조심 2020지1231 (2021.09.30)

OOO시장이 2020.4.16. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거분처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.4.1. AAA 주식회사의 OOO가 물적분할하여 신설된 법인으로, 2012.4.13. 일반산업단지로 지정된 OOO개발사업의 사업시행자로 지정되었다.

나. 청구법인은 2015.2.2. 위 산업단지 내에 위치한 OOO지상에 OOO공장동 및 기술동, OOO용역동 및 OOO냉각탑(위 건축물 전체를 이하 “쟁점건축물”이라 한다)의 임시사용승인을 받아 취득한 후 쟁점건축물의 취득에 대하여 2015.4.2. 및 2015.6.3.에 취득세 신고 및 수정신고를 하면서 2014.12.31. 개정된

「지방세특례제한법」제78조

(이하 “개정규정”이라 한다) 제3항 제1호에 따른 감면율 35%와 충청남도 도세 감면 조례에 따른 감면율 25%를 합한 60%의 감면율을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원(가산세 제외)을 신고.납부하였다.

다. 이후 청구법인은 2020.3.13. 쟁점건축물의 취득을 위한 원인행위가 2014.12.31. 이전에 이루어져 2014.12.31. 개정된 「지방세특례제한법」 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”라 한다) 또는 신뢰보호의 원칙에 따라 2014.12.31. 개정되기 전의

「지방세특례제한법」제78조

(이하 “종전규정”이라 한다) 제3항 제1호에 따른 100%의 감면율이 적용된다고 보아 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.4.16. 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 납세의무자가 종전규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전규정이 적용된다 할 것(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결 참조)이다.

또한 조세심판원(조심 2019지2072, 2019.10.22.)도 위 판례의 취지와 같이 납세의무자의 신뢰보호를 위해 2015년에 준공된 산업단지에 대하여 개정전 법률에 따라 취득세를 면제하여야 한다고 결정한 바 있다.

(2) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는 ① 조세법령의 개정전에 과세요건과 관련된 직접적인 원인행위가 존재하여야 하고, ② 조세법령의 개정에 있어 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과규정을 두고 있어야 하며, ③ 종전 법령이 지속될 것이라는 신뢰에 납세의무자의 귀책사유가 없어야 한다.

(가) 청구법인은 1995.12.1. 일반산업단지로 지정된 OOO개발사업의 사업시행자로, 1998.5.8. 산업단지 실시계획의 승인, 1999.11.16. 산업단지 조성공사 착공, 2015.12.31. 산업단지에 대한 준공인가를 거쳐 개발사업을 완료하였다.

(나) 청구법인은 2012.3.29. 쟁점건축물의 골조공사를 착공하고, 2013.12.6. 마감공사를 착공하여 감면율 인하의 입법예고가 있기 전에 그 취득과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위를 하였다(원인행위의 존재).

(다) 산업단지 등에 대한 취득세 감면규정은 1995년 구 지방세법 하에서 신설되었고, 2010.3.31. 제정된

「지방세특례제한법」 제78조

로 이관된 후 계속하여 일몰기한이 연장되어 오다가 2014.12.31. 감면율이 35%로 축소되면서 부칙 제14조에서 경과규정을 두었다(경과규정의 존재).

(라) 청구법인은 약 20년간 계속된 산업단지 등에 대한 취득세 면제규정을 신뢰하여 산업단지 개발사업을 수행하였고, 특히 쟁점건축물의 신축공사 착공 당시에도 감면율이 인하되는 내용의 입법예고 등 과세당국의 어떠한 공적 견해의 표명이 없어 완공 때까지 취득세 면제규정이 유지될 것이라고 기대함에 무리가 없었다(신뢰형성에 납세의무자의 귀책사유가 없음).

(마) 따라서 청구법인이 개정규정의 시행 후인 2015.2.2. 쟁점건축물을 신축.취득하였더라도 일반적 경과조치나 신뢰보호의 원칙에 따라 쟁점건축물의 취득에 종전규정을 적용하는 것이 마땅하다.

나. 처분청 의견

(1) 경과규정에 따라 개정전 법령이 적용되기 위해서는 납세의무자가 개정 전 법령에 따른 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않으면 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것(대법원 2015.12.23. 선고 2015두36645 판결 등 참조)이다.

한편 종전규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않다면, 법률불소급의 원칙상 납세의무가 성립한 당시의 법령에 따라 지방세 감면이 적용되어야 할 것(대법원 2010.11.11. 선고 2008두5773 판결 참조).

(2) 종전규정의 일몰이 도래하기 이전에는 쟁점건축물의 실체가 존재하지도 않은 상태이므로, 취득의 원인행위로서 ‘착공’하는 행위 자체만으로는 과세요건의 충족과 밀접하게 관련되어 ‘일정한 법적 지위를 취득’하거나 ‘법률관계를 형성’하였다고 볼 수 없다.

(3) 산업단지에 대한 지방세 감면규정은 2014.8.1. 공고된「지방세특례제한법」 일부개정법률(안) 입법예고(공고 제2014-279호)에서 지방재정 건전성을 강화하기 위하여 지방세 감면일부를 종료시킬 예정임을 밝히고 있다.

또한 종전규정은 일몰기한을 2014.12.31.까지로 정하고 있어 2015.1.1. 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있음을 예상할 수 있었다.

(4) 따라서 산업단지용 쟁점건축물을 일몰 도래 후에 취득한 이 건의 경우 취득세가 면제될 것이라고 신뢰할 정도에 이르렀다고 보기 어려우므로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2014.12.31.

「지방세특례제한법」제78조

제3항 제1호가 개정되기 전에 쟁점건축물의 취득을 위한 원인행위를 하였으므로 일반적 경과조치 등에 따라 종전규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2010.3.31. 제정)

(가) 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는

「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조

에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.(단서 생략)

③ 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지 조성공사를 끝내면 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.(단서 생략)

1. 산업용 건축물등의 신축이나 증축으로 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

(나) 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는

「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조

에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.(단서 생략)

③ 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지 조성공사를 끝내면 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.(단서 생략)

1. 산업용 건축물등의 신축이나 증축으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 2016년 12월 31일까지 경감한다.

⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(괄호 생략)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다.(후문 생략)

부칙 ＜법률 제12955호, 2014. 12. 31.＞

제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략)

제3조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(2) 충청남도 도세 감면 조례(2015.4.10. 개정, 제3981호)

제7조의2(산업단지 등에 대한 추가 감면) 법 제78조 제8항에 따라 추가로 취득세를 경감하는 율은 100분의 25(법 제78조 제4항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)로 2016년 12월 31일까지 경감한다.

부칙

제1조(시행일) 이 조례는 공포한 날부터 시행하되, 2015년 1월 1일부터 적용한다.

(3) 지방세법

(가) 1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 것(시행 1995.1.1.)

제276조(지방공업단지등 입주공장에 대한 감면) ① 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 공업단지와 공장배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자에 대하여는 다음 각호에 정하는 바에 의하여 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 감면한다. 다만, 공장용 부동산의 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우(당해 工業團地管理機關 또는 당해 工業團地管理機關이 지정하는 者가 還買하는 경우를 제외한다) 또는 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지가 된 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

가. 공장을 신축하기 위하여 최초로 취득하는 토지

나. 가목의 토지 취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(기존 建築物을 취득하는 경우를 제외한다)

(나) 1997.8.30. 법률 제5406호로 일부개정된 것

제276조(산업단지에 대한 감면) ① 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역안에서 공장용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자(工場用 不動産을 中小企業者에게 賃貸하고자 하는 者를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세와 종합토지세는 납세의무가 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감한다.(단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다.

(가) 충청남도 고시 제2012-137호에 따르면, 청구법인은 2012.4.13. OOO일원 OOO㎡의 일반산업단지 개발사업의 사업시행자로 변경.지정된 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 2014년말 이전에 쟁점건축물의 취득의 원인행위를 하였다며 청구법인과 BBB 주식회사가 2015.5.29.에 체결한 “계약변경합의서”를 제출하였고, 동 합의서에는 양 당사자 사이에 2014.8.25. 체결한 OOO등의 계약내용을 변경한다는 내용 등이 기재되어 있다.

(다) 처분청이 2015.2.2. 발급한 건축물임시사용승인서 교부 공문에 따르면, 처분청은 2010.6.1. 신축허가된 쟁점건축물을 포함한 6개동 OOO㎡를 OOO미준공을 사유로 임시사용승인한 것으로 나타난다.

(라) 처분청의 담당공무원은 2021.6.28. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 쟁점건축물은 2010년부터 공사를 시작하여 일부분에 대한 임시사용승인을 받은 후에도 계속하여 공사를 진행한 것으로 알고 있다는 취지로 진술하였다.

(마) 법령의 개정연혁에 따르면, 산업단지에 대한 감면은 1994.12.22.

「지방세법」 제276조

로 신설(1995.1.1. 시행)되면서 부칙에서 3년 단위로 적용시한을 두어 취득세가 전액 면제되는 것으로 연장 운영되다가 「지방세특례제한법」이 2010.3.31. 제정될 때 같은 법 제78조로 이관되면서 2년 주기로 설정된 일몰이 계속하여 연장되었고, 2014.12.31. 개정으로 취득세 감면율이 당초 면제에서 35%(지방자치단체의 조례에 따라 25%p 범위에서 감면율 가산가능)로 축소되었으며, 2016.12.27. 수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에 한해 감면율을 60%로 부분적으로 상향조정하는 한편, 일몰 주기를 3년 단위로 변경한 후 현재까지 이어져 오고 있는 것으로 나타난다.

(바) 舊안전행정부에서 「지방세특례제한법」 일부개정법률(안)의 개정에 앞서 2014.9.15. 입법예고한 내용 중 개정이유 부분은 아래와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가) 아래의 내용에 비추어 볼 때, 신뢰보호의 원칙 및 일반적 경과조치 규정 등에 따라 쟁점건축물의 취득에 대하여 종전규정을 적용하는 것이 타당하다 할 것인바, 쟁점건축물의 취득이 종전규정의 적용대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로, 원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결 참조)이다.

(다) 쟁점건축물의 취득에 적용되는 산업단지 등에 대한 취득세 감면규정은 1994.12.22.

「지방세법」 제276조

로 신설(1995.1.1. 시행)되면서 부칙에서 3년 단위로 적용시한을 두어 취득세가 전액 면제되는 것으로 연장 운영되다가 2010.3.31. 제정된

「지방세특례제한법」제78조

로 이관된 후 2년 단위로 일몰이 계속하여 연장되는 등 동일한 내용으로 약 20년간 계속하여 시행되어 왔던바, 청구법인이 쟁점건축물을 착공할 당시에는 동 감면규정이 계속 유지될 것이라고 신뢰하였을 것으로 보이고, 그러한 신뢰를 갖게 된 것에 청구법인의 귀책사유도 달리 없어 보인다.

(라) 또한 청구법인은 종전규정이 유효하게 시행되던 2014년 이전에 쟁점건축물에 대한 건축공사를 착공하여 종전규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다 할 것이므로, 종전규정의 적용에 따른 조세감면에 대한 청구법인의 신뢰는 마땅히 보호하여야 할 정도에 이르렀다고 볼 수 있다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제6항과

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.