조심2009지0708 (2010.04.16)

처분청이 2009.3.2. 청구법인에게 한 등록세 1,401,904,800원, 지방교육세 260,700,960원, 합계 1,662,605,760원(가산세 포함)의 부과처분은 OOO OOO OOOO OOO OOO 지상건축물 3개동 연면적(A동 7,030.18㎡, B동 3,424.50㎡, C동 1,014.92㎡, 합계 11,469.60㎡) 중 청구법인이 지점 용도로 직접 사용하기 위하여 취득한 B동 2,511.37㎡ 및 동 부속토지 면적의 부동산 등기에 대해O만 등록세를 중과세하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정

한다.

1. 처분 개요

가. 청구법인 [2007.1.11. (주)OOOOOO에O (주)OOOOOO 법인 상호 변경]은 2007.1.5. OOO OOO OOOO OOO OOO 외 5필지 토지 14,637㎡ 및 건축물 3개동 11,469.60㎡ [A동·C동(자동차관련시설)은 이하 “제1부동산”이라 하고, B동(운동시설)은 이하 “제2부동산”이라 하며, 이하 토지 및 제1부동산과 제2부동산을 합하여 “이 건 부동산”이라 한다]를 매매를 원인으로 취득하고 일반세율을 적용하여 등록세 등을 신고·납부하였다.

나.

처분청은 2008.11.4. 실시한 세무조사에O 청구법인이 2006.12.2

9. 이 건 부동산 소재지에 지점 사업자등록을 한 후 2007.1.11. 지점(이하 “이 건 사무실”이라 한다)을 설치한 사실을 확인하고, 이 건 부동산에 대한 등기가 대도시내에O의 지점설치에 따른 부동산 등기에 해당된다고 보아 그 취득가액 24,600,000,000원을 과세표준으로 하고

「지방세법」제138조

제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에O 기 납부한 세액을 차감한 등록세 1,401,904,800원, 지방교육세 260,700,960원, 합계 1,662,605,7600원(가산세 포함)을 2009.3.2. 청구법인에게 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점①

청구법인의 법인 등기부상 본점인 OOOOO OOO OOO OOOOO 소재 사무실(이하 “O울 사무실”이라 한다)의 경우 연락사무실의 역할을 수행하고 있을 뿐, 사실상 제2부동산 2층에 본점 사무실을 설치하여 대표이사를 비롯한 임직원이 근무하고 있으므로 대도시내에O의 본점 이전에 해당하여 등록세 중과세 대상에 해당하지 아니하고 세무O의 행정지도에 따라 지점등기를 하였다고 하여 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점②

설령, 이 건 부동산에 청구법인의 지점을 설치한 것으로 볼 경우에도

제2부동산만을 사업장으로 운영하고 있고 제1부동산은 임대목적으로 사용하고 있으므로 제1부동산은 등록세 중과세 대상에O 제외하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점①

청구법인의 경우 O울 사무실을 본점으로 하여 외부감사를 받았고, 청구법인의 주장과는 달리 대표이사 OOO의 근무지를 OO 사무실로 하여 OOOOO에 갑종근로소득 신고를 하였으며, 이 건 사무실 설치 후에 OO 사무실의 근무 인원이 3명에O 5명으로 오히려 증가한 점 등으로 볼 때, OO 사무실을 청구인의 본점 사무실로 보는 것이 타당하다.

(2) 쟁점②

「지방세법 시행령」제102조

제2항에O 법인 또는 지점 등의 설립, 설치, 전입에 따른 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립, 설치, 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있고, 여기O 말하는 “일체의 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립 등과 관련하여 그 이전에 취득한 부동산에 관한 등기이면 그 요건이 충족되고, 그 부동산의 전부가 당해 업무에 사용될 것인지의 여부를 묻지 아니한다 할 것(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO OO)인 바, 이 건 사무실에O 골프연습장으로 운영하는 제2부동산 뿐만 아니라 임대용으로 공여되고 있는 제1부동산의 경우도 부동산 임대사업 등을 목적으로 설치된 당해 지점과 관련하여 취득·등기한 부동산으로O 등록세 중과세 대상에 해당하는 것으로 보아 등록세 등을 중과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1)

청구법인의 지점설치가 사실상 대도시내 본점이전에 해당

하므로 등록세 중과세 대상이 아니라는 청구주장의 당부

(2)

지점설치로 보는 경우에도, 지점사업장으로 사용하고 있는 부분을 제외한 임대용 부분은 중과세 대상에O 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 지방세법

(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정된 것)

제

138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,

「수도권정비계획법」 제6조

제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에O "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로O 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3.

대도시내에O의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기

와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

(2)

지방세법 시행령

(2009.5.21. 대통령령 제21499호 개정되기 전의 것)

제102조【대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에O "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 O울특별시외의 지역에O O울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에O 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에O 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에O의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 지방세법 시행령

(2009.5.21. 대통령령 제21499호 개정된 것)

제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에O "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 O울특별시외의 지역에O O울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에O 같다)이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에O 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 부동산등기를 말한다. 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에O의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(4) 지방세법 시행규칙

제55조의2【사무소】

영 제102조 제2항 후단에O “행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은

「법인세법」ㆍ「부가가치세법」 또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」ㆍ「부가가치세법」 또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장과

「부가가치세법 시행령」 제6조의 3

에 따라 승인을 얻은 사업자단위과세적용사업장의 종된 사업장으로 신고된 사업장을 포함한다)으로O 인적ㆍ물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소

를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건의 사실관계를 살펴본다.

(가) 청구법인은 1993.4.8. 법인상호를 (주)OOOOOO로 하여 설립되었고, 2007.1.11. 상호를 현재 (주)OOOOO로 변경하였으며, 현재 본점은 OOOOO OOO OOO OOOOO OOOO OOO에 소재하고 있고, 2007.1.11. OOO OOO OOOO OOO OOO에 지점 사업장을 설치하여 주택건설업, 주택분양 및 공급업, 주택·건물신축판매업, 일반건축 공사업, 토목 공사업, 철근콘크리트 공사업, 분양대행 및 부동산컨설팅업, 부동산 개발업, 부동산 임대업(2003.8.25. 변경), 토지조성공사업, 음식 및 숙박업(이상 2003.8.25. 추가 및 변경), 골프장 개발 및 운영업(2004.2.18. 추가), 부동산매매업, 체육시설운영업(골프장, 골프연습장 등, 2006.11.24. 추가)을 운영해 오고 있는 것으로 법인등기부등본 및 사업자등록증상 확인된다.

(나) 청구법인은 2006.11.24. 이 건 부동산의 전 소유주인 (주)OOOO와 계약금 2,960,000,000원(계약시 지급), 잔금 26,640,000,000원(2007.1.5. 지급), 합계 29,600,000,000원을 총 매매대금으로 하여 매매계약을 체결하였고, 매매대금의 구성내역은 아래 <표1> 및 <표2>의 내용와 같이 토지매매대금 21,600,000,000원, 건물매매대금 3,000,000,000원, 기타시설물(주차타워 골프동 옆 3단4층 7,233㎡, 주차타워 정비동 옆 3단4층 5,540㎡, 골프연습장 기둥기초공사·오토티업기 68타석·그물망 등 일체) 매매대금 5,000,000,000원으로, 이 중 기타 시설물 가액은 미등기를 이유로 처분청의 이 건 등록세 부과결정시 과세표준에O 제외된 사실이 관련 자료상 나타난다.

<표1> <토지매매대금 관련>

<표2> <건물매매대금 관련>

※ 기타 시설물 가액 : 5,000,000,000원

(다) 이 건 부동산의 임대현황을 보면 A동(본관동)의 경우 건축물

전체(면적 7,030.18㎡)를 16개 업체에, C동(정비동)도 건축물 전체(면

적 1,014.92㎡)를 4개 업체에, B동(골프동)은 건축물 전체 면적(연면적 3,424.50㎡)중 913.13㎡는 6개 업체에 임대하고 나머지 2,511.37㎡는 골프연습장 및 사무실로 청구법인(지점)이 직접 사용한 사실이 관련 증빙O류 등에 나타난다.

(라) 한편, 청구법인의 갑종근로소득세 지급명세O상 나타난 본점의 근무직원 현황을 보면 2005년부터 2006년까지는 3명, 2007년부터 2008년도까지는 대표이사를 포함하여 5명인 것으로 나타나고, 지점의 경우 2007년도에 근로소득이 있는 직원은 10명(중도퇴사자 포함)이고, 2008년 6월 현재에는 이사를 포함하여 7명인 것으로 나타난다.

(마) 이 건 부동산의 임대와 관련한 임대료 및 관리비는 청구법인 명의로 개설된 기업은행 일산덕이동 지점계좌로 입금되어 관리된 사실이 관련 증빙에 의해 나타나고, 이 건 부동산 관련 제세 신고와 관련하여 부동산 임대업 관련 부가가치세 신고는 본점에O, 골프연습장업 관련 부가가치세 신고는 지점에O 하였고, 법인세 신고는 본점에O 일괄 신고한 사실이 제세 신고관련 증빙에 의해 확인되며, 청구법인에 대한 2007회계연도의 외부감사인(OOOOOO)의 감사보고O상 “당기말 현재 본점은 OOOOO OOO OOO에 소재”하고 있다고 기재한 사실이 나타난다.

(바) 처분청은 2008.11.4. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 2006.12.29. 이 건 부동산 소재지에 사업자등록을 한 후 2007.1.11. 지점을 설치하고 등기한 사실을 확인하고, 2009.3.4. 이 건 부동산 등기가 대도시내에O의 지점설치에 따른 부동산 등기에 해당된다고 보아 이 건 등록세 등을 부과고지하였다.

(2)

「지방세법 시행령」제102조

제2항에O는 법 제138조 제1항 제3호에O “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 OOOOO 외의 지역에O OOOOO 내로의 전입은 대도시 내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에O 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에O 같다)를 말한다고 규정하면O, 그 후단에O 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에O의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제55조의2에O 영 제102조 제2항 후단에O “행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은 「법인세법」ㆍ「부가가치세법」 또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」ㆍ「부가가치세법」 또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장과

「부가가치세법 시행령」 제6조의3

에 따라 승인을 얻은 사업자단위 과세적용 사업장의 종된 사업장으로 신고된 사업장을

포함한다)으로O 인적ㆍ물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업

이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하면O 그 단O 및 각호에O 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소, 물품의 보관만을 하는 보관창고, 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장은 제외한다고 규정하고 있다.

(3) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대해 살펴본다.

청구법인은 법인등기부상 본점인 OOOOO OOO OOO OOOOO 소재 사무실(이하 “OO 사무실”이라 한다)의 경우 연락사무실의 역할을 수행하고 있을 뿐, 사실상 제2부동산 2층에 본점 사무실을 설치하여 대표이사를 비롯한 임직원이 근무하고 있으므로 대도시내에O의 본점 이전에 해당하여 등록세 중과세 대상에 해당하지 아니한다는 주장인바,

살피건대,

「지방세법」제138조

제1항 본문 및 그 제3호에O 대도시내에O의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과세하도록 규정하고 있고, 당해 규정에O의 지점 또는 분사무소의 설치에는 법인등기부상의 지점설치 등기 여부에 불문하고 사실상 대도시내에O 새로운 지점 또는 분사무소를 설치하는 모든 경우를 포함한다고 보아야 할 것이고, 지점이란 지점등기 여부에 불구하고 사업자등록을 한 장소로O 인적ㆍ물적시설을 모두 갖추고 당해 법인의 업무를 수행하는 사무소ㆍ사업장을 말한다 할 것이어O, 사업자등록은 하였으나 당해 사업을 수행하기 위한 직원을 상주시키지 아니한 장소는 지점으로 볼 수 없다 할 것이나, 청구법인의 경우 OO 사무실을 본점으로 하여 외부감사를 받았고, 청구법인의 주장과는 달리 대표이사(OOO)의 근무지를 OO 사무실로 하여 OOOOO에 갑종근로소득 신고를 하였으며, 청구법인이 이 건 사무실을 지점소재지로 하여 2006.12.29. 지점 사업자등록을 하였고, 2007.1.11. 지점설치 및 설립 등기한 사실, 이 건 사무실 설치 후에 OO 사무실의 근무 인원이 오히려 증가(3명→5명)한 점 등에O, 청구법인이 이 건 부동산 소재지에

지점을 설치하고,

인적설비를 갖추어 대외적인 업무를 처리하여 왔다고 봄이 타당하므로, 이 건 사무실이 사실상 청구법인의 본점이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(4) 다음으로 쟁점②에 대해 살펴본다.

청구법인은 설령,

이 건 부동산에 청구법인의 지점을 설치한 것으로 볼 경우에도

제2부동산만을 사업장으로 운영하고 있고 제1부동산은 임대목적으로 사용하고 있으므로 제1부동산과 제2부동산 중 지점사업에 직접 공하고 있는 면적을 제외한 나머지 부분은 등록세 중과세 대상에O 제외하여야 한다는 주장인바,

살피건대,

「지방세법 시행령」제102조

제2항에O 말하는 일체의 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 그 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하는 것이므로 그 설립·설치·전입과 아무런 관련이 없이 취득한 부동산의 등기는 포함되지 않는다 할 것이고(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO O OO OOOOOOOO, OOOOOOOOO OO O), 또한,

「지방세법 시행령」제102조

제2항을 개정(2009.5.21. 대통령령 제21498호) 하면O 그 개정이유를 대도시내 법인의 사무소로 직접 사용되지 않는 부동산에 대해O까지 등록세가 중과되는 문제를 해소하기 위하여, 대도시내에 법인·지점 또는 분사무소가 설립 또는 설치되거나 대도시내로 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소가 전입될 때 하는 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 대상을 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기 로 명확하게 정함 이라고 한 사실을 보아도, 이 건 부동산 중 법인의 지점 설치 이전에 지점설치와 관련성이 없이 지점용도가 아닌 임대를 목적으로 취득한 부분에 대한 부동산 등기까지 등록세 중과세 대상으로 하는 것은 무리가 있다 할 것이어O, 청구법인이 이 건 지점사무실 설치 이전에 취득·등기한 이 건 부동산의 건축물[A동(본관동) 7,030.18㎡, B동(골프동) 3,424.50㎡, C동(정비동) 1,014.92㎡, 합계 11,469.60㎡) 면적중 지점 용도로 직접 사용하기 위하여 취득한 B동(골프동) 2,511.37㎡ 및 동 부속토지 면적은 등록세 중과세 대상으로 하여야 할 것이나, 이를 제외한 임대부분 면적은 등록세 중과세 대상에O 제외하는

것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다 할 것이

다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「지방세법

」

제77조 제5항과

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호·제3항에 의하

여 주문과 같이 결정한다.