조심2009지1068 (2010.10.12)

처분청이 2009.9.11. 청구법인에게 한 등록세 107,084,020원, 지방교육세 19,808,870원, 합계 126,892,890원(가산세 포함)의 부과처분은 본

점용 부동산을 제외한 면적을 등록세 중과세 대상에서 제외하는 것으로

하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분 개요

가. 2004.6.9. OOOOO OOO OOO OOO OOOO 58블럭 1롯트를 본점 소재지로 하고, 코팅·도장 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 청구법인은 2008.3.13. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 적용을 받는 공업지역 내에 있는 OOOOO OO OOO OOOOOO 공장용지 991.7㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득(등기일 2008.4.7.)하고 2008.4.7. 그 취득가액(1,560,000,000원)에 「지방세법」(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등 37,440,000원을 신고납부하였고,

그 후 2008.10.23. 이 건 토지상에 공장용(도시형업종) 건축물 1,381.4㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축 취득(등기일 2008.11.20.)한 다음 그 취득가액(1,124,747,618원)에

「지방세법」 제131조

제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등 10,797,570원을 신고납부하였다.

나. 이에 처분청은 2009년 4월 OOOOO 감사결과 이 건 부동산등기가 등록세 중과세 대상인 대도시 내 법인 설립 후 5년 이내의 부동산등기에 해당된다고 보아 그 취득가액(2,684,747,610원)을 과세표준으로 하고

「지방세법」 제138조

제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 107,084,020원, 지방교육세 19,808,870원, 합계 126,892,890원(가산세포함)을 2009.9.11. 청구법인에게 부과고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.10.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

2004.6.9. 산업단지인 OOOOO OOO OOO OOO OOOO 58블럭 1롯트에서 코팅·도장 제조 및 판매업, 전자부품 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 법인 설립 후 위 목적사업을 영위하다가 공장을 이전하기 위하여 이 건 토지를 취득하고 그 지상에 도시형업종(도장 및 피막처리업)의 공장용 건축물인 이 건 건축물을 신축 취득하였는바,

2008.7.10. OOO OO(OOOOOOOOO)에서 도시형업종 공장이라 하더라도 법인 설립 후 5년 이내의 부동산등기에 해당되는 경우에는 등록세 중과세 대상으로 보아야 한다고 판시하였지만, 종전에는 일반과세대상으로 해석 운영하고 있었으므로(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO, OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO O),

「지방세법」 제1조의2

제1항의 규정에 따라 위 판결 이후에 이루어진 도시형업종에 대한 등기에 한정하여 중과세 대상으로 보아야 할 것이어서 위 판결 이전에 이루어진 이 건 부동산등기는 등록세 중과세 대상에 해당되지 아니한다 하겠고,

또한,

「지방세법」 제138조

제1항 본문 및 제3호, 「지방세법 시행령」(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항에서 등록세 중과세 대상이 되는 일체의 부동산등기의 범위에 공장의 신·증설도 포함하고 있다고는 하지만,

이 건 부동산은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 공업지역에 위치하고 있고,

「지방세법」 제138조

제1항 4호에서 대도시 안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기는 등록세를 중과세한다고 하면서 위 대도시에서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 적용을 받는 공업지역은 제외한다고 규정하고 있으므로,

공업지역 내의 이 건 부동산등기가 위

「지방세법」 제138조

제1항 제3호에 의한 중과세 대상이라 하더라도 동조 동항 제4호에 의하면 중과세 대상에 해당되지 아니하므로, 이를 적용하여 이 건 등록세 부과처분을 취소함이 타당하다 할 것이며,

설사 이 건 부동산등기가 등록세 중과세 대상에 해당된다고 인정한다 하더라도 이 건 부동산 취득 이전에 처분청 담당공무원으로부터 이 건 부동산등기는 등록세 중과세 대상에 해당되지 아니한다는 안내와 도시형공장에 대한 위 판결 이전의 내용을 확인한 후 이 건 부동산을 취득등기하였으므로,

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납부 등 각종의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 없는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다는 OOO OO(OOOOOOOO OO, OOOOOOOOOOO)에 비추어 볼 때, 이 건 등록세 등에 포함된 가산세는 부당하므로 취소되어야 한다.

나. OOOOOO 및 처분청 의견

(1) OOOOOO 의견

첫째, 종전 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조에 의한 도시형공장은 등록세 중과세 대상이 아닌 일반세율 적용대상으로 하여 운영하였으나(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO, OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO, OOOOO OOOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO),

최근 OOO OO(OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO)에서 도시형업종 공장이라 하더라도 대도시 내에서의 법인 설립 후 5년 이내에 신설된 경우에는

「지방세법」 제138조

제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 정한 공장의 신설에 해당하여 그 신설된 공장이 같은 법 제138조 제1항 단서, 같은 법 시행령 제101조 제1항 각 호의 규정에 해당하지 아니하는 한 그 공장 신설에 따른 부동산등기에 대해서는 같은 법 제138조 제1항 제3호에 따라 중과세할 수 있다라고 판시하고 있는바,

이 건 토지의 경우 등기일은 2008.4.7.로 새로운 대법원 판례의 선고일 2008.7.10. 이전에 청구법인이 등록세를 일반과세로 신고 납부함으로써 이미 확정되었으므로,

「지방세법」 제1조의2

의 규정에 따라 위 새로운 해석에 의거 소급하여 등록세를 중과세하는 것은 잘못이 있다 할 것이나,

이 건 건축물의 등기일은 2008.11.14.로 새로운 대법원 판례의 선고일 이후에 이루어진 등기에 해당되어 등록세 중과세 대상으로 봄이 타당하다 하겠고,

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다고 할 것인바(OOO OOOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO),

이 건 부동산등기가 등록세 중과세 대상에 해당되는지 여부에 대한 청구법인의 문의에 대하여 처분청의 담당공무원의 잘못된 안내가 있었다 하더라도 신고납부제도의 취지에 비추어 과세대상 물건이 중과세 대상인지 여부는 납세의무자가 자기 책임아래 결정하여야 하는 것이어서 이를 알지 못한 것에 대한 책임도 근본적으로 납세의무자인 청구법인에게 있다 하겠으므로 등록세 등을 중과세율로 신고납부하지 않은 책임을 면할 수는 없다 할 것이어서(OOO OOOO OOOOO OO OOOOO, OOOOOOOOOO), 이 건 부동산 중 건축물 부분에 대하여 중과 증록세율을 적용하여 산출한 세액에 가산세를 포함하여 부과고지한 것은 적법하다.

(2) 처분청 의견

청구법인은 2008.7.10. 도시형업종 공장이라 하더라도 법인 설립 후 5년 이내의 등기에 대하여는 등록세를 중과세하여야 한다는 OOO OO(OOOOOOOOO)이 있었으므로 도시형업종 공장에 대한 등기는 새로운 판결 이후에 발생하는 부분에 대하여만 등록세 중과세 대상으로 보아야 한다고 주장하나,

새로운 대법원 판결은 법인설립 후 5년 이내에 자동차정비공장용 부동산을 취득 등기한 것에 대한 내용이지만, 도시형업종 등 공장 중과세 대상에서 제외된다고 하여도 법인 설립 후 5년 이내에 취득 등기한 것이면 중과세대상이 된다고 판시하고 있고, 이 건 부동산등기는 법인 설립 후 5년 이내의 부동산등기에 해당되므로 이는 등록세 중과세 대상으로 보아야 하겠고,

또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니되지 아니하는 것으로(OOO OO OOOOOOO, OOOOOOOOOO),

등록세 중과세 등에 대하여 처분청 담당공무원의 잘못이 있다 하더라도 신고납부제도의 취지에 비추어 과세대상 물건이 중과세 대상인지 여부는 납세의무자가 자기 책임아래 결정하는 것으로 이를 알지 못한 것에 대한 책임도 근본적으로 납세의무자에게 있다 하겠으므로 등록세 등을 중과세율로 신고납부하지 않은 책임을 면할 수는 없다 할 것이어서(OOO OOOO OOOOOOOOOO OO OOOOO), 이 건 부동산

등기에 대하여 등록세를 중과세하면서 가산세를 포함한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

산업단지(대도시 외의 지역)에서 설립된 법인이 그 설립 후 5년 이내에 공업지역 내 공장용(도시형업종) 부동산을 취득한 다음 그 공업지역에 본점을 이전한 경우 당해 공장용 부동산등기가 대도시 내 법인 설립 후 5년 이내의 부동산등기에 해당된다고 보아 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.1.1. 법률 9924호로 개정되기 전의 것)

제1조의2【해석의 기준 등】① 이 법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 지방세를 납부할 의무(이 법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 지방세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무를 말한다. 이하 같다)가 성립된 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 이 법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.

제138조【대도시 지역 내 법인등기 등의 중과】① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,

「수도권정비계획법」 제6조

제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

4. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 적용을 받는 공업지역을 제외한다) 안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

제150조의2【신고 및 납부】① 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다.

② 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

제151조【부족세액의 추징 및 가산세】등록세 납세의무자가 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

(2)

지방세법 시행령(2009.5.21. 대통령령제21498호로개정되기 전의 것)

제102조【대도시 내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시 내로의 전입은 대도시 내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점 등”이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

④ 법 제138조 제1항 제2호의 규정에 의한 대도시 외의 법인이 대도시 내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기 및 동항 제3호의 규정에 의한 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 전입 이후의 부동산등기는 당해 대도시 외의 법인이 당해 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기를 말한다.

제104조의2【신고 및 납부기한 등】① 법 제150조의2 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지”라 함은 등기 또는 등록의 신청서를 등기소 또는 등록관청에 접수하는 날까지를 말한다. 다만, 특허권·실용신안권·디자인권 및 상표권의 등록에 대한 등록세의 경우에는 「특허법」·「실용신안법」·「디자인보호법」 및 「상표법」에 따른 특허료·등록료 및 수수료의 납부기한까지를 말한다.

② 법 제150조의2 제2항에서 “대통령령이 정하는 날”이라 함은 다음 각 호의 날을 말한다.

1. 다음 각 목의 1에 해당하는 경우에는 당해 사무소 또는 사업장이 사실상 설치된 날

가. 대도시 안에서 법인을 신설하는 경우

나. 대도시 안에서 법인의 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우

다. 대도시 외에서 법인의 본점 또는 지점을 대도시 안으로 이전하는 경우

2. 대도시 안에서 공장을 신설하거나 기존공장을 증설하는 경우에는 그 생산설비를 설치한 날(그 이전에 영업허가·인가 등을 받은 경우에는 영업허가·인가 등을 받은 날)

(3) 지방세법 시행규칙(2008.12.31. 행정안전부령 제55호로 개정되기 전의 것)

제47조【공장의 범위와 적용기준】① 법 제112조 제4항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표 3에 규정된 업종에 해당하는 공장(「산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의 규정에 의한 도시형 공장을 제외한다)으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 500제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 당해 공장의 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역안에 설치되는 부대시설(식당·휴게실·목욕실·세탁장·의료실·옥외체육시설 및 기숙사 등 종업원의 후생복지증진에 공여되는 시설과 대피소·무기고·탄약고 및 교육시설을 제외한다)의 연면적을 포함한다.

제55조【공장의 범위와 적용기준】법 제138조 제3항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준에 대하여는 제47조의 규정을 준용한다. 이 경우 동조 제1항 전단 및 제2항 본문 중 “법 제112조 제4항의”는 각각 “법 제138조 제3항의”로 본다.

(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2009.2.6. 법률 제9426호로 개정되기 전의 것)

제28조【도시형공장】지식경제부장관은 첨단산업의 공장, 공해발생정도가 낮은 공장 및 도시민생활과 밀접한 관계가 있는 공장 등을 대통령령이 정하는 바에 따라 도시형공장으로 지정할 수 있다.

(5) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2008.12.24. 대통령령 제21185호로 개정되기 전의 것)

제34조【도시형공장의 구분 및 범위】법 제28조에 따른 도시형공장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공장(이하 “도시형공장”이라 한다)으로 한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공장외의 공장

가.

「대기환경보전법」 제2조

제9호에 따른 특정대기유해물질을 배출하는 대기오염물질배출시설을 설치하는 공장

나.

「대기환경보전법」 제2조

제11호에 따른 대기오염물질배출시설을 설치하는 공장으로서 같은 법 시행령 별표 10의 1종사업장 내지 3종사업장에 해당하는 공장. 다만, 연료를 직접 사용하지 아니하는 공장을 제외한다.

다. 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제2조 제8호에 따른 특정수질유해물질을 배출하는 폐수배출시설을 설치하는 공장. 다만, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 시행령」 제33조 제2호에 따라 폐수를 전량 위탁처리하는 공장을 제외한다.

라. 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제2조 제10호에 따른 폐수배출시설을 설치하는 공장으로서 같은 법 시행령 별표 13의 1종사업장 내지 4종사업장에 해당하는 공장

2. 별표 1의 부표에 해당하는 업종을 영위하는 공장으로서 제1호에 따른 공장에 해당하지 아니하는 공장(「환경·교통·재해

등에 관한 영향평가법」 제4조

에 따른 영향평가대상사업의 범위에 해당하는 공장에 한한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2004.6.9. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받은 국가산업단지인 OOOOO OOO OOO OOO OOOO 58블럭 1롯트를 본점 소재지로 하고, 코팅·도장 제조 및 판매업, 전자부품제조및 판매업, 세라믹 도료 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립등기를 하였다.

(2) 2008.4.7. 청구법인은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 적용을 받는 공업지역 내에 있는 이 건 토지(공장용지)를 취득하고 소유권이전등기를 한 후 2008.10.23. 그 지상에 이 건 공장용 건축물을 신축한 다음 2008.11.20. 이에 대한 소유권보존등기를 하였다.

(3) 2009.1.15. 청구법인은 이 건 부동산 소재지로 본점을 이전하였고, 2009.5.8. 공장등록을 하였는데, 공장등록증에 업종(분류번호)은 도장 및 기타 피막처리업(25923)으로, 제조시설과 부대시설 면적은 각각 1,153.09㎡과 228.90㎡로 기재되어 있다.

(4)

「지방세법」 제138조

제1항 본문 및 제3호에서 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기라고 규정함으로써 등록세 중과세 대상이 되는 부동산에 대하여 아무런 제한을 두고 있지 아니하고 있고,

청구법인은 법인 설립 후 5년 이내에 이 건 부동산을 취득 등기하였으며, 이에 처분청은 이 건 부동산등기가 법인 설립 후 5년 이내의 부동산등기로서 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아 이 건 등록세 등을 부과고지하였으나,

「지방세법」 제138조

제1항 본문에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을

받은 산업단지는 대도시에서 제외토록 규정하고 있고,

이 건 부동산등기 당시 청구법인은 국가산업단지인 OOOOO OOOO에 본점을 두고 있었으므로 대도시 외의 지역에 소재하고 있는 법인에 해당되어 위 부동산등기는

「지방세법」 제138조

제1항 제3호의 규정에 의한 등록세 중과세 대상이 아닌 상태에 있었다 할 것이어서 위 부동산등기가 등록세 중과세 대상인 대도시 내 법인 설립 후 5년 이내의 부동산등기에 해당된다는 처분청의 판단은 잘못이 있다 하겠고,

다만, 청구법인이 이 건 부동산등기 이후 5년 이내인 2009.1.15. 이 건 부동산 소재지로 본점을 이전하였으므로, 이때에 비로소 위 규정에 의한 대도시 외 법인의 대도시 내로의 본점 전입에 따른 부동산등기에 해당되어 등록세 중과세 대상으로 전환되었다고 보아야 하겠으므로,

청구법인은 이 건 부동산으로의 본점 이전일부터 30일 이내에 중과 등록세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세를 신고납부하였어야 함에도 이를 이행하지 아니한 이상 가산세 과세대상이라 할 것이며,

또한, 청구법인의 이 건 부동산으로의 본점 이전은 도시형업종 공장에 대한 등록세 중과세 처분이 적법하다는 대법원 판례 이후에 이루어진 것일 뿐더러 위 판례와는 다른 내용이라 하겠으므로 이 건 등록세 등의 부과처분이 신의성실의 원칙 내지는 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 보기는 어렵다 할 것이다.

다만, 등록세 중과세 대상을 판단함에 있어 대도시 내로의 법인의 본점 전입 이전에 본점 전입과 관련성이 없이 본점 용도가 아닌 목적으로 취득한 부분에 대한 부동산등기까지 등록세 중과세 대상으로 하는 것은 무리가 있다 할 것으로(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O),

이 건 부동산 중 본점 사무실로 사용하고 있는 부분을 제외한 공장용으로 사용하고 있는 부분은 본점 전입과 관련이 있다고 볼 수는 없다 할 것이다.

따라서 처분청이 이 건 등록세 등을 청구법인에게 부과고지하면서 가산세를 가산한 것은 잘못이 없지만 본점 전입과 관련없는 부분에 대한 부동산등기에 대하여도 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로

「지방세법」 제77조

제5항과

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.