조심 2019부3921 (2020.06.30)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1989.11.1. OOO전자기기 제조업을 영위하는 계속사업법인이다.

나. 청구법인은 2012∼2016사업연도 법인세 신고 당시 연구 및 인력개발 세액공제 대상 인건비에서 확정기여형 퇴직연금납입액(이하 “쟁점퇴직연금보험료”라 한다)을 제외하여 법인세를 신고ㆍ납부하였다가 대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결(이하 “쟁점판결”이라 한다)에서 “퇴직연금보험료는 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 공제대상 인건비에 해당한다”라고 판시함에 따라 2017.11.27. 쟁점퇴직연금보험료를 인건비에 포함하여 법인세 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 청구법인의 경정청구를 받아들여 2017.12.21. 2013사업연도 법인세 OOO포함하여 2012~2016사업연도 법인세 OOO환급결정하였다가, OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 2019.3.11.부터 2019.3.28.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 쟁점퇴직연금보험료는 인건비에 해당되지 않는다는 감사지적에 따라, 동 경비를 부인하여 2019.3.27. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO경정ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.6.20. 이의신청을 거쳐 2019.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

다음에서 보는 바와 같이 쟁점퇴직연금보험료를 퇴직소득에 해당한다고 보아 연구 및 인력세액공제를 부인한 처분은 위법.부당하다.

(1) 조사청은 청구법인이 제시한 대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결을 배제하고 있으나, 본질이 사실상 동일한 사안에 관하여 다른 판단을 내린다면 이는 조세법의 기본원칙인 조세평등주의를 위배하게 됨은 물론 이로 인하여 법적안정성과 예측가능성까지 침해하게 되는 결과를 초래한다.

(2) 조사청은 2012.2.12. 「조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 시행령」이 개정되어 퇴직소득이 연구·인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 명문화된 2013사업연도 법인세에 대하여 적용하기 어렵다’고 판단하였다.

그러나 2013.2.15.에 개정된 조특법 시행령 별표6에 따르면 「소득세법」상 퇴직소득과 퇴직급여충당금은 명시되어 있지만 확정기여형 퇴직연금은 명시되어 있지 않다.

확정기여형 퇴직연금보험료는 각 사업연도에 사외의 퇴직연금사업자에게 실제로 지출되고, 지출될 때마다 지출분이 회사의 비용으로 회계처리되며, 과세연도별 및 대상근로자별로 그 지출액을 특정할 수 있기에 이는 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응되는 비용으로 기간손익의 계산을 위하여 추산한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리하며 확정기여형 퇴직연금보험료는 현실적인 퇴직 등을 원인으로 근로자에게 지급된 금원이 아니라 지출시점에 이미 각 연구원들에게 확정적으로 귀속되는 것으로 해당 사업연도에 재직 중인 근로자의 퇴직 전 이미 지급된 금원에 해당하고, 해당 연구원이 실제로 퇴직한 후에야 비로소 연금 또는 일시금으로 지급받을 때에야 비로소 「소득세법」제22조에 의하여 퇴직소득으로 보는 점을 종합해보면, 청구법인의 쟁점퇴직연금보험료는 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외하는 퇴직소득에 해당하지 않는 것이 분명하므로 세액공제를 배제한 것은 부당하다.

(3) 조사청이 ‘확정기여형 퇴직연금보험료는 근로자의 장기간 근속에 대하여 사용자가 납입하는 부담금이므로 연구·인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 보기 어려운 점, 확정기여형 퇴직연금에 가입한 근로자는 현실적으로 퇴직하는 때에 비로소 퇴직급여를 받을 수 있는 점 등을 종합하면, 쟁점퇴직연금보험료에 대하여 연구·인력개발비 세액공제를 부인하여 고지한 이 건 법인세 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.’고 하면서 쟁점퇴직연금보험료를 퇴직소득으로 보았다.

그러나 확정기여형 퇴직연금의 경우, 예외 규정을 두고 근로자가 중도인출하여 사용할 수 있도록 한 것은 청구법인이 확정기여형 퇴직연금보험료를 납부함으로써 이에 대한 권리와 소유권이 근로자에게 이전되어 근로자에게 지급되었다는 사실을 분명하게 알려주는 것이기 때문에 쟁점퇴직연금보험료는 현실적 퇴직을 원인으로 지급받는 소득이 아니므로 퇴직소득이 아닌 것이 분명하다.

또한 쟁점퇴직연금보험료를 청구법인이 근로자에게 지급하는 시기는 퇴직과 상관없는 근로기간 중의 매월 일정 시점이고 청구법인의 쟁점퇴직연금보험료는 연구소에서 근무하는 직원들에게 그 근로의 대가로 유상으로 지급되는 것으로 이는 명백히 인건비에 해당하고 소득세법상 퇴직소득에 해당하지 않는 것이다.

또한 확정기여형 퇴직연금납입액이 「소득세법」제22조의 퇴직소득에 해당한다면 청구법인은 납입시마다 「소득세법」제127조 제1항 제7호에 의하여 소득세를 원천징수하여야 할 것이다. 그러나 쟁점퇴직연금보험료는 퇴직소득이 아니므로 쟁점퇴직연금보험료에 대하여 원천징수의무도 부과하지 않고 있는 것이다. 이러한 점을 종합하여 볼 때 쟁점퇴직연금보험료가 퇴직소득에 해당하지 않는 것이 분명하다.

(4) 조세법률주의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙상, 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것인바(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결, 대법원 2004.5.27. 선고 2002두6781 판결 등 참조), 조특법 시행령 별표6(2019.2.12 대통령령 29527호로 개정되기 전의 시행령)에서 규정한 연구인력개발비에서 제외하는 인건비의 범위에 퇴직소득과 퇴직급여충당금만 규정하고 있다가 2019년 2월 12일 개정하면서 비로소 연구인력개발비에서 제외하는 인건비의 범위에 “「법인세법 시행령」제44조의2 제2항에 따른 퇴직연금등의 부담금 및 「소득세법 시행령」제40조의2 제1항 제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금”을 규정하였다.

따라서 2019년 2월 12일 대통령령 29527호로 개정되기 전의 규정에 의하면 쟁점퇴직연금보험료는 퇴직소득이 아니어서 연구인력비세액공제 대상 인건비에 해당하는 것이 분명하다.

또한 참고판례를 보아도 “퇴직연금보험료는 현실적인 퇴직이나 퇴직을 원인으로 근로자에게 지급된 금원이 아니라 지출 시점에 이미 각 연구원들에게 확정적으로 귀속되는 것으로 해당 사업연도에 재직 중인 근로자의 퇴직 전 이미 지급된 금원에 해당하는 점, 이 건 퇴직연금보험료는 일시금으로 지급되지 않았고, 해당 연구원이 실제 퇴직 후에야 비로소 그 의사에 따라 연금 또는 일시금으로 지급받을 것을 선택하게 되는 점 등을 종합하면, 이 건 퇴직연금보험료는 「소득세법」제22조의 퇴직소득에 해당한다고 볼 수 없다.”고 판시하고 있으므로 쟁점퇴직연금보험료는 연구인력개발비 세액공제대상 인건비임이 분명하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점퇴직연금보험료는 근로자의 퇴직소득을 구성하므로 연구·인력개발비 세액공제대상 인건비에 해당하지 않는다.

(가) 기업의 확정기여형 퇴직연금제도는 「근로자 퇴직급여 보장법」에 따른 퇴직급여 제도의 하나로서, 확정기여형퇴직연금에 가입한 근로자는 원칙적으로 퇴직하는 때에 비로소 연금 또는 일시금의 형태로 퇴직급여를 지급받을 수 있는 점, 「근로자 퇴직급여 보장법」 및 같은 법 시행령은 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도에 인출할 수 있는 사유를 일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한하여 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점퇴직연금보험료는 원칙적으로 근로계약이 종료되는 때에 지급하는 퇴직급여의 성격이다.

(나) 비록 청구법인이 쟁점퇴직연금보험료를 과세연도별 및 근로자별로 실제 현금으로 지출되고, 지출되는 사업연도에 전액 비용으로 인정되며, 각 근로자에게 확정적으로 귀속되어, 적립방법이나 지급방법에 있어 퇴직금 또는 퇴직급여충당금과 차이가 있다고 하더라도, 근로자의 장기간 근속기간을 고려하여 원칙적으로 근로 계약이 종료되는 때에 비로소 지급되는 퇴직급여를 지급하기 위하여 사용자가 납입하는 부담금이므로 이를 해당 과세연도의 연구인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 보기 어려운 것으로 보인다.

(다) 한편 「근로자 퇴직급여 보장법」에 따르면, 사용자는 퇴직급여제도 중 하나 이상의 제도를 설정하여야 하는데, 확정기여형 퇴직연금제도와 확정급여형 퇴직연금제도 및 퇴직금제도 중 어느 제도를 설정할지는 사용자의 선택에 맡겨져 있는바, 사용자가 확정급여형 퇴직연금제도 또는 퇴직금제도를 설정한 경우에는 퇴직금, 퇴직급여충당금, 중산정산퇴직금은 조특법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니하고, 이와 달리 확정기여형 퇴직연금보험료의 경우에는 조특법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함된다고 본다면, 동일한 성격의 비용에 대해 사용자가 어떤 제도를 선택하는지에 따라 조특법상 세액공제 여부가 달라지는 모순이 발생하게 된다.

(2) 쟁점판결은 법령상 명시적 규정이 없던 2007∼2010년 귀속에 관한 판결이다.

(가) 대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결은 법령상 명시적 규정이 없던 2007∼2010년 귀속에 관한 것으로, 2012.2.12. 조특법 시행령 별표6 개정으로 퇴직소득에 해당하는 금액은 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비가 아닌 것으로 명문화되었으므로, 2013년에 지출한 쟁점퇴직연금보험료는 연구인력개발비 세액공제대상이 아니다.

(나) 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상 인건비에 대하여 조특법 시행령 별표6(2012.2.2. 개정 전) 에는 인건비 범위에 대하여 명시적 규정이 없었으나, 2012.2.2. 개정시 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액은 세액공제 대상 인건비에서 제외함을 명문으로 규정하였는바, 청구법인이 제시한 대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결은 해당 과세대상연도가 2007∼2010사업연도로 조특법 시행령 별표6이 2012.2.2. 개정되기 전의 사안으로서 세액공제 대상 인건비에 대하여 법령상 명시적 규정이 없는 이유로 국가가 패소한 사건이며, 2012.2.2. 별표6 개정 전에도 조특법 기본통칙 9-8…1에 의하여 퇴직소득에 해당하는 금액은 세액공제 대상 인건비에서 제외하여 왔고, 2019.2.12 개정 시에는 별표6의3을 신설, 조특법 시행령」(2019.2.12 시행, 대통령령 제29527호) 부칙24조(연구인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 관한 특례)에서 “별표6에도 불구하고 2020년1월1일 전에 개시하는 과세연도분까지는 별표6의3을 따른다”라고 규정하면서, 별표6의3에서 “퇴직연금등의 부담금”을 명시함으로써 연구개발비 세액공제에서 제외되는 퇴직급여 관련비용을 명확화하였다.

(다) 대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결이후에도, 국세청 유권해석(서면 2017법인2900,2018.2.9) 및 다수의 심판례(조심 2018중4037, 조심 2018서3421, 조심 2018중2253, 조심 2018중2252, 조심 2018중2251, 조심 2018중2247, 조심 2018서2402, 조심 2018중2348, 조심 2018서1626, 조심 2018중786, 조심 2012전3801 외 다수)에서 확정기여형 퇴직연금은 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당되지 않는 것으로 일관되게 결정하고 있는바, 쟁점퇴직연금보험료를 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에서 제외하여 법인세를 경정고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

확정기여형 퇴직연금납입액인 쟁점퇴직연금보험료가 조특법상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상 인건비에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법

제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액(이하 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정된 것)

제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

＜별표6의 개정연혁＞

【별표6】(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것)

연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용

【별표6】(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것)

연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용

【별표6】(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정된 것)

연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용

【별표6의3】(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정된 것)】

연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용

(3) 소득세법

제22조【퇴직소득】① 퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 공적연금 관련법에 따라 받는 일시금

2. 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득

② 제1항 제1호에 따른 퇴직소득은 2002년 1월 1일 이후에 납입된 연금 기여금 및 사용자 부담금을 기초로 하거나 2002년 1월 1일 이후 근로의 제공을 기초로 하여 받은 일시금으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2013사업연도 법인세 신고내역 및 경정내역은 아래 ＜표1＞.＜표2＞와 같다.

(2) 청구법인은 쟁점판결을 제시하면서 처분청의 과세는 부당하다고 주장하고 있고, 쟁점판결의 주요내용은 다음과 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점퇴직연금보험료가 조특법상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 주장하나, 조특법 시행령 별표 6의 제1호 가목 1) 괄호는 인건비 중「소득세법」제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액,「소득세법」제29조 및「법인세법」제33조에 따른 퇴직급여충당금은 연구.인력개발비 세액공제 적용대상 인건비에서 제외한다고 규정하고 있는 점,「소득세법」제22조 제1항 제2호는 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득을 퇴직소득으로 규정하고 있는 점, 쟁점퇴직연금보험료는 원칙적으로 근로계약이 종료되는 때에 지급하는 퇴직급여의 성격이 있으므로 이를 해당 과세연도의 연구.인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 보기는 곤란한 점 등에 비추어 보면 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다(조심 2018중4037, 2018.12.11. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.