조심 2022부6286 (2022.12.21)

OOO서장이 2018.2.20.~2020.2.11. 청구법인에 한 2016년 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 각 부과처분은 각하하고, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인(전 상호 AAA)은 제조업(선박 건조업)을 영위하는 업체로 2016.5.27. OOO법원에 회생절차개시신청을 하였고, 동 법원은 2016.6.7. 청구법인에 대한 회생절차 개시결정을 하였으며 2016.11.11. 회생계획인가결정을 하였고, 회생계획에 따라 청구법인은 회생채권(상거래채권) 중 8%는 현금으로 분할하여 회생채권자들에게 변제하고 나머지 92%의 회생채권은 청구법인의 주식으로 출자전환(이하 “쟁점출자전환”이라 한다)하여 발행된 주식으로 지급하였다. 나. 그 결과, 청구법인의 거래상대방인 회생채권자들이 각 관할서에 청구법인의 회생채권 출자전환에 대한 부가가치세와 관련하여 출자전환된 매출채권 장부가액과 출자전환으로 취득한 주식의 시가와의 차액에 대한 대손세액공제 신고 및 경정청구를 하여 공제(환급)받았고, 각 회생채권자들의 관할세무서로부터 자료를 수보받은 처분청은 청구법인에게 회생채권자들이 부가가치세 대손처분받은 매출세액에 대응하는 매입세액 OOO원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 아래 ＜표1＞과 같이 각 경정.고지하였고 청구법인은 이를 전액 납부하였다. ＜표1＞ 대손처분 매입세액 불공제에 대한 각 경정.고지내역 OOO 다. 이후 청구법인은 쟁점출자전환과 관련한 부가가치세액에 대하여 청구법인의 출자전환 당시 시행중이던 「부가가치세법」에서는 「부가가치세법 시행령」 제87조 제1항 제2호 규정을 두고 있지 않아 동 규정을 적용할 수 없어 회생계획에 따른 출자전환된 채권은 회수불능으로 확정된 채권에 해당하지 않는다는 사유로 처분청에 2022.1.24. 쟁점세액에 대한 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. 라. 처분청은 「국세기본법」제45조의2 규정에 따라 쟁점세액 중 OOO원은 경정청구 기간 도과로, 나머지 경정청구 금액 OOO원은 대손세액공제 사유에 해당한다고 보아 2022.3.7. 청구법인의 경정청구에 대하여 거부하는 통지를 하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.5.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 증액경정인 때에는 처음의 과세처분에서 결정한 과세표준과 세액을 그대로 두고 증액부분만을 결정하는 것이 아니라 처음의 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 증액된 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로 처음의 과세처분은 뒤의 경정처분의 일부로 흡수되어 독립된 존재가치를 상실하여 소멸하고 오직 경정처분만이 쟁송의 대상이 되는 것이 원칙이다(대법원 1984.12.11. 선고 84누225 판결, 대법원 1991.7.26. 선고 90누8244 판결 등 참조). 또한, 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분이 있은 경우 그 경정처분은 당초처분을 그대로 둔 채 당초처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가 확정하려는 처분이 아니고, 재조사에 의하여 판명된 결과에 따라서 당초처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서의 과세표준과 세액을 결정하는 것이므로, 증액경정처분이 되면 먼저된 당초처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 오직 경정처분만이 쟁송의 대상이 되는 것이고, 이는 증액경정시에 당초 결정분과의 차액만을 추가로 고지한 경우에도 동일하다고 보아야 할 것이며(대법원 1999.5.28. 선고 97누16329 판결 참조) 이러한 증액경정처분의 법리는 부가가치세와 같은 신고납세에도 동일하게 적용 된다(대법원 2009.5.14. 선고 2006두17390 판결 참조). (가) 위와 같이 증액경정처분은 당초처분을 흡수하는 관계에 있는데, 처분청은 청구법인의 2016년 제2기 부가가치세에 관하여 7차례에 걸쳐 증액경정처분을 하였는바, 청구법인의 2016년 제2기 부가가치세에 관한 당초의 신고나 결정은 마지막 증액경정 처분인 2022.1.13.자 증액경정고지에 흡수되었다고 보아야 할 것이다. 따라서 청구법인의 이 건 경정청구가 「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서의 경정청구 기한을 준수하였는지 여부는, 각각의 증액경정 처분일 내지 고지일로부터 기산하여 각각 별개로 판단해서는 안 되고, 이전 처분을 흡수한 최종 증액경정 처분일을 기준으로 판단하여야 하는 것이다. 참고로 대법원은 마찬가지의 논리로, 원처분에 대해 가산금 징수처분이 내려진 이후 증액경정처분이 내려진 사안에서, 원처분은 증액경정처분에 흡수되어 없어지므로 당초처분에서 정한 납부기한을 기준으로 발생한 옛 「국세징수법」상의 가산금 징수처분도 효력이 소멸된다고 판시한 바도 있다(대법원 1999.5.11. 선고 97누13139 판결 참조). 이 건 경정청구는 청구인의 2016년 제2기 부가가치세에 관하여 마지막으로 처분청이 증액경정처분을 한 2022.1.13.로부터 90일 이내이자, 법정신고기한인 2017.1.25.로부터 5년 이내인 2022.1.24. 이루어졌다. 이 건 경정청구 중 일부 부분이 「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서에서 정한 불복기한을 도과하여 이루어졌으므로 각하되어야 한다는 취지의 처분청의 의견은 증액경정처분에 관한 대법원 판시 법리에 부합되지 않는다. (2) 쟁점출자전환으로 소멸된 채권은 「법인세법」 제19조의2 제1항 제5호의 대손금에 해당하지 아니하므로 회생계획에 따른 출자전환된 채권은 회수불능으로 확정된 채권에 해당하지 않는다. (가) 이 건 출자전환과 같이 회생채권 대신 주식을 발행하여 교부하는 사안에 대해, 그동안 과세관청은 출자전환으로 발행되는 주식을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)에 따라 평가하여 그 차액에 대해 대손세액 공제를 인정하였는데, OOO법원은 2018.12.5. 선고 2015누OOO 판결(이하 “쟁점판결”이라 한다)에서 “출자전환된 회생채권 중 일부인 이 사건 공제액 해당 부분은 이 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항 제5호가 대손금으로 정하고 있는 ‘회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수 불능으로 확정된 채권’에 해당한다고 할 수는 없다”고 판시하여, 소각 내지 무상감자가 아닌 출자전환된 주식은「부가가치세법」상 대손세액 공제의 대상이 아니라는 판결(대법원 2019.5.10. 선고 2019두OOO 심리불속행 확정)을 하였다. 이에 따라 과세관청은 「부가가치세법 시행령」 제87조 제1항을 개정하여, 같은 항 제2호에 “채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 법원의 회생계획인가 결정에 따라 채무를 출자전환하는 경우”도 대손사유로 인정한다는 내용을 2019.2.12. 「부가가치세법 시행령」 개정 당시 새롭게 추가하여 2019.2.12. 개정된 「부가가치세법 시행령」 제87조 가 적용되는 채권의 경우 회생계획인가결정에 따라 출자전환되면 출자전환 당시 주식 평가액과의 차액을 대손으로 인정할 수 있으나, 위 개정 이전에 발생한 채권의 경우 출자전환이 되더라도 이를 「부가가치세법」 제45조 및 같은 법 시행령 제87조에서 정하는 대손으로 인정해서는 안되는 것이다. 위 시행령 개정 이후, 법원은 일관되게 개정 전 「부가가치세법 시행령」 제87조 가 적용되는 사안에 대하여는 쟁점판결과 같은 취지로 회생인가결정에 따라 출자전환된 채권에 대하여는 대손공제 규정을 적용해서는 안된다고 판결하고 있다(서울행정법원 2021.11.2. 선고 2020구합74054 판결, 서울행정법원 2019.7.25. 선고 2018구합68162 판결 등 참조). (나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 참조), 부가가치세가 거래세의 성격을 가진다는 점에 비추어 법인의 소득에 대한 과세를 규율하는 「법인세법」에서조차 대손금으로 인정하지 않은 사유를 부가가치세에 있어서 대손세액 공제사유로 해석하는 것은 특별한 사정이 없는 한 허용되어서는 안 될 것이다. 쟁점출자전환으로 인하여 소멸된 채권은 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항 제5호가 대손금으로 정하고 있는 ''''회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권''''에 해당하지 않는다고 할 것이고 따라서 쟁점출자전환으로 인하여 소멸된 채권액 중 일부가 「부가가치세법」 제45조 제1항, 같은 법 시행령 제87조 제1항 및 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항 제5호가 규정한 대손금에 해당한다는 전제 하에 이루어진 이 건 처분은 위법하다. 1) 출자전환은 채무의 일부 또는 전부를 변제하기 위하여 채무자가 채권자에게 지분증권(주식)을 발행하는 채권·채무조정의 한 유형으로 결과적으로 타인자본을 자기자본으로 전환하는 자본구조의 변경을 통하여 부채를 조정하는 것이다. 이와 같이 신주발행 방식의 출자전환으로 기존 채권의 변제에 갈음하기로 한 경우에 채권자와 채무자 사이에 출자전환으로 인하여 소멸되는 기존채권의 가액에 관한 약정 내지 합의가 있으면 그에 따르고, 그에 관한 합의가 없는 때에는, 특별한 사정이 없는 한, 신주발행의 효력발생일을 기준으로 신주의 가액을 평가하여 그 평가액 상당의 기존채권이 변제된 것으로 봄이 타당하다고 할 것이다(대법원 2008.7.24. 선고 2008다18376 판결 참조). 그런데 회생계획안의 경우 회생채권자 조의 3분의 2 이상의 동의, 회생담보권자 조의 4분의 3 또는 5분의 4 이상의 동의라는 가결요건( 「채무자회생법」제237조 )을 득하여 법원의 인가를 받아야 하고, 회생계획안이 인가된 이상 이해관계인들은 그 회생계획에 따라야 하므로, 회생계획에 기재된 사항에 대하여 이해관계인들 사이에 합의가 존재하는 것으로 보아야 한다. 따라서 회생회사의 경우 출자전환으로 소멸되는 기존채권의 가액에 관한 합의가 회생계획상 존재하고 있으므로 회생계획에서 정하고 있는 바에 따라 주채무가 소멸하게 된다. 2) 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제4의2호는 자산의 취득가액에 관하여 ''''채무의 출자 전환에 따라 취득한 주식''''의 경우 원칙적으로 취득 당시 시가에 의하고, 다만 「채무자회생법」에 따라 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 회생계획인가의 결정을 받은 법인이 채무를 출자전환하는 경우에는 출자전환된 채권의 장부가액을 주식의 취득가액으로 하도록 규정하여, 출자전환 시점에서 회생회사의 채무면제이익이 과세되지 않도록 배려하고 있다. 하지만 위 조항을 오로지 채무면제이익을 배제하기 위한 조항이라고만 보기는 어렵고, 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항 제5호가 대손금으로 정하고 있는 ''''회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권''''에 해당하는지 여부의 판단과 이러한 판단을 기초로 하여 「부가가치세법」상 대손세액 공제사유 해당 여부를 판단하는 데 있어서도 원칙적으로 적용된다고 할 것이다. 3) 이 건 회생계획안의 요지에서 “회생채권의 원금 및 회생절차 개시 전 이자의 92%는 출자전환하고 8%는 현금으로 변제한다.”라고 정하고 있는 이상, 현금변제가 된 부분을 제외한 나머지 이 건 회생채권은 출자전환으로 변제에 갈음하여 소멸하고, 이때 취득하게 되는 주식의 취득가액은 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제4의2호에 따라 출자전환된 채권의 장부가액으로 보아야 한다. 그러므로 출자전환된 이 건 회생채권 중 일부인 쟁점세액을 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항 제5호가 대손금으로 정하고 있는 ''''회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권''''에 해당한다고 볼 수 없다. 4) 또한 출자전환에 있어서 기존 채권의 변제 범위는 원칙적으로 출자전환주식의 효력발생일 기준 신주의 가액을 기초로 산정하여야 할 것이고, 출자전환주식의 효력이 발생한 시점 이후의 감자는 출자전환을 통하여 이미 주주가 된 회생회사의 채권자들과 회생회사 사이의 자본거래에 불과하므로 원칙적으로 그보다 앞선 출자전환주식의 취득가액에 대한 평가에 어떠한 영향을 미친다고 볼 수 없다. 만약 청구법인의 거래상대인 매입처 회사들이 대손세액 공제를 받을 수 있고, 그에 따라 청구법인에 대하여 해당 세액만큼을 매입세액에서 제외함으로써 회생절차가 개시된 이후 회생계획인가결정이 속하는 과세기간을 대상으로 한 부가가치세 부과처분을 할 수 있다고 본다면, 부가가치세 납부의무가 없는 다른 회생채권자들과 달리 이 건 매입처 회사들은 회생계획에 따라 다른 회생채권자들과 동일비율로 회생채권이 출자전환되어 변제가 되었음에도 추가로 대손세액 공제를 통하여 부가가치세 납부분을 환급받게 된다. 그 결과 청구법인에게는 공익채권에 해당하는 위 대손세액 공제분 부가가치세액 상당의 조세채권이 발생하고, 회생회사는 그 조세채무를 부담하게 되는바, 그로 인하여 채무자회생법의 목적인 회생회사의 효율적인 회생을 도모하는 데 곤란을 초래하게 될 뿐만 아니라 나머지 회생채권자들의 채권은 결국 같은 회생채권자의 부가가치세 대손세액 공제분보다 후순위채권이 되는 결과가 되어 회생채권자 사이에서 예상하지 못한 불합리한 차별이 발생하게 된다. 이러한 사정까지 고려하여 보면, 실질적 소득이 아닌 형식적 거래의 외형에 대하여 부과한다는 부가가치세의 과세 원칙에 대한 예외로서 조세경감 혜택이라 할 수 있는 대손세액 공제를 이 건까지 그 범위를 확장하여 적용할 필요성이 크다고 보기 어렵다. 5) 구 상법(2011.4.14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 상법”이라 한다) 제421조, 제423조 제1항 및 제2항의 규정에 의하면, 신주발행의 경우 신주인수인은 납입기일에 그 인수한 주식에 대한 인수가액의 전액을 납입할 의무가 있고, 만약 신주인 수인이 납입기일에 납입 또는 현물출자의 이행을 하지 아니하면 그 권리를 잃으며, 신주발행의 효력은 발행예정주식 중 납입기일에 납입이 이루어진 주식에 한하여 발생하게 된다. 이러한 신주발행의 법률관계에 비추어 보면, 채무의 출자전환으로 주식을 발행하는 경우에는 출자전환되는 채무 전부가 주식에 대한 인수가액으로 납입된 것으로 인정되어야만 발행예정주식 전부에 대하여 신주발행의 효력이 발생하는 것이므로, 그 결과로서 나타나는 경제적 측면에서의 효과를 이유로 출자전환되는 채무 중 발행 주식 시가 초과 부분만을 따로 떼어내어 주식에 대한 납입금으로서의 실질을 부인할 수는 없다고 할 것이다(대법원 2012.11.22. 선고 2010두17564 전원합의체 판결 참조). 6) 한편, 대법원 2018.6.28. 선고 2017두68295 판결 및 대법원 2018.7.11. 선고 2016두65565 판결 등은 출자전환으로 인하여 소멸된 채권에 대해 이를 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항 제5호에서 대손금으로 정한 ''''회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권''''에 해당한다고 본 예가 있으나, 위 대법원 판례들은 이 건과 달리 출자전환주식을 전부 무상으로 소각하기로 정한 예외적인 경우로서, 그와 같은 경우에는 종전 채권자가 주주로서의 권리를 행사할 여지가 없고, 출자전환된 주식이 다른 대가 없이 그대로 소각될 것이 확실하다고 볼 수 있다는 점에서 이 건과 차이가 있다. 반면, 이 건과 같이 출자전환 후 일정한 비율의 주식병합을 통한 일부 감자를 하는 경우에는 종전 채권자가 주주의 지위를 유지하게 되어 장래에 주식 가치가 상승할 경우 그 이익을 얻을 수 있게 되고, 출자전환된 주식이 다른 대가 없이 그대로 소각되거나 그 가치가 0원으로 떨어질 것이 확실하다고 볼 수 없으므로, 출자전환의 전제가 된 이 건 회생채권이 회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정되었다고 보기는 어렵다. 대손세액 공제 제도는 실질적 소득이 아닌 형식적 거래의 외형에 대하여 부과한다는 부가가치세의 과세 원칙에 대한 예외로서 조세경감 혜택을 인정한 것인 점(헌법재판소 2011.12.29. 선고 2011헌바33, 결정 참조)까지 고려하면, 이 건에 대하여 예외적으로 대손세액 공제를 인정할 필요성이 크다고 보기 어려우므로 이 건 처분의 위법성은 명백하다고 할 것이다. (3) 처분청이 상증세법에 따라 비상장주식의 시가를 평가하여 이를 대손세액 공제 범위의 산정 기초로 보는 방식은 법률에 근거가 없는 것으로서 위법한 산정방식에 해당한다. (가) 처분청은 쟁점출자전환이 「부가가치세법」제45조 제1항 상의 대손사유에 해당한다고 전제한 후, 청구법인의 출자전환에 따른 신주발행의 효력발생일인 2016.11.17.을 평가기준일로 하여 상증세법에 따라 주당 OOO원으로 평가한 주식가치평가보고서를 근거로 출자전환 주식의 시가를 산정한 다음, 출자전환으로 인하여 소멸한 회생채권의 금액과 출자전환으로 인하여 발행된 신주의 평가금액과의 차액이 「부가가치세법」 제45조 제1항의 대손세액에 해당한다고 판단하였다. (나) 세법에서는 많은 경우 비상장주식의 평가를 상증세법상 주식 평가 방식에 의하고 있는 것이 사실이기는 하나, 이는 해당 법률마다 대부분 상증세법상 주식 평가 방식을 준용하도록 하는 규정이 존재하기 때문이다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건 사실이거나 비과세요건 사실이거나를 막론하고, 조세법규의 해석은 엄격하게 하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 것이 원칙이므로(대법원 1983.12.27. 선고 83누213 판결 등 참조), 상증세법상 주식 평가 방식을 준용한다는 규정이 없는데도 이를 과세관청에서 임의로 적용하여 과세처분을 할 수는 없다고 할 것이다. (다) 「부가가치세법 시행령」제62조 에서 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 제4항을 준용하도록 하는 규정을 두고는 있다. 그리고 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 제4항에는 상증세법상 주식 평가 방법에 관한 규정을 준용하도록 하는 내용이 포함되어 있다. 하지만, 「부가가치세법 시행령」제62조 는 「부가가치세법」 제29조 제3항 및 제4항(부가가치세 공급가액 산정에 관한 규정)에 관한 시행령 규정일 뿐이고, 대손세액 공제에 관한 규정이 아니다. 부가가치세의 대손세액에 관한 법령은 「부가가치세법」 제45조 (대손세액의 공제특례)와 「부가가치세법 시행령」 제87조 (대손세액 공제의 범위)이다. 그런데, 「부가가치세법」 제45조 및 「부가가치세법 시행령」 제87조 에는 「소득세법 시행령」 제98조 제3항 및 제4항 또는 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 제4항을 준용한다는 내용이 없으므로 「부가가치세법 시행령」 제62조 는 회생인가결정에 따른 출자전환으로 인한 대손세액 공제범위 산정에 적용될 수 없다. 설령 쟁점출자전환으로 인한 기존 채권의 소멸이 「부가가치세법」제45조 제1항에 따라 대손사유에 해당한다고 보더라도, 상증세법상 주식 평가 방법에 따라 쟁점출자전환으로 발행된 주식의 시가를 평가하고, 이를 기초로 공제 범위를 산정한 이 건 처분은 위법하다. 나. 처분청 의견 (1) 이 건 쟁점세액 중 OOO원은 이 건 심판청구 대상이 아니므로 본안 심리 전 각하되어야 한다. (가) 이 건 부가가치세 부과처분은 처분청의 결정으로 인하여 증가된 세액에 대한 것으로 처분청이 고지한 OOO원(BBB 외 3개 업체, 2021.11.3.) 및 OOO원［CCC㈜, 2022.1.13.］은 고지서를 받은 날로부터 90일 이내인 2022.1.24. 경정청구를 하여 경정청구 대상이 되지만, 나머지 OOO원은 2018.2.10.~2020.2.6. 기간 동안 처분청으로부터 과세처분 받은 것으로서 처분청의 결정 또는 경정으로 인하여 과세표준 및 세액이 증가된 것이며 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일이 경과하였고 증액경정의 경우 불복청구기간인 90일이 지나면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내라도 경정청구를 할 수 없는 것이므로 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 의거 경정청구 대상이 아니므로 이 건 심판청구에서 다룰 수 있는 내용이 아니다. (나) OOO법원 2014구합OOO 판결에 따르면 “원고들이 2012. 1.31. 양도소득세 감면신고를 하여 원고들이 납부할 양도소득세가 각 OOO원으로 확정되었다가 피고가 2012.12.3. 원고들의 감면신고를 부인하는 취지로 경정함으로써 위 양도소득세가 각 OOO원으로 증액 되었으므로, 증액된 양도소득세 각 OOO원은 구 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에서 정한 ‘경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액’에 해당한다. 그런데 원고들은 위와 같은 증액경정처분에 대하여 그 처분이 있음을 안 날 또는 해당 처분의 통지를 받은 날부터 90일이 지난 2014.6.5. 이 건 경정청구를 하였으므로, 이러한 경정청구는 부적법하다.”라고 결정하였으며 대구고등법원 2020누3367 판결에서도 “이 사건에서는 원고의 이 사건 신고 후에 피고의 이 사건 증액경정처분이 있었으므로, 이 사건 신고는 이 사건 증액 경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 되었다. 그러므로 원칙적으로 경정청구나 항고소송의 대상은 증액경정처분 1개뿐이고, 이 사건에서 그 증액경정처분후의 세액은 IIIII원이다. 다만, 원고가 이 사건 증액경정처분에 대하여 90일 이내에 불복하지 않았기 때문에, 구 「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서에 따라 이 사건 증액경정처분 후의 세액 IIIII원 중 증액경정처분으로 인하여 증가된 세액 JJJJJ원에 한하여 경정청구기간이 제한될 뿐이다”라고 결정하였다. 상기 법원의 결정례에 근거하여 증액경정처분에 대한 경정청구 기한은 그 처분이 있음을 안 날부터 90일로 제한된다고 보는 것이 타당하다. 따라서 이 건 부가가치세 증액경정처분의 경우에도 해당 증액 고지처분이 있음을 안 날부터 90일이 경과한 부분에 대해서는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따라 경정청구 대상에서 제외되는 것으로 확인되며 이 건 심판청구에서 다룰 수 있는 내용이 아니다. (2) 청구법인은 이 건 회생계획 인가 및 쟁점출자전환으로 인한 주식은 전부 무상소각된 경우에 해당하지 않으므로 출자전환된 주식의 시가와 소멸하는 채권 장부가액과의 차액이 「부가가치세법」상 대손세액공제에 해당하지 않는다고 주장한다. (가) 대법원 및 조세심판원은 “회생계획에서 별도의 주금납입 등을 요구하지 아니하고 신주발행 방식의 출자전환으로 기존 회생채권 등의 변제에 갈음하기로 하면서 그 출자전환에 따라 발행된 주식의 대부분을 병합하기로 정하였다면 그 인가된 회생계획의 효력에 따라 새로 발행된 주식의 대부분은 그에 대한 주주로서의 권리를 행사할 여지가 없고 다른 대가 없이 소멸할 것이 확실시 되는바, 출자전환의 대상이 된 회생채권은 「법인세법 시행령」제19조의2 제1항 제5호에서 정한 ‘회생계획인가결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권’에 해당한다고 봄이 타당하다.”(대법원 2018.6.28. 선고 2017두68295 판결, 조심 2019구1824, 2019.6.20., 같은 뜻임)고 결정하였다. (나) 청구법인은 이 건 회생계획 인가 및 쟁점출자전환으로 인한 주식 또한 회생계획 인가 전 2016.11.15. 보통주 773,847,620주(전제 보통주의 88.99%)에 대하여 1차 주식병합을 하였고, 이후 2016.11.21. 자본금 규모 적정화를 위하여 이 건 회생계획으로 인하여 병합된 기존 주식(1차 주식병합) 및 회생채권에서 출자전환된 신주 등 잔여 주식 전체를 대상으로 액면가 OOO원의 50주를 액면가 OOO원의 1주로 병합하는 무상감자를 시행하였으며, 이로 인해 청구법인의 전체 발행 주식의 98% 상당의 주식이 소멸한 사실이 청구법인의 2016년도 법인세 신고내역 및 사업보고서를 통해 확인된다. 이 같은 사실관계와 심판례에 근거하여 이 건 회생계획 인가 및 쟁점출자전환으로 인한 주식의 시가와 소멸하는 채권의 장부가액과의 차액은 「부가가치세법」에 따른 대손세액 공제에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점세액 중 OOO원이 적법한 심판청구인지 여부 ② 청구법인 매입채무의 장부가액과 회생계획인가결정에 따라 출자전환으로 발행된 주식을 상증세법상 보충적평가방법에 따라 평가한 가액의 차액을 대손세액공제 대상으로 보아 매입자인 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부 ③ 출자전환후 발행된 주식의 시가를 상증세법에 따라 평가하여 대손세액공제 범위를 산정하는 것은 위법하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인에 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인이 제출한 2016.11.11. 회생계획 인가결정 받은 청구법인의 쟁점출자전환 내용은 아래와 같다. OOO (나) 청구법인의 사업보고서의 자본변동표상 자본의 변동내용은 아래 ＜표2＞와 같고 전자공시시스템상 청구법인에 대한 감자결정 내용상 기타 투자판단에 참고할 사항에 이사회 결의일은 회생계획 인가일(2016.11.11.)이고 1차 감자(효력발생일 2016.11.15.), 출자전환(효력발생일 2016.11.17.), 2차 감자(효력발생일 2016.11.21.)를 연속적으로 실시할 예정이고 주식 재병합에 따른 자본감소의 효력은 2016.11.21. 발생한다고 기재되어 있다. ＜표2＞ 청구법인의 자본변동표상 자본의 변동내역 OOO (다) 이 건과 사실관계가 동일한 청구법인의 채권자인 DDD이 제기한 소송 결과, DDD이 청구법인에 대해 가지고 있는 매출채권은 회수불능채권이 아니라는 판결(OOO법원 2021.12.23. 선고 2020구합54843, OOO법원 2022.8.17. 선고 2022누10095)을 받은바, DDD은 미회수 물품대금 채권 중 92%에 해당하는 OOO원의 채권(회생채권)에 대하여 청구법인의 주식 19,542주(채권액 OOO원을 액면가액 OOO원의 보통주 1주로 발행, 출자전환되어 취득한 주식 977,120주를 50:1로 병합함에 따른 감자 후 주식수)로 출자전환되었고 DDD은 19,542주에 액면가액 OOO원을 곱한 OOO원을 출자전환으로 취득한 주식의 시가로 보고, 회생채권의 장부가액과의 차액 OOO원에 대하여 「부가가치세법」상 대손이 발생한 것으로 보아 그의 10/110 상당액인 OOO원을 대손세액으로 하여 부가가치세를 신고하였으며, 처분청(OOO서장)은 출자전환에 따른 신주발행의 효력발생일인 2016.11.17. 기준으로 상증세법에 따라 주당 OOO원으로 평가한 주식평가보고서에 따라 19,542주의 시가를 OOO원으로 산정하여 DDD이 대손세액공제를 과다하게 발급받았다는 이유로 경정.고지하였는데(처분청은 처분사유를 회생채권 중 장부가액과 시가의 차액 부분이 회수불능으로 확정된 채권에 해당한다고 볼 수 없어 대손세액 공제 대상이 아니라고 처분사유를 변경함), OOO법원 2021.12.23. 선고 2020구합54843 판결내용 일부는 아래와 같다. OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제22조의3 제1항은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있는바, 위 규정의 문언내용 및 그 주된 입법취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데 있는 것(대법원 2011.4.14. 선고 2010두9808 판결 참조)으로 쟁점세액 중 OOO원은 2018.2.10.~2020.2.11. 기간 동안 각 고지처분이 되었고, 청구법인은 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일이 경과하여 이 건 심판청구를 한 것으로 나타나므로 쟁점세액 중 OOO원은 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점판결 등을 근거로 회생계획에 따라 출자전환된 채권은 회수불능으로 확정된 채권에 해당하지 않는다고 주장하나, 회생계획에서 별도의 주금납입 등을 요구하지 아니하고 신주발행 방식의 출자전환으로 기존 회생채권 등의 변제에 갈음하기로 하면서 그 출자전환에 따라 발행된 주식의 대부분을 병합하기로 정하였다면 그 인가된 회생계획의 효력에 따라 새로 발행된 주식의 대부분은 그에 대한 주주로서의 권리를 행사할 여지가 없고 다른 대가 없이 소멸할 것이 확실시 되는바, 출자전환의 대상이 된 회생채권은 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항 제5호에서 정한 ‘회생계획인가결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권’에 해당한다고 봄이 타당한 점(대법원 2018.6.28. 선고 2017두68295 판결, 같은 뜻임), 「부가가치세법」 제45조 제3항에서 재화 또는 용역을 공급한 자가 제1항에 따른 대손세액공제를 받은 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 사업자는 관련 대손세액 상당액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 자신의 매입세액에서 뺀다고 규정하고 있는바, 이 건에서 청구법인의 대부분의 거래처들은 청구법인에 대하여 가진 매출채권이 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항 제5호에서 규정한 대손요건을 갖추어 대손세액공제를 적용받은 것으로 나타나는 점(조심 2019구1824, 2019.6.20. 같은 뜻임), 매출채권의 장부가액과 출자전환으로 취득한 주식의 시가와의 차액은 사실상 회수불능으로 확정된 채권에 해당되어 그에 관한 부가가치세 매출세액에 대하여는 대손세액공제를 적용하고 재화 등을 공급받은 사업자인 청구법인의 매입세액에서는 빼는 것이 합리적이라 할 것인 점(2012서1842, 2013.9.11. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임) 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 상증세법에 따라 출자전환으로 발행된 주식의 시가를 평가하여 이를 대손세액 공제 범위를 산정한 것은 법률에 근거가 없는 것으로서 위법하다고 주장하나, 출자전환에 있어서 기존 채권의 변제 범위는 원칙적으로 출자전환주식의 효력발생일 기준 신주의 가액을 기초로 산정하여야 할 것이고 출자전환주식에 대한 정상적인 거래의 실례를 증명하기 곤란하여 순자산가치법 등에 의하여 출자전환주식의 시가를 산정하는 경우에는, 출자전환 후 회생계획에 따라 곧이어 실시될 유상증자에 따른 재무구조 변동과 발행주식 수 증가 등을 아울러 고려하여 출자전환주식의 주당 순자산가치 등을 평가하여야 할 것인바(서울고등법원 2018.12.5. 선고 2015누60657 판결 참조), 출자전환으로 청구법인이 발생한 주식은 출자전환일 전후 매매사례가액이 존재하지 아니하여 시가가 불분명하므로 처분청이 「부가가치세법 시행령」 제62조 및 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 상증세법 제63조 를 준용하여 주식을 평가한 것은 합리적으로 보이는 점, 청구법인의 각 회생채권자들의 관할세무서는 출자전환 시점(2016.11.17.)에 가장 가까운 결산일(2016.12.31.기준) 제무제표 상 청구법인의 순자산가액 등을 기준으로 출자전환주식의 시가를 평가하여 각 대손세액공제를 적용한 것으로 확인되는바, 이는 이 건 회생계획 등 대외적으로 공개된 청구법인의 상황을 충분히 반영한 것으로 보여 처분청의 주식 시가 산정방식이 부당하다고 보이지 않는 점 등에 비추어 위와 같은 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법하거나 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 국세기본법 제22조의3(경정 등의 효력) ① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. ② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 (2) 부가가치세법(2015.12.15. 법률 13556호로 개정된 것) 제45조(대손세액의 공제특례) ① 사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(이하 “대손세액”이라 한다)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다. 다만, 그 사업자가 대손되어 회수할 수 없는 금액(이하 “대손금액”이라 한다)의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 더한다. 대손세액 = 대손금액 × 110분의 10 (3) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것) 제62조(시가의 기준) 법 제29조 제3항 및 제4항에 따른 시가(時價)는 다음 각 호의 가격으로 한다. 1. 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격 2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다) 3. 제1호나 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「소득세법 시행령」 제98조 제3항 및 제4항 또는 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격 제87조(대손세액 공제의 범위) ① 법 제45조 제1항 본문에서 “파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유”란 「소득세법 시행령」 제55조 제2항 및 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항에 따라 대손금(貸損金)으로 인정되는 사유를 말한다. (4) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 것) 제87조(대손세액 공제의 범위) ① 법 제45조 제1항 본문에서 “파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 「소득세법 시행령」 제55조 제2항 및 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항에 따라 대손금(貸損金)으로 인정되는 경우 2. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 법원의 회생계획인가 결정에 따라 채무를 출자전환하는 경우. 이 경우 대손되어 회수할 수 없는 금액은 출자전환하는 시점의 출자전환된 매출채권 장부가액과 출자전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 시가와의 차액으로 한다. (5) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 법 제19조의2 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.(중략) 5.「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권 제72조(자산의 취득가액 등) ① 법 제41조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 금융자산”이란 기업회계기준에 따라 단기매매항목으로 분류된 금융자산 및 파생상품(이하 이 조에서 “단기금융자산등”이라 한다)을 말한다. ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 4의2. 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식등 : 취득 당시의 시가. 다만, 제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식등은 출자전환된 채권(법 제19조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다. 제89조(시가의 범위 등) ② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제57조 제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 "직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)"은 이를 각각 "직전 6월"로 본다. (6) 상속세 및 증여세법 제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 1. 주식 및 출자지분의 평가 가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다. 나. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다. 다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. (7) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조(비상장주식의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인( 「소득세법 시행령」 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. 1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융회사등이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 “순손익가치환원율”이라 한다) ② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다) ③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 법 제63조 제1항 제1호 다목의 주식 및 출자지분을 발행한 법인이 다른 비상장주식을 발행한 법인의 발행주식총수등의 100분의 10 이하의 주식 및 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식의 평가는 제1항 및 제2항에도 불구하고 「법인세법 시행령」 제74조 제1항 제1호 마목의 규정에 의한 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조 제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다. ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다. 1. 법 제67조 및 법 제68조에 따른 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행 중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식등 2. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인 또는 휴업ㆍ폐업 중인 법인의 주식등 3. 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식등 4. 「소득세법 시행령」 제158조 제1항 제5호 가목에 해당하는 법인의 주식등 ⑤ 제2항을 적용할 때 “발행주식총수”는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 따른다.