조심 2019부4287 (2021.06.14)

OOO세무서장이 2019.8.2. 청구법인에게 한 법인세 2014사업연도 OOO원, 2015사업연도 OOO원, 2016사업연도 OOO원, 2017사업연도 OOO원 합계 OOO원의 각 부과처분은 청구법인의 신고조정에 의하여 고유목적사업준비금으로 손금에 추가로 산입할 금액이 있는지 여부와 청구법인이 수선비로 계상한 OOO원에 대하여 즉시상각의제의 적용 여부 및 그 금액 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 「OOO 설치법」에 의하여 설립된 의료법인으로 OOO에 소재한 병원과 OOO에 소재한 병원을 운영하고 있다. 나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.4.24.부터 2019.7.1.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 청구법인의 관리위탁사업에서 발생한 부동산 임대소득 과소신고분 OOO의 익금산입, 2014사업연도에 건물에 대한 자본적 지출에 해당하는 수선비 OOO원(이하 “쟁점②금액”이라 한다)의 손금부인, 상품권사용처불분명금액 OOO원(이하 “쟁점③금액”이라 한다)을 업무무관비용으로 손금부인, 위 사항으로 인하여 발생한 소득증가분(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 인한 기부금 한도초과액 OOO의 손금불산입에 관한 자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2019.8.2. 청구법인에게 법인세 2014사업연도 OOO원, 2015사업연도 OOO원, 2016사업연도 OOO원, 2017사업연도 OOO원 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다. ＜청구법인 관리위탁 임대료 매출신고현황＞ ＜처분청 과세처분 산정내역＞ 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.10.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제74조 제1항의 규정이 적용되는 의료법인으로 당해연도 소득금액의 100% 범위 내에서 고유목적사업준비금(이하 “고목준비금”이라 한다)을 설정할 수 있고, 당해연도에 고유목적사업비로 지출된 금액을 고목준비금과 상계하지 않고 비용으로 계상한 경우에는 당해 연도에 설정된 고목준비금과 비용 계상된 금액의 합계액이 고목준비금 설정금액이 되고 경정으로 인하여 소득금액이 증가되면 준비금의 한도액은 결정된 소득금액의 100%이므로 고유목적사업에 직접 사용하고 있는 건축물의 수선비로 지출된 금액을 자본적 지출로 하여 손금불산입된 금액인 쟁점②금액은 손금에 산입되어야 한다(법인 46012-541, 1998.3.4., 법인 46012-718, 1997.3.10., 조심2015서572 ,2015.3.23. 조심 2014중5671 2015.6.8. 같은 뜻임). 또한 청구법인은 결손금만 존재하고 추가로 적립할 잔액이 없으므로 조사시 결정된 소득금액의 100% 범위 내에서 「법인세법」제61조 에 따라 고목준비금으로 손금산입하여야 하므로 이 처분은 취소되어야 한다. (2) 기부금수익(국고보조금 포함)은 비수익사업의 수익으로 익금불산입되어야 한다. OOO이 병원기금조성과 대학병원의 사업을 지원하기 위하여 국고보조금 및 업무와 직접 관련없이 타인으로부터 받은 자산수증익은 수익사업의 수익에 해당되지 아니함에도 수익사업의 수익금으로 법인세신고를 하였고 처분청도 신고내용을 그대로 인정하였다. 그러므로 국고보조금 등 기부금수익을 비수익사업의 수익으로 분류하여 계산하면 과세표준이 “OOO” 이하로 계산된다. (3) OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)로부터 시설물위탁관리수입이 과소하게 입금되어 익금산입한 금액은 「협약서」제6조 제2항에서 “관리위탁사업에서 발생되는 영업순이익금의 60%를 병원복지기금으로 전입시키고 잔여 순이익금은 쟁점법인이 직접 근로자의 날 기념품, 출자금배당 등 임직원 복리후생사업으로 환원하되 환원사업의 항목과 세부사항은 청구법인과 협의하여 결정한다.”라고 약정되어 있어, 쟁점법인의 조합원이 청구법인의 임직원으로서 쟁점법인이 조합원의 복리증진을 위해 지출한 금액(복리후생비 OOO원)은 청구법인의 복리후생비로 인정하거나 기부금으로 인정하여 익금 산입된 금액은 취소되어야 한다(제도 46013-559, 2000.12.4., 법인 46012-2604, 1996.9.16. 같은 뜻임). 나. 처분청 의견 (1) 세무조사에 의해 적출한 과소신고 소득금액은 조특법 제74조 제1항에 의한 고목준비금의 손금산입특례에 따라 손금산입하여야 한다는 주장과 관련하여 「법인세법」제2조 제1항 제1호에는 내국법인의 납세의무를 규정하고 있으므로 비영리내국법인 또한 수익사업에서 발생하는 소득에 대해 영리내국법인과 동일하게 법인세를 납부할 의무가 있다. 사회일반의 이익을 목적으로 하는 공익사업은 사실상 국가나 사회전체가 해야 할 사업으로 세법에서는 공익사업을 최대한 지원하고자 공익법인에 대한 특례규정을 마련하여 각종 혜택을 부여하고 있지만 조사청은 「국세기본법」제81조의2 부터 제81조의14까지에서 정한 바에 따라 적법하게 세무조사를 실시하였고, 조사결과에 따라 익금에 산입된 소득금액까지 고목준비금으로 추가 손금에 산입한다면 비영리법인에 대한 법인세 납세의무를 지울 수 없는 결과가 발생하게 된다. 또한 2014사업연도 귀속 조사에 대하여 증액된 소득금액을 고목준비금으로 추가 설정하여 손금에 산입한다고 하면 「법인세법」제29조 제4항 제4호에 따라 고목준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날, 즉 2019사업연도까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우에 해당하며, 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하여야 한다. 결국 청구법인은 사용할 수 없는 고목준비금을 설정하여 손금에 추가 산입함으로써 법인세를 납부하지 않는 결과가 발생하게 된다. 「법인세법」제29조 제1항은 비영리내국법인이 소득이 발생하는 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 일정한 금액의 범위 내에서 손금에 산입한다고 규정하고 있고, 같은 법 제29조 제2항은 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고목준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고목준비금으로부터 순차적으로 상계하되 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고목준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고목준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다고 규정하고 있다. 대법원은 “비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고목준비금을 설정하여 이를 손금으로 계상하는 경우에는 일정한 범위 내의 금액을 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금으로 인정하되, 이 때 고유목적사업 범위 내에서 손금으로 인정하는 것이므로, 비영리내국법인이 아무리 고유목적사업 등에 금원을 지출하더라도 그 금원을 고목준비금으로 설정하지 않았다면 곧바로 손금에 산입할 수는 없다 할 것이라고 판시하였으며(대법원 2013.11.28. 선고 2013두15996 판결), 법인이 고목준비금을 결산상 손금에 계상한 경우 또는 세무조정계산서에 계상한 경우에 상관없이 고목준비금을 계상한 범위 내의 금액을 당해 사업연도의 손금으로 인정하고 있다. 또한 국세청 예규(과세기준자문 법규과-686, 2014.6.30.)에서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제3조에 따라 감사인이 회계감사를 받는 비영리내국법인이 「법인세법」제61조 에 따라 고목준비금을 세무조정계산서에 계상하였으나 처분가능이익의 부족으로 고목준비금에 상당하는 적립금을 적립하지 못한 경우로서 해당 사업연도의 소득금액 계산시 손금산입 한도액을 초과하여 손금불산입된 금액은 이후 그 사업연도의 소득금액을 증액경정하는 경우 손금으로 추인할 수 없는 것으로 보고 있다. 따라서 세무조사의 결과에 따라 증액된 소득금액에 대해 고목준비금을 추가 손금산입하지 않고 법인세를 과세한 처분은 적법하다. (예비적 청구 : 자본적 지출액 관련) 청구법인의 주장과 같이 조특법 제74조 에 따라 고목준비금을 추가로 설정할 수 있는 대상에 해당한다 하더라도, 청구법인은 고목준비금을 사용한 것으로 경리하지 않고 수익사업에서 발생한 소득에 대해 수선비로 비용처리 하였으므로 그 수선비가 자본적 지출에 해당한다면 감가상각비로 기간 비용 인식하여야 한다. 법인세법 기본통칙 29-56...6【의료발전회계의 처리방법】제1항에서는 “의료법인이 의료기기등 규칙 제29조의2에 따른 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 해당법인의 선택에 따라 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 경리할 수 있다.”라고 규정하고 있고 제2항에서는 “제1항의 규정에 따라 지출하는 금액은 영 제56조 제9항의 규정에 따라 의료발전회계로 구분경리하여야 한다.”라고 규정하면서 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액을 고목준비금에서 사용할 것인지, 병원회계(수익사업)에 따라 수익사업을 위한 자산을 취득한 것으로 하여 세법에 따라 기간 상각을 할 것인지 선택에 따라 경리할 수 있도록 정하고 있다. 처분청은 청구법인이 고목준비금의 잔액이 존재함에도 청구법인의 선택에 따라 고목준비금의 사용 없이 자본적 지출에 해당하는 금액을 수선비로 당기 비용처리한 사실에 대해 법인세법 제23조 【감가상각비의 손금불산입】에 따라 관련 비용을 손금불산입하고 당해 감가상각비 상당액을 손금에 산입하였다. 따라서 청구법인의 선택으로 병원회계에 따라 손금으로 처리한 금액을 처분청의 경정이 발생하였다고 하여 해당 소득금액증가분에 대해 고목준비금으로 추가 손금계상할 수 없다. (2) 청구법인은 2014사업연도 법인세 신고시 국고보조금 등의 비수익사업에서 발생한 소득을 수익소득으로 하여 익금에 가산하였고, 익금에 가산한 국고보조금 등의 수익에 따라 증가한 소득금액에 대한 대응비용인 고목준비금을 신고조정에 의해 손금에 산입하였다. 청구법인의 주장과 같이 청구법인이 수령한 국고보조금등 수익을 비수익사업으로 하여 수익사업에서 제외한다고 하면 고목준비금 한도액이 동일하게 변동되어 결국 동일한 결과가 발생하므로 청구주장은 이유가 없다. (3) 임대수입 누락금액은 결과적으로 청구법인 임직원에 대한 복리후생비로 사용되었으므로 복리후생비 또는 기부금으로 볼 수 있는지 여부와 관련하여 청구법인은 쟁점법인과 2010.1.19. 체결한 약정서, 2010.12.31. 체결한「시설물사용 및 편의시설 관리위탁 협약서」에 따라 쟁점법인이 청구법인 내 시설물 등을 제3자에게 임대하고 발생한 임대수익 중 기회비용, 감가상각비, 기회비용 등에 해당하는 금액을 차감하고 그 잔액의 60%에 상당하는 금액에 대한 공급가액 상당액을 매출로 인식하였다. 그러나 기회비용 등은 청구법인에 기부채납한 자산과 관련된 공사대금의 원리금 상환 및 이자비용에 해당하는 별도의 거래에 불과하는 등 관리위탁사업의 영업순이익금액의 차감항목에 포함되지 않으므로 결과적으로 청구법인은 상기 기회비용 등 금액만큼 임대료 수입금액을 과소신고한 것이며, 청구법인은 과소신고한 금액에 대해 쟁점법인과의 협약서에 따라 임직원 복리후생사업으로 사용하였음을 주장하나 이를 실제 임직원 복리후생사업으로 환원하였는지 여부는 확인되지 않으며, 설령 누락한 임대료 상당액을 청구법인과 쟁점법인과의 협약서에 따라 근로자의 날 기념품, 출자금 배당 등 임직원 복리후생비로 사용하였다 하더라도 이는 청구법인이 직접 임직원들에 대한 복리후생비를 지출한 것이 아닌 쟁점법인의 조합원이 청구법인의 임직원으로서 쟁점법인의 조합원의 복리증진을 위해 지출한 금액으로 청구법인의 손금에 해당하지 않는다. 또한 청구법인은 임대료 누락 상당액이 청구법인이 지출한 복리후생비가 아니라면 기부금에 해당한다고 주장하고 있으나 청구법인은 「법인세법 시행령」제36조 【지정기부금의 범위 등】에서 정한 지정기부금 단체에 해당하지 않으므로 청구법인의 손금산입 가능한 기부금에 해당하지 않는다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 처분청의 경정으로 발생한 쟁점금액에 대하여 고목준비금(손금)을 적용할 수 있는지 여부 및 (예비적 청구) 직접사용된 자본적 지출에 대하여 고목준비금을 적용할 수 있는지 여부 ② 기부금수익금을 수익사업금액에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부 ③ 쟁점법인이 지출한 복리후생비를 청구법인의 복리후생비 또는 기부금으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구) 나. 관련 법령 (1) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12166호로 개정된 것) 제2조(납세의무) ① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. 1. 내국법인 2. 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 외국법인 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다. ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. ③ 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제24조(기부금의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 제2항에 따른 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 2. 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금과 제13조 제1호에 따른 결손금의 합계액 ② 제1항과 제29조는 다음 각 호의 기부금(이하 "법정기부금"이라 한다)에 대하여는 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금을 합한 금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 뺀 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "법정기부금의 손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 국가나 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」의 적용을 받는 기부금품은 같은 법 제5조제2항에 따라 접수하는 것만 해당한다. 2. 국방헌금과 국군장병 위문금품의 가액 3. 천재지변으로 생기는 이재민을 위한 구호금품의 가액 4. 다음 각 목의 기관(병원은 제외한다)에 시설비·교육비·장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금 가.~자.(중략) 5. 다음 각 목의 병원에 시설비·교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금 가. 「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 ④ 제1항과 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 지정기부금의 손금산입한도액 초과금액 및 법정기부금의 손금산입한도액 초과금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 초과금액을 손금에 산입한다. 제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다. 1. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액 2. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다. 3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 ② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다. ④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 1. 해산한 경우(제3항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다) 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우 3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조 제3항에 따라 승인취소되거나 거주자로 변경된 경우 4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다) 5. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업준비금의 잔액 중 일부를 환입하여 익금으로 계상한 경우(익금으로 계상한 잔액으로 한정하며, 여러 사업연도에 손금으로 계상한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 경우에는 먼저 계상한 사업연도의 잔액부터 차례로 환입하여 익금으로 계상한 것으로 본다) ⑦ 제1항을 적용받으려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치·보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑧ 제1항 및 제3항에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제61조(준비금의 손금 계상 특례) ① 내국법인이 「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. ② 제1항에 따른 준비금의 손금 계상 및 그 금액의 처리에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25194호로 개정된 것) 제36조(지정기부금의 범위 등) ① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간(이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다. 가. 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인 나. 「유아교육법」에 따른 유치원·「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「근로자직업능력 개발법」에 의한 기능대학, 「평생교육법」 제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설 다. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체 라. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화·예술단체(「문화예술진흥법」에 의하여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경보호운동단체 마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조 에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다) 바. 「의료법」에 의한 의료법인 사. 「민법」 제32조 에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 "「민법」상 비영리법인"이라 한다) 또는 「협동조합 기본법」 제85조 에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 "사회적협동조합"이라 한다) 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정한 법인 1) 다음의 구분에 따른 요건 가) 「민법」상 비영리법인 : 정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수인 것이 인정될 것 나) 사회적협동조합 : 정관의 내용상 「협동조합 기본법」 제93조 제1항 제1호 또는 제2호의 사업을 수행하는 것으로 인정될 것 2) 해산을 하면 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것 3) 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 인터넷 홈페이지를 통하여 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것 4) 지정일이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 「공직선거법」 제58조 제1항에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것 5) 제11항에 따라 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 같은 항에 따라 재지정을 받지 못하게 된 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지났을 것. 다만, 제5항 제1호의 의무를 위반한 사유만으로 지정을 취소하거나 재지정을 하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다. 아. 가목 내지 사목의 지정기부금단체등과 유사한 것으로서 기획재정부령이 정하는 지정기부금단체등 자. 삭제 ＜2001.12.31.＞ 차. 삭제 ＜2001.12.3.1＞ 카. 삭제 ＜2001.12.31.＞ 타. 삭제 ＜2001.12.31.＞ 2. 다음 각목의 기부금 가. 「유아교육법」에 따른 유치원의 장·「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교의 장, 「근로자직업능력 개발법」에 의한 기능대학의 장, 「평생교육법」 제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설의 장이 추천하는 개인에게 교육비·연구비 또는 장학금으로 지출하는 기부금 나. 「상속세 및 증여세법 시행령」 제14조 각호의 요건을 갖춘 공익신탁으로 신탁하는 기부금 다. 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익목적으로 지출하는 기부금으로서 기획재정부령이 정하는 기부금 3. 제19조 제11호의 규정에 의한 회비중 특별회비와 동호의 규정에 의한 조합 또는 협회외의 임의로 조직된 조합 또는 협회에 지급한 회비 4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설 또는 기관 중 무료 또는 실비로 이용할 수 있는 시설 또는 기관에 기부하는 금품의 가액. 다만, 나목1)에 따른 노인주거복지시설 중 양로시설을 설치한 자가 해당 시설의 설치·운영에 필요한 비용을 부담하는 경우 그 부담금 중 해당 시설의 운영으로 발생한 손실금(기업회계기준에 따라 계산한 해당 과세기간의 결손금을 말한다)이 있는 경우에는 그 금액을 포함한다. 가. 「아동복지법」 제52조 제1항에 따른 아동복지시설 나. 「노인복지법」 제31조 에 따른 노인복지시설 중 다음의 시설을 제외한 시설 1) 「노인복지법」 제32조 제1항에 따른 노인주거복지시설 중 입소자 본인이 입소비용의 전부를 부담하는 양로시설·노인공동생활가정 및 노인복지주택 2) 「노인복지법」 제34조 제1항에 따른 노인의료복지시설 중 입소자 본인이 입소비용의 전부를 부담하는 노인요양시설·노인요양공동생활가정 및 노인전문병원 3) 「노인복지법」 제38조 에 따른 재가노인복지시설 중 이용자 본인이 재가복지서비스에 대한 이용대가를 전부 부담하는 시설 다. 「장애인복지법」 제58조 제1항에 따른 장애인복지시설. 다만, 다음 각 목의 시설은 제외한다. 1) 비영리법인( 「사회복지사업법」 제16조 제1항에 따라 설립된 사회복지법인을 포함한다) 외의 자가 운영하는 장애인 공동생활가정 2) 「장애인복지법 시행령」 제36조 에 따른 장애인생산품 판매시설 3) 장애인 유료복지시설 라. 「한부모가족지원법」 제19조 제1항에 따른 한부모가족복지시설 마. 「정신보건법」 제3조 제4호 및 제5호에 따른 정신질환자사회복귀시설 및 정신요양시설 바. 「성매매방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제6조 제2항 및 제10조 제2항에 따른 지원시설 및 성매매피해상담소 사. 「가정폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제5조 제2항 및 제7조 제2항에 따른 가정폭력 관련 상담소 및 보호시설 아. 「성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제10조 제2항 및 제12조 제2항에 따른 성폭력피해상담소 및 성폭력피해자보호시설 자. 「사회복지사업법」 제34조 에 따른 사회복지시설 중 사회복지관과 부랑인·노숙인 시설 차. 「노인장기요양보험법」 제32조 에 따른 재가장기요양기관 카. 「다문화가족지원법」 제12조 에 따른 다문화가족지원센터 5. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 비영리외국법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 같다)으로서 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하는 비영리외국법인(이하 이 조에서 "해외지정기부금단체"라 한다)에 대하여 지출하는 기부금으로서 지정기간 동안 지출하는 기부금 가. 비영리외국법인으로서 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포의 협력·지원, 한국의 홍보 또는 국제교류·협력을 목적으로 하는 법인일 것 나. 제1항 제1호 사목1)부터 5)까지의 요건을 모두 충족할 것. 이 경우 비영리외국법인은 「민법」상 비영리법인으로 보아 요건을 적용한다. 6. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 국제기구로서 기획재정부령으로 정하는 국제기구에 지출하는 기부금 가. 사회복지, 문화, 예술, 교육, 종교, 자선, 학술 등 공익을 위한 사업을 수행할 것 나. 우리나라가 회원국으로 가입하였을 것 ② 법인으로 보는 단체중 제56조 제1항 각호의 규정에 의한 지정기부금대상단체를 제외한 단체의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 지출하는 금액은 이를 제1항 본문의 규정에 의한 기부금으로 본다. ③ 제1항 제1호 본문 및 제2항에서 "고유목적사업비"라 함은 당해 비영리법인 또는 단체에 관한 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업(보건 및 사회복지사업중 의료업을 제외한다)외의 사업에 사용하기 위한 금액을 말한다. ④ 법 제24조의 규정에 의하여 기부금을 지출한 법인이 손금산입을 하고자 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 기부금영수증을 받아서 보관하여야 한다. 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ① 법 제29조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다. 1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체 2. 삭제 ＜2001.12.31.＞ 3. 법령에 의하여 설치된 기금 4. 「주택법」 제2조 제2호에 따른 공동주택의 입주자대표회의 또는 자치관리기구 ③ 법 제29조 제1항 제4호에서 "수익사업에서 발생한 소득"이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조 제1호에 따른 결손금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다. ⑤ 법 제29조 제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다. ⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조 제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금중 「국세기본법」 제13조 의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액 3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액과 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액 4.~10호(중략) ⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ⑩ 제6항 제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다. ⑪ 해당 사업연도에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 임원 및 종업원이 지급받는 「소득세법」 제20조 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(이하 "총급여액"이라 하며, 해당 사업연도의 근로기간이 1년 미만인 경우에는 총급여액을 근로기간의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 월수의 계산은 제39조 제2항을 준용한다)이 8천만원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 제6항 제1호에 따른 인건비로 보지 아니한다. 다만, 해당 법인이 해당 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준을 신고하기 전에 해당 임원 및 종업원의 인건비 지급규정에 대하여 주무관청으로부터 승인받은 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 법 제29조 제1항 제4호에 따라 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인 2. 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제2호 및 제8호에 해당하여 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인 ⑫ 제11항 단서 또는 제13항에 따라 승인을 요청받은 주무관청은 해당 인건비 지급규정이 사회통념상 타당하다고 인정되는 경우 이를 승인하여야 한다. ⑬ 제12항에 따라 인건비 지급규정을 승인받은 자는 승인받은 날부터 3년이 지날 때마다 다시 승인을 받아야 한다. 다만, 그 기간 내에 인건비 지급규정이 변경되는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 다시 승인을 받아야 한다. ⑭ 제12항에 따라 주무관청의 승인을 받은 법인은 법 제60조에 따른 신고를 할 때 인건비 지급규정 및 주무관청의 승인사실을 확인할 수 있는 서류를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 제98조(준비금 등에 대한 손금계상의 특례) ① 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금은 당해 준비금을 익금에 산입할 때 그 적립금을 처분하여야 한다. 이 경우 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에는 동항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 것으로 보지 아니한다. ② 내국법인이 이 영 또는 「조세특례제한법 시행령」에 따른 일시상각충당금 또는 압축기장충당금을 제97조 제4항의 규정에 의한 세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준신고시 손금에 산입한 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. 이 경우 각 자산별로 당해 자산의 일시상각충당금 또는 압축기장충당금과 감가상각비에 관한 명세서를 세무조정계산서에 첨부하여 제출하여야 한다. (3) 조세특례제한법 제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2019년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인 가. 「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 및 「국립대학치과병원 설치법」에 따른 국립대학치과병원 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 「OOO 설치법」에 의하여 설립되어 OOO에 소재한 OOO에 소재한 OOO을 운영하는 법인으로, 「법인세법」제27조 제1항 및 조특법 제74조 에 근거하여 2014∼2017사업연도 수익사업에서 발생한 각 사업연도 소득금액 전액을 고목준비금으로 설정하고 신고조정에 의해 손금산입하여 법인세를 신고하였다. 조사청의 법인세결정결의서상에 기재된 사업년도별 고목준비금으로 설정된 금액과 의료발전준비금으로 전환된 금액은 아래와 같다. 청구법인의 재무상태표상 년도별 미처분 이익잉여금은 아래와 같고, 2018년 12월 31일 현재 미처리 결손금 잔액이 OOO원으로 경정된 소득금액을 감안하더라도 처분할 잉여금은 없었다. (2) 청구법인(갑)과 쟁점법인(을)이 체결한「시설물사용 및 편의시설 관리위탁 협약서」(이하 “협약서”라 한다)의 제6조(관리위탁사업의 수입금처리)의 내용은 다음과 같다. 쟁점법인은 관련 임대물건의 관리위탁사업권을 OOO에 재차 위탁하고 관련 수수료를 지급받았고, 청구법인과의 협약서에 따라 수수료 수입을 영업외수익으로 인식하여 법인세를 신고하고 있다. ＜협약서에 따른 쟁점법인의 영업외수익 내역＞ (3) 기부금수익에 관한 청구법인과 처분청이 제시한 계산내역은 다음과 같다. ＜기부금수익 비수익사업분류후 계산내역(청구법인)＞ ＜처분청 계산내용＞ (4) OOO 정관의 주요내용은 다음과 같다. 청구법인이 쟁점법인의 확인서와 함께 제출한 복리후생비 지출내역은 아래와 같다. (5) 법인세법 기본통칙 29-56...6【의료발전회계의 처리방법】은 다음과 같다. 법인세법 기본통칙 29-56...7【고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 지출하는 금액의 처리】은 다음과 같다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「법인세법」제29조 에 의하면 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고목준비금을 손금으로 계상한 경우 당해 사업연도의 손금에 산입할 수 있는 한편, 「법인세법」 제61조 제1항에서 내국법인이 조특법에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고목준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다고 규정되어 있고, 같은 법 제29조 제2항에서 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고목준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고목준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 하되, 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고목준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고목준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용하도록 규정되어 있다. 위와 같은 규정들은 비영리내국법인이 고목준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고목준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안에는 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다(대법원 2017.3.9. 선고 2016두59248 판결 참조). 「법인세법」제61조 제1항이 조특법상 준비금을 세무조정계산서에 계상하는 방법으로 손금에 산입하는 것을 허용한 취지는 이와 같은 준비금은 실제로 발생한 비용이 아니어서 기업회계상 이를 법인의 장부에 비용으로 계상할 수 없다는 점을 고려하여 특별히 신고조정의 방법에 의하여 그 준비금의 설정에 따른 손금산입이 허용되는 것임을 밝힌 데에 있고, 준비금의 손금산입요건으로 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금 상당액을 적립금으로 적립할 것을 요구하고 있는 취지는 손금에 산입한 준비금 상당액이 추후 익금에 산입될 때까지 배당 등을 통하여 사외로 유출되는 것을 방지하고자 하는 데에 있는바, 법인이 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 손금으로 계상한 준비금 상당액 전액을 적립금으로 적립할 수 없는 때에는 당해 사업연도의 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 이 경우 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가로 적립할 것을 조건으로 손금산입을 허용하되, 만일 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하였음에도 이를 적립하지 않는 때에는 그 한도 내에서 손금산입을 부인하는 것으로 해석함이 상당하다고 할 것이다(대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결 참조). 위와 같은 규정의 문언과 체계, 입법취지 등을 종합하여 보면 준비금의 손금계상 특례규정( 「법인세법」제61조 )에 의하여 세무조정계산서에 계상한 경우로 상당금액이 준비금으로 적립되어 있는 경우 그 준비금을 손비로 계상한 것으로 보아 손금산입하는 신고조정이 가능하고, 준비금 상계규정( 「법인세법」제29조 제2항)에 의하여 먼저 계상한 준비금부터 사용하며 같은 항 후문에 의하여 직전사업연도 준비금 잔액을 초과하여 그 목적에 지출한 금액은 당해 사업연도에 계상할 준비금에서 지출한 것으로 보는 것이다. 이는 준비금 적립한도(처분가능이익한도)는 수익(또는 이익잉여금)에 따라 설정되고, 직접 고유목적사업에 사용한 부분은 적립한 준비금과 상계되며, 적립된 준비금이 부족하여 초과한 지출은 앞으로 계상할 준비금에서 지출한 것으로 보는 것이어서 차후 적립될 것으로 예상되는 준비금의 사용에 감소하는 효과가 있다 할 것인바, 준비금 규정이 비과세나 면세가 아닌 고목준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 해당기간 동안의 과세이연인 점 등에 비추어 매출누락 등에 따라 처분청의 경정으로 인한 증액된 소득에 대하여도 준비금(손금)으로 추가 인정하게 된다면 정상적으로 신고납부하는 납세자와의 형평성을 유지하기 어려워 준비금제도가 유명무실하게 운영될 것으로 보이고 그 입법 취지와도 부합하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청의 경정된 소득에 대하여 고목준비금(손금)으로 추가 인정되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다만, 청구법인의 자본적 지출액에 대한 주장과 관련하여 당초 신고된 소득금액대비 적립된 준비금이 부족한 경우 「법인세법」제29조 제2항에 따라 추가 준비금 적립 여지가 있는바, 청구법인의 신고된 소득금액 내에서 신고조정하여 고목준비금으로 손금에 추가 산입할 금액이 있는지와 수선비로 계상한 자본적 지출액에 대한 즉시상각의제 적용여부 및 그 금액 등을 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 국고보조금 등 기부금수익을 비수익사업의 수익으로 분류하게 되면 과세표준이 OOO이하로 계산된다고 주장하나, 수익 또는 이익잉여금에 따라 적립되는 준비금의 한도가 동일하게 변동된다는 처분청의 의견이 타당하다고 보이는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점법인의 조합원이 청구법인의 임직원으로서 쟁점법인이 조합원의 복리증진을 위하여 지출한 금액은 청구법인의 복리후생비 또는 기부금으로 인정하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 소속이 아닌 쟁점법인이 지출한 복리후생비를 청구법인이 지출한 복리후생비나 기부금에 해당하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.