조심 2010중3545 (2011.04.12)

인천세무서장이 2010.9.3. 청구법인에게 한 2008년 제1기 부가가치세 106,809,940원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 인천광역시 OOO 창고 등 건물 2,555㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다) 및 창고용지 7,027㎡(토지 및 건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 매매대금 7,500,000,000원을 전부 토지가액으로 하여 2008.3.31. 주식회사 OOO에게 양도한 후, 부가가치세 신고당시 쟁점건물의 공급가액을 과세표준에 포함하지 아니하였다.

나. 처분청은 쟁점부동산의 토지가액과 건물가액이 불분명한 것으로 보아 건물의 과세표준을 기준시가로 안분계산하여 부가가치세를 경정결정하라는 국세청장의 감사지적에 따라 2010.9.3. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 106,809,940원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점건물 중 2,436㎡가 1989년에 신축되어 양도당시 노후화가 심각하였는데, 매매계약을 체결할 당시 OOO가 쟁점부동산을 매수한 후에 쟁점건물을 철거하고 다른 건물을 신축할 계획이라 하여 당사자 간에는 쟁점건물의 가치가 사실상 없는 것으로 판단하였으며, 실제로 OOO는 쟁점부동산을 취득한 후인 2008.5.1. 쟁점건물을 철거하고, 지하 1층.지상 4층의 업무시설 등 5,324.69㎡를 신축하여 2010.8.20. 소유권보존등기를 하였는바, 매매계약서상의 쟁점건물가액인 0원을 실지거래가액으로 인정하여야 한다. (주위적 청구)

(2) 청구법인은 쟁점부동산에서 창고임대업을 영위하다가 임차인과 합의하여 임대차계약을 종료한 후, 종업원이나 채무가 없는 상태에서 청구법인의 사업을 OOO에게 포괄적으로 양도.양수하였으므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다. (예비적 청구)

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 임대보증금 100,000,000원, 월 임대료 19,000,000원에 쟁점부동산을 (주)OOO에게 임대하고 있다가 이를 양도한 사실에 비추어 쟁점건물은 가치가 있음이 분명함에도, 감정평가서 등 객관적인 근거자료의 제시도 없이 쟁점건물가액을 0원으로 산정하였는바, 쟁점부동산은 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점건물의 과세표준을 기준시가에 의하여 안분계산한 것은 정당하다.

(2) 청구법인이 쟁점부동산을 창고임대업에 사용하다가 OOO에게 양도하였으나, 매매계약서상에 사업의 양도·양수에 관한 내용이 포함되어 있지 아니하고, OOO는 쟁점건물을 철거한 후에 업무용 건물을 신축하여 목적사업에 사용하고 있는 점 등을 감안할 때, 사업의 동질성이 없는 이 건은 사업의 양도로 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 매매계약서상의 건물가액이 0원이고, 양수인이 철거하여 신축한 경우, 당해 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 해당 부가가치세 과세표준을 기준시가에 의하여 안분계산한 처분의 당부(주위적 청구)

(2) 창고임대업에 사용하던 부동산을 건물 신축부지로 양도한 것이 사업의 양도에 해당하는지 여부(예비적 청구)

나. 관련법령

〈쟁점① 관련〉

(1) 부가가치세법 제13조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(時價)

(2) 부가가치세법 시행령 제48조의2【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

〈쟁점② 관련〉

(3) 부가가치세법 제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것

(4) 부가가치세법 시행령 제17조【담보제공ㆍ사업양도 및 조세의 물납】

② 법 제6조 제6항 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사업장별(「상법」에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(「법인세법」제46조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우와 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인(갑)과 OOO(을) 간에 2007.10.24. 체결된 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 부동산의 표시에 쟁점건물 및 토지의 면적이 모두 기재되어 있으나, 매매금액은 쟁점건물이 0원이고, 토지는 75억원이며, 본문 제1조(매매대금)에도 “부동산 매매금액은 토지 75억원, 건물 0원으로 하고 “갑”은 “을”에게 칠십오억원정에 매각한다.”라고 약정되어 있다.

(나) 청구법인이 쟁점부동산에서 영위한 창고임대업을 OOO에게 양도.양수하기로 하는 약정내용은 포함되어 있지 아니하다.

(다) 제5조(지적측량) 및 제6조(매도인 담보책임)에 의하면, OOO가 쟁점부동산의 토지에 대한 지적측량을 실시하여 실측면적과 계약서상 면적의 차이가 오차허용면적을 초과하는 경우 이에 상당한 금액을 잔금지급시 정산하기로 한다는 등의 내용이 기재되어 있다.

(2) 또한, OOO는 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하면서 청구법인에게 아래와 같은 내용의 확인서를 교부하였다.

OOO

○ 매수인인 OOO는 위의 부동산을 매입하여 기존의 창고건물을 철거한 후에 새로운 건축물을 신축할 예정임을 확인합니다.

(3) 청구법인과 (주)OOO 간의 쟁점부동산에 대한 임대차계약서 및 합의서에 의하면, 청구법인은 2006.10.8.부터 2년 동안 임대보증금 100,000,000원, 월 임대료 19,000,000원(부가가치세는 별도)에 쟁점부동산을 창고업을 영위하는 (주)OOO에게 임대하던 중 OOO와 매매계약을 체결하였으며, 2008.3.28. (주)OOO와 위 임대차계약을 2008.3.30. 종료하기로 합의하였음이 나타난다.

(4) OOO의 제9차 경영위원회의 결의서(2007.11.14.)에 의하면, 마케팅본부 통합분류창고 운영방안에 따른 ‘인천 통합분류창고 부지매입계획(안)’을 의결하였는데, 동 안건의 매입대상 내역에는 쟁점부동산의 토지(창고용지)만 기재되어 있을 뿐이며 쟁점건물은 포함되어 있지 아니하다.

(5) 건축물관리대장 및 등기부등본에 의하면, 쟁점건물의 대부분이 1989.5.15. 신축되어 양도당시 창고로 이용 중이며, 쟁점건물은 OOO 앞으로 소유권이전등기를 하지 아니한 상태에서 2008.5.1. 멸실되었으나, 창고용지인 부속토지는 2007.10.24. 매매를 원인으로 하여 2008.3.31. OOO에게 소유권이전등기가 되었음이 나타난다.

OOO

또한, OOO가 위와 같이 쟁점부동산을 매입한 후인 2008.5.1. 쟁점건물을 철거하고, 2008.9.16. 건축허가를 받아 지하 1층·지상 4층의 업무시설 등인 5,324.69㎡를 신축하여 2010.8.20. 소유권보존등기를 하였으며, 그 이전인 2010.5.26. 쟁점건물 부속토지의 지목이 창고용지에서 대지로 변경되었음이 나타난다.

(6) 살피건대,「부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항의 취지는, 일반적으로 부동산 매매계약서상의 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물의 가액을 구분하여 표시되어 있으며, 그 가액이 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도 및 효용도, 인근 토지 및 건물의 공급가액 등과 사회통념 또는 상거래의 관행에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상 건물가액을 공급가액으로 본다는 것인바(국심 2005서4383, 2007.2.15. 참조),

이 건의 경우 매매계약체결일에 OOO가 쟁점건물을 철거한 후에 새로운 건물을 신축할 예정이라는 확인서를 청구법인에게 교부하고 매매계약서상에 쟁점건물가액을 0원으로 기재한 점, OOO의 경영위원회 결의서 내용에 비추어 동 법인이 업무용 건물을 신축할 부지를 확보하기 위하여 쟁점부동산을 매입한 것으로 보이는 점, OOO가 쟁점부동산을 매수한 이후에 토지만 소유권이전등기를 하고 쟁점건물에 대하여는 그러하지 아니한 채 단기간에 철거한 뒤에 새로운 건물을 신축한 점, 쟁점건물의 대부분이 노후화된 창고일 뿐만 아니라 청구법인이 임차인과의 임대차계약을 중도에 해지하고 양도한 점 등을 종합할 때, 매매계약을 체결할 당시 쟁점건물의 철거가 사실상 예정되어 있었으므로 당사자의 합의에 의하여 매매계약서상에 기재한 쟁점건물의 가액인 0원을 인정하는 것이 타당하다고 보이므로 처분청이 쟁점건물의 가액을 기준시가에 의하여 안분계산하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(7) 주위적 청구인 쟁점①이 인용된 이상 예비적 청구인 쟁점②는 별도로 심리할 실익이 없으므로 이에 대한 심리는 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.