조심 2019부3460 (2020.05.15)

OOO세무서장이 2019.6.7. 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 OOO경정청구 거부처분은 청구법인이 조합원으로부터 현물출자받은 토지 및 건물의 취득가액을 관리처분계획인가일(2007.12.27.) 기준으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO일대 토지 79,751㎡(사업시행구역)에 있는 건축물을 철거하고 그 위에 일반아파트 19개동 1,285세대(조합원분 244세대), 임대아파트 1개동 124세대 및 근린생활시설 1개동을 재건축하는 사업을 위하여 2005.3.10. 설립인가를 받았으며, 동 아파트와 상가는 2013.12.30. 사용이 승인되었다.

나. 청구법인은 2014.3.31. 2013사업연도 법인세를 신고하면서, 조합원이 현물출자한 토지 및 건물의 취득가액을 사업시행계획인가일(2006.6.28.)을 기준으로 그 당시에 감정평가한 OOO(이하 “종전감정가액”이라 한다)으로 손금산입하였다가, 2019.4.2. 관리처분계획인가일(2007.12.27.)을 기준으로 2018.12.21.에 감정평가한 OOO(이하 “쟁점감정가액”이라 한다)으로 증액하고 그 차액분에 해당하는 법인세 OOO환급을 구하는 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 조합원이 현물출자한 자산의 취득가액으로 종전감정가액이 적정하고, 그 취득시기를 관리처분계획인가일로 보더라도 쟁점감정가액은 소급감정가액으로서 합리성과 객관성이 결여되어 있다는 이유로 2019.6.7. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조합원이 현물출자한 자산(토지 및 건물)의 취득시기

(가) 「

법인세법」 제40조

제2항 및 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호에 따르면 상품 등 외의 자산의 양도의 경우 그 대금을 청산한 날, 소유권 등의 이전등기일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날을 자산의 취득시기로 하고 있다.

(나) 「도시 및

주거환경정비법」 제49조

제6항에 따르면 관리처분인가일부터 종전의 토지 또는 건축물의 소유자ㆍ지상권자ㆍ전세권자ㆍ임차권자 등 권리자는 소유권 이전고시가 있은 날까지 종전의 토지 또는 건축물에 대하여 이를 사용하거나 수익할 수 없다. 따라서 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 설립된 정비사업조합은 종전의 토지 또는 건축물의 소유자(조합원)의 토지 등을 현물출자 받아서 관리처분인가일부터 소유권 이전고시일까지 사용ㆍ수익하게 된다.

(다) 따라서 「

법인세법 시행령」 제68조

제1항 제3호에 따른 자산의 취득시기를 이 건에 적용하면 사용수익일은 관리처분계획인가일(2007.12.27.)이고, 소유권 이전등기일은 2014년이므로 관리처분계획인가일이 취득시기가 되는 것이다(조심 2015부4909, 2018.3.14.).

(2) 조합원이 현물출자한 자산의 취득가액(시가)

(가) 「

법인세법」 제41조

제1항 제3호와 같은 법 시행령 제72조 제2항 제3호 나목에 따르면 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 해당 자산의 시가를 취득가액으로 하며, 「

법인세법」 제52조

제2항과 같은 법 시행령 제89조 제2항에 따르면 시가가 불분명할 경우 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을 적용함을 알 수 있다.

(나) 따라서 「

법인세법 시행령」 제72조

제2항 제3호 나목과 같은 법 시행령 제89조 제2항에 따른 자산의 취득가액을 이 건에 적용하면, 조합원이 현물출자한 자산의 취득가액은 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액으로 한다는 것을 알 수 있다.

(3) 소급 감정평가

(가) 앞서 살펴본 바에 따르면 청구법인이 조합원이 현물출자한 자산을 취득한 시기는 관리처분계획인가일(2007.12.27.)이고, 그 가액(시가)은 감정평가액임을 알 수 있다. 따라서 그 가액은 관리처분계획인가일(2007.12.27.)의 감정평가액으로 정리할 수 있다.

(나) 여기에서 관리처분인가일은 2007.12.27.이고 감정평가서 작성일은 2018.12.21.이므로 소급감정평가를 인정할 수 있는가의 문제가 발생할 수 있으나, 이에 대하여 대법원은 “구 「

상속세법 시행령」 제5조

제1항에서 말하는 ‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 시가로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달리 볼 수는 없다 할 것이다. 그러나 위와 같이 감정가격을 시가로 볼 수 있기 위해서는 어디까지나 감정이 적정하게 이루어져 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다는 점이 인정되어야 한다.”고 판단하고 있다(대법원 2002.6.28. 선고 2000두6244 판결).

나. 처분청 의견

(1) 취득시기

(가) 「

법인세법 시행령」 제68조

제1항 제3호는 자산양도에 대한 귀속시기를 규율하는 것이고, 현물출자에는 대금청산일이 있을 수 없을 뿐 아니라 현물출자는 「상법」이 정한 출자계약 형태로 계약의 효력, 계약당사자의 법적 지위 등이 일반적인 양도와 다르다. 따라서 동 조항을 현물출자에 적용하는 것은 조세법률주의에 반하는 확대해석이다.

(나) 「법인세법」 및 「도시 및 주거환경정비법」상 현물출자에 의한 부동산의 취득시기에 관하여 명문 규정은 없으며, 판례를 살펴보면 대법원은 현물출자의 양도시기에 대하여 조합에 현물출자를 이행한 때로 보고 있으며(대법원 2002.4.23. 선고 2000다5852 판결), 실질적인 공동경영 약정이나 어느 정도 구체화된 조합관계가 성립된 후 부동산관리신탁계약이 있었다면 동 계약을 현물출자 시기로 보고 있으므로(서울행정법원 20187.3.7. 선고 2016구단53305 판결) 일반적인 양도와는 귀속시기를 다르게 판단하고 있음을 알 수 있다.

(다) 관련 국세청 예규는 재건축조합이 현물출자로 취득하는 토지의 취득시기는 주택조합 설립인가일 또는 출자한 토지의 신탁등기접수일 중 빠른 날로 보고 있으며(서면 2018-법인2041, 2018.9.13. 외 다수), 「도시 및

주거환경정비법」 제16조

를 보면 조합의 설립인가를 신청할 때 정관을 제출하게 되어 있고 청구법인의 조합설립인가 시 제출한 정관을 살펴보면 조합원의 현물출자 의무와 그에 따른 권리가 기재되어 있음을 알 수 있다. 조합 설립과정에서 조합원이 설립동의와 함께 소유토지의 조합에 대한 현물출자에 동의하면 조합은 설립인가일까지 그 토지급부에 대한 채권을 가지게 되어 사실상 출자효력은 조합의 설립인가일에 발생하므로 이 건과 같이 신탁등기 없이 사업이 추진되는 경우에는 조합설립인가를 받은 날을 현물출자 시점으로 보는 것이 합리적이다.

(2) 취득가액

(가) 「

법인세법」 제41조

, 같은 법 시행령 제72조 제2항 제3호에서 현물출자에 따른 자산의 취득가액은 해당 자산의 시가로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조 제1항에서 시가는 해당거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격으로, 제2항에서는 시가가 불분명한 경우에는 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)으로 하도록 규정하고 있으며, 또한 판례를 살펴보면, 재건축조합이 조합원들로부터 현물출자에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가의 범위 내에서 장부에 계상한 금액을 의미하며, 위 시가가 불분명한 경우에는 감정 평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)을 시가로 본다고 판시하고 있다(대법원 2010.6.10. 선고 2007두25404 판결).

(나) 「도시 및 주거환경정비법」을 보면, 조합원이 정비사업조합에 출자하는 토지와 건축물의 가액은 관리처분계획에 의하여 정하여진 가액에 의하여야 하고(법 제48조 제5항, 시행령 제52조 제1항 제7호), 이는 사업시행계획 인가의 고시가 있는 날을 기준으로 하여 평가한 가액으로 정하고 있다(법 제48조 제1항 제4호).

(다) 또한 조합원이 현물출자한 자산의 가액은 사업시행인가일을 평가기준일로 하는 감정평가액이고 이는 조합이 현물출자로 취득한 자산의 취득가액이 되는 것이며, 부동산 매매에 있어 양도가액과 취득가액이 동일한 것처럼 조합원의 현물출자에 있어서도 현물출자한 자산가액과 현물출자받은 취득가액은 일치하여야 한다.

(3) 소급감정가액 인정 여부

(가) 취득시기를 관리처분계획인가일로 볼 경우에도 10년 11개월이 경과하여 소급감정한 쟁점감정가액을 취득가액으로 인정하기는 어렵다. 청구법인이 소급감정가액을 시가로 보는 사례로 들고 있는 대법원 판결은 감정가격이 시가로 볼 수 있기 위해서는 어디까지나 감정이 적정하게 이루어져 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다는 것이 인정되어야 한다는 것이므로 적정하게 평가된 감정가액(종전 감정가액)이 있는 이 건과는 사실관계에서 다르다.

(나) 종전감정가액은 「도시 및

주거환경정비법」 제48조

제5항에 따라 적법하게 이루어진 것이므로 시공사, 조합원 및 현금청산 대상자의 이해관계가 합리적으로 반영된 객관적인 시가로 볼 수 있으나, 쟁점감정가액은 평가기준일과 작성일 사이에 10년 11개월 25일의 시차가 있고 법인세를 재산출하기 위한 목적으로 청구법인이 임의로 감정평가법인 1곳을 선정하여 소급감정평가한 것이므로 객관적·합리적인 평가가 이루어졌다고 보기 어렵다.

(다) 인근 지역(동래구 주거지역)의 지가변동률을 보면 당초 평가기준일인 2006.6.28.과 소급감정서의 평가 기준일인 2007.12.27. 사이에 3.51%가 상승하였으나 감정가액은 그보다 6.93배나 많은 24.34%가 증가한 것으로 나타난다. 평가기준일에 1년 6개월의 시차가 있으나 그 사이에 지가가 폭등할만한 특별한 사정도 없어 보이므로 쟁점감정가액을 관리처분계획인가일의 시가로 보기도 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 조합원으로부터 현물출자받은 토지 및 건물의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 평가한 쟁점감정가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다) : 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산 : 제작원가에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산 : 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

(2) 법인세법 시행령

제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 “상품 등”이라 한다)의 판매 : 그 상품 등을 인도한 날

2. 상품 등의 시용판매 : 상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.

3. 상품 등 외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.

4. 자산의 위탁매매 : 수탁자가 그 위탁자산을 매매한 날

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 합병·분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액

나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을 「한국증권선물거래소법」에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2.

「상속세 및 증여세법」제38조

내지 제39조의2 및

동법 제61조

내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우

「상속세 및 증여세법」제63조

제2항 제1호 및

동법시행령 제57조

제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

(3) 도시 및 주거환경정비법

제49조(관리처분계획의 공람 및 인가절차 등) ③ 시장·군수는 제2항의 규정에 의하여 관리처분계획을 인가하는 때에는 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다.

⑥ 제3항의 규정에 의한 고시가 있은 때에는 종전의 토지 또는 건축물의 소유자·지상권자·전세권자·임차권자 등 권리자는 제54조의 규정에 의한 이전의 고시가 있은 날까지 종전의 토지 또는 건축물에 대하여 이를 사용하거나 수익할 수 없다. 다만, 사업시행자의 동의를 받거나 제40조 및 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 손실보상이 완료되지 아니한 권리자의 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발 정비사업의 개괄적인 추진절차는 다음과 같다.

(2) 청구법인은 당초 조합원으로부터 현물출자받은 부동산의 취득가액을 사업시행계획인가일(2006.6.28.) 기준으로 평가한 종전감정가액OOO으로 하여 2013사업연도 법인세를 신고하였다가, 그 취득시기를 「

법인세법 시행령」 제68조

제1항 제3호에 따라 관리처분계획인가일(2007.12.27.)로 보아야 한다는 이유로 그 때를 기준으로 소급감정한 쟁점감정가액OOO으로 취득가액을 증액하고 그 차액분에 해당하는 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으며, 처분청은 사업시행계획인가일을 기준으로 한 종전감정가액이 시가로서 적정하고 관리처분계획인가일을 기준으로 한 쟁점감정가액은 소급감정가액으로서 적정하지 않다는 사유로 이를 거부하였다.

(3) 관리처분계획에 의하면 청구법인은 조합원이 현물출자한 종전자산가액을 사업시행계획인가일(2006.6.28.)을 기준으로 해서 OOO백만원으로 평가하고, 이를 기초로 비례율을 105.87%로 산출(전체 분양예정가액에서 총사업비를 공제한 후 이를 종전자산평가액으로 나누어 산출)한 다음, 조합원이 추가로 부담해야 할 분담금을 OOO백만원으로 산정[조합원의 예상 분양가액OOO에서 권리가액(종전자산평가액×비례율, OOO백만원)을 차감하여 산정]한 것으로 나타난다.

(4) 한편 OOO에서는 「주택재개발.재건축 사업 등에 관한 평가지침」 을 제정하여 회원인 감정평가법인들이 공정하게 감정평가를 수행하도록 하고 있는바, 그 제9조의 내용을 보면 사업시행계획인가일을 기준으로 한 종전자산의 평가액에는 개발이익 등이 포함되어 있지 않음을 알 수 있다.

(5) OOO청구법인의 의뢰에 따라 조합원이 현물출자한 종전자산의 시가를 관리처분계획인가일(2007.12.27.) 기준으로 조사하여 OOO으로 평가(공시지가×시점수정×지역요인×개별요인×그 밖의 요인보정치)하였는바, 일반적으로 감정평가액의 차이는 공시지가와 그 밖의 요인보정치에 의해서 발생하게 되는데, 공시지가는 종전감정평가와 동일하게 구역내 표준지공시지가를 적용한 반면, 그 밖의 요인보정치는 종전감정평가와 다르게 개발이익이 반영된 주변 사례를 적용한 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

(가) 먼저 조합원이 현물출자한 부동산의 취득시기가 언제인지 보면,

「법인세법 시행령」 제68조

제1항 제3호는 상품 등 외의 자산의 취득시기를 대금청산일, 소유권이전등기일, 사용수익일 중 빠른 날로 규정하고 있으므로 신탁등기를 하지 아니한 이 건의 경우 사용수익일인 관리처분계획인가일을 취득시기로 봄이 타당하다 할 것이고(조심 2015부4909, 2018.3.14. 등 같은 뜻임),

(나) 다음으로 종전감정가액과 쟁점감정가액 중 어느 것이 취득가액(시가)에 부합하는지 보면, 처분청은 종전감정가액이 시가로서 적정하다는 의견이나, 재개발 사업에 출자된 부동산의 시가는 사업이 시행된다는 것을 전제로 한 개발이익이 포함된 가격으로 평가하여야 할 것인데(대법원 2009.3.26. 선고 2008다21549 판결, 같은 뜻임), 종전감정가액은 관리처분계획인가일 현재의 개발이익이 포함되어 있다고 볼 수는 없으므로 시가로 보기는 어렵고, 청구법인 또한 쟁점감정가액이 시가에 부합한다고 주장하나, 사업시행계획인가일과 관리처분계획인가일 사이의 1년 6개월 기간에 공시지가가 3.51% 상승한 반면, 특별한 사정 없이 감정가액이 24.34%나 증가한 것으로 나타나므로 이를 시가로 인정하기도 어렵다고 하겠다(조심 2015부4909, 2018.3.14. 같은 뜻임).

따라서 처분청이 관리처분계획인가일을 기준으로 취득가액(시가)을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.