조심 2021인1118 (2022.12.29)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인 AAA, BBB, CCC(이하 “청구인들”이라 한다)은 화장품을 제조하는 주식회사 DDD(이하 “매도대상법인”이라 한다)의 주주로서 매도대상법인 발행주식의 100%인 160,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2015.7.16. EEE(이하 “쟁점사모투자법인” 또는 “EEE”라 한다)가 설립한 투자목적회사 FFF 주식회사(이하 “쟁점매수법인”이라 한다)에게 합계 OOO원(주당 OOO원)에 양도하기로 하는 주식매매계약을 체결하고 같은 날 쟁점주식 전부를 쟁점매수법인에 교부하였으며, 2015.7.30.까지 쟁점매수법인으로부터 쟁점주식의 매매대금을 모두 지급받고, 2015.8.24. 및 2015.9.30. 2015년 귀속 양도소득세 합계 OOO원 및 2015년 7월분 증권거래세 합계 OOO원을 아래 ＜표1＞과 같이 신고.납부하였다. ＜표1＞ 청구인들의 양도소득세 등 신고 내역 OOO 나. 청구인들은 2015.7.24. 쟁점매수법인으로부터 지급받은 쟁점주식의 매매대금 OOO원 중 OOO원을 청구인들이 설립한 유한회사 GGG[이하 “(유)GGG”이라 한다]의 신규 출자금으로 납입하였고, 같은 날 (유)GGG은 OOO원 전액을 쟁점사모투자법인의 후순위 유한책임사원의 출자금(이하 “쟁점출자금”이라 한다)으로 납입하였으며, 쟁점사모투자법인의 업무집행사원으로부터 OOO좌의 후순위출자지분(이하 “쟁점출자지분”이라 한다)을 증명하는 출자증서를 교부받았다. 다. 쟁점매수법인은 2017.7.7. 청구인들을 상대로 화장품 제조에 대한 권리가 매도대상법인에 있지 않아 청구인들이 쟁점주식의 매매계약상 확약보증의무를 위반하였다는 이유로 손해배상청구소송을 OOO법원에 제기(2017가합 OOO)하였고, 청구인들, (유)GGG, 쟁점사모투자법인의 업무집행사원들, 쟁점매수법인은 2016.10.28.자로 합의된 내용에 따라 쟁점매수법인의 자금유치 목적으로 (유)GGG이 소유한 쟁점출자지분 중 OOO좌의 무상양도 등의 의무를 이행하는 경우 쟁점매수법인은 청구인들에게 쟁점주식의 매매계약으로 인하여 발생 가능한 모든 민·형사상 법적 책임을 확정적으로 면책하기로 하였다가, 2017.8.11. (유)GGG이 쟁점출자지분 전부를 쟁점사모투자법인의 업무집행사원이 지정하는 자에게 무상으로 양도하거나, 업무집행사원이 요구하는 경우 쟁점출자지분에 대한 일체의 권리를 포기하기로 하는 내용의 합의를 하였으며, (유)GGG은 2017.11.6. 쟁점출자지분에 대한 양도, 권리 포기 등에 대한 의무를 성실히 이행할 것이라는 확약서를 쟁점매수법인에게 제출하였다. 라. 청구인들은 2019.10.25. OOO서장 및 OOO서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 기신고한 2015년 귀속 양도소득세 신고서 상의 주식양도가액이 OOO원에서 OOO원으로 감액되었다는 사유로 아래 ＜표2＞와 같이 2015년 귀속 양도소득세 합계 OOO원 및 증권거래세 합계 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인들 등이 설립한 (유)GGG이 포기했다고 주장하는 쟁점출자지분의 포기 절차가 이행되지 않았으므로 쟁점주식의 양도가액이 OOO원으로 감액된 것으로 볼 수 없다고 보아 경정청구 거부의견을 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2020.5.11. 및 2020.5.12. 청구인들의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다. ＜표2＞ 청구인들의 경정청구 내역 OOO 마. 청구인들은 이에 불복하여 2020.7.15. 이의신청을 거쳐 2020.12.21. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구인들 주장 (1) 청구인들은 쟁점주식 양도대금을 OOO원으로 정하였으나, 계약에 따라 실제 양도대가로 받은 것은 현금 OOO 원과 후순위출자금 OOO 원 해당 지분인데, 청구인들은 양도계약의 목적물인 발행주식의 본질 가치를 결정하는 대상회사의 자산에 관한 보증사항, 즉, “㈜HHH에 공급한 OOO크림과 OOO과 관련된 레시피(know-how 및 영업비밀 포함)는 모두 대상회사가 소유하고 있다.”라는 부분이 사실과 다른 것으로 밝혀져 대상회사 발행주식의 본질가치가 달라졌고, 이로 인하여 쌍방 합의에 의하여 양도대가 중 후순위출자금 OOO 원 해당 지분을 포기하기로 하여 결과적으로 현금 OOO원만 받은 것이다. 쟁점주식의 양도계약과 관련하여, “청구인들은 자신들 소유의 매도대상법인 발행주식 전부를 FFF(이 사건 EEE의 100% 자회사)에게 매매대금 OOO원에 양도하되, 양도가액 중 OOO 원은 실제로 지급받는 것이 아니라 매수법인의 주주로서 「자본시장법과 금융투자업에 관한 법률」(이하 ”자본시장법“이라 한다)상 경영참여형 사모집합투자기구인 이 사건 EEE의 후순위 출자금 OOO 원으로 대체하기로 약정함으로써 이 사건 EEE의 해당 지분을 취득한 것”이고, 양도가액의 감액과 관련하여서는 “청구인들은 2015.7.16. 보유주식 전부를 OOO원에 양도하는 주식 매매계약을 체결하면서 계약서 제4.12조에서 ‘대상회사가 제조하여 ㈜HHH에 공급한 OOO크림과 OOO의 관련된 레시피는 모두 대상회사가 소유하고 있다’고 확약 보증하였고, 대상회사는 ‘OOO크림과 OOO’이라는 OOO 화장품(이하 ”쟁점화장품“이라 한다)을 생산하여 ㈜HHH에 독점 공급하는 화장품 제조사로서 매출액 중 85%는 ㈜HHH와 관련한 매출이었는데, 이 사건 주식 양도이후 ㈜HHH는 이 사건 화장품 제조에 관한 권리가 자기들에게 있다면서 2016년 6월경 대상회사와의 거래를 전면 중단하고 화장품 제조를 자회사인 OOO에게 맡김으로써 대상회사의 매출액이 2015년 OOO원에서 2016년 OOO원으로 80%가 급감하였고, 이에 청구인들은 주식매매계약 위반을 이유로 손해배상을 요구하는 매수법인의 요구를 받아들여 2017.8.11. 이 건 변경합의서를 작성하였는데, 변경합의서의 핵심 내용은 당초 양도가액 중 OOO 원은 청구인들이 실제로 지급받은 것이 아니라 매수인측에서 설립하는 이 사건 EEE의 후순위출자금으로 대체하기로 한 것이므로, 대금감액도 당초 매매계약 내용에 맞추어 위 후순위출자금 OOO원 해당 지분을 포기하는 합의로 갈음한 것”이다. (2) 이 건의 경우 청구인들은 후순위출자지분을 특정인에게 양도한 것이 아니고 그 권리를 포기한 것으로서 청구인들이 포기한 권리를 누가 취득할 것인지 여부는 양수인을 비롯한 쟁점사모투자법인 관계자들이 알아서 처리할 문제일 뿐, 더 이상 청구인들이 관여할 여지가 없는 영역이다. 계약 해제는 당사자들의 의사표시에 의하여 그 효력이 바로 발생하는 것이지, 별도로 계약 해제를 위한 집행행위가 필요한 것이 아니므로, 계약 해제가 적법한 이상 그로 인한 원상회복 등 조치의 완료 여부와 무관하게 이미 과세대상인 소득은 감소되었다고 보아야 한다. 이 건 합의서 및 변경합의서에 의하면, 청구인들은 쟁점출자금에 대한 모든 권리를 불가역적 상태로 확정적으로 포기하였고, 그 처분에 관한 권리를 포함한 모든 권리 또한 매수인 측에 귀속된 상황에서 청구인들의 당초 양도차익은 확정적으로 감액된 것이므로, 청구인들이 포기한 후순위 출자지분이 향후 누구에게 귀속될 것인지와 관계없이 이 사건 주식 양도로 인하여 청구인들이 얻은 양도차익은 이미 확정적으로 감액된 것으로 보아야 하고, 조세심판원 결정례(조심 2013서2201, 2014.1.20.)나 판례(대법원 2015.10.15. 선고 2012다64253 판결)도 ‘주식양수도대금의 조정’이라는 명제 하에 당초 양도가액의 감액으로 보고 이에 해당하는 양도소득세의 감액을 전면적으로 인정하고 있다. 따라서 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도재산인 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액, 즉 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금으로 보아야 하고(대법원 2010.10.14. 선고 2010두7970 판결 등 다수), 대법원은 계약서상 진술 보증의무위반에 대하여도 “주식양수도계약서에 진술 및 보증 조항을 둔 것은, 주식양수도계약이 이행된 후에 매도인이 매수인에게 진술 및 보증하였던 내용과 다른 사실이 발견되어 매수인에게 손해가 발생한 경우에 매도인으로 하여금 그 손해를 배상하게 함으로써 매도인과 매수인 사이에 불확실한 상황에 관한 경제적 위험을 배분시키고, 사후에 현실화된 손해를 감안하여 주식양수도 대금을 조정할 수 있게 하는 데 그 목적이 있다.”라고 판시하고 있다(대법원 2015.10.15. 선고 2012다64253 판결 참조). 또한, 대법원은 “소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백한 때에는 그 경제적 이득을 대상으로 하는 소득세는 그 전제를 잃게 되고, 그와 같은 소득을 과세소득으로 하여 소득세를 부과할 수 없다(대법원 2002.10.25. 선고 2001두1536 판결 등)”고 판시하고 있고, “해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우에는 사업상의 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액한 경우도 포함된다고 봄이 타당하다(대법원 2013.12.26. 선고 2011두1245 판결)”고 판시하였으며, 최근 조세심판원 결정례(조심 2020인1203, 2020.9.15.)도 같은 취지로 결정한 바 있다. (3) 후순위 출자지분의 명의이전이 없다고 하더라도, 주식 매매 당사자 사이에서 어떠한 이유(이 사건의 경우 주식 가치의 평가오류)로 양도주식의 가액에 관하여 사후적으로 감액 합의가 되었다면, 그 때 바로 주식 양도로 인한 양도차익은 감액되는 것이라고 보아야 한다. 처분청도 청구인들과 양도주식의 가액에 관하여 사후적으로 감액 합의를 한 사실 자체는 인정하면서도 후순위 출자지분의 처리절차가 지연되고 있다는 사정으로 양도주식 가액의 사후적 감액을 받아들이지 않고 있다. 하지만 대법원은 “부동산에 대한 매매계약이 합의해제되면 매매계약의 효력은 상실되어 양도가 이루어지지 않는 것이 되므로 양도소득세의 과세요건인 자산의 양도가 있다고 볼 수 없으며, 그 부동산에 대한 제3취득자가 있어 양도인 앞으로의 원상회복이 이행불능이 됨으로써 양도인이 이로 인한 손해배상 청구권을 취득하더라도 이를 그 부동산의 양도로 인한 소득이라고 볼 수는 없다.”고 판시하고 있고(대법원 2011.8.25 선고 2010두25152 판결 등 참조), 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되었음이 증명된 이상 그에 관한 소송의 판결에 의하여 해제 여부가 확정되지 않았다 하더라도 후발적 경정청구사유에 해당한다고 판시하고 있다(대법원 2020.1.30 선고 2016두59188 판결). (4) 처분청은 양도가액 감액에 대하여 지분포기절차가 이행되지 아니하였다는 의견이나, 권리의 포기는 권리자의 단독행위로서 포기 의사표시에 의하여 바로 권리가 상실된 것이므로 포기절차는 이미 이행된 것이고, 다만, 포기한 권리가 누구에게 귀속되는 것인지가 남은 것뿐이며, 청구인들이 포기한 후순위 출자지분을 누구에게 이전시키는지의 문제는 양도주식의 가액 조정과는 상관이 없는 것이다. 한편, 처분청은 이 건 합의서 등으로는 무한책임사원의 동의 의사표시가 확인되지 아니한다는 의견이나, 쟁점사모투자법인의 무한책임사원인 펀드운용사(OOO, 이하 “NNN”라 한다)와 청구인들이 작성한 2016.10.28.자 당초합의서와 2017.8.11.자 변경합의서를 보면, NNN는 무한책임사원이라고 분명히 밝히고 있고, 무한책임사원 전원이 합의서의 계약당사자이므로, 무한책임사원 전원의 동의 의사표시가 확인되지 아니한다는 처분청의 의견은 부당하다. 따라서 청구인들이 포기한 후순위 출자지분이 누구에게 이전된 것인지가 정해지지 않았다는 이유로 경정청구를 거부한 처분은 세법상 손익귀속시기에 관한 권리의무확정주의라는 기본원칙을 무시한 것이고, 주식 양도일의 귀속시기에 관한 국세청의 예규 등에서도 주식 양도의 귀속시기는 주식명의개서 여부에 관계없이 잔금 청산일로 보고 있고, 국세청의 양도소득에 대한 과세 사례나 예규 등에서 보는 바와 같이 등기 등록이나 명의개서 이전이라도 잔금이 청산된 경우에는 권리가 이전된 것으로 보아 양도소득세를 과세하고 있는바, 이 건의 경우 현금을 지급하고 주식을 취득하는 것이 아니라 양도대가로 받은 출자지분을 양도물건의 하자를 이유로 포기한 것이므로, 매매당사자 사이에서 양도대가로 받은 쟁점출자금을 포기하기로 합의하고, 쟁점출자금이 매수인측의 처분권한 아래에 귀속되었다면 처분청이 말하는 포기절차의 이행, 즉 사원명부 명의개서 여부에 관계없이 대금감액 합의 및 권리포기 확약서에 의해 주식양도에 관한 권리의무는 확정된 것으로 보아야 한다. (5) 청구인들은 손해배상의 일환으로 주식양도대금 OOO원의 일부로 취득한 쟁점출자금 OOO 원을 포기한 것이므로, 이는 당초 양도가액의 일부 감액으로 볼 수밖에 없고, 이를 사례금, 즉, ‘사무처리 또는 역무의 제공 등과 관련하여 사례의 뜻으로 지급되는 금품’으로 볼 여지는 없다. 또한, 만일 쟁점매수법인과 청구인들이 통모하여 양도가액의 감액을 가장한 것이라면 이는 ‘통정한 허위의 의사표시’로서 무효이나( 「민법」 제108조 제1항), 통정허위표시라는 점에 대한 입증책임은 이를 주장하는 처분청에 있는 것인바(대법원 2007.7.12 선고 2005다39617 판결), 우선 쟁점매수법인과 청구인들이 통모하여 양도가액의 감액을 가장하였다는 점을 인정할 수 있는 아무런 증거가 없을 뿐만 아니라, 쟁점매수법인은 자본시장에서 이해관계에 가장 민감한 투자목적회사로서 주식양도인인 청구인들과는 이해관계가 오히려 상반된다고 할 것이므로 이들이 상호 통모하여 가장행위를 한다는 것은 경험칙상 상정하기 어렵다고 할 것이므로, 처분청의 이러한 의견도 부당하다. 나아가 조세경감을 목적으로 통모한 것이라면 통모할 무렵 경정청구를 제기하였어야 할 것이나, 이 건 경정청구는 청구인들에 대해 OOO청장이 2018.8.16.부터 2018.10.28.까지 소득세 통합 세무조사시 쟁점주식 양도대금 사용처를 조사하는 과정에서 청구인들이 포기한 쟁점출자금을 당초 양도가액에서 감액하여야 하는지 여부가 처음 거론된 것이고, 경정청구도 2019년 10월 각각 제기한 사실을 감안하면 이를 통모한 가장행위라고 하는 처분청 의견은 억지라고 하겠다. (6) 양도가액 감액의 법적 성격이 손해배상이라고 보더라도, 조세심판원은 이러한 손해배상금의 지급은 매도인이 사실상 매매가액 사후정산 조건부로 쟁점주식을 양도한 것으로 보이는 점 등을 이유로 양도가액에서 차감함이 합리적이라고 결정한 바 있다(조심 2013서2201, 2014.1.20., 조심 2013서2376, 2014.2.25. 결정 등). 또한 양도대금으로 받은 수표 등의 부도에 대하여도, 대법원 판결이나 최근 심판례에서 양도대금채권은 그 회수가 불가능하게 된 경우 사업소득이나 부동산임대소득 등과 같이 대손금으로 처리하여 달리 손금에 산입할 방법도 없으므로, 일정한 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정됨으로써 당초 성립하였던 납세의무가 그 전제를 잃게 되었다면, 실제 발생한 양도소득의 범위에서 과세하는 것이 실질과세의 원칙에 부합하는 것이라고 밝히고 있다(대법원 2002.10.25. 선고 2001두1536 판결, 조심 2020인1203, 2020.9.15. 결정). 처분청은 대법원 2002.12.24. 선고 2002다54691 판결을 원용하여 이 건 당사자들의 포기 합의만으로 청구인들이 후순위 출자지분에 대한 소유권을 상실하였다고 보기 어렵다는 의견이나, 처분청이 제시한 위 판결은 합명회사나 합자회사의 경우와는 달리 주식회사에 있어서는 사원의 퇴사가 인정되지 아니한다는 것을 강조한 것일 뿐, 주식회사가 아닌 합자회사로 보는 이 건 쟁점사모투자법인의 후순위 사원의 지분 포기에 대하여 적용될 여지는 없다. 또한 처분청은 이 건 쟁점사모투자법인의 정관을 들어 수익이 발생했을 시 분배받을 권리를 갖고 있는 것으로 보아야 한다는 의견이나, ① 이 건 확약서의 주요 내용은 ‘쟁점후순위 지분에 대한 양도, 권리포기, 퇴사, 회사에 대한 일체의 권리청구 포기’이고, 합의서 제1조 제2항에서 현금흐름은 모두 매수인 측에서 권리를 행사할 수 있도록 규정되어 있으며, ② 이 건 NNN인 III㈜에 확인한 결과 “투자금 및 이익 등에 대한 분배금은 청구인들측에는 일체 지급하지 않는다”고 확인해준 사실이 있고, ③ 청구인들이 후순위 출자금에 대한 권리를 포기한 이상 후속절차는 매수인측에서 알아서 처리할 사항인데, 매수인측에서 처분청에 회신한 내용에 의하면, “당 쟁점사모투자법인은 확약서를 받았으나 관련사항을 이행하고 있지 않았다”라고 하여 매수인측에서 후속절차를 진행하고 있지 않고 있음이 확인되므로 매수인측에서 후속절차를 이행하지 아니하였다고 하여 청구인들에게 후순위출자자의 지위가 존속되고 있는 것은 아닌 것이다. (7) 처분청은 쟁점출자금을 포기한 것은 청구인들이 아니라 청구인들이 설립한 (유)GGG이므로 이를 청구인들의 주식양도대금 감액으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구인들은 이 건 주식의 양도인들로서 당초 주식매매계약에 따라 쟁점매수법인으로부터 주식대금의 일부로 수령한 OOO원을 당초 약정에 따라 설립된 (유)GGG에 출자금으로 납입하고, (유)GGG은 이 사건 EEE계좌로 OOO 원을 이체하여 1차 후순위출자금이 납입되도록 하였으며, 이어서 쟁점매수법인으로부터 수령한 OOO 원을 동일한 방법으로 (유)GGG의 계좌를 거쳐 이 사건 EEE의 계좌로 이체함으로써 후순위출자금 OOO 원의 출자를 완료한 것인바, 위 사실에 의하면 비록 자금흐름 단계에 (유)GGG이 개입되어 있으나, (유)GGG은 이 사건 주식 양수대금의 수령 및 이체를 위하여 설립된 페이퍼컴퍼니에 불과하여 실질과세원칙상 거래의 실질적 주체는 100% 주주들인 청구인들이라고 할 것이므로, 매매대금 OOO 원 중 OOO 원은 결국 청구인들이 받은 그대로 쟁점매수법인에게 반환되었다고 할 것이다. (8) 한편 처분청은 쟁점주식 매매계약에 따른 손해배상 한도를 매매대금의 20%로 한정하였기 때문에 동 배상한도액과 쟁점출자지분의 시가 상당액 중 적은 금액을 양도가액에서 차감하여야 한다는 의견이나, 양도대금에서 감액하는 금액은 종국적으로 실현되지 아니한 소득이므로 후순위출자금에 관한 권리를 포기한 것을 양도가액의 조정으로 인정하는 한, 양도가액에서 감액되는 금액은 당초 매매계약상 손해배상 한도 20%에 한정되는 것이 아니라, 실제로 주식 평가의 하자를 이유로 당사자들의 합의에 의하여 감액한 금액, 즉, 실제로 받지 못한 금액 전액이 되어야 하고, 조사청의 과세사실판단자문회의 결정에서도 계약의 하자에 대한 책임으로 청구인들이 포기한 쟁점출자금은 양도가액에서 감액하는 것이 타당하고, 감액하는 금액에 대하여도 청구인들이 포기한 OOO 원 전액에 대하여 양도가액을 감액하여 청구인들의 경정청구를 인용하는 것이 타당하다는 결정을 한 사실이 있다. (9) 이 건 주식의 양도가액이 감액된 것이 명백함에도 불구하고 처분청이 굳이 이를 다투고 있는 이유는 이 건 주식의 양도로 인한 양도소득세를 극대화해서 국가재정에 기여하기 위함이라고 볼 여지가 있으나, 청구인들이 실제 받은 돈과 상관없이 양도가액을 높이는 경우 결국 청구인들은 양도가액이 높아진 만큼 과세표준이 늘어나 억울하게 양도소득세를 더 내는 결과가 되지만, 이러한 올라간 양도가액은 결국 매수인들의 취득가액을 높이게 되어(OOO원이 아닌 OOO원) 매수인들이 이 건 주식을 양도할 때에는 뜻하지 않게 실제 자신들이 얻은 양도차익보다 훨씬 낮은 과세표준을 적용받게 되어 양도소득세를 부당하게 적게 내는 결과가 되고, 이는 결국 해당 차액만큼 이 건 청구인들에게 과세가 전가되는 부당한 결과를 가져온다. 나. 처분청 의견 (1) 이 건 쟁점주식의 매매계약에 따른 매매대금 전부가 실제로 지급되어 정상적으로 거래가 종결되었고, 이 후 매매대금의 조정 또는 변경계약 없이 정상적으로 매매계약은 종결되었다. (가) 매매대금 전부가 실제로 지급되었는지에 대하여는, 쟁점주식의 매매계약과 관련하여 청구인들이 쟁점매수법인에게 쟁점주식의 소유권을 이전(명의개서)하고 쟁점주식의 매매대금 전액을 지급받아 2015.7.30. 정상적으로 거래가 종결되었고, 거래종결일까지 사정의 변경 또는 분쟁의 발생에 따른 매매대금 조정 등 내용변경계약은 없었으며, 청구인들의 쟁점주식에 대한 양도거래와 청구인들이 설립한 (유)GGG의 쟁점출자지분에 대한 취득거래도 당초 약정한 매매대금의 청산으로 정상적으로 종결되었다. (나) 양도가액 변경 가능 여부에 대하여는, 해당 자산의 양도거래에 있어서 권리확정주의를 택하고 있는 「소득세법」상 양도소득의 귀속시기 이후에라도 ① 대금청산으로 거래가 종결되기 전에는 계약당사자는 사정의 변경 등에 따라 매매대금을 조정하거나 계약을 해제할 수 있는 것이고, ② 거래가 종결된 후에는 거래종결 이전에 발생한 계약 또는 매매목적물의 하자로 인하여 손해배상액을 지급한 사실이 법원판결 등에 의하여 객관적으로 명백한 경우에는 사실상 매매대금의 사후정산 조건부 양도로 보아 양도가액에서 차감할 수 있는 것이며, 이와 같이 조건이 성취되어 양도가액이 변경된다면 「국세기본법」 제45조의2 제1항의 일반적 경정청구 또는 같은 조 제2항의 후발적 경정청구 사유에 해당되는 것인바, 청구인들이 제시한 심판결정례 또는 판례들은 모두 여기에 해당하는 것이다. (다) 청구인들은 쟁점주식의 매매계약서에 정한 청구인들의 확약보증사항의 위반이 확인되어 합의서에 의하여 쟁점주식의 매매대금 OOO원 중 쟁점출자지분 취득대금 상당액인 OOO원을 감액한 것이므로 이를 반영하여 후발적 경정을 하는 것이 「국세기본법」 취지에 부합하는 것이라고 주장하나, 매매계약의 거래종결일 이후의 당사자간의 임의적인 매매가액 변경의 합의는 징수권 확보에 상당한 문제가 될 수 있으므로, 조세부과의 통일성과 공평성, 조세법률주의와 법적 안정성 및 예측가능성을 중시하는 조세법률관계에 있어서는 특별한 사정 즉, 객관적으로 명백한 계약 및 매매목적물의 하자에 따른 손해배상 또는 매매대금 감액 합의 등이 아니라면 이는 일반적 경정청구 또는 후발적 경정청구 대상이 될 수 없는 것이다. 또한 쟁점주식 매매계약서 제10조는 거래종결일 이전에 한하여 본 계약을 해제할 수 있는 것으로 하였으므로, 거래종결일 이후에 쟁점주식의 매매대금 감액 등의 합의는 불가능하고, 쟁점주식의 거래종결일 이후에 작성된 합의서 등을 보더라도, 쟁점주식의 매매계약 하자 또는 확약보증 위반에 따른 손해배상금 등의 문구 자체가 전혀 명시되어 있지 않는 등 매매대금 OOO원 감액 합의를 하였다는 근거도 찾아볼 수 없다. (2) 이 건 합의서에는 쟁점주식의 매매계약서에 따른 쟁점확약보증사항의 위반 여부 및 그에 따라 발생된 손해액의 산정 또는 배상합의액과 그 지급방법 자체가 명시되어 있지도 않고, 청구인들과 쟁점매수법인 사이에 쟁점주식의 매매대금에 대한 사후정산 조정금 성격의 손해배상금을 지급하기로 합의하였다는 객관적이고 명백한 증빙도 존재하지 않는다. (가) 매매계약의 거래종결일 이후에는 양도한 자산에 거래종결 전에 발생한 하자에 따른 손해배상액의 지급 사실이 법원판결 등에 의하여 객관적으로 명백한 경우에는 양도가액에서 차감할 수 있는 손해배상금으로 보지만, 당사자 간의 합의로 향후 민·형사상의 분쟁을 원만히 해결하기 위하여 수수한 합의금품은 손해배상금이 아닌 사례금품으로 보는 것이다(국세청 재산46014-370, 2000.3.25., 조심 2010중1203, 2010.6.23., 조심2017서4323 , 2018.1.23. 등). 손해배상이란 말 그대로 ‘손해''''''''를 배상하는 것으로서, 채무불이행이나 불법행위 등으로 손해가 발생한 경우, ① 발생한 손해의 범위만큼 배상하고, ② 그 손해의 발생은 손해배상을 청구하는 쟁점매수법인이 증명해야 하는 것이며, 손해배상청구권이 발생하기 위해서는 채무자의 채무불이행 또는 불법행위 사실만으로 충분하지는 않고, 손해배상청구권이 생기려면 ''''''''손해가 발생한 사실''''''''이 인정되어야 하며, 또 그것이 배상범위에 해당하여야 하는 것이다. (나) 합의서는 쟁점주식매매계약의 직접적인 당사자인 청구인들과 쟁점매수법인 사이의 쟁점주식의 매매계약의 하자에 따라 발생된 손해액에 대한 손해배상합의서가 아니라, 향후 민·형사상 소송 등의 당사자간 분쟁을 원만히 해결하기 위한 목적으로 2016.10.18.자로 청구인들, (유)GGG, 쟁점매수법인, 쟁점사모투자법인 등 쟁점주식과 쟁점출자지분 관련 당사자들이 체결한 ‘쟁점매수법인에 대한 자금지원 합의서’를 2017.8.11.자로 일부 변경한 합의서에 불과한 것이다. 1) 기존 합의서에는 (유)GGG이 소유한 쟁점출자지분 중 OOO좌의 무상양도 등의 의무를 이행하는 경우 쟁점매수법인은 청구인들에게 쟁점주식의 매매계약으로 인하여 발생 가능한 모든 민·형사상 법적 책임을 확정적으로 면책하기로 하는 등의 합의를 하였고, 2017.8.11. 기존합의의 의무이행 사항을 쟁점출자지분 전부(OOO좌)의 무상양도 또는 권리 포기로 변경하는 합의를 하였다. 2) 합의서를 보면, ① 쟁점주식의 매매계약 하자에 따라 현실화된 객관적인 손해액 산정 또는 배상합의액 및 손해배상의 방법 자체도 명시되지 않았고, ② 본 합의서의 내용은 청구인들의 쟁점매수법인에 대한 쟁점주식의 매매계약에 따른 책임을 인정하는 취지가 아니라는 것을 명시하였으며, ③ 청구인들이 지배하고 있는 (유)GGG이 쟁점사모투자법인이 지정하는 자에게 쟁점출자지분을 무상양도하거나, 업무집행사원의 요청에 따라 (유)GGG이 쟁점출자지분과 관련하여 지급받을 모든 분배금액(현금흐름) 이전 관련 합의서를 작성하고, 청구인들이 연대하여 매도대상법인이 신규로 발행하는 보통주 3,840주를 OOO원(주당 OOO원)에 인수하기로 하는 의무를 완전히 이행한 즉시 쟁점매수법인이 청구인들을 상대로 제기한 쟁점손해배상소송(OOO법원 2017가합OOO)을 취하하기로 하는 합의를 하였을 뿐이다. (다) 쟁점주식의 매매계약 당시 주식평가산정에 중대한 하자가 있는 것이 확인되어 합의서를 통해서 매매대금 OOO원을 감액하기로 합의하였다는 청구인들의 주장은 아래와 같은 이유로 근거가 없는 일방적인 주장에 불과하다. 1) 계약당사자 사이에 어떠한 계약내용을 처분문서인 서면으로 작성한 경우에 문언의 객관적인 의미가 명확하다면 특별한 사정이 없는 한 문언대로의 의사표시의 존재와 내용을 인정하여야 하며, 문언의 객관적 의미와 달리 해석함으로써 당사자 사이의 법률관계에 중대한 영향을 초래하게 되는 경우에는 그 문언의 내용을 더욱 엄격하게 해석하여야 한다(대법원 2010.11.11. 선고 2010다26769 판결, 대법원 2011.12.8. 선고 2011다78958 판결 참조). 2) 이러한 법리에 따르면, 합의서에서는 청구인들의 쟁점주식의 매매계약에 따른 확약보증사항 위반 등의 하자에 따른 손해배상책임에 대해서는 전혀 언급하지도 않았고 다만, 쟁점사모투자법인의 투자손실에 따른 자금유치 목적으로 향후 업무집행사원이 후순위사원인 (유)GGG에게 쟁점출자지분에 대한 일체의 권리를 포기할 것을 요구하는 경우 일체의 권리를 포기하기로 하는 내용의 확약서를 작성하여 제출하도록 하는 의무사항을 부담하도록 합의하였는바, (유)GGG이 쟁점출자지분을 포기하기로 하는 확약서를 제출한 것만으로 쟁점출자지분의 소유권이 쟁점매수법인에게 이전되는 것이라 하여 그 취득가액을 쟁점주식의 매매계약의 하자에 따른 손해배상금이라 보는 것은 그 문언의 객관적 의미를 크게 벗어난 것이다. 3) 합의서를 통해서 쟁점주식의 거래당사자가 매매대금 OOO원을 감액하기로 합의하였다면, 당연히 그 거래상대방인 쟁점매수법인도 어떠한 회계처리 과정을 통해서 쟁점주식의 취득원가 조정이 있었을 것이지만, 쟁점매수법인은 처음부터 합의서를 손해배상합의서로 인식하지 않았기 때문에 재무제표와 그에 대한 감사보고서에 기재된 쟁점주식의 취득과 관련된 내용을 보더라도 취득원가가 OOO원으로 기재되어 있는 등 취득원가 감액 조정내역이 없었던 것이다. (3) 청구인들은 쟁점매수법인이 쟁점주식의 매매계약에 따른 청구인들의 확약보증사항의 위반을 이유로 손해배상소송을 제기하였고, (유)GGG이 쟁점출자지분 전부의 권리를 포기하기로 하는 확약서를 제출하였기 때문에 쟁점매수법인이 손해배상소송을 취하한 것이라고도 주장하나, 손해배상소송에서는 “청구원인으로 확약보증사항이 허위였으므로 사기에 의한 것으로 계약취소의 의사표시를 한다면서 추후 청구취지를 확장할 것을 전제로 손해배상금 OOO원을 청구하는 것이고, 쟁점매수법인이 입은 손해액에 대해서 소송진행 과정에서 입증할 예정”이라는 소장만 제출한 상태에서 피고인 청구인들은 소장부본 및 변론기일통지서를 송달받고도 소송대리인도 선임하지 않았을 뿐만 아니라 답변서도 제출하지 않는 등 실질적 다툼이 없이 쟁점매수법인이 소송을 취하하였는바, 이는 실질적인 손해배상소송이라고 볼 수 없다. (가) 쟁점매수법인은 청구인들의 확약보증사항 위반 사실을 알았다고 하는 시기(2015.7.31.)에 바로 쟁점주식 매매계약에 대해서 사기에 의한 계약취소의 손해배상소송을 제기한 것이 아니라 쟁점주식의 매매계약 종결 후 2년이 지날 무렵인 2017.7.7.에야 청구인들을 상대로 확약보증사항 위반을 이유로 손해배상소송을 제기한 것은, 2016년 매도대상법인의 예상하지 못한 매출 급감으로 투자손실을 보게 될 상황에 있는 선순위 출자자들이 매도대상법인의 쟁점화장품 레시피권 분쟁 탓으로 돌릴 우려가 있었고, 이에 따라 투자당시에 그러한 사실을 사전에 고지하지 않은 쟁점사모투자법인의 업무집행사원을 상대로 선량한 관리자 주의의무 위반(사기)에 따른 형사고소 및 손해배상청구 등의 법적 위험에 대비하여 방어대책의 차원(투자 이후에 레시피권 분쟁 사실 인지)으로 손해배상청구 기한이 임박해서야 손해배상을 제기한 것이다. (나) 쟁점매수법인은 쟁점주식의 매매대금을 OOO원으로 하면서 청구인들로 하여금 쟁점사모투자법인에 OOO원을 후순위 출자자로 재투자하도록 하여 상호 기업가치를 공유한 것으로 하였기 때문에, 쟁점매수법인의 입장에서는 실투자금은 OOO원에 불과하여 매도대상법인의 레시피권 분쟁으로 인한 급격한 매출실적 저하가 없는 한, 투자에 대한 잠재적 위험의 안전장치를 마련한 것이었고 다만, 청구인들의 입장에서는 후순위 출자자로서의 재투자 손실에 대한 위험을 감수할 수밖에 없는 상황이었다. (다) 쟁점매수법인은 매도대상법인의 쟁점화장품 레시피권 분쟁의 사전 인지 여부에 불구하고 이 건 쟁점주식의 매매계약을 유지하였을 것으로 보여지고, 더욱이 사전에 쟁점화장품 레시피권 분쟁 사실을 충분히 인지하였을 것으로 보여지므로, 청구인들의 쟁점확약보증사항을 위반하였다는 사실을 확인할 수 있는 객관적인 근거도 없다. 1) 쟁점매수법인이 쟁점화장품 레시피권 분쟁을 이 건 쟁점주식 매매계약의 중대한 하자로 보았다면 그러한 사실을 알게 된 즉시 청구인들에 대한 법적조치를 취하지 않았고, 손해배상청구 기한이 임박해서야 형식적인 손해배상소송을 제기하였으며, 이미 가치가 급락한 쟁점주식에 대한 청구인들의 주식매수권 포기를 전제로 합의서에 따라 청구인들이 매도대법인이 발행하는 보통주 3,840주를 OOO원(주당 OOO원)에 인수하기로 하는 자금지원 의무이행을 확인한 후에 형식적으로 제기한 손해배상소송을 취하하였을 뿐이다. 2) 매도대상법인의 인수가치를 부풀린 혐의로 III사 임원에 대해 선순위출자자(LP)들 일부가 형사고소를 하여 검찰수사 및 형사소송으로 이어졌는데, 이에 대한 당시 관련 기사내용에 따르면, “쟁점사모투자법인의 공동업무집행사원인 III 관계자는 “중국의 사드 관련 보복으로 화장품 업황이 나빠진 것을 OOO크림 제조법으로 돌리는 것”(2018.6.12. OOO 등), “DDD는 2015년 당시 OOO원의 영업이익을 시현했고, 실투자금 OOO원으로 재무적 밸류에이션만으로도 문제없으며, 인수가격은 레시피가 반영된 가격이 아니다(2019.6.13. OOO 등).”라고 밝히고 있다. 3) 매도대상법인의 매출액이 급감한 것은 쟁점화장품 판매사인 HHH와의 레시피권 분쟁 때문이 아니라, 아래 ＜표3＞과 같이 매출의 80% 수준을 차지하고 있는 거래처인 HHH의 2016년 유통망 관리 실패와 OOO의 사드 여파로 주요 매출처인 OOO의 매출이 급감했기 때문이다. ＜표3＞ 매도대상법인과 HHH의 매출현황 OOO 4) 이 건 관련 형사소송 판결문(OOO법원 2019고합OOO, 2020.9.3.)에 적시된 사실관계를 보면, “① 매도대상법인과 ㈜HHHOOO가 2013.8.5. 체결한 ‘물품공급(OEM) 계약서’에는 매도대상법인에게 레시피권이 귀속되는 것으로 해석할 만한 내용이 포함되어 있다. ② 쟁점사모투자법인 측이 법률실사를 의뢰한 법무법인도 매도대상법인이 쟁점화장품의 레시피권을 영업비밀 형태로 관리하고 있다고 보고하였다. ③ 2015.6.25. 상표권 분쟁 중이던 HHH 대표이사 JJJ의 부탁으로 DDD 대표 CCC은 상표권 분쟁에 도움이 되었으면 하는 마음에서 ‘쟁점화장품의 내용물 권리는 단독 개발자인 HHH가 보유하고 있다’는 내용이 포함된 진술서에 서명해 주었다. ④ 매도대상법인은 2015.6.27.경에 이르러서야 HHH가 쟁점화장품의 레시피권이 본인들에게 있음을 주장한다는 점을 명백히 인식할 수 있었을 것으로 보인다. ⑤ HHH 측은 2015.6.25. 쟁점사모투자법인의 공동업무집행사원에게 쟁점화장품의 상표, 포장디자인, 내용물 등 일체의 권리는 HHH가 보유하고 있고, HHH가 위 쟁점화장품들의 내용물을 OEM으로 매도대상법인에 발주하는 관계이다라는 취지의 이메일을 보냈다. ⑥ 쟁점주식의 매도대리인이었던 KKK은 검찰과 형사법정에서 “2015.6.28.∼29. 청구인들이 모인 회의에서 CCC이 작성한 진술서를 보고 바로 쟁점매수법인 측의 대표이사 LLL에게 전화를 걸어 구두로 그 사실을 고지하였고, 2015.7.2.자 공문에 관하여도 LLL에게 구두로 알려주었으며, 매도대리인들이 쟁점주식의 거래에 관한 모든 문제 상황에 관하여 매수법인 측과 공유하였다고 진술하였다. ⑦ KKK은 쟁점주식의 거래 종결일 다음날인 2015.7.31.에 이르러서야 매수법인 측에게 CCC의 진술서와 HHH의 2015.7.2.자 공문에 관하여 이메일을 보내고, 퀵 배달서비스를 통하여 그 사본을 전달하였다.”라는 사실이 확인되고, 청구인들이 쟁점화장품 레시피권 분쟁 사실을 쟁점주식의 거래종결 직전에 쟁점매수법인 측에게 제공했을 가능성이 충분하므로 청구인들이 확약보증사항을 위반한 것이라고 단정하기도 어렵다. 다만, 이 건 쟁점주식 매도대리인인 KKK의 진술에 대해서는 일관성이 없다는 이유로 소송에서 받아들여지지는 않았지만, 형사소송절차에는 합리적 의심이 없을 정도로 공소사실이 진실한 것이라는 확신을 가지게 할 수 있는 정도의 증명력을 가진 증거에 의하여만 유죄의 인정을 할 수 있는 것이므로, 형사소송에서의 무죄 판결은 그러한 증명이 없다는 의미일 뿐이지 공소사실의 부존재가 증명되었다는 의미가 아니라고 하겠다(대법원 2006.9.14. 선고 2006다27055 판결 등). (라) 2015.5.8. 체결된 2차 투자양해각서에 없었던 쟁점확약보증사항을 거래종결 직전에 위 KKK로부터 구두로 전달을 받고서야 2015.7.16. 체결된 쟁점주식의 매매계약서에 이례적이고 구체적으로 기재하였을 가능성을 배제할 수 없는 점, 쟁점매수법인은 매도대상법인의 쟁점화장품 레시피권 분쟁의 사전 인지 여부에 불구하고 이 건 쟁점주식의 매매계약을 유지하였을 것으로 보여지는 점, 자본시장법 제9조 제5항에 따른 전문투자자로서 투자경험과 전문성을 갖춘 쟁점매수법인 측이 쟁점주식 관련 사실관계 및 위험성 검토를 독자적으로 수행하지 않는다는 것은 납득하기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점매수법인의 이 건 쟁점주식의 매매계약 체결을 청구인들의 사기에 의한 것으로 단정할 수도 없다. 대법원은 재산권의 거래관계에 있어서 계약의 일방 당사자가 상대방에게 그 계약의 효력에 영향을 미치거나 상대방의 권리 확보에 위험을 가져올 수 있는 구체적 사정을 고지하였다면 상대방이 그 계약을 체결하지 아니하거나 적어도 그와 같은 내용 또는 조건으로 계약을 체결하지 아니하였을 것임이 경험칙상 명백한 경우 그 계약 당사자는 신의성실의 원칙상 상대방에게 미리 그와 같은 사정을 고지할 의무가 있다고 하겠으나, 이때에도 상대방이 고지의무의 대상이 되는 사실을 이미 알고 있거나 스스로 이를 확인할 의무가 있는 경우 또는 거래 관행상 상대방이 당연히 알고 있을 것으로 예상되는 경우 등에는 상대방에게 위와 같은 사정을 알리지 아니하였다고 하여 고지의무를 위반하였다고 볼 수 없다고 판시하였다(대법원 2013.11.28. 선고 2011다59247 판결). (마) 쟁점매수법인은 손해배상소송의 소장에서 쟁점주식의 거래종결 직후 청구인들의 매도대리인인 KKK을 통해서 쟁점확약보증사항의 위반 사실 및 관련 증거자료를 제공받았다고 주장하면서도 KKK에 대하여 어떠한 법적 조치도 취하지 않았고, 2년이 지나서야 청구인들을 상대로 청구취지를 확장할 것을 전제로 쟁점확약보증사항 위반에 따른 단지 OOO원 상당의 손해배상금을 청구하는 소송을 형식적으로 제기하였다가 이를 취하하였는바, 만약 쟁점매수법인이 곧바로 OOO원 상당의 손해배상금 청구소송을 제기하여 실질적인 다툼을 통해 합의서에서 청구인들로 하여금 가치가 거의 없는 (유)GGG 소유의 쟁점출자지분에 대한 권리포기가 아닌 실제 금전으로 OOO 원을 지급하도록 하였다면 청구인들이 쟁점확약보증사항 위반이나 그에 따른 손해배상액을 그대로 인정하였을지 의문이라 하겠다. 다만, 합의서에서 청구인들이 출자하여 지배하고 있는 (유)GGG으로 하여금 쟁점출자지분 전부를 포기하기로 하는 것에 쉽게 합의한 것은, 매도대상법인의 재무상태 및 경영상태 악화 등의 예기치 못한 사후 사정변경에 따라 쟁점주식의 가치가 크게 하락하고 이에 따라 출자대상법인인 쟁점매수법인의 부채초과 상태로 이어져 쟁점출자지분의 가치도 크게 하락하여 후순위자인 (유)GGG의 투자분배금 회수는 사실상 거의 어렵다고 보았기 때문인 것으로 보인다. (4) 설령 이 건 합의서를 쟁점주식 매매계약의 하자에 따른 손해배상합의서로 볼 수 있다고 하더라도, 합의서 제1조 제4항에 따라 쟁점사모투자법인의 ‘업무집행사원(NNN)이 후순위사원인 (유)GGG에게 쟁점출자지분에 관한 권리 포기를 요구’하는 경우 (유)GGG이 쟁점출자지분의 권리를 포기하기로 한다는 확약만으로 쟁점출자지분이 현실적으로 쟁점매수법인에게 이전된다고 볼 수 없으므로, 권리를 포기하기로 하는 확약서 제출 당시의 ‘쟁점출자지분의 시가 상당액’도 당초 쟁점주식의 양도가액에서 차감할 수는 없는 것이다. (가) 합의서(변경합의)에는 쟁점주식의 매매계약 하자에 따른 현실화된 손해배상액의 산정 및 배상합의액이 명시되지 않았기 때문에, 쟁점출자지분을 쟁점매수법인에게 이전하는 것을 손해배상의 방법으로 본다면, 대물변제가 되는 것이 되어 대물급부 당시의 쟁점출자지분의 시가 상당액을 손해배상합의액으로 볼 여지도 있겠으나, 대물변제가 효력이 발생하려면 채무자가 본래의 이행에 갈음하여 행하는 다른 급여가 현실적이어야 하고, 등기나 등록을 요하는 경우 그 등기나 등록까지 경료하여야 할 것이므로(대법원 1995.9.15. 선고 95다13371 판결 등), 쟁점출자지분의 대물변제는 쟁점매수법인 명의로 명의개서를 한 때에 그 시가 상당액이 지급된 것으로 보아야 한다. 1) 청구인들의 주장대로 청구인들과 쟁점매수법인 사이에 쟁점주식의 매매계약서상 청구인들의 쟁점확약보증사항의 위반과 관련한 손해배상 조항에 따라 사실상 매매대금의 사후정산 조정금으로 볼 수 있는 ‘쟁점출자지분 취득대금 상당액(OOO원)의 손해배상금’이 쟁점매수법인에게 지급된 것으로 보려면, ① 우리 민법의 금전배상주의 손해배상의 방법에 따라 직접 청구인들이 쟁점매수법인에게 OOO원을 반환하거나 ② 손해가 발생하지 않았던 것과 같은 상태를 현실적으로 재현하여, (유)GGG이 쟁점사모투자법인에게 쟁점출자지분을 이전하고, 그 출자금 OOO원을 반환받아 청구인들에게 지급하고, 청구인들이 다시 OOO원을 쟁점매수법인에게 손해배상금으로 지급하는 절차를 밟아야 하는 것이고, 단지 (유)GGG이 작성한 쟁점출자지분의 권리를 포기한다는 내용의 확약서만으로 이를 청구인들이 쟁점매수법인에게 OOO원을 지급한 것으로 보아야 한다는 청구주장은 근거가 없다. 2) (유)GGG의 당초 쟁점출자지분의 취득은 대금청산 절차를 거쳐 그 취득거래가 종결된 것이므로, 거래종결 후에 손해배상금 또는 사례금 명목으로 쟁점출자지분이라는 지분증권(현물)을 지급하였다면, 새로운 거래로 보아 세법을 적용해야 되는 것이고, 그 대가는 쟁점출자지분의 취득대금 상당액이 아니라, 현물급부 당시의 시가 상당액(「소득세법」기본통칙 97-0...1 참조. 이하 같음)이 되는 것이다. (나) 합의서에 따르면, 쟁점출자지분의 권리를 포기하기로 하는 확약서는 ‘쟁점사모투자법인의 업무집행사원(NNN)이 후순위사원인 (유)GGG에게 쟁점출자지분에 관한 권리 포기를 요구’하는 경우 (유)GGG이 쟁점출자지분의 권리를 포기하겠다는 약속에 불과하고, 쟁점출자지분의 분배금 회수 등의 권리 포기의 효력이 발생하려면 쟁점사모투자법인의 업무집행사원이 그 권리 포기를 요구하여 실제 포기 절차가 이행(자기집합투자증권의 취득 또는 소각 등)되어야만, 그에 따라 쟁점출자지분의 포기에 따른 이익을 받는 쟁점사모투자법인(무상수증 등) 또는 다른 출자자(소각에 따른 지분평가액 증가)에게 조세법률관계를 적용할 수 있는 것이다. 1) 합의서에서는 쟁점사모투자법인과 (유)GGG 사이에 쟁점출자지분의 포기를 할 것(증여)과 포기를 받을 것(수증)을 강제하지도 않았고 그런 법적 근거도 없으며, 쟁점사모투자법인의 업무집행사원이 쟁점출자지분의 권리 포기를 요구하지도 않았다. 2) 대법원은 주주의 자격은 주식을 소유함으로써 발생하는 것으로, 주식의 양도, 소각 등에 의해 주식을 소유하지 않게 되기 전에는 단순히 당사자 간의 특약이나 주식 포기의 의사표시만으로는 주주로서의 법률적 지위가 상실되었다고 볼 수 없는 것이라고 판시하고 있다(대법원 1999.7.23. 선고 99다14808 외 다수 같은 뜻임, 심사부가2012-149, 2012.12.28. 참조). 3) 청구인들은 합의서 당사자들 중의 하나였던 (유)GGG이 쟁점출자지분에 대한 권리를 포기하기로 하였다고 주장하면서 합의서 및 확약서를 제출하였으나, 쟁점사모투자법인이 (유)GGG의 쟁점출자지분에 대한 양도, 권리 포기 등 일체의 권리 포기에 대한 절차(확약서 요구가 아닌 쟁점출자지분의 권리 포기 요구)를 이행하지 않았기 때문에 쟁점사모투자법인의 정관 및 사원명부에는 여전히 청구인들이 설립한 (유)GGG이 사원자격 및 출자지분을 보유하고 있는 되어 있으며, 쟁점매수법인도 쟁점출자지분의 권리를 포기하기로 하는 확약만으로 대물변제의 효력이 발생되었다거나 이를 손해배상합의액으로 보지 않아 재무제표와 이에 근거한 감사보고서 등에 쟁점주식의 취득가액을 당초 취득가액으로 기재하고 있다. 또한, 합의서에서도 손해배상소송 취하 조건으로, ① (유)GGG이 쟁점출자지분을 양도하거나, 쟁점사모투자법인의 요청에 따른 현금흐름 이전 관련합의서를 작성하고, ② 청구인들이 자금지원 의무(매도대상법인의 OOO원 상당의 제3자 배정 유상증자 참여)의 이행을 명시하였을 뿐이며, ‘(유)GGG 쟁점출자지분 권리 포기 확약서’ 제출 이행은 당사자 간에 급부 효력이 없기 때문에 이를 명시하지 않고 있다. 4) 청구인들은 별도의 약정이 없는 경우에는 자산을 양도하는 법인의 사용승낙으로 인하여 매수인이 해당 자산을 실질적으로 사용할 수 있게 된 날을 말한다는 「법인세법」기본통칙(40-68...4)에 따라 쟁점출자지분의 권리 포기 확약만으로 쟁점사모투자법인 또는 쟁점매수법인이 쟁점출자지분에 대한 실질적인 통제권을 행사하고 있다고 주장하나, 이는 청구인들의 근거 없는 자의적인 주장에 불과한 것으로서, 앞에서 살펴본 바와 같이 당사자 간의 실질적 급부 효력이 없는 쟁점출자지분의 권리 포기 확약만으로 쟁점출자지분에 대한 사용ㆍ수익 및 처분 등에 대한 권한(실질적 통제권)이 쟁점사모투자법인을 거쳐 쟁점매수법인에게 이전되었다고 보아 각 당사자들에게 조세법률관계를 적용할 수 없는 것이고, 그렇게 보아야 할 객관적인 근거도 찾을 수 없다. (다) 쟁점매수법인, 쟁점사모투자법인 및 (유)GGG은 원칙적으로 별개의 납세주체로서 자산의 거래 행위(양도, 증여 등)에 대한 거래당사자는 법적 형식 및 법적 실질에 따른 해당 자산의 직접소유 주체를 기준으로 세법 적용을 하는 것인바, (유)GGG이 자신을 지배하고 있는 청구인들을 위하여 자기의 책임과 계산으로 쟁점출자지분의 권리포기 확약을 쟁점사모투자법인의 업무집행사원에게 하였다는 사실만으로 청구인들이 쟁점출자지분의 시가 상당액을 쟁점매수법인에게 손해배상금으로 지급한 것으로 볼 수는 없으므로 쟁점출자지분의 시가 상당액을 당초 쟁점주식의 양도가액에서 차감할 수는 없는 것이다. 또한 청구인들은 (유)GGG이 쟁점주식 양수대금의 수령 및 이체를 위하여 설립된 페이퍼컴퍼니에 불과하여 법인격 부인에 따라 거래의 실질적 주체는 100% 주주들인 청구인들이고, 실질과세의 원칙상 쟁점주식의 매매대금 OOO원 중 권리포기한 쟁점출자지분의 시가 상당액(청구인들은 당초 쟁점출자지분의 출자금 OOO원으로 적시하고 있음)은 쟁점매수법인에게 반환된 것이라고 주장한다. 그러나, 이른바 법인격 부인·남용론은 신의성실의 원칙에 위배되어 심히 정의와 형평에 반하여 허용될 수 없는 경우, 외형상 나타난 법인은 물론 그 배후자에 대해서까지 법인이 행한 행위에 대한 책임을 묻기 위해 극히 예외적으로 적용되는 법리로서(대전고등법원 2017.4.5. 선고 2016누11337 판결), 조세법률주의에 따라 과세요건을 법률로 명확히 규정하여 납세자에게 예측가능성을 부여하고, 국가의 자의적인 징세권 행사나 남용으로부터 개인의 재산권을 보장하는 것을 대원칙으로 삼고 있는 조세법 영역에서 이를 그대로 적용할 수는 없다. 또한 청구인들이 쟁점출자지분을 직접 취득할 수도 있고, (유)GGG을 설립하여 쟁점출자지분을 취득할 수도 있는 것이므로, 당사자가 어느 한 가지 방식을 선택하여 쟁점출자지분의 취득을 위한 법률관계를 형성하였다면, 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정된다고 할 것이고, 위와 같이 서로 다른 거래의 궁극적 목적이 쟁점출자지분의 취득에 있다고 하여 그 법적 형식의 차이에도 불구하고 그 실질이 같다고 하거나 조세법상 동일한 취급을 받는 것이라고 할 수는 없다(대법원 1998.5.26. 선고 97누1723 판결 참조). (라) 설령 합의서를 쟁점주식의 매매계약 하자에 따른 손해배상합의서로 보고, (유)GGG이 쟁점출자지분의 권리를 포기하기로 하는 확약서만으로 청구인들이 직접 쟁점매수법인에게 쟁점출자지분을 이전한 것으로 본다고 하더라도 쟁점주식의 매매계약서에 따른 매도인의 확약 및 보증 위반으로 인한 손해배상의무의 배상한도는 매매대금의 20%로 한정되어 있으므로 동 배상한도액과 쟁점출자지분의 시가 상당액 중 적은 금액만을 쟁점주식의 양도가액에서 차감하여야 한다. (마) 한편 청구인들은 이 건 경정청구에 대한 조사청의 과세사실판단자문회의가 청구인들이 포기한 OOO원 전액에 대하여 양도가액을 감액하여 청구인들의 경정청구를 인용하도록 결정하였다고 주장한다. 그러나, 과세사실판단 자문시 청구인들은 쟁점주식의 매매대금 OOO원에 대해서 현금으로 OOO원을 받고, 나머지 OOO원 상당의 출자금을 받기로 하였다가 쟁점출자금을 포기하기로 하였다는 주장을 하였고, 이에 대해 과세사실판단자문회의는 청구인들이 실제로 받지 못한 OOO원은 양도가액에서 차감할 수 있다고 보았으나, 청구인들이 매매대금으로 OOO원을 전부 수령한 사실이 명확하므로 위와 같이 사실관계를 오해하여 판단한 자문회의 결과는 이 건에 적용할 수 없는 것이다. 또한 「과세사실판단자문사무처리규정」 제2조 제1항 및 제10조에 의하면, 국세공무원은 과세쟁점사실에 대하여 과세사실판단자문위원회에서 심의하여 과세 여부 등을 판단해 줄 것을 신청할 수 있는바, 위 절차는 임의적인 것으로서 과세사실판단자문위원회의 의결이 있었다고 하더라도 이를 과세관청이 공적인 견해표명을 한 것으로 볼 수는 없고, 나아가 동 규정 제23조 제1항은 “과세사실판단자문신청에 대한 심의결과를 통보받은 신청인은 그 결과를 업무처리에 활용하여야 한다.”라고 규정하고 있으므로 과세관청이 위 결정에 기속되는 것도 아니라고 하겠다. (5) 결론적으로 ① 쟁점주식의 매매계약과 관련하여 청구인들과 쟁점매수법인 사이에 청구인들의 쟁점확약보증사항 위반에 따른 손해배상 또는 매매대금 감액 합의를 하였다는 객관적이고 명백한 손해배상합의 자체가 존재하지 아니한 점, ② 합의서는 향후 민·형사상 소송 등의 당사자간 분쟁을 원만히 해결하기 위한 목적으로 청구인들, (유)GGG, 쟁점매수법인, 쟁점사모투자법인 등 쟁점주식과 쟁점출자지분 관련 당사자들이 체결한 ‘쟁점매수법인에 대한 자금지원 합의서’인 점, ③ (유)GGG이 자신을 지배하고 있는 청구인들을 위하여 쟁점출자지분의 권리를 포기하기로 하는 확약만으로 쟁점출자지분의 시가 상당액이 현실적으로 쟁점매수법인에게 쟁점주식의 매매계약 하자에 따른 손해배상금으로 급부되었다고 볼 수 없는 점, ④ 쟁점출자지분 취득대금 상당액 또는 그 시가 상당액을 쟁점주식의 매매계약서에 따른 쟁점확약보증사항 위반에 따른 손해배상금이라고 볼 근거도 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점출자금을 쟁점주식의 매매대금(양도가액)에서 차감할 이유가 없다고 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점출자금을 주식 양도가액에서 차감할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 등 (1) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 (2) 소득세법 제88조【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다.(단서 생략) 2. "주식등"이란 주식 또는 출자지분을 말하며, 신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 3. "주권상장법인"이란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항 제3호에 따른 주권상장법인을 말한다. 4. "주권비상장법인"이란 제3호에 따른 주권상장법인이 아닌 법인을 말한다. 5. "실지거래가액"이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.(이하 생략) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 등의 양도로 발생하는 소득 나. 주권비상장법인의 주식 등(이하 생략) 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (3) 소득세법 시행령(2017.7.26. 법률 제28211호로 개정되기 이전의 것) 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부에 기재된 등기접수일 (4) 자본시장법과 금융투자업에 관한 법률 제249조의17【지분양도 등】① 경영참여형 사모집합투자기구의 무한책임사원은 출자한 지분을 타인에게 양도할 수 없다. 다만, 정관으로 정한 경우에는 사원 전원의 동의를 받아 지분을 분할하지 아니하고 타인에게 양도할 수 있다. ② 경영참여형 사모집합투자기구의 유한책임사원은 무한책임사원 전원의 동의를 받아 출자한 지분을 분할하지 아니하고 타인에게 양도할 수 있다. ③ 경영참여형 사모집합투자기구의 무한책임사원 및 유한책임사원은 제1항 단서 및 제2항에도 불구하고 양도의 결과 경영참여형 사모집합투자기구의 사원 총수가 49명을 초과하지 아니하는 범위에서는 지분을 분할하여 양도할 수 있다. 이 경우 제249조의11 제3항을 준용한다. (이하 생략) 다. 사실관계 및 판단 (1) 심리자료에 의하면, 청구인들이 2015년 2월부터 쟁점주식을 양도하기 위하여 진행한 주식양도 예약, 투자양해각서 체결, 사모투자전문회사에 후순위출자금 출자, 매수법인의 청구인들에 대한 손해배상청구 소송 및 쟁점주식매매계약 변경합의서 체결 등의 과정은 아래 ＜표4＞와 같고, 매수법인 출자 내역은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표4＞ 쟁점주식 양도 및 후순위출자지분 포기 과정 OOO ＜표5＞ 매수법인 출자 내역 OOO (2) 청구인과 매수법인 간 2015.7.16. 체결된 쟁점주식 매매계약의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 거래종결일에 매매주식 160,000주를 매수인에게 매각하고, 매매대금은 OOO원(주당가격 OOO원)으로 하며, 매수인은 거래종결일에 각 매도인에게 매매대금을 지급하되, 매매대금은 거래종결일 및 그 익일에 (i) 매수인의 주주에 대한 후순위출자금을 제외한 금액 상당액 및 (ii) 매수인의 주주에 대한 후순위출자금 상당액으로 나누어 지급할 수 있다(제2조). (나) 당사자들이 별도로 합의한 날에, 매수인이 매매대금을 매도인에게 지급하고(제3.1조), 당사자들이 제3.2조 및 제3.3조의 문서를 교부함으로써 이루어진다(제3조). (다) 회사의 영업과 관련한 확약보증은 아래와 같다(제4조). OOO (라) 본 계약상 매도인의 확약 및 보증이 허위이거나 부정확한 경우, 매도인은 그로 인해 매수인이 입은 손해를 배상해야 하며, 그 배상한도는 매매대금의 20%로 한정하는 것으로 하고(제9.2조), 본 계약과 관련한 손해배상의무는 본 계약 체결일로부터 2년 이내(조세의 경우 5년 이내)에 이를 상대방 당사자에게 서면으로 청구한 경우에 한하여 인정되며(제9.3조), 본 제9조의 어느 규정도 각 당사자가 관련 법규나 본 계약 다른 규정에 의하여 허용되는 권리나 구제 수단을 행사하는 것을 금지 또는 제한하는 것으로 해석되어서는 아니된다(제9.4조). (마) 각 당사자는 다음의 어느 하나가 발생하는 경우 거래종결일 이전에 한하여 본 계약을 해제할 수 있고(제10.1조), 본 계약의 해제에 귀책사유가 있는 당사자는 상대방 당사자에게 그 손해를 배상하여야 하는 것과 별도로, 매매대금의 20%를 위약벌로 지급하여야 한다(제10.2조 제2항). OOO (3) 청구인들은 2015.7.24. 쟁점매수법인으로부터 지급받은 쟁점주식 대금 OOO원 중 OOO원을 청구인들이 설립한 (유)GGG의 신규 출자금(신출자좌 총수 OOO좌)으로 납입하였고, 같은 날 (유)GGG은 출자약정금 OOO원 전액을 쟁점사모투자법인의 후순위 유한책임사원의 출자금으로 납입하고, 쟁점사모투자법인의 업무집행사원(주식회사 MMM 및 III㈜)으로부터 출자증서를 교부받았으며, 2015.9.30. 및 2015.8.24. 이 건 양도소득세 및 증권거래세를 신고·납부하였다. (4) 쟁점매수법인은 2017.7.7. 청구인들의 쟁점주식 매매계약서상 확약보증의무 위반을 이유로 청구인들이 연대하여 쟁점매수법인에게 OOO원을 지급하고 추후 청구취지를 확장하고자 한다는 손해배상청구소송(OOO법원 2017가합OOO)을 제기하였고, 이후 청구인들이 소장부본 및 변론기일통지서(첫 변론기일 : 2017.11.24.)를 송달받은 후 소송대리인 선임 또는 답변서 제출은 없는 것으로 나타나며, 2017.11.17. 소송은 취하된 것으로 나타난다. (5) 청구인들이 매수법인과 체결한 2016.10.28. 및 2017.8.11.자 합의서에 의하면, (유)GGG이 쟁점출자지분 전부(OOO좌)를 쟁점사모투자법인의 업무집행사원이 지정하는 자에게 무상으로 양도 또는 현금흐름을 이전하거나, 업무집행사원이 요구하는 경우 쟁점출자지분에 대한 일체의 권리를 포기하기로 하는 의무, 또한 청구인들이 연대하여 매도대상법인이 신규로 발행하는 보통주 3,840주를 OOO원(주당 OOO원)에 인수하기로 하는 의무를 완전히 이행하는 경우 쟁점매수법인은 직접 또는 제3자를 통하여 청구인들에게 쟁점주식의 매매계약 및 주식 매각 전후를 불문하고 매도대상법인에 관한 일체의 문제를 원인으로 청구인들에게 제기할 수 있는 모든 민.형사상 법적 책임을 확정적으로 면책하고 이에 관한 권리를 포기하여 어떠한 추가적인 법적 조치를 취하지 않을 것이고, (유)GGG이 쟁점출자지분을 무상양도하거나, 업무집행사원의 요청에 따른 현금흐름 이전 관련 합의서를 작성하고, 매도인들이 매도대상법인에 대한 OOO원 출자의무를 이행한 즉시 쟁점매수법인이 청구인들을 상대로 제기한 손해배상소송을 취하하기로 한 내용이 나타난다. (6) 청구인들이 쟁점주식 양도가액에서 쟁점출자금 OOO원을 제외하여야 한다고 주장하면서 제출한 확약서(2017.11.6., 발신 : (유)GGG, 수신 : 매수법인, 참조 : III㈜.㈜MMM) 내용은 아래와 같고, 청구인들은 자본시장법상 설립된 사모투자전문회사는 「상법」상 합자회사 관련 법령이 적용되고, 이 건 사모투자전문회사가 무한책임사원인 펀드운용사 및 유한책임사원인 선.후순위투자자 등이 출자자로 구성되어 있어 사모집합투자기구의 출자금은 무한책임사원의 사전 동의 없이는 주식회사의 주식양도와 같이 자유롭게 양도할 수 없으며 사원의 퇴사도 불가능하므로 청구인들이 쟁점출자지분에 관한 모든 권리를 포기하여 쟁점출자지분을 양도하거나 명의변경 등을 할 수 있는 방법은 없는 반면 매수법인측은 양도양수나 사원명부의 명의변경 없이도 쟁점출자지분에 대하여 아무런 제약 없이 통제와 관리, 사용수익 등 실질적인 권한을 행사하고 있다고 주장한다. OOO (7) 쟁점매수법인인 FFF(주)의 2016.12.~2018.12.의 감사보고서 상의 “재무상태표 및 주석 5. 지분증권”을 보면, 아래 ＜표6＞.＜표7＞과 같이 쟁점주식인 ㈜DDD 주식 160,000주를 취득당시의 지분증권 취득원가 OOO원으로 계상하였고, 손상징후가 존재하여 2017년에는 손상차손 OOO원, 2018년에는 손상차손 OOO원을 인식한 것으로 나타난다. ＜표6＞ FFF(주)의 재무상태표 OOO ＜표7＞ 지분증권의 내용(감사보고서 주석 5.) OOO (8) 처분청이 2020.4.9. 공문으로 쟁점사모투자법인에게 (유)GGG의 후순위 출자지분 보유 유무 및 (유)GGG 외 6인이 작성한 변경합의서상 (유)GGG의 출자지분 포기 이행 여부를 문의한데 대하여 쟁점사모투자법인은 “① 2020.4.9. 기준 (유)GGG은 쟁점사모투자법인 후순위 출자지분 OOO좌를 보유하고 있고, ② 2017.8.11. 변경합의서에 따라 당 쟁점사모투자법인은 의무사항 이행 확약서를 제공받았으며, 당 쟁점사모투자법인은 동 확약서에 의거한 (유)GGG의 ‘후순위 지분에 대한 양도, 권리 포기, 퇴사, 쟁점사모투자법인에 대한 일체의 권리청구 포기’에 대하여 현재까지 관련 사항을 이행하지 않았다.”라고 회신한 사실이 나타난다. (9) 2020.4.9. 현재 쟁점사모투자법인의 사원명부에는 (유)GGG이 사원(출자금액 OOO원, 비율 58.62%)으로 등재되어 있고, (유)GGG의 2015.7.24.자 사원명부상 청구인들이 등재된 내역이 아래 ＜표8＞과 같이 확인된다. ＜표8＞ (유)GGG 사원명부 OOO (10) (유)GGG은 2015∼2018사업연도 법인세 신고 시 대차대조표 및 주요계정명세서상 매도가능증권 OOO원을 계상하였다가 2020.3.31. 2019사업연도 법인세 신고 시 아래 ＜표9＞와 같이 이를 전액 손상차손으로 계상하였다. ＜표9＞ (유)GGG의 대차대조표 OOO (11) 청구인들이 매수법인 및 쟁점사모투자법인에게 보낸 서면(내용증명우편, 2020.4.8.)에 의하면, “청구인들에게 권리가 남아있지 아니하다는 사실을 명확하게 확인하여 줄 것과, 청구인들이 포기한 후순위출자지분의 양수도 방법을 지정하여 줄 것을 요청”한 것으로 나타난다. (12) 쟁점사모투자법인의 정관 제8장에 의하면, “유한책임사원은 무한책임사원 전원의 사전 서면 동의를 얻어 그 출자지분의 전부 또는 일부를 양도할 수 있다.”고 아래와 같이 규정하고 있다. OOO (13) 조사청이 이 건과 관련하여 신청(2020.1.30.)한 과세사실판단자문에 대하여 과세사실판단자문위원회는 “① 청구인들은 당초계약에서 정한 청구외법인의 주식 매매대금에 기초하여 양도소득세를 신고하였으나, 이후 계약 당시 주식평가산정에 중대한 하자가 있는 것이 확인되어 매매대금을 감액하기로 합의한 것이므로, 쟁점주식의 양도가액은 당초의 매매대금에서 청구인들이 포기한 후순위출자금 OOO원을 차감하는 것이 타당하다고 판단된다. ② 「소득세법」 제96조 에 따라 양도가액을 실지거래가액으로 계산하는 경우, 양도가액은 당해 자산의 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지로 수수한 거래대금 자체를 말하는 것이므로 당초계약의 하자를 이유로 포기한 후순위출자금 OOO원 전액을 양도가액에서 차감하는 것이 타당하다고 판단된다.”라고 의결.통보(안건번호 : 사실판단-2020-880-0003, 2020.3.)하였다. (14) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 청구인들은 당초 쟁점주식을 양도하고 그 양도대금을 모두 수취한 후 이 중 일부인 쟁점출자금으로 GGG을 설립한 후 GGG으로 하여금 쟁점사모투자법인의 쟁점출자지분으로 납입하도록 하였다가 이후 쟁점사모투자법인 등과의 합의를 통해 GGG의 쟁점출자지분을 포기하는 취지의 확약서를 제출하였으므로 쟁점주식의 양도가액의 일부를 감액하여야 한다고 주장한다. 이 건의 경우 당초 계약상 양도금액을 사후에 정산한다는 특별약정 내용이 없는 상태에서 그 약정내용대로 계약체결일에 계약금 및 중도금을 지급받고 주식을 명의개서한 이후 잔금을 지급받지 않았다 하더라도 이미 거래에 대한 권리의무(양도금액)가 확정된 것으로 이와 같이 거래의 권리의무가 확정된 후에 양도금액을 사후정산조건부로 합의하면서 그 양도금액의 변경과 연계하여 거래의 잔금을 변경(감액)하는 내용의 특별약정서를 합의 작성하였다고 하더라도 이는 거래에 대한 변경계약이라기 보다는 자산의 양도에 따른 권리의무가 확정된 후의 채권채무에 대한 조정으로 봄이 합리적이고, 당초 매매계약과 관련하여 매매대상 주식의 평가 등과 관련하여 위 매매계약상 손해배상규정에 따라 양도자가 취득자에게 손해배상금을 지급하더라도 위 주식의 평가 잘못과 관련하여 과다하게 책정된 매매대금 등을 산정할 수 없는 등의 사정이 있는 경우에는 이를 양도가액에서 차감할 수 없는 것이다(조심 2019전227, 2019.12.19. 같은 뜻임). 또한 청구인들은 청구인들과 쟁점사모투자법인 등 간의 변경합의서 등의 작성경위에 대하여 당초 쟁점주식의 매매계약상 청구인들의 진술의무 등 위반에 따른 것이라 주장하나, 이를 당초 쟁점주식 매매계약에 따른 매매가액 조정에 대한 사유 등에 해당하는지 여부는 이 건 변경합의서를 작성하게 된 경위 등을 구체적으로 살펴 사실관계 판단할 것이라 할 것이고, 위와 같이 쟁점주식 양도가액의 감액사유가 발생하였다고 하더라도 수정된 쟁점주식의 양도가액 역시 자산의 양도대가로서 양도자가 계약에 의하여 실제로 받았거나 받기로 한 금액의 합계이었어야 할 것인바, 청구인들은 변경합의서 등에 따라 GGG을 통해 간접적으로 보유한 쟁점출자지분을 포기하기로 하였다면 당초 양도가액에서 감액될 금액 역시 위 변경합의 당시 쟁점출자지분의 가액이라 할 것이지 청구인들이 당초 GGG에 납입한 쟁점출자금의 가액 또는 GGG이 쟁점사모투자법인에 납입한 쟁점출자지분의 가액이라고 단정하기 어려운 점, 청구인들이 과점주주인 GGG이 보유한 쟁점사모투자법인에 대한 쟁점출자지분을 포기하는 내용의 변경합의서를 작성하였다고 하나, 「상법」상 달리 합자회사의 유한책임사원으로서의 출자금에 대한 권리포기의 절차 등을 정함이 없는 상황에서 위와 같은 합의서·확약서 등이 작성되었다는 사정만으로 청구인들의 GGG을 통한 쟁점사모투자법인에 대한 권리가 확정적으로 포기·소멸되었다고도 단정하기 어려운 점, 청구인들이 쟁점투자사모법인 등과 변경합의서를 작성한 것은 2017년 8월, 확약서를 제출한 것은 2017년11월로 그 작성일부터 약 5년이 경과한 현재까지 위 변경합의서 또는 확약서가 미이행(여전히 청구인들은 GGG의 사원명부에, GGG은 쟁점사모투자법인의 사원명부에 등재되어 있음)된 불가피한 사유가 제시되지 아니하고 있는 점 등에 비추어 쟁점주식의 양도가액의 일부를 감액하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 회사가 외형상으로는 법인의 형식을 갖추고 있으나 법인의 형태를 빌리고 있는 것에 지나지 아니하고 실질적으로는 완전히 그 법인격의 배후에 있는 타인의 개인기업에 불과하거나, 그것이 배후자에 대한 법률적용을 회피하기 위한 수단으로 함부로 이용되는 경우에는, 비록 외견상으로는 회사의 행위라 할지라도 회사와 그 배후자가 별개의 인격체임을 내세워 회사에게만 그로 인한 법적 효과가 귀속됨을 주장하면서 배후자의 책임을 부정하는 것은 신의성실의 원칙에 위반되는 법인격의 남용으로서 심히 정의와 형평에 반하여 허용될 수 없고, 따라서 회사는 물론 그 배후자인 타인에 대하여도 회사의 행위에 관한 책임을 물을 수 있다고 보아야 하는 것인바(대법원 2010.2.25. 선고 2008다84290 판결 참조), GGG은 청구인들과 별도의 법인격을 가진 「상법」상 유한회사이고 청구인들은 GGG의 과점주주(58%)에 불과할 뿐이어서 GGG이 보유한 쟁점출자지분을 변경합의서 등으로 통하여 포기하였다고 하여 곧바로 청구인이 쟁점출자지분 또는 그에 상당하는 쟁점출자금을 포기한 것으로 보기는 곤란한 점, 청구인들의 주장과 같이 GGG이 보유한 쟁점출자지분을 포기하였다고 하여 청구인들이 쟁점출자지분 상당액을 포기한 것으로 보기 위해서는 이른바 법인격 부인론이 적용될 정도로 GGG이 형해화되었음이 입증되어야 하나 청구인들에 제시한 사정만으로는 그 입증이 부족해 보이는 점, 변경합의서 등을 통해 감액된 청구인들의 쟁점주식 매매가액을 ‘GGG이 포기한 쟁점출자지분의 전부’로 단정할 수는 없다 할 것인 점[GGG의 쟁점출자지분 포기에 따라 청구인들이 경제적 손실을 입었다고 하더라도 그 가액은 GGG의 쟁점출자지분 포기에 따른 (청구인들이 직접 소유한) GGG의 출자지분 가치감소액에 해당한다고 할 것인 점] 등에 비추어 불 때, 청구인들이 주장하는 가액은 쟁점주식 양도가액에서 차감할 수 없는 것으로 보이고 처분청이 청구인들의 양도소득세 및 증권거래세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.