대전지방법원-2015-구합-105260 (2016.05.26)

사 건

2015구합105260 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 AAA

피 고

북대전세무서장

변 론 종 결

2016. 04. 21.

판 결 선 고

2016. 05. 26.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 11. 26. 원고에 대하여 한 2008사업연도 귀속 46,688,290원(가산세 포함), 2009사업연도 귀속 102,995,420원(가산세 포함), 2010사업연도 귀속 243,227,510원(가산세 포함)의 합계 392,911,220원의 법인세 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고(주식회사 AAA유원홀딩스로부터 2015. 1. 26. 분할되어 설립되었다. 이하

분할설립 전후를 불문하고 ‘원고’라고만 한다)는 골프용품 제조·판매·서비스사업, 골프

연습장·골프장사업, 스크린골프사업 등을 목적으로 하는 회사로서, 스크린골프 시뮬레

이션 등 제조에 관한 전담 연구개발부서를 운영하여 오다가 2007 3. 28. 사단법인 한

국산업기술진흥협회장으로부터 ‘주식회사 AAA 제2기업부설연구소’(이하 ‘이 사건 연

구소’라고 한다)를 기술개발촉진법령이 정한 기업부설연구소로 인정받았다.

나. 원고는 2007 내지 2010사업연도까지 이 사건 연구소에서 근무하는 직원들에 대

한 퇴직연금보험료로 2007사업연도 44,431,867원, 2008사업연도 88,145,000원, 2009사업연도 203,089,626원, 2010사업연도 484,802,063원, 합계 820,468,556원을 지출하였다(이하 ‘이 사건 퇴직연금보험료’라고 한다).

다. 원고는 2011. 12. 9. 서대전세무서장에게 ‘2004 내지 2006사업연도 법인세 신고

당시 누락한 연구·인력개발비’ 및 ‘이 사건 퇴직연금보험료’를 구 세특례제한법(2008.

12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 2011. 12. 31. 법률 제

11133호로 개정되기 전의 것, 이하 통틀어 ‘구 법’이라 한다) 제10조 제1항이 규정한

세액공제(이하 ‘조세특례제한법상 세액공제’라고 한다) 대상 연구·인력개발비로 반영하

여 2007사업연도 법인세 319,261,426원, 2008사업연도 법인세 356,872,797원, 2009사업연도 법인세 747,793,173원, 2010사업연도 법인세 766,744,277원, 합계

2,190,671,673원의 법인세 환급을 신청하는 내용으로 법인세 경정청구를 하였고, 이에

서대전세무서장은 2011. 12. 16. 원고에게 2007사업연도 법인세 319,261,426원, 2008사업연도 법인세 356,872,797원, 2009사업연도 법인세 747,793,173원, 2010사업연도 법인세 766,744,278원, 합계 2,190,671,674원의 법인세를 환급하였다.

라. 광주지방국세청은 2013. 8. 26.부터 2013. 9. 12.까지 서대전세무서에 대한 감사

를 실시한 다음 서대전세무서장에게, ‘① 조세특례제한법상 세액공제를 산정함에 있어

요건미비로 불공제된 2003 내지 2006사업연도 제조원가명세서상의 경상연구비를 포함

하여 연구·인력개발비 증가발생금액기준에 의하여야 하고, ② 이 사건 퇴직연금보험료

는 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당하지 않는다’는 내용의 감사결과를 통보하

였다.

마. 이에 서대전세무서장은 2013. 11. 26. 원고에 대하여 2008사업연도 법인세

296,358,700원, 2009사업연도 법인세 296,338,690원, 2010사업연도 법인세 352,403,840원, 합계 945,101,230원의 법인세 부과처분을 하였다(이하 ‘2013. 11. 26.자 부과처분‘이라 한다).

바. 원고는 2013. 11. 26.자 부과처분에 불복하여 2014. 2. 24. 서대전세무서장에게

심사청구서를 제출하였고, 위 심사청구는 2014. 3. 27. 감사원에 접수되었다.

사. 감사원은 원고의 심사청구에 대하여 2015. 8. 13. ‘① 조세특례제한법상 세액공제

를 산정함에 있어 요건미비로 불공제된 2003 내지 2006사업연도 제조원가명세서상의

경상연구비는 제외하는 것이 타당하므로, 2013. 11. 26.자 부과처분 중 이를 포함하여

산정한 부분은 잘못이어서 이를 포함하지 않는 것으로 그 세액을 경정해야 하고, ②

이 사건 퇴직연금보험료는 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당하지 않으므로, 원

고의 나머지 청구는 기각한다’는 취지의 심사결정을 하였다.

아. 이에 과세관청은 감사원의 심사결정에 따라 원고에 대한 법인세를 감액 경정하

고 2015. 9. 24. 원고에게 2008사업연도 법인세 249,670,410원, 2009사업연도 법인세193,343,270원, 2010 사업연도 법인세 109,176,330원, 합계 552,190,010원을 환급하였다. 그 결과 2013. 11. 26.자 부과처분 중 남아 있는 부분은 다음과 같다(이하 다음과같이 감액되고 남아 있는 세액 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

자. 이후 서대전세무서로부터 북대전세무서가 분리·신설되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는

것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

① 조세특례제한법령은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 ‘인건비’의 범위

에서 퇴직연금보험료를 배제하지 않고 있고, 위 ‘인건비’는 그 명칭을 불문하고 근로자

에게 근로에 대한 대가로 지급된 일체의 비용을 의미하는 점, ② 퇴직연금보험료는 각

사업연도에 실제로 지출되고 전액 손금으로 인정되는 비용으로서 인건비에 해당하는

점, ③ 확정기여형 퇴직연금제도인 퇴직연금보험료는 실제 비용 지출 여부, 적립 및 지급시 회계처리 등이 퇴직급여충당금과 달라 양자의 성질은 전혀 다른 점, ④ 과세관청의 예규에 의할 때 4대 보험의 보험료 지출은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비로 인정되는 점 등을 종합할 때, 이 사건 퇴직연금보험료는 이 사건 연구소의 직원들에 대한 인건비로서 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당한다. 그럼에도이 사건 퇴직연금보험료를 조세특례제한법상 세액공제 대상으로 인정하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 법 제10조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용

중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에 그 각 호에서 정한 금액을 해당과세연도의

소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 이에 따라 구 조세제한특례법 시

행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항, 별표6, 구 조세제한특례법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항, 별표6은 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 ‘기획재정부령으로 정하는 전담부서에서근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비‘를 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 열거하고 있고, 구 조세제한특례법 시행규칙(2009. 4. 7.기획재정부령 제70호로 개정되기 전의 것, 2010. 4. 20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것, 2011. 4. 7. 기획재정부령 제204호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항은 ’기술개발촉진법 시행규칙 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소‘를 연구 및 인력개발비의 범위에 관한 ’전담부서‘로 규정하고 있다.

2) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 연구소의 직원은 조

세특례제한법상 세액공제에 관한 전담부서에서 근무하는 직원으로 인정된다고 할 것인

데, 원고가 이 사건 연구소의 직원들의 퇴직연금보험료로 지출한 이 사건 퇴직연금보

험료가 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하는지 여부가 이 사

건의 쟁점이다.

3) 살피건대, 이 사건 퇴직연금보험료는 근로자퇴직급여 보장법에서 규정한 퇴직

급여제도인 퇴직연금제도 중 하나인 확정기여형 퇴직연금제도의 사용자 납입 부담금에

해당하는바, ① 인건비의 문언해석상으로는 퇴직금도 인건비에 포함되는 것으로 볼 여

지가 있고, 구 조세특례제한법령에는 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건

비의 범위에 관하여 퇴직연금보험료(사용자 납입 부담금)를 제외하는 명시적 규정이

없는 점, ② 확정기여형 퇴직연금제도의 퇴직연금보험료에 관한 회계처리와 확정급여

형 퇴직연금제도 등의 퇴직급여충당금에 관한 회계처리가 상이한 점, ③ 원고가 지출

하는 퇴직연금보험료를 과세연도별 및 대상근로자별로 특정할 수 있는 점 등의 사정은

인정된다.

그러나 한편, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같

은 사정 등을 종합할 때, 퇴직연금보험료는 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는

인건비에 해당한다고 볼 수 없다고 할 것이다. 따라서 이와 전제를 달리하는 원고의

위 주장은 이유 없다.

① 조세특례제한법상 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는

일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일

정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 취지가

있으므로, 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공

제 대상으로 삼아야 할 것이다. 그런데 퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려하여

일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 지급의무가

발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비

용이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 퇴직급여충당금은 법인세법상 당해 사업연도의 소

득금액계산에 있어서 손금에 산입될 수 있다고 하더라도 이는 적정한 기간손익의 계산

을 위하여 합리적으로 비용액을 추산한 것에 불과한 것이어서 이를 반드시 정책적 목

적의 조세특례제한법상 세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 볼 것은 아니다. 따라서

퇴직급여충당금이나 이를 재원으로 하여 지급되는 중간정산퇴직금은 조세특례제한법상

세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니한다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두22147 판결 참조).

이 사건 퇴직연금보험료에 관하여 살피건대, 퇴직연금보험 역시 퇴직급여제도의

하나로서, 확정기여형 퇴직연금제도에 가입한 근로자는 원칙적으로 퇴직하는 때에 비

로소 연금 또는 일시금의 형태로 퇴직급여를 지급받을 수 있는 점, 근로자퇴직급여 보

장법 및 같은 법 시행령은 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도에 인출할 수 있는 사유를

일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한하여 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때,

비록 원고가 지출하는 이 사건 퇴직연금보험료를 과세연도별 및 대상근로자별로 특정

할 수 있고, 그 적립방법이나 지급방법에 있어 퇴직금 또는 퇴직급여충당금과 차이가

있다고 하더라도, 근로자의 장기간의 근속기간을 고려하여 원칙적으로 근로계약이 종

료되는 때에 비로소 지급되는 퇴직급여를 지급하기 위하여 원고가 납입하는 부담금인

이 사건 퇴직연금보험료를 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는

비용으로 단정하기 힘들다.

② 법인세법은 수익에 비용을 합리적으로 대응시켜 과세소득을 산출하는 데 그

목적이 있으나, 조세특례제한법은 특정분야에 대한 세제지원을 통해 소기의 국가정책

목적을 달성하려는 데 목적이 있기 때문에 서로 다른 기준에 따라 운영되는 법률이어

서 법인세법에서 손금으로 인정된다고 하여 당연히 조세특례제한법에서도 당해 손금액

이 세액공제 대상이 된다고 볼 수는 없다. 오히려 조세특례제한법상 세액공제는 법인

세법상 손금으로 인정된 금액에 대하여 추가로 해당 금액에 대한 세액공제까지 인정하

는 것으로서 정책적 목적을 위하여 상당한 특혜를 주는 제도이므로, 과세공평을 위하

여 보다 엄격하게 해석할 필요가 있다.

③ 근로자퇴직급여 보장법에 의하면, 사용자는 퇴직급여제도 중 하나 이상의 제

도를 설정하여야 하는데, 확정기여형 퇴직연금제도와 확정급여형 퇴직연금제도 및 퇴

직금제도 중 어느 제도를 설정할지는 사용자의 선택에 맡겨져 있다. 그런데 사용자가

확정급여형 퇴직연금제도 또는 퇴직금제도를 설정한 경우에는 퇴직금, 퇴직급여충당금,중산정산퇴직금은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 않는데(위 대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두22147 판결 참조), 이와 달리 퇴직연금보험료의 경우에는 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함된다고 본다면, 사용자가 어떤 퇴직급여제도를 선택하는지라는 우연한 사정에 따라 조세특례제한법상 세액공제 여부가 달라지게 되는바, 그와 같은 차이를 인정할 정책상의 필요 등 특별한 사정이 인정되지 않는다.

④ 국민연금 및 건강보험료 등은 즉시 납입해야 하는 비용일 뿐만 아니라 그 가

입 여부 등에 관하여 사용자가 선택할 여지가 없고, 사용자 부담금의 산정이 일의적이

라는 점 등에서, 후불제 임금인 퇴직금을 준비하는 복수의 퇴직급여제도 중의 하나로

서 사용자가 임의적으로 선택하는 이 사건 퇴직연금보험료와 차이가 있으므로, 국민연

금 및 건강보험료 사용자 납입액이 조세특례제한법상 세액공제 대상이라고 하여 곧바

로 이 사건 퇴직연금보험료도 조세특례제한법상 세액공제 대상에 해당한다고 볼 수는

없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.