조심 2010서2829 (2011.06.28)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 (구)OOO와 (구)주식회사 OOO의 합병계약에 따라 2001.11.1.을 합병기준일로 하여 신설합병된 법인이고 OOO은행과 OOO은행은 합병으로 인하여 소멸하였는 바, OOO은행은 1998～2001사업연도에 종업원에게 반환의 책임이 주어지거나 기준금액을 초과한 사택임차보증금 상당액(이하 “쟁점보증금”이라 한다)을 업무무관가지급금으로 세무조정하여 인정이자 익금산입하고 지급이자 손금불산입하였으나, OOO은행은 OOO은행과 달리 1999～2001사업연도 법인세 신고시 사택임차보증금 상당액(이하 “임차보증금”이라 한다)을 법인세법상 업무무관가지급금으로 보지 아니하고 이에 대하여 별도의 세무조정을 하지 아니하였다.

나. 그 후 2004년 서울지방국세청장의 청구법인에 대한 정기세무조사결과에 따라 처분청이 OOO은행이 1999～2001사업연도에 임차보증금을 종업원에게 대여한 것으로 보고 이에 대한 인정이자 상당액을 익금산입하고 관련 지급이자를 손금불산입하여 2004.4.1. 1999～2001사업연도 법인세 22,057,294,090원을 부과한 데 대하여 청구법인이 2004.6.28. 국세심판을 제기하자, 국세심판원은 2000.4.3. 재정경제부령 제138호로 개정된 소득세법시행규칙 부칙 제5조【사택에 관한 경과조치】를 근거로 “2000.4.3. 이전에 임대계약이 체결된 분 중 2000.4.3. 이후 잔여임차기간이 남아 있는 분에 대하여 해당 임대차계약기간 동안의 인정이자를 익금산입액에서 차감하고 동 관련 지급이자를 손금불산입액에서 차감하는 것으로 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다”고 결정하였으나, 청구법인은 1999사업연도 법인세 및 농특세부과처분에 불복하고 소송을 제기하여 2010.1.28. 처분청의 부과처분을 취소하여야 한다는 판결(대법원 2010.1.28. 선고 2007두16813 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)을 받게 되었는바, 청구법인은 OOO은행이 쟁점보증금을 업무무관가지급금으로 보고 세무조정하여 법인세를 과다납부한 사실에 대하여도 쟁점판결이 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】제2항의 후발적 경정청구 사유에 해당되는 것으로 보고 2010.3.26. 경정을 청구하였지만 처분청은 쟁점판결이 OOO은행에 대하여는 후발적 경정청구사유에 해당되지 아니한다고 보아 2010.5.24. 경정을 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.6.11. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구취지

OOO은행이 쟁점보증금을 업무무관가지급금으로 보고 세무조정하여 법인세를 과다납부한 사실에 대하여 경정을 거부한 처분청의 결정을 취소하고 과세표준 및 세액을 아래 ＜표1＞과 같이 경정하여야 한다.

＜ 표1 ＞ (단위 : 원)

(2) 청구이유

(가) 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 경우에 해당한다.

1) 서울지방국세청장은 1999.2.1. ‘임대사택의 대여이익의 처리방안’이라는 공문을 각 세무서장에게 하달하였으며, 이에 따라 모든 금융기관에 대하여 과세관청의 지시사항이 전달되었고, OOO은행은 이러한 과세관청의 지시사항이 적법한 지도라 믿고 동 지시사항에 따라 세무처리를 한 것인바, 이 건은 청구법인이 자발적으로 세무신고 및 납부를 한 것이 아니라 쟁점보증금에 대한 과세관청의 지시사항과 공식적인 의견표명에 따른 것이므로 청구법인이 자체적으로 세법을 해석하여 법인세 신고를 한 경우라면 그 귀책사유가 청구법인에 있다고 할 수 있으므로 후발적 경정청구를 통하여 반드시 구제되어야 한다고 하기는 어렵지만 과세관청이 쟁점보증금을 업무무관 가지급금으로 처리하도록 구체적으로 지시하여 이에 대한 최종적인 판결이 나오는 경우에는 동 판결을 기초로 조세불복을 할 수 있는 기회가 적어도 한번은 주어져야 한다.

2) 후발적 경정청구는 법에 규정된 사유들의 본질상 이미 경정청구기한이나, 조세불복청구기한이 경과한 경우가 다수 발생할 수 있고 그런 경우에도 납세자에게 단순히 형식적으로 불복기간이 경과하였음을 이유로 권리구제를 박탈하는 것은 실질적으로 납세자에게 매우 억울한 측면이 있으니 이를 방지하겠다는 취지로 도입된 것으로 이해되고 있는바, 이는 입법자가 조세정의, 조세부담의 공평 등 조세법의 대원칙에 입각하여 입법적 해결을 시도한 것이라 할 수 있다.

이 사건의 경우에도 과세관청의 지도에 따라 청구법인이 1998사업연도에 대한 법인세를 신고.납부한 이래로 최종적인 대법원의 판단이 나오기 까지 10여년이 경과하여 청구법인으로서는 불가항력적으로 일반적인 경정청구기간을 도과할 수밖에 없었고, 이에 대하여 심판청구를 통한 구제를 받지 못한다면 과세관청의 지시에 순응하여 성실하게 세금을 납부한 자가 지시에 불응하여 조세불복을 한 자에 비하여 조세정의, 조세부담의 공평이라는 측면에 있어서 심히 부당한 지위에 처하게 되며, 결국 납세자의 입장에서는 과세관청의 지시에 의하여 신고.납부한 세금에 대하여 무조건 불복하라는 결과가 되므로 납세자와 과세관청 사이에 불신만을 초래하게 되는 것이다.

또한 대법원 판례(2006.9.22. 선고 2006두6437 판결)는 과세관청의 세금부과처분이 납세고지의 위법으로 취소되자 과세관청이 그 판결의 확정일로부터 1년 이내에 그 잘못을 바로 잡아 다시 부과처분을 한 사안에서, 이는 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호가 정하는 당해 판결에 따른 처분으로 제1항에서 정하는 제척기간의 적용이 없다고 판시하고 있는 바, 과세관청의 경우 자신의 잘못으로 인하여 납세고지를 잘못한 경우에도 추후 부과제척기간이 도과한 상태에서 이를 바로잡아 부과처분을 한 경우 적법하다고 하고 있음에도 납세자의 경우는 자신의 잘못이 아닌 과세관청의 잘못된 지도로 인한 경우까지 구제받지 못한다고 하는 것은 형평을 잃은 해석이라고 할 것이다.

3) OOO은행은 OOO은행과 합병계약에 따라 2001.11.1.을 기준으로 신설합병법인인 청구법인을 설립하여 주택은행은 소멸하고 더 이상 존재하지 않는 법인이 되었으므로 OOO은행과 OOO은행은 동일 당사자가 되었고 OOO은행에서 임대사택 건과 관련하여 심판청구 및 행정소송도 2004년 초의 청구법인에 대한 세무조사 후에 제기된 것인바, 청구법인이 경정청구를 거쳐 심판청구를 하고 있는 이 사건은 청구법인이 OOO은행의 임차보증금 관련 조세소송과 동일한 과세기간에 대한 것이고 이 사건 청구는 OOO은행의 1998～2001(1월～10월)사업연도에 관한 것이며 청구법인에서 행정심판 및 대법원 판결을 통하여 승소판결을 받은 사업연도는 OOO은행의 보증금과 관련하여 1999～2001사업연도이나, OOO은행의 경우 1998사업연도에 대하여 불복을 하지 아니한 것은 1998사업연도의 경우 결손이 발생하여 별도로 불복을 하지 아니한 것이므로, 이 사건 심판청구는 판결에서 문제되었던 사업연도와 동일한 사업연도에 대하여 불복하는 것이다.

4) 청구법인의 입장에서는 과세관청의 지시를 거부하기 어려웠을 뿐만 아니라 세법 관련 행정의 집행기관인 과세관청의 지시를 믿고 따르지 않을 수 없었는 바, 과세관청의 지시사항이 적법한 것이라 믿고 순응하여 성실하게 세금을 납부했음에도 불구하고 후발적 경정청구사유에 해당하지 아니하다고 본다면 너무나 가혹한 재산권 침해의 결과를 초래할 뿐만 아니라, 심지어 과세관청의 경우는 자신의 잘못으로 인하여 납세고지를 잘못한 경우에도 추후 부과제척기간이 도과한 상태에서 이를 바로잡아 부과처분을 한 경우 적법하다고 하고 있는데, 납세자의 경우 자신의 잘못이 아닌 과세관청의 잘못된 지시로 인한 경우까지 구제를 받지 못한다고 하는 것은 형평을 잃은 해석이다.

5) 청구법인이 2004년 OOO은행의 1998～2001사업연도에 대한 세무조사 후 임차보증금에 대한 세무처리부분에 대하여 불복을 한 것은 OOO은행의 임차보증금과 관련된 일부만 청구를 한 것이나, 청구법인이 과세관청의 경정결정에 대해 불복하여 최종적으로 승소하였으므로 이 승소판결은 청구법인의 청구대상 사업연도의 법인세 신고에 대하여 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 경우에 해당되는바 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정청구사유에 해당될 뿐만 아니라, 법인세 신고한 것 중 일부에 대하여 판결이 나온 경우 나머지 부분은 그 판결에 따라 정정되어야 하므로 쟁점판결을 토대로 나머지 부분인 OOO은행의 쟁점보증금에 관한 부분도 판결의 결론에 맞도록 경정되어야 한다.

6) 2005.6.27일 국세심판원은(국심 2004서2615) OOO은행에 대한 심판결정시 2000.4.3일 현재 임대차계약이 남아있는 부분은 세무상 임대사택으로 보면서도, 그 이후 처음으로 임차계약을 한 부분은 임대사택을 제공한 것으로 보기 어렵다고 판단하였는바, 이에 따라 청구법인이 당해 심판결정에 따른 후속의 세무처리를 하였어야 한다는 주장이 있을 수도 있으나 현실적으로 청구법인의 입장에서는 청구법인의 임대사택 중 어떤 부분이 법인세법이나 소득세법에서 손금으로 인정되거나 근로소득에서 제외되는 임대사택인지 분간하기 어려운 상황이었다.

계속해서 주장한 바와 같이, 당해 사건은 1999년 초에 이루어진 과세관청의 임대사택과 관련한 잘못된 세무지도에 따라 촉발된 것이나, 과세관청은 당시의 지도내용에 반하는 국세심판원 결정이 났음에도 불구하고 국세심판원 결정에 대한 안내를 하거나 지침을 전달하는 등 후속 조치를 취한 바가 없어 청구법인 입장에서는 과거 납부한 법인세를 환급받아야 하는 것인지를 인지하기가 어려운 상황이었으므로 이러한 점을 고려한다면 2000～2001사업연도의 경정청구와 관련하여 납세자가 제기한 후발적 경정청구가 그 요건을 충족하고 있는지에 대하여 아주 엄격하게 해석을 하여야 할 것이 아니라 일반인의 관점에서 국세심판원이든 법원이든 사건이 전부 완결된 시점을 언제라고 보아야 할 것인지를 기준으로 후발적 경정청구의 요건 구비여부를 판단하여야 할 것이다.

(나) 설사, 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 경우에 해당하지 않는다고 하더라도 국세기본법시행령 제25조의2 제4호의 경우에 해당한다.

1) 국세기본법시행령 제25조의2 제1호에서는 후발적 경정청구사유로 “최초의 신고.결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우”를 들고 있는 바, 이 사건은 동일한 법인에서 발생한 사건에 대한 일부 불복이고 청구법인이 과세관청의 지시에 순응한 것에 따른 결과이며 궁극적으로는 청구법인이 신고한 과세표준 및 세액의 계산의 근거가 된 과세관청의 공적 견해 및 지시(임대주택 대여이익 처리방안)가 법원의 판결에 의하여 취소된 경우에 해당한다고 할 것이므로 국세기본법시행령 제25조의2 제1호에 준하는 사유에 해당되는 것이다.

2) 이 사건은 과세관청의 부적법한 지도로 인하여 발생한 사건으로 후발적 경정청구제도의 도입취지와 조세정의 및 조세형평성이라는 후발적 경정청구의 판단기준에 비추어 보면 후발적 경정청구 사유로 인정되어야 하는 바, 청구법인의 불복으로 인한 쟁점판결은 국세기본법 제45조의2 제2항의 같은 법인 및 같은 과세기간에 대한 판결로서 청구법인의 1998사업연도 법인세 신고분에 대하여 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 동법 시행령 제25조의2 제1호 및 제4호 등을 근거로 인용되어야 한다.

(다) 기타 주장

1) 실질적 불복기회의 부존재

처분청에서는 후발적 경정청구는 일반적 경정청구기간 내에 권리구제의 기회가 주어지지 않은 경우에만 제한적으로 적용되어야 한다고 주장하고 있으나, 법인세, 소득세 등을 비롯하여 신고납부를 하고 나면 일정기간 동안 경정청구를 할 수 있는 기회는 다른 세금신고에 대해서도 주어지므로 실질적으로 불복기회가 없었다면 후발적 경정청구를 할 수 있다는 점에 비추어 과세관청의 주장은 타당하지 아니한바, 각 은행이 직원들에게 제공한 임대사택과 관련한 세무처리 방안은 지방은행까지 포함하여 1998년 말 은행권을 뜨겁게 달군 핵심 이슈였고 이에 대한 과세관청의 입장은 단기간 내에 검토된 것이 아니라 여러 이해관계자들의 의견을 청취하여 오랜 기간 동안 숙고한 끝에 나온 결론이므로 청구법인은 국세청, 기획재정부의 예규를 신뢰할 수밖에 없었고 서울지방국세청의 임대사택 대여이익 처리방안과 이에 따른 세무서의 지시에 따라 세무처리를 할 수밖에 없었으며 OOO은행을 제외한 다른 은행 대부분도 이러한 과세관청의 방침을 받아들인 것으로 볼 때에 청구법인에게는 실질적으로 불복기회가 존재하지 아니한 것으로 볼 수 있다.

아울러 과세관청은 2001.11.1. OOO은행과 OOO은행의 합병으로 청구법인이 권리의무를 승계한 이후에도 국세기본법 제45조의2 제1항의 경정청구기간이 도과하지 않은 상태라고 하고 있으나, 1998～ 2000 사업연도에 대한 경정청구기간은 1년이었고 2000.12.29. 국세기본법의 개정(법률 제6303호)으로 경정청구기간이 2년으로 변경되었으므로 합병 당시에는 1998～1999 사업연도에 대한 경정청구기간은 도과한 상태였으며 합병으로 신설된 청구법인이 (구)OOO2은행의 세무조정내역을 알았다 하더라도 이 사업연도에 대하여 불복의 기회를 전혀 가질 수 없었다. 청구법인은 2001.11.1. 합병이후에도 OOO은행과 OOO은행의 세무조정의 차이 부분에 대하여 별도로 논의를 하지 않고 구분경리를 하여 왔으며, 이는 합병 후 합병 1기(2001.11.1～12.31.)와 합병 2기(2002.1.1.～12.31)에 대한 법인세 신고내역에도 OOO은행 분에 대하여는 계속 임차보증금을 업무무관가지급금으로 처리하여 이자상당액을 손금불산입한 것으로 알 수 있는 바, 결국 청구법인은 합병후에도 별도로 구분경리를 하여 합병으로 소멸한 법인들의 세무처리내역을 비교.분석한 적이 없었다.

2) 신의성실 원칙의 적용 및 과세관청 주장의 제한(禁反言)

일반적으로 신의성실의 원칙은 과세관청의 언동, 납세자의 신뢰와 인과관계, 보호가치 있는 신뢰, 신뢰에 반하는 과세관서의 적법한 처분, 납세자의 불이익이라는 요건이 충족된 경우 적용되는 바, 통상적으로는 신의성실의 원칙은 과세관청이 세금을 부과하지 않겠다는 언동을 한 후 추후에 과세를 하여야 한다고 입장을 변경한 경우에 적용되고 있지만, 신의성실의 원칙의 적용요건만 충족한다면 반드시 이러한 경우에만 한정할 이유는 없으므로 과세관청이 세금을 납부하도록 지시하고 이를 신뢰한 납세자가 세금을 납부한 다음, 사정의 변경(예 : 법원 판례의 생성)이 발생하여 과세관청의 지시가 부적법한 것으로 판명되어 납세자에게 불이익이 발생한 경우에도 적용되어야 할 것이다. 특히, 과세관청의 언동에 따라 처음부터 세금을 내지 않는 경우에도 보호하면서, 적극적으로 국가를 신뢰하여 세금을 납부 한 경우에는 보호를 하지 않는다는 것은 형평성 측면에서 타당하지 않다고 할 것이다.

또한, 판례는 채무자가 시효완성 전에 채권자의 권리행사나 시효중단을 불가능 또는 현저히 곤란하게 하였거나, 그러한 조치가 불필요하다고 믿게 하는 행동을 하였거나, 객관적으로 채권자가 권리를 행사할 수 없는 장애사유 등이 있어 채무이행의 거절을 인정함이 현저히 부당하거나 불공평하게 되는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 채무자가 소멸시효의 완성을 주장하는 것이 신의성실의 원칙에 반하여 권리남용으로서 허용될 수 없다고 하고 있는바(대법원 2005.5.13. 선고 2004다71881 판결), 처분청이 임대사택에 관한 세무검토를 통하여 업무무관가지급금으로 처리를 하여 이자를 손금불산입하여 법인세를 신고하도록 지시하고서도 신의성실의 원칙상 과연 과세관청이 경정청구 기간 내에 불복하지 않았다고 주장을 할 수 있는지 의문이 아닐 수 없다 할 것이다. 신의성실의 원칙 및 판례의 취지에 따른다면 임대사택에 관한 세무검토를 통하여 업무무관가지급금으로 처리를 하여 이자를 손금불산입하도록 한 과세관청이 후발적 경정청구는 일반적 경정청구의 기회가 주어지지 않는 경우에만 가능하다고 주장을 하는 것은 권리남용으로 허용될 수 없다고 할 것이다.

3) 후발적 경정청구의 범위

종래 국세심판원(국심 2003서3467, 2004.3.29) 사례를 보면, 후발적 경정청구 대상 사업연도를 판결이나 심판결정에서 인용된 과세사업연도에 한정하고 있지 않는바, 동 사안은 과세관청에서 법인이 1998, 1999 및 2001사업연도분 법인세는 과소신고하였고 2000 및 2002사업연도분을 과다신고하였다는 이유로 1998, 1999 및 2001사업연도 법인세 신고분에 대하여는 증액결정하고 2000 및 2002사업연도에 대하여는 감액결정하면서 과세표준이 감액경정된 2000사업연도분에 대하여는 총 394백만원의 환급세액이 발생하였지만 가산세 135백만원을 가산하여 259백만원만 환급처분한 사안으로서, 과세관청의 부과처분에 대하여 납세자가 1998, 1999 및 2001 사업연도의 부과처분에 불복한 데 대하여 국세심판원이 과세관청의 증액경정 등은 타당하지만 납세자에게 과실은 없어 가산세를 부과할 수는 없다고 판시하자, 다시 납세자가 국세심판원 결정을 근거로 2000사업연도에 대한 가산세에 대하여 후발적 경정청구를 제기하였지만 처분청은 이를 거부하였고, 이에 대하여 납세자가 다시 불복하여 심판청구를 제기하자, 심판청구에서 처분청은 1998, 1999 및 2001사업연도에 대한 국세심판결정은 경정청구대상 사업연도인 2000사업연도의 결정 또는 경정에 직접적 효력이 미치지 아니하므로 이를 근거로 후발적 경정청구를 할 수 없거나, 2000사업연도의 가산세를 부과통보받고(실제 환급세액이 가산세 분만큼 감액되었지만 가산세액이 사실상 과세된 사실을 확인함) 90일 이내에 불복을 제기하지 아니한 것은 각하사유에 해당된다고 주장한 바 있으나, 국세심판원에서는 2000사업연도의 가산세 처분에 대하여 후발적 경정청구를 할 수 있다고 판시한 바 있다.

또한 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호에서는 ‘결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’를 후발적 경정청구 사유로 정하고 있습니다. 그런데 국세기본법 제26조의2 제2항에 따르면 심사청구, 심판청구, 소송 등 조세불복을 하여 결정 또는 판결이 나면 과세관청은 결정 또는 판결의 취지에 따라 경정결정을 하게 되며, 이 경우 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호에 따라 다른 과세기간의 최초 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 따라서 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우가 발생한다면 다른 사업연도에 대해서도 후발적 경정청구가 가능하다고 할 것이다. 본 건에서도 OOO은행 임대사택 관련 1999사업연도 법인세 신고분에 대하여 2004.4.1. 경정결정이 있은 후, 2010.1.28 선고된 2007두16813 대법원 판결에 따라 과세관청에서 재경정을 하였으므로 이러한 (재)경정결정에 따라 최초 신고한 다른 사업연도의 과세표준 및 세액을 초과하는 경우가 발생하였다고 할 것이므로 판결에서 쟁점이 된 1999사업연도 뿐만 아니라 다른 사업연도에 대하여도 후발적 경정청구가 가능하다고 할 것이다.

결국 청구법인이 OOO은행 임대사택과 관련된 세무처리에 불복하여 2010.1.28. 선고된 대법원의 판결OOO은 OOO은행의 1999사업연도에 관한 것이지만, 후발적 경정청구에서 이 판결의 효력은 OOO은행의 1999사업연도 법인세 신고분에 대해서만 적용되는 것이 아니라 1998, 2000 및 2001 사업연도에도 미치는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) OOO은행의 쟁점보증금인정이자에 대한 경정청구제척기한도과시점, 과세관청의 OOO은행 임차보증금 관련 법인세등 부과처분시점, 청구법인이 OOO은행 임차보증금 관련 법인세등 부과처분에 대한 불복청구제기시점등을 살펴보면 다음과 같이 청구법인의주장은 매우 부당하다.

＜ 표 2 ＞ OOO은행 사택임차보증금관련 법인세등 부과처분시점

＜ 표 3 ＞ OOO은행 사택임차보증금 경정청구기한(국세기본법 제45조의2 제1항)

위 ＜표2＞의 내용과 같이 OOO은행 임차보증금인정이자에 대한 대법원판결OOO관련 부과처분시점을 보면, 과세관청인 OOO세무서장은 청구법인에게OOO은행임차보증금 인정이자등과 관련한 법인세 등을 2004.4.1.(1999사업년도)과 2004.12.10.(2000사업년도)에 각 고지하였고 청구법인은 과세관청의 부과처분에 대하여 불복청구를 하였으나, OOO은행의 1999사업연도 임차보증금관련 법인세등의 고지일인 2004.4.1.과 2004.12.10.에는 OOO은행의 사택임차보증금에 대한 경정청구기한이 이미 경과된 상태이었다.

위 ＜표3＞과 같이OOO은행의 쟁점보증금의 경정청구기한은 가장 최근사업년도인 2001년귀속분을 기준으로 하더라도 2004.3.31.자로 제척기한이 이미 경과한 상태였다. 즉, 쟁점보증금에 대한 경정청구기한이 경과되어 청구권이 소멸된 이후에 비로소 OOO은행 사택임차보증금 관련 부과처분이 이루어졌고, 동부과처분에 대하여 청구법인이 불복하여 2004.6.28.심판청구를 제기한 것이다.

이와 같이 OOO은행임차보증금 관련 부과처분당시 뿐만아니라 과세관청의 부과처분에 대한 불복청구시에도 모두 쟁점보증금에 대한 국세기본법 제45조의2 제1항의 경정청구기한이 도과한 상태이었으므로 두 소멸법인의 각 임차보증금 인정이자와 관련한 세무조정 또는 경정청구 문제는 서로 아무런 관련성이 없는 전혀 별개의 사건에 해당함이 명백하다 할 것인바, 두 소멸법인의 임차보증금간에 서로 직접적인 관련성이 있다고 주장하는 것은 매우 부당하다.

(2) 청구법인은 OOO은행이 과세관청의 세무지도를 거부하기 어려웠고, 과세관청의 세무지도를 적법한 것이라 믿고 세금을 납부하였다고 주장하고 있으나, 청구법인이 신설합병 되기전 OOO은행과 OOO은행은 서울지방국세청이 1999.2.1.하달한「임대사택 대여이익 처리방안」에 의거 관할세무서로부터 임차보증금인정이자상당액 익금산입 등의 세무조정을 이행할 것을 세무지도 받았으며. 과세관청의 세무지도에 대하여 OOO은행은 세무지도내용대로 세무조정을 하였으나 OOO은행은 과세관청의 세무지도에도 불구하고 임차보증금인정이자익금산입등의 세무조정을 이행하지 아니하였는바, OOO은행은 과세관청의 세무지도를 따르지 아니하였고, 2001.11.1.신설합병된 청구법인도 세무지도를 이행하지 아니하여 2004.4.1.서울지방국세청의 정기세무조사시 확인된 임차보증금인정이자등과 관련된 법인세등의 부과처분을 받게 된 것이므로 청구법인이 과세관청의 세무지도를 믿고 따랐다는 주장은 사실과 다르다.

비록 과세관청의 세무지도가 있었다고는 하나 세무지도사항의 적정여부를 OOO은행이나 OOO은행이 자신들 책임하에 각자 판단하여 세무지도내용대로 이행하거나 이행하지 아니한 것이므로 OOO은행의 경정청구기한을 세법에 따른 자진신고 등 일반적인 경우와 다르게 적용할 특별한 이유는 없는바, 후발적 사유에 의한 경정청구기한을 적용할 수는 없으며 국세기본법 제45조의2 제1항에 정하여진 일반적인경우의 경정청구기한이 적용되어야 한다.

국세기본법 제45조의2 제2항의 후발적경정청구는 납세자에게 권리구제의 기회를 일방적으로 박탈하는 것을 방지하겠다는 취지의 법조항으로서 납세자에게 일반적경정청구기한 내에 권리구제의 기회가 주어지지 않은 경우에만 제한적으로 적용되어야 한다.

쟁점보증금의 세무조정과 관련하여 OOO은행 또는 청구법인이 권리구제의 기회를 박탈당하거나 또는 권리행사가 불가능하였다고 볼만한 아무런 사정도 없다. OOO은행 또는 청구법인은 아무런 방해가 없는 자유로운 상태에서 일반적 경정청구기한이 경과할때까지 아무런 권리행사를 하지 않아 제척기한이 도과한 것일 뿐이다.

(3) 청구법인은 OOO은행 사택임차보증금 관련 불복이 대법원판결로 확정되기까지 장기간의 시일이 경과하여 불가항력적으로 일반적경정청구기한을 도과할 수 밖에 없었다고 주장하지만, OOO은행과 청구법인이 처분청을 상대로 한 경정청구를 제기함에 있어서 아무런 걸림돌도 없었다. OOO은행이나 신설합병후 청구법인은 국세기본법 제45조의2 제1항의 청구기한내에 얼마든지 경정청구를 할 수 있었고 OOO은행의 임차보증금에 대한 과세관청, 법원에서의 불복청구 진행기간중에도 OOO은행 사택임차보증금에 대한 청구법인의 경정청구를 방해하거나 불가능하게 한 특별한 사정도 확인되지 아니한다.

OOO은행은 과세관청의 사택임차보증금 관련 세무지도내용의 적정여부를 자신의 책임하에 스스로 판단하고 세무조정하여 신고.납부하였으나, 신고납부에 대하여 경정청구를 한 사실이 없어서 제척기한이 경과된 것일 뿐이다.

2001.11.1. OOO은행과 OOO은행이 합병으로 소멸되고 청구법인이 신설되어 소멸법인들의 모든 권리의무를 승계한 이후에도 경정청구기한이 일정기간 존속하기도 하였으나 청구법인은 쟁점보증금 인정이자와 관련하여 과세관청에 아무런 청구도 하지 아니하였다.

청구법인이 신설합병시에도 OOO은행과 OOO은행의 세무조정사항을 비롯한 소멸법인들의 재무상태 전반에 걸쳐 정밀하게 점검하여 합병후의 회사운영을 계획하는 것은 필수적인 것이므로 2001.11.1.합병당시나 합병이후에 OOO은행이 쟁점보증금에 대한 인정이자익금산입등의 세무조정을 한 상태라는 사실을 알고 있었다 할 것이나, 청구법인이 OOO은행 사택임차보증금에 대한 경정청구를 하지 아니하였고, 제척기한이 경과되었다.

만약 청구법인이 합병당시나 합병이후에도 쟁점보증금의 세무조정내용을 몰랐다고 주장한다면 그것은 청구법인 스스로 중대한과실을 범하였다고 시인하는 것이나 다름없다 할 것이므로 이 경우에도 경정청구기한 도과의 귀책사유는 전적으로 청구법인에게 있다 할 것이다.

(4) 청구법인은 2006.9.22.선고 대법원 OOO 판결 및 국세기본법 제26조의2제2항제1호에서는 부과제척기한이 도과한 경우에도 과세관청은 판결확정일로부터 1년 내에는 부과처분이 가능한 것에 비하여 납세자의 경우에는 과세관청의 잘못된 세무지도로 인한 경우까지 구제받지 못한다고 하는 것은 형평성을 잃은 것이라 주장하고 있으나, 과세관청의 세무지도, 법적용, 법해석, 사실관계판단의 적정여부를 확인하기 위하여 세법에 불복청구절차를 두고 있으며, 다른 한편으로는 법률관계의 안정성을 위하여 법률관계를 조기에 확정하고자 권리구제기한을 두고 있는바, 이 건과 같은 경우 OOO은행이나 청구법인이 정하여진 기간내에 권리구제절차를 이행하지 아니하여 법률관계가 확정된 것일 뿐이다. 청구법인등에게 권리구제의 방법이 없었다거나 청구기한이 박탈되는 등의 다른납세자들과 다른 특별한 사정은 확인할 수 없으므로 위 판례를 이 사건과 결부시키는 것은 적정하지 아니하다.

(5) 과세관청은 자신의 지도내용에 반하는 국세심판원(2005.6.27. OOOOOOOOOO)결정이 났음에도 국세심판원에 결정에 따른 안내를 하거나 지침을 전달하는 등의 후속조치를 취하지 아니한 잘못이 있으므로 국세심판원, 법원, 구분없이 사건이 전부 완결된 시점을 기준으로 청구법인의청구내용전체에 대한 후발적 경정청구요건 구비시점으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 제3자가 아닌 OOO은행 임차보증금 불복사건의 당사자이자 OOO은행의 권리의무를 승계한 청구법인이 과세관청의 안내 또는 지침을 전달받지 못하여 쟁점보증금에 대한 권리행사를 제대로 하지 못하였다는 주장은 맞지 않으며, OOO은행 임차보증금에 대한 국세심판원 결정시 청구내용이 일부 인용되어 확정되었다는 것을 청구법인이 알았다는 점은 부인할 수 없는 사실인 바, 심판결정으로 일부인용되어 이미 확정된 부분까지도대법원의 판결에 의한 종결시점을 후발적경정청구요건 발생시점으로 보아야 한다는 것은 전혀 설득력이 없다.

청구법인은 OOO은행 임차보증금관련 심판청구가 국세심판원(2005.6.27., OOOOOOOOOO)에서 일부인용 결정되어 세액감액이 확정되었음에도 쟁점보증금 세무조정과 관련하여 아무런 후속조치를 취하지 아니하였다. 국세심판원의 결정내용은 청구법인 입장에서는 OOO은행과 OOO은행의 각 임차보증금에 동일하게 영향을 줄개연성이 있었던 것이고, 청구법인은 조세심판결정 시점에서 그러한 사정을 누구보다도 잘 알았다 할 것임에도 OOO은행 쟁점보증금에 대해 아무런 조치를 취하지 아니하였다. 이러한 사정을 감안하면, OOO은행 임차보증금관련 부과처분일 이전에 OOO은행의 쟁점보증금 관련경정청구기한이 도과한 사실등을 청구법인도 이미 알고 있었던 것으로 추측된다.

(6) 청구법인이, 국세심판원이든 법원이든 간에 문제된 사건 전부에 대하여 결정이 나야만 그 사건이 전부 해결된 것으로 이해하였다거나 또는 사택임차보증금에 관련된 어떤부분이 손금으로 인정되는 것인지 또는 근로소득에서 제외되는 임대사택인지 구분이 어려웠다고도 주장하나, 청구법인은 국내 굴지의 대규모 금융회사이자 불복당사자로서 청구법인 스스로 과세관청의 처분이 부당함을 구체적으로 주장.입증하여 심판에서 일부인용 결정을 받는 등 누구보다도 다툼의 내용을 잘 알고 있는 상황임에도 어떤부분이 손금으로 인정되는 것인지, 또는 근로소득에서 제외되는 임대사택인지 구분이 어려웠다는 주장은 이해하기 어렵다.

(7) 청구법인은 이 건 경정청구사유가 설령 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 해당하지 않는다고 하더라도 국세기본법시행령 제25조의2 제4호의 경우에 해당한다고 주장하면서, 구체적으로 이건 후발적사유가 국세기본법시행령 제25조의2 제1호 “최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때”와 유사한 경우이므로 국세기본법시행령 제25조의2 제4호 “기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때”에 해당한다고 주장하고 있으나, OOO은행 임차보증금에 대한 대법원판결에서는 OOO은행의 쟁점보증금 세무조정과 관련하여 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등의 효력에 관계되는 처분이 취소된 바 전혀 없으므로 국세기본법시행령 제25조의2제1호에 해당하지 아니하는 것이며, 시행령 제25조의2제4호 “1호에 준하는사유 ”에도 해당하지 아니한다.

(8) 청구법인은 OOO은행 임차보증금과 관련된 부분만 불복청구를 하여 대법원에서 최종적으로 승소하였는데, 일부에 대하여 판결이 나온 경우 나머지 부분에 대하여도 그 판결에 따라 정정되어야 하는 것이므로 쟁점보증금도 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 후발적경정청구사유에 해당한다고 주장하고 있으나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것이다(2004.5.28.선고 대법원 2003두7392 판결 등).

국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 후발적경정청구에 대한 규정에서「판결」이라 함은 과세표준 및 세액산출근거가 된 거래 또는 행위에 관한 소송에 대한 것으로서 그로 말미암아 당해 거래 또는 행위의 법률효과 내지 법적의미에 관하여 직접적인 영향을 미치는 것을 말하는 것이며, 그 영향은 당해소송으로 제기된 다툼에 한정되는 것이고, 다른 사건의 유사한 다툼이나 설령 같은 사건의 유사한 다툼이라 하더라도 판결에서 제기되지 않은 다툼에까지 그와 같은 세법의 적용 내지 해석을 원용할 수 있음을 의미하는 것이 아니다(국심2007서0244, 2007.5.28. ; OOOOOOOOOO, 2002.4.4. 등).

이 건 쟁점보증금에 대하여는 OOO은행이나 청구법인이 불복청구를 한 사실이 없어 청구법인이 후발적경정청구 사유로 제시한 OOO은행 판결문에는 쟁점보증금과 관련한 어떠한 직접적인 사실관계나 판단도 기재되어 있지 아니하며, 청구법인은 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 후발적경정청구 사유를 과다하게 확장 또는 유추하여 해석하는 것이므로 부당하다 할 것이다.

(9) 이 건 심판청구의 시발점이라 할 수 있는 OOO은행 임차보증금관련 법인세 부과처분시(2004.4.1.)에는 쟁점보증금에 대한 경정청구기한(최종 2004.3.31)이 이미 경과된 상태이어서 OOO은행 사택임차보증금 관련 대법원확정 판결과 쟁점보증금의 후발적경정청구사유여부와는 아무런 관련성이 없을 뿐만 아니라, 이건 경정청구와 관련한 국세청 과세자문에 대한 답변(2010.5.6. 법규과-1008)을 보더라도 OOO은행에 대한 대법원판결은 OOO은행에 대한 "후발적경정청구"사유에 해당하지 않는 것으로 회신되었으므로 과세관청의 경정청구 거부처분은 정당하다 할 것이다.

3. 조사내용

가. 쟁 점

청구법인에 합병되기 전의 (구)OOO은행이 1999～2001사업연도에 종업원을 위한 임차보증금의 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입을 익금산입하지 아니하여 과세된 처분에 청구법인이 불복하여 확정된 쟁점판결이 청구법인에 합병되기 전의 (구)OOO은행이 1998～2001사업연도에 쟁점보증금의 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입하여 신고한 사안에 대하여도 후발적 경정청구사유에 해당하는 지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법

(가) 2010.1.25. 법률 제9968호로 개정된 것

제26조의2【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세·증여세는 제1호부터 제3호까지의 규정에도 불구하고 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

가. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 상속세·증여세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우

나. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따른 신고서를 제출하지 아니한 경우

다. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따라 신고서를 제출한 자가 대통령령으로 정하는 거짓 신고 또는 누락신고를 한 경우(그 거짓신고 또는 누락신고를 한 부분만 해당한다)

5. 제2호와 제3호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 「소득세법」 제45조제3항, 「법인세법」 제13조제1호, 제76조의13제1항제1호 또는 제91조제1항제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우에는 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세는 제2호와 제3호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년간

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정·판결, 상호합의 또는 경정청구에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

3. 제45조의2제2항 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제19조제4항에 따른 경정청구가 있는 경우

⑤ 제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청·심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

⑤ 결정 또는 경정의 청구 및 통지 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(나) 1997.12.13. 법률 제5454호로 개정된 것

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

(다) 2000.12.29. 법 제6303호로 개정된 것

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

(2) 국세기본법시행령(2010.2.18. 대통령령 제22038호로 개정된 것)

제25조의2【후발적 사유】법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

(3) 소득세법(1999.12.28. 법률 제6051호로 개정된 것)

제20조【근로소득】① 근로소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 갑 종

가. 근로의 제공으로 인하여 받는 봉급.급료.보수.세비.임금.상여.수당 이와 유사한 성질의 급여

나. 법인의 주주총회.사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 의하여 상여로 받는 소득

다. 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액

라. 퇴직으로 인하여 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득

2. 을 종 : 생략

④ 근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 소득세법시행령(2000.3.28. 대통령령 제16762호로 개정된 것)

제38조【근로소득의 범위】① 법 제20조의 규정에 의한 근로소득의 범위에 다음 각호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

6. 주택을 제공받음으로써 얻는 이익. 다만, 주주 또는 출자자가 아닌 임원(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주주중 제40조의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다)과 임원이 아닌 종업원(비영리법인 또는 개인의 종업원을 포함한다) 및 국가.지방자치단체로부터 근로소득을 지급받는 자가 재정경제부령이 정하는 사택을 제공받는 경우를 제외한다.

(5) 소득세법시행규칙(2000.4.3. 재정경제부령 제138호로 개정된 것)

제15조의2【사택의 범위】① 영 제38조제1항제6호 단서에서 "재정경제부령이 정하는 사택"이라 함은 사용자가 소유하고 있는 주택을 동조동항동호 단서의 규정에 의한 종업원 및 임원(이하 이 조에서 "종업원등"이라 한다)에게 무상 또는 저가로 제공하거나, 사용자가 직접 임차하여 종업원등에게 무상으로 제공하는 주택을 말한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사용자가 임차주택을 사택으로 제공하는 경우 임대차기간중에 종업원등이 전근·퇴직 또는 이사하는 때에는 다른 종업원등이 당해 주택에 입주하는 경우에 한하여 이를 사택으로 본다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 입주한 종업원등이 전근·퇴직 또는 이사한 후 당해 사업장의 종업원등 중에서 입주희망자가 없는 경우

2. 당해 임차주택의 계약잔여기간이 1년 이하인 경우로서 주택임대인이 주택임대차계약의 갱신을 거부하는 경우

부칙 제5조【사택에 관한 경과조치】이 규칙 시행일 현재 사용자가 주택을 임차하여 종업원등에게 저가로 제공하고 있는 경우 그 주택은 임대차계약기간 만료일이 속하는 과세기간분까지 이를 제15조의2의 개정규정에 의한 사택으로 본다.

(6) 법인세법시행령

(가) 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정되기 이전의 것

제46조【법인의 부당한 행위 또는 계산】

② 법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

7. 출자자 등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율.요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때. 다만, 법인이 무주택 사용인에게 주택건설촉진법에 규정하는 국민주택규모 이하의 주택(그 주택에 부수된 토지를 포함한다)의 취득.임차에 소요된 자금(총리령이 정한 금액을 한도로 한다)을 대부하는 경우는 제외한다.

(나) 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정된 것

제46조【법인의 부당한 행위 또는 계산】① 법 제52조제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율.요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 소득세법시행규칙 15조의2【사택의 범위】의 규정이 신설되기 전 은행권 임대주택의 임차보증금에 대한 과세여부 유권해석 및 관련법령의 변천과정에 대하여 본다.

(가) 국세청은 1998.9.29. 간담회를 개최하여 은행권의 임대주택 임차보증금은 입주종업원에 대한 자금대여에 해당되므로 무상대여에 따른 이자 상당액을 종업원의 근로소득에 합산하여 자진납부 하도록 요청하였고, 1998.12.16. 은행권의 임차사택대여는 입주종업원에게 임차보증금 반환에 대한 보증책임을 부과하고 임차보증금 대여기준금액 초과분을 종업원이 부담하도록 하고 있으므로 사택의 제공으로 볼 수 없으며 그 실질이 주택자금의 대출에 해당하는 것이라고 유권해석 하였다(법인46013-3936, 1998.12.16).

(나) 재정경제부는 1999.1.21. 전국은행연합회 및 전국금융노동조합연맹이 한 임대사택관련 질의회신에서 「사용자가 주택을 임차하고 이를 종업원에게 사택으로 제공하는 형식을 갖춘 경우에도 사용자가 허용하는 기준을 초과하는 임차보증금에 대하여 종업원과 임대인간 임대차계약이 체결되어 있거나, 종업원이 사용자의 임차보증금의 반환에 대하여 책임(보증책임 포함)을 지는 경우 또는 이를 사용하는 종업원과 임대인간 별도의 임대차계약이 체결되어 있는 경우에는 당해 주택을 제공받음으로써 얻은 이익을 근로소득에서 제외되는 “사택을 제공받음으로써 얻는 이익”에 해당하는 것으로 볼 수 없는 것이나 이에 해당하는지 여부는 사실관계를 확인하여 판단할 사항임」과 「새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는 것이나, 국세청의 회신(법인46013-3936, 1998.12.16.)이 새로운 해석인지는 사실관계를 확인하여 판단할 사항임」이라는 내용의 회신을 하였다(재소득46073-15, 1999.1.21).

(다) 국세청은 1999.1.29. 아래 내용과 같은 ‘임차보증금 저리대출차액 처리요령’을 제정하여 각 지방청장에게 통보하였다.

임차보증금 저리대출차액 처리요령

㉮ 국세청 회신(법인46013-3936, 1998.12.16)의 적용시기

- 새로운 법해석에 해당하므로 1998.12.16 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용

㉯ 법인세 신고지도 자료로 활용

- 재경부 질의.회신내용을 해당 금융기관과 공공법인 등에게 안내

- 1998귀속 법인세 신고시 임차보증금에 대한 인정이자 상당액을 익금산입하도록 지도

㉰ 1998귀속분에 대한 근로소득세 과세 유보

- 종업원에 대해 소득처분한 금액에 대해 소득금액변동 통지 및 원천징수는 생략(1998년 근로소득 연말정산시 합산 제외)

- 1999귀속분부터는 정상적으로 과세

(라) 국세청은 1999.5.1. 전국금융노동조합연맹이 한 임대사택의 범위에 대한 질의회신에서 「사용자가 임차한 주택을 종업원에게 임대보증금 또는 임대료를 받고 임대함으로써 그 실질내용이 주택자금대출에 해당하는 경우에는 소득세법시행령 제38조 제1항 제6호에 규정한 사택에 해당하지 아니하는 것입니다」라고 회신하였고(법인46013-1655, 1999.5.1.), 재정경제부는 1999.9.3. 전국금융노동조합연맹이 한 임대사택의 범위에 대한 질의회신에서 국세청의 1999.5.1.자 답변과 동일한 내용으로 회신하였다(소득46073-3, 1999.9.3).

(마) 재정경제부는 2000.4.3 소득세법시행규칙 제15조의2의 규정을 신설하여 위와 같이 ‘사택의 범위’를 규정하였고, 2004.6.19 소득세법시행규칙(2000.4.3 제정된 재정경제부령 제138호)의 부칙 제5조【사택에 관한 경과조치】의 해석과 관련하여 동 부칙에서 규정하는 사택의 범위에는 이 규칙시행일 현재 사용자가 임차하되(종업원이 임차보증금 일부에 대하여 별도의 임대차계약을 체결하는 경우 포함) 종업원 등이 임차비용 일부를 부담하고 있는 주택이 포함되는 것이라고 유권해석하였다(재소득-234, 2004.6.19).

(2) 국세심판원은 “…청구법인이 종업원에게 제공한 쟁점임차주택 중 2000.4.3. 현재에 임대계약이 체결되어 잔여임대기간이 있는 분은 2000.4.3. 재정경제부령 제138호로 신설된 소득세법 시행규칙 제15조의2와 동 부칙 제5조의 규정에 의해 잔여임대기간동안 사택으로 보는 것이 타당하고, 동 사택에 대하여는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 단서의 규정에 의해 부당행위계산부인규정이 적용되지 아니하는 것으로 해석하는 것이 타당하다고 판단된다”고 결정하였다(OOOOOOOOOO, 2005.6.27. 참조).

(3) 청구법인이 OOOOOOOOOO(2005.6.27.) 결정에 불복하여 소송을 제기한 결과에 대하여 본다.

(가) 서울행정법원 OOO(2006.10.23) 판결의 청구취지는 “2004.4.1. 1999사업연도 법인세 17,271,560,010원의 부과처분 중 2,978,007,910원을 초과하는 부분, 같은 사업연도 귀속 농특세 28,760,040원의 부과처분 중 4,326,110원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.”이고, 원고(청구법인)의 청구를 기각하는 것으로 판결되었다.

(나) 서울고등법원 OOO(2007.7.3.) 판결의 청구취지는 위 서울행정법원 판결의 청구취지와 같으나, 부과처분을 취소하는 것으로 판결되었고, 판결의 이유는 “…1999년도 법인세법시행령의 사택을 2000년 소득세법시행규칙의 사택과 동일하게 해석할 필요가 없고, 소득세법기본통칙은 대외적인 구속력이 없으므로 사용자가 종업원에게 극히 일부 비용을 부담토록하거나 종업원의 자발적인 의사에 따라 자신이 원하는 지역의 주택을 임차하는 것을 허용하더라도 원고가 이를 관리한다면 사택이라고 볼 수 있는 점 등…”이다.

(다) 쟁점판결인 대법원 2010.1.28. 선고 OOO 판결에서 처분청의 상고는 기각되었는 바, 그 이유는 “…원심은, 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 전문 개정된 구 법인세법시행령 제88조제1항제6호 단서가 ‘법인이 주주 등이나 출연자가 아닌 임원 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우’를 부당행위계산부인의 유형에서 제외하면서 사택을 법인 소유의 것으로 한정하고 있지 않아 임차주택도 임대차계약체결권자, 임차인 명의, 임대차보증금의 지급 및 관리, 종업원의 부담정도 등에 따라 위 시행령 조항상의 ‘사택’으로 볼 수 있다고 한 다음, 원고가 그 복지운영지침에서 정한 보증금 한도액 범위 내의 금액으로 국민주택 규모 이하의 이 사건 임차주택을 원고 명의로 임차하여 4급 이하의 무주택 종업원 중 부양가족이 있는 자에 한해서만 사택으로 제공하여 온 점 등 판시와 같은 사정을 고려하면, 비록 원고가 종업원으로 하여금 스스로 임차주택을 선정하도록 하고 그 중개수수료 또는 관리비 등을 부담하게 하였더라도, 이 사건 임차주택은 위 시행령 조항에서 그 제공행위를 부당행위계산부인의 유형에서 제외하는 ‘사택’에 해당하므로, 원고가 이 사건 임차주택을 임차하면서 부담한 보증금 상당액을 그 종업원에게 무상대여한 것이라고 할 수는 없다고 보아, 피고가 이 사건 임차주택의 보증금과 관련하여 그 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하여 한 이 사건 임대차보증금 관련 법인세 및 농어촌특별세 부과처분은 위법하다고 판단하였는 바, 이러한 원심의 판단은 관계 법령과 기록에 비추어 정당하고, 거기에 주장하는 바와 같은 부당행위계산부인 및 업무무관가지급금에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.”고 적시되어 있다.

(4) 위 사실관계, 국세심판원 결정, 서울행정법원 및 서울고등법원과 쟁점판결 등을 토대로 청구법인의 주장이 타당한지 여부에 대하여 본다.

(가) 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 「판결」이라 함은 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래 또는 행위에 관한 소송에 대한 것으로서 그로 말미암아 당해 거래 또는 행위의 법률효과 내지 법적 의미에 관하여 직접적인 영향을 미치는 것을 말하는 것이며, 그 영향은 당해 소송으로 제기된 다툼에 한정되는 것이고, 다른 사건의 유사한 다툼이나 설사 같은 사건의 유사한 다툼이라 하더라도 판결에서 제기되지 않은 다툼에까지 그와 같은 세법의 적용 내지 해석을 원용할 수 있음을 의미하는 것이 아니라 할 것인바(2001.5.4. 선고 서울행정법원 99구28186 판결 ; 국심2007서0244, 2007.5.28. ; OOOOOOOOOO, 2002.4.4. 등 참조), 쟁점판결은 OOO은행의 1999사업연도에 대한 과세처분에 대하여 1999년도에 적용되는 법률을 근거로 판단한 판결인 반면에, 1998년도와 2000년 이후의 사실관계 및 적용법률을 근거로 판단한 판결이 아니고, 청구법인은 OOO은행과 OOO은행이 2001.11.1. 신설합병된 법인으로써 합병되기 이전에는 OOO은행과 OOO은행은 별개의 법인이었고, 합병으로 인하여 피합병법인의 권리와 의무가 합병후 존속법인에게 포괄적으로 승계되는 것이나 존속하는 법인의 권리와 의무가 거꾸로 소멸한 피합병법인에게 승계되는 것은 아니므로 쟁점판결이 OOO은행의 쟁점보증금에 대하여도 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정청구사유에 해당한다는 청구법인의 주장을 받아들이기는 곤란하다고 판단된다.

(나) 청구법인은 쟁점판결이 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 후발적경정청구사유에 해당하지 아니하더라도 같은법시행령 제25조의2 제1호 또는 제4호의 후발적 사유에는 해당한다고 주장하고 있으나, 쟁점판결은 OOO은행의 1999사업연도에 대한 과세처분에 대하여 1999년도에 적용되는 법률을 근거로 “이 사건 임차주택은 위 시행령 조항에서 그 제공행위를 부당행위계산부인의 유형에서 제외하는 ‘사택’에 해당”한다고 판단한 것인바, 쟁점판결이 “최초의 신고를 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그밖의 처분이 취소된 경우”나 “이에 준하는 사유가 있는 경우”에 해당한다고는 볼 수는 없다고 판단된다.

(다) 청구법인은 과세관청의 언동에 따라 처음부터 세금을 납부하지 아니한 경우에도 보호하면서 적극적으로 국가를 신뢰하여 납부한 경우에는 보호하지 않는다는 것은 신의성실의 원칙 및 형평성 측면에서 타당하지 아니하다고 주장하고 있으나, 신고납세제도 아래서 경정청구제도를 존치하고 있으므로 청구법인이 과세관청의 행정지도에 따라 신고를 하였다고 하더라도 이에 불복할 경우 경정청구를 할 수 있는 권한을 부여하였기 때문에 형평성을 저해하였다고 보기 어려울 뿐만 아니라 신의성실의 원칙을 위반하였다고 보기도 곤란하다고 판단된다.

(5) 따라서, 처분청이 쟁점판결은 OOO은행에 대하여 후발적 경정청구사유에 해당되지 아니한다고 보아서 경정을 거부한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.