대법원-2016-두-63200 (2017.05.30)

사 건

2016두63200 법인세등부과처분취소

원고, 상고인

주식회사 aaa

피고, 피상고인

북대전세무서장

원 심 판 결

대전고등법원-2016-누-11467(2016.11.17)

판 결 선 고

2017.05.30

주 문

상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

이 유

상고이유를 판단한다.

구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10

조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구․인력개발비가 있는 경우에는 일정한 금액을

해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 규정하고 있는데, 구 조세특례제한법 시행령

(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 별표6 및 구 조세특

례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 별

표6은 위와 같은 세액공제를 적용받는 연구ㆍ인력개발비 중 하나로 ‘기획재정부령으로

정하는 전담부서(이하 ‘전담부서’라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정

하는 자의 인건비‘를 들고 있다.

원심은 그 채택 증거에 의하여, 원고가 그 소속 전담부서인 기업부설연구소에서 근무

하는 연구원들에게 지급한 2007 내지 2010 사업연도 이 사건 퇴직연금보험료를 구 조

세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구․인력개발비 세액공제 대상인 인건비로 인정

받아 그에 상응하는 법인세를 환급받은 사실, 서대전세무서장은 이와 달리 이 사건

퇴직연금보험료가 연구․인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당하지 않는다고 보

아 2013. 11. 26. 원고에게 2007 내지 2010 사업연도 법인세를 각 경정․고지한 사실

등을 인정하였다.

그런 다음 원심은, ① 원고가 확정기여형 퇴직연금제도에 기초하여 과세연도 및 대

상근로자별로 연구소 근속 여부에 따라 실제로 지출한 이 사건 퇴직연금보험료는 그

지출 사업연도의 비용으로 인정받을 수 있고, 위 보험료 상당의 금원은 각 연구원들에

게 확정적으로 귀속하는 것으로 볼 수 있는 점, ② 이와 같이 이 사건 퇴직연금보험료

는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하여 연구원별로 실제 지출된

비용이므로 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불

과한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리하는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 퇴직연금

보험료는 구 조세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구․인력개발비 세액공제 대상인

인건비에 해당하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다는 취지

로 판단하였다.

원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당

하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 구 조세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구․인

력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비의 범위에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일

치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.