서울고등법원-2010-누-25635 (2011.02.10)

사 건

2010누25635 법인세부과처분취소

원 고

주식회사 □□엔지니어링종합건축사사무소

피 고

OO세무서장

원 심 판 결

주 문

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2007. 2. 13. 원고에 대하여 한 2001 사업연도 법인세 1,028,601,910원 부과처분 중 853,131,350원을 초과하는 부분, 2002 사업연도 법인세 590,298,720원 부과처분 중 464,036,620원을 초과하는 부분, 2003 사업연도 법인세 1,286,274,860원 부과처분 중 1,236,454,810원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 1,756,754,530원 부과처분 중 1,600,233,850원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 1,554,538,470원 부과처분 중 1,470,846,900원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 각 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 60%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2007. 2. 13. 원고에 대하여 한 2001 사업연도 법인세 1,028,601,912원 부과 처분 중 850,348,790원을 초과하는 부분, 2002 사업연도 법인세 590,298,725원 부과처분 중 309,194,815원을 초과하는 부분, 2003 사업연도 법인세 1,286,274,867원 부과처분 중 834,377,462원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 1,756,754,536원 부과처분 중 1,259,794,743원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 1,554,538,471원 부과 처분 중 1,305,227,215원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2007. 2. 13. 원고에 대하여 한 2001 사업연도 법인세 1,028,601,912원 부과처분 중 1,025,819,352원을 초과하는 부 분, 2002 사업연도 법인세 590,298,725원 부과처분 중 435,456,920원을 초과하는 부분, 2003 사업연도 법인세 1,286,274,867원 부과처분 중 888,764,299원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 1,756,754,536원 부과처분 중 1,407,818,129원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 1,554,538,471원 부과처분 중 1,383,634,326원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 피고

제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1988. 10. 26. 설립되어 공공사업과 관련한 타당성 조사 · 기본설계 · 실시 설계 · 종합감리 및 사업관리 등 건축엔지니어링 및 기술서비스업을 영위하고 있는 법인으로서 1993. 10. 20. AA엔지니어링 건설기술연구소(1996. 4. 15. AA건설교통연구원으로 개칭함, 이하 ‘이 사건 연구소’라고 한다)를 설립하여 한국산업기술진흥협회장에게 원고의 기업부설연구소로 신고하였고, 한국산업기술진흥협회장은 1993. 10. 27. 위 연구소를 구 기술개발촉진법(2005. 12. 30. 법률 제7809호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 기술개발촉진법’이라고 한다)에 따른 원고의 기업부설연구소로 인정하였다.

나. 원고는 2001 사업연도부터 2005 사업연도까지의 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 이 사건 연구소에서 근무하는 연구원의 인건비 및 위탁연구용역비 합계 8,088,863,955원(인건비 6,255,386,904원 + 위탁연구용역비 1,833,477,051원)을 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라고 한다) 제10조 제1항(이하 ‘이 사건 과세특례규정’이라 한다)에 정한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 신고하였다.

다. 피고는 당초 신고된 2001 사업연도 법인세를 2004. 1. 5. 808,081,620원으로, 2006. 2. 1. 819,442,830원으로 각 증액 · 경정하였고, 2002 사업연도 법인세를 2003. 12. 1. 248,588,830원으로 감액 · 경정하였다가 2006. 2. 1. 258,246,370원으로 증액 · 경정하였으며, 2003 사업연도 법인세를 2006. 2. 1. 411,929,140원으로 증액 · 경정하였다 (10원 미만은 버림, 세액에 대하여는 이하 같다).

라. 서울지방국세청장은 2006. 12.경 원고에 대한 법인세 조사를 실시한 다음, 피고에게 ‘이 사건 연구소가 별도의 독립된 연구공간을 갖추지 아니하였고, 연구원이 연구 활동에만 전념하는 것이 아니라 일반사원과 혼재된 채 일반매출활동에도 참여하고 있어 원고가 세액공제대상으로 신고한 2001 사업연도부터 2005 사업연도까지 연구원 인 건비 등 중 7,765,763,875원(인건비 6,090,638,974원 + 위탁연구용역비 1,675,124,905 원)이 이 사건 과세특례규정이 정한 세액공제 요건을 갖추지 못하였다’는 이유로 이에 대한 세액공제 적용을 배제하라는 취지의 통지를 하였다.

마. 이에 피고는 위 라.항 기재와 같은 이유로 2007. 2. 13. 원고에 대하여 2001 사 업 연도 법인세를 1,059,285,820원으로, 2002 사업 연도 법인세를 610,151,260원으로, 2003 사업연도 법인세를 1,351,451,110원으로 각 증액 · 경정하였고, 당초 신고된 2004 사업연도 법인세를 1,762,392,660원으로, 2005 사업연도 법인세를 1,571,650,710원으로 각 증액 · 경정하였다.

바. 원고가 위 각 처분에 불복하여 2007. 5. 21. 조세심판원에 심판청구를 제기하자, 조세심판원은 2009. 3. 20. 원고의 위 심판청구 중 연구원 인건비에 대한 부분은 기각 하면서 위탁연구용역비에 대하여는 재조사하여 세액을 경정하라는 취지의 결정을 하였다.

사. 피고는 2009. 5. 15. 위 결정의 취지에 따라 위탁연구용역비 734,808,947원(2001 년 108,261,149원 + 2002년 92,910,000원 + 2003년 330.500.000원 + 2004년 31,187,798원 + 2005년 171,950,000원)을 추가로 세액공제대상으로 인정하여, 2001 사업연도 법인세를 1,028,601,910원으로, 2002 사업연도 법인세를 590,298,720원으로, 2003 사업연도 법인세를 1,286,274,860원으로, 2004 사업연도 법인세를 1,756,754,530원 으로, 2005 사업연도 법인세를 1,554,538,470원으로 각 감액 · 경정하였다(이하 2007. 2. 13.자 처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 아래와 같은 이유로 피고에게 이 사건 과세특례규정상 세액공제대상이라고 신고한 연구원 인건비 6,255,386,904원 중 원고 스스로 세액공제대상이 아니라고 인정하는 연구원 인건비 152,800,880원을 공제한 6,102,586,024원(피고가 세액공제대상 으로 인정한 연구원 인건비 164,747,930원 + 전문연구요원 인건비 1,751,175,750원 + 원고가 체결한 용역계약서에 참여기술자로 등재된 연구원의 인건비 3,299,363,350원 + 나머지 연구원 인건비 614,260,670원 + 퇴직급여충당금 273,038,324원)은 이 사건과세특례규정상 세액공제대상이다. 그런데, 피고는 이와 달리 위 6,102,586,024원 중 164,747,930원만을 세액공제대상으로 보고 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 청구취지 기재와 같이 일부 취소되어야 한다.

1) 원고는 이 사건 연구소를 설립하여 이 사건 연구소 소속 연구원들이 일반매출활동부서와 독립된 연구공간에서 과학기술분야의 연구업무(이하 ‘연구업무’라고 한다)에 종사하게 하였는바, ① 이 사건 연구소 소속 연구원들이 연구엽무 외에 일부 현업부서 업무를 수행하였다고 하더라도 엔지니어링 사업의 특성상 이는 연구업무의 부수업무에 해당되어 연구업무의 일부라고 할 것이어서 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정 이 적용되어야 할 것이고, 이 사건 연구소 소속 연구원들이 수행한 일부 현업부서업무 가 연구업무에는 해당되지 않는다고 하더라도 적어도 연구업무를 직접적으로 지원하는 행위에 해당한다고 할 것이어서 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되어 야 할 것이므로, 이 사건 과세특례규정이 연구업무에만 전념하고 일체의 현업부서업무를 수행하지 않는 연구원의 인건비에 대하여만 적용된다고 해석한다면 이는 조세법률주의 및 조세평등의 원칙에 반한다고 할 것이고, ② 가사, 이 사건 연구소 소속 연구원들이 수행한 현업부서업무가 연구업무나 연구업무를 직접적으로 지원하는 행위에 해당되지 않는다고 하더라도 연구원들이 연구업무와 현업부서업무에 투입한 시간이 명백히 구분되는 이상 연구업무에 투입한 시간에 상응하는 인건비에 대하여 이 사건 과세특례 규정이 적용되어야 할 것이며, ③ 구체적으로 별지 세액공제주장 인건비 기재 연구원 57명 중, ㉠ 용역계약서상 참여연구원 명단에 기재된 연구원들의 경우 엔지니어링 업계의 관행상 용역계약서에 형식적으로 그 성명이 기재되어 있을 뿐 실제 용역업무를 수행하는 연구원은 그 가운데 소수에 불과함에도 용역계약서상 참여연구원 명단에 그 성명이 기재되어 있다는 사실만으로 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용 하지 않는 것은 부당하고, ㉡ 출장정산서에 기재된 연구원들의 경우 용역업무와 직접적인 관련성 없이 연구업무의 일환으로 출장이 이루어진 것일 뿐만 아니라, 그 출장횟수도 적게는 1-2회, 많게는 5-6회에 불과하므로, 그 인건비에 대하여 이 사건 과세 특례규정을 적용하지 않는 것은 부당하며, ㉢ 병역법상 전문연구요원들의 경우 편입 당시 지정된 연구업무 외의 용역업무에 종사하는 것이 금지되어 있을 뿐만 아니라, 병무청에서 정기적으로 복무관리를 하고 있어 연구업무에만 종사하였다고 할 것임에도, 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하지 않는 것은 부당하고, ㉣ 용역계약서 상 참여연구원 명단 내지 출장정산서에 기재되지 않은 연구원들 가운데 구체적인 연구성과물이 확인되지 않은 연구원들의 경우 연구업무에 종사하더라도 연구성과물이 산출되기 위해서는 상당한 시간이 소요될 뿐만 아니라, 다른 연구원을 지원하는 자로도 볼 수 있으므로, 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하지 않는 것은 부당하므로, 결국 피고가 세액공제를 인정하는 연구원인 강BB, 김CC, 오DD, 이EE, 임FF 등 5명을 제외한 나머지 52명은 연구업무에 종사하는 연구요원이거나 연구 업무를 직접적으로 지원하는 자에 해당되어 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되어야 할 것이다.

2) 이 사건 과세특례규정상 세액공제대상으로 인정되는 인건비와 관련한 퇴직급여 충당금도 연구원의 인건비에 포함되므로, 연구원들의 퇴직급여충당금 273,038,324원도 이 사건 과세특례규정상 세액공제대상이다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

가) 이 사건 과세특례규정의 적용요건

이 사건 과세특례규정은 내국인이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에는 법인세 세액공제를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 구 조세특례제한 법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라고 한다) 제9조 제2항은 이 사건 과세특례규정에서 대통령령이 정하는 비용이란 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 자체기술개발을 위하여 전담부서에 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비 등을 말한다고 규정하고 있는바, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항에서 정한 전담부서에 근무하는 직원의 인건비 중 재정경제부령이 정하는 자의 인건비만 이 사건 과세특례규정상 세액 공제대상이 되므로, 아래에서는 이 사건 연구소가 전담부서에 해당하는지 여부 및 별 지 세액공제주장 기재 연구원 중 피고가 세액공제를 인정하는 연구원인 강BB, 김CC, 오DD, 이EE, 임FF 등 5명을 제외한 52명의 연구원(이하 '이 사건 연구원'이라고 한다)이 위 재정경제부령이 정하는 자에 해당하는지 여부에 대하여 살펴보기로 한다.

나) 이 사건 연구소가 이 사건 과세특례규정상 전담부서에 해당하는지 여부

(1) 전담부서의 의미

구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호는 같은 조 제1항의 규정에 따라 손금에 산입한 연구 및 인력개발준비금 중 대통령령이 정하는 비용에 소요된 금액에 상당하는 준비금을 익금에 산입한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제8조 제3항은 같은 법 제9조 제2항 제1호에서 '대통령령이 정하는 비용'이라 함은 재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발 전담부서에서 자체기술개발을 위하여 근무하는 직원 중 재정경제부령이 정하는 자의 인건비 등을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제548호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행규칙'이라고 한다) 제6조 제1항은 같은 법 시행령 제8조 제3항의 규정에 의한 ‘연구개발 전담부서’라 함은 구 기술개발촉진법 시행규칙(2006. 7. 5. 과학기술부령 제88호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 기술개발촉진법 시행규칙’이라고 한다) 제7조의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 같은 법 시행규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발 전담부서(이를 통틀어 구 조세특례제한법 시행규칙 제6조 제1항은 ‘전담부서’로 약칭하고 있다)를 말한다고 규정하고 있는바, 구 조세특례 제한법령상 연구 및 인력개발준비금의 익금산입과 관련하여 연구개발 전담부서란 구 기술개발촉진법령상 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서로서의 요건을 갖춘 것을 말하고, 이는 이 사건 과세특례규정상 자체기술개발을 위한 전담부서도 마찬가지라고 할 것이다(2007. 3. 30. 재정경제부령 제548호로 개정된 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항은 이 사건 과세특례규정상 전담부서의 의미에 대하여 구 조세특례제한법 시행규칙 제6조 제1항과 마찬가지로 규정하는 조항을 신설하였다).

한편, 구 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호는 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중 접적으로 개발하기 위한 연구개발사업에 관한 계획을 수립하고 연도별로 연구과제를 선정하여 연구인력 · 시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2006. 6. 29. 대통령령 제19553호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 기술개발촉진법 시행령’이라고 한다) 제15조 제1항 및 제2항은 같은 법 제7조 제1항 제2호에서 ‘대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소’라 함은 원칙적으로 자연계분야의 학사 이상의 학위 등을 가진 10인 이상의 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제7조 제2항은 같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정을 받고자 하는 자는 일정한 서식의 신고서에 연구사업개요서, 연구소의 조직 및 직원 현황, 연구시설명세서 등의 서류를 첨부하여 한국산업기술진흥협회장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행 규칙 제7조 제4항은 같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고에 관하여 그 밖의 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다고 규정하고 있는바{같은 법 시행규칙 제7조 제4항의 위임에 따라 과학기술부장관이 정한 과학기술부고시 제2003-10호(2003. 8. 23,)는 기업부설연구소의 직원구성 및 직원의 정의, 기업부설연구소 등의 일반기준, 연구시설 등에 대한 세부기준을 규정하고 있기는 하나, 행정 각부의 장이 정하는 고시가 비록 법령에 근거를 둔 것이라고 하더라도 그 규정 내용이 법령의 위임 범위를 벗어난 것일 경우에는 법규명령으로서의 대외적 구속력을 인정할 여지가 없다고 할 것인바(대법원 2006. 4. 28.자 2003마715 결정 등 참조), 구 시행규칙 제7조 제4항은 과학기술부장관에게 기업부설연구소의 신고에 관하여 필요한 기술적이고 세부적인 사항만을 정하도록 위임한 것일 뿐, 그러한 사항이 아닌 기업부설연구소의 직원구성 및 직원의 정의, 기업부설연구소의 시설기준 등을 정하도 록 위임한 것은 아니라고 해석되므로, 위 과학기술부고시는 그 규정 내용이 법령의 위임 범위를 벗어난 것으로서 법규명령으로서의 대외적 구속력을 인정할 수 없어 이 사건에 있어서 적용하지 않기로 한다}, 구 기술개발촉진법 시행규칙 제7조의 기업부설연구소는 결국 자연계분야의 학사 이상의 학위 등을 가진 10인 이상의 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관을 말한다고 할 것이고, 이러한 연구기관이어야만 이 사건 과세특례규정상의 적용대상인 자체기술개발을 위한 전담부서라고 할 것이다.

(2) 이 사건 연구소가 전담부서에 해당하는지 여부

(가) 살피건대, 갑 제10, 11, 20, 24, 25, 31, 32, 57, 58, 70 내지 72호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상, 제1심 증인 김ZZ의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 연구소는 별지 연구소현황 기재와 같이 구 기술개발촉진법령상 기업 부설연구소로서의 요건을 갖추어 1993. 10. 27. 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업 부설연구소로 인정받은 다음 2005. 12. 말까지 그 요건을 계속 유지하였던 사실을 인정할 수 있으므로, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 연구소는 이 사건 과세특례규정상 자체기술개발을 위한 전담부서라고 할 것이다.

(나) 이에 대하여 피고는, 이 사건 연구소가 한국산업기술진흥협회장으로부터 구 기술개발촉진법령상 기업부설연구소로 인정받기는 하였으나 실제로는 물적요건인 독립된 연구시설을 갖추지 못하고 인적요건인 연구전담요원을 확보하지 못하는 등 구 기술개발촉진법령상 기업부설연구소의 요건을 갖추지 못하였다는 취지로 주장하므로 살피건대, 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 처분과 관련하여 서울지방국세청장이 2006. 12.경 원고에 대한 법인세 조사를 실시하기 전인 2006. 8. 28.경 서울 WW구 YY동 320-7 건물 3층과 같은 동 318 건물 지하 1층을 사용하다가 같은 동 320-7 건물 2, 3, 4층을 사용하는 것으로 그 소재지를 변경하는 등 이 사건 연구소는 별지 연구소현황 기재와 같이 수차례에 걸쳐 연구소 소재지를 변경하였으므로, 이 사건 연구소의 2001.부터 2005.까지의 사무실 배치현황 등과 2006. 12.경 사무실 배치현황 등이 같다고 보기 어려운 점, ② 피고 스스로도 이 사건 연구소 소속 연구원 김CC, 오DD, 이EE의 인건비에 대하여는 이 사건 과세특례규정의 적용을 인정하고 있는 점 등을 종합해 보면, 을 제1 내지 4, 16호증(가지번호 포함)의 각 기재만으로는 피고의 위 주장사실을 인정하기에는 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

다) 이 사건 연구원의 인건비가 세액공제 대상인지 여부

(1) 이 사건 과세특례규정의 적용대상인 인건비

구 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항, 제6조 제2항은 이 사건 과세특례규정이 적용되는 '전담부서에 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자’라 함은 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자를 말한다고 규정하고 있고, 여기에서 전담부서는 앞에서 본 바와 같이 구 기술개발촉진법령상 기업부설연구소로서의 요건을 갖춘 것을 말한다고 할 것이며, 구 기술개발촉진법 제2조 제1호는 '기술개발'이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료 · 제품 · 장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하고, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다고 규정하고 있는바, 구 조세특례 제한법 시행규칙의 관계 규정에서의 ‘연구업무’란 순수한 학술적 연구활동 뿐만 아니라 산업기술의 연구 및 그 성과를 기업생산활동에 적용하는 방법을 찾아내는 것을 포함한 다고 봄이 상당하다 할 것이나, 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로 (대법원 2010. 5. 27. 선고 2010두1507 판결 등 참조), 이 사건 과세특례규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점, 이 사건 과세특례규정의 취지는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 당해 과세연도의 법인세에서 공제하도록 한 것인 점(대법원 2001. 1. 19. 선고 99두8718 판결 참조), 이에 따라 이 사건 과세특례규정은 앞에서 본 바와 같이 전담부서에 근무하는 직원으로서 연구업무에 종사하는 연구요원 등의 인건비에 대하여만 세액공제를 인정하고 있는 점, 전담부서의 지원인력의 경우에도 연구업무에 종사하는 연구요원의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에 한하여 그 인건비에 대한 세액공제를 인정하고 있는 점 등을 종합 해보면, 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용된다고 해석하여야 할 것이며, 나아가 연구업무 외의 다른 업무는 연구업무 전담연구원의 연구업무 수행과 직접적인 관련성을 갖는다는 사정이 인정되지 않는 한 연구업무에 포함되는 것으로 해석 할 수 없다고 할 것이고, 한편, 과세대상인 인건비가 비과세 혹은 면세대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있다고 할 것이다(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결 등 참조).

(2) 세액공제대상인 인건비

(가) 앞서 본 기준에 따라 이 사건 연구원의 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되는지 여부에 대하여 보면, 갑 제2 내지 6, 8 내지 10, 14, 20, 27 내지 32, 37 내지 57, 60 내지 72호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상, 제1심 증인 김ZZ의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 연구원은 별지 세액공제주장 인건비 '재직기간'란 기재와 같이 이 사건 연구소에서 연구원 또는 연구보조요원으로 근무하면서 별지 연구과제 목록 및 참여 기술개발 등 목록의 각 기재와 같이 이 사건 연구소가 2001.부터 2005.까지 수행한 특허 및 실용신안 출원, 신기술 개발, 컴퓨터프로그램 등록, 공동연구, 자체연구 등 ’기술개발’에 관여한 사실을 인정할 수 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 위와 같이 기술개발에 관여한 기간이 속한 과세연도의 이 사건 연구원에 대한 인건비에 대하여는 이 사건 과세특례규정이 적용된다고 할 것이나, 아래에서 보는 바와 같이 특정 과세연도의 이 사건 연구원 중 일부에 대한 인건비에 대하여는 이 사건 과세특례규정이 적용되지 않는다고 할 것이다.

(나) 먼저, 이 사건 연구원 중 별지 용역계약 참여연구원 명단에 기재된 연구원들(이하 '참여연구원들'이라고 한다) 및 별지 출장연구원 목록에 기재된 연구원들(이하 ‘출장연구원들’이라고 한다)의 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되는지 여부에 대하여 보건대, 갑 제12, 13, 58, 59호증, 을 제1 내지 15, 17호증의 각 기재, 제1심 증인 김ZZ의 증언에 변론 전체의 취지를 보태어 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 참여연구원들은 별지 참여 기술개발 등 목록 및 용역계약 참여연구원 명단의 각 기재와 같이 적게는 3개월 동안부터 많게는 두 해에 걸쳐 1년 동안 해당 용역계약서에 ‘참여연구원’으로 기재되었고, 원고는 참여연구원들이 실제로 용역계약에 참여하여 용역업무를 수행하지 않았음을 입증할 만한 객관적 자료를 제출하지 못하고 있는 점에 비추어 볼 때, 참여연구원들은 실제로 해당 용역계약에 따른 용역업무를 수행하였던 것으로 보이는 점, ② 출장연구원들은 별지 참여 기술개발 등 목록 및 출장 연구원 목록의 각 기재와 같이 적게는 하루 동안 1회부터 많게는 12일 동안 6회에 걸쳐 원고가 수행하는 용역계약의 용역업무 현장 등에 단독 또는 공동으로 출장을 가거나 현업부서 직원과 함께 출장을 갔었고, 이 사건 연구소의 연구원 중 용역계약에 따른 용역업무에 관여하지 않고 기술개발업무만을 전담하는 연구원의 경우 이와 관련하여 출장을 가는 경우가 거의 없었던 것으로 보이며, 원고는 출장연구원들의 출장이 연구업무 수행과 직접적인 관련성을 갖는다는 점을 입증할 만한 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있는 점에 비추어 볼 때, 출장연구원들은 해당 용역계약에 따른 용업업무를 수행하기 위하여 출장을 갔었던 것으로 보이는 점, ③ 참여연구원들은 3개월부터 1년에 이르는 상당한 기간 동안에 용역계약에 따른 용역업무를 수행하였던 것으로 보이고, 참여연구원들 중 일부는 ‘참여연구원’으로서 해당 용역계약에 따른 용역업무를 수행하였음은 물론 해당 용역기간이 경과한 후에도 해당 용역계약과 관련하여 출장을 가기까지 하였으며, 또한, 참여연구원들에서 보는 바와 같이 원고가 수행하는 용역업무가 그 업무의 성질상 상당한 기간이 소요되는 것으로 보이고, 출장연구원들의 출장목적도 별지 출장연구원 목록 기재와 같이 실시설계, 현장답사, 시공사 방문 등과 같이 기술개발업무와는 무관하게 해당 용역계약에 따른 용역업무의 수행과 관련된 것인 점에 비추어 출장연구원들의 경우에도 그 출장횟수나 출장기간과는 관계 없이 실제로 상당기간 동안에 해당 용역계약에 따른 용역업무를 수행하였을 것으로 보이는 점, ④ 원고가 용역계약을 체결함에 있어서 통상 일정한 자격을 갖춘 기술자의 참여가 요구되는 경우 이러한 요구를 충족시키기 위하여 용역계약서에 ‘참여연구원’으로 기재하는 것 자체로도 참여연구원들이 기술개발업무의 목적이 아닌 다른 목적으로 용역계약에 관여하였다고 볼 수 있는 점, ⑤ 피고가 세무조사 당시 입수하였던 인사기록부(을 제1호증)에는 이 사건 연구소 소속 인원이 5명으로 기재되어 있고. 2003. 12. 31. 현재 직원배치표 (을 제2호증의 1 내지 3)에는 위 인사기록부와 마찬가지로 이 사건 연구소 소속 인원이 5명으로 기재되어 있을 뿐만 아니라, 이 사건 연구원 중 그 당시 근무하였던 대부분의 연구원들이 이 사건 연구소가 아닌 수익사업부에 직급에 따라 배치되어 있으며, 2005. 10. 11. 현재 경기조 편성표(을 제4호증) 및 2006. 4. 6. 현재 개인별 직통전화번호(을 제3호증)에도 위 직원배치표와 마찬가지로 이 사건 연구소 소속 인원이 5명으로 기재되어 있을 뿐만 아니라, 이 사건 연구원 중 그 당시 근무하였던 대부분의 연구원들이 이 사건 연구소가 아닌 수익사업부서에 직급에 따라 배치되어 있고, 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 연구소는 수익사업부서의 각 분야에 맞추어 별개의 팀을 운영하였던 것으로 보이는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 연구원 중 참여연구원들과 출장연구원들은 장기간에 걸쳐 지속적으로 기술개발업무 외에 수익사업부서의 업무를 수행하거나 지원해 왔던 것으로 보이는 점 등을 종합해 보면, 이 사건 연구원 중 참여연구원 들과 출장연구원들은 기술개발을 위한 연구업무를 전담하지 않고 해당 용역계약에 따른 용역업무의 수행에 관여하였다고 봄이 상당하므로, 참여연구원들 및 출장연구원들에 대한 인건비 중 해당 용역계약기간 및 출장기간이 속한 해당 과세연도에 발생한 부분에 대하여는 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 아니라고 할 것이다.

(다) 다음으로, 이 사건 연구원 중 병역법상 전문연구요원들(강aa, 김bb, 김cc, 김dd, 김ee, 김ff, 노gg, 서hh, 석jj, 신kk, 유mm, 이nn, 이oo, 임pp, 임qq, 전rr, 지ss, 홍tt, 황vv, 황ww 등 20명, 이하 ‘전문연구요원들’이라고 한다)의 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되는지 여부에 대하여 보건대, 병역법상 전문연구요원의 경우 편입 당시 지정된 연구개발활동 이외의 용역활동에 종사하는 것이 금지되어 있기는 하나, 앞서 든 각 증거에 의하면, 전문연구원들도 별지 용역계약 참여연구원 명단, 출장연구원 목록, 참여 기술개발 등 목록의 각 기재와 같이 해당 용역계약서에 ‘참여연구원’으로 기재되었거나 원고가 수행하는 용역 계약의 용역업무 현장 등에 단독 또는 공동으로 출장을 가거나 현업부서 직원과 함께 출장을 갔었던 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 인정사실과 앞서 살펴 본 사정들에 비추어 볼 때 전문연구요원들도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하지 않고 해당 용역 계약에 따른 용역업무의 수행에 관여하였다고 봄이 상당하므로, 전문연구요원들에 대한 인건비 중 해당 용역계약기간 및 출장기간이 속한 해당 과세연도에 발생한 부분에 대하여는 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 아니라고 할 것이다.

(라) 마지막으로, 이 사건 연구원 중 위 (나)항 및 (다)항과 관련된 부분을 제외한 나머지 연구원 가운데 별지 연구과제 목록에 참여연구원으로 기재되어 있지 않은 연구원들(이하 ‘비참여연구원들’이라고 한다)의 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되는지 여부에 대하여 보건대, 앞서 든 각 증거에 의하면, 비참여 연구원들은 별지 연구과제 목록 및 참여 기술개발 등 목록의 각 기재와 같이 이 사건 연구소가 2001.부터 2005.까지 수행한 기술개발업무에 관여한 사실이 없었던 사실을 인정할 수 있고, 달리 비참여 연구원들이 해당 과세연도에 기술개발을 위한 연구업무를 전담하거나 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하였다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 비참여 연구원들에 대한 인건비는 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 아니라고 할 것이다.

라) 세액공제대상인 인건비 액수

따라서, 이 사건 연구원에 대한 인건비 중 이 사건 과세특례규정이 적용되는 인건비는 별지 세액공제인정 인건비 기재와 같이 2,981,453,590원(3,116,013,057원 - 134,559,467원)이다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

가) 법인세법 제33조는 내국법인이 각 사업연도에 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 기업회계상 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 일정한 범위 내에서 이를 손금에 산입한다고 규정하고 있으므로, 퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 점, 인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것을 말한다고 할 것인데, 퇴직급여충당금은 법인이 퇴직금을 당해 임원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전 분배하여 매기마다 일정액을 비용으로 적립한 것으로서 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이므로, 퇴직급여충당금에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하더라도 그 입법취지에 반하지 않는 점 등에 비추어 보면{조세특례제한법 기본통칙 9-8 ···1은 조세특례제한법 시행령 별표 5의 ‘인건비’에는 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 않는 다는 취지로 규정하고 있으나, 이는 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행 기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니다(대법원 1995. 5. 23. 선고 94누9283 판결 등 참조)}. 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되는 연구원의 경우 퇴직급여충당금에 대하여도 이 사건 과세특례규정을 적용함이 상당하다 할 것이다.

나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고는 273,038,324원(2004년 131,406,186원 + 2005년 141,632,138원)의 퇴직급여 충당금을 기업회계상 손금으로 계상한 사실을 인정할 수 있으므로, 위 273,038,324원 중 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 되는 연구원의 인건비 1,518,802,920원(2004년 841,126,860원 + 2005년 677,676,060원)과 관련된 부분에 대하여는 위 과세특례규정이 적용된다 할 것이고, 그 금액은 별지 세액공제인정 인건비 기재와 같이 134,559,467원 [2004년 72,166,229(퇴직급여충당금 131,406,186원/원고 주장 인건비 1,531,592,720원 × 세액공제가 인정된 인건비 841,126,860원) + 2005년 62,393,238원(퇴직급여충당금 141,632,138원/원고 주장 인건비 1,538,319,080원 × 세액공제가 인정된 인건비 677,676,060원), 단, 원 미만은 버림]이다.

3) 소결론(세액의 계산)

이 사건 연구원의 인건비 중 위 3,116,013,057원(2,981,453,590원 + 134,559,467 원)에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하여 원고의 2001.부터 2005.까지의 정당한 법인세액을 계산하면 별지 계산세액 ‘총결정세액’란 기재(2001년 853,131,350원, 2002 년 464,036,620원, 2003년 1,236,454,810원, 2004년 1,600,233,850원, 2005년 1,470,846,900원)와 같다. 따라서 이 사건 처분 중 2001 사업연도 법인세 1,028,601,910원 부과처분 중 853,131,350원을 초과하는 부분, 2002 사업연도 법인세 590,298,720원 부과처분 중 464,036,620원을 초과하는 부분, 2003 사업연도 법인세 1,286,274,860원 부과처분 중 1,236,454,810원을 초과하는 부분, 2004 사업연도 법인세 1,756,754,530원 부과처분 중 1,600,233,850원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 1,554,538,470원 부과처분 중 1,470,846,900원을 초과하는 부분은 각 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 각 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 각 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하므로 원고의 항소 및 피고의 항소를 각 일부 받아들여 제1심 판결을 주문 기재와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.