대법원-2010-두-9808 (2011.04.14)

사 건 2010두9808 법인세부과처분취소

원고, 상고인 ○○건설 주식회사

피고, 피상고인 ○○세무서장

원 심 판 결 서울고등법원 2010. 4. 29. 선고 2009누26175 판결

판 결 선 고 2011. 4. 14.

주 문

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이 유

상고이유를 판단한다.

1. 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조).

그런데 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조의2 제1항은 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있는바, 위 규정의 문언내용 및 그 주된 입법취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데 있는 점을 고려하면, 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있다 할 것이다.

나아가 과세관청이 증액경정처분 후에 당초 신고나 결정에 위법사유가 있다는 이유로 쟁송절차와 무관하게 직권으로 일부 감액경정처분을 한 경우에는 그 실질이 증액된 세액을 다시 감액한 것이 아니라 당초 신고나 결정에서의 세액을 감액한 것인 만큼, 납세자는 이와는 상관없이 여전히 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 취소를 구할 수 있다.

2. (1) 원심판결 이유에 의하면, 원심은, ① 원고가 2002. 4. 1. 2001 사업연도 법인세 2,040,467,220원을 신고ㆍ납부한 사실, ② 피고는 원고가 1995년 이후부터 특수관계자에 해당하는 주식회사 ◇◇에 건설용역을 제공한 후 지급받지 못하고 있는 미수금(이하 ‘이 사건 미수금’이라 한다)을 업무무관 가지급금으로 보고 그에 상응하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하여 2007. 3. 20. 원고에게 2001 사업연도 법인세 1,080,495,074원을 증액경정한 사실(이하 ‘이 사건 증액경정처분’이라 한다), ③ 원고는 2007. 6. 26. ‘피고가 이 사건 미수금을 업무무관 가지급금으로 본 것은 부당하고, 2001 사업연도 법인세 신고 당시 손금불산입 하였던 해외 현지법인 구상채권에 상응하는 차입금의 지급이자도 손금산입 하여야 한다’고 주장하며 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 피고는 위 심판청구에 관한 심리가 진행 중이던 2007. 7. 23. 해외 현지법인 구상채권에 관한 원고의 주장을 받아들여 2001 사업연도 법인세 707,650,785원을 감액경정한 사실(이하 ‘이 사건 제1차 감액경정처분’이라 한다), ④ 조세심판원은 2008. 12. 11. 이 사건 미수금에 관한 원고의 주장을 받아들여 ‘이 사건 미수금과 관련하여 손금불산입한 지급이자를 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 감액경정 하되 감액경정할 세액은 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 1,080,495,074원 중에서 이 사건 제1차 감액경정처분에 의하여 감액된 세액 707,650,785원을 공제하고 남은 372,844,289원을 한도로 한다’는 취지의 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 2008. 12. 23. 원고의 2001 사업연도 법인세 372,844,289원을 추가로 감액경정한 사실(이하 ‘이 사건 제2차 감액경정처분’이라 한다) 등을 인정한 다음, 원고가 당초 신고한 세액 2,040,467,220원은 불복기간의 경과로 더 이상 그 변경이 허용될 수 없고 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액만이 취소의 대상이 될 수 있다고 전제하고, 원고가 조세심판원에 심판청구를 하면서 이 사건 증액경정처분에 관한 위법사유뿐만 아니라 당초 신고한 부분에 관한 위법사유까지 주장한 결과 피고가 이를 모두 받아들여 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액을 한도로 이 사건 제1, 2차 감액경정처분을 함으로써 이 사건 증액경정처분은 모두 취소되어 더 이상 존재하지 아니함에도 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 1,080,495,074원 중 707,650,785원이 남았음을 전제로 그 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하다고 판단하였다.

(2) 그러나 앞서 본 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 이 사건 제1차 감액경정처분의 실질은 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 일부를 취소한 것이 아니라 원고의 당초 신고 부분을 일부 취소한 것에 불과하므로, 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 1,080,495,074원 중 이 사건 제2차 감액경정처분에 의하여 감액된 372,844,289원을 공제한 나머지 707,650,785원에 대하여는 원고가 여전히 그 취소를 구할 수 있다고 할 것이다.

그런데 원심은 이와 달리 이 사건 증액경정처분이 이 사건 제1, 2차 감액경정처분에 의하여 모두 취소됨으로써 원고가 이를 다툴 수 없다고 판단하고 말았는바, 이러한 원심의 판단에는 구 국세기본법 제22조의2 제1항에 관한 법리를 오해함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있고, 이 점을 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리ㆍ판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.