조심 2018서3853 (2019.03.12)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 종합부동산세 과세기준일(2016.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건(OOO 외 8필지)에 대하여 2016.12.7. 2016년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액은 (공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율에 따라 산정되어야 한다는 대법원 2015.6.23. 선고 2012두23334 판결을 근거로, 종합부동산세액 계산시 과세기준금액을 초과하는 재산세 상당액 전액이 공제되어야 한다며, 2017.12.4. 기납부한 2016년 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으며, 처분청은 청구법인의 경정청구는

「종합부동산세법 시행령」 제5조의3

제2항(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것, 이하 “개정시행령”이라 한다)에 반한다는 이유로 2017.12.7. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.3.12. 이의신청을 거쳐 2018.8.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 개정시행령은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율 × 재산세 공정가액비율 × 재산세율’에 따라 산정토록 규정하고 있으며, 청구법인은 이에 따라 2016년 종합부동산세를 신고·납부하였다.

(2) 그러나, 동 규정은 대법원 판결에 반하는 것으로서, 즉 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 부분 중 재산세가 이미 과세된 재산세 공정시장가액비율분이 공제대상(도표의 A+B)임에도 동 재산세 공정시장가액비율분의 80%(도표의 A)만을 공제대상 재산세액 산정에 반영하고 있다. 따라서 재산세가 이미 과세된 재산세 공정시장가액비율분 중 20%(도표의 B)에 해당하는 재산세액이 종합부동산세액에서 공제되지 못함으로써 이중과세되었다. 따라서 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

OOO

나. 처분청 의견

「종합부동산세법」상 재산세액 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다고 할 것인바, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고,

「종합부동산세법 시행령」 제5조의3

제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 ‘합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 표준세율을 적용한 금액으로 규정되어 있으며, 처분청은

「종합부동산세법」 제14조

, 제16조 및 같은 법 시행령 제5조의3에 따라 경정청구를 거부한 것이므로 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종합부동산세액에서 공제되는 재산세액 계산시, 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 것은 대법원 판례에 반하는 것으로서 이중과세 문제가 발생하므로 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법(2016.3.2. 법률 제14050호로 개정된 것) 제13조[과세표준] ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제14조[세율 및 세액] ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 종합합산세액"이라 한다)으로 한다.

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제17조[결정과 경정] ④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항에 따른 경정 및 재경정 사유가

「지방세법」 제115조

제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다.

(2) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제2조의4[공정시장가액비율] ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다.

제5조의3[토지분 종합부동산세의 재산세 공제] ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합한 금액-5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 ×

「지방세법 시행령」 제109조

제1호에 따른 공정시장가액비율] ×

「지방세법」제111조

제1항 제1호 가목에 따른 표준세율 / 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × (법 제13조 제2항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합한 금액-80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 ×

「지방세법 시행령」 제109조

제1호에 따른 공정시장가액비율] ×

「지방세법」 제111조

제1항 제1호 나목에 따른 표준세율 / 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

제9조[결정ㆍ경정] ③ 법 제17조 제4항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 법 제22조의 규정에 의하여 시장ㆍ군수가 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신한 자료에 의한다.

(3) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정된 것) 제110조[과세표준] ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

(4) 지방세법 시행령(2016.4.26. 대통령령 제27102호로 개정된 것) 제109조[공정시장가액비율] 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2016년 귀속 종합부동산세를 신고함에 있어, 종합소득세액에서 공제되는 재산세액을 개정시행령에 따라 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율 × 재산세 공정가액비율 × 재산세율’의 방법으로 계산하였다가, 대법원 판례를 근거로 이 건 경정청구를 하였으며, 처분청은 이를 거부하였다.

(2) 청구법인이 재계산한 종합부동산세액에서 공제할 재산세액은 다음과 같다.

OOO

(3) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 관련 규정의 개정경위는 다음과 같다.

(가) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 당초, 공제세액의 계산식을 “주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”으로 정하였고, 같은 법 시행규칙 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 작성방법에 기재된 계산식에는 “(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율) × 재산세율)”로 되어 있었다.

(나) 과세관청과 납세의무자가 위 규정을 적용하여 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 계산하던 중, 위 시행령 산식 중 분자에 기재된 주택 등의 과세표준에 대하여, 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 부분이 시행규칙 별지에 기재된 산식과 같은 내용을 의미하는 것인지, 아니면 (주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율)을 의미하는 것인지 여부에 관하여 다툼이 있었고, 대법원은 후자를 의미한다고 판단하였다(2015.6.23. 선고 2012두23334 판결 등).

(다) 이에, 정부(기획재정부)는 2015.11.30. 위 시행령 산식 중 분자에 기재된 부분을 아래와 같이 개정하였으며, 「2015 간추린 개정세법」에는 그 개정이유가 “주택분 종합부동산세액을 계산할 때 주택의 공시가격을 합산한 후 OOO원을 초과한 금액에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 주택분 과세표준 금액을 계산하고 그 금액에 재산세 공정시장가액비율 및 「지방세법」에 따른 표준세율을 각각 곱하여 공제할 재산세액을 산출하도록 하는 등 주택분 및 토지분 종합부동산세액을 계산하는 경우 재산세로 부과된 세액의 공제에 관한 계산식을 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것”이라고 되어 있다.

OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 개정시행령 산식은 대법원 판례에 반하는 것으로서, 이에 따라 공제되는 재산세액을 계산하는 경우 납부한 재산세 중 일부가 공제되지 않게 되므로 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」은 공정시장가액비율이 반영된 과세표준 금액을 기준으로 하여, 그에 관하여 부과된 재산세액을 공제하도록 규정하고 있으므로(제13조 및 제14조), 이에 따라 (공시가격 합산금액 - 과세기준금액) × (1 - 공정시장가액비율)에 관하여 납부된 재산세액이 공제되지 않게 되는 것이지, 개정시행령 산식으로 인하여 재산세 일부가 공제되지 않는 것은 아니므로 동 법률조항에 대하여 위헌 여부를 주장할 수 있음은 별론으로 하더라도, 법률조항이 유효한 이상, 그 위임 취지에 따른 내용을 규정한 개정시행령을 위법하다고 할 수는 없고, 더욱이 정부는 대법원 판결 이후인 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 위와 같이 재산세 공제액 산식을 개정하면서, 그 개정이유를 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것이라고 밝힘으로써, 공정시장가액비율을 반영한 과세표준 제도에 따라 공정시장가액비율만큼 종합부동산세 과세표준이 줄어듦과 동시에 해당 과세표준에 대하여 공제되는 재산세액 역시 줄어들도록 하려는 것임을 분명히 하고 있으므로 처분청이 개정시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액을 계산하여 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.