조심 2013부3868 (2013.12.31)

OOO세무서장이 2013.6.11. 청구법인에게 한 법인세 2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원, 2012사업연도분 OOO원의 부과처분은 매출채권 지연회수에 따른 관련 지급이자 2009년 OOO원, 2010년 OOO원, 2011년 OOO원, 2012년 OOO원을 손금산입하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO동 560에 본점, OOO동, OOO동에 각각 별도의 사업장을 두고 산업용 테이프 등을 제조/도매하는 중소기업이다.

나. OOO지방국세청장은 2013.3.27～4.30. 기간 동안 2008～2012사업연도 법인세 정기조사를 실시한 결과, 청구법인의 해외파견 인건비를 손금부인하고, 청구법인의 미주현지법인OOO에 대한 외상매출금 지연 회수(이하 “쟁점거래”라 한다)에 대하여

「법인세법」 제52조

의 업무무관가지급금으로 보아 부당행위계산 부인하여 인정이자 OOO원(이하 “쟁점인정이자”라 한다)을 익금산입하고, 관련 지급이자 OOO원(이하 “쟁점지급이자”라 한다)을 손금불산입하였으며, 2008～2010사업연도 연구인력개발비 세액공제액 OOO원(이하 “쟁점세액공제”라 한다)을 연구개발전담부서 종사자가 타 업무에도 겸직하였다는 사유로 세액공제액을 부인하여 처분청에 통보하였다.

이에 처분청은 2013.6.11. 청구법인에게 아래 ＜표＞와 같이 2008～2012사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다.

OOO

다. 청구법인은 이에 불복하여 미주현지법인에 대한 매출채권 지연회수분에 대하여 지연회수하였다는 사실만으로 업무무관가지급금으로 보아 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입하는 것은 부당하며, 전담연구원의 타업무 겸임에 대한 구체적인 근거없이 연구개발비세액공제를 부인하는 것은 부당하다고 주장하며 2013.9.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인의 미주현지법인에 대한 매출채권 지연회수분을 부당행위계산 부인대상인 업무무관가지급금으로 보았으나,

① 특수관계자와의 거래에 있어서도 경제적 합리성, 상관습 등에 비추어 부당함이 없다고 인정되면 부당행위계산 부인대상이 될 수 없으며, 청구법인의 경영의 일부로 볼 수 있는 현지법인에 대한 매출채권 지연회수분은 업무무관가지급금에 해당되지 아니하며, 단순히 미주현지법인에 대한 매출채권이 지연회수되었다는 사실만으로 객관적인 원인 규명 없이 업무무관가지급금으로 보아 쟁점인정이자를 익금산입하고 쟁점지급이자를 손금불산입한 처분은 부당하다.

청구법인의 영업규모에 비추어 미주현지법인의 매출채권 회수 지연으로 인한 이자부담액을 계산해 보면, 2009년～2012년 각 사업연도소득 대비 지급이자 부인금액의 비중은 0.49%로, 이는 경제적 합리성에 비추어 조세부담을 부당하게 감소시켰다고 볼 정도는 아니라고 보며, 따라서 회수 지연된 외상매출금을 업무무관가지급금으로 볼 수 없다.

② 청구법인의 미주현지법인은 청구법인의 국내 주요거래처인 OOO전자 가전사업부가 미국에 진출함에 따라 부품협력사로서 원활한 영업을 위하여 현지에 동반 진출하여 설립된 법인으로 영업내용이 청구법인이 국내에서 OOO전자와 거래했던 내용 그대로이고, 영업상 모든 지시 및 감독을 청구법인으로부터 받고, 모든 원자재도 청구법인으로부터 공급받아 이를 가공하여 납품하고 있으며, 청구법인이 100% 출자한 자회사이다.

그러므로 미주현지법인의 영업활동은 청구법인의 해외 판매활동에 지나지 아니하며, 형식상 별도 법인이나 실질은 청구법인의 해외지점에 불과하므로 자회사인 현지법인의 외상매출금 회수 지연액을 부당행위계산 부인대상인 업무무관가지급금으로 보는 것은 부당하다.

③ 업무무관가지급금의 판단 여부는 당해 법인의 목적사업, 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단되어야 하며, 미주현지법인의 매출채권 회수지연은 정상적인 상거래에서 발생한 금액으로서 소비대차로 전환되지 아니한 이상 업무무관가지급금으로 볼 수 없는 것이고, 처분청이 정상적인 상거래에서 발생한 현지법인의 회수지연 매출채권에 대하여 단순히 회수지연 사실만으로 업무무관가지급금으로 보는 것은 부당하다.

(2) 처분청은 청구법인의 연구전담요원인 이OOO 외 2명이 연구업무 외 품질관리 등 타 업무도 겸직하여 세액공제 요건 미비로 연구인력개발비 세액공제를 배제하였으나, 청구법인은 2003.3.18. 한국산업기술진흥협회장으로부터 연구전담부서 확인을 받았으며, 연구전담부서에서 종사하는 이OOO 외 2명은 일반연구개발 업무에 전업으로 종사하고 타 업무를 겸업하지 아니하였고, 이들 3명의 인건비를 일반연구개발비로 하여 적법하게 각 사업연도 법인세 신고시 세액공제하여 신고하였음에도 처분청은 구체적인 근거도 없이 겸직을 사유로 세액공제를 배제하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 특수관계법인인 멕시코 소재 OOO테크날리지 및 미국소재 OOO에 대하여 상품매출과 관련하여 정당한 사유 없이 다른 특수관계법인인 중국소재 OOO의 외상매출채권의 평균회수 기일인 2개월보다 지연회수하였는 바,

부당행위계산부인은 특수관계인과의 거래가 제반의 형태를 빙자하여 남용함에 따라 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킬 것을 의도하는 경우 또는 그런 의도가 없더라도 경제인의 입장에서 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 인정된다 할 것이고,

쟁점거래는 청구법인이 100% 출자한 자회사라 하더라도 외상매출채권을 지연회수할 경제적인 합리성이 결여된 부자연스러운 거래로서 외상매출채권을 지연회수하여 청구법인에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시키고, 특수관계법인에게 자금을 무상으로 대여한 것으로 밖에 볼 수 없어, 이익을 분여한 행위에 해당한다 할 것이므로 「국제조세조정에 관한 법률」 제4조(정상가격에 의한 과세조정)에 따라 거래통화인 미국달러에 대한 LIBOR금리를 적용하여 쟁점인정이자를 익금산입하고 쟁점지급이자를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인의 전담연구원은 청구법인 대표이사의 확인서, 청구법인의 조직도 등에 의해 조사시 품질관리 업무를 겸직한 것으로 확인되어

「조세특례제한법」 제10조

(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)요건에 해당되지 아니하므로 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 특수관계법인인 미주현지법인으로부터 외상매출금을 지연회수한 것에 대하여 업무무관가지급금으로 보아 부당행위계산 부인(인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입)한 처분의 당부

② 청구법인의 연구전담원이 다른 업무를 겸직한 것으로 보아 연구인력개발비 세액공제를 부인한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제28조【지급이자의 손금불산입】① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산

나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것

제52조【부당행위계산의 부인】①납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다.

②제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(료율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제53조【업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입】①법 제28조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

②법 제28조 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

③제2항의 규정에 의한 총차입금 및 자산가액의 합계액은 적수로 계산한다. 이 경우 제1항의 자산은 동일인에 대한 가지급금등과 가수금이 함께 있는 경우에는 이를 상계한 금액으로 하며, 제49조 제1항의 자산은 취득가액(제72조의 규정에 의한 자산의 취득가액으로 하되, 동조 제3항 제3호의 시가초과액을 포함한다)으로 한다.

(3) 국세조세조정에 관한 법률

제4조【정상가격에 의한 과세조정】①과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래(그 일방이 국내사업장인 경우로서

「소득세법」 제119조

또는

「법인세법」 제93조

에 따른 국내원천소득을 발생시키는 거래는 제외한다. 이하 이 장에서 같다)에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다.

(4) 조세특례제한법

제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】①내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

(5) 조세특례제한법 시행령

제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】②법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다.

③법 제10조 제1항 제2호 가목에서 "대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비"라 함은 별표 6 제1호 나목 및 제2호 가목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등에 기술개발·교육훈련 및 연구개발지원을 위탁함에 따른 비용을 말한다.

3. 국내외 중소기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

(6) 조세특례제한법 시행규칙

제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 "전담부서"라 함은

「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조

에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.

② 영 제9조제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목①에서 "기획재정부령이 정하는 자"라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 각 사업연도별 청구법인의 미주현지법인에 대한 매출채권 회수지연에 따른 가지급금 인정이자 및 지급이자를 아래와 같이 계산한 것으로 나타난다.

OOO

(나) 청구법인의 대표이사가 매출채권 지연회수와 관련하여 작성한 확인서는 아래와 같이 나타난다.

OOO

(다) 청구법인은 국내 주요거래처인 OOO전자 가전사업부가 미국에 진출함에 따라 부품협력사로서 원활한 영업을 위하여 현지에 현지법인을 설립하였고, 현지법인은 모든 원자재를 청구법인으로부터 공급받아 이를 가공하여 납품하고 있으며, 청구법인이 100% 출자한 자회사로 미주현지법인의 영업활동은 청구법인의 해외 판매활동에 지나지 아니하고, 형식상 별도 법인이나 실질은 청구법인의 해외지점에 불과하며, 현지법인의 매출채권 상당액이 청구법인으로부터 매입채무로 되어 있어 업무와 관련하여 부득이 매출채권이 회수가 늦어져 청구법인의 매출채권의 회수가 지연된 것이라고 주장하면서 제시한 각 사업연도 재무제표상의 매출채권과 매입채무 현황은 아래와 같이 나타난다.

OOO

(라) 살피건대,

「법인세법」 제52조

의 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고

「법인세법 시행령」 제88조

제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 제반사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것인바(대법원 2006두14513, 2008.8.21, 같은 뜻),

이 건의 경우, 청구법인의 대표이사가 청구법인의 미주현지법인으로 상품을 매출하면서 계산한 매출채권을 다른 특수관계법인인 중국 소재 OOO의 상품관련 매출채권의 평균 회수기일(60일)보다 초과하여 회수한 사실이 있다고 확인하고 있는 점, 청구법인은 미주 현지법인이 청구법인으로부터 원자재 등을 납품받아 이를 가공하여 OOO전자 미주 가전사업부에 납품하고 있어 청구법인의 해외지점에 불과하다고 하면서 외상매출금을 회수하기 위한 아무런 조치를 취하지 아니한 것으로 보이는 점 등으로 보아 청구법인이 미주 현지법인에 대한 외상매출금을 장기간 회수하지 아니한 행위가 정당한 것으로는 보여지지 아니하므로 부당행위계산 부인하고 외상매출금 지연회수에 따른 인정이자를 계산하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

다만, 지급이자 손금불산입 규정인

「법인세법」 제28조

는 차입금이 특수관계자에 대한 업무무관자금대여 등에 사용되지 아니하도록 함으로써 그 자금이 기업고유의 운영자금으로 운용되도록 하는데 그 규정취지가 있다 할 것인바,

이 건의 경우, 처분청은 외상매출금 지연회수가 업무와 직접 관련이 없는 자금의 대여로 보았으나, 위에서 살펴본 바와 같이 미주 현지법인은 청구법인으로부터 원자재 등을 납품받아 이를 가공하여 OOO전자 미주 가전사업부에 납품하고 있고, 청구법인이 현지법인으로부터 지연 회수한 외상매출금과 현지법인의 외상매출금과 연관이 있다고 보이는 점 등으로 볼 때, 청구법인이 미주현지법인에 원자재를 납품하면서 매출채권을 지연회수한 행위는 현지법인을 운영하기 위한 것으로서 업무와 관련이 있는 것으로 보이므로 쟁점지급이자를 손금산입하는 것이 타당하다 하겠다.

따라서, 처분청이 청구법인의 외상매출금 지연회수분을 업무무관가지급금으로 보아 관련 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구법인의 대표이사가 확인한 연구인력개발비 세액공제와 관련한 확인서를 아래와 같이 제시하고 있다.

OOO

(나) 처분청이 제시한 청구법인의 2010년 1월 기준 조직도에 의하면, OOO공장의 이OOO는 연구개발팀 부장으로 되어 있고, 김OOO은 품질관리팀 과장으로, 이OOO은 품질관리팀 대리로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 청구법인 대표이사가 작성한 확인서는 사실과 다르다고 주장하면서 연구개발전담부서 확인서, OOO공장 조직도, 전담연구원 3명과 관련된 증빙서류를 제시하고 있다.

1) 연구개발전담부서 확인서에 의하면, 한국산업기술진흥협회장은 2003.3.18. 청구법인의 연구개발팀에 대하여 과학기술부장관의 권한 위탁에 따라

「기술개발촉진법 시행규칙」 제8조

의 규정에 의한 연구개발전담부서로 확인하고 있다.

2) 청구법인 OOO사업장의 2010년 조직도에는 연구개발팀 총괄 차장 이OOO, 과장 김OOO, 대리 이OOO로 기재되어 있다.

3) 청구법인의 인사명령에는 2002.12.26. 이OOO는 2003.1.1.자로 OOO사업장 연구개발부 팀장으로, 김OOO은 OOO사업장 연구개발부 팀원으로 인사명령되었으며, 2005.12.28. 이OOO은 2006.1.1.자로 OOO사업장 연구개발부 팀원으로 인사명령된 것으로 되어 있다.

4) 한국산업기술진흥협회의 청구법인에 대한 연구개발전담부서 인정취소 통보 공문에 의하면, 한국산업기술진흥협회는 청구법인이 전담부서 144㎡, 연구전담요원 3명, 기자재수 17종으로 신고된 내용에 2011.4.18. 연구개발전담부서 인정 취소되었음을 통보하였으며, 취소사유는 연구 활동 중단으로 자진 취소한 것으로 되어 있다.

5) 청구법인은 전담부서에서 행한 연구실적으로 2008년～2010년 시험보고서 등록대장을 제출하고 있다.

(라) 살피건대,

「조세특례제한법」 제10조

(연구 및 인력개발비 세액공제)를 적용함에 있어 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 연구인력개발비 세액공제가 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 쟁점세액공제가 적용된다고 해석하여야 할 것인바(대법원 2011.6.24. 선고, 2011두6844 판결, 서울고등법원 2011.2.10. 선고, 2010누25635 판결, 조심 2012서523, 2012.8.6. 같은 뜻),

이 건의 경우, 청구법인이 제출한 자료에 의하여 연구개발부서 설립당시에는 전담연구원의 발령 등으로 전담연구부서의 설립 확인을 한국산업기술진흥협회로부터 받았다 하더라도 전담연구부서의 운영에 있어서 청구법인의 대표이사가 전담연구원이 연구업무 외에 품질관리업무 등을 겸직하였다고 확인하고 있는 점, 청구법인의 2010년 조직도에서 전담연구원인 김OOO, 이OOO이 품질관리팀으로 되어 있는 점, 전담연구부서의 시험보고서 등록대장에는 시험기간이 단기간으로 이루어지고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인의 전담연구원들이 연구개발부서에서 전업적으로 연구개발을 한 것이 아니라 시험기간이 아닌 기간에는 연구업무 외의 일반업무를 겸직한 것으로 보이므로 청구법인의 전담연구원이 연구개발에만 전담하였다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.

따라서, 처분청이 쟁점세액공제를 부인하고 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.