조심 2008지0626 (2010.03.08)

처분청이 2008.6.10. 청구법인에게 한 등록세 1,229,163,970원, 지방교육세 228,269,400원, 합계 1,457,433,370원(가산세 포함)의 부과처분은 OOO 소재 토지 및 주상복합건축물의 지분 중 지점 용도로 직접 사용하기 위하여 취득한 208호(토지 18.65㎡, 건축물 233.08㎡)의 부동산등기에 대하여만 등록세 등을 중과하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분 개요

가. 청구법인은 1996.3.7. 대도시내인 OOO 소재에서 설립된 법인으로 2003.12.1. OOO 토지(면적 : 1,644.4㎡, 이하 “이 건 제1토지”라 한다) 중 소유지분 68%(면적 : 1,118.192㎡, 청구법인 68%, OOO 32%)와 OOO 113-2 토지(면적 : 1,120.2㎡, 이하 “이 건 제2토지”라 한다. 이하 이 건 제1토지와 제2토지를 합하여 “이 건 토지”라 한다) 중 소유지분 32%(면적 : 358.464㎡, 청구법인 32%, OOO 32%, OOO 36%)를 5,169,000,000원에 취득하고, 2003.12.3. 취득세 103,380,000원, 농어촌특별세 10,338,000원, 등록세 120,540,000원, 지방교육세 24,108,000원, 합계 258,366,000원을 신고.납부하였고, 2005.12.8. 이 건 토지상에 청구법인 외 2명의 공동명의(청구법인 지분 53.4%, OOO 지분 32%, OOO 지분 14.6%)로 건축물(근린생활시설 22,573.19㎡, 공동주택 11,983.3㎡, 연면적 : 34,556.49㎡, 이하 “이 건 주상복합건축물”이라 한다)을 신축하고, 청구법인 투자비용 25,548,415,410원에 대한 등록세 191,171,680원, 지방교육세 38,234,340원, 합계 229,406,020원은 2005.12.22. 납부하고, 취득세 502,157,880원, 농어촌특별세 39,736,380원, 합계 541,894,260원은 2006.1.9. 납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2006.7.6. 이 건 주상복합건축물의 공유지분을 분할하여 단독소유로 하는 공유물분할계약을 체결한 후 OOO과 OOO로부터 이 건 토지 중 토지 473.1498㎡ 및 이 건 주상복합건축물 중 건축물 5,617.8286㎡를 8,721,709,341원에 승계취득하고 등록세 174,434,180원, 지방교육세 34,886,830원, 합계 209,321,010원은 2006.7.24. 납부하고, 취득세 174,434,180원, 농어촌특별세 17,443,410원, 합계 191,877,590원은 2006.8.3. 납부하였으나, 청구법인이 이 건 주상복합건축물에 2006.7.12. 지점을 설치한 것을 확인하고 청구법인이 취득.등기한 이 건 토지 및 주상복합건축물의 지분 중 공동주택을 제외한 근린생활시설 부분은 대도시내 지점 설치 전후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산에 해당한다고 보아 그 취득가액 27,569,978,279원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제138조 제1항의 중과세율을 곱하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 공제한 등록세 1,229,163,970원, 지방교육세 228,269,400원, 합계 1,457,433,370원(가산세 포함)을 2008.6.10. 부과고지 하였다.

다. 청구법인은 이 건 주상복합건축물에 인적.물적시설을 갖춘 지점을 설치한 바 없음에도 등록세 등을 중과세함은 부당하다고 주장하면서 2008.8.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 주택 및 상가 빌딩 건설사업과 부동산개발 및 임대업 등을 영위하는 법인으로서 이 건 주상복합건축물을 소재지로 하여 사업자등록을 하였으나, 이것은 주상복합건축물 자기지분의 미분양분에 대하여 부동산임대로 전환한 것이기 때문에 부가가치세법령 규정에 따라 사업자등록을 필연적으로 할 수 밖에 없었던 것이고, 처분청은 청구법인의 사업자등록 신청서에 사업장을 자가사업장 50㎡로 기재하였다고 지적하였으나, 이것은 그 당시 이 건 주상복합건축물의 공동지분 소유자인 청구법인 외 2인이 공동으로 사용하였던 분양사무실 책상을 임시로 사용하였던 관계로 임의로 그 면적에 해당하는 부분을 50㎡로 기재한 것이고, 처분청에 제출한 지방세서면조사서상 사업장 내역에 토지 18.65㎡, 건물 233㎡, 종업원 4명으로 기재한 것은 이 건 주상복합건축물의 공동지분 소유자인 청구법인 외 2인이 공동으로 사용하였던 분양사무실 면적이 233㎡인바 그것을 기재한 것이며, 2008.4.14. 처분청의 지방세 세무조사를 받을 당시에도 별도 사무실이 없어 이 건 주상복합건축물 612호에서 임시로 세무조사를 받았고, 종업원 4명은 청구법인 본점의 직원 중 이 건 주상복합건축물의 업무를 담당하는 인원을 기재한 것이다.

(2) 관리위수탁도급계약서에서 위탁자는 OOO 주상복합건축물의 구분소유자 전체의 별도 단체인 관리운영위원회이므로 청구법인의 지휘.감독하에 인원을 상주시켜 관련 업무를 수행하는 경우에 해당한다고 본 것은 잘못이며, 임대차계약은 청구법인 명의로 직접 본점에서 계약하고 있고 임대료에 대한 세금계산서도 본점에서 일괄하여 임차인들에게 발송되고 있으며, 임대료 징수도 본점소재지에 있는 OOO 은행계좌에 직접 송금되고 있고, 청구법인은 업무의 대부분인 부동산 임대에 따른 관리업무를 외주에 위탁하고, 기타 업무 또한 본점에서 직접 업무를 총괄하는 등 이 건 주상복합건축물에 인적.물적시설을 설치한 바 없음에도 처분청에서 이 건 주상복합건축물에 지점을 설치한 것으로 보아 등록세 등을 중과세함은 부당하고, 또한 지점설치 이전에 청구법인 명의로 소유권등기가 종료된 것에 대하여 공유물분할등기한 것은 지점설치와의 관련성이 없으므로 등록세 중과세에서 제외되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 분양을 목적으로 이 건 주상복합건축물을 신축하였으며, 이 건 주상복합건축물 중 일부 미분양 부분에 대하여는 임대를 하고자 2006.7.12. 지점설치 등기를 하고 OOO에 2006.7.7. 사업자등록(건물신축판매 및 임대)을 하였으며 사업자등록 신청서에 사업장을 자가사업장 50㎡로 기재한 점, 2007년 7월 처분청에 제출한 지방세서면조사서상 사업장 내역에 토지 18.65㎡, 건물 233㎡, 종업원 4명으로 기재한 점, 청구법인이 제출한 청구법인 소속 직원인 OOO의 급여 및 공과금 등을 지점 소재지인 OOO에서 일부 거래한 점, 위 사업장과 OOO 등 4인에 대한 근로소득세 및 법인균등할 주민세를 관할세무서 및 처분청에 신고.납부한 점, 처분청의 현지 세무조사시 청구법인의 이사 OOO, 부장 OOO가 건네 준 명함에 OOO으로 명기되어 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인은 이 건 주상복합건축물 내에 인적.물적 설비를 갖추고 계속하여 영업을 하는 등 지점을 설치하였다고 봄이 타당하다.

(2) 청구법인이 건축물 임대에 따른 관리업무를 외주 위탁하였다 하더라도 당해 법인이 청구법인의 지휘.감독하에 인원을 상주시켜 관련 업무를 수행하는 경우 그 고용형식에 불문하고 실질적으로 인적설비를 갖추고 있다고 보아야 할 것이므로 이 건 주상복합건축물을 지점으로 사용하지 아니하였다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이므로, 청구법인이 취득.등기한 이 건 토지 및 주상복합건축물의 지분은 대도시내 지점 설치 전후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산에 해당하므로 이에 대하여 등록세 등을 중과세한 처분은 적법하다.

다. OOO 의견

청구법인의 경우 건축물 신축판매 및 임대업을 영위하는 법인으로서 이 건 주상복합건축물을 분양목적으로 신축하였고, 이후 미분양분의 임대 및 관리를 위해 이 건 주상복합건축물 중 일부에 지점을 설치하여 당해 업무를 수행하고 있는 점을 볼 때, 이 건 주상복합건축물 중 청구법인이 사실상 지점으로 사용하는 부분을 제외한 나머지 부분은 청구법인의 지점 설치 사이에 관련성을 인정하기 어렵다 할 것임에도 처분청에서 청구법인이 지점 설치 이전에 취득한 이 건 토지 및 주상복합건축물의 지분 전체에 대하여 등록세 등을 중과세한 처분은 잘못된 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

분양용 주상복합건축물의 미분양분을 분양하기 위하여 지점등기 및 사업자등록을 한 경우 주상복합건축물 및 동부속토지의 취득.등기가 대도시내에서의 지점 설치에 따른 부동산 등기에 해당하여 등록세 중과세 대상에 해당되는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것)

제138조 (대도시지역 내 법인등기 등의 중과)

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

(2) 구 지방세법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것)

제101조 (대도시내 법인중과세의 예외)

① 법 제138조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종 ”이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

5.「해외건설촉진법」의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해년도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및「주택법」제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)

제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 지방세법 시행령(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정된 것)

제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 법인의 본점.주사무소.지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(4) 지방세법 시행규칙

제55조의2 (사무소 등)

영 제102조 제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은「법인세법」·「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」·「부가가치세법」 또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 이 건 부동산을 주상복합건물로 신축.취득하여 분양사업을 시행하다가 미분양된 잔여 부동산에 대하여 임대를 하고자 2006.7.7. OOO에 업태를 부동산업으로 하여 지점 사업자등록(개업일 : 2006.7.1.)을 하고 2006.7.12. 지점설치 등기를 하였으며, 2007년 7월에 청구법인이 작성하여 처분청에 제출한 지방세서면조사서에 지점소재지를 OOO 2층 8호로 하고 사업장면적을 토지 18.65㎡, 건물 233㎡, 종업원 4명이 근무한다고 작성하여 제출한 사실이 있으며, OOO 외 1필지 OOO 208호 집합건축물대장에는 소유자가 청구법인으로 되어 있고 건축물면적은 전유부분 115.36㎡, 공용부분 117.72㎡ 합계 233.08㎡로 기재되어 있으며, 등기부에 소유자는 청구법인으로 되어 있고 토지면적 2,764.6㎡에 대지권비율은 2764.6분의 18.65로 등재되어 있다.

청구법인이 이 건 심판청구서에 첨부하여 제출한 OOO 조직기구표를 보면 기획 OOO, 영업.회계 OOO, 경리 OOO로 되어 있고, OOO의 거래내역에서 위 4인에 대한 급여 지급과 공과금 및 주민세 등의 지출 거래내역에서 OOO에 소재한 OOO을 이용한 실적이 확인되고 있으며, 청구법인의 OOO 근무 종업원에 대하여 OOO에 제출한 2006년도 근로소득원천징수영수증 및 원천징수이행상황신고서가 본점과 별도로 OOO을 사업장으로 하고 있고 직원 4명에 대한 소득세 원천징수세액을 OOO에게 납부하였으며, 2006년도 및 2007년도 법인균등할주민세를 처분청에 납부한 사실이 있음이 제출된 증빙자료에서 알 수 있다.

(2) 청구법인은 분양을 목적으로 이 건 주상복합건축물을 청구법인 외 2명의 공동명의로 신축하였으며 이 건 주상복합건축물 중 일부 미분양분에 대하여는 임대를 하고자 2006.7.7. OOO에 업태를 부동산업으로 하여 지점 사업자등록(개업일 : 2006.7.1.)을 하고 2006.7.12. 지점설치 등기를 한 점, 2007년 7월 처분청에 제출한 지방세서면조사서상 사업장OOO 내역에 토지 18.65㎡, 건물 233㎡, 종업원 4명으로 기재한 점, OOO 외 1필지 OOO 208호 집합건축물대장에 전유부분 115.36㎡, 공용부분 117.72㎡ 합계 233.08㎡로 기재되어 있고, 등기부에는 토지면적 2,764.6㎡에 대지권비율 2764.6분의 18.65로 등재되어 있으며 소유자는 청구법인으로 되어 있는 점, 청구인이 제출한 청구법인 소속 직원인 OOO의 급여 및 공과금 등을 지점 소재지인 OOO에서 일부 거래한 점, 위 사업장과 OOO 등 4인에 대한 근로소득세 및 법인균등할주민세를 관할 세무서 및 처분청에 신고.납부한 점 등을 종합하여 볼 때,

청구법인이 이 건 주상복합건축물 내에 인적.물적 설비를 갖추고 계속하여 부동산 분양 및 임대를 위한 영업을 계속한 것으로 판단되므로, 청구법인은 이 건 주상복합건축물내에 「지방세법」 제138조 제1항과 같은 법 시행령 제102조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제55조의2에서 규정하고 있는 지점을 설치하였다고 봄이 타당하다 할 것이며, 설령 청구법인이 건축물 임대에 따른 관리업무를 외주 위탁하였다 하더라도 당해 법인이 청구법인의 지휘.감독하에 인원을 상주시켜 관련 업무를 수행하는 경우 그 고용형식에 불문하고 실질적으로 인적.물적 설비를 갖추고 있다고 보아야 할 것이기 때문에 이 건 건축물의 208호(토지 18.65㎡, 건축물 233.08㎡)를 지점으로 사용하지 아니하였다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다.

(3) 한편, 구「지방세법 시행령」제102조 제2항에서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 그 지점 등이 그 설립.설치.전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하는 것이므로 그 설립.설치.전입과 아무런 관련이 없이 취득한 부동산의 등기는 포함되지 않는다 할 것이다OOO.

또한,「지방세법 시행령」제102조 제2항을 개정(2009.5.21. 대통령령 제21498호) 하면서 그 개정이유를 “대도시내 법인의 사무소로 직접 사용되지 않는 부동산에 대해서까지 등록세가 중과되는 문제를 해소하기 위하여, 대도시내에 법인.지점 또는 분사무소가 설립 또는 설치되거나 대도시내로 법인의 본점.주사무소.지점 또는 분사무소가 전입될 때 하는 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 대상을 법인의 본점.주사무소.지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기 로 명확하게 정함 ”이라고 한 사실을 보아서도 이 건의 경우와 같이 법인의 지점 설치 이전에 지점설치와 관련성이 없이 지점용도가 아닌 분양을 하기 위하여 취득하는 부동산등기까지 등록세 중과세 대상으로 하는 것은 무리가 있는 것으로 보여진다.

따라서, 처분청에서 청구법인이 지점 설치 이전에 취득.등기한 이 건 토지 및 주상복합건축물의 지분 중 지점 용도로 직접 사용한 부분(208호, 토지 18.65㎡, 건축물 233.08㎡)이 아닌 부분에 대하여도 등록세 등을 중과세한 처분은 잘못이라 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「지방세법」제77조 제5항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.