조심 2021구6646 (2022.07.18)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인 및 aaa 등은 2016.9.30. OOO㎡, 같은 동 OOO㎡ 및 그 지상 건물 OOO㎡[건물은 2003.9.5. 신축(사용승인)되었고, 이하 토지 및 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다]를 OOO원에 공동으로 매입하여 숙박업을 영위하다가 2018.5.3. 토지가액 및 건물가액을 각 OOO원 및 OOO원으로 하여 쟁점부동산을 주식회사 더푸른휴(이하 “매수법인”이라 한다)에게 양도하는 계약을 체결하였고, 2019.4.30. 쟁점부동산을 매수법인에게 OOO원에 양도하였다. 청구인은 이후 쟁점부동산 관련 공급가액을 OOO원으로 하여 부가가치세 신고를 하였다. 나. 처분청은 쟁점부동산의 토지가액 및 건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 「부가가치세법」 제29조 제9항 단서에 따라 안분계산한 OOO원을 쟁점부동산의 공급가액으로 하여 2021.4.7. 청구인에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정.고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.6.9. 이의신청을 거쳐 2021.10.19. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 매수법인은 일반적으로 인정된 관행에 따라 쟁점부동산의 매매계약을 체결하였다. 2019년 이전의 선결정례(OOO) 및 기획재정부 예규(OOO) 등에 따르면 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 일괄양도하면서 계약서상 토지 및 건물가액을 구분하여 표시하되, 건물가액은 없는 것으로 하고, 양수인이 양도받은 건물을 철거한 경우, 매매계약 체결 당시 건물의 철거가 예정되어 있었고, 실제 철거되었다면 이를 정상적인 거래로 보았다. 즉, 「부가가치세법」 개정 전까지는 건물의 가액을 OOO원으로 하더라도 이를 인정하는 것이 관행이었다. 그에 따라 매수법인은 쟁점부동산 매매계약이 세법상 문제가 없다고 보았고, 매매계약 체결 당시에는 「부가가치세법」 제29조 제9항 단서 조항도 없었다. 그리고 청구인은 매매계약서상 쟁점부동산을 일괄하여 양도한 것이 아니고 구분표시하여 양도하였다. 따라서 쟁점부동산의 토지가액 및 건물가액이 불분명하다고 볼 수 없다(당사자들은 과세관행이 인정된 시점에 계약을 체결하였으므로 당사자들에게 조세포탈이나 부가가치세를 납부하지 않으려는 의도도 없었음이 입증된다). (2) 건물의 철거 주체가 다르다고 하여 부가가치세 과세여부가 결정되는 것은 조세법률주의에 반한다. 매수법인은 주거복합신축사업을 하고자 하여 건물을 필요로 하지 않았고, 그에 따라 청구인이 쟁점부동산 중 건물을 철거한 후 나대지 상태로 매수하는 것을 원하였다. 따라서 매수법인의 입장에서 쟁점부동산 건물의 가치는 OOO원이 될 수밖에 없다. 그리고 매수법인은 쟁점부동산 중 건물의 철거를 전제하고 구입의사를 밝혔으나, 청구인의 입장에서는 건물을 철거한 후 계약이 성사되지 않았을 경우 경제적 손실이 발생하므로 이를 수용할 수 없었다. 만약, 청구인이 먼저 쟁점부동산 건물을 철거하였다면 토지만 매매되었을 것이다. 건물의 철거 주체가 다르다고 하여 부가가치세 과세여부가 결정되는 것은 조세법률주의에 반한다. 쟁점부동산 매매계약은 이를 감안하여 건물가액을 OOO원으로 하여 이루어졌다. (3) 처분청은 쟁점부동산 매매거래의 진정성을 확인하지도 않고, 매매계약상 토지가액 및 건물가액을 합리적인 가액구분으로 볼 수 없다는 의견의 근거 또한 전혀 제시하지 못하면서 당사자간의 거래를 부인하고 있다. 처분청은 구 「부가가치세법」 제29조 제9항의 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액이 불분명한 경우’에 계약서상 토지의 가액과 건물의 가액이 명확하게 구분되어 있더라도 그것이 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함한다고 하면서 쟁점부동산 건물이 양도일까지 모텔로 이용되어 왔고, 재무제표상 장부가액이 있으므로 건물가액을 OOO원으로 보기 어려우며, 건물이 취득 후 바로 철거된 사정은 건물의 공급과 관련된 부가가치세 산정에 있어서 고려할 사항이 아닐 뿐만 아니라, 2019.1.1. 이후 재화가 공급된 건에 대해서는 위 조항을 적용하기 어렵다는 의견이다. 그러나 청구인은 법 개정 전에 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하였고, 매매당사자가 자유의사에 의하여 진정으로 쟁점부동산을 거래한 것이다. 청구인과 매수법인은 세법상 특수관계인에도 해당되지 아니한다. 또한, 쟁점부동산 건물의 장부가액이 있다고 하더라도 청구인은 모텔 매각을 목적으로 하였고, 매수법인은 매수 즉시 건물을 철거할 사정 및 관행을 감안하여 매매계약상 건물가액을 OOO원으로 하였다. 한편, 매수법인은 쟁점부동산 인근의 OOO㎡를 OOO구청으로부터 OOO원에 취득하였다(OOO원). 쟁점부동산 중 토지의 면적은 OOO㎡이고, 토지가액은 OOO원이므로 OOO㎡당 거래가액은 OOO원이다. 매수법인의 인근 토지 취득시기(2019년 8월)가 쟁점부동산 매매계약 당시(2018년 5월)와 다소 차이가 있지만, 쟁점부동산 토지의 거래가액이 실지가액임을 짐작할 수 있다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점부동산은 「부가가치세법」 제29조 제9항 개정 후 소유권이 이전되었으므로 세법 개정 전 예규 및 선결정례에 따른 건물가액 산정은 인정하기 어렵다. 쟁점부동산의 실제 양도가 이루어진 2019.4.30. 당시를 기준으로 법령의 적용 여부가 결정되어야 하고, 명확한 법령이 존재할 때 관행보다 법령이 우선적으로 적용되어야 한다. 2018.12.31. 개정된 「부가가치세법」의 부칙 제16101호에는 개정된 세법이 2019.1.1.부터 시행되고, 이 법 시행 후 이루어진 재화나 용역의 공급에 대하여 적용된다고 규정되어 있다. 부동산의 공급시기는 이용가능하게 되는 때이고 특별한 사정이 없는 한 소유권 이전 등기일이므로 쟁점부동산의 공급은 소유권 이전등기 전에 개정된 「부가가치세법」의 적용을 받는다. (2) 매도인이 매수인에게 토지와 그 지상 건물을 함께 양도하는 경우, 매수인이 잔금을 지급한 후 토지와 건물을 인도받았다면 그 때 토지뿐만 아니라 건물 역시 매수인에게 공급된 것이다. 만약 매매당사자들이 매수인이 향후 지상 건물을 철거할 것이라는 이유만으로 매매계약서상 건물가액을 통상의 거래관행보다 현저히 낮은 금액으로 기재한 경우, 이를 그대로 받아들인다면 매매당사자들이 철거가 예정된 건물의 가액을 토지가액에 포함시켜 매매계약서를 작성하는 결과를 초래할 수 있다. 이는 국가의 징세권을 무력화시키므로 인정하기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되고, 2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다. 1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제53조의2 제1항의 개정규정은 2019년 7월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다. (2) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. 2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다. 3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 (3) 소득세법 제100조(양도차익의 산정) ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. ③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 등은 2016.9.30. 쟁점부동산을 공동으로 취득하였고(청구인 지분 100분의 45), 2018.5.3. 쟁점부동산 지분 전부를 매수법인에게 OOO원에 매도하는 계약을 체결하였으며 해당 계약서상 특약에는 다음과 같이 기재되어 있다. (2) 쟁점부동산의 소유권은 2019.4.30. 청구인 등으로부터 매수법인에게로 이전되었고, 청구인은 2019.5.7. 폐업하였으며, 쟁점부동산 건물은 철거되어 2019.7.10. 건축물대장에서 말소되었다(사용승인일 : 2003.9.5.). 한편, 처분청은 이의신청 결정일(2021.7.28.) 현재 쟁점부동산 소재지에서 주상복합아파트 신축 공사가 진행 중임을 확인하였다. (3) 처분청은 청구인 등의 양도 당시 쟁점부동산 중 토지 및 건물의 기준시가를 각 OOO원 및 OOO원으로 보아 쟁점부동산의 공급가액을 안분계산하였고, 쟁점부동산 중 건물의 공급가액을 OOO원으로 하여 이 건 과세처분을 하였다. (4) 청구인의 해당 사업장에서 2016년 제2기부터 2019년 제1기까지 부가가치세 과세기간 동안 신고된 부가가치세 과세표준 및 신용카드 등 매출액은 다음 ＜표1＞과 같고, 청구인의 해당 사업장에서는 2019년 5월에 합계 78건, OOO원의 매출이 발생하였다. ＜표1＞ 해당 사업장의 부가가치세 과세표준 및 신용카드 등 매출액 (5) 매수법인은 쟁점부동산 인근의 OOO㎡(지목이 2019.7.12. 도로에서 대지로 변경)에 대한 감정평가를 의뢰하였고, 해당 토지의 2019.8.2. 기준 감정가액은 OOO㎡당 OOO원으로 평가되었다. 매수법인은 이후인 2019.8.30. 해당 토지를 대구광역시 달서구로부터 OOO㎡당 OOO원에 매수하였다. ＜그림＞ OOO 토지의 도시계획도 이와 관련하여 해당 토지 및 쟁점부동산 토지의 2018년 및 2019년 개별공시지가 내역은 다음 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 쟁점부동산 토지 및 인근 토지의 개별공시지가 내역 (6) 청구인의 2018년(2018.1.1.∼2018.12.31.) 표준재무상태표상 쟁점부동산 토지 및 건물의 가액은 각 OOO원 및 OOO원이고, 청구인은 2019년(2019.1.1.∼2019.5.7.) 쟁점부동산 토지 및 건물을 각 OOO원으로 하여 표준재무상태표에 계상하였다. (7) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 양도가액 중 건물가액을 OOO원으로 인정하여야 한다고 주장하나, 「부가가치세법」 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 청구인이 구분한 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액이 기준시가에 의하여 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 점, 2018.12.31. 개정된 「부가가치세법」 제29조 제9항의 개정이유는 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로서 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점 등에 비추어 청구인이 일괄 양도한 쟁점부동산의 토지와 건물 가액의 구분에 대해 처분청이 기준시가에 의하여 안분 계산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2021서2536, 2021.6.29., 조심 2021서5426, 2021.11.23., 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.