예규판례 — TaxHub 조세법령

제목: 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비의 범위
요지: 퇴직연금보험료는 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에서 제외하고 있지 아니함

판결문

사 건

2016누11467 법인세등부과처분취소

원고, 피항소인

주식회사 aaa

피고, 항소인

북대전세무서장

제1심 판 결

대전지방법원 2015구합105260(2016.05.26)

변 론 종 결

2016. 10. 20.

판 결 선 고

2016. 11. 17.

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2013. 11. 26. 원고에 대하여 한 2008사업연도 귀속 46,688,290원(가산세 포함), 2009사업연도 귀속 102,995,420원(가산세 포함), 2010사업연도 귀속 243,227,510원(가산세 포함) 합계 392,911,220원의 법인세 부과처분을 모두 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고(주식회사 aaa유원홀딩스로부터 2015. 1. 26. 분할되어 설립되었다. 이하

분할설립 전후를 불문하고 ‘원고’라고만 한다)는 골프용품 제조·판매·서비스사업, 골프

연습장·골프장사업, 스크린골프사업 등을 목적으로 하는 회사로서, 스크린골프 시뮬레

이션 등 제조에 관한 전담 연구개발부서를 운영하여 오다가 2007 3. 28. 사단법인 한

국산업기술진흥협회장으로부터 ‘주식회사 aaa 제2기업부설연구소’(이하 ‘이 사건 연

구소’라고 한다)를 기술개발촉진법령이 정한 기업부설연구소로 인정받았다.

나. 원고는 2007 내지 2010사업연도까지 이 사건 연구소에서 근무하는 직원들에 대

한 퇴직연금보험료로 2007사업연도 44,431,867원, 2008사업연도 88,145,000원, 2009사업연도 203,089,626원, 2010사업연도 484,802,063원 합계 820,468,556원을 지출하였다

(이하 ‘이 사건 퇴직연금보험료’라고 한다).

다. 원고는 2011. 12. 9. 서대전세무서장에게 ‘2004 내지 2006사업연도 법인세 신고

당시 누락한 연구·인력개발비’ 및 ‘이 사건 퇴직연금보험료’를 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 통틀어 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제10조 제1항이 규정한 세액공제(이하 ‘조세특례제한법상 세액공제’라고 한다) 대상 연구·인력개발비로 반영하여 2007사업연도 법인세 319,261,426원, 2008사업연도 법인세 356,872,797원, 2009사업연도 법인세 747,793,173원, 2010사업연도 법인세 766,744,277원 합계

2,190,671,673원의 법인세 환급을 신청하는 내용으로 법인세 경정청구를 하였다.

이에 대해 서대전세무서장은 2011. 12. 16. ‘원고가 2007. 3. 28. 사단법인 xxxx

기술진흥협회로부터 기업부설연구소로 인정받았고, 연구․인력개발비 세액 공제대상이

되는 연구소 직원의 교육비(2004 내지 2006사업연도) 및 이 사건 퇴직연금보험료에 대한 지출내역이 확인된다’는 이유로 위 2007 내지 2010사업연도 법인세 합계 2,190,671,673원을 환급하였다.

라. 광주지방국세청은 2013. 8. 26.부터 2013. 9. 12.까지 서대전세무서에 대한 감사

를 실시한 다음 서대전세무서장에게, ‘① 조세특례제한법상 세액공제를 산정함에 있어

요건미비로 불공제된 2003 내지 2006사업연도 제조원가명세서상의 경상연구비를 포함

하여 연구·인력개발비 증가발생금액기준에 의하여야 하고, ② 이 사건 퇴직연금보험료

는 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당하지 않는다’는 내용의 감사결과를 통보하

였다.

마. 이에 서대전세무서장은 2013. 11. 26. 원고에 대하여 2008사업연도 법인세

296,358,700원, 2009사업연도 법인세 296,338,690원, 2010사업연도 법인세 352,403,840원 합계 945,101,230원의 법인세 부과처분을 하였다(이하 ‘2013. 11. 26.자 부과처분‘이라 한다).

바. 원고는 2013. 11. 26.자 부과처분에 불복하여 2014. 2. 24. 서대전세무서장에게

심사청구서를 제출하였고, 위 심사청구는 2014. 3. 27. 감사원에 접수되었다.

사. 감사원은 원고의 심사청구에 대하여 2015. 8. 13. ‘① 조세특례제한법상 세액공제

를 산정함에 있어 요건미비로 불공제된 2003 내지 2006사업연도 제조원가명세서상의

경상연구비는 제외하는 것이 타당하므로, 2013. 11. 26.자 부과처분 중 이를 포함하여

산정한 부분은 잘못이어서 이를 포함하지 않는 것으로 그 세액을 경정해야 하고, ②

이 사건 퇴직연금보험료는 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당하지 않으므로, 원

고의 나머지 청구는 기각한다’는 취지의 심사결정을 하였다.

아. 이에 서대전세무서장은 감사원의 심사결정에 따라 원고에 대한 법인세를 감액

경정하고 2015. 9. 24. 원고에게 2008사업연도 법인세 249,670,410원, 2009사업연도 법인세 193,343,270원, 2010 사업연도 법인세 109,176,330원 합계 552,190,010원을 환급하였다. 그 결과 2013. 11. 26.자 부과처분 중 남아 있는 부분은 아래와 같다(이처럼 감액되고 남아 있는 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

자. 이후 서대전세무서로부터 북대전세무서가 분리·신설되었다.

1) 이 사건 처분 세액

【인정근거】다툼없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것

은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장 요지

① 조세특례제한법령은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 ‘인건비’의 범위

에서 퇴직연금보험료를 배제하지 않고 있고, 위 ‘인건비’는 그 명칭을 불문하고 근로자

에게 근로에 대한 대가로 지급된 일체의 비용을 의미하는 점, ② 퇴직연금보험료는 각

사업연도에 실제로 지출되고 전액 손금으로 인정되는 비용으로서 인건비에 해당하는

점, ③ 확정기여형 퇴직연금제도인 퇴직연금보험료는 실제 비용 지출 여부, 적립 및 지급시 회계처리 등이 퇴직급여충당금과 달라 양자의 성질은 전혀 다른 점, ④ 과세관청의 예규에 의할 때 4대 보험의 보험료 지출은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비로 인정되는 점 등을 종합할 때, 이 사건 퇴직연금보험료는 이 사건 연구소의 직원들에 대한 인건비로서 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당한다. 그럼에도 이 사건 퇴직연금보험료를 조세특례제한법상 세액공제 대상으로 인정하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

위에서 본 사실관계 및 증거들에 갑 제6, 7호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를

더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, 이 사건 퇴직연금보험료

는 구 조세특례제한법 제10조 제1항의 연구․인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건

비에 해당한다고 봄이 타당하고, 결국 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

① 구 조세특례제한법 제10조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을

위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에 그 각 호에서 정한 금액을 해당

과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 이에 따라 구 조세제

한특례법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 및 별표 6과 구 조세제한특례법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 및 별표 6은 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 ‘기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비‘를 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 열거하고 있고, 구 조세제한특례법 시행규칙(2009. 4. 7. 기획재정부령 제70호로 개정되기 전의 것, 2010. 4. 20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것, 2011. 4. 7. 기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항은 ’기술개발촉진법 시행규칙 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소‘ 등을 ’기획재정부령이 정하는 전담부서‘로 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은 ’기획재정부령이 정하는 자란 일반연구인력개발 전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자를 말한다‘라고 규정하고 있는데,

이 사건 퇴직연금보험료는 기술개발촉진법령이 정한 기업부설연구소인 이 사건 연구소

에서 근무하는 직원들에게 지급된 것으로서 ’기획재정부령이 정하는 전담부서에서 근

무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자‘에게 지출된 비용에 해당한다.

② ‘인건비’란 그 명칭 여하에 불구하고 피용자에게 근로에 대한 대가로 유상으로

지출한 일체의 것을 말하는데, 이 사건 퇴직연금보험료는 이 사건 연구소에서 근무하

는 직원들에게 그 근로의 대가로 유상으로 지급되는 것이므로 ‘인건비’에 해당하며, 조

세특례제한법령은 연구․인력개발비 세액공제의 대상이 되는 ‘인건비’에서 ‘퇴직연금보

험료를 제외한다’는 규정을 두고 있지도 아니하다.

③ 퇴직급여충당금은 정당한 기간손익의 계산을 위하여 추산한 일정한 한도 내의

금원을 ‘퇴직급여충당금’으로 부채계정에 적립함과 동시에 동 금액을 ‘퇴직급여’로 비용계정에 반영하기는 하나, 실제로 퇴직금을 지급하기 전까지는 아무런 현금 지출이 이루어지지 않는다. 반면에 이 사건 퇴직연금보험료는 확정기여형 퇴직연금제도2)에 따라 각 사업연도에 사외의 퇴직연금사업자에게 실제로 지출되고, 그 지출시마다 그 지출분 상당액이 회사의 비용으로 회계처리되며, 과세연도별 및 대상근로자별로 그 지출액을 특정할 수 있다.

④ 퇴직급여충당금의 경우 장부상으로만 계상된 비용에 불과하여 피용자가 실제로

퇴직하여 그에 대하여 지급이 현실적으로 이루어진 때에야 비로소 회사의 비용이 된다

고 볼 수 있는 반면, 퇴직연금보험료는 회사가 사외의 퇴직연금사업자에게 보험료를

지출함과 동시에 그 해당 금원이 피용자에게 확정적으로 귀속하는 것이므로, 퇴직연금

보험료가 지출되는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 있다.

⑤ 이와 같이 퇴직급여충당금과 퇴직연금보험료는 그 실질에 있어 큰 차이가 있는

점, 퇴직급여를 사내에 관념적으로만 적립하는 퇴직금제도에 의한 퇴직급여충당금은

근로자들의 안정적인 노후재원 마련에 문제점이 야기되므로 사외의 퇴직연금사업자에

게 적립하는 퇴직연금보험제도를 사업자가 선택하도록 유도할 필요성이 있는 점, 조세

특례제한법 시행령이 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되면서 별표 6에 “법인세법 제33조에 따른 퇴직급여충당금”을 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에서 제외한다는 단서 규정을 추가하면서도, ‘퇴직연금보험료’를 이러한 인건비에서 제외한다는 규정을 두지 않은 것은 이와 같은 이유 등에서 ‘퇴직연금보험료’를 ‘인건비’에 포함시키려는 입법의도가 있었던 것으로 볼 여지도 충분한 점 등에 비추어 보면,

퇴직연금보험료를 퇴직급여충당금과 달리 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함시키

는 것이 조세평등의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

⑥ 오히려 국민연금, 건강보험료 등을 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건

비에 포함시키면서도 이와 유사한 퇴직연금보험료만을 그 대상에서 제외할 특별한 이유가 없어 보인다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을

달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.

판결문

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