조심 2018부4509 (2019.08.06)

OOO세무서장이 2018.5.14. 청구인에게 한 2017년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 외 2필지 대지 1,096.9㎡(이하 “쟁점호텔토지”라 한다) 및 건물 6,695.28㎡(OOO, 지하2층～지상10층, 이하 “쟁점호텔건물”이라 하고, 쟁점호텔토지와 합하여 “쟁점①부동산”이라 한다)과 같은 동 306 대지 596.1㎡(이하 “쟁점사우나토지”라 한다) 및 건물 1,858.03㎡(OOO사우나, 지하 2층～지상 4층, 이하 “쟁점사우나건물”이라 하고 쟁점사우나토지와 합하여 “쟁점②부동산”이라 하며 쟁점①부동산과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)에서 호텔.사우나 서비스업을 영위하다가 2017.3.15. 주택건설업을 영위하는 OOO 주식회사(이하 “양수법인”이라 한다)에게 쟁점①부동산을 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원), 쟁점②부동산을 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)에 매각하고, 건물가액은 없는 것으로 보아 건물 양도에 따른 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 과세대상이 되는 건물(쟁점호텔건물, 쟁점사우나건물)과 면세재화인 토지(쟁점호텔토지, 쟁점사우나토지)의 가액이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분하여 쟁점호텔건물 가액을 OOO원, 쟁점사우나건물 가액을 OOO원으로 결정하고, 2018.5.14. 2017년 제1기 부가가치세 OOO을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.7.31. 이의신청을 거쳐 2018.10.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2012년～2013년 쟁점부동산을 취득하였으나, OOO에 신규호텔 등이 우후죽순 들어서면서 기대와 달리 영업이 잘 되지 아니하였고, 마침 주택건설업을 영위하는 양수법인이 2016년 9월경 도시형생활주택(주거용오피스텔)을 건축하기 위하여 쟁점사우나토지를 매각할 것을 제안하였는바, 양수법인 입장에서는 건물이 필요가 없으므로 청구인이 건물을 철거한 후 나대지 상태로 매각하기를 원했으나, 청구인 입장에서는 건물을 철거하였는데 양수법인이 계약을 파기할 위험이 있어 이를 수용할 수 없었고, 각자의 법률사무소와 세무대리인의 자문을 얻어 거래실질을 그대로 반영하여 양수법인이 건물을 매수한 후 철거하되 그 가액은 없는 것으로 하기로 하였다.

(2) 이에 청구인은 양수법인에게 쟁점②부동산을 OOO원(건물 OOO원, 토지 OOO원)에 매각하기로 구두계약한 후 2016.10.6.～2017.11.18. 계약금으로 OOO원을 수령하였고, 계약서는 그 즈음에 매각협상이 시작된 쟁점①부동산이 매매되면 그 때 작성하기로 하였는바, 양수법인의 OOO 사장은 쟁점호텔토지까지 매수하여 아파트로 사업규모를 확대하고자 하였으나, 당시 양수법인은 이미 다른 토지를 대규모로 매수하여 개발사업을 추진하는 상태여서 쟁점호텔토지까지 추가로 매수하여 아파트 신축을 단독으로 진행할 여력이 없었고, 이에 지주인 청구인과 시행사인 양수법인이 아파트 사업을 공동으로 진행하기로 합의(일종의 지주공동사업)하였다.

청구인과 양수법인 간의 구두합의사항을 구체적으로 보면, 청구인과 양수법인은 ① 쟁점호텔토지를 사업부지에 추가함으로써 양수법인의 사업수지가 증가하니 쟁점호텔토지의 매매가액에 사업수지 중 그 기여분을 반영하고, ② 쟁점호텔토지 소유권 이전 시점에 매매가액을 전액 지급할 필요는 없으며 이를 분양시점에 지급하되, 예상되는 미지급금액에 대해서는 사업허가 등의 리스크를 감안하여 토지 가격에 반영하며, ③ 분양 시점에 분양실적의 저조로 인해 미지급된 금액에 대해서는 청구인에게 미분양아파트를 준공시점까지의 기간을 비례 반영하여 할인 판매하기로 하였다.

(3) 이러한 몇 차례의 협상 끝에 청구인은 양수법인에게 쟁점①부동산을 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)에 양도하기로 되었고, 2017.1.16. 쟁점①부동산과 쟁점②부동산의 매매계약서를 서면으로 작성하였는바, 쟁점①부동산 양도에 대한 계약금 OOO원은 청구인이 양수법인에게 편의를 제공하여 계약일(2017.1.16.)이 아닌 2017.1.20.에서야 지급되었고, 총 매매가액 중 OOO원을 지급받지 못하고 소유권을 이전한 후 6차례에 걸쳐 OOO원을 수령하여 2017년 12월 말 현재 OOO원을 미수령한 상태이다(이후 대물변제로 정산완료됨). 청구인은 위와 같은 합의 등으로 인해 거금을 상당기간 수령하지 못하였음에도 미수금을 회수하기 위하여 법적조치를 취하거나 담보를 제공받은 사실이 없다.

(4) 이처럼 쟁점부동산을 매매하는 과정에서 청구인과 양수법인은 건물가액을 OOO원으로 하기로 합의하였고, 쟁점호텔건물과 쟁점사우나건물은 20년이 경과한 노후건물로, 두 건물을 철거하여 주택을 건설하고자 하는 양수법인 입장에서는 사용가치가 없어서 건물의 가액을 없는 것으로 하여 토지의 가액으로만 거래한 것이고, 양수법인은 2017년 5월 아파트를 신축하고자 건축허가를 받았다.

(5) 처분청은 쟁점①부동산 사업장OOO의 당기순이익을 합산하여 양도일 현재 연 OOO원 상당의 당기순이익이 발생하는 쟁점호텔건물과 쟁점사우나건물을 대가 없이 양도하였다고 보기 어렵다는 의견이나, 각 사업장은 별개의 사업장이므로 당기순이익을 합산할 이유가 없고, 처분청의 주장대로라면 쟁점①부동산 사업장만 이익이 발생하고 있으므로 쟁점①부동산의 양도가액에는 건물가액이 포함되어 있고, 쟁점②부동산의 양도가액에는 건물가액이 포함되어 있지 않은 것으로 보아야 할 것이다.

(6) 처분청은 쟁점호텔토지의 공시지가는 쟁점사우나토지에 비하여 26.1% 높은데 반해, 매매가액은 81.3% 높아 고층 건물이 있는 쟁점호텔토지의 매매가액이 55.2%만큼 과다하게 책정되었으므로 쟁점호텔토지의 매매가액에는 호텔 건물가액과 비품 등의 자산가치가 상당히 포함되어 있는 것으로 봄이 타당하다는 의견이나, 쟁점사우나토지에 비해 쟁점호텔토지를 비싸게 매각한 이유는 위 매각경위(쟁점호텔토지 매각협의시에는 지주공동사업 개념이 추가됨)에서 설명한 바와 같고, 개별공시지가는 표준화된 기준에 따를 수밖에 없으므로 양 토지의 가치를 온전하게 반영하였다고 보기 어렵다.

(7) 쟁점호텔토지는 공시지가의 4.82배, 쟁점사우나토지는 공시지가의 3.36배에 매각되었는바, 처분청이 이러한 매각액이 평균적인 아파트건축용 토지의 거래가액보다 비정상적으로 높으니 토지 양도가액에 건물가액이 포함되어 있다고 주장했으면 납득이 되었을 것이나, 청구인의 상식으로는 이 건 토지 매각액이 평균적인 아파트건축용 토지의 거래가액보다 높지 않다.

(8) 따라서 쟁점부동산의 양도가액에는 건물분의 가치가 포함되어 있지 아니하고, 설령 포함되어 있더라도 건물의 가치에 해당하는 부분은 재화의 공급에 따른 대가가 아니라 건물철거에 따른 손실보상에 불과하므로 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점①부동산은 대로변에 위치하고 쟁점②부동산은 동일블록 뒤편에 위치하여 쟁점①부동산의 토지가액이 다소 높을 수는 있으나, 쟁점①부동산과 쟁점②부동산은 바로 인접한 부동산으로, 위치 요소 외에 토지가치를 극단적으로 차이 나게 하는 다른 외적 요인은 확인되지 아니하므로 쟁점①부동산과 쟁점②부동산의 양도금액은 서로 비슷하거나 대로변에 위치한 쟁점①부동산의 가치가 다소 큰 것으로 나타나야 한다.

그러나, 청구인의 주장대로 건물분 양도가액을 “OOO원”으로 보면, 쟁점호텔토지와 쟁점사우나토지의 양도가액은 3.3㎡당 1.8배의 차이가 나는 것으로 나타나는바OOO, 이는 장부가액을 기준으로 토지와 건물은 안분계산하여 산출한 토지분 가액OOO과 기준시가를 기준으로 토지와 건물은 안분계산하여 산출한 토지분 가액OOO에 비하여 과도한 것으로 보인다.

(2) 쟁점①부동산과 쟁점②부동산 양도시 쟁점호텔건물의 잔존가액은 OOO원, 쟁점사우나건물의 잔존가액은 OOO원인 것으로 나타나고, 이는 2012년과 2013년 취득시와 비교할 때, 90% 이상의 잔존가치가 남아있는 것이며, 사용승인일이 각 1994년과 1996년으로 건물의 기존내용연수(철근콘크리트조, 40년)가 경과하지 않은 건물이므로 노후화에 따른 잔존가치가 없는 건물이라고 보기도 어렵다.

(3) 부가가치세 신고 및 신용카드 매출내역 등을 보면, 쟁점①부동산과 쟁점②부동산에서는 양도직전까지 정상적인 영업활동이 이루어진 것으로 보이고, 청구인의 종합소득세 신고내역을 보면, 2016년 귀속 당기순이익이 OOO원 정도에 이르는 등 쟁점부동산은 이익을 창출하는 자산가치 있는 부동산으로 확인되는바, 청구인의 양도가액에는 건물가액이 포함되어 있는 것으로 보이므로 토지와 건물의 기준시가로 안분하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

철거예정인 건물 양도를 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2016.12.20. 법률 제14387호로 개정된 것)

제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27838호로 개정된 것)

제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 전산자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 2012.7.6..2013.3.13. 쟁점부동산에서 호텔업 등을 개업하여 이를 영위하다가 2017.4.10. 폐업한 개인사업자이다.

(나) 청구인은 2017.4.10. 쟁점부동산의 건물분 과세표준을 OOO원으로 하여 2017년 제1기 부가가치세 신고를 하였고, 처분청은 과세대상이 되는 건물(쟁점호텔건물, 쟁점사우나건물)과 면세재화인 토지(쟁점호텔토지, 쟁점사우나토지)의 가액이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분하여 쟁점호텔건물 가액을 OOO원, 쟁점사우나건물 가액을 OOO원으로 결정하여 2018.5.14. 청구인에게 이 건 처분을 하였다.

(다) 청구인의 2016년 귀속 종합소득세 신고내용에 의하면, 수입금액 및 소득금액 신고내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

(라) 쟁점부동산의 장부가액은 아래 ＜표3＞과 같다.

(2) 양수법인은 쟁점부동산 및 인근 부동산OOO을 아래 ＜표4＞와 같이 양수하였고, 건물가액을 OOO원이라고 가정할 때, 쟁점②부동산 대비 각 부동산의 공시지가비율, 매매가액 비율, 공시지가 대비 매매가액의 할증률은 아래 ＜표5＞와 같은바, 처분청은 비교대상1, 2 부동산의 경우 쟁점②부동산과 비교하면 공시지가 비율 대비 매매가액 할증율은 2% 내외이나, 쟁점①부동산의 할증율은 55.2%로 공시지가 대비 크게 할증된 것으로 나타난다는 의견이다.

(3) 청구인이 2017.1.16. 양수법인에게 쟁점부동산을 매각하는 매매계약서의 주요내용은 아래 ＜표6＞과 같다.

(4) 청구인의 양도소득세 신고내용은 아래 ＜표7＞과 같은바, 청구인은 위 ＜표6＞의 매매계약서를 첨부하여 건물분 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

(5) 양수법인이 쟁점①부동산과 쟁점②부동산의 취득세 신고시 제출한 매매계약서에 의하면, 건물가액을 OOO원으로 한다는 특약사항은 기재되어 있지 아니한 것으로 나타난다.

(6) 과세사실판단자문위원회 진행시 양수법인이 취득세를 신고하면서 첨부한 매매계약서상 건물가액을 OOO원으로 한다는 내용이 없는 매매계약서를 첨부한 이유에 대하여, 청구인은 OOO에서 작성한 위 ＜표6＞의 계약서에 대하여만 알고 있고, 법무사가 등기용 계약서를 다시 작성한 것이라고 주장하며 법무사 OOO 확인서(소유권이전등기시 필요한 매매계약서는 원본이어야 하는데, 잔금지급일까지 상당기간이 경과되면 양수인이 계약서를 지참하지 않는 경우가 있으므로 은행에서 가지고 있는 계약서 사본을 이용해 계약서를 재작성하여 등기업무 및 취득세 신고업무를 하고 있는바, 등기용 계약서는 편의상 특약사항 등을 기재하지 않는 약식으로 작성하고, 이렇게 하더라도 원시 계약서의 효력이 훼손되는 것이 아니므로 당사자 사이에 분쟁이 발생하지 않으며, 이 건 등기용 계약서도 본인이 재작성한 것임), OOO 확인서(신분증 사본 첨부, 양수법인의 대출심사를 위해 작성된 매매계약서는 ＜표6＞의 매매계약서임)를 제출한 것으로 나타난다.

(7) 과세사실판단자문위원회 의결결과 통보서(2018.1.29.)에 의하면, “양도일 현재 장부상 건물의 자산가치가 OOO원으로 계상되어 있고, 양도시점까지 수익사업을 운영하고 있는 점, 비교대상1, 2 부동산 대비 매매가액이 과다한 점 등을 종합하면 구분표시된 건물가액 OOO원이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정할 수 없다”고 기재되어 있다.

(8) 부동산등기사항증명서, 건축물대장 등에 의하면, 쟁점①부동산과 쟁점②부동산의 현황은 아래 ＜표8＞과 같이 나타난다.

(9) 청구인이 제출한 증빙서류의 주요내용은 다음과 같다.

(가) OOO이 양수법인 등에 송부한 “건축물 철거신고 수리사항 알림OOO” 및 “건축(신축)허가서 교부OOO” 공문 등에 의하면, 양수법인은 2017.5.10. 쟁점호텔토지와 쟁점사우나토지에 주상복합아파트(지하3층, 지상 13층, 1동, 아파트 151세대, 오피스텔 33호, 소매점 11호)의 건축허가를 받고, 2017.7.21. 쟁점호텔건물과 쟁점사우나건물의 철거신고(철거일 : 2017.7.22.～2017.10.30.)가 수리되었으며, 2017.8.28. OOO 주식회사 등과 쟁점호텔토지와 쟁점사우나토지를 포함한 OOO 외 5필지에 주상복합(근린생활시설, 오피스텔, 아파트)건물 신축공사 도급계약을 체결한 것으로 나타난다.

(나) 청구인은 쟁점②부동산에 도시형생활주택을 신축하는 것으로 양수법인과 논의하다가 쟁점①부동산까지 매각하여 아파트를 신축하는 것으로 논의가 이어졌다는 증빙으로 메일 수신내역(양수법인 회사직원인 OOO이 2016.9.6. “OOO 오피스텔 신축계획안”을 송부함, OOO이 2016.12.30. 건축사무소로부터 받은 “2016.12.30. OOO 주상복합 아파트 신축계획안.pdf” 파일을 송부함)을 제출하였다.

(다) 청구인은 쟁점①부동산과 쟁점②부동산의 양도대금으로 아래 ＜표9＞와 같이 OOO원을 받지 못하다가 2019.3.15. 대물변제로 정산되었다는 증빙으로 금융거래내역, 양수법인의 확인서OOO, 양수법인의 대차대조표(2017.12.31. 기준 OOO원이 미지급금으로 계상되어 있음), 청구인과 양수법인간 정산합의서OOO를 제출하였다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점호텔건물과 쟁점사우나건물의 양도를 재화의 공급으로 보아 이 건 부가가치세를 부과하였으나, 처분청이 과세대상으로 한 쟁점호텔건물과 쟁점사우나건물은 주택건설업을 영위하는 양수법인이 이를 취득한 후 철거할 예정이어서 청구인과 양수법인은 건물의 가액을 없는 것으로 하고 토지의 가액으로만 거래한 것으로 보이는 점, 양수법인은 쟁점호텔건물과 쟁점사우나건물을 철거한 다음 그 부지 위에 주상복합아파트를 신축할 사업계획을 가지고 있었고, 실제로 2017.1.16. 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결한 후 2017.5.10.부터 2017.7.21.까지 해당 부지에 주상복합아파트를 신축하는 건축허가를 받고, 쟁점호텔건물과 쟁점사우나건물의 철거.멸실신고를 한 점, 청구인은 2017.3.15. 쟁점부동산을 양수법인에게 양도하면서 2017.4.10. 호텔 및 사우나 서비스업과 관련한 개인사업자등록을 폐지한 점 등에 비추어 계약 당시 이미 철거가 예정되어 그 가치가 OOO원으로 거래된 쟁점호텔건물과 쟁점사우나건물에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.