조심 2021부5845 (2022.01.26)

OOO서장이 2021.7.2. 청구인에게 한 2016년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점호텔토지”라 한다) 및 철근조·경량철골조 6층 건물 및 창고 OOO(OOO, 지하 2층~지상 6층, 이하 “쟁점호텔건물”이라 하고, 쟁점호텔토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 2015.1.20. 매수하여 호텔업을 영위하다가 쟁점부동산을 OOO에 본사를 두고 타운하우스 개발·분양업을 영위하는 주식회사 AAA(이하 “양수법인”이라 한다)에게 2016.5.3. 쟁점부동산을 OOO원에 매도하고, 그 매매계약 당시 철거가 예정되어 그 실질적인 가치가 없는 것으로 보아 거래된 쟁점호텔건물은 실지거래가액(부가가치세 과세표준)을 OOO원으로 보고, 쟁점호텔토지의 실지거래가액을 OOO원으로 보아 쟁점호텔건물에 대하여 청구인은 신고·납부할 부가가치세 매출세액이 없는 것으로 보았고, 양수법인도 공제받을 부가가치세 매입세액이 없는 것으로 보아 세금계산서를 수취하거나 매입세액을 공제받지 아니하였다.

나. 처분청은 청구인과 양수법인 간에 위와 같은 가액으로 쟁점호텔토지와 쟁점호텔건물을 실제로 거래하였다고 인정할 수 없다고 판단하고 그 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하는 것으로 보아 기준시가 비율로 안분하여 쟁점호텔건물의 공급가액을 OOO원으로 계산하여 2021.7.2. 청구인에게 2016년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2021.9.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인과 양수법인 간에 쟁점부동산을 양수도하게 된 동기·경위 및 그 목적은 다음과 같다.

(가) 양수법인은 2016.4.5. 청구인에게 쟁점호텔토지를 양수한 후 그 지상에 있는 쟁점호텔건물을 철거하고 생활형 숙박시설(타운하우스의 일부이고, 이하 “신축건물”이라 한다)을 신축·분양하는 개발사업을 하겠다고 제안하였다.

(나) 양수법인의 구체적인 제안내용은 청구인으로부터 쟁점호텔토지를 OOO원에 양수하고, 쟁점호텔건물을 철거하여 쟁점호텔토지에 타운하우스를 신축·분양하여 수익을 얻어 청구인에게 위 양수도대금 중 잔금 OOO원은 그 분양대금으로 지급한다는 것이었다.

(2) 청구인과 양수법인 간의 쟁점호텔토지와 쟁점호텔건물에 대한 각 실지거래가액은 다음과 같다.

(가) 청구인과 양수법인은 철거가 예정되어 있는 쟁점호텔건물은 그 가치가 없다고 보고 2016.4.11. 실제로 쟁점호텔토지를 OOO원에 매매하기로 계약을 체결하였다.

(나) 그런데, 쟁점호텔토지만 매매할 경우 법정지상권 문제가 발생할 수 있고, 법정지상권은 특약으로 제한할 수 없는 까닭에 이를 방지하기 위해서 쟁점호텔건물도 매매목적물에 포함한 것에 불과하여 그 거래가액을 구분하여 매매계약서상 별도로 기재하지 않았던 것이다.

(다) 양수법인이 쟁점호텔건물의 소유권이전등기를 경료받은 후 이를 전혀 사용·수익하지 아니하고 즉시 철거한 사실과 양수법인이 위 매매대금 OOO원 전부를 건설용지 계정으로 회계처리한 점, 이 건 매매계약의 동기·경위 및 그 목적에 비추어 보면, 거래당사자 간에 위와 같이 합치된 매매계약 의사(청구인과 양수법인 간에 철거가 예정되어 가치가 없는 쟁점호텔건물과 시행사업 부지를 조성하기 위한 쟁점호텔토지에 대한 각각의 실지거래가액)에 관한 청구주장이 사실임을 알 수 있다.

(3) 조세심판원의 선결정례(조심 2010중3545, 2011.4.12., 조심 2009부3969, 2009.12.31. 조심 2009부3194, 2009.12.10. 등)는 이 건과 쟁점이 동일한 사안에 대하여 매수인에게 토지의 소유권이전등기가 경료되고 약 1달 지난 후 기존건물을 철거한 사례, 매수 후 3개월이 경과하여 신축허가를 받고 비로소 기존건물을 철거한 사례들의 경우에도 기존건물은 철거를 전제로 거래한 것으로 인정되는 이상, 그 건물의 실지거래가액은 OOO원으로 보고, 매매대금 전부를 토지의 실지거래가액으로 봄이 타당하다고 결정하였으며, 기존건물의 철거비용을 매도인과 매수인 중 누가 부담하였는지를 기준으로 이를 달리 볼 것도 아니라고 설시한 바도 있다.

(4) 국세청 예규(서면-2015-부가-937, 2016.3.28.)도 경매로 토지와 철거예정인 건물을 일괄취득하면서 부가가치세 매입세액 공제를 받지 않은 경우, 그 건물의 실지거래가액을 OOO원으로 보아야 한다고 해석하고 있다.

(5)

「소득세법」제100조

제3항은 토지와 건물을 함께 양도한 경우 그 구분 기장한 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 의제하도록 규정하고 있어 청구인이 이에 따라 양도소득세 신고를 한 것이고, 양도소득세와 부가가치세는 근거법령, 과세대상 등이 상이한데, 위와 같은 규정내용으로

「부가가치세법」제29조

제9항 제2호가 신설된 것은 2018.12.31.이다. 따라서, 위 법률 신설 이전에는 종전 법률인

「부가가치세법」제29조

제9항 본문에 따라 토지와 건물을 함께 공급하는 경우, 그 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니하는 이상, 건물의 실지거래가액을 공급가액으로 하여야 하는 것이다.

(6) 이 건과 쟁점 및 사실관계가 거의 동일한 심판청구 사건이 인용결정(조심 2018부4509, 2019.8.6.)되었으므로 이 건 심리시 이를 원용하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 양수법인과 쟁점부동산에 대하여 매매계약을 체결할 당시 쟁점호텔건물은 철거가 예정되어 있었고, 양수법인이 쟁점호텔토지만을 사용하여 생활형 숙박시설의 신축·분양사업을 영위할 목적이었으므로 총 매매대금 OOO원을 쟁점호텔토지에 대한 실지거래가액으로 보고, 쟁점호텔건물의 실지거래가액은 OOO원으로 보아야 한다고 주장하나, 다음과 같은 사정을 종합할 때 이를 받아들이기 어렵다.

(1) 청구인이 양수법인에게 쟁점부동산을 OOO원에 매도하기로 하는 매매계약을 2016.4.11. 체결하였는데, 불과 그로부터 1년 3개월 전인 2015.1.20. 청구인이 전소유자로부터 쟁점부동산을 OOO원에 취득하였다.

(2) 청구인과 양수법인 간의 쟁점부동산 매매계약서를 보면, 쟁점호텔건물의 철거와 관련한 특약사항이 없고, 쟁점호텔건물의 가액을 OOO원으로 한다는 내용이 없다.

(3) 청구인의 2015년 및 2016년 귀속 종합소득세 신고서 부속서류인 표준재무재표상 쟁점호텔건물의 가액을 OOO원으로 하여 쟁점호텔토지와 구분하여 위와 같이 계상하였는바, 쟁점호텔건물은 가치가 있었음이 확인된다.

(4) 청구인은 2016.4.11. 양수법인과 쟁점부동산에 대하여 매매계약을 체결하고, 2016.5.3. 양수법인에게 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기가 경료되었으나, 그 이후에도 청구인은 호텔업을 2016.6.30.까지 계속하여 영업을 한 사실이 신용카드매출자료(2016.4.11.부터 2016.6.30.까지 약 3개월 동안 발생한 수입금액 OOO원임)에 의하여 확인된다.

(5) 청구인 스스로 양도소득세 신고시에는 쟁점호텔토지와 쟁점호텔건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아

「소득세법」제100조

제2항에 따라 기준시가 비율로 안분계산하였다.

(6) 따라서 위와 같은 사항 등을 종합할 때, 처분청이 청구인에게 한 이 건 부가가치세 부과처분은 정당하다(조심 2013중1563, 2013.7.12. 참조).

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

양수법인이 생활형 숙박시설을 신축하기 위하여 쟁점호텔토지만 사용할 목적으로 매매계약하여 그 당시 이미 철거가 예정되어 있어 가치가 없는 것으로 보아 거래된 쟁점호텔건물과 쟁점호텔토지의 각 실지거래가액에 대한 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(법률 제16101호로 2018.12.31. 일부 개정되기 전의 것)

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “재화”란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

14. 토지

제29조【과세표준】⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】

법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한

「소득세법」제99조

에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」제2조 제9호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

(3) 소득세법

제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 소득세법 시행령

제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는

「부가가치세법 시행령」제64조

에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어

「상속세 및 증여세법」제62조

제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여

「부가가치세법 시행령」제64조

제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는

「상속세 및 증여세법」제62조

제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점호텔건물의 일반건축물대장(말소)에 의하면 2012.8.20. 내부인테리어 대수선 등을 한 것으로 나타나고, 쟁점부동산의 등기부등본 및 매매계약서 등에 의하면 2012.12.21. 한금자로부터 강미정이 쟁점부동산을 양수한 후 2015.1.20. 청구인에게 이를 OOO원에 양도하였으며, 타운하우스 개발·분양사업을 영위하는 양수법인이 청구인으로부터 2016.5.3. 쟁점부동산을 OOO원에 양수한 것으로 나타난다.

(2) 양수법인은 2016.5.24. 주식회사 BBB과 쟁점호텔건물에 대한 철거공사계약(착공일자 : 2016.6.1.)을 아래와 같이 체결하였고, 2016.7.12.부터 철거공사를 진행하여 2017.1.24. 쟁점호텔건물은 멸실등기되었으며, 청구인이 위 호텔을 운영하면서 매출(신용카드 결제분)은 2016.6.30.까지 발생하였다.

(3) 청구인과 양수법인 간의 쟁점부동산(쟁점호텔토지 및 쟁점호텔건물)에 대한 매매계약서(계약일자 : 2016.4.11., 총 매매대금 OOO원)상 쟁점호텔건물의 철거에 관한 약정내용은 없다.

(4) 청구인이 2015년 및 2016년 귀속 종합소득세 신고시 제출한 표준재무상태표를 보면, 쟁점호텔건물은 2015년과 2016년 모두 OOO원으로 계상되어 있다.

OOO

(5) 양수법인은 2017.1.17. 쟁점호텔토지에 신축건물(타운하우스 내 분양하는 생활형 숙박시설)에 대한 건축허가를 받았고, 동 신축건물은 2019.12.4. 준공되었으나, 양수법인은 분양이 원활하지 못하여 청구인에게 쟁점부동산의 매매잔금 중 OOO원을 현재까지 지급하지 못한 것이라고 주장하고 있다.

(6)「부가가치세법」이 법률 제16101호로 2018.12.31. 개정(2019.1.1. 시행)되어 제29조 제9항에 제1호 및 제2호가 아래와 같이 신설되었다.

OOO

(7) 청구인이 제시한 위 조항의 재개정에 관한 2021년 세법 개정안보도자료의 내용은 아래와 같고, 이와 관련하여 재개정된 법률(

「부가가치세법」제29조

제9항)은 2021.12.8. 공포(2022.1.1. 시행)되었다.

OOO

(8) 처분청의 답변에 대한 청구인의 항변서상 추가된 주장의 요지는 다음과 같다.

(가) 쟁점호텔건물의 소유권이전등기가 양수법인에게 경료된 이후에도 청구인이 철거개시전까지 쟁점호텔을 단기간 운영한 사실은 오히려 쟁점호텔건물은 실질적인 매매목적물이 아니었다는 청구주장을 뒷받침하는 정황이다.

(나) 양수법인은 쟁점호텔건물의 소유권이전등기를 경료받고도 이에 대한 소유권을 행사하기 위한 어떤 행위도 하지 않았다. 청구인이 임대차계약 등을 통하여 쟁점호텔건물의 양도시부터 철거시까지 양수법인으로부터 이에 대한 사용수익 권한을 부여받은 사실이 없음에도 쟁점호텔건물에서 철거 전까지 호텔업을 영위하였다. 이를 보더라도 양수법인은 쟁점호텔건물은 철거하고 쟁점호텔토지만을 사용할 목적으로 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하고 소유권이전등기를 경료받은 사실을 알 수 있다.

(다) 쟁점부동산에 대한 매매계약서상 양수법인의 철거의무에 관한 특약은 이를 두어서 청구인이 얻게 될 이익이 없으므로 이를 요구할 필요가 없었던 것이다.

(라) 거래당사자인 청구인과 양수법인이 매매계약 당시 쟁점호텔건물은 준공 후 20여년이 지나 노후된 상태였고, 쟁점호텔부지에 타운하우스 시설을 신축할 목적으로 부지조성을 위하여 철거가 예정된 쟁점호텔건물은 실질적으로 그 가치가 없다고 보았으며, 쟁점호텔토지만을 사용할 목적으로 그 가치를 OOO원으로 합의하여 매매계약이 체결되었으며, 쟁점호텔건물은 실제로 그 이후 즉시 철거되었고, 양수법인도 위 매매대금 전액을 쟁점호텔토지(건설용지)의 취득원가로 장부에 계상하였는바,

「부가가치세법」제29조

제9항에 따른 부가가치세 과세표준인 실지거래가액은 실제로 거래된 가액을 말하므로 이 건의 경우 쟁점호텔건물은 OOO원, 쟁점호텔토지는 OOO원을 각각의 실지거래가액으로 봄이 타당하다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 타운하우스 개발·분양업을 영위하는 양수법인이 2016.5.3. 청구인으로부터 쟁점부동산을 OOO원에 양수하였고, 타운하우스 시행사업 부지로 쟁점호텔토지만을 사용할 목적으로 위 급부의 대가가 실제로 거래당사자 간에 약정된 것이며, 그 매매계약 당시 철거가 예정되어 있던 쟁점호텔건물은 실질적인 가치가 없는 것으로 보아 거래되었으므로 청구인은 이에 대하여 신고·납부할 부가가치세 매출세액이 없는 것으로 보았고, 양수법인도 마찬가지로 공제받을 부가가치세 매입세액이 없는 것으로 보아 이에 대하여 세금계산서를 수취하거나 매입세액을 공제받지 않았다. 처분청은 위와 같은 거래사실을 인정하지 아니하고 각 기준시가 비율로 안분계산하는 방법으로 쟁점호텔건물의 공급가액을 산정하여 청구인에게 이 건 부가가치세를 부과하였으나, 이는 다음과 같은 이유로 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

(나)「부가가치세법」이 법률 제16101호로 2018.12.31. 개정되기 전까지는

「부가가치세법」제29조

제9항에 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정되어 있었는데, 2018.12.31. 개정시

「부가가치세법」제29조

제9항에 제2호가 신설(2019.1.1. 시행)되어 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 그 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 개정되었다가, OOO의 2021년 세법 개정안 보도자료에 의하면 위 조항에 단서를 신설하여 다른 법령에서 토지와 건물의 양도가액을 정한 경우와 건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 위와 같은 안분계산 대상에서 제외하도록 재개정하는 것으로 보도되어 있으며, 이를 위하여 법률 제18577호로 2021.12.8.

「부가가치세법」제29조

제9항 제2호에 단서를 신설하는 재개정이 이루어졌다.

(다) 양수법인이 2016.5.3. 쟁점호텔건물에 대한 소유권이전등기를 경료받은 후 이를 사용·수익하지 아니한 채, 같은 달인 2016.5.24. 주식회사 BBB과 쟁점호텔건물에 대한 철거공사계약을 즉시 체결하고 철거공사를 진행하여 2017.1.24. 멸실등기를 경료하였으며, 이렇게 쟁점호텔토지로 조성한 타운하우스 시행사업의 부지에 양수법인이 2017.1.17. 이를 위한 건축허가를 받고 해당 신축공사를 진행하여 2019.12.4. 분양하는 신규시설이 준공된 점, 쟁점호텔건물은 2016.6.30.까지 영업에 사용되어 수입금액이 발생하였는데, 양수법인에게 이에 대한 소유권이전등기가 경료된 이후부터 철거가 개시되어 영업을 종료할 때까지 발생한 수입금액이 양수법인이 아니라 청구인에게 귀속되었고, 이와 관련하여 임대료를 수수한 사실도 확인되지 아니하는 점, 양수법인이 쟁점호텔건물의 공급과 관련하여 매입세액 공제를 받은 사실이 없으며, 양수법인이 쟁점부동산의 매매대금 전부를 건설용지 계정으로 회계처리한 점 등을 종합적으로 고려할 때, 경제적 실질의 관점에서 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결할 당시 쟁점호텔건물은 철거하기로 거래당사자 간에 합의하여 쟁점호텔토지만을 실질적인 매매의 목적물로 삼았던 것으로 보이는 측면이 있고, 쟁점호텔건물은 철거를 전제로 쟁점호텔토지만을 타운하우스 시설의 신축·분양을 위한 부지로 사용할 목적으로 쟁점부동산에 대하여 매매거래를 한 사실이 인정되므로 실질적으로 그 매매대금은 쟁점호텔토지에 대한 급부의 대가로 약정(실지거래가액)된 것으로 봄이 타당한바, 처분청이 쟁점부동산에 대한 이 건 매매계약 당시 실제 이미 철거가 예정되어 그 거래당사자 간에 가치가 없는 것으로 보아 거래된 사실이 인정되는 쟁점호텔건물에 대하여 청구인에게 이 건 2016년 제1기 부가가치세를 부과한 것은 당시 시행된 구

「부가가치세법」제29조

제9항에 위배되는 잘못된 처분으로 판단된다(조심 2018부4509, 2019.8.6. 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.