조심 2020서2414 (2021.04.13)

OOO세무서장이 ＜별지1＞과 같이 청구인들에게 한 각 종합소득세 부과처분은 2014년과 2017년에 양도한 ＜별지2＞ 목록의 토지에 대한 청구인들의 자본적 지출액 및 취득세 등의 필요경비를 재조사하여 그 결과에 따라 각 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인들은 부동산업을 영위한 자로서 2003.10.20. OOO 73,790㎡(이하 “관계토지”라 한다)를 OOO 외 10명(이하 “공동취득자”라 한다)과 공동으로 취득하고, ＜별지2＞ 목록과 같이 관계토지를 분할한 후 공장용지 등으로 조성하였으며, 그 중 일부 필지를 2010년부터 2017년까지의 기간 중 양도(이하 2014년과 2017년에 양도한 필지를 “쟁점토지”라 한다)하였고, 쟁점토지의 매매에 따른 소득금액을 단순경비율을 적용하는 추계방법으로 산출하여 2014년 및 2017년 귀속 종합소득세 확정신고를 하였다. 나. 처분청은 쟁점토지가 ‘비사업용 토지’에 해당하는 것으로 보아 「소득세법」제64조 제1항에 따른 부동산매매업자에 대한 세액계산(이하 “비교산출세액”이라 한다) 특례를 적용하는 등의 경정을 하여 아래 ＜표1＞과 같이 청구인들에게 2014년 및 2017년 귀속 종합소득세 합계 OOO원의 부과처분을 하였다. ＜표1＞ 청구인별 이 건 부과처분 내역 다. 청구인들은 이에 불복하여 2020.6.23. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구인들 주장 (1) 청구인들은 2003년 10월경 폐염전인 쟁점토지를 매수하여 양도시까지 사업용으로 사용하기 위해 토지를 매립하는 등 형질을 변경하는 실질적인 토목공사를 진행하였는바, 쟁점토지는 「소득세법」제104조의3 제2항에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않는다. (가) 「소득세법」제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제4호에서는 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지는 기획재정부령으로 정하는 기간동안 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 규정하고 있고, 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호에서는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지의 경우 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행중인 토지는 그 기간동안 부득이한 사유에 해당하는 것으로 본다고 규정하고 있다. (나) 대법원은 ‘실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우 비로소 공사에 착공하였다고 볼 수 있다’고 판결(대법원 2013.5.23. 선고 2013두2723 판결)하였고, 조세심판원은 ‘비사업용 토지 판정시 건축물 신축을 위한 필수적인 선행공사로서 실질적인 토목공사를 개시한 경우 그 시점을 건설에 착공한 시점으로 할 수 있다’라고 판단(조심 2011중1240, 2012.4.25.)하였는바, 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호의 ‘부득이한 사유’ 및 그 기간은 토지를 취득하자마자 즉시 사용할 수 없는 현실적인 제약이 있는 경우에는 이를 포함하여 실질적인 토목공사를 개시한 때를 건설에 착공한 시점으로 보아야 한다. (다) 청구인들은 쟁점토지 취득과 동시에 건물 신축을 위한 필수적인 선행공사로서 토지 형질변경 등을 위한 실질적인 토목공사를 시작하였고, 터파기공사도 하였으나, 인근마을 주민의 민원으로 인해 공사가 중단되어 부득이 그 상태에서 양도한 것이므로 비사업용 토지에서 제외하여야 한다. 1) 관계토지의 공동취득자들은 토지거래허가구역 내 폐염전인 관계토지를 복토하는 조건으로 OOO으로부터 토지거래허가를 받아 관계토지를 취득하였고, 공동취득자들은 2004.4.25. 공동사업계약(이하 “쟁점공동사업계약”이라 한다)을 체결하여 관계토지에 도로개설 및 하수도 매설 등 공동으로 수행하고 비용을 토지 소유면적에 따라 부담하기로 약정하였다. 2) 쟁점공동사업계약에 따라 2004.10.5. 청구인들은 청구인들의 부담분에 대한 폐염전 매립공사 도급계약을 각자 체결하고 10m 높이의 성토공사에 착수하였으며, 쟁점토지에 우수관·폐수관· 전기관로·통신관로·도로 등도 완비하였다. 3) 청구인들은 쟁점토지의 환경성영향평가 문제로 2006.7.10. 허가를 받기 쉬운 소매점 건축허가를 받아 2007.10.21. 소매점 착공신고를 하였던 바 있다. 4) 청구인들은 2008.3.5. OOO와 도로공사 계약을 체결하였고, OOO으로부터 2010.4.12. 도로개설 개발행위 허가를 받았으며, 쟁점토지의 도로를 2013.1.29. 개설하여 OOO에 기부채납하였다. 5) 청구인들은 2011.3.31. 건축공사도급계약을 체결하여 쟁점토지에 건축물 터파기공사를 2011년 4월경 진행하였으나, 인근 주민들의 토양오염에 대한 민원으로 공사가 중단된 상태에서 쟁점토지를 양도하였다. (라) 쟁점토지는 「소득세법 시행령」제168조의6 제1호의 각 목에 따른 비사업용 토지에서 제외되기 위한 기간기준을 충족한다. 1) 청구인들은 쟁점토지 취득과 동시에 성토공사를 진행하였고, 쟁점토지상 터파기공사 중 인근 주민의 민원이라는 부득이한 사유로 공사가 중단된 상황에서 쟁점토지를 양도하였으므로 쟁점토지는 취득일부터 양도일까지 사업용으로 사용하지 아니한 기간이 없는 것으로 보아야 한다. 2) 민원으로 인한 공사 중단기간을 「소득세법」상 비사업용 토지 판정과 관련한 부득이한 사유에 해당하지 않는 것으로 보더라도 쟁점토지를 취득한 날인 2003.10.20.부터 도로준공일인 2013.1.14.까지의 기간동안을 사업용으로 사용한 기간(총 보유기간의 60%를 초과함)으로 볼 경우에는 비사업용 토지에서 제외되기 위한 기간기준을 충족한다. (2) 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다 하더라도 청구인들이 아래 ＜표2＞와 같이 공사비용 등을 지출하였으므로, 관계토지 중 청구인별 전체토지의 면적에서 2014년 및 2017년에 양도한 쟁점토지의 면적에 상당하는 금액이 필요경비로 공제되어야 한다. ＜표2＞ 청구인들이 주장하는 필요경비 등 내역 (가) 공동취득자들이 관계토지를 매수할 당시 지급한 대금이 OOO원이었으므로 이를 청구인들이 양도한 쟁점토지의 면적비율로 안분하여 그 취득가액을 산출하여야 한다. (나) 청구인들은 관계토지가 폐염전 등으로 토지거래허가가 필요한 토지에 해당하여 2003.7.12. OOO와 관계토지의 토지거래허가, 지적 분할, 개인별 등기 관련 컨설팅 계약을 체결하고 쟁점①비용을 지급하였다. 위 컨설팅계약의 주요 내용은 토지거래허가에 필요한 자문, 공동취득하는 관계토지의 취ㆍ등록세 및 법무사 비용, 지적분할 대행, 측량 및 공유물분할등기 등에 관한 것이고, 컨설팅 결과 2003.8.28. 관계토지에 대한 토지거래허가를 받은 후 관계토지를 분할하여 청구인들이 쟁점토지의 각 필지에 대한 취득등기를 할 수 있었는바, 쟁점①비용은 필요경비로 인정되어야 한다. (다) 청구인들은 폐염전이었던 쟁점토지의 매립을 위해 2004.10.5. OOO와 매립공사 도급계약을 체결하여 쟁점②비용을 지출하였다. 이와 관련하여 청구인들은 2006.10.27. OOO법원으로부터 쟁점토지에 대하여 2003.8.28.부터 2006.3.9.까지 OOO의 허가를 받지 아니하고 성토하여 토지형질을 변경한 사실에 관하여 벌금 OOO의 약식명령을 받았는바, 쟁점토지상에 매립공사가 이루어진 사실이 증명된다. 따라서 쟁점토지 매립공사 도급비용인 쟁점②비용이 필요경비로 인정되어야 한다. (라) 관계토지 공동취득자들은 2008.6.30. 쟁점공동사업계약을 토대로 OOO와의 용역계약을 거쳐 OOO와 용역대금 OOO에 공장설립허가 대행용역계약을 체결하였으며, 관계토지에 대한 공장용지개발허가를 득하였다. 관계토지의 공동취득자 중 OOO가 OOO에게 2008.7.1. OOO, 2008.7.23. OOO을 지급한 사실이 확인되고, 나머지 금액도 관련 내용증명과 입금표 등을 제시하였으므로 위 도급비용을 개인별 면적 등을 고려하여 배분한 금액으로 청구인들이 개별적으로 OOO와 체결한 도급계약서상 도급금액인 쟁점③비용을 필요경비로 인정하여야 한다. (마) OOO은 공장건축 허가를 위해 관계토지에 도로 및 우수관 등을 설치하라고 요구하였고, 이에 따라 공장용지 기반시설인 도로 및 우수관 등의 공사를 위해 2008.3.5. OOO와 청구인들이 개별적으로 체결한 도로공사계약 도급금액인 쟁점④비용을 필요경비로 인정하여야 한다. OOO는 상기 공사 중 일부를 2009.10.28. OOO 주식회사에 하도급하여 도로, 우수관, 오폐수관, 수도관 등의 기반시설 공사를 하였다. (바) 청구인들은 2011.3.31. OOO 주식회사와 근린시설 건축공사도급계약을 체결하여 각각 계약금 OOO을 지급하고 전자세금계산서(공급가액 OOO)를 발급받았고, 터파기 정지작업이 완료된 2011.4.9. 각각 OOO을 OOO 주식회사에 지급하고 전자세금계산서(공급가액 OOO)를 발급받았으므로 쟁점⑤비용은 필요경비로 인정되어야 한다. 상기 전자세금계산서에 적요란에 ‘터파기 공사대금’이 아니라 ‘공장부지 도로공사’ 관련으로 기재되어 있으나, 이는 오기한 것이다. (사) 청구인 OOO는 쟁점토지를 추가적으로 성토하고 축대공사를 하기 위하여 2007.3.15. OOO와 도급금액 OOO의 도급계약을 체결하였다. 청구인 OOO은 관계토지 중 자신이 소유한 토지 약 2,024평 중 약 1,000평은 2004년경 매립하고, 나머지 1,000평은 2006.7.1. OOO에게 도급금액 OOO에 공사를 의뢰하여 매립하였다. 청구인 OOO와 OOO은 위 공사대금 관련 세금계산서를 제출하였다. 따라서 쟁점⑥비용은 필요경비로 인정되어야 한다. (아) 쟁점⑦비용의 경우, 청구인 OOO이 2014.3.15. OOO 주식회사와 축대 및 하수로 공사도급계약을 체결하고, 2014.7.7. OOO의 전자세금계산서를 발급받았고, OOO에게 지급한 분할측량 서비스 대금 OOO과 2015.1.13. 매각한 토지와 관련하여 공인중개사에게 지급한 수수료 OOO 및 OOO도 당시 전자세금계산서를 발급받았으므로 쟁점⑦비용은 필요경비로 인정되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 판단한 것은 정당하다. (가) 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호 나목은 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지에 대하여 「지방세법」제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상을 제외한 토지를 비사업용 토지로 본다고 규정하고 있다. 쟁점토지 관할 지방자치단체장인 OOO은 2009년부터 청구인들의 양도시기까지 쟁점토지를 종합합산대상토지로 과세하였는바, 상기 기간만 비사업용 토지에 해당하는 기간으로 보더라도 「소득세법 시행령」제168조의6 제1호 각 목에서 규정한 비사업용 토지에서 제외되기 위한 기간기준을 불충족한다. (나) 청구인들은 쟁점토지를 취득하여 건설 공사에 착공하였으므로 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호(이하 “쟁점조항”이라 한다)에 해당하여 비사업용 토지에서 제외된다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 청구인들의 주장을 받아들이기 어렵다. 1) 청구인들이 제출한 계약서, 사실확인서만으로 쟁점토지가 건설에 착공한 토지에 해당하였다는 청구인들의 주장을 인정하기 어렵고, 실제 공사를 진행하였다고 인정하여도 쟁점토지에 대한 복토 및 도로공사 등은 단지 건축물 건설을 위한 준비작업에 해당하여 토지에서 토목공사를 포함하여 건설공사가 시작된 경우인 착공이 있었다고 볼 수 없다(대법원 2018.5.31. 선고 2018두38468 판결, 대법원 2013.5.23. 선고 2013두2723 판결 등, 같은 뜻임). 2) 청구인들로부터 쟁점토지를 매수한 매수인은 쟁점토지를 현 소유주에게 양도하고 쟁점토지를 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 과세관청에 양도소득세를 신고하였고, 쟁점토지의 현 소유주인 주식회사 OOO가 2019.6.10. 쟁점토지상에 건축물을 착공한 것으로 확인된다. 3) 청구인들이 쟁점토지를 소유하던 기간동안의 위성사진상 쟁점토지는 건축물이 착공되지 않은 채 나대지로 방치된 것으로 확인되어 건축물 건설을 위한 착공 사실이 확인되지 않는다. 4) 청구인들은 쟁점토지를 보유한 11년 이상의 기간 동안 공장을 건축하는 착공을 한 것이 아니라 토지 지반공사만 한 것이고, 이는 토지 자체의 가치를 증가시키는 행위에 불과하며, 쟁점조항에서 규정한 ‘착공’은 건물의 건축 자체를 직접 목적으로 하는 공사에 착수하여야 인정할 수 있는 것이다(OOO법원 2020.2.5. 선고 2019누11630 판결 참조). (2) 청구인들은 쟁점토지와 관련된 필요경비를 처분청이 부당하게 인정하지 아니하였다고 주장하나, 이는 사실이 아니다. (가) 청구인들의 쟁점토지에 대한 취득가액의 경우, 처분청이 그 개별공시지가가 아니라 청구주장과 같이 취득당시 매매계약서상의 금액에 의하여 산정하였고, 전자세금계산서 등에 의하여 신빙성이 인정되는 쟁점⑤비용과 쟁점⑦비용은 필요경비로 공제하였으며, 기부채납한 토지 부분도 필요경비로 공제하였다. (나) 청구인들은 당초 장부와 증빙서류가 불비하다는 사유로 단순경비율을 적용하여 종합소득세를 신고하였음에도 이 건 심판청구시 이와 모순된 주장을 하고 있고, 필요경비를 확인할 수 있는 객관적인 증빙 없이 단지 정황과 사후에 작성된 것으로 보이는 계약서 및 최근에 작성한 확인서 등을 근거로 청구인들이 주장하는 금액을 필요경비 산입할 수는 없으며, 청구인들이 부담한 비용을 확인할 수 있는 객관적인 금융거래내역을 제출하지 못하고 있고, 쟁점공동사업계약에 따라 공동취득자와 쟁점비용과 관련된 비용을 공동으로 지출하였다고 주장하나 이와 관련된 청구인들과의 정산내역을 제시하지 못하는 점 등에 비추어 필요경비 추가 산입과 관련한 청구주장을 받아들이기 어렵다. 그 이유를 항목별로 구체적으로 살펴보면 다음과 같다. 1) 쟁점①비용의 경우, 청구인들이 제출한 근거는 기광서OOO와 2003년 7월에 체결하였다는 컨설팅계약서인데, 청구주장대로라면 관계토지에 대한 전체적인 컨설팅 대금이 OOO원에 달하나, OOO는 2003년에 부가가치세 신고한 매출액이 OOO원에 불과하고, 2008년 7월에 폐업시까지 간이과세자이었으며, 청구인들이 주장하는 용역대금의 지급사실이 확인되지 않고, OOO는 관계토지의 공동취득자인 OOO와 친인척 관계이다. 2) 쟁점②비용의 경우, 청구인들이 제출한 근거는 OOO와 2004년 10월에 체결하였다는 부지매립 도급계약서인데, OOO도 OOO와 친인척 관계이고, 동 도급계약서상 OOO의 사업장소재지가 1997.9.25. 사업장 변경 이전의 소재지가 기재되어 있으며, OOO는 2000년 제2기부터 공사실적이 없었고, 2002.12.31. 이미 직권폐업된 업체이다. 청구인들이 제시한 OOO로부터 수취하였다는 쟁점②비용 관련 종이세금계산서와 관련하여 매출처라고 주장하는 OOO는 관련 부가가치세를 신고한 사실이 없고, 금융거래내역으로 그 거래사실이 뒷받침되지도 않는다. 그 외 심판청구에 이르러 제시한 관련 거래처의 확인서 등도 위 도급계약서상 내용과 비교하여 보면 공사에 사용하였다는 덤프트럭의 용적에서 큰 차이가 나는 등 신빙성이 낮다. 3) 그 외 다른 필요경비 추가 산입과 관련한 청구주장도 위와 같은 이유로 받아들이기 어렵다. 청구인들은 조세회피를 목적으로 장부를 기장하지 않고, 무자료 거래를 하고서 단순경비율을 적용하여 추계로 신고한 것으로 보이고, 처분청의 세무조사 기간 중 수차례에 걸쳐 조사중지를 요청하고서 시간을 벌면서 전술한바와 같은 이유로 진정성이 의심되는 서류들을 순차적으로 처분청에 제출하였으며, 대금증빙에 의하여 그 신빙성이 뒷받침되지도 않으므로 청구인들이 주장하는 금액을 필요경비에 추가로 산입할 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 종합소득세를 과세한 처분의 당부 ② 청구인들이 주장하는 필요경비를 인정할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 등 (1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다. ② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다. ③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제64조(부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례) ① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 "부동산매매업"이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제4호ㆍ제8호ㆍ제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 매매차익(이하 이 조에서 "주택등매매차익"이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다. 1. 종합소득 산출세액 2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액 가. 주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액 나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액 ② 부동산매매업자에 대한 주택등매매차익의 계산과 그 밖에 종합소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제69조(부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부) ① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다. ② 제1항에 따른 신고를 "토지등 매매차익예정신고"라 한다. ③ 부동산매매업자의 토지등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 토지등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조 제1항 제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. ④ 부동산매매업자는 제3항에 따른 산출세액을 제1항에 따른 매매차익예정신고 기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 1. 취득가액 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 ② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다. 1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다. 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다. 1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율 8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지

제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 가. 「지방세법」 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 나. 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지 다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것 ② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것) 제55조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다. 2. 부동산의 양도 당시의 장부가액(건물건설업과 부동산 개발 및 공급업의 경우만 해당한다). 이 경우 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대해서는 해당 사업자가 당초에 취득한 때의 제89조를 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다. 제67조(즉시상각의 의제) ② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다. 1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조 2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치 3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치 4. 재해 등으로 인하여 건물·기계·설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구 5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제89조(자산의 취득가액등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다. 1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액 제122조(부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례) ① 법 제64조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 부동산매매업"이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업(건물을 자영건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 "주거용 건물 개발 및 공급업"이라 한다)은 제외한다. ② 법 제64조 제1항에 따른 주택등매매차익은 해당 주택 또는 토지의 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 차감한 것으로 한다. 1. 제163조 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 양도자산의 필요경비 2. 법 제103조의 규정에 의한 양도소득기본공제금액 3. 법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관한 경우를 말한다. 1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액 2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다. 3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다) 4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것 ⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용 가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용 다. 공증비용, 인지대 및 소개비 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용 2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다. ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제168조의6(비사업용토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다. 4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (3) 소득세법 시행규칙(2017.3.10. 기획재정부령 제604호로 개정된 것) 제79조(양도자산의 필요경비 계산등) ① 영 제163조 제3항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다. 1. 「하천법」ㆍ「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용 2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용 3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비 4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액 5. 사방사업에 소요된 비용 6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용 제83조의5(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다. 5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다) 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들을 포함한 16명의 공동취득자들이 2003.10.20. 관계토지를 공동으로 취득하고, 이를 필지분할하여 조성한 공장용지 중 쟁점토지를 청구인들이 2014년과 2017년에 양도하였으며, 그 취득가액 및 양도가액(＜별지2＞ 참조)에 대하여는 청구인들과 처분청 간에 별다른 이견이 없다. (2) 청구인들은 부동산업을 영위하는 자로서 쟁점토지의 매매에 따른 소득금액을 단순경비율을 적용하는 추계방법으로 산출하여 2014년 및 2017년 귀속 종합소득세 확정신고를 하였으나, 처분청은 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 부동산매매업자에 대한 비교산출세액 특례를 적용하는 등의 경정을 하여 청구인들에게 이 건 종합소득세 부과처분을 하였다. (3) 청구인들이 쟁점토지를 취득하여 진행하였다는 공사의 주요 내용 및 관련 주요 자료의 내용 등은 다음과 같다. (가) 청구인들이 쟁점토지를 취득하여 공사를 진행하였다고 주장하는 내용을 요약하면 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 쟁점토지 공사 관련 청구인들 주장 내용 (나) 청구인들을 포함한 공동취득자들은 2004.4.25. 관계토지를 공장용지로 조성하는 공동사업을 추진하는 아래와 같은 공동사업계약을 체결하였다. ＜공동취득자들이 체결한 공동사업계약＞ (다) 청구인들은 2003.7.12. OOO와 관계토지에 대한 토지거래허가 및 분할과 관련된 컨설팅계약을 체결하였고, 관계토지 취득과 관련된 지방세(2003.10.14. 및 2003.11.27. 취득세 등 OOO원 납부)를 컨설팅 비용에 포함하여 지출하였으므로 청구인들이 각각 OOO와 체결한 컨설팅계약서상 컨설팅비용인 쟁점①비용을 각자의 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하고 있으며, 청구인 OOO가 OOO와 체결한 컨설팅계약서의 예시는 아래와 같다. ＜청구인 OOO가 OOO와 2003.7.12. 체결한 컨설팅계약서 주요내용＞ (라) 청구인들은 쟁점토지 매립공사를 위하여 OOO와 각자 소유한 필지에 대하여 각각 쟁점②비용 상당액으로 쟁점도급계약을 체결하고서 매립공사를 진행하였다고 주장하고 있고, 그 중 청구인 OOO의 도급계약서의 주요 내용을 예시로 보면 아래와 같다. ＜청구인 OOO와 OOO 간의 2004.10.5.자 매립공사 도급계약서＞ (마) 청구인들은 위의 도급공사와 관련하여 OOO에게 매립공사용 재활용골재를 공급하였다고 주장하는 OOO 주식회사 대표이사가 작성한 거래사실확인서와 OOO의 사실확인서 등도 제출하였다. (바) 청구인들은 OOO에게 쟁점토지에 제1종 근린생활시설(소매점)을 건축허가서를 2006년 5월에 교부받고, 2007년 10월에 소매점 착공신고 수리통보를 받았다. (사) 공동취득자들은 2017년 12월경 OOO과 관계토지를 공장용지로 개발하기 위한 도급계약을 체결하였으나, 공장용지 허가를 득하지 못하여 아래와 같이 2008.6.30. OOO와 다시 도급계약을 체결하였다고 주장하고 있고, 청구인들은 청구주장과 같이 OOO가 OOO에게 당시 OOO을 송금한 사실이 금융거래내역으로 확인되므로, 총 도급공사비 OOO을 공동취득자들 간의 면적비율 등을 고려하여 배분한 금액에 의하여 청구인들이 개별적으로 OOO와 체결한 도급계약서상 도급금액인 쟁점③비용을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하고 있다. ＜공장 설계용역 도급계약서＞ (아) 청구인들은 2008.3.5. OOO와 아래와 같이 쟁점④비용을 도급금액으로 하여 쟁점토지의 도로를 건설하는 도급계약을 각자 체결하였다고 주장하고 있고, OOO는 2009.10.28. 아래와 같이 OOO 주식회사와 관계토지 전체에 대한 도로 및 기반시설공사 도급계약을 체결하여 도로가 건설되었다고 주장하고 있으며, 2013.1.14. 도로를 준공하여 OOO에게 기부채납하였다. ＜청구인 OOO와 OOO 간의 2008.3.5.자 도로공사 계약서 예시＞ ＜OOO와 OOO 주식회사 간의 2009.10.28.자 공사도급계약서＞ (자) 쟁점⑤비용과 관련하여 청구인들은 2011.3.31. 쟁점토지에 건축물 터파기 공사를 진행하기 위하여 OOO 주식회사OOO와 각자 자신이 소유한 토지에 대하여 아래와 같이 건축공사 도급계약을 각각 체결하였다고 주장하고 있고, 공사 도중 쟁점토지 인근 주민의 민원으로 공사가 중단되었다고 주장하고 있으며, 그 근거로 OOO이 작성한 사실확인서를 제출하였다. ＜청구인 OOO와 OOO 주식회사 간의 2011.3.31.자 건축공사 도급계약서 주요내용 예시＞ ＜OOO이 작성한 사실확인서＞ (차) OOO 주식회사가 쟁점⑤비용을 청구인들로부터 수취하고 발행한 세금계산서상 품목란에 청구주장과 같이 ‘건축물 터파기 공사대금’이 아니라 ‘공장부지 도로공사’ 관련으로 기재되어 있고, 처분청은 쟁점⑤비용은 청구인들의 필요경비로 기 공제하였다. (카) 청구인 OOO와 OOO은 추가로 성토공사 등을 하여 쟁점⑥비용을 지출하였다고 주장하면서, 그 근거로 OOO와의 공사도급계약서 등을 제출하였다. (타) 청구인 OOO은 쟁점⑦비용을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하고 있고, 처분청은 쟁점⑦비용의 경우 거래당시에 수수한 세금계산서 등 객관적인 증빙자료에 의하여 그 지출사실이 확인되므로 이 건 부과처분시 쟁점토지 관련 필요경비를 기 공제하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점토지를 취득하여 양도할 때까지 토지형질 변경공사, 도로공사 및 부지정리공사 등을 진행하였으므로 쟁점토지가 취득시부터 건설에 착공한 토지에 해당하여 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 착공은 당해 토지에서 토목공사를 포함하여 건설공사가 시작된 경우를 의미하고 착공에 필요한 준비작업을 하는 경우까지 포함한다고 보기는 어려우므로 청구인들이 쟁점토지상에 도로공사, 토지 형질변경 등 공사를 하였다고 하여도 그러한 사실만으로 건설에 착공한 것으로 인정할 수 없는 점, 청구인들은 쟁점토지 양도일 현재 건축허가에 따른 건축물 착공신고를 한 사실이 없는 점, 처분청이 제출한 자료에 따르면 쟁점토지를 매수한 OOO은 주식회사 OOO에게 쟁점토지를 양도한 후 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 관련 양도소득세를 신고하였고, OOO으로부터 쟁점토지를 매수한 주식회사 OOO가 2019.6.10. 쟁점토지상에 건축물착공신고를 한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구인들이 양도한 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 보아야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 기 인정한 필요경비 외에 청구인들이 주장하는 필요경비 중 추가로 인정할 부분이 없다는 의견이나, 청구인들은 폐염전이었던 쟁점토지를 취득하고 매립공사를 하여 형질변경을 한 사실은 인정되는 점, 관계토지의 공동취득자 중 OOO가 OOO에게 2008.7.1. OOO, 2008.7.23. OOO을 지급한 사실은 확인되고, 이를 공장설립허가 대행용역대금으로 지급한 것이라는 청구주장에 신빙성이 없다고 보기 어려운 점, 청구인들이 쟁점토지를 공장용지로 개발하면서 우수관, 오폐수관, 수도관 등 기반시설 공사를 한 것으로 보이는 점, 청구인들의 쟁점토지에 대한 취득세 등이 납부된 것으로 보이는 점 등을 감안할 때, 청구인들의 쟁점토지에 대한 「소득세법」제97조 제1항 제2호에서 규정한 자본적 지출액 및 취득세 등을 재조사하고, 그 결과에 따라 청구인들이 각자 부담한 것으로 확인되는 금액을 청구인별로 필요경비에 산입하여 각 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.