조심 2021지1942 (2022.12.05)

OOO시장이 2020.12.10. 및 2020.12.15. 청구법인에게 한 ＜별지1＞ 기재 경정청구 거부처분은 이를 각 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 반도체 및 관련제품의 제조, 판매업 등을 영위하는 법인으로, 1997년 11월경 일반산업단지로 지정된 OOO지방산업단지(OOO) 개발계획을, 1999년 5월경 OOO지방산업단지 실시계획을 각 승인받고 사업시행자로 지정되었다.

나. 청구법인은 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같이 OOO 일대(이하 “제1토지”라 한다)에 6개동의 건축물(연면적 147,893.88㎡, 이하 “제1건축물”이라 한다)을 신축 또는 증축하여 취득하고, 제1건축물이 「택지개발촉진법」에 따른 택지개발지구에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조에 따른 도시형 공장을 신축 또는 증축하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다며, 2015.10.20.~2016.12.26. 기간 동안 처분청에 「OOO 도세 감면조례」(2015.3.3. OOO조례 제4859호로 개정되어 2017.4.12. OOO 조례 제5564호로 개정되기 전의 것) 제7조 제2항 또는 제11조 제2항의 75%의 경감율을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

＜표1＞ 제1건축물 현황

OOO

＜표2＞ 제1건축물 취득신고 내역

OOO

다. 청구법인은 아래 ＜표3＞ 및 ＜표4＞와 같이 제1토지에 건축물 2개동(연면적 56,067.51㎡, 이하 “제2건축물”이라 하고, 제1건축물을 포함하여 “OOO 17라인”이라 한다)을 신축하여 취득한 후, 2017.7.28. 및 2018.9.14. 처분청에 그 취득가액을 과세표준으로 하고

「지방세법」제11조

제1항 제3호의 세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

＜표3＞ 제2건축물 현황

OOO

＜표4＞ 제2건축물 취득신고 내역

OOO

라. 청구법인은 2015.8.21. OOO 일대(이하 “제2토지”라 한다)에 건축물 1개동(연면적 534.7㎡, 착공일 : 2014.11.20., 과세물건 : H2 15라인, 이하 “OOO 15라인”이라 한다)을 신축하여 취득한 후, 2015.10.20. 처분청에 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호 개정된 것, 위 OOO조례를 포함하여 이하 “개정 규정”이라 한다) 제78조 제3항 제1호에 따른 감면율 35%와 「OOO 도세 감면조례」제9조에 따른 감면율 25%를 합한 60%의 감면율을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

마. 이후 청구법인은 2020.10.16. 처분청에 경정청구를 하여, OOO 15라인 및 17라인 각 건축물의 취득을 위한 원인행위(착공)가 2014.12.31. 이전에 이루어져 2014.12.31. 개정된 「지방세특례제한법」부칙 제14조 및 2015.3.3. 개정된 「OOO 도세 감면 조례」부칙 제3조(「지방세특례제한법」부칙 제14조를 포함하여, 이하 “일반적 경과조치”라 한다) 또는 신뢰보호의 원칙에 따라 2014.12.31. 개정되기 전의

「지방세특례제한법」제78조

제3항 제1호 및 2015.3.3. 개정되기 전의 「OOO 도세 감면조례」제7조 제2항(이하

「지방세특례제한법」제78조

제3항 제1호를 포함하여, 이하 “종전 규정”이라 한다)에 따른 100% 감면율이 적용되어야 한다며 취득세 등 합계 OOO원의 환급을 요구하였으나, 처분청은 2020.12.14. 및 2020.12.16. ＜별지1＞ 기재와 같이 이를 거부하였다(이하 “이 건 경정청구 거부처분”이라 한다).

바. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다 할 것이다(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결 참조).

또한 조세심판원(조심 2019지2072, 2019.10.22.)도 위 판례의 취지와 같이 납세의무자의 신뢰보호를 위해 2015년에 준공된 산업단지에 대하여 개정전 법률에 따라 취득세를 면제하여야 한다고 결정한 바 있다.

(2) 특히 대법원 및 조세심판원은, 이 건과 같이 원인행위 착수시기에는 「OOO 도세 감면조례」에 취득세 면제 규정이 있었으나, 납세의무 성립시인 취득시에 시행 중인 「OOO 도세 감면조례」에서 면제규정이 폐지 또는 변경된 경우에는 원인행위 착수시기의 감면조례가 적용되어야 한다고 직접적으로 판단한 바 있다(대법원 2011.1.27. 선고 2008두15039 판결, 조심 2016지458, 2017.2.22., 같은 뜻임).

(3) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는 ① 조세법령의 개정전에 과세요건과 관련된 직접적인 원인행위가 존재하여야 하고, ② 조세법령의 개정에 있어 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과규정(일반적 경과조치)을 두고 있어야 하며, ③ 종전 법령이 지속될 것이라는 신뢰에 납세의무자의 귀책사유가 없어야 한다.

(4) 청구법인은 일반산업단지로 지정된 OOO지방산업단지의 사업시행자로, 1997년 11월경 OOO지방산업단지 개발계획을, 1999년 5월경 OOO지방산업단지 실시계획을 각 승인받고, 위 ＜표1＞과 ＜표3＞ 등과 같이, 2012년 8월경부터 2014년 11월경까지 OOO 15라인 및 17라인에 대한 공사를 착공하여, 2015년 8월경부터 2018년 7월경까지 OOO 15라인 및 17라인의 각 건축물을 취득하였는데, 감면율 인하의 입법예고가 있기 전에 그 취득과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위를 하였다.

(5) 산업단지 등에 대한 취득세 감면규정은 1995년 구「지방세법」에서 신설되었고, 2010.3.31. 제정된

「지방세특례제한법」제78조

로 이관된 후 계속하여 일몰기한이 연장되어 오다가 2014.12.31. 감면율이 35%로 축소되면서 부칙 제14조에서 경과규정(일반적 경과조치)을 두었다.

또한, 택지개발지구에서 도시형 공장을 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면규정(100% 감면)은 2005.6.13. OOO조례 제3413호로 개정된 「OOO 도세 감면조례」에서 신설되었고, 2015.3.3. 개정된 「OOO 도세 감면조례」에서 감면율을 75%로 축소하면서 부칙 제3조에서 경과규정(일반적 경과조치)을 둠과 동시에 일몰기한을 설정(2016.12.31.)하였다.

(6) 청구법인은 약 10~30년간 계속된 「OOO 도세 감면조례」 및 「지방세특례제한법」상의 취득세 면제규정을 신뢰하여 산업단지 및 도시형 공장 개발사업을 수행하였고, 특히 OOO사업장 15라인 및 17라인의 신축공사 착공 당시에도 감면율이 인하되는 내용의 입법예고 등 과세당국의 어떠한 공적인 견해 표명이 없어 완공할 때까지 취득세 면제규정이 유지될 것이라고 기대함에 무리가 없었다.

따라서, 청구법인이 개정 규정의 시행 후인 2015.1.1. 이후에 OOO 15라인 및 17라인의 각 건축물을 신축하여 취득하였다고 하더라도 일반적 경과조치나 신뢰보호의 원칙에 따라 종전 규정을 적용하여야 하는바, 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 경과 규정(일반적 경과조치)에 따라 개정전 법령이 적용되기 위해서는 납세의무자가 개정 전 법령에 따른 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않으면 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 2015.12.23. 선고 2015두36645 판결 등 참조).

한편 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않다면, 법률불소급의 원칙상 납세의무가 성립한 당시의 법령에 따라 지방세 감면이 적용되어야 할 것(대법원 2010.11.11. 선고 2008두5773 판결 참조).

(2)「OOO 도세 감면조례」는 2015.3.3. 개정되기 전까지 부칙에서 적용시한을 규정하고 있었으므로, 그 이전까지의 조례의 개정은 엄밀히 말하여 제정된 것이어서 개정과는 달리 보아야 한다.

특히 대법원은 구「조세특례제한법」에서 2012.12.31.까지 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 50%를 감면한다고 보장하고서도 그 감면기간이 종료되기 전인 2011.1.1. 감면규정이 불리하게 개정된 사안에서 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하다고 판시하였다(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결 참조).

또한, 대법원은 경과 규정에서 종전 규정에 따라 장래 비과세요건을 충족하는 경우에 일정한 기간 내에는 이를 특별히 비과세한다는 취지로 규정되어 있지 않는다면 종전 규정에 따라 신뢰를 보호할 필요가 없다고 판시하였다(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결 참조).

나아가 최근 OOO법원도 소규모 공동주택에 관한 일반적 경과조치가 문제된 사안에서 종전 규정에 따른 감면조항을 적용받을 수 있으리라고 신뢰하는 것은 단순한 기대에 불과하다고 판시하였다(서울행정법원 2020.2.16. 선고 2020구단65268 판결 참조).

(3) 종전 규정의 일몰이 도래하기 이전에는 쟁점건축물의 실체가 존재하지도 않은 상태이므로, 취득의 원인행위로서 ‘착공’하는 행위 자체만으로는 과세요건의 충족과 밀접하게 관련되어 ‘일정한 법적 지위를 취득’하거나 ‘법률관계를 형성’하였다고 볼 수 없다.

(4) 나아가 종전 규정은 일몰기한을 정하고 있는 것과 다름 아니어서 2015.1.1. 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있음을 예상할 수 있었다.

따라서 청구법인이 개정 규정의 시행 후인 2015.1.1. 이후에 OOO사업장 15라인 및 17라인의 각 건축물을 신축하여 취득하였다고 하더라도 일몰 도래 후에 취득한 이 건의 경우 취득세가 면제될 것이라고 신뢰할 정도에 이르렀다고 보기 어려우므로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

취득세 감면(100% 면제)에 관한 종전 규정을 신뢰하여 쟁점건축물의 취득을 위한 원인행위(착공)를 하였으므로, 쟁점건축물 취득시 시행 중인 개정 규정(2021지1942 : 75% 경감, 2021지1943 : 60% 경감)에도 불구하고 일반적 경과조치 등에 따라 종전 규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(가) 청구법인은 1999년 5월 OOO 지방산업단지 실시계획을 승인받아 2005.6.17. 제2토지를 취득하였고, 국토해양부고시 제2008-15호(2008.3.28., 고시도면 포함) 및 등기사항전부증명서 등에 의하면 OOO 일원을 OOO 택지개발예정지구로 지정(변경)하고, 사업시행자를 한국토지공사로 지정한 사실과 제1토지 및 제2토지가 택지개발지구 내 일반공업지역인 사실이 각 확인되며, 청구법인이 2008.7.31. OOO로부터 제1토지의 소유권을 이전받은 사실이 나타난다.

(나) 청구법인은 수도권에 위치한 완공된 산업단지인 기존 부지 옆에 새로운 산업단지를 조성하는 것은 사실상 불가능하여, 도시형 공장 제도의 취지 및 OOO의 세제 혜택 등을 고려하여 기존 부지에 연접한 신규 부지를 취득하였고, 처분청은 청구법인이 신규 부지를 도시형 공장을 증설할 목적으로 취득한 것으로 인정하여 「OOO 도세 감면조례」(2005.6.13. OOO조례 제3413호로 개정된 것) 제34조 제2항에 따라 2005.7.14. 및 2008.7.18. 취득세 및 등록세를 각각 면제하였다.

(다) 수도권정비위원회 심의자료(2008.4.)를 보면, 수도권정비위원회의 심의·의결에 따라 청구법인의 공장증설에 관한 건축세부계획과 공장 등 건축물의 위치, 토지이용계획도 등 구체적인 주요 사항이 결정되었고, 청구법인이 증설하는 공장의 부지면적이 OOO택지개발사업지구내 도시지원용지 중 도시형 공장 부지면적에 해당한다는 사실이 나타난다.

(라) 공장설립변경승인서(2008.5.23.) 등에 의하면, 청구법인은 1997년 11월경 OOO 지방산업단지 개발계획을 승인받고, 1999년 5월경 OOO 지방산업단지 실시계획을 승인받아, OOO일대에 산업단지를 조성하고 전자집적회로 제조업 공장을 준공하였으나, 공장의 증설이 필요하여, 공장의 기존 부지에 연접한 신규부지를 취득하고, 2008년 4월경 OOO도지사의 심의요청에 따른 수도권정비위원회의 심의·승인 및 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 이하 “산집법”이라 한다) 제19조에 따른 공장설립등의 승인절차를 각 거쳐, 2008.8.23. OOO시장으로부터 기존의 부지 및 신규로 취득한 토지에서의 공장증설에 관한 승인을 받은 사실이 확인된다.

(마) OOO 고시 제2012-42호(2012.2.27.)를 보면, OOO 및 OOO 일원이 OOO 일반산업단지OOO로 지정된 사실 및 산업단지개발사업의 시행자가 청구법인인 사실이 각 나타난다.

(바) 청구법인이 제출한 취득세 경정청구 사유서 별첨 공사도급계약서, 기성고 확인서, 세금계산서, 처분청이 발급한 건축물임시사용승인서 등을 보면, 2012.6.16.부터 2014.11.20.까지 청구법인이 이 건 건축물을 착공하기로 수급인(DDD 주식회사)과 계약한 사실이 나타나고, OOO사업장 15라인의 착공일은 2014.11.20., OOO사업장 17라인의 착공일과 취득일(임시사용승인일)은 위 ＜표1＞ 및 ＜표3＞과 같으며, 청구법인과 처분청 사이에 2014.12.31. 이전에 착공한 사실에 대하여는 별다른 다툼이 없다.

(사) 항공사진 등에 의하면, 2014년 이후 OOO사업장 15라인 및 17라인의 신축공사가 진행 중인 사실이 확인된다.

(2) 2005.6.13. 제정된 「OOO 도세 감면조례」의 개정연혁 및 적용기준을 정리하면 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ OOO 도세 감면조례 개정 연혁 및 적용기준 등

OOO

(3) 산업단지 감면에 관한 법령의 개정 연혁은, 1994.12.22.

「지방세법」제276조

로 신설(1995.1.1. 시행)되면서 부칙에서 3년 단위로 적용시한을 두어 취득세가 전액 면제되는 것으로 연장 운영하다가 「지방세특례제한법」이 2010.3.31. 제정될 때 같은 법 제78조로 이관되면서 2년 주기로 설정된 일몰이 계속하여 연장되었고, 2014.12.31. 개정으로 취득세 감면율이 당초 면제에서 35%(지방자치단체의 조례에 따라 25% 범위에서 감면율 가산 가능)로 축소되었으며, 2016.12.27. 수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에 한해 감면율을 60%로 부분적으로 상향조정하는 한편, 일몰 주기를 3년 단위로 변경한 후 현재까지 이어져 오고 있다.

(4) OOO 도세감면 조례 일부개정조례안 심사보고서(2005.5.)를 보면, 택지개발지구내 용지 중 공업용지가 확보되더라도 그 지가가 산업단지보다 고가이기 때문에 도시형 공장 유치에 어려움이 예상되므로, 산업자원부가 2005.2.28. 국가경쟁력 제고 차원에서 택지개발사업지구내 도시형 공장용지 입주업체도 산업단지 수준으로 취득·등록세를 감면받을 수 있는 규정의 신설을 OOO에 협조 요청하였고, OOO도에서는 2005.3.7. 산업자원부의 협조요청을 토대로 행정자치부에 감면조례 개정허가를 신청하였으며, 행정자치부에서는 2005.4.7. 감면조례의 개정을 허가하고 허가안을 제시하게 되었다는 내용이 확인된다.

(5) 안전행정부에서 「지방세특례제한법」 일부개정법률(안)의 개정에 앞서 2014.9.15. 입법예고한 내용 중 개정이유 부분은 아래와 같다.

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가) 조세법령에서는 일반적으로 부칙에서 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 ...세에 대하여는 종전의 규정에 의한다”는 경과 규정을 두는 경우가 있는데, 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위하여 법령을 제정하거나 개폐하는 경우 구법(舊法) 질서하에서 유지되던 종전의 지위나 이익을 침해하지 않게 보호하거나 또는 종전의 지위가 급격하게 변동되지 않게 과도적 조치를 강구할 필요가 있기 때문이라 하겠다(대법원 2007.10.12. 선고 2006두14476 판결, 같은 뜻임).

특히 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과 규정을 두어 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 구법이 적용되어야 할 것이고, 위와 같은 경과 규정으로서의 부칙 규정은 일반적 적용례를 규정하는 부칙 규정과 비교하여 법률불소급의 원칙에 대한 예외로서 납세의무자에게 불이익하게 세법이 개정된 경우에는 납세의무자의 기득권 내지는 신뢰보호를 위하여 예외적으로 납세의무자에게 유리한 종전의 법률(규정)을 적용한다는 내용의 특별 규정으로 일반적 적용례보다 우선적으로 적용되어야 한다(대법원 1985.4.9. 선고 83누453 판결, 대법원 1994.5.24. 선고 93누5666 전원합의체 판결, 같은 뜻임).

한편, 경과 규정에서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결, 같은 뜻임).

(나) 나아가 건축물을 신·증축하는 경우에 통상적으로 착공에 이르기 이전까지 부지의 매입, 건축설계, 공사감리계약, 건축허가 등 건축물 건축을 위한 일련의 필수적인 절차를 거치게 되고 일단 착공이 되면 되돌릴 수 없는 원인행위가 이루어져 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성한 것으로 볼 수 있으므로, 건축허가를 받은 때가 아닌 착공 시점을 원인행위로 나아간 때라고 보아야 하겠다(조심 2021지1934, 2022.4.14., 같은 뜻임).

(다) 위와 같은 법리와 앞서 살펴본 사실관계를 돌이켜 살피건대, 처분청은 청구법인의 OOO사업장 15라인 및 17라인 취득에 대하여 납세의무가 성립할 당시의 조례와 법령을 적용하여야 하므로 취득세 등을 면제할 수 없다는 의견이나, 아래와 같은 사정에 비추어 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 있다고 판단된다.

1) 「OOO 도세 감면조례」의 도시형 공장 등에 대한 감면 규정은 2005년부터 2014년말까지 약 10년 동안 택지개발지구에서

산집법 제28조

에 따른 도시형 공장을 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있었고, 개정 규정 중 「OOO 도세 감면조례」의 부칙 제3조 역시 일반적 경과조치라는 경과 규정을 정하여 개정된 조례가 시행되더라도 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있었다.

즉, 개정 규정 중 「OOO 도세 감면조례」의 부칙 제3조의 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 납세의무가 성립하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 규정에 따른다”는 경과 규정은 새로운 조례의 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 유리한 종전 규정의 적용에 관한 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하기 위하여 종전 규정을 적용할 수 있다는 의미로 해석하여야 한다(대법원 2011.1.27. 선고 2008두15039 판결, 같은 뜻임).

2) 「OOO 도세감면 조례」에서 2005년 5월경 산업자원부가 OOO에 국가경쟁력 제고 차원에서 택지개발사업지구내 도시형 공장용지 입주업체도 산업단지 수준으로 취득·등록세를 감면받을 수 있는 규정의 신설에 관한 협조를 요청하였고, OOO가 산업자원부의 협조요청을 토대로 행정자치부에 감면조례 개정허가를 신청하였으며, 행정자치부가 도시형 공장에 관한 감면조례의 개정을 허가하고 허가안을 제시한 결과 도시형 공장 등에 관한 감면 규정이 신설된 사실, 이후 OOO도지사의 심의요청을 받은 수도권심의위원회가 2008년 4월경 청구법인의 공장증설부지가 도시형 공장부지에 해당한다는 전제에서 청구법인의 반도체 사업장을 추가증설하는 내용의 건축세부계획과 건축물의 위치 등 주요 사항을 결정한 사실 등 일련의 과정에 터잡아 실제 청구법인이 도시형 공장인 OOO사업장 17라인 등의 반도체 생산시설 등을 순차적으로 증설하여 취득하였으므로, 종전 규정에 따라 이에 대한 취득세가 전액 면제될 것으로 신뢰하였다고 보는 것이 합리적이라 하겠다.

3) 따라서, 청구법인은 공장 증설을 위하여 택지개발예정지구 내 일반공업지역 내에 위치한 OOO사업장 17라인의 공장부지인 제1토지를 신규로 취득하고, 2008년경 공장증설 목적을 인정받아, 토지 취득에 대한 취득·등록세를 면제받았으며, 2008.8.23. 신규취득한 공장용지 및 기존의 산업단지 부지에 산집법 및 같은 법 시행령에 따른 설치기준에 적합한 공장증설에 관한 승인을 받은 후, 2014년 이전에 신규공장을 신축하기 위한 공사의 착공에 이르는 등 종전 규정을 신뢰하고 원인행위로 나아간 사실을 인정할 수 있는바, 청구법인의 종전 규정에 대한 신뢰를 보호할 필요성을 인정할 수 있으므로, OOO사업장 17라인에 관하여 그 착공 시점에 시행 중이던 종전 규정 중 「OOO 도세 감면조례」제7조 제2항에 따라 취득세 전액이 면제되어야 타당하다 하겠다.

4) 나아가 OOO사업장 15라인의 취득에 적용되는 「지방세특례제한법」의 산업단지 등에 관한 취득세 감면규정은 1994.12.22.

「지방세법」제276조

로 신설(1995.1.1. 시행)되면서 부칙에서 3년 단위로 적용시한을 두어 취득세가 전액 면제되는 것으로 연장 운영되다가, 2010.3.31. 제정된

「지방세특례제한법」제78조

로 이관된 후 2년 단위로 일몰기한이 계속하여 연장되는 등 동일한 내용으로 약 20년간 계속하여 시행되어 왔으므로, 청구법인이 OOO사업장 15라인을 착공할 당시에는 이러한 감면규정이 계속 유지될 것이라고 신뢰하였을 것으로 보이고, 그러한 신뢰를 갖게 된 것에 청구법인의 귀책사유도 달리 없어 보인다.

또한 개정 규정 중 「지방세특례제한법」부칙 제14조의 경과 규정 역시 새로운 법률의 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 유리한 종전 규정의 적용에 관한 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하기 위하여 종전 규정을 적용할 수 있다는 의미로 해석하여야 한다 하겠다.

5) 따라서, 청구법인은 종전 규정 중 「지방세특례제한법」의 산업단지 등에 대한 취득세 감면규정이 유효하게 시행되던 2014년 이전에 OOO사업장 15라인에 대한 건축공사를 착공하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다 할 것이므로, 종전 규정의 적용에 따른 조세감면에 대한 청구법인의 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이르렀다고 볼 수 있는바(조심 2020지1231, 2021.9.30. 같은 뜻임), OOO사업장 15라인에 관하여 그 착공 시점에 시행 중이던 종전 규정 중

「지방세특례제한법」제78조

제3항 제1호에 따라 취득세 전액이 면제되어야 타당하다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제6항과

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 경정청구 거부처분 내역

ㅇ 조심 2021지1942

OOO

ㅇ 조심 2021지1943

OOO

＜별지2＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법 시행령(2019.5.31. 대통령령 제29797호로 개정되기 전의 것)

제20조[취득의 시기 등] ⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다. (단서 생략)

(2) 지방세특례제한법(2010.3.31. 제정)

(가) 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것 (종전 규정)

제78조[산업단지 등에 대한 감면] ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는

「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조

에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.(단서 생략)

③ 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지 조성공사를 끝내면 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.(단서 생략)

1. 산업용 건축물등의 신축이나 증축으로 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

(나) 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것 (개정 규정)

제78조[산업단지 등에 대한 감면] ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는

「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조

에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.(단서 생략)

③ 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지 조성공사를 끝내면 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.(단서 생략)

1. 산업용 건축물등의 신축이나 증축으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 2016년 12월 31일까지 경감한다.

⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(괄호 생략)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다.(후문 생략)

부칙 ＜법률 제12955호, 2014. 12. 31.＞

제1조[시행일] 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략)

제3조[일반적 적용례] ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제14조[일반적 경과조치] 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(3) OOO 도세 감면조례

(가) 2005.6.13. OOO조례 제3413호

제34조[도시형공장 등에 대한 감면] ②

「택지개발촉진법」 제8조

의 규정에 의하여 승인을 받아 조성된 택지개발지구(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」제30조의 규정에 의한 공업지역으로 지정된 지역에 한한다)내에서 「산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조 규정에 의한 도시형 공장을 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. [신설 2005.6.13.]

부칙＜2013.12.29.＞

② [유효기간] 이 조례는 2006년 12월 31일까지 그 효력을 가진다.

④ [경과조치] 이 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

부칙＜2005.6.13.＞

② [경과조치] 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나, 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 규정에 의한다.

(나) 2008.12.30. OOO조례 제3827호

제37조[도시형공장 등에 대한 감면] ②

「택지개발촉진법」제8조

에 따라 승인을 받아 조성된 택지개발지구(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」제30조에 따른 공업지역으로 지정된 지역에 한한다)에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조에 따른 도시형공장을 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

부칙

제2조[유효기간] 이 조례는 2009년 12월 31일까지 적용한다.

(다) 2011.12.26. OOO조례 제4295호 (종전 규정)

제7조[도시형공장 등에 대한 감면] ②

「택지개발촉진법」제8조

에 따라 승인을 받아 조성된 택지개발지구(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」제30조에 따른 공업지역으로 지정된 지역에 한한다)에서「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조에 따른 도시형공장을 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다.

③ 제1항 및 제2항에 따라 취득한 경우로서 부동산 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 사업에 직접사용하지 아니하고 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감 및 면제된 취득세를 추징한다.

부칙

제2조[적용시한] 이 조례는 2014년 12월 31일까지 적용한다.

제3조[일반적 경과조치] ① 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(라) 2015.3.3. OOO조례 제4859호 (개정 규정)

제7조[도시형공장 등에 대한 감면] ②

「택지개발촉진법」제8조

에 따른 승인을 받아 조성된 택지개발지구(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」제30조에 따른 공업지역으로 지정된 지역에 한한다)에서「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조에 따른 도시형공장을 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 75를 2016년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 따라 취득한 경우로서 부동산 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 사업에 직접사용하지 아니하고 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감된 취득세를 추징한다.

제9조[산업단지 등에 대한 감면]

「지방세특례제한법」제78조

제1항부터 제4항까지에 따라 취득세를 경감하는 경우 같은 조 제8항에 따른 추가 경감률은 취득세의 100분의 25(같은 조 제4항 제2호 나목의 경우에는 취득세의 100분의 15)로 하며, 2016년 12월 31일까지 적용한다. 다만,

「지방세특례제한법」제78조

에 따른 추징대상이 되는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다.

부칙

제3조[일반적 경과조치] 이 조례 시행 전에 종전의 조례에 따라 감면하여 부과하였거나 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 조례에 따른다.

(마) 2016.5.17. OOO조례 제5196호 (개정 규정)

제11조[도시형공장 등에 대한 감면] ②

「택지개발촉진법」제9조

에 따른 승인을 받아 조성된 택지개발지구(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」제30조 제3호에 따른 공업지역으로 지정된 지역으로 한정한다)에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조에 따른 도시형공장을 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 75를 2016년 12월 31일까지 경감한다.

부칙

제3조[일반적 경과조치] 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 납세의무가 성립하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 도세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(4) 택지개발촉진법

제8조[택지개발계획의 수립 등] ① 지정권자는 택지개발지구를 지정하려면 다음 각 호의 사항이 포함된 택지개발계획(이하 “개발계획”이라 한다)을 수립하여야 한다.

1. 개발계획의 개요

2. 개발기간

3. 토지이용에 관한 계획 및 주요 기반시설의 설치계획

4. 수용할 토지 등의 소재지, 지번(地番) 및 지목(地目), 면적, 소유권 및 소유권 외의 권리의 명세와 그 소유자 및 권리자의 성명ㆍ주소

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 제1항에 따라 개발계획을 수립하는 절차와 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령(2012.4.10. 대통령령 제23718호로 개정되기 전의 것)

제30조[용도지역의 세분] 국토해양부장관, 시·도지사 또는 대도시 시장은 법 제36조 제2항에 따라 도시관리계획결정으로 주거지역·상업지역·공업지역 및 녹지지역을 다음 각 호와 같이 세분하여 지정할 수 있다.

3. 공업지역

가. 전용공업지역 : 주로 중화학공업, 공해성 공업 등을 수용하기 위하여 필요한 지역

나. 일반공업지역 : 환경을 저해하지 아니하는 공업의 배치를 위하여 필요한 지역

다. 준공업지역 : 경공업 그 밖의 공업을 수용하되, 주거기능·상업기능 및 업무기능의 보완이 필요한 지역

(6) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2013.3.23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것)

제28조[도시형공장] 지식경제부장관은 첨단산업의 공장, 공해발생정도가 낮은 공장 및 도시민생활과 밀접한 관계가 있는 공장등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 도시형공장으로 지정할 수 있다.

(7) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2018.1.16. 대통령령 제28583호로 개정되기 전의 것)

제34조[도시형공장의 구분 및 범위] 법 제28조에 따른 도시형공장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공장(이하 "도시형공장"이라 한다)으로 한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공장 외의 공장

가.

「대기환경보전법」제2조

제9호에 따른 특정대기유해물질을 배출하는 대기오염물질배출시설을 설치하는 공장

나.

「대기환경보전법」제2조

제11호에 따른 대기오염물질배출시설을 설치하는 공장으로서 같은 법 시행령 별표 10의 1종사업장부터 3종사업장까지에 해당하는 공장. 다만, 연료를 직접 사용하지 아니하는 공장은 제외한다.

다.「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」제2조 제8호에 따른 특정수질유해물질을 배출하는 폐수배출시설을 설치하는 공장. 다만, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 시행령」제33조 제2호에 따라 폐수를 전량 위탁처리하는 공장은 제외한다.

라.「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」제2조 제10호에 따른 폐수배출시설을 설치하는 공장으로서 같은 법 시행령 별표 13의 1종사업장부터 4종사업장까지에 해당하는 공장

2. 별표 4에 해당하는 업종을 경영하는 공장으로서 제1호에 따른 공장에 해당하지 아니하는 공장(

「환경영향평가법」제22조

에 따른 환경영향평가대상사업의 범위에 해당하는 공장만 해당한다)

(8) 지방세법

(가) 1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 것(시행 1995.1.1.)

제276조[지방공업단지등 입주공장에 대한 감면] ① 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 공업단지와 공장배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자에 대하여는 다음 각호에 정하는 바에 의하여 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 감면한다. 다만, 공장용 부동산의 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우(당해 工業團地管理機關 또는 당해 工業團地管理機關이 지정하는 者가 還買하는 경우를 제외한다) 또는 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지가 된 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

가. 공장을 신축하기 위하여 최초로 취득하는 토지

나. 가목의 토지 취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(기존 建築物을 취득하는 경우를 제외한다)

(나) 1997.8.30. 법률 제5406호로 일부개정된 것

제276조[산업단지에 대한 감면] ① 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역안에서 공장용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자(工場用 不動産을 中小企業者에게 賃貸하고자 하는 者를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세와 종합토지세는 납세의무가 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감한다.(단서 생략)