법인으로서 (총 자산 가액 중 부동산이 50% 이상을 차지하고 있으므로) 위 회사들 주식가액의 평가는 순자산가치에 의하여 평가되어야 하고, 그 순자산가치를 명가함에 있어서 위 회사들이 소유하고 있는 임대용 주택의 토지 및 임대주택 건설용 토지는 원칙적으로 시가에 의하여 평가하여야 하는데, 임대주택용 택지비는 공급가격에 이자율과 임대기간을 곱한 금액으로 분양전환가격을 산정한 후 그 이상의 가격으로 분양할 수 없도록 임대주택법령에서 정하고 있으므로, 임대용 주택의 토지 및 임대주택 건설용 토지의 최대의 교환가치, 즉시 가는 임대주택법령에서 분양전환가격으로 정한 택지비라 할 것임에도 원고의 양도가액 을 부인하고 이를 초과하는 개별공시지가를 기준으로 위 회사들의 순자산가치를 평가 하여 4,002,028,000원을 익금에 산입한 피고의 1999년도 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

0원고는 1999. 11. 17. 법인세법상 특수관계인 ll파이낸스에게 kk개발의 주식 112,500주를, 1999. 11. 19. ll산입의 주식 108,000주를 액면가인 주당 5,000원에 각 양도하였다.

0이에 대해 피고는 위 부과처분의 경위에서 본대로 2004. 5. 1. kk개발과 ll산입이 보유한 임대주택 건설용 토지와 건물가액을 토지는 개별공지지가로, 건물은 시가표준액(건축 중인 건물은 투입된 장부가격)으로 평가하여 그 시가초과액을 부당행위계산부인하여 위에서 인정한 것처럼 합계 4,002,018,000원을 1999사업연도의 익금에 산입하는 소득금액을 조정하는 등으로 법인세 2,112,276,640원을 추가고지하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 을 제26 내지 28호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

법인의 비상장주식을 보충적 평가방법에 의하여 평가함에 있어 구 상속세 및 증여세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15971호로 개정되기 전의 것) 제55조 제1항 (1996. 12. 31. 대통령령 제15193호로 전문 개정되기 전의 구 상속세법 시행령 제42조 제1항, 제5조 제6항 제1호 라목도 동일한 내용임)은 "제54조 제1항의 규정에 의한 순자산가액은 명가기준일 현재 당해 법인의 자산을 이 법의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다"고 규정하고 있는데, 상속세 및 증여세법 제60조 제1항(1996. 12. 30. 법률 제5193호로 전문 개정되기 전의 구 상속세법 제34조의7, 제9조 제2항도 동일한 내용임)에 의하면 여기에서 말하는 ‘평가기준일’이라 함은 상속개시일 또는 증여일을 의미하므로, 비상장법인의 주식 1주당 가액을 보충적 평가방법에 의하여 평가하는 경우에 그 기초가 되는 순자산가액은 상속개시일 또는 증여일 현재의 가액에 의하여 산정하여야 한다.

한편, 증여재산의 가액을 평가함에 있어서 하나의 거래단위를 이루고 있는 공동주택은 그 토지와 건물을 일체로서 평가한 객관적 교환가치가 존재하지 않고 구 상속세 및 증여세법(1999. 12. 28. 법률 제6048호로 개정되기 전의 것) 제61조 제3항(1996. 12. 31. 대통령령 제15193호로 전문 개정되기 전의 구 상속세법 시행령 제42조 제1항, 제5조 제2항 제1호의2 나목도 통일한 내용임) 소정의 ‘국세청장이 토지와 건물의 가액을 일괄하여 산정ㆍ고시한 가액’이 없는 이상 토지와 건물을 분리하여 각각 다른 방법으로 평가할 수 있다.

그런데 1996년 및 1997년에 시행되던 구 임대주택법(2002. 12. 26. 법률 제6833호 로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조는 "임대사업자는 임대의무기간이 경과한 후 대통령령이 정하는 건설임대주택을 매각하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 일정기간의 무주택세대주에게 우선하여 매각하여야 한다"고 규정하고, 그 위임을 받은 구 임대주택법 시행령(1998. 11. 13. 대통령령 제15928호로 개정되기 전의 것) 제13조 는 제3항에서 "제2항의 규정에 의하여 공공건설임대주택을 매각하는 경우 매각방법 및 절차에 관하여 필요한 사항은 건설교통부령으로 정한다"고 규정하고 있을 뿐 그 매각 가격의 산정기준에 대하여는 별도의 규정을 두지 아니하였으나, 건설교통부 내부 사무 처리준칙인 ’공공임대주택건설 및 관리지침’(이하 ‘이 사건 지침’이라 한다)에서 입주자 모집공고시 그 공고내용에 포함되는 것 중의 하나로 ‘매각가격(분양전환가격) 산정기준’을 정하고 있었는데, 이 사건 지침은 입주자모집 공고시 그 공고내용에 포함되는 것 중의 하나로 ’매각가격(분양전환가격) 산정기준’을 정하고 있는데, 그 ’매각가격(분양전환가격) 산정기준’에 의하면 임대주택의 매각가격은 "분양전환 당시의 주택분양가원가 연통제시행지침에 의하여 산출한 당해 주택의 분양가격에서 임대기간 중의 감가상각비를 공제한 금액을 초과할 수 없고, 그 당해 주택의 분양가격은 택지비와 분양전환 당시의 건축비의 합계액으로 한다"는 취지로 규정하여 임대주택의 매각가격에 대한 제한을 가하고 있었던 점 한편, 구 주택공급에 관한 규칙(1998. 6. 15. 건설교통부령 제137호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 제1호, 제4항 제8호, 구 임대주택법 시행규칙 (1999. 1. 28. 건설교통부령 제165호로 개정되기 전의 것 이하 같다) 제2조의2 제3호에 의하면, 임대사업자는 입주자를 모집하고자 할 때에는 장래의 매각가격의 산정기준이 포함되어 있는 입주자모집공고안을 마련하여 입주자모집승인권자인 시장 또는 군수의 승인을 얻어 이를 공고하여야 하고, 그 후 임차인과 임대차계약을 체결할 때에는 구 임대주택법 제18조, 구 임대주택법 시행규칙 제8조에 의하여 위와 같이 공고된 당해 임대주택의 매각가격 산정기준을 표준임대차계약서의 내용에 포함시켜 이를 준수하여야 하며, 만일 이를 준수하지 아니할 때에는 구 임대주택법 제25조에 의하여 과태료에 처하게 될 뿐만 아니라, 임대주택을 실제로 매각할 때에는 구 임대주택법 시행규칙 제4조 제1항 제3호에 의하여 그 매각가격의 산출근거서류를 제출하여야 하는 것으로 정하고 있었는바, 이러한 제반 사정을 종합하여 보면 임대사업자가 임대의무기간이 만료되어 임대주택을 매각하는 경우에는 이 사건 지침에서 정한 매각가격 산정기준에 따른 제한을 받는다고 할 것이다(대법원 2009. 1. 30. 선고 2006두14049 판결 참조).

따라서 원고가 ll파이낸스에 ll산입과 kk개발의 주식을 양도할 당시 임대사업자인 위 회사들로서는 이 사건 지침에서 정한 매각가격 산정기준을 준수하여야 하므로, 그 산정기준에서 정하고 있는 임대주택의 토지에 대한 최고 거래한도액인 택지비보다 높은 개별공시지가를 기준으로 임대주택의 토지 가액을 산정할 수는 없다(나대지에 대하여는 구 임대주택법 제7조 제3항, 제8조 제1항에 의한 제한이 따르므로 동일하게 볼 것이다)고 할 것임에도 이와 다른 전제에서 한 피고의 1999년도 부과처분은 위법하다.

이에 대하여 피고는, ll산입과 kk개발이 소유한 임대주택은 종국적으로 분양 전환될 것이기 때문에 주식 양도 당시 임대주택의 법령상 분양전환가격은 합리적이고 객관적인 시가로 볼 수 있으므로, 이를 기초로 위 회사들의 순자산가액을 산정할 수 있고, 그럴 경우 순자산가치는 오히려 이 사건 과세처분시보다 증가한다고 주장하나, 위 회사들이 보유한 임대주택이 어느 시점에 얼마나 분양전환될 것인지를 양도일 현재 로는 확정지을 수 없는 이상 위와 같이 명가할 수는 없으므로, 위 주장은 받아들이지 아니한다.

5. 원고의 나머지 주장에 관하여

가. 기술개발준비금

원고는, 1996 사업연도에 설정한 기술개발준비금 2억 원 중 환입기간이 도래하지 않은 1억 원은 1999 사업연도에 익금에 산입될 수 없음에도 피고가 이를 익금에 산입 하여 위법하다는 취지의 주장을 한다.

살피건대 구 조세감면규제법(1998. 4. 10. 법률 제5534호로 개정되기 전의 것) 제8조 제2항 제2호는 기술개발준비금이 기술개발비등 대통령이 정하는 비용에 지출한 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다는 취지로 규정하고 있으므로, 익금에 산입하여야 하는 기간이 도래하지 아니하였다고 할 수 없고, 나아가 원고가 익금에 산입하고 남은 기술개발 준비금이 기술개발비등에 사용되었다고 볼 자료도 없으므로, 위 주장은 받아들이지 아니한다.

나. 전기손익수정손실

원고는, 1999 사업연도 전기손익수정손실로 계상한 박mm에 대한 단기대여금 대손 처리액 4,088,376,108원과 전기분 재산세 등은 손금에 산입되어야 함에도, 피고는 이를 익금에 산입하여 위법하다는 취지의 주장을 한다.

살피건대 이는 당초 원고가 대손처리액으로 손금에 산입하였다가 다시 익금에 산입한 것으로 구체적인 대손사유 등에 대한 아무런 주장이 없으므로, 위 주장은 받아들이지 아니한다.

다. 연구개발비

원고는, 원고가 1999 사업연도에 ll학원에 지급한 연구비 1억 원은 ll학원이 이를 사용하였는지에 관계없이 기부금으로 손금에 산입하여야 하나, 피고는 이를 익금 에 산입하는 한편, 이를 대여금으로 인정하여 1999 및 2000 사업연도에 인정이자를 익금에 산입하였으므로 위법하다는 취지의 주장을 한다.

살피건대 앞서 본 바와 같이 원고와 ll학원은 특수관계에 있는 자로 원고가 ll학원에 대하여 거액의 공사대금채권을 보유함에도 이를 회수하지 아니하고 소멸시효를 도과시킨 적이 있는 점, 위 돈은 연구개발의로비 명목으로 지급된 것이나 ll학원의 이에 관한 연구실적이 없고, 사용되지도 않은 점 등에 비추어 볼 때, 위 돈은 기부금으로 보기 어려우므로, 위 주장은 받아들이지 아니한다.

6. 정당세액의 계산

따라서 위에서 인정한 바에 따라 1999 사업연도 귀속 법인세의 정당한 세액을 계산 하면 별지 1999 사업연도 귀속 법인세 세액계산표 기재와 같이 142,923,021원(산출세 액 1,244,889,856원 + 가산세 18,033,165원)이 되므로 이를 초과하는 부분은 위법하고, 2000 사업연도 귀속 법인세 법인세의 정당한 세액을 계산하면 별지 2000 사업연도 귀속 법인세 세액계산표 기재와 같이493,760,292원(산출세액 400,400,754원 + 가산세액 93,359,538원)이 되어 2002. 3. 25.자 부과처분 321,444,974원 중 239,869,299원2)을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 피고가 원고에 대하여 2002. 3. 25.에 한 1996 사업 연도 귀속 법인세 695,643,192원의 부과처분 및 추가납부세액 76,909,608원의 부과처분 중 21,367,222원을 초과하는 부분, 2004. 1. 10.에 한 1998 사업년도 귀속 법인세 704,940,961원의 부과처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 모두 각하하고, 피고의 1999년도 부과처분 중 142,923,021원을 초과하는 부분, 2002. 3. 25.자 321,444,974원의 부과처분 중 239,869,299원을 초과하는 부분을 취소하고, 원고의 나머지 청구는 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 제l심 판결을 위와 같이 변경하기 로 하여 주문과 같이 판결한다.