조심 2018서1626 (2018.06.04)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1997.1.24. 개업하여 소프트웨어 개발업을 주업으로 하여 사업을 영위하고 있는 법인으로, 2012～2016사업연도 법인세 신고시 기업부설연구소의 연구원에 대한 인건비 중 확정기여형 퇴직연금 지급액을 연구.인력개발비 세액공제 대상에서 제외하고 신고하였다가, 확정기여형 퇴직연금보험료는 연구.인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 인건비에 해당한다는 대법원 판례(2017.5.30. 선고 2016두63200 판결)에 따라 확정기여형 퇴직연금보험료에 해당하는 연구.인력개발비 세액공제를 추가로 하여 달라는 내용으로 2017.12.8. 처분청에 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 확정기여형 퇴직연금보험료는 연구.인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 보아 2018.2.7. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.3.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)

「조세특례제한법」제10조

, 같은 법 시행규칙 제7조, 같은 법 영 [별표6]의 연구.인력개발비 세액공제 대상은 기업부설연구소에서 근무하는 직원의 인건비로서, ①

「소득세법」제22조

에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액, ②

「소득세법」제29조

및

「법인세법」제33조

에 따른 퇴직급여충당금, ③

「법인세법 시행령」제20조

제1항 각 호에 따른 성과급 등을 세액공제 대상에서 제외하고 있다.

연구.인력개발비 세액공제 대상이 되는 “인건비”에 대한 해석을 대법원 및 고등법원에서는 다음과 같이 하면서 확정기여형 퇴직연금을 세액공제 대상으로 판결하고 있다(대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결, 대전고등법원 2016.11.17. 선고 2016누11467 판결)

① “인건비”란 그 명칭 여하에 불구하고 피용자에게 근로에 대한 대가로 유상으로 지출한 일체의 것으로서, 확정기여형 퇴직연금은 연구소에서 근무하는 직원들에게 그 근로의 대가로 유상으로 지급되는 것이므로 “인건비”에 해당한다 할 것이며, 확정기여형 퇴직연금을 공제대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지도 아니하다.

② 퇴직급여충당금은 정당한 기간손익의 계산을 위하여 추산한 일정한 한도 내의 금원을 퇴직급여충당금으로 적립함과 동시에 동 금액을 퇴직급여로 비용계정에 반영하기는 하나, 실제로 퇴직금을 지급하기 전까지는 아무런 현금 지출이 이루어지지 않는다. 반면에 퇴직연금보험료는 확정기여형 퇴직연금제도에 따라 각 사업연도에 사외의 퇴직연금사업자에게 실제로 지출되고, 그 지출시마다 그 지출분 상당액이 비용으로 회계처리되며, 과세연도별 및 대상근로자별로 그 지출액을 특정할 수 있다. 퇴직급여충당금의 경우 장부상으로만 계상된 비용에 불과하며 피용자가 퇴직하여 그에 대하여 지급이 현실적으로 이루어진 때에야 비로소 회사의 비용이 된다고 볼 수 있는 반면, 퇴직연금보험료는 회사가 사외의 퇴직연금사업자에게 보험료를 지출함과 동시에 그 해당 금원이 피용자에게 확정적으로 귀속되는 것이므로, 퇴직연금보험료가 지출되는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 볼 수 있다. 이와 같이 퇴직급여충당금과 퇴직연금보험료는 그 실질에 있어 큰 차이가 있는 점, 퇴직급여를 사내에 관념적으로만 적립하는 퇴직금제도에 의한 퇴직급여충당금은 근로자들의 안정적인 노후재원 마련에 문제점이 야기되므로 사외의 퇴직연금사업자에게 적립하는 퇴직연금보험제도를 사업자가 선택하도록 유도할 필요성이 있는 점, 「조세특례제한법 시행령」이 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되면서 별표6에 “

「법인세법」제33조

에 따른 퇴직급여충당금을 연구.인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에서 제외한다”는 단서 규정을 추가하면서도, 퇴직연금보험료를 이러한 인건비에서 제외한다는 규정을 두지 않은 것은 이와 같은 이유 등에서 퇴직연금보험료를 인건비에 포함시키려는 입법의도가 있었던 것으로 볼 여지도 충분한 점 등에 비추어 보면, 퇴직연금보험료를 퇴직급여충당금과 달리 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함시키는 것이 조세평등의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

③ 오히려 국민연금, 건강보험료 등을 「조세특례제한법」상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함시키면서도 이와 유사한 퇴직연금보험료만을 그 대상에서 제외할 특별한 이유가 없어 보인다.

위와 같은 대법원 및 대전고등법원에서의 판결에서 보듯이 퇴직연금보험료는 기술연구소 직원들에 개별적으로 대응하는 인건비에 포함된다 하겠다.

(2) 처분청이 거부통지의 근거로 제시한 대전지방법원 판결(2016.5.26. 선고 2015구합10526 판결)은 동일한 사건에 대한 상급심(대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결, 대전고등법원 2016.11.17. 선고 2016누11467 판결) 판결에 따라 이미 효력이 상실된 판결이다.

(3) 또한, 처분청은 이 건 거부처분의 근거로 “내국법인이 부설연구소에서 연구업무에 종사하는 연구요원의 퇴직급여를 지급하기 위하여 납입하는 확정기여형 퇴직연금보험료는 연구.인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하지 아니하는 것임”이라는 국세청의 과세기준자문(법령해석법인-279, 2018.1.11.) 내용을 제시하나, 국세청의 과세자문 또는 행정해석 등은 세무행정의 통일 및 효율성을 기하기 위하여 내부의 업무지침으로 법률상 외부 납세자의 납세의무를 이행하는데 기속시키지 아니한다. 특히, 동일한 사건에 대하여 과세자문 또는 행정해석에 배치되는 대법원의 최종 판결이 선고되면 선고일 이후에는 그동안 유효하게 행정기관 내부에서 업무처리 기준이 되어 오던 과세자문 등의 내부기준은 효력을 상실한다 하겠다.

따라서 이 건의 경우에도 기존에 유지되어 오던 위 행정해석은 동일한 사건에 대한 대법원의 최종 확정판결 이후에는 효력이 없음에도 불구하고 처분청은 거부통지의 근거로 제시함은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)

「조세특례제한법」제10조

제1항에서는 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제하고, 이 경우 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구.인력개발비에 대해서만 적용한다고 제한을 두고 있다.

(2) 청구법인은 대전지방법원 판결(2016.5.26. 선고 2015구합105260 판결)은 고등법원 및 대법원에서 퇴직연금은 연구.인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당한다는 판결(대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결, 대전고등법원 2016.11.17. 선고 2016누11467 판결)이 선고되어 이미 효력이 상실한 판결이라고 주장하고 있으나, 판례는 각 사건에 따라 그 결과를 달리 할 수 있으며, 판례만으로 세법적용을 달리 할 수는 없다.

(3) 국세청의 과세자문 또는 행정해석 등은 세무행정의 통일 및 효율성을 기하기 위한 내부의 업무지침으로 법률상 외부 납세자의 납세의무를 이행하는 데 기속하지 아니한다고 주장하고 있으나, 과세관청은 세법을 엄격하게 집행해야 함이 마땅하고, 다툼의 소지가 있는 업무를 수행하기 위한 과세자문기준 해석은 세법을 객관적으로 집행할 근간이 된다고 볼 수 있으며, 청구법인이 과세자문 해석자료의 적정성 여부를 판단할 이유가 없다고 여겨진다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

확정기여형 퇴직연금보험료가

「조세특례제한법」제10조

제1항이 정한 연구.인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 일부개정된 것) 제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구.인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구.인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(

「법인세법」제43조

의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구.인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구.인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구.인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구.인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금이 있는 내국인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 연구.인력개발준비금 전액을 익금에 산입한다.

1. 해당 사업을 폐업하였을 때

2. 법인이 해산하였을 때. 다만, 합병 또는 분할(분할합병을 포함한다)로 인하여 해산하는 경우로서 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 해당 연구.인력개발준비금을 승계한 때에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항 제2호 또는 제3항에 따라 연구.인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우 해당 준비금 중 연구.인력개발에 사용하지 아니한 금액에 상당하는 준비금에 대해서는 해당 과세연도 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은

「소득세법」제76조

또는

「법인세법」제64조

에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육.훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

⑥ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연구.인력개발준비금 명세서를 제출하여야 한다.

제10조【연구.인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구.인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구.인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구.인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구.인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구.인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구.인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구.인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구.인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구.인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구.인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구.인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구.인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율

가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15

나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 10

3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우 : 100분의 8

4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)

100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구.인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구.인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구.인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사.분석하는 활동

5. 특허권의 신청.보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사.탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

[별표6] 연구.인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

(3) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사.분석하는 활동

5. 특허권의 신청.보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사.탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

[별표6] 연구.인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

(4) 근로자 퇴직급여

보장법 제17조

【급여 종류 및 수급요건 등】① 확정급여형퇴직연금제도의 급여 종류는 연금 또는 일시금으로 하되, 수급요건은 다음 각 호와 같다.

1. 연금은 55세 이상으로서 가입기간이 10년 이상인 가입자에게 지급할 것. 이 경우 연금의 지급기간은 5년 이상이어야 한다.

2. 일시금은 연금수급 요건을 갖추지 못하거나 일시금 수급을 원하는 가입자에게 지급할 것

제19조【확정기여형퇴직연금제도의 설정】② 제1항에 따라 확정기여형퇴직연금제도를 설정하는 경우 가입기간에 관하여는 제14조를, 급여의 종류, 수급요건과 급여 지급의 절차·방법에 관하여는 제17조 제1항, 제4항 및 제5항을, 운용현황의 통지에 관하여는 제18조를 준용한다. 이 경우 제14조 제1항 중 “제13조 제3호”는 “제19조 제6호”로, 제17조 제1항 중 “확정급여형퇴직연금제도”는 “확정기여형퇴직연금제도”로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인은 1996.11.27. 컴퓨터 소프트웨어개발 및 공급을 목적으로 설립된 법인으로, 중소기업용 회계프로그램인 OOO라는 자체 브랜드를 가지고 있으며, 2001.5.28. 회계프로그램개발을 위하여 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소인정서OOO를 받은 사실이 기업부설연구소인정서 등에 의하여 확인된다.

(나) 청구법인은 2012～2016사업연도 법인세 신고시

「조세특례제한법」제10조

에 따라 기업부설연구소에 근무하는 연구원에 대한 인건비 중 금융기관OOO에 납입하는 확정기여형 퇴직연금을 제외한 인건비의 25%에 대하여 세액공제를 받았다.

(다) 청구법인은 ‘확정기여형 퇴직연금은 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 공제대상 인건비에 해당한다’는 대법원 확정판결(대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결)에 따라 2017.12.8. 연구전담부서에 근무하는 연구원에 대한 확정기여형 퇴직연금 회사부담액 OOO원에 대한 연구.인력개발비 세액공제를 추가로 인정하여 달라는 내용으로 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 2018.2.7. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2012.2.2. 개정된 「조세특례제한법 시행령」별표6의 제1호 가목 1) 괄호에서 인건비 중

「소득세법」제22조

에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및

「법인세법」제33조

에 따른 퇴직급여충당금을 인건비에서 제외하도록 규정하고 있고,

「소득세법」제22조

제1항 제2호에서 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득을 퇴직소득으로 규정하고 있는 점, 확정기여형 퇴직연금제도에 가입한 근로자는 원칙적으로 퇴직하는 때에 비로소 연금 또는 일시금의 형태로 퇴직급여를 지급받을 수 있는 점, 「근로자 퇴직급여 보장법」및 같은 법 시행령은 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도에 인출할 수 있는 사유를 일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한하여 규정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점퇴직연금보험료는 원칙적으로 근로계약이 종료되는 때에 지급하는 퇴직급여의 성격이고 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접 대응되는 비용으로 보기는 어렵다 할 것이므로 이를 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당되지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.