총수입금액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업자가 제163조제1항 후단에 따른 전자계산서를 2027년 12월 31일까지 발급(제163조제8항에 따라 전자계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하는 경우로 한정한다)하는 경우에는 전자계산서 발급 건수 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액을 해당 과세기간의 사업소득에 대한 종합소득산출세액에서 공제할 수 있다. 이 경우 공제한도는 연간 100만원으로 한다.(2024.12.31 개정)
제56조의3제1항의 개정규정은 2022년 7월 1일 이후 공급하는 재화 또는 용역에 대한 전자계산서를 발급하는 경우부터 적용한다. [2021.12.08 법률 제18578호 부칙 제2조]
제1항에 따른 세액공제를 적용받으려는 사업자는 제70조 또는 제74조에 따른 과세표준확정신고를 할 때 재정경제부령으로 정하는 전자계산서 발급 세액공제신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.(2025.10.01 개정)