주된 근무지의 원천징수의무자가 당해연도의 다음 연도 1월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급하는 때에는 이를 받는 자의 당해연도의 근로소득금액 또는 퇴직하는 달까지의 당해연도의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조의 규정에 의하여 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 제134조제4항 각호의 세액공제를 한 후 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다.<개정 1996ㆍ12ㆍ30>

제1항의 경우에 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세가 당해 종합소득산출세액에서 제134조제4항 각호의 세액공제를 한 금액을 초과하는 때에는 그 초과액은 당해 근로소득자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급하여야 한다.

일용근로자 외의 자로서 2인이상으로부터 급여를 받은 자의 종된 근무지의 원천징수의무자가 소득세를 원천징수하는 때에는 종된 근무지에서 지급하는 당해연도의 근로소득금액에 기본세율을 적용하여 계산한 종합소득산출세액에서 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다.

원천징수의무자가 제140조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 근로소득자에 대하여 제1항의 규정을 적용하여 소득세를 원천징수하는 때에는 기본공제 및 소수공제자추가공제중 당해 근로소득자 본인에 대한 분과 표준공제만을 공제한다.<개정 1996ㆍ8ㆍ14>

일용근로자외의 자로서 갑종에 속하는 근로소득 및 제150조제3항의 규정에 의하여 납세조합에 의하여 소득세가 징수된 을종에 속하는 근로소득이 있는 자에 대하여는 갑종에 속하는 근로소득의 주된 근무지의 원천징수의무자가 갑종에 속하는 근로소득과 을종에 속하는 근로소득을 합한 금액에 대하여 연말정산을 할 수 있다. <신설 1999.12.28>