조심 2009부3969 (2009.12.31)

OOO세무서장이 2009.8.19. 청구법인에게 한 2006년 제2기 부가가치세 21,589,930원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO 421.1㎡와 동 대지상의 근린생활시설(이하 “쟁점건물”이라 하고, 대지를 포함하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2006.7.21. 전소유자 OOO으로부터 매매대금 3억8천만원에 취득하였다가 2006.8.28. OOO에게 매매대금 4억5백만원에 양도하였으나, 쟁점건물 양도분에 대하여 부가가치세를 신고.납부하지 아니하였다. 나. 처분청은 쟁점건물의 양도를 사업용 자산의 양도로 보아 2009.8.19. 청구인에게 2006년 제2기 부가가치세 21,589,930원을 경정.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.21. 이의신청을 거쳐 2009.11.6. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점건물은 신축한지 6년이 경과한 조립식 건물로서 쟁점건물을 철거하고 새로운 다가구주택을 신축하려는 매수인에게는 사용가치가 없는 것으로, 쟁점부동산의 매매계약서상에 쟁점건물의 면적을 별도로 기재하지 아니하고 ‘위 대지상의 건축물도 명도하기로 한다’라고 부기한 것은 건축물을 매매목적물로 삼고자 한 것이 아니라 철거가 예정된 건물에 대한 소유권을 포기한다는 의미일 뿐이며, 청구법인이 쟁점건물에 대한 대가를 수수하지 않았을 뿐만 아니라, 계약당시 철거가 예정되어 사업에 공하지 아니할 것이 확실히 예견되는 쟁점건물의 무상양도에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 청구법인은 매매계약서에 쟁점건물을 토지와 함께 매매목적물로 표기하였고, 쟁점건물이 철거되지 아니한 상태에서 매매하였을 뿐만 아니라, 토지 및 건물가액을 별도로 구분하여 표시하지 아니하였으며, 청구주장과 같이 건물의 가액이 없는 것으로 매매되었는지 여부가 객관적으로 확인되지 아니하여 쟁점부동산의 양도에 대하여 「부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항에서 규정하고 있는 ‘토지의 가액과 건물의 가액이 불분명한 경우’에 해당된다고 보아 토지 및 건물가액을 기준시가에 의하여 안분계산한 후 건물가액에 대하여 이 건 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 쟁점건물의 양도를 사업용 자산의 양도로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부 나. 관련법령 (1) 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제13조【과세표준】 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 (2) 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제48조의2【과세표준의 안분계산】 ④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. 1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청의 이 건 관련 ‘사업용 건물 양도시 부가가치세 과세여부 검토서(2009.6.26.)’에 의하면, 청구법인의 부가가치세 신고내용을 검토한 바, 부동산매매계약서상에 토지 및 건물의 면적과 그 가액이 구분되어 있지 아니하고, 이에 대하여 부가가치세 신고가 누락되었으므로 기준시가에 의하여 쟁점건물의 공급가액을 안분계산하여 부가가치세를 결정.고지한다고 기재되어 있고, 국세통합시스템에 의하여 확인된 쟁점부동산 중 토지의 2006년도 개별공시지가는 218,972,000원으로, 쟁점건물의 기준시가는 127,309,200원으로 각각 확인되므로 기준시가에 의하여 안분한 쟁점건물의 부가가치세 과세표준은 143,616,951원으로 계산된다고 기재되어 있다. (2) 이에 대하여 청구법인은 쟁점부동산에 전세로 입주하여 사업을 영위하다가 쟁점부동산을 취득하였으나, 자금압박 등의 어려움을 겪던 중 원룸 신축업자 OOO이 요청하여 쟁점부동산을 매도하는 과정에서, 세법에 무지하여 쟁점건물을 철거하지 아니한 상태에서 토지를 양도하였으나, 쟁점건물은 낡은 조립식 건물로서 철거가 예정되어 사업에 공하지 아니할 것이 확실하였기 때문에 별도의 대가를 받지 아니하였는데, 쟁점건물의 양도를 사업용 자산의 양도로 보아 부가가치세를 과세한 것은 부당하다고 주장하며, 쟁점건물의 일반건축물대장 및 등기부등본 등을 증빙으로 제출하였으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 쟁점건물은 2000년 4월경 쟁점부동산 중 토지를 취득한 전소유자 OOO이 신축하여 2000.8.23. 소유권 보존등기를 한 것으로 지하1층, 지상2층, 연면적 416.64㎡의 철골조 건물이며, 주용도는 1.2종 근린생활시설이고, 지붕은 샌드위치판넬로 되어 있다. (나) 청구법인은 쟁점부동산을 2006.7.21. OOO으로부터 매매대금 3억8천만원에 취득하였다가 2006.8.28. OOO에게 매매대금 4억5백만원에 양도하였는 바, 청구법인이 법인세 신고시 제출한 계정별원장(토지)에는 쟁점부동산 취득시의 장부가액이 토지 3억8천만원으로 기재되어 있고, 양도시의 장부가액이 토지 3억8천만원에 취득세 및 등록세가 포함된 3억9,748만원으로 기재되어 있으며, 유형자산처분이익 원장에는 쟁점부동산을 4억5백만원에 매각함에 따라 752만원의 매각이익이 발생하였다고 기재되어 있고, 청구법인이 동 과세기간의 부가가치세 신고시 쟁점건물의 매입분에 대하여 매입세액을 공제받은 사실은 없는 것으로 확인된다. (다) 청구법인과 OOO이 2006.8.28. 체결한 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면, 토지의 지목은 대, 건물의 구조 및 용도는 근린생활시설(철근 및 철골조)로 되어 있으며, 면적은 쟁점건물의 면적이 구분.기재되지 아니한 채, 토지 전체면적(421.1㎡)로 기재되어 있고, 매매대금은 토지 및 건물의 가액이 구분되지 아니한 채, 총액으로 4억5백만원이 기재되어 있으며, 특약사항에 ‘위 대지상의 건축물도 명도하기로 한다’고 되어 있다. (라) 쟁점부동산의 청구법인 직전 소유자가 의뢰하여 주식회사 OOO감정평가법인 OOO지사가 2005.10.6. 가격시점으로 쟁점부동산을 감정평가한 바에 의하면, 토지는 311,614,000원, 쟁점건물은 89,148,400원인 바, 합계금액 400,762,400원은 쟁점부동산 매매가액 405,000,000원과 비슷한 것으로 나타난다. (마) 청구법인으로부터 2006.8.28. 쟁점부동산을 매수한 OOO은 매수일로부터 약 3개월이 지난 2006.11.14. 건축허가를 받고, 2006.11.30. 쟁점건물을 철거 멸실한 후, 쟁점부동산의 대지에 지상 4층, 연면적 657.74㎡의 다가구주택을 신축하여 2007.5.10. 소유권 보존등기를 한 것으로 확인된다. (3) 이상의 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점건물이 신축한지 6년 밖에 경과되지 아니한 건물로 잔존가액이 남아 있는 것으로 보이는 점을 감안하여 쟁점부동산의 양도를 사업용 자산의 양도에 해당된다고 판단하였으나, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한지 1개월만에 다가구주택을 신축하고자 하는 매수인에게 쟁점부동산을 양도하였고, 청구법인으로부터 쟁점부동산을 매수한 OOO이 매수일부터 약 3개월이 지난 시점에 다가구주택에 대한 신축공사 허가를 받았으며, 곧바로 쟁점건물을 멸실한 점으로 보아 쟁점건물은 쟁점부동산 양도당시부터 철거가 예정되어 있었던 것으로 보이는 점, 쟁점부동산의 매매계약서상 매매목적물에 토지의 면적만이 기재되어 있을 뿐, 건물의 면적이 별도로 구분되어 있지 아니하고, 매매대금 또한 일괄기재되어 있는 반면, 특약사항에 ‘위 대지상의 건축물도 명도하기로 한다’고 기재되어 있음에 비추어, 동 매매계약은 토지의 양도를 위한 것이고, 건축물의 명도표시는 단지 철거가 예정된 쟁점건물에 대한 소유권을 포기한다는 의미일 뿐이라는 청구주장이 쟁점건물에 대한 대가를 수수하지 아니하였다는 사실을 입증하지 못한다는 처분청 의견에 비해 더 설득력이 있는 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점부동산 취득후 토지만 매입한 것으로 장부를 기장하였고, 쟁점건물에 대하여 부가가치세 매입세액을 공제받은 사실이 없는 점 등으로 보아 청구법인은 쟁점부동산 중 토지만 양도하였고, 쟁점건물은 매수자가 철거하는 조건으로 무상양도하였다는 청구주장이 신빙성이 있는 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점건물을 토지와 함께 유상양도된 사업용 자산으로 보고, 기준시가에 의하여 쟁점건물의 과세표준을 안분계산하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 할 것이다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.