조심 2021광1085 (2021.10.26)

1. OOO서장이 2020.10.12. 청구종중에게 한 2017사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 OOO 산11-7, 산11-12 및 산11-10 소재 임야에 대하여는 실제 임야인지 여부와 청구종중이 고유목적사업으로 사용한 같은 동 산11-6 소재 임야와 사용현황이 동일하였는지 등을 재조사하여 같은 동 산11-6 소재 임야와 사용현황이 유사한 임야의 경우에 한하여 그 면적을 고유목적사업에 사용한 것으로 보고, 같은 동 738-33 소재 임야는 청구종중의 분묘가 양도시까지 있었는지 여부와 분묘가 있었다면 실제 임야 면적이 얼마인지를 재조사하여 그 임야 면적을 고유목적사업에 사용한 것으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구종중은 2017.6.5. OOO 등 51필지 임야 57,956㎡와 전 52,534㎡ 합계 110,490㎡(이하 “전체양도토지”라 한다)를 주식회사 AAA에 OOO원에 양도하고 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 환산가액으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 청구종중은 2017.8.30. ‘법인으로 보는 단체’로 승인받고 2017.12.5. 처분청에 기 납부한 양도소득세를 환급하여 달라고 경정청구를 하였고, 2018.3.27. 아래 OOO과 같이 전체양도토지의 양도차익 OOO원 중에 3년 이상 고유목적사업에 사용한 고정자산의 양도차익을 OOO원으로, 그 외 과세대상인 양도차익을 OOO원으로 하여 2017사업연도 법인세 OOO원을 신고.납부하였다.

다. OOO청장은 2019.11.11.부터 2019.11.28.까지 처분청에 대한 업무감사를 실시하여 청구종중이 3년 이상 고유목적사업에 사용하였다고 하여 비과세대상으로 신고한 농지 중 OOO 등 16필지 전 21,534㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)는 종중원에게 임대하여 수익사업에 사용한 것으로 보아 관련 양도차익OOO원을 법인세 익금에 산입하여 과세하도록 감사지적을 하였고, 처분청은 이에 따라 2020.10.12. 청구종중에게 2017사업연도 법인세 OOO원(과소신고가산세 OOO원과 납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정.고지하였다.

라. 청구종중은 이에 불복하여 2020.12.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

가. 청구종중 주장

(1) (쟁점① 관련) 청구종중의 종중원이 종중 소유의 쟁점①토지를 경작하여 그로부터 발생한 소득을 종중 고유목적에 사용한 경우 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 보아야 한다.

(가) 종중은 ‘공동선조의 분묘수호, 제사봉행, 종원 상호간의 친목을 목적으로 하는, 공동 선조의 후손 중 성년 이상의 자로 구성되는 종중의 자연적 집단’으로 정의되며, 「민법」상 ‘법인격 없는 사단’으로 본다. 종중 재산은 총유(總有)로, 종중원은 종중 재산을 단독적, 독점적으로 소유하지는 않지만 종중원의 일원으로서 집합적, 부분적으로(그러나 구분, 분리할 수는 없음) 종중 재산을 소유하게 된다. 종중원은 종중 정관 기타 규약에 좇아 총유물을 사용, 수익할 수 있고(「민법」제276조 제2항), 종중 그 자체는 살아 있는 생명체가 아니기 때문에 종중이 직접 농지를 경작하는 것은 불가능하므로 대부분의 종중에서는 정관, 규약, 관습에 따라 종중원이 종중 소유 농지를 경작하고 일부 소득을 비료, 농약, 인건비, 기여분 명목으로 경작자에게 귀속시키고, 나머지 소득을 종중 공동 재원으로 귀속시켜 종중 고유목적에 사용하고 있다.

따라서 종중원이 종중 소유농지를 경작하는 경우 타인의 농지를 임차하여 경작하는 것이 아니라 집합적, 부분적으로 관념상 본인 재산과 마찬가지로 경작하는 것이고, 종중 재산을 정관 또는 기타 규약에 따라 사용, 수익할 수 있기 때문에 당연히 농지 경작에 따르는 일부 소득을 비료, 농약, 인건비, 본인 기여분 명목으로 본인에게 귀속시킬 수 있다.

또한 종중 소유농지를 경작후에 일부 소득을 종중 공동 재원으로 귀속시키는 것은 농지경작에 따른 소득을 내부적으로 종중원 개인과 종중 공동재원으로 나누는 것이다. 종중원이 종중 농지를 경작하고 일부 소득을 종중 재원으로 임대료 형식으로 납부하였다 하더라도 종중원 개인은 여전히 종중 공동재원을 집합체로서 소유(총유)하고 있는 것이며, 타인에게 전속 이전하는 것은 아니다. 이런 이유에서 종중원이 종중 농지를 경작한 후에 일부 소득을 종중 재원으로 임대형식으로 납부한다고 해서 이를 농지 임대차 관계로 보는 것은 논리적으로 맞지 않다.

(나) 처분청은 이 건 과세를 함에 있어서 대법원 판례 변경(대법원 2018.12.13. 선고 2018두55494 판결)을 근거로 ‘종중 농지를 종중원이 경작한 경우 농지의 임대에 해당하며, 임대한 농지는 종중 고유목적사업에 직접 사용되었다고 볼 수 없다’는 이유를 들었으나, 종중원이 경작한 농지는 위와 같은 이유로 임대농지로 볼 수 없고, 동 대법원 판례는 종중원이 아닌 타인에게 농지를 임대한 경우로 이 건에 직접 적용할 수도 없다.

(2) (쟁점② 관련) 고유목적사업에 사용된 것으로 보지 않는다 하더라도 종중원 경작 농지에 대하여 대법원 판례(대법원 2017.11.29. 선고 2017두57523 판결 및 대법원 2018.12.13. 선고 2018두55494 판결) 이전에 장기간 비과세 관행이 성립되었으므로 그 이전에 양도된 토지에 대하여 소급하여 과세할 수 없다.

(가)「국세기본법」제18조 제3항에는 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있고, 관련한 ‘국세기본법 기본통칙’ 18-0…2(새로운 세법해석의 적용시점)에서 “새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다”고 규정하고 있다.

국세청 사전답변(법규법인 2013-560, 2014.3.6.)에 의하면 “종중의 묘지용 선산과 제위토로 사용하던 전답이 택지개발에 따라 수용되는 경우, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산의 수용으로 발생하는 수입은「법인세법 시행령」제2조 제2항에 따라 수익사업에 해당되지 않는 것으로, 이에 해당하는지는 해당 부동산의 사용용도 기간 면적 등 사용현황, 임대차 여부 등 제반사항을 고려하여 사실판단할 사항”이라고 회신하였다.

또한 국세청 질의회신(법인세과-399, 2014.9.24.)에 의하면 “종중 임야는 종중원 분묘 100여기가 산재한 금양임야로서 선산으로 사용되고 있으며, 인접 또는 연접된 위치에 소재한 전답은 봉제사 등 시제봉향과 종중 목적사업을 수행하기 위한 재원마련을 위한 위토로 사용하고 있는 경우, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산의 수용으로 발생하는 수입은「법인세법 시행령」제2조 제2항에 따라 수익사업에 해당되지 않는 것으로, 이에 해당하는지는 해당 부동산의 사용용도 기간 면적 등 사용현황, 임대차 여부 등 제반사항을 고려하여 사실판단할 사항”이라고 회신하였고, 이외에도 계속하여 같은 취지로 회신하였다.

조세심판례(조심 2017서1288, 2017.6.22.), 법원 판례(OOO고등법원 2018.8.22. 선고 2018누42940 판결 및 대법원 2018.12.13. 선고 2018두55494 판결)에서도 종중원이 직접 경작한 토지에 대하여는 과세관청이 고유목적사업에 사용되었음을 간접적으로 인정하고 있었음을 알 수 있고, 이에 따라 종중 소유 농지를 종중원이 직접 경작한 경우에 대하여 과세관청은 수십년간 계속하여 종중 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 보아 양도소득세 또는 법인세를 비과세하여 왔다는 것을 알 수 있다.

위와 같이 과세관청은 계속하여 종중 소유의 농지가 종중 목적사업을 수행하기 위한 재원마련을 위한 위토로 사용된 경우 종중 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 보아 법인세를 비과세하여 왔다. 이러한 비과세 관행을 근거로, 2018년 12월 청구종중에 대한 국세청 본청의 감사에서 감사관이 OOO세무서 법인팀을 통하여 청구종중에게 쟁점 토지가 종중 고유목적에 사용되었는지 여부에 대한 자료제출을 요구하였을 때 1936년부터 현재까지 관리하고 있는 시제(時祭)와 위토(位土)에 관한 기록 등을 중심으로 감사관에게 소명하였고, 그 결과 별다른 감사지적 없이 국세청 본청의 감사가 종료되었다.

따라서 처분청이 대법원 판례 변경(대법원 2018.12.13. 선고 2018두55494 판결)을 근거로 종중 농지를 종중원이 경작한 경우 농지의 임대에 해당하며, 임대한 농지는 종중 고유목적사업에 직접 사용되었다고 볼 수 없다는 새로운 해석에 의하여 법인세를 과세한다 하더라도, 그 동안 수십년간 비과세 관행이 성립되었기 때문에 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하여야 하고, 청구종중은 2017년 6월에 전체양도토지를 양도하였으므로 새로운 해석을 소급적용하여 과세하는 것은 부당하다.

(3) (쟁점③ 관련) 처분청이 비과세대상으로 인정한 OOO 산11-6 임야와 연접한 임야인 토지인 OOO 외 3필지 임야 8,620㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)는 일부 도로 및 타인 경작분 제외한 부분에 대하여는 고유목적사업에 사용하였으므로 비과세대상으로 보아야 한다.

(가) 처분청은 임야는 과세제외하고 전답만 과세한다고 하였으나, 임야 5필지 중 1필지(산 11-6)만 과세제외하고 나머지 4필지인 쟁점②토지에 대하여는 과세제외를 하지 아니하였다.

먼저 쟁점②토지 4필지 중 지번 산11-7, 산11-10, 산11-12의 3필지에 대하여 살펴보면, 청구종중의 파조(派祖)인 별좌공(別座公)의 묘소는 수백년 동안 산11-1번지에 있었는데, 1967.9.13. 산11-1번지로부터 산11-2번지가 분할되어 이기되었고, 1995년 12월경 산11-2번지 중간 산중턱 부분에 OOO 앞을 지나가는 도로가 신설되면서 1995.12.19. 산11-2번지로부터 산11-6, 산11-7, 산11-8, 산11-9, 산11-10번지가 분할되어 이기되었으며, 이 도로가 다시 설계변경 되면서 1996.8.27. 산11-2번지로부터 산11-11, 산11-12, 산11-13번지가 추가로 분할되어 이기되었다. 따라서 산11-6, 산11-7, 산11-10, 산11-12 모두는 현재 별좌공 묘소가 있는 산11-2번지와 함께 수백년 동안 종중의 고유목적에 사용되어 왔었다.

다음으로 쟁점②토지 중 지번 738-33번지에 대하여 살펴보면, 1967.9.13. 산11-1번지로부터 산11-4번지가 분할되어 이기되었고, 같은 날짜에 산11-4번지로부터 738-1번지가, 738-1번지로부터 738-33번지가 분할되어 이기되었다.

따라서 쟁점②토지가 모두 산11-1번지로부터 분할되어 나온 것임을 알 수 있다.

(나) 청구종중은 ‘OOO’를 이용하여 쟁점②토지 4필지 8,620㎡ 중에서 도로면적 및 타인 경작면적을 차감한바 순수 임야면적이 7,296.14㎡로 측정되었고, 동 면적은 비과세 대상이다.

OOO청장은 ‘과세전적부심사청구에 대한 의견서’에서 738-33번지 전체를 종중원 AAA에게 임차하였다고 표시하였으나, AAA에게 임차한 부분은 6,810㎡의 일부분인 3,300㎡이다. 그리고 738-33은 종중원이 경작하였고, 분묘가 존재하여 고유목적에 사용되었다.

(4) (쟁점④ 관련) 본 건 과소신고에 대하여 납세자가 그 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있으므로 가산세를 부과세할 수 없다.

(가) 심판결정례 조심 2019서2111(2020.3.3.)에서는 “이 건 심판청구는 당초 감액경정에 따라 환급되었던 법인세가 다시 과세되면서 청구법인이 결과적으로 과소납부 상태에 있게 된 경우에 쟁점납부불성실가산세를 부과한 것이 정당한지에 관한 것으로, 청구법인이 당초 정상적으로 산정하여 법인세를 납부한 것으로 볼 수 있고, 종국적으로 과소납부세액이 발생하였다고 하더라도 그것이 청구법인의 잘못으로 인한 것이라고도 할 수 없으므로 청구법인이 그 납부의무를 이행하지 못한 데는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다고 하겠으므로 쟁점납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다”고 결정한 바가 있다.

심판결정례 조심 2017서4699(2017.12.19.)에서는 “이 건 과소신고세액은 처분청의 조사결과 번복 및 그에 따른 수차례 경정결정으로 인하여 발생한 것으로서 청구법인에게 법인세 신고ㆍ납부 의무불이행에 대한 귀책사유가 있다고 보기 어려우므로 이 건 법인세에 포함된 과소신고 및 납부불성실 가산세는 부과하지 아니하는 것이 타당하다”고 결정한 바가 있다.

심판결정례 조심 2018부0302(2018.3.26.)에서는 “1차 경정시 감면대상에 해당하는 것으로 잘못 판단하여 청구인에게 종합소득세를 과소부과한 것에 대한 책임은 처분청에 있는 점 등에 비추어, 납부불성실가산세 중 1차경정 이후 추가로 증액된 쟁점가산세에 대해서는 청구인에게 의무해태를 탓할수 없는 정당한 사유가 있으므로 쟁점가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다” 라고 결정하였다.

심판결정례 조심 2010광3797(2010.12.29.) 및 조심 2010광3805(2010.12.29.)에서는 “처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급조사나 현지확인 등을 실시하면서 매입세액공제에 대한 유효적절한 행정지도 없이 30여년간 정상적으로 환급이 이루어진 것은 처분청의 공적견해로 볼 수 있어 청구법인에게 신고납부의무를 게을리한 귀책사유를 탓할 수 없다”라고 결정하였다.

(나) ‘국세기본법 집행기준’ 48-0-2(정당한 사유에 해당여부) 정당한 사유로 본 사례에서 “국세청 질의회신을 근거로 양도세 예정신고하였고 과세과청이 이를 받아들이는 결정을 하였으나 감사원 지적사항으로 감면세액을 추징하는 경우”와 “당초 관할세무서가 정당하게 경정.고지하여 납세자가 납부한 종합소득세액을 관할지방국세청이 고충민원처리로 시정.의결하여 납세자에게 환급하였다가 감사원의 시정요구에 의하여 다시 고지한 경우(조세정책과-945, 2009.9.22.)”를 가산세 감면의 정당한 사유로 보고 있다.

청구종중은 2017.6.5. 종중 토지를 양도한 후 2017.8.31. 처분청에 양도소득세를 자진신고 납부하였고, 2017.9.22. 경정청구를 한 후 처분청에서 사실관계를 조사 및 검토하였으며, 이 결과를 바탕으로 종중은 고유목적사업용 토지 양도차익에 대하여는 법인세 비과세를 인정받았고, 이를 제외한 나머지 부분에 대한 법인세 OOO원에 대하여는 처분청의 법인세신고 권유를 그대로 받아들여, 처분청으로부터 양도소득세를 환급받은 후 법인세 OOO원을 신고.납부 하였다. 드러나는 형태는 법인세신고였지만, ‘양도세 경정청구’가 처분청의 권유로 인하여 ‘법인세 신고’ 형태로 변경된 것일뿐 그 동일성은 유지가 되었다.

그리고 2018년 12월 국세청 본청의 감사에서도 검토 결과 청구종중의 고유목적사업용 토지 양도차익에 대한 법인세 신고가 적법한 신고임을 인정받았는데, 이후 대법원판례가 변경되면서 2019년 11월 중부지방국세청장의 감사지적사항으로 인하여 다시 청구종중에게 과세가 된 것이다.

따라서 청구종중의 경우에는 국세기본법 집행기준 48-0-2(정당한 사유에 해당여부)의 ‘정당한 사유로 본 사례’에 들어맞는 경우로서, 납세자가 의무를 이행하지 아니한 것에 대한 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다.

나. 처분청 의견

(1) (쟁점① 관련) 청구종중이 쟁점①토지에 대하여 종중원에게 임대를 주고 임대료를 받아왔으므로 이는 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수는 없다.

(가)「법인세법」제3조 제2항 제5호에 의하면 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여 원칙적인 과세대상으로 정하고 있으며, 예외적으로 같은 법 시행령 제2조 제2항에서 ‘고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산’일 경우 그 처분수입에 대하여 비과세대상으로 규정하고 있는바, 이는 고정자산의 처분일 기준으로 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하였다면 비영리법인의 고유목적으로 존중하여 예외적으로 비과세대상으로 삼겠다는 것이 관련 법령의 취지이다.

고유한 의미의 종중은 공동선조의 후손들에 의하여 선조의 분묘 수호와 봉제사 및 후손 상호간의 친목도모를 목적으로 자연발생한 친족단체로서 종중의 목적수행을 위하여 공동선조에 대한 시제를 지내는 것인바, 종중의 “고유목적사업에 직접 사용하는 토지”라 함은 제사 등의 시설 또는 부지로서 현실적으로 그 제사 등의 용도에 직접 사용되고 있는 토지를 말한다고 봄이 상당하다.

(나) 청구종중은 종중원이 종중농지를 경작한 후에 소득 일부를 종중 재원으로 납부하여 종중의 고유목적사업에 사용하였고 쟁점①토지를 임대료 형식으로 납부한다고 해서 이를 임대차 관계로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 종중이 위토를 종중원에 의하여 경작하도록 하고 그 소출을 판매하여 시제의 제물을 준비하는 등 종중의 고유목적사업을 집행하는데 필요한 비용을 충당하였다 하더라도, 종중은 공동선조의 후손들에 의하여 자연발생적으로 형성되어 선조의 분묘 등을 고유목적사업으로 하는 것이어서 농업이 그 고유목적사업에 포함되지 아니하므로 농지가 종중의 고유목적사업에 직접 사용되었다고 할 수 없다(대법원 2017.11.29. 선고 2017두57523 판결, 같은 뜻임).

(2) (쟁점② 관련) 청구종중은 농지가 종중 목적사업을 수행하기 위한 재원 마련을 위한 위토로 사용된 경우 종중 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 보아 법인세를 과세하지 아니하는 관행이 성립하였다고 주장하나, 청구종중이 제시한 국세청 해석사례(법규법인 2013-560, 2014.3.6. 등)에서도 위토가 고유목적사업에 직접 사용된 것인지 여부를 사실 판단하도록 하고 있고, 청구종중이 제시한 대법원 판례 이전에도 위에서 언급하였듯이 농지를 종중원에게 임대한 경우 고유목적 사업으로 볼 수 없다는 판례가 있으며, 같은 취지로 결정한 조세심판원(조심 2017중4704, 2017.12.28. 등)의 심판례 등을 볼 때 비과세가 관행이었다는 청구주장은 사실관계를 오인한 것이다.

(3) (쟁점③ 관련) 쟁점②토지에 분묘가 없으므로 비과세대상으로 볼 수 없다.

청구종중은 쟁점②토지가 순수한 임야로 분묘로 청구종중의 고유목적사업에 계속 사용되었기에 과세에서 제외되어야 한다고 주장하나,「법인세법 시행령」제2조 제2항에 규정하는 “고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산”이라 함은 처분일로부터 소급하여 3년이상 중단없이 청구종중의 고유목적사업에 직접 사용된 자산을 말하는 것으로, 청구종중이 토지를 양도할 당시 쟁점②토지에는 분묘가 존재하지 않았으므로 쟁점②토지가 임야라는 사실만으로 처분일로부터 소급하여 3년 이상 중단없이 고유목적사업에 직접 사용되었다고 보기 어렵다.

(4) (쟁점④ 관련) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세 채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없어(대법원 2002.4.12. 선고 2000두5944 판결 등 참조), 설사 청구종중이 처분청의 잘못된 처분을 믿고 그 납부의무를 이행하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 종중원이 경작한 쟁점①토지는 3년 이상 고유목적사업에 사용되었다는 청구주장의 당부

② 종중원이 경작한 농지를 고유목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보더라도 비과세 관행이 성립하였다는 청구주장의 당부

③ 쟁점②토지 중 임야에 해당하는 부분은 고유목적사업에 사용하였다는 청구주장의 당부

④ 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조 및 「조세특례제한법」 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

(3) 법인세법 시행령

제2조(수익사업의 범위) ② 법 제3조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 고정자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 고정자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구종중이 전체양도토지를 양도한 이후에 청구종중의 신고 및 처분청의 경정 등의 진행과정은 아래와 같다.

(나) 청구종중이 처분청에 법인으로 보는 단체 승인 신청시 제출한 종헌을 보면, 제3조 목적에 “숭조애종심의 앙양, 조상의 분묘 및 재산의 수호, 인재양성, 종족상호간의 친목과 유대를 강화하여 종종 발전을 도모함”으로 기재되어 있고 제5조 사업에는 “선영의 수호, 종중재산의 보존 및 관리, 유적보전과 족보편찬에 관한사업, 봉사(奉祀), 종중자손을 위한 장학 및 복지사업, 종중간의 상호부조에 관한 사업, 종중재산증식을 위한 특수사업”을 영위하는 것으로 기재되어 있다.

(다) 처분청은 청구종중이 종중원이 경작하였다고 하여 비과세대상으로 신고하였던 쟁점①토지를 과세대상으로 보면서도, 청중종중이 과세대상으로 신고하였던 OOO 산11-6 일부 면적에 대하여 비과세대상으로 보았다.

(2) 청구종중이 제시한 증거서류는 다음과 같다.

(가) 전체양도토지 분묘위치도를 제시하고 있는바, 쟁점②토지에 있는 분묘 2기(7, 8번)에 대하여 청구종중은 8번 분묘는 쟁점②토지 양도 이전에 이장되었고, 7번 분묘는 양도시까지 존재하였다고 주장하고 있다.

(나) 위 8번 분묘에 대하여 종중원 BBB의 사실확인서(2020년 8월, 신분증 사본 첨부)에는 “본인은 큰아버지 CCC(아들 DDD)의 묘를 OOO에 묻혀있던 무덤을 2017년 6월경에 OOO에 이장하였음을 확인한다”는 내용이 나타난다.

(다) 이외에도 쟁점②토지 중 지번 738-33 항공사진 등에 대한 항공사진을 제시하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

「법인세법 시행령」제2조 제2항에서는 과세대상 소득에서 제외되는 수익사업의 범위에 대해 “고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입”으로 규정하고 있는데, 법인세 과세대상 소득에서 제외되는 고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입은 법문상 양도일로부터 소급하여 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산과 관련한 것으로 해석하여야 할 것인바, 청구종중의 종중원이 농지를 경작하는 대신 그 대가를 청구종중이 받아 고유목적사업에 사용하였더라도 이는 고유목적사업에 간접적으로 사용한 것에 불과한 것으로 보이는 점, 달리 청구종중이 쟁점①토지를 직접 고유목적사업에 사용하였다고 볼 만한 사정이 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점①토지를 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 토지로 보아 과세한 이 건 법인세 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 특별한 사정이 있어야 하는 것인바(조심 2011중1443, 2011.6.27. 같은 뜻임), 이 건의 경우 달리 비과세관행이 성립되었다고 볼만한 사정이 존재한다고 인정하기 어려우므로 청구종중의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴본다.

제출된 심리자료만으로는 쟁점②토지 중 지번 산11-7, 산11-10 및 산11-12가 실제로 임야인지 여부 및 처분청이 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 인정한 지번 산11-6 소재 임야와 실제 사용용도가 유사한지 여부가 불분명한 점, 나머지 쟁점②토지인 지번 738-33 소재 토지의 항공사진 등으로 볼 때 분묘로 보이는 모습이 일부 보이기는 하나 청구종중이 과세전적부심사청구시까지 분묘가 있었다는 증거서류를 제출하지 아니하여 동 분묘가 실제 있었는지가 불분명한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점②토지중 지번 산11-7, 산11-12 및 산11-10 소재 임야에 대하여는 실제 임야인지 여부와 청구종중이 고유목적사업으로 사용한 같은 동 산11-6과 사용현황이 동일하였는지를 재조사하여 같은 동 산11-6과 사용현황이 유사한 임야의 경우에 한하여 그 면적을 고유목적사업에 사용한 것으로, 나머지 쟁점②토지의 지번 738-33 소재 임야는 청구종중의 분묘가 양도시까지 있었는지 여부와 분묘가 있었다면 실제 임야 면적이 얼마인지를 재조사하여 그 임야 면적을 고유목적사업에 사용한 것으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살펴본다.

청구종중은 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구종중원이 농지인 쟁점①토지 등을 경작하였다고 하더라도 이를 고유목적사업에 직접적으로 사용한 것으로 볼 수 없는 이상, 청구종중의 신고납부의무 불이행에 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점, 법령의 부지 또는 착오는 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 청구종중의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.