국심2006서1250 (2007.08.31)

OOO세무서장이 2005.12.5. 청구법인에게 한 <표1>의 부가가치세 10건 6,334,271,220원 및 법인세 5건 9,855,758,830원의 부과처분은 공동도급공사와 관련하여 부과한 부분을 과세대상에서 제외하고, 유상증자대금 30억원 및 후순위사채 인수대금 30억원에 대한 인정이자 상당액을 익금산입 대상에서 제외하고 동 금액에 따른 지급이자 손금불산입 상당액을 손금불산입 대상에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

1. 처분개요

청구법인은 OOO번지에 본점을 두고 종합건설업을 영위하고 있는 법인으로, OOO국세청장은 청구법인에 대하여 다음과 같이 법인세조사를 조사를 실시하였다.

① 청구법인은 정부, 지방자치단체 등(이하 “발주처”라 한다)에서 발주한 공사(이하 “관급공사”라 한다)를 수주함에 있어 다른 건설회사들(이하 청구법인을 포함하여 이하 “공동수급체”라 한다)과 컨소시엄을 구성, 공동으로 공사를 수주하여 시공을 하였다. 공동수급체구성원은 각 참여지분에 상당하는 금액에 대하여 발주처에 각각 세금계산서를 교부하고, 공동수급체구성원간에 원가배분에 대한 세금계산서를 수수하여 당해 과세기간의 부가가치세 등을 신고·납부하였다. 이에 대하여 OOO국세청장은 청구법인을 포함한 공동수급체가 발주처에서 발주한 관급공사를 수주함에 있어 컨소시엄을 구성, 공동으로 공사를 수주한 후 공동도급계약을 체결하였음에도 별도의 약정을 하여 그 중 대표사(주간사)가 공동수급체구성원(비주간사)으로부터 참여지분에 대한 권한을 위임받아 실제로는 단독시공하였음을 확인하여, ㉠ 청구법인이 대표사인 경우 비주간사가 발주처에 매출한 것으로 하여 신고한 분에 대하여는 청구법인이 매출누락한 것으로, 비주

간사의 원가배분과 관련하여 청구법인이 비주간사에 매출한 것으로 하여 신고한 분에 대하여는 매출이 없는 것으로 하여 과세하고, ㉡ 청구법인이 비주간사인 경우 청구법인이 발주처에 매출한 것으로 하여 신고한 분에 대하여는 매출이 없는 것으로, 대표사로부터 원가배분과 관련하여 청구법인이 대표사로부터 매입한 것으로 하여 신고한 분에 대하여는 매입이 없는 것으로, 청구법인이 대표사에 공동도급공사 지분위임에 따른 대가에 대하여는 매출누락한 것으로 하여 과세하며, ㉢ 공동수급체 구성원간에 위임사의 지분을 위·수임한 공사의 경우로서 청구법인이 대표사인 경우 위임사에 배부한 공사원가를 환원하여 손금에 산입하여야 하며 이에 따라 전체 공사계약금액에 대한 작업진행율을 재계산하여 공사수입금액을 익금산입하는 등 조정을 하여 과세하여야 하고,

② 청구법인이 2002.12.27. 특수관계회사인 주식회사 OOO건설(이하 OOO이라 한다)의 유상증자시 30억원의 증자참여에 대하여, 결손법인이 감자 후 증자하여 그 증자대금으로 주주인 특수관계회사의 차입금을 상환한 경우 이는 증자를 가장한 특수관계회사에 대한 자금지원이므로 이를 가지급금으로 보아 인정이자를 계산하여 익금산입하고 관련 지급이자를 손금부인하여 법인세를 과세하여야 하며,

③ 청구법인이 OOO 주식회사(이하 OOO”이라 한다)가 발행한 30억원 상당의 후순위사채(이하 “쟁점후순위사채”라 한다) 매입에 대하여, 동 후순위사채 매입은 OOO을 통한 특수관계회사에 대한 자금의 우회지원이므로 가지급금으로 보아 인정이자를 계산하여 익금산입하고 관련 지급이자를 손금부인하는 등 하여 법인세를 과세하도록 처분청에 과세자료를 통보하였다.

처분청은 위 과세자료에 근거하여 2005.12.5. 청구법인에게 아래 <표1>의 부가가치세 10건 6,334,271,220원과 법인세 5건 9,855,758,830원을 경정고지하였다.

<표1> 고지세액 내역

(단위 : 원)

청구법인은 이에 불복하여 2006.3.3. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 공동수급체는 민법상 조합에 해당되어 대외적으로 연대하여 책임을 지는 의무를 가지며, 공동수급체가 실행예산율을 정하고 그 범위 내에서 대표사가 주도적으로 공사를 시행하고 있으나 이는 공사수행의 효율성을 위한 것일 뿐이다. 공동수급체가 공동도급공사를 이행함에 있어 원가율약정(확정된 원가율)은 실행율약정(변동가능한 원가율)과 마찬가지로 조합내부의 손익분배에 관한 약정에 불과한 것이지 명의를 대여한 것이 아니며, 원가율약정은 조합내부의 손익분배에 관한 약정에 불과하므로 공동수급체는 참여지분비율대로 공사를 시행한 것인 바, 이는 운영위원회에서 협의한 실행율 범위내에서 하도급의 방식으로 대표사가 집행하는 것을 의미한다. 국가를당사자로하는계약에관한법률 등에 근거하여 적법하게 공동수급체가 발주처에 세금계산서를 교부하고 공동수급체간에 세금계산서를 수수하였으며, 또한 공동수급체 구성원이 모두 참여하여 공동도급공사를 수행한 사실이 관련자료(공사진행 관련문서, 회의록, 급여자료, 보험료지급자료 등)에 의하여 확인됨에도 공동도급공사를 대표사가 단독으로 수행한 것으로 보아 이 건 과세한 처분은 부당하므로 취소하여야 한다.

예비적 청구로, 국가를당사자로하는계약에관한법률시행령 제58조, 공동도급계약운용요령 제11조의 규정에 의하면 담당공무원은 공동수급체에 대한 공사대가의 지급을 구성원 각자에게 하여야 하므로 구성원 각자로부터 세금계산서를 징구하고, 공동수급체 구성원은 자기지분에 대하여 세금계산서를 발행한 것임에도 공동도급과 관련하여 수수한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 세금계산서 관련 가산세를 부과하는 것은 부당하다. 또한, 청구법인이 실질적으로 공사용역을 전부 발주처에 공급하였다고 하더라도 공동도급계약에 근거하여 수수된 당해 세금계산서의 기재내용과 거래당사자 사이의 부가가치세 신고내용 등에 의하여 그 거래과정이 누락되거나 생략되지 아니하여 과세관청이 거래단계별로 부가가치세 등을 부과하는데 아무런 문제가 없으며 공동수급체는 조세를 회피한 사실도 없으므로 공동도급 관련 세금계산서에 대해 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

(2) 법인의 자금충원의 방법은 자본금을 늘리는 것과 자금을 차입하는 방법이 있는 바, 이중 어떠한 방법으로 자금을 조달할 것인지는 조달하는 자금의 규모, 사용용도, 조달가능성, 기타 경제적 여건을 고려하게 결정하게 된다. 차입을 하는 경우 이자비용부담, 기한내 변제의무 등으로 안정적으로 자금을 운용할 수 없는 반면, 증자를 하는 경우 이러한 제약이 없으므로 경제인의 입장에서는 증자의 방법을 택한 것은 극히 정상적이고 자연스러운 행위이며, 청구법인 그룹은 재무구조개선약정에 따라 2002년중 100억원의 증자를 하여 부채를 상환하고, 부채비율을 227%까지 감축하도록 되어 있었다. 청구법인은 이러한 약정에 따라 주주로서 증자에 참여하면 되는 것을 구조조정에 아무런 도움이 되지않게 자금을 무상대여할 이유가 없으므로 이 건 증자행위는 경영판단 및 재무구조개선약정에 따른 경제적 합리성이 있는 행위이고, 이 건과 유사한 사건의 과세전적부심사건(OOO, 2006.12.20.)에서도 ‘상법의 규정에 의하여 정당하게 설립된 회사의 자본금은 동법의 규정에 의한 자본금이 감소될 때까지 당초의 자본금은 유효하므로 (중략) 청구법인의 증자참여행위를 부인하여 특수관계자에 대한 자금의 대여나 자금의 무상증여로 보기 어렵다’는 결정을 한 바도 있는 바, 증자행위와 가지급금은 그 법적 형식이 전혀 다른데도 증자를 가지급금으로 보아 인정이자를 계산하고 지급이자를 부인하겠다는 것은 증자라는 법적 효과를 도외시한 자의적인 법 적용으로 부당하므로 취소하여야 한다.

(3) 청구법인 계열은 외환위기 때인 1998년 3월 채권금융기관과 재무구조개선을 위한 약정을 체결할 만큼 자금사정이 어려웠으며, 당시 청구법인은 대한종금으로부터 130억원의 차입금과 30억원의 지급보증 합계 160억원의 차입금이 있었다. 청구법인이 대한종금의 요청을 거부할 경우에는 대한종금이 BIS비율을 맞추기 위하여 청구법인의 대출금을 회수할 수 밖에 없다고 하여 할 수 없이 청구법인은 대한종금의 요청을 수용해야만 했고(OOO, 2003.7.8. 참조), 결과적으로도 청구법인은 쟁점후순위사채 인수와 관련하여 손실을 입은 바도 없었는 바, 쟁점후순위사채 거래는 처음부터 자금을 지원할 목적으로 종금사 등 금융기관을 이용한 경우와는 거래의 동기 및 목적이 다른 것이므로 동 후순위사채 인수를 OOO에 대한 자금지원으로 볼 수 없다. 부당행위계산 부인 여부는 건전한 사회통념 내지 상관행을 기준으로 판단하는 것인 바(OOO), 이 건과 같이 청구법인이 대한종금의 쟁점후순위사채를 인수한 것은 채권자로서 금융기관의 강요에 따라 채무자로서 어쩔수 없이 수용한 것으로 사회통념에 비추어 보더라도 부당행위라 볼 수 없으며, 대법원도 원고가 법인세법상 특수관계에 있는 내국법인이 은행으로부터 대출은 받는데 있어 원고가 은행에 대한 자신의 정기예금채권을 담보로 제공한 사안에서 ‘원고의 이 사건 정기예금 및 담보제공행위는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위로서 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다고 보기 어렵다’고 하면서 은행에 자신의 정기예금을 담보로 제공한 것을 특수관계자에 대한 대여행위로 볼 수 없다고 판시하였다(OOO, 2006.5.25.). 따라서, 쟁점후순위사채 인수는 OOO이 BIS비율을 맞추기 위하여 청구법인에 강요하여 이루어진 것으로서 화인종건에게 자금을 대여하기 위하여 대한종금의 명의만을 빌린 거래와는 다른 거래이므로 이를 특수관계자에 대한 가지급금으로 본 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 관급공사중 일정규모 이상의 건설공사에 대하여는 지방의 중소건설업체를 보호하기 위하여 공사현장 소재 지역업체를 공동수급사로 구성하여야 하고, 국가를당사자로하는계약에관한법률, 공동도급계약운용요령 등은 공동수급체가 구성원의 출자비율 또는 분담내용을 변경할 수 없게 하여 공동수급체구성원이 출자비율 또는 분담내용에 따라 실제 계약이행에 참여하도록 하여 공동이행방식(또는 공동분담방식)으로 공사를 수행하도록 하고 있다. 공동도급공사는 도로와 같이 구간을 나누어 시행할 수 있는 예외적인 경우를 제외하고는 공동수급체가 각각의 지분율에 의해 공동으로 공사를 시행하는 것이 현실적으로는 거의 불가능하다. 또는 그것이 가능하다 하더라도 비효율적이어서 대부분의 공동도급공사는 공동수급체의 대표사와 비주간사간에 참여지분을 위·수임하고 그 대가를 주고받는 방식으로 편의상 관례적으로 대표사가 단독으로 실질적인 시공을 한 사실이 공동도급운영협정서는 물론 청구법인이 비주간사의 지분에 대한 모든 권한을 인수하여 행사하고 동 행사로 인하여 발생되는 제반 문제에 대하여 책임을 지며, 특히 준공후 하자보수에 대한 책임을 청구법인이 지도록 하는 약정에 의하여도 확인된다. 이러한 경우 대표사가 발주처에 전액 세금계산서를 교부하고 비주간사는 대표사로부터 받은 지분위임대가에 대한 세금계산서를 대표사에게 교부하여야 하므로 공동도급공사와 관련하여 청구법인이 신고한 내역을 부인하고 이를 바로잡아 이 건 과세한 처분은 정당하다.

(2) OOO의 자본금 증자시 품의서를 보면, 사업확장 및 신규사업 개시로 인한 자금의 필요에 의하여 증자한 것이 아니라, 단순히 특수관계회사 차입금을 상환하기 위하여 증자를 실시하였고, 기업의 미래가치를 상승시킬만한 어떠한 계획도 없이 특수관계회사의 증자에 참여한 것은 경제적 합리성이 결여된 투자행위로서, 이는 증자를 빙자한 특수관계회사 자금지원으로 그 지원금에 대해 인정이자를 계산하여 익금산입하고 관련 지급이자를 손금부인한 처분은 정당하다.

(3) 청구법인의 쟁점후순위사채 매입시 이면합의서를 보면, OOO과 OOO은 OOO이 어음할인의 방법으로 OOO으로부터 30억원을 차입하고, 청구법인은 OOO이 발행한 쟁점후순위사채 30억원을 매입하여 OOO의 상기 채무의 담보로 제공하기로 되어 있으며, 할인율은 청구법인이 담보로 제공할 쟁점후순위사채 세금공제전 이자율로 하기로 되어 있고, OOO이 OOO으로부터 어음할인기간은 후순위사채 발행일로부터 2년으로 되어 있으며, OOO이 OOO에 대한 채무상환기간은 OOO의 후순위사채 재매입일까지로 되어있다. 이는 금융사를 통하여 특수관계회사에 자금을 우회 지원한 것이라 할 것이다. 또한, 청구법인이 작성한 쟁점후순위사채 매입경위서를 보면, OOO에 어음할인 형식으로 사채인수자금을 우회적으로 지원한다고 되어 있고, 쟁점후순위사채 발행 당시는 IMF경제위기 상황에서 대부분의 기업이 자금조달에 어려움을 겪고 있던 상황이며, 후순위사채를 매입한 것은 그 인수자금의 조달경위를 불문하고 경제적인 합리성을 결여한 특수관계자에 대한 실질적인 자금대여 행위인 동시에 청구법인의 고유목적사업 내지 업무와 무관한 가지급금에 해당하므로 인정이자를 계산하여 익금산입하고 관련 지급이자 손금부인한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 공동수급체가 수행한 공동도급공사를 그 공동도급공사계약대로 이행하지 아니하고 별도의 약정에 의하여 비주간사가 대표사에게 위임한 것(반대의 경우 포함)으로 보아 이 건 부가가치세 등을 과세한 처분의 당부

(2) 주주인 청구법인과 OOO 주식회사(이하 OOO”이라 한다)는 자본잠식된 특수관계회사 OOO의 증자에 참여하여 그 증자로 조성된 자금으로 OOO은 특수관계회사 OOO 등의 차입금상환에 사용한 경우 그 증자대금을 특수관계회사에 대한 자금지원(가지급금)으로 보아인정이자를 익금산입하고 관련 지급이자를 손금부인한 처분의 당부

(3) OOO이 OOO으로부터 30억원을 차입하고 청구법인은 OOO의 쟁점후순위사채(액면가액 30억원)를 매입하여 OOO의 위 채무담보로 제공한 경우를 특수관계회사에 대한 자금지원(가지급금)으로 보아인정이자를 익금산입하고 관련 지급이자를 손금부인한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 쟁점(1) 관련

(가) 부가가치세법 제16조【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만,대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에대통령령이 정하는 사항

부가가치세법시행규칙 제18조 【공동매입등에 대한 세금계산서 교부】① 전기사업법에 의한 전기사업자가 전력을 공급함에 있어서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 당해 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부하고 당해 명의자는 그 교부받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위안에서 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한 때(제17조 제2호의 규정에 의하여 세금계산서의 교부가 면제된 경우에 이를 교부한 때를 포함한다)에는 당해 전기사업자가 전력을 실지로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부한 것으로 본다.

② 제1항의 규정은 동업자가 조직한 조합 또는 이에 유사한 단체가 그 조합원 기타 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률에 의한 그 공동도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 도시가스사업법에 의한 도시가스사업자가 도시가스를 공급함에 있어서 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실지로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 이를 준용한다.

(나) 부가가치세법 제22조【가산세】 ② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1.제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1.제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때

2.제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

⑦ 제1항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 또는 제3항의 규정을 적용하지 아니하고, 제3항의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.

(다) 국가를당사자로하는계약에관한법률 제25조 【공동계약】 ① 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원은 공사·제조 기타의 계약에 있어 필요하다고 인정할 때에는 계약상대자를 2인 이상으로 하는 공동계약을 체결할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의하여 계약서를 작성하는 경우에는 그 담당공무원과 계약상대자 모두가 계약서에 기명·날인 또는 서명함으로써 계약이 확정된다.

국가를당사자로하는계약에관한법률시행령 제72조【공동계약】 ① 법 제25조의 규정에 의한 공동계약의 체결방법 기타 필요한 사항은 재정경제부장관이 정한다.

② 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원이 경쟁에 의하여 계약을 체결하고자 할 경우에는 계약의 목적 및 성질상 공동계약에 의하는 것이 부적절하다고 인정되는 경우를 제외하고는 가능한 한 공동계약에 의하여야 한다.

③ 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원은 제2항의 규정에 의한 공동계약의 경우 추정가격이 50억원 미만(2003년 12월 31일까지는 78억원 미만)이고 건설업등의 균형발전을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 공사현장을 관할하는 특별시·광역시 및 도에 주된 영업소가 있는 자중 1인이상을 공동수급체의 구성원으로 하여야 한다. 다만, 당해 지역안에 공사의 이행에 필요한 자격을 갖춘 자가 10인 미만인 경우에는 그러하지 아니하다.

국가를당사자로하는계약에관한법률 제27조【부정당업자의 입찰참가자격 제한】 ① 각 중앙관서의 장은 경쟁의 공정한 집행 또는 계약의 적정한 이행을 해칠 염려가 있거나 기타 입찰에 참가시키는 것이 부적합하다고 인정되는 자에 대하여서는 2년 이내의 범위에서 대통령령이 정하는 바에 따라 입찰참가자격을 제한하여야 하며, 이를 즉시 다른 중앙관서의 장에게 통보하여야 한다. 이 경우 통보를 받은 다른 중앙관서의 장은 대통령령이 정하는 바에 의하여 해당자의 입찰참가자격을 제한하여야 한다.

국가를당사자로하는계약에관한법률시행령 제76조【부정당업자의 입찰참가자격 제한】 ① 각 중앙관서의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약상대자 또는 입찰자(계약상대자 또는 입찰자의 대리인·지배인 기타 사용인을 포함한다)에 대하여는 법 제27조의 규정에 의하여 당해 사실이 있은 후 지체없이 1월 이상 2년 이하의 범위내에서 입찰참가자격을 제한하여야 한다.

6. 정당한 이유없이 계약을 체결 또는 이행(제19조의 규정에 의한 부대입찰에 관한 사항과 제72조 및 제72조의2의 규정에 의한 공동계약에 관한 사항의 이행을 포함한다)하지 아니한 자

(라) 민법 제703조【조합의 의의】 ① 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

민법 제711조【손익분배의 비율】 ① 당사자가 손익분배의 비율을 정하지 아니한 때에는 각 조합원의 출자가액에 비례하여 이를 정한다.

② 이익 또는 손실에 대하여 분배의 비율을 정한 때에는 그 비율은 이익과 손실에 공통된 것으로 추정한다.

(2) 쟁점(2), 쟁점(3) 관련

(가) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】 ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

법인세법시행령 제89조 【시가의 범위 등】 ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 금전의 대여 또는 차용에 있어서는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 당좌대월이자율(이하 “당좌대월이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 당해 법인에게 당좌대월이자율보다 높은 이자율의 차입금이 있는 경우 그 차입금에 상당하는 금액의 대여금(법인 또는 사업을 영위하는 개인에게 대여한 경우로서 상환기간을 정하여 당좌대월이자율로 이자를 수수하기로 약정한 경우의 그 대여금을 제외한다)에 대하여는 당해 이자율을 시가로 본다.

(나) 법인세법 제28조 【지급이자의 손금불산입】 ① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. ～ 3. (생략)

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산

나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것

법인세법시행령 제53조 【업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입】 ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.

② 법 제28조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

제1항 및 제49조 제1항의 규정에 의한 자산가액의 합계액

(총차입금을 한도로 한다)

지급이자 × ──────────────────────────

총차입금

③ 제2항의 규정에 의한 총차입금 및 자산가액의 합계액은 적수로 계산한다. 이 경우 제1항의 자산은 동일인에 대한 가지급금 등과 가수금이 함께 있는 경우에는 이를 상계한 금액으로 하며, 제49조 제1항의 자산은 취득가액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 공동수급체의 구성원으로 컨소시엄을 구성하여 발주처로부터 관급공사를 수주하여 공동수급체구성원이 공동도급계약을 체결하여 공동으로 시공을 하고 공동수급체구성원은 각 참여지분에 상당하는 금액에 대하여 발주처에 각각 매출세금계산서를 교부하고, 공동수급체 구성원간에 원가배분에 대한 세금계산서를 수수하여 부가가치세를 신고·납부한 데 대하여, 처분청은 공동수급체구성원이 컨소시엄을 구성하여 공동으로 공사를 수주한 후 공동도급계약을 체결하였음에도 별도의 약정을 하여 그 중 대표사(주간사)가 공동수급체구성원(비주간사)으로부터 참여지분에 대한 권한을 위임(반대의 경우도 있음)받아 실제로는 단독으로 시공하였다 하여, 청구법인이 대표사인 경우 비주간사가 발주처에 매출한 것으로 하여 신고한 분에 대하여는 청구법인이 매출누락한 것으로, 비주간사의 원가배분과 관련하여 청구법인이 비주간사에 매출한 것으로 하여 신고한 분에 대하여는 매출이 없는 것으로 하여 과세하고, 청구법인이 비주간사인 경우 청구법인이 발주처에 매출한 것으로 하여 신고한 분에 대하여는 매출이 없는 것으로, 대표사로부터 원가배분과 관련하여 청구법인이 대표사로부터 매입한 것으로 하여 신고한 분에 대하여는 매입이 없는 것으로, 청구법인이 대표사에 공동도급공사 지분위임에 따른 대가에 대하여는 매출누락한 것으로 하여 이 건 부가가치세(대부분이 세금계산서 관련 가산세임) 등을 과세하였다. 그 내역을 보면, 청구법인이 대표사인 경우, 2000년 제2기부터 2005년 제1기까지 자신의 지분에 해당하는 세금계산서만을 발주처에 교부함으로 인하여 비주간사의 지분에 해당하는 179,663,316천원 상당의 세금계산서를 발주처에 교부하지 아니하였고, 동 기간동안 비주간사에게 공사원가를 배부하는 형식으로 교부한 143,544,207천원 상당의 세금계산서는 재화나 용역의 공급없이 교부한 것이며, 또한 청구법인이 비주간사인 경우 발주처에 교부한 자신의 지분에 해당하는 53,509,444천원 상당의 세금계산서와 대표사로부터 공사원가를 배부받는 형식으로 교부받은 42,095,236천원 상당의 세금계산서는 재화나 용역의 공급없이 주고받은 것이고, 대표사로부터 받은 지분위임 대가 3,501,724천원에 대하여는 대표사에게 세금계산서를 교부하지 아니한 것으로 조사되었으며, 또한 공동도급공사는 대부분 착공시부터 준공시까지 수년에 걸쳐 공사가 진행됨에 따라 공동수급체 구성원은 법인세법상 공사수입금액 및 공사원가를 작업진행율에 의하여 계상하고 있으므로 공동수급체구성원간에 위임사의 지분을 위·수임한 공사의 경우로서 청구법인이 대표사인 경우, 위임사에 배부한 공사원가를 환원하여 손금에 산입하여야 하며 이에 따라 전체 공사계약금액에 대한 작업진행율을 재계산하여 공사수입금액을 익금산입하는 등 조정하여야 하는 것으로 조사된 사실이 조사복명서, 결정결의서 등 심리자료에 의하여 인정된다.

(나) 국가를당사자로하는계약에관한법률 등의 관련규정에 의하면, 공동수급체는 발주처로부터 관급공사를 공동으로 수주하고 발주처와 공동수급체구성원 모두를 계약상대자로 하여 공동도급계약을 체결하고, 공동수급체구성원은 공동수급표준협정서를 약정하여 발주처에 제출하며, 공동도급운영협정(약)서를 약정하여 공동도급계약이행에 필요한 사항을 정하고 있고, 공동수급체간 운영위원회를 구성하여 공사에 필요한 사항을 협의·결정하며, 발주처는 공동수급체간에 대표사를 선정하여 공사진행에 대한 업무를 대표사와 협의하고, 대표사는 공동수급체의 재산관리, 대금청구권한을 가지며, 10명 내외(작은 공사는 2～3명)의 직원을 공동수급체에서 투입하고 대부분의 공사는 하도급을 주어 공사를 수행하고 있는 것으로 나타난다.

처분청 및 청구법인이 예시로 제시한 시설공사도급계약서, 공동수급표준협정서 및 공동도급운영협약서의 주요 내용을 보면 아래와 같다.

시설공사도급계약서에는 관리번호, 공사명(OOO 도로확장 및 포장공사), 현장, 계약금액, 계약보증금, 착공년월일, 준공년월일, 계약자 등 일반적인 사항이 규정되어 있고,

공동수급표준협정서에는 제1조(목적) 이 협정서는 사업(성전-강진간 도로확장 및 포장공사)을 공동수급체(청구법인외 6개사)가 재정, 경영 및 기술능력과 인원 및 기자재를 동원하여 공사, 물자 또는 용역에 대한 계획, 입찰, 시공 등을 위하여 공동 연대하여 사업을 영위할 것을 약속하는 협약을 정함에 있다. 제3조(공동수급체의 구성원) ① (구성원 기재). ② 공동수급체의 대표자는 청구법인으로 한다. ③ 대표자는 발주자 및 제3자에 대하여 공동수급체를 대표하며 공동수급체의 재산의 관리 및 대금청구 등의 권한을 가진다. 제6조(책임) 공동수급체의 구성원은 발주기관에 대하여 계약상의 의무이행에 대하여 연대하여 책임을 진다. 제9조(구성원의 출자비율)(출자비율 기재). 제10조(손익의 배분) 도급계약을 이행한 후 이익 또는 손실이 발생하였을 경우에는 제9조에서 정한 비율에 따라 배당하거나 분배한다. 제13조(하자담보책임) 공동도급체가 해산한 후 당해 공사에 관하여 하자가 발생하였을 경우에는 연대하여 책임을 진다. 제14조(운영위원회) ① 공동수급체는 구성원을 위원으로 하는 운영위원회를 설치하여 계약이행에 관한 제반사항을 협의한다고 규정되어 있다.

공동도급운영협약서에는 제1장(총칙) 공동수급체가 체결한 공동수급표준협정서의 관련조항에서 정한 공동수급체구성원의 제반 의무와 책임을 성실히 이행하고, 시공목적물의 성공적인 완공을 위해 공동수급표준협정서에 필요한 실무지침을 협의하고 협약서를 체결한다. 제1조(목적) 이 협정서는 OOO국토관리청이 발주한 OOO 도로확장 및 포장공사의 사업장의 관리 및 운영 지침을 아래와 같이 정함으로써 효율적인 사업관리와 수입과 지출의 진실명료한 처리로 공정한 손익을 산출 정산함을 목적으로 한다. 제3조(명칭) 공동수급체 대표사는 청구법인이며 구성원은 남양건설 주식회사 외 5개사로 구성한다. 제2장(운영위원회) 제5조(운영위원회의 기구조직) 2. 운영위원회의 구성원은 공동수급표준협정서상의 공동수급체구성원의 대표자로부터 권한을 위임받은 각사의 임원으로 구성한다. 제6조(공동수급체의 활동) 1. 본 협약을 이행함에 있어 공사의 내용과 지역을 분할하지 아니하고 각사가 공동으로 시공하며, 공동시행 범위는 금번계약은 물론 추가 또는 변경되는 모든 작업을 포함한다. 2. 공동수급체의 활동은 각사 도급 지분율에 의거 공동출자, 공동분배 및 공동책임으로 한다. 제4장(자금 및 회계관리) 제11조(공사수입금의 수령 및 인출) 1. 은행구좌 개설 : 동 사업과 관련 공동수령 및 분담한 자금을 관리하기 위하여 공동수급체 대표사 명의로 은행구좌를 필요지역에 개설하여 선급금 및 기성금액이 구좌로 입금될 수 있도록 발주처에 사전승인을 득한다. 3. 기성금 청구 : 대관 기성금 청구는 공동수급체의 대표자 명의로 하며 세금계산서의 발행은 각사의 공동도급비율대로 발행 청구한다. 제15조(회계처리 및 정산) 1. 현장의 자재, 장비, 경비 등의 구입시 청구하는 모든 증빙은 편의상 대표사 명의로 청구하고 각사의 사본요구시 즉시 이에 응한다. 2. 월간 단위 중 발생원가는 대표사에서 정산하며 월간 비목별 공사원가내역과 함께 말일자 세금계산서를 매월 5일까지 구성사에 발행한다. 제7장(공무관리) 제27조(실행예산) 1. 이 공사의 수행을 위한 실행예산은 구성원이 합의하여 작성, 운영위원회의 승인을 받는다. 3. 공사의 정산결과 투입원가 금액이 실행예산을 초과하는 경우 구성원의 공동책임으로 지분율에 의해 각사가 부담하는 것을 원칙으로 하되 상호 협의하여 정한다. 제28조(하도급 집행) 4. 하도급계약은 대표사 공무부에서 대표사 명의로 체결하는 것을 원칙으로 하되 업무의 편의상 위임할 수도 있다. 제9장(기타) 제33조(공사의 중지) 천재지변 또는 민원, 기타 발주처의 사정에 따라 공사를 중지하여야 할 경우 각사가 협의하여 결정하여야 하며, 공사중 취소분이 있을 때의 비용부담은 지분율에 따라 이행한다고 규정되어 있다.

처분청이 이 건 처분근거로 제시한 다른 공동도급운영약정서에는 제1조(목적) 본 약정서는 OOO국토관리청 발주 OOO 도로확장 및 포장공사를 ‘갑’(청구법인)과 ‘을’(OOO 주식회사 외 5개사)이 공동이행 방법으로 시행함에 있어 제반사항을 약정함에 목적이 있다. 제2조(책임) ‘갑’은 대표회사로서 전체공사의 원활한 공사수행과 대관업무의 효율성을 위하여 현장운영 전반에 대한 계획, 관리, 조정 등의 권한을 갖는다. 2. ‘을’은 각사 공동도급 지분에 대하여 집행율 88%로 ‘갑’에 일괄 책임시공을 위임한다. 제3조(지분율) ‘갑’ 37%. ‘을’ 63%. 제4조(공사비 증감) 각사의 공사도급액은 공동도급협약서 지분율에 의거 최종 준공정산금액으로 확정한다. 제5조(기성금 지급, 정산 및 회계처리) 1. 각사의 이익금산정은 최종 준공금액으로 정산한다 각사의 이익금 = (각사 지분) × 12%. 2. 발주처에서의 공사비 수령은 ‘갑’에 위임하고 공사비 수령시 마다 각사 기성수금액의(선급금포함) 88%를 공제한 금액(12%)과 각사 지분율에 해당하는 산재보험료를 각사의 법인 거래은행 구좌에 입금 처리토록 하며 각사는 기성 취하 및 집행과 관련된 일체의 사항을 풍림에 위임한다(단, 발주처에서 각사로 기성 지급시 각사는 12% 이익금과 해당 산재보험료를 공제한 후 ‘갑’에 송금한다). 3. 기성금 수령시 ‘갑’은 각사의 원가구성을 위해 매출세금계산서(이익금 및 해당 산재보험료 제외)를 교부한다. 제6조(안전사고처리) 2. 모든 안전사고에 대한 민·형사상의 책임은 ‘갑’에서 처리한다. 제7조(하자담보책임) ‘갑’은 공사 준공후 하자에 대하여 모든 책임을 진다. 제8조(효력) 본 약정서의 효력은 ‘갑’과 각사간의 서명과 동시에 발효하며 본 사업의 하자보증기간 만료시까지 유효한다. 본 약정서는 공동운영협약서에 우선하여 효력을 발휘한다고 되어있다.

(다) 위 (나)에서 본 공동도급운영협정서 등에 의하면, 공동도급공사의 경우 공동도급계약일 이후 먼저 변동가능한 잠정의 실행예산율을 정하고 그 범위 내에서 대표사가 주도적으로 공사를 시행(대부분 하도급에 의하여 시행함)하며, 일부 비주간사는 자신의 지분에 대하여 약정한 실행예산율과는 달리 대표사에게 확정된 원가율로 집행할 것을 약정하는 경우가 있는 바, 이러한 원가율약정은 대표사와 원가율약정 비주간사에만 효력이 있으나 원가율약정을 한 비주간사라도 공동수급체중 다른 구성원이나 발주처 및 제3자와의 관계에 있어서는 여전히 공동수급표준협정서 및 공동도급운영협정서에 따른 권리·의무를 부담하고 있는 것으로 나타난다.

(라) 처분청은 공동도급공사의 경우 공동수급체의 대표사와 비주간사간에 비주간사 지분을 위·수임하고 그 대가를 주고 받고 있는 것으로 보아 실질적으로 대표사가 단독으로 공동도급공사를 시공한 것으로 보아야 한다고 주장하는 반면, 청구법인은 공동수급체는 민법상 조합에 해당되어 대외적으로 연대하여 책임을 지는 의무를 가지며, 공동수급체가 실행예산율을 정하고 그 범위 내에서 대표사가 주도적으로 공사를 시행하고 있으나 이는 공사수행의 효율성을 위한 것일 뿐이고, 공동수급체가 공동도급공사를 이행함에 있어 원가율약정은 실행율약정과 마찬가지로 조합내부의 손익분배에 관한 약정에 불과한 것일 뿐 명의를 대여한 것이 아니라고 주장하면서 공동수급체구성원이 모두 참여하여 공동도급공사를 수행한 사실이 확인된다는 증빙자료(공사진행 관련문서, 회의록, 급여자료, 보험료지급자료 등)를 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

1) 공동도급계약은 일반적으로 2인 이상의 사업자가 공동으로 어떤 일을 도급받아 공동 계산하에 계약을 이행하는 도급형태로 건설공사와 같이 일정기간동안 사업이 계속된 후 완성되고 분야별로 정산이 가능한 사업분야에서 활용되는 계약방식으로, 공동도급의 형태를 계약이행방식에 의하여 구분하면 분담이행방식과 공동이행방식으로 나눌 수 있다. 분담이행방식은 공동수급체구성원 각자가 전체 공사의 분담부분을 정하여 시공하는 것을 말하고 각 구성원은 각자가 분담한 공사에 대하여만 책임을 지는 것이며, 공동이행방식은 공동수급체구성원이 일체가 되어 공동도급공사를 시공하고 그 시공책임도 공사 전체에 대하여 구성원 전원이 연대하여 책임을 지는 것이나 공동이행방식의 공동도급공사는 공동수급체구성원의 지분율에 의하여 공동으로 공사를 시행하는 것이 현실적으로 어려우며 가능하더라도 비효율적이어서 대부분의 공동도급공사는 공동수급체구성원이 운영위원회를 통하여 잠정적으로 실행예산율을 정하고 그 범위 내에서 대표사가 공사를 주도적으로 시행하고 있는 것으로 나타난다.

2) 법원은 공동도급공사의 공동수급체를 민법상의 조합이라고 판시(OOO, 2006.6.16 ; OOO, 2001.2.23. 참조)하고 있어 대표사와 비주간사 사이에는 업무집행자와 조합원의 관계에 있는 바(OOO, 2000.12.12. 참조), 공동수급체는 조합이므로 공동수급체가 공동도급공사를 이행하였는지 여부도 조합의 구성원이 아닌 조합을 기준으로 판단되어야 하고, 조합이 공사를 이행한 경우 그 효과는 구성원에게 미치는 것이므로 각 구성원도 공사를 이행한 것이 된다 할 것이고, 전 조합원이 대외적으로 연대책임도 지므로 대표사만이 공사를 이행한 것으로 볼 것이 아니라 조합의 구성원 전부가 공사를 이행한 것으로 보아야 할 것이다.

3) 위 (나)에서 본 시설공사도급계약서, 공동수급표준협정서, 공동도급운영협정서 및 공동도급공사와 관련하여 청구법인이 제출한 증빙서류를 보면, 공동도급운영협정서는 시설공사도급계약서 및 공동수급표준협정서에 규정된 사항에 대해 공동수급체구성원이 부담하여야 하는 권리와 의무를 보다 구체화한 것으로 나타나고, 대표사는 물론 비주간사라도 공동수급체중 다른 구성원이나 발주처 및 제3자와의 관계에 있어서는 공동수급표준협정서 및 공동도급운영협정서에 따른 권리·의무를 부담하고 있는 것으로 나타나며, 위 협정서에 대표사가 책임을 지고 공동도급공사를 시공하고 하자담보책임도 진다고 규정되어 있으나 이는 대표사가 하도급 등 공사와 관련하여 포괄적으로 모든 책임을 지고 시공한다는 의미로 보이고, 공동수급체간에 합의된 실행율약정 외에 일부 비주간사가 대표사와 원가율약정을 하는 것 또한 대표사가 비주간사에게 확정된 이익을 보장해주기 위해 추가로 약정한 것으로 보이는 등 동 공동도급운영협정서는 비주간사가 대가를 받고 대표사에게 지분을 양도하는 계약이라기 보다는 공사의 효율적인 수행을 위해 공사를 주도적으로 수행할 업무집행조합원과 공사수행에 따른 손익분배방법을 약정하는 계약으로 보인다. 또한, 공동수급체구성원간의 손익분배비율은 당사자간의 약정에 의하여 지분비율과 달리 정할 수 있으므로 이건과 같이 공정한 정산을 위하여 비주간사가 대표사에게 실행예산율의 범위 내에서 모든 공사를 책임시공하도록 약정하는 것도 조합 구성원간의 손익분배비율 약정의 한 방법으로 보이며, 국가를당사자로하는계약에관한법률 등에 근거하여 청구법인 등 공동수급체는 발주처에 지분비율에 상당하는 금액에 대해 세금계산서를 교부하였고 이에 대하여 공동수급체가 입찰참가자격 제한 등 위 법률 등에 의한 불이익을 받은 사실이 나타나지 아니하고, 대표사가 책임지고 시공하는 공동도급공사에 비주간사가 참여한 사실이 공사진행 관련 문서 등 청구법인이 제시한 증빙서류에 일부 나타나는 점 등을 볼 때, 처분청 의견과 같이 대표사가 비주간사에게 확정된 이익을 보장하였다 하여 대표사가 공동도급공사를 단독으로 시공하였다고 단정하기는 어려운 것으로 판단된다(OOO, 2007.2.7. 참조).

4) 한편, 국가를당사자로하는계약에관한법률 제25조의 규정에 의하여 국가 등은 필요에 따라 공동계약을 체결하게 할 수 있고, 공동도급계약을 체결하는 경우 계약당사자 전원이 계약서에 서명·날인하여야 하므로 공동수급체구성원중 한 구성원이 자신의 지분에 해당하는 공사의 시공을 다른 구성원과 원가율약정을 하고 위임하는 것은 당사자 사이에만 효력이 있을 뿐이며, 원가율약정은 공동도급공사 낙찰일로부터 약 6개월에서 2년 이후에 약정되고 있어 그 이전까지는 실행율약정에 의하여 공사가 시행되고 있으므로 원가율약정 이전의 행위에 대하여 입찰에 참여할 때부터 명의를 대여하기로 하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 발주처 및 공동수급체간의 관계에 있어서 계약사의 시공, 하자담보책임 등 공동도급계약서상의 용역제공에 대하여 공동수급체구성원 모두가 연대하여 이행채무를 부담하므로 공동수급체구성원에 대해 공동도급계약서상의 당사자로서의 지위를 부인하는 것도 무리가 있어 보인다.

이와 같이 원가율약정은 공동수급체의 구성원으로서 법률상 의무는 그대로 보유한 채 공동수급체구성원들 사이에 내부관계를 약정한 것에 불과하고, 실행율약정이든 원가율약정이든 비용지출은 공사기성금에서 지출되므로 참여지분비율대로 지출된 것으로 보아야 하며, 발주처로부터 비주간사가 공사대금을 수령하면 공동도급계약운용요령(OOO, 2003.12.26.)에 의거 비주간사는 발주처에 세금계산서를 교부하고 대표사로부터는 부가가치세법시행규칙 제18조 제2항에 의거 공동도급계약에 의하여 공동수급체의 대표사가 하도급업자 등으로부터 교부받은 매입세금계산서에 대해 공동수급체 구성원에게 세금계산서를 교부할 수 있게 되어 있다. 또한, 공동수급체가 재화 또는 용역을 공급받고 세금계산서를 공동수급체의 대표사가 교부받은 경우 당해 공동수급체의 대표사는 교부받은 세금계산서의 공급가액의 범위내에서 재화 또는 용역을 실지로 사용·소비하는 공동수급체의 구성원을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부할 수 있을 뿐만 아니라(OOO, 1999.7.8.) 각 거래과정에서 세금계산서 수수질서를 저해하거나 조세회피목적이 없다고 보여지므로 이러한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보기도 어렵다고 판단된다.

따라서, 이 건 처분근거가 된 공동도급공사는 공동수급체가 공사를 이행하고 청구법인도 공동수급체의 대표사 또는 비주간사로서 공동도급공사를 이행한 것으로 보아야 하므로 공동도급공사와 관련하여 과세한 이 건 부가가치세 등의 처분은 취소하여야 할 것이다.

(마) 예비적 청구는 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) 청구법인의 특수관계회사인 OOO은 결손누적으로 자본금이 잠식된 상태에서 2002.12.23. 240억원을 감자하고, 2002.12.27. 60억원을 유상증자하여 OOO에 대한 차입금 30억원과 OOO에 대한 차입금 28억5천만원을 상환하였으며, 2003.1.2. OOO에서 25억원을 차입하여 청구법인에 대한 차입금 30억원을 상환하였고, 청구법인은 OOO의 2002.12.27. 60억원 유상증자시 30억원을 증자하였다. 이에 대하여 처분청은 증자형식을 통하여 특수관계회사에 자금지원(가지급금)을 한 것으로 보아 아래 표와 같이 인정이자를 계산하여 익금산입하고 관련 지급이자를 손금부인하여 이 건 법인세를 과세한 사실이 조사복명서, 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(단위 : 원)

(나) 처분청의 조사복명서, 계정별원장, 전표, OOO의 등기부등본 등 심리자료에 의하면, OOO은 1977.3.17. 설립되어 건설업, 부동산임대업 등을 영위하고 있고, 자본금은 280억원[지분율 : 청구법인 50%, OOO(지분율 : 청구법인 100%) 50%]이며, 2002.12.23. 240억원을 감자(감자후 자본금 40억원)하고, 2002.12.27. 60억원을 증자(증자후 자본금 100억원)하였는데 청구법인과 OOO이 각각 30억원씩 증자에 참여하였으며, OOO은 2002.12.27. 그 증자대금으로 차입금 58억5천만원(OOO 30억원, OOO 28억5천만원)을 상환하고, 2003.1.2.에는 다시 OOO에서 25억원을 차입한 후 청구법인에 대한 차입금 30억원을 상환한 것으로 나타나며, OOO의 2002.12.27. 증자전 3년간의 매출액 및 당기순손실을 보면, 1999사업연도는 매출액 327억원, 당기순손실 22억원, 2000사업연도는 매출액 363억원, 당기순손실 77억원, 2001사업연도는 매출액 383억원, 당기순손실은 89억원으로 나타난다.

또한, OOO 및 OOO은 청구법인의 특수관계회사이고 OOO의 증자관련 품의서를 보면, 누적결손금(2001년까지 187억원, 2002년 예상결손금 53억원 합계 240억원)을 보전하기 위하여 감자·증자한다고 기재되어 있으며, 청구법인은 2001사업연도 결산시 OOO의 주식 1주당 가액을 1,617원으로 평가하여 9,285백만원을 지분법 평가손실로 계상(누적금액)한 것으로 나타나며, 2002.12.27. 증자 직전의 상속세및증여세법의 규정에 의한 OOO의 주식평가액은 1주당 1,475원(순손익가치 1,475원, 순자산가치 0원)으로 나타난다.

(다) 청구법인은 이 건 처분의 대상이 된 증자행위는 경영판단 및 재무구조개선약정에 따른 경제적 합리성이 있는 행위이고, 증자행위와 가지급금은 그 법적 형식이 전혀 다른데도 증자를 가지급금으로 보아 인정이자를 계산하고 지급이자를 부인하는 것은 증자라는 법적 효과를 도외시한 자의적인 법 적용으로 부당하다고 주장하면서, 재무구조개선을 위한 약정서, OOO의 중단기계획안, 증자 전·후 OOO의 법인세신고자료 등을 제시하므로 이에 대하여 살펴본다.

1) OOO 재무구조개선을 위한 약정서(1998.3.)를 보면, 외환위기 당시인 1998년 3월 주거래은행인 OOO과 계열주, 계열주기업체인 청구법인 및 계열기업군 소속 기업체는 재무구조개선약정을 체결하고 1998년부터 2002년까지 연도별(1998년 250억원, 1999년 100억원, 2000년 100억원, 2001년 100억원, 2002년 100억원)로 총 650억원의 증자를 실시하여 금융기관 차입금을 상환하고 부채비율 645%를 227%까지 감축하도록 되어 있다.

2) OOO의 중단기계획안(2002.8.29.)을 보면, OOO은 증자(2002.12.27.)전인 2001.12.31. 현재 자본금은 280억원이나 누적결손금이 187억원에 달하여 순자산액은 92억원에 불과하고, 2002사업연도에 약 50억원의 결손이 예상되며, 45억원에 상당하는 영업권 상각이 완료된 후인 2003년부터는 약 20억원 이상의 당기순이익이 예상되므로 경영정상화를 위하여 60억원의 증자가 필요하다고 되어 있다.

3) 증자 전·후 OOO의 법인세 신고내용을 보면, 아래 표와 같다.

(단위 : 억원)

(라) 위의 내용을 종합하여 보면, 법인세법상 부당행위계산부인 규정의 취지는 특수관계에 있는 자와의 진실한 거래행위가 있으나 그 거래가 세법에서 열거한 제반 거래형태를 빙자하거나 조세법을 남용함으로써 비정상적이고 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되거나 또는 조세법적 측면에서 부당한 것이라고 보여질 때, 객관적으로 타당하다고 보여지는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세공평을 기하고 조세회피를 방지하고자 하는데 있으며 이는 실질과세원칙에 근거를 두고 있는 것이고, 경제적 합리성 유무의 판단은 당해 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어내 단순히 특수관계자가 아닌 자와의 거래행태에서는 통상 행하여지지 아니한 것이라 하여 바로 이에 해당하는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하는 것인 바(OOO, 1988.2.9 ; OOO, 1988.7.24. 참조),

법인이 필요한 자금을 조달하는 방법에는 외부로부터 차입하는 방법과 증자를 통하여 조달하는 방법이 있을 것인 바, 이 건의 경우 청구법인은 계열사인 OOO의 회생을 위하여 증자를 하거나 아니면 자금을 대여하는 두 가지 방법 중 한 가지 방법을 선택할 수 밖에 없었을 것이고 이러한 청구법인의 자율적인 판단 외에도 당시 주거래은행과의 재무구조개선약정에 따라 유상증자참여 등을 통하여 동 약정내용을 이행할 수밖에 없는 상황에 있었다고 보여지고, 청구법인은 기존주주의 자격으로 유상증자에 참여하여 동 유상증자액 30억원에 상당하는 OOO의 주식지분을 처분하지 아니하고 계속하여 보유하고 있고 OOO 또한 정상적으로 사업을 영위하고 있으며, 상법의 규정에 의하여 정당하게 설립된 회사의 자본금은 동법의 규정에 의한 자본금이 감소될 때까지는 당초 자본금을 정당한 자본금으로 보는 것으로 해석하고 있으므로 OOO이 증자등기를 종료한 이 건 유상증자의 경우 OOO의 증자가 재판상 무효 또는 취소되지 않는 한 유효한 행위로 성립되었다고 보아야 하고, 민법·상법상 적법·유효하게 성립된 사실행위에 대하여 경제적 합리성을 기준으로 세법적 측면에서 과세소득만을 재계산하는 부당행위계산부인 법리의 근본취지에 비추어 볼 때, 이 건 유상증자에 참여한 것이 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여된 부당한 거래로 보기도 어려우므로 이 건 증자참여행위를 부인하여 특수관계회사에 대한 자금대여로 보기는 어렵다고 판단된다.

다만, 법률상 유효한 증자로 인정하는 경우에도 청구법인은 증자에 참여하여 당시 평가액이 1주당 1,475원인 주식을 1주당 5,000원에 취득하였으므로 이는 법인세법시행령 제88조 제1항 제1호에서 규정하는 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우에 해당하는 것으로 볼 것인지 여부는 별개의 문제로 판단하여야 할 것이다.

따라서, 처분청이 청구법인의 OOO에 대한 유상증자액 30억원에 대하여 특수관계회사에 대한 자금대여(가지급금)로 보아 인정이자를 계산하여 익금산입하고 관련 지급이자를 손금부인한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 1998.6.25. OOO과 후순위사채 총액인수약정을 하여 사모 쟁점후순위사채 30억원을 인수하고, 동일자에 OOO은 OOO으로부터 30억원을 차입하였으며, OOO 발행 쟁점후순위사채 30억원을 매입하여 OOO의 채무의 담보로 제공하기로 청구법인, OOO 및 OOO이 합의하여 거래를 하였다. 이에 대하여 처분청은 청구법인의 쟁점후순위사채 매입을 특수관계회사인 OOO에 대한 자금지원(가지금금)으로 보아 아래 표와 같이 인정이자를 계산하여 익금산입하고 관련 지급이자를 손금부인하여 이 건 법인세를 과세한 사실이 조사복명서, 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(단위 : 원)

(나) 청구법인의 쟁점후순위사채 매입과 관련하여 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료 중 청구법인(‘을’)이 1998.6.25. OOO(‘갑’)이 발행한 후순위사채[제98-06-2(제15회)]를 인수하기 위하여 약정한 총액인수약정서를 보면, 제1조(발행조건)에는 채권의 총액은 30억원, 채권의 발행가액은 채권 권면금액의 100%, 채권의 이율은 채권의 1회차～12회차 이자지급시까지는 년 17.90%, 13회차～24회차 이자지급은 OOO가 발표하는 직전회차 이자지급일 1영업일 전일의 91일물 CD수익률 + 1.00%로 한다고 되어 있고, 제2조(사채의 상환 및 이자지급방법)에는 원금의 상환방법과 기한은 원금은 2004.6.25. 일시상환하고, 이자지급방법과 기한은 24회에 걸쳐 각각 3월분의 이자를 후급한다(1회차 1998.9.25. 24회차 2004.6.25.)고 되어 있으며, 제4조(기한전상환금지)에는 ‘갑’은 본 계약상의 원리금을 기한전에 상환할 수 없다고 되어 있고, 제6조(후순위 특약)에는 채권만기 이전에 ‘갑’에 대해 파산절차가 개시되는 경우 ‘을’은 후순위특약부채권을 제외한 다른 모든 채권이 그 채권 전액에 대해 강제화의절차 등의 파산절차에서 변제(공탁포함)받거나 배당을 받았을 경우에만 파산절차에 따른 변제 또는 배당을 받을 수 있다고 되어 있다.

(다) 위 (나)의 쟁점후순위사채 총액인수약정과 관련하여 OOO(‘갑’), OOO(‘을’) 및 청구법인(‘병’)이 1998.6.25. 약정한 합의서를 보면, ‘갑’과 ‘을’은 ‘갑’이 어음할인의 방법으로 ‘을’로부터 1998.6.부터 30억원을 차입하고 ‘병’은 ‘을’발행의 후순위사채(1998.6.) 30억원을 매입하여 ‘갑’의 상기 채무의 담보로 제공하기로 한다. 제2조(할인금액 및 할인이율) ① ‘갑’이 ‘을’로부터 할인받는 금액은 ‘갑’이 발행하는 약속어음의 액면기준으로 30억원으로 한다. 제3조(총 할인기간 및 후순위사채 보유기간) ① ‘갑’이 ‘을’로부터 할인받는 총 할인기간은 ‘병’이 매입한 후순위사채 발행일로부터 2년으로 하되, 매 3개월 단위로 자동연장되는 것으로 한다. ② ‘병’의 후순위사채 보유기간은 발행일로부터 2년으로 하고 보유기간 경과 즉시 ‘을’이 재매입하기로 한다. 제4조(특약사항) ① ‘갑’은 ‘을’에 대한 채무의 이면담보로 ‘병’의 약속어음을 액면기준으로 30억원을 제공하기로 한다. ② ‘갑’의 ‘을’에 대한 채무(제2조 제1항)는 ‘을’의 후순위사채 재매입일까지 유예하기로 한다. ③ ‘갑’ 또는 ‘을’이 기한의 이익상실 사유가 발생할 시 ‘갑’의 ‘을’에 대한 채무(제2조 제1항)와 ‘병’이 매입한 후순위사채는 상호 상계처리한다고 되어 있다.

(라) 1999.4.10. OOO이 영업정지되었으며, 청구법인과 OOO이 위 (다)의 합의서 제4조의 규정에 의하여 OOO을 상대로 한 상계통지, 소송관련서류, 청구법인의 회계전표 등에 의하면, OOO은 동 합의서 제4조 제3항의 상계규정에 따라 할인어음 30억원 채무와 후순위채권 손실금 30억원을 1999.4.9.자로 상계한다는 내용의 상계통지를 대한종금에 하였고, 이후 OOO은 1999.6.25. 재차 상계통지(1999.6.25.부로 상계)를 OOO에 하였으며, 청구법인도 같은 날 위와 같은 내용으로 할인어음채무 30억원이 상계되었음을 OOO에 통보하였으나, OOO은 위 상계를 인정하지도 않고, OOO의 할인어음(최종연장어음 만기일 : 1999.6.29.)도 은행에 교환하지 않고, 동 할인어음의 어음만기일(1999.6.29.)도 연장하지 않은 상태에 있었으며, 청구법인과 OOO은 2000.1.15. OOO이 보관하고 있던 담보용 당좌수표 2매(OOO 발행) 및 청구법인 발행 약속어음 1매와 최종 연장할인어음 1매에 대한 처분금지등가처분신청을 법원에 하여 2000.1.27.부로 가처분집행을 완료하여 현재 4매의 유가증권은 집행관이 보관중에 있으며, 또한 청구법인과 OOO은 OOO을 상대로 OOO에 채무부존재확인소송을 OOO)하여 2000.10.17. 승소하고, 동 소송에 대한 대법원의 최종 확정판결(OOO, 2003.7.8.)이 있었는 바, 그 주요 내용을 보면, OOO은 그 재무구조 개선을 위하여 청구법인에게 후순위사채를 발행하면서 OOO에게 어음을 할인해주어 그 어음할인금으로 사채를 인수하게 하였고, 이와 같은 사채의 발행 및 인수를 가능하게 하기 위하여 청구법인과 OOO 사이에 이 사건 상계예약을 체결한 것이다 라고 판단하였고, 위 일련의 과정에 따른 청구법인의 회계처리내역을 보면, 1998.6.25. 후순위사채를 매입하고 투자유가증권(사채)계정에 30억원을 계상하고, 1999.12.31.에는 투자유가증권계정을 미수금계정으로 대체하고, 2003.1.3.에는 OOO으로부터 30억원을 회수하고 (차변) 당좌예금 30억원, (대변) 미수금 30억원으로 회계처리한 것으로 나타난다.

(마) 쟁점후순위사채 발행 당시 금리통계자료에 의하여 후순위채권 발행금리를 보면, 종합금융회사의 경우 1998년 6월 OOO의 발행금리는 17.00%, OOO의 발행금리는 17.50%이며, 은행권의 경우 1998년 6월 OOO의 발행금리는 15.66%, OOO의 발행금리는 15.63%이고, 1998월 6월 기준 CD(91일)금리는 16.20%로 나타나며, OOO이 고시한 당좌대월이자율은 1998.1.1.부터 20%, 1998.7.1.부터 17%, 1998.10.1.부터 13%로 나타난다.

(바) 위의 내용을 종합하여 보면,

부당행위계산부인이란 납세자가 정상적인 경제인의 합리적인 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위, 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 조세법적으로 부인하여 과세상 시정하는 것을 말하는 것인 바,(OOO, 2006.11.10. 참조)

청구법인은 쟁점후순위사채 인수 당시 OOO으로부터 160억원 상당의 차입금 등이 있었고, OOO은 종합금융회사로서 당시 요구된 BIS비율을 맞추고 재무구조개선을 위하여 채권회수, 증자 등을 하여야 하는 상황에서 청구법인에 대한 채권회수 등의 조치를 취할 수 밖에 없었던 것으로 보여지고, 이러한 과정에서 청구법인의 쟁점후순위사채 인수는 OOO의 요구에 따라 청구법인이 채무자로서 어쩔 수 없이 수용한 것으로 보이며, OOO도 청구법인의 계열사인 OOO을 위하여 그 후순위사채발행자금으로 OOO의 어음을 할인해주는 방식으로 대출을 해주었으며, 청구법인은 OOO이 부도 등으로 인하여 쟁점후순위사채 채권을 회수할 수 없는 경우를 대비하여 기한이익 상실사유가 발생할 경우 채권과 대출금을 상계할 수 있도록 OOO 및 OOO과 합의를 하여 쟁점후순위사채를 인수한 것이고, 동 합의에 근거하여 결과적으로 청구법인은 쟁점후순위사채 인수와 관련하여 손실을 입은 바도 없었으며, 쟁점후순위사채의 이자율(연 17.90%, 91일물 CD수익율+1.00%)이 당시 다른 종합금융회사가 발행한 후순위사채 이자율(17.00%～17.50%)과 크게 차이가 나지 아니하고, OOO은 청구법인 소속 계열회사도 아닌 점에서 쟁점후순위사채 인수는 처음부터 특수관계회사에 자금을 지원할 목적으로 종합금융회사 등 금융기관을 이용한 경우와는 그 거래의 동기 및 목적이 다른 것으로 인정되는 점 등을 비추어 볼 때 이 건 쟁점후순위사채인수거래는 당초부터 특수관계자와의 거래를 목적으로 이루어진 것으로 보기는 어렵다 하겠다.

또한, 특수관계에 있는 자와의 진실한 거래행위가 있으나 그 거래가 세법에서 열거한 제반 거래형태를 빙자하거나 조세법을 남용함으로써 비정상적이고 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되고 조세법적 측면에서 부당하다 하여 객관적으로 타당하다고 보여지는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세하고자 하는 부당행위계산부인 규정의 취지에 어긋나는 거래라고 보이지 아니한다.

따라서, 처분청이 쟁점후순위사채 인수에 대하여 특수관계회사에 대한 자금대여(가지급금)로 보아 인정이자를 계산하여 익금산입하고 관련 지급이자를 손금부인한 처분은 잘못이 있다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다